山东省泰安市泰山区人民法院
民 事 判 决 书
（2017）鲁0902民初686号
原告：泰山职业技术学院，住所地山东省泰安市。
法定代表人：毕于民，该院院长。
委托诉讼代理人：赵天菊，山东泰润律师事务所律师。
委托诉讼代理人：刘茹，山东泰润律师事务所实习律师。
被告：山东一山建工集团有限公司，住所地泰安市岱岳区。
法定代表人：赵兴文，该公司董事长。
委托诉讼代理人：董绪祥，山东泰山法正律师事务所律师。
原告泰山职业技术学院与被告山东一山建工集团有限公司（简称一山建工公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2017年1月24日立案后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告泰山职业技术学院的委托诉讼代理人赵天菊、刘茹，被告一山建工公司的委托诉讼代理人董绪祥均到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告泰山职业技术学院向本院提出诉讼请求：1.被告返还原告超付的工程款725015.28元；2.依法判令被告支付原告违约金288856元；上述共计1013871.28元。事实和理由：2008年4月26日，原告与泰安市满庄建筑安装公司（以下简称满庄建筑公司）签订《建筑工程施工合同》（合同号：GF一1999一0201），满庄建筑公司承建原告教师公寓8#、10#楼工程范围内的土建及安装工程，双方约定：开工日期为2008年4月30日；竣工日期为2008年12月26日；合同价款为5777121.22元人民币。2008年7月20日，满庄建筑公司承诺：满庄建筑公司投标的泰山职业技术学院教师公寓第五标段8#、10#工程在原报价?5777121.22元的基础上自愿下浮3%，下浮报价为5603807.58元。2008年10月24日，原告与满庄建筑公司签订《泰山职业技术学院教职工公寓施工合同补充协议》，双方约定：合同价款执行原合同价款及承包人的承诺书；违约责任：承包人要确保该工程款完全用于本工程，发包人若发现承包人挪用，按合同价款的5%处罚。2009年9月27日，双方签订《泰山职业技术学院8#、10#教师公寓建设协议书》，双方约定：按照“先施工、后支付”的原则，分阶段支付，由泰山职业技术学院从剩余工程款中支付，工程款超出总合同价款的部分，由满庄建筑公司承担；质保金原则上保留原合同价款的百分之三。在施工过程中，由于满庄建筑公司方的过错，将该工程款挪作他用，导致原告工程被迫停工达半年之久。为了尽快完成该工程项目及原告工作的顺利进行，应满庄建筑公司及法人赵兴文的要求，由原告替满庄建筑公司暂时垫支8#、10#公寓楼超出合同价款部分的工程款，待工程决算审计定案后，由满庄建筑公司偿还原告己支付超出审计定案值部分的工程款。为此，满庄建筑公司及法人赵兴文于2010年元月6日给原告出具了承诺函。满庄建筑公司于2010年5月26日改制为山东一山建工有限公司，公司原有债权债?务由山东一山建工有限公司承继。2010年5月28日山东一山建工有限公司更名为山东一山建工集团有限公司。2010年9月工程竣工后，原告多次派人催促被告提报施工工程资料予以决算审计，尽快退回超支的工程款，承担相应的违约责任，并于2011年9月1日向被告发出特快专递，但被告对此不予理会，至今没有配合的迹象。为此，原告曾于2012年10月向法院提起诉讼，后于2015年5月28日撤回诉讼。为了维护原告的合法权益，特再次提起诉讼，请求法院判如所诉。
被告一山建工公司辩称,原告2012年10月起诉后于2015年5月撤诉，应视为没有起诉，其于2017年1月再次起诉，已经超过两年的诉讼时效，应当予以驳回；合同价款让利3%是在原告利用其强势地位违背中标价的前提下达成的，该让利行为无效；我公司不欠原告任何款项，不存在垫付款的事实，不存在挪用问题，而且原告还欠被告工程款，综上，原告起诉没有事实根据和法律依据，请求驳回其诉讼请求。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。对当事人无异议的证据，本院予以确认并在卷佐证。对于双方无争议的事实，本院认定如下：2008年3月，原告就泰山职业技术学院教师公寓住宅楼工程建设项目对外招标，泰安市满庄建筑安装工程公司（简称满庄建安公司）中标8#、10#楼住宅楼工程建设项目。2008年4月26日，原告与满庄建安公司签订《建设工程施工合同》一份。