浙江省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2008）浙民一终字第197号
上诉人（原审原告、反诉被告）福建省九建建筑工程有限公司。
法定代表人池玉清。
委托代理人郑新安。
委托代理人姜洪明。
被上诉人（原审被告、反诉原告）宁波日日升工贸实业有限公司。
法定代表人孙春桂。
委托代理人王祖耀。
委托代理人叶劲松。
上诉人福建省九建建筑工程有限公司（下称九建公司）与被上诉人宁波日日升工贸实业有限公司（下称日日升公司）建设工程施工合同纠纷一案，宁波市中级人民法院于2008年6月13日作出（2007）甬民一初字第69号民事判决，九建公司不服该判决，向本院提出上诉。本院依法组成合议庭，于2008年8月27日对本案进行了公开开庭审理，上诉人九建公司的委托代理人郑新安、姜洪明，被上诉人日日升公司的委托代理人王祖耀、叶劲松等到庭参加诉讼，本案现已审理终结。
原审法院根据当事人的举证和庭审陈述，认定以下事实：2005年9月2日，九建公司与日日升公司签订一份落款时间为2005年9月2日的建设工程施工合同，约定：九建公司承建日日升公司7#-11#厂房，工程内容为桩基、土建、水电安装工程，合同工期总日历天数220天（不包括桩基），工程合同价款为11876462元，其中土建9977012元，桩基1899450元，工程造价按455元／平方米，按实际面积结算，工程款支付按月工程量进度审核支付，项目经理为俞康建；关于工程款支付，合同约定：按月工程费报表的工程款经审核支付50-70%（一星期内支付），至工程竣工验收进度款支付限制在工程总承包款的70%内，余款工程竣工备案以后经审核在第四─六个月内分期付清，5%的工程款作为保修金，竣工后的一年内返还4%保修金，其余1%5年内付清，增加工程款另外支付；关于违约责任，合同约定：发包人逾期支付，工程款每逾期一天，按合同总价的万分之一支付违约金，工期相应顺延。因承包人原因造成工期延误，处以每延误一天，按200元／天支付违约金，直至扣除合同总价的3%为止；如工程质量验收结果未能达到合同规定的质量要求，扣除合同总价（最高限额）的1%（非九建公司原因除外），直至达到合同规定的质量要求。后，在合同备案过程中，双方又签订了一份《建设工程施工合同》，并将此份合同交相关部门备案，该合同约定由九建公司承建日日升公司7#-11#厂房，工程内容为桩基、土建、水电安装工程，合同工期总日历天数220天（不包括桩基）；合同价款采用固定价格合同方式确定，合同价款为14691425元，合同价款的其他调整因素为工程设计变更、联系单变更及不可抗力因素所引起的费用变更；关于工程款支付，合同约定基础完成付合同总价20%，中间结构验收后支付合同总价40%，竣工验收合格后的十日内支付合同总价的25%，其余5%作为保修金，保修期满后十五日内返还，项目经理为连梅新；关于违约责任约定，日日升公司逾期支付工程款，每逾期一天，按合同总价的万分之一支付违约金，工期相应顺延。因九建公司原因造成工期延误，处以每延误一天，按200元／天支付违约金，直至扣除合同总价为3%为止；如工程质量验收结果未能达到合同规定的质量要求，扣除合同总价（最高限额）的1%（非九建公司原因除外）。工程于2006年2月24日开工，工程竣工后，九建公司未将全部竣工验收备案资料交付给日日升公司。双方确认一致：该工程没有经过招投标，工程的项目经理为俞康建。
2007年9月24日，九建公司向原审法院提起诉讼，请求判令：1、日日升公司支付拖欠的工程款5110729.5元及逾期付款违约金15万元；2、诉讼费由日日升公司承担。后，九建公司变更诉讼请求为：1、日日升公司支付拖欠工程款3937851.71元；2、日日升公司从2007年2月25日始支付违约金，按照日万分之一计算到实际支付之日。日日升公司则提出反诉，请求判令：1、九建公司交付工程相关的竣工验收及备案资料并配合办理相关手续，逾期未交付，按工程总造价日万分之三赔偿损失；2、九建公司赔偿因工程逾期造成的经济损失200万元；3、反诉诉讼费由九建公司承担。后，日日升公司撤回上述第1项中“逾期未交付，按工程总造价日万之三赔偿损失”的诉讼请求。
原审法院归纳双方的争议焦点为：一、工程价款如何结算；二、工程竣工验收时间如何确定；三、工程存在逾期，责任在谁，违约责任如何承担。具体作如下分析：
一、关于工程价款如何结算问题。
（一）应付工程款如何计算。九建公司认为，应付工程款应以双方备案合同中约定的工程价格14691425元，加上2007年7月27日《水、电安装工程结算补充协议》中约定的增加部分水电安装款18万元，再加上2006年3月26日双方签订的《补充协议》中约定的款项，其中包括增加的塘渣和梁工程价款，另外减去合同中九建公司应该施工而实际未施工部分的工程价款。日日升公司则主张以双方原先签订的合同中约定的价款11876462元，加上2007年7月27日《水、电安装工程结算补充协议》中约定的增加部分水电安装款18万元，再加上增加的塘渣和梁工程价款，减去九建公司没有施工部分工程价款。
原审法院分析双方的差异在于：1、工程款结算到底应以哪份合同为准；2、2006年3月26日双方签订的《补充协议》能否作为双方结算的依据；3、增加的塘渣和梁工程价款如何计算。
1、工程款结算应以哪份合同为准。九建公司认为应以备案合同为准，认为该份合同在政府部门备案，从价格上看也更公平。第一份合同价格低于成本价，日日升公司进度款的支付与第一份合同是相矛盾的，其支付的桩基工程款已经超过了第一份合同的约定，在工程竣工时支付的总工程价款也已经超过了第一份合同的约定，达到了88%。而根据备案合同，在工程竣工时支付的工程款为总价款的71%。九建公司提供证据1.工程建设项目交易（招标）登记表和工程建设项目施工直接发包交易成交单各1份，证明已经备案的合同是双方真实意思表示，且符合招投标办审查的要求。证据2.建筑安装专用发票存根联2份，证明7-11号厂房桩基工程款已达2321921元，双方执行的是备案合同。证据3.办理建筑工程施工许可证申报材料目录表及建筑工程施工许可证、建筑工程施工许可证申请表，证明施工合同备案是领取施工许可证的必要条件，涉案工程造价应为备案合同中的价格。九建公司还申请证人章某出庭作证，以证明双方实际履行的是备案合同。日日升公司认为，双方实际履行的是第一份合同。因为合同的报价与九建公司的报价是一致的，而且与工程量分解单也是一致的。工程项目经理是俞康建，这与未备案合同是相一致的，而不是备案合同中的连梅新。日日升公司的付款也是按照第一份合同来履行的，如果按照备案合同，则基本上每笔都逾期，但九建公司从来没有提出过异议，违背常理。结合其他单位的报价，九建公司的报价并不低于成本价，而是双方真实意思表示。日日升公司提供了证据1.工程平面图、工程总报价一览表及预算书，证明日日升公司7-11号5幢厂房建筑面积、层高等完全一致。九建公司对该工程的报价、工期与未备案合同相一致。证据2.付款情况一览表及支票存根，证明日日升公司的付款情况，及该付款与未备案合同约定的在对工程量审核后付款是一致的。证据3.打桩工程结算及相关事宜协议、协议书各1份，证明日日升公司支付的桩基工程款为1981921元，扣除3万元利息，实际支付了1951921元，这与未备案合同中约定桩基工程款非常接近。证据4.工程量分解确认单、工程量实际完成情况表、施工签证单各1份，证明双方认可及实际履行的是未备案合同。证据5.浙ＸＸ泰建设有限公司基础公司对涉案工程的报价书，证明双方签订的未备案合同并没有低于成本价。另外，日日升公司还申请证人杜某出庭作证，证明双方签订两份合同的过程，实际履行的是未备案合同。原审法院认为，双方在签订了未备案合同后另外签订了一份合同，并将该合同予以备案，又以该备案合同为依据领取了建筑工程施工许可证，但双方实际履行的是未备案合同，理由如下：（1）未备案合同约定项目经理为俞康建，备案合同约定项目经理为连梅新。现双方均认可实际施工过程中工程项目经理为俞康建，与未备案合同一致。（2）未备案合同约定工程价款为11876462元，其中土建9977012元，桩基1899450元，备案合同约定工程总价款为14691425元。