该合同约定：1、工程概况工程名称：泰山职业技术学院教师公寓8#、10#楼；工程内容：工程范围内的土建及安装工程。2、承包范围：施工图纸范围内工程及保修。3、合同工期开工日期：2008年4月30日；竣工日期：2008年12月26日。4、质量标准合格。5、合同价款：（大写）：伍佰柒拾柒万柒仟壹佰贰拾壹，（小写）：5777121.22元。6、组成合同的文件：6.1组成本合同的文件包括：（1）合同协议书及附件（含评标期间和合同谈判过程中的澄清文件和补充资料）（2）中标通知书（3）投标书及其附件（4）合同专用条款及数据表……（7）图纸（含招标文件及补遗书中与此有关的部分）……6.2双方有关工程的洽商、变更等书面协议视为本合同的组成部分。该合同专用条款载明：……5.1监理单位委派的工程师姓名：张某某……7.项目经理姓名：刘某某……23.合同价款及调整：修改为：本工程采用固定总价承包方式……工程施工中图纸的修改、设计变更所引起工程量的变动，丝毫不会降低或影响合同条款的效力，也不免除承包人按规定标准进行施工和修复缺陷的责任……对于招标单位提供的工程量清单有异议时，投保单位应于答疑时提出，除非招标单位作出变更，否则应以招标单位的清单作准……27.发包人供应材料、设备除附表所列材料清单外，原则上发包人不直接供应材料，遇特殊情况或特殊材料时，发包人有权随时介入，具体按实际情况确定……27.6发包人供应材料设备的结算方法：由双方于供货方签订三方合同，承包人负责验收接收货物，发包人依据承包人验货意见，规定转账的材料通过价格转账方式支付货款。28.承包人采购材料、设备：修改为：除另有规定外，承包人负责完成本工程施工所需（除清单列明的）的全部材料、设备的采购、验收、运输和保管……32.竣工验收32.1承包人向发包人提交2份完整竣工资料及竣工图，提交的时间是：提交竣工报告前7天，但不超过竣工后21天。32.2承包人向发包人提交竣工验收报告的时间是：在提交完整竣工资料及竣工图后10天内。32.3发包人应在收到竣工验收报告后28天内进行竣工验收，并在验收后14天内给予批复。33.竣工结算33.1承包人向发包人提交竣工结算证书的时间是：验收批复后等内容。该合同还附有泰山职业技术学院招标说明，其中记载了甩项部分包括甩项工程及甩项材料，原告及满庄建安公司均在上述合同上盖章。
上述合同签订后，满庄建安公司即组织人员对涉案工程进行施工。2008年7月20日，满庄建安公司向原告出具承诺书一份，内容如下：泰安市满庄建筑安装工程公司投标的泰山职业技术学院教师公寓第五标段8#、10#楼在原报价5777121.22元的基础上自愿下浮3%，下浮报价为5603807.58元，满庄建安公司在该承诺书上盖章，项目经理刘某某在该承诺书上签字。2008年10月24日，原告与满庄建安公司签订《泰山职业技术学院教职工公寓施工合同补充协议》，该协议约定：1、原合同付款方式变更如下：按照工期进度拨付进度预付款……主体工程竣工验收合格后，拨付至合同价款的70%。竣工结算并审计定案后拨付至结算价款的90%。余款在防水保修期满（五年）结束后拨付完成……3、违约责任：承包人要确保该工程款完全用于本工程，发包人若发现承包人挪用，按合同价款的5%处罚。
2009年9月27日，原告与满庄建安公司签订《泰山职业技术学院8#、10#楼教室公寓建设协议书》，内容如下：泰山职业技术学院教师公寓8#、10#楼由满庄建筑安装公司承建，现主体已施工完毕，进入装饰阶段。为使该工程顺利施工，早日交付使用，经双方协商，达成以下协议：一、按照原施工合同约定，由满庄建筑公司对整个工程负责，后续工程派一名技术员及一名资料员负责该工程的施工管理、技术监督与资料整理，确保负责10#楼主体验收及8#、10#楼竣工验收。二、该工程的后续工程由满庄建筑公司安排施工队伍，签订施工合同。三、后续工程款的支付，由满庄建筑公司开具发票，扣税后全部返还施工单位，不收取任何费用（由泰山职业技术学院直接支付给后续施工单位）。按照“先施工，后支付”的原则，分阶段支付，由泰山职业技术学院从剩余工程款中支付，工程款超出总合同价款的部分，由满庄建筑公司承担……。
2010年1月6日，满庄建安公司向原告出具承诺一份，内容如下：我公司承建的泰山职业技术学院教师公寓8#、10#楼，由于我方原因造成了泰山职业技术学院支付的工程款超过了合同价款。因为我公司经济比较困难，为使工程顺利进行保证验收竣工，请泰山职业技术学院替我公司暂时垫支8#、10#公寓楼超出合同价款部分的工程款。待工程决算审计定案后，我公司偿还学院已支付超出审计定案值部分的工程款。