现查明，涉案工程实际支付的桩基款为1951921元，与未备案合同基本一致。（3）九建公司宁波分公司经理孙亚君于2006年5月31日签字确认的工程量分解单，可以反映涉案工程土建部分（包括水电安装）总造价为997万元，并注明计算方法以双方合同为依据，即土建总工程量为9977012元，而未备案合同中双方约定的土建造价为9977012元，备案合同中则无此约定。另外，同样经过九建公司宁波分公司经理孙亚君签字确认的至2006年5月31日工程量实际完成情况表，也反映出双方计算至2006年5月31日的已完工部分工程造价是按照2006年5月31日工程量分解单中确定的价格进行计算的，即与未备案合同是一致的。（4）未备案合同约定工程进度款支付方式是按月工程费报表的工程款经审核支付50-70%，备案合同约定进度款支付则是按基础完成付20%、中间结构验收后付40%、竣工验收合格后付25%的方式进行，而根据日日升公司的付款记录显示，付款达到数十次，与备案合同约定付款方式明显不一致。结合九建公司证人章某关于日日升公司付款是按照九建公司上报的工程量进行审核后付款的证言，应认为日日升公司是按照九建公司上报的工程量进行审核后付款与未备案合同一致，故对杜某的证言内容也予以认定。
原审法院认为，根据招投标法律和最高人民法院相关司法解释规定，对于必须进行招投标的工程，出现备案合同和未备案合同情形，结算工程价款时，以备案合同为准。涉案工程并不属于必须进行招投标工程，实际上日日升公司对该工程也未进行过公开招投标程序，双方在签订了施工合同后，又另外签订一份合同并进行了备案，但备案合同仅是为了备案所用，而未备案合同才是双方当事人真实意思表示，双方实际履行的也是未备案合同，在此情形下，应以未备案合同作为双方结算工程价款的依据，确定涉案工程的合同造价为11876462元。
2、2006年3月26日的《补充协议》能否作为双方结算的依据。九建公司认为，该份《补充协议》是双方真实意思表示，内容公平合理，是有效的。日日升公司则认为，《补充协议》上日日升公司所盖的是技术专用章，而不是单位公章，该协议涉及工程造价问题，用技术专用章形式上明显存在瑕疵，该份协议是虚假的。日日升公司提供了证据1.留存在该公司的2份九建公司有盖章而日日升公司未盖章的《补充协议》，证明双方当初就补充协议上内容进行过协商，但最后并未达成一致意见。证据2.九建公司于2006年12月26日给日日升公司的商榷函1份，证明商榷函中很多内容与补充协议中内容是重复的。认为如果补充协议是真，则没必要在商榷函中再次提出。日日升公司还申请证人苏某出庭作证，证明技术专用章的使用情况。
原审法院认为，2006年3月26日的《补充协议》，九建公司加盖了公章，但该补充协议显示协议另一方日日升公司的印章为工程技术专用章，技术专用章仅限用于工程技术方面，而补充协议的内容均涉及到工程价款问题，明显超出了工程技术专用章的使用范围。另外，九建公司于2006年12月26日给日日升公司的商榷函的内容多项与补充协议内容一致，如果双方已经达成了协议，则显然没有必要再进行商榷，请日日升公司考虑予以支付。故认为苏某关于技术专用章使用情况的证言真实，2006年3月26日的《补充协议》不能作为双方结算的依据。
3、增加的塘渣和梁工程价款如何计算。根据日日升公司的申请，原审法院委托宁波国信建设工程咨询有限公司对增加的塘渣和梁工程价款做了鉴定，结论为：增加的梁工程造价为68879元，增加的塘渣工程造价为206989元。后，鉴定机构作出补充鉴定报告，增加的梁工程造价为68879元，塘渣按照信息价进行计算，增加的塘渣工程造价为195667元。该鉴定结果未考虑下浮，双方对此没有异议。原审法院认为，根据前述分析认定2006年3月26日的《补充协议》不真实，不能作为双方结算的依据，因此确认以补充鉴定的结论为准。关于是否应该下浮及下浮的比例问题，虽然九建公司在当初签订建设工程施工合同前，报价确实是下浮了22.69%，但是关于增加部分的工程造价是否应该下浮，双方并未约定。因此，确定增加的梁、塘渣工程造价为264546元。
后，双方协商一致确认未做部分工程价款为23万元，同意在总工程价款中予以扣除。综上，原审法院认定本案应付工程总价款为12091008元（11876462元＋180000元＋264546元-230000元）。
（二）已经支付的工程价款数额。九建公司认可对方已经支付工程款总额为11671921元，再加上日日升公司垫付的水电费31338.29元。日日升公司认可已经支付对方工程款额为11733259.29元，其中包括九建公司认可的日日升公司替其垫付的水电费31338.29元，还包括另有3万元桩基工程款虽未实际支付，但应该视为已经支付，理由是最后一笔桩基工程款，日日升公司本应支付28万元，但由于提前支付，实际只支付了25万元，桩基工程实际施工人也表示同意。庭审时，日日升公司又主张除九建公司认可的31338.29元水电费外，日日升公司还替其垫付了水电费48896.14元。庭审中，双方确认最后一笔打桩款实际支付25万元，九建公司同意视为支付28万元。
关于日日升公司主张的另外还替九建公司垫付的水电费48896.14元问题，原审法院认为在第一、二次证据交换过程中，日日升公司均主张其垫付的水电费用为31338.29元，现又增加主张，依据不足，不予支持。
综上，日日升公司已经支付的工程款为11733259.29元（11671921元＋31338.29元＋30000元）。
（三）尚欠工程款。本案应付工程总价款为12091008元，减去日日升公司已经支付的工程款为11733259.29元，尚欠工程款为357748.71元。按照双方实际履行的未备案合同约定，至工程竣工验收进度款支付限制在工程总承包款的70%内，余款工程竣工备案以后经审核在第4-6个月内分期付到约定工程款的95%，5%作为保修金，竣工后的一年内返还4%保修金，其余1%，5年内付清，增加的工程款另外支付。结合九建公司尚未完全交付竣工验收备案资料这一事实，原审法院认定日日升公司所欠工程款支付条件尚不具备，对九建公司要求支付工程款，并支付从竣工验收次日起的逾期付款违约金这一诉讼请求不予支持。
二、工程竣工验收时间如何确定问题。
九建公司认为，工程于2007年2月14日竣工验收，证据为工程竣工收备案表。日日升公司认为，工程于2007年4月17日才竣工验收，消防通过是在2007年9月19日，根据双方《水、电安装工程结算补充协议》，工程应以消防部门验收合格为准。并提供证据1、工程竣工验收备案表。证据2、承诺书、消防验收意见书、致九建公司消防整改函。另外还有九建公司提供的《水、电安装工程结算补充协议》。双方对各自提交的工程竣工验收备案表真实性均无异议。对于工程竣工验收时间，原审法院认为工程竣工验收备案表竣工验收日期栏明确记载为2007年2月14日，应以该记载为准，并不能以日日升公司在竣工验收意见栏中签字盖章时间作为竣工验收时间。根据《水、电安装工程结算补充协议》内容，双方主要对增加部分的水电工程价款及施工进行了约定，其中第4条双方对该工程进行验收，并以消防部门验收合格为准的约定，应是特指增加部分水电工程，因此对日日升公司的理由不予支持。涉案工程竣工验收时间为2007年2月14日。
三、工程存在逾期，责任在谁，违约责任如何承担。
九建公司认为，工程逾期是事实，但责任在日日升公司方，因为对方没有根据合同约定提供开工条件，也没有按照合同约定支付工程款，还因为打桩引起和第三人之间发生纠纷，影响了工期。九建公司提供了证据1、桩基工程停工材料，包括要求恢复打桩施工的报告、恢复打桩施工的通知、关于宁波日日升8#、9#楼桩基施工周边环境保护措施论证意见。证据2，日日升公司逾期付款清单。日日升公司认为工程逾期是事实，但是责任在九建公司方，因为合同约定工期是220日历天，何时开工并不影响工期，如果日日升公司确实存在逾期付款，九建公司也应提交书面顺延工期的报告，并交工程师审批，但九建公司没有履行这一程序。九建公司应该赔偿由此造成的损失200万元，具体损失计算从应该完工之日至实际竣工验收之日。原审法院认为，前述已认定双方实际履行的是未备案合同，故应以未备案合同作为判断日日升公司是否存在付款迟延的事实。按照实际履行的未备案合同约定，工程进度款按月工程费报表的工程款经审核支付50-70%，至工程竣工验收进度款支付限制在工程总承包款的70%内。而九建公司并未提供具体的月工程费报表，从而无法判断日日升公司支付的款项是否存在逾期，另外事实上至工程竣工验收之时，日日升公司支付的工程款已超过了合同约定的70%，因此认定日日升公司支付工程进度款并不存在逾期行为。现有证据无法证明工期延误是由于日日升公司造成的，则应推定造成工期延误的责任在于施工方九建公司。
工程开工是在2006年2月24日，竣工时间为2007年2月14日，合同工期为220日历天，故九建公司延误工期135天，日日升公司要求对方赔偿200万元。按照双方实际履行的未备案合同约定，因承包人原因造成工期延误，处以每延误一天，按200元／天支付违约金，直至扣除合同总价的3%为止，这是双方真实意思表示，可以作为计算九建公司工期逾期给日日升公司造成损失的依据。经计算，九建公司应支付逾期违约金27000元（200元／天×135天）。另外，九建公司至今没有向日日升公司交付完整的竣工验收备案资料，应该交付，并配合日日升公司办理相关备案手续。
该院依照《中华人民共和国民法通则》第五十五条，《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条，最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第二十一条，最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第二条之规定，判决：一、九建公司应在判决生效后10日内向日日升公司交付完整的竣工验收备案资料，并配合办理相关手续；二、九建公司应在判决生效后10日内向日日升公司支付因工程逾期所造成的损失27000元；三、驳回九建公司的诉讼请求；四、驳回日日升公司的其他诉讼请求。如果未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。本诉案件受理费48625元，由九建公司负担；反诉案件受理费11400元，由日日升公司负担11000元，九建公司负担400元。鉴定费用32900元，由九建公司、日日升公司各半负担16450元。
宣判后，九建公司上诉称：一、工程款的结算应该以备案合同为准。原审已经确认未备案合同签订在先，备案合同显然是对先前合同的修改。未备案合同工程价款的下浮率高达百分之二十九，远远低于成本价，严重违反公平原则，双方意识到该价格显失公平，后来又签订了第二份合同进行变更。根据《宁波市工程建设项目实施过程强化监控管理办法》的规定，宁波市范围内的所有工程承包合同都应该进行备案登记，如认定第一份合同，则违背了该办法的规定，否定了合法的行为，后果是违反社会公共利益。日日升公司付款至71%的实际履行行为，足以证明其在履行备案合同。原审认定日日升公司按照九建公司上报的工程量进行审核付款，与未备案合同一致，毫无依据。原审认定日日升公司帐册中只找到一张桩基工程款发票，因此认定桩基款为1951921元，没有事实根据。二、2006年3月26日补充协议经双方协商一致后签订，协议上的签章也是日日升公司的真实印章，原审否定该协议的效力，没有事实依据和法律依据。三、工程延期的原因是因为日日升公司没有提供施工条件，导致九建公司无法正常施工。四、根据双方签订并且已依法备案的合同，日日升公司已经延期付款，应当承担违约责任。五、原判适用民法通则第五十五条和最高人民法院相关司法解释的规定不当，逻辑错误。请求二审法院撤销原判第二项，改判驳回日日升公司赔偿损失的诉讼请求；撤销原判第三项，改判日日升公司支付工程款3937851.71元及按合同总价日万分之一计算的违约金，并由日日升公司承担本案全部诉讼费。
被上诉人日日升公司在法定期间未提出答辩状，其委托代理人在本院庭审中口头辩称，原判决认定事实清楚，适用法律得当，请求维持。
二审期间，上诉人九建公司提出以下证据材料：证1.宁波市建筑企业行政管理系统人员情况表，拟证明俞康见（建）不具有项目经理资格。证2.工程量分解单，拟证明备案合同价款的组成。证3.验收记录，拟证明连梅新是该工程的项目经理，并实际履行项目经理的职权。证4.发票和收据，拟证明2007年9月27日九建公司开具了37万元桩基工程款发票，9月28日日日升公司支付37万元桩基款。证5.日日升公司工程补充协议草稿，拟证明日日升公司的负责人在九建公司起草的协议建议稿上亲笔修改，双方2006年3月26日签订的工程补充协议是经过双方充分协商的真实意思表示。证6.工程预算书，拟证明涉案工程的造价组成。证7.日日升公司2006年2月27日通知，拟证明俞康见（建）不是整个工程的项目经理。
上述证据材料经庭审质证，日日升公司认为证据材料均形成于一审开庭前，不属于二审新证据，不同意质证。同时，在保留上述意见的基础上，其发表如下意见：对证1.的真实性、合法性、关联性均有异议，并认为俞康见是整个工程的负责人，双方在一审中已确认一致。对证2.的“三性”有异议，并认为与其一审中提交的工程量分解单内容不一样，而一审的分解单已经过双方确认，桩基工程已在2006年2月27日全部完工，6月时款项结清，桩基不需要分解进去，所以认为这份证据是假的。对证3.没有异议，但认为备案的文件资料中施工单位的项目经理虽是连梅新，而整个施工合同过程的工程负责和事务处理、价款结算，都是俞康见和九建宁波分公司的经理确认协调的，九建公司公章盖在俞康见的名字上，真正的负责人是俞康见，双方是确认一致的。对证4.认为，桩基款发票一审中已提交，不属于新证据，与九建公司的证明对象无关。对证5.的“三性”均有异议，这份草稿没有任何人的签字、盖章，所谓亲笔修改没有任何依据。对证6.的“三性”均有异议，报价单和工程预算书由日日升公司在一审中提交，双方对真实性无异议，九建公司现在提供的工程总造价一览表是2005年9月4日，而一审的工程总造价一览表都是2005年9月6日，所以这份证据材料是假的。对证7.的真实性没有异议，当时发通知是因为不同意陈川渊承包土建，要求其退出，最后由俞康见一人承建，事实上俞康见一直是项目负责人，直至工程结束。
本院审查认为，证1.和证3.证7.的内容均为证明案涉工程的项目经理系何人担任的事实，与当事人争议的涉案工程造价待证事实之间没有关联，不能作为证据采用。证2.记载的内容与日日升公司一审中提出的证4工程量分解证据，存在诸多不同之处，且九建公司在一审中对证4的真实性并无表示异议，只是认为超出举证期限，当时亦未提出还存在不同内容的工程量分解单的质证意见，故日日升公司提出的异议成立，依法不作为证据采纳。证4.的证据即为九建公司一审提出的证2.证据，原审法院就此已与其他书证内容间的联系作了审核，本院予以认同。证5.为无人签署的草稿，不具备民事诉讼证据的形式要件，依法不能作为证据采用。证6.与日日升公司一审证1.的内容相比，记载的时间和造价金额不一致，而九建公司一审质证时对证1.的真实性无异议，当时亦未提出还存在另一份工程预算书的主张；且因证6.系九建公司自行编制，又没有送达日日升公司和经该公司确认的记载，故日日升公司就此提出的异议成立，予以采纳。
本院经审核当事人在一审程序中提出的书证，及其所作陈述内容，对原判决除“工程的项目经理为俞康建”外的事实予以确认。
本院认为，当事人二审中争议的问题主要有二：一是涉案工程价款结算的依据；二是不适当履行合同的责任。依据现行法律的相关规定，结合已查证的案件事实，本院分析如下：
一、涉案工程价款的结算依据
本案诉讼中，当事人双方对曾经订立两份工程造价不同的合同，以及两份合同非同一日签订的事实无争议，分歧在于九建公司承建的工程完工后，当以哪份合同为据进行工程价款的结算。原审法院根据当事人提出的证据，在综合分析后，作出以未备案合同为据进行工程价款决算的判断，本院予以认同，依据如下：1、证据审查。证明当事人履行未备案合同的书证除施工合同本身，还有与之内容相吻合的工程预算书、工程总报价一览表、工程量分解单等一系列证据予以证实，构成合同内容的完整性。而备案合同则仅为孤证，尚缺乏其他证据相印证。2、实际履行合同行为的审查。诉讼中，双方对日日升公司先后数十次向九建公司付款的事实无异议。根据备案合同的约定，日日升公司付款是按基础完成付20%、中间结构验收付40%、竣工验收合格付25%的方式进行，即按承包人完成工程的不同阶段，发包人分三次付至总价款的85%，而无需多次付款；未备案合同则约定，工程进度款按九建公司月工程费报表支付50-70%。原审法院根据日日升公司的付款事实，以及已付款额在总造价中所占的比例，结合九建公司提供的证人章某所作的证言，认定双方实际履行的系未备案合同，具有事实和合同上的依据。并且，在合同履行期间，未见九建公司曾就履行备案合同或者按施工阶段付款而向日日升公司提出要求的证据。由此可见，当事人在履行中应不存在执行哪份合同约定的争议。3、对备案合同的审查。经查，2005年9月6日，后一份合同在当地招投标中心窗口以工程直接发包为由进行备案登记。当日，九建公司向日日升公司出具一份工程总报价一览表（7号楼厂房造价为1995572元）。10月11日，备案经得当地建设工程招投标管理办公室同意。一审期间，九建公司代理人陈述：备案合同实际签订日期是2005年9月6-7日，然后去备案，原来签的合同价格低于成本造价，按常规建设部门是不会审查通过的，所以双方又确定了一个新的造价。日日升公司代理人陈述：双方签订1187万元合同后，九建公司提出备案要顺利通过，必须将价格提高。可见，当事人双方对备案合同形成的原因陈述是一致的，显然是为了合同备案的需要。同时，备案合同为何需要倒签落款时间为2005年9月2日，而不能填写真实时间；申报备案当日九建公司又为何还出具与前份合同造价相一致的工程总报价一览表，九建公司对此均没有作出合理解释。根据本案中发包人企业的经济性质，以及涉案工程造价不属国家定价范围等因素，在工程设计不变，且未增加其他附属工程项目的情形下，数日内同一工程的合同造价差异280余万元，则有违常理。
综合以上分析，本院认为日日升公司提出的后一份合同系为备案需要而签订的抗辩理由，较为合理，基本符合本案的客观事实，予以采信，当事人各自的权利义务应从前一份合同约定。至于因虚假合同备案，违反建设行政管理机关相关规定，可能涉及需要行政处罚的问题，则属行政管理法调整的范畴，与当事人间的民事诉讼无涉，本案中不宜作出评判。
二、当事人不适当履行合同的责任
我国合同法第六十条规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。本案中，九建公司承建完成的工程超出合同约定的施工工期，双方对该事实无争议。九建公司对此抗辩认为，日日升公司未按约定提供施工条件和支付工程款，还因打桩和他人发生纠纷而影响工期，证据为其要求恢复打桩施工的报告，以及日日升公司恢复打桩施工的通知，别无他证。原审法院审查认为，日日升公司反诉主张工期延误是按土建工程计算，并不包括桩基施工内容，且九建公司没有提出顺延工期的证据，因而采纳了日日升公司的主张。同时，根据未备案合同约定，日日升公司是依九建公司提供的月工程费报表，在审核后支付50-70%，但因九建公司对此未举证，从而无法判断日日升公司支付的工程进度款是否存在逾期的情况。另外，从日日升公司已付款数额上看，已超过合同约定的70%，据此认定日日升公司不存在逾期付款的违约行为。本院认为原审所作分析判断，事实依据充分，亦符合法律的相关规定，九建公司就此提出的上诉主张，依法不予采信。
至于2006年3月26日补充协议能否作为工程价款结算的依据问题，原审法院根据当事人提出的证据，在综合分析本案的实际情况后，认定该份协议不能作为双方结算的依据，本院亦予认同，具体理由不再复述。
据上，九建公司提出的上诉主张，缺乏事实根据和法律依据，本院不予采纳。原判决事实清楚，适用法律正确，实体处理得当。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十三条第一款第（一）项之规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费38519元，由上诉人九建公司负担。
本判决为终审判决。
审 判 长 陈其荣
代理审判员 周红敏
代理审判员 田建萍
二〇〇八年九月十二日
书 记 员 魏奇华