涉案工程于2010年完工，于2011年验收，至今尚未决算。2010年5月，满庄建安公司进行改制，更名为山东一山建工有限公司，满庄建安公司的原有债务由该公司承继，后山东一山建工有限公司更名为山东一山建工集团有限公司即被告。原告于2012年10月30日向我院提起诉讼，要求被告返还工程款并支付违约金，后于2015年5月28日申请撤回起诉，本院于同日作出（2012）泰山民初字第2693民事裁定书，准许原告撤回起诉，该裁定书于2015年6月8日向双方送达。
双方当事人争议的焦点问题有以下五个:
一、关于原告起诉是否已过诉讼时效
原告称，涉案工程于2011年验收后，原告多次派人催促被告提报施工工程资料予以决算审计，尽快退回超支的工程款，承担相应的违约责任，并于2011年9月1日向被告发出特快专递，但被告对此不予理会。为此，原告曾于2012年10月向我院提起诉讼，后于2015年5月28日撤回诉讼。现原告再次于2017年1月24日起诉，未过诉讼时效。
被告则称，原告2012年10月起诉后于2015年5月撤诉，应视为没有起诉，其于2017年1月再次起诉，已经超过两年的诉讼时效，应当予以驳回。
二、关于工程总价款如何确定
原告称，《建设工程施工合同》第5条明确约定工程款为固定总价承包方式，一次包死价为5777121.22元，后满庄建安公司自愿在原报价5777121.22元的基础上自愿下浮3%，下浮报价为5603807.58元，即合同总价为5603807.58元。
被告则称，满庄建安公司在签订《建设工程施工合同》后作出的让利承诺，是在原告滥用其强势地位的前提下作出的，且该价格违背招标价格，该让利行为无效，工程价款应为5777121.22元。
三、关于扣减部分工程款如何确定
原告称，根据招标文件和《建设工程施工合同》约定，甩项材料应从工程总价款中予以扣除；《建设工程施工合同》还约定由满庄建安公司负责除甩项材料之外的材料，后由于满庄建安公司的原因，改为原告采购部分材料，上述材料款应从工程总价款中予以扣除。为确定甩项材料及超供材料等的数额，原告委托泰安岱宗工程造价咨询有限公司进行核算，该公司于2015年1月20日出具《关于泰山职业技术学院教师公寓8#、10#楼甩项材料及材料超供的核查情况》，载明：“1、合同中标清单按暂估价计算的材料款652514.10元……2、合同中标清单中施工单位采购材料改为甲方供货垫付的材料价款29461.02元……3、对应中标清单中暂估价供应材料核算超供的材料价款236032.20元……招标文件中规定多领用材料从工程款中按材料结算价的1.5倍扣除：236032.20元*1.5=354048.30元，上述三项共计1036023.42元”。该公司于2017年7月13日出具《关于泰山职业技术学院教师公寓8#、10#楼甩项材料及材料超供的说明》，载明：“1、合同中标清单按暂估价计算的材料款652514.10元（详见附表1），中标单中数量*暂估价单价=652514.10元，中标清单中数量是指施工单位投标文件中清单分析的材料数量；暂估价单价是指招标文件中的'泰山职业技术学院招标说明附表中的暂定价'；2、合同中标清单中施工单位采购材料改为甲方供货垫付的材料价款29461.02元（详见附表2）,实际供货数量*材料实际单价=29461.02元，实际供货数量是指施工单位在施工中实际收货数量，详见'泰山职业技术学院教师公寓甩项材料预付款说明'，材料实际单价是甲方实际采购的价格，详见'供货合同'；3、对应中标清单中暂估价供应材料核算超供的材料价款236032.20元（详见附表3），（实际领用数量-
中标清单中数量）*材料实际单价=236032.20元，实际领用数量是指施工单位在施工中实际领用的材料数量，详见'泰山职业技术学院教师公寓甩项材料预付款说明'及泰山职业技术学院财务记账凭证、材料支付审验表，中标清单中数量是指施工单位投标文件中清单分析的材料数量，材料实际单价是甲方实际采购的价格，详见'供货合同'”。为证实原告的上述主张，原告提交招标文件、施工图纸、《建设工程施工合同》、购货合同、甩项材料验收单、甩项材料预付款说明等证据予以证实。招标文件投标须知2.1本招标工程项目的范围：施工图纸范围内（除以下按工程量清单格式另行招标的项目外）所有建筑、装饰、安装工程及保修……“泰山职业技术学院招标说明”2、甩项部门（一）甩项工程……（二）甩项材料……甩项材料同时记载了各项甩项材料的单价，另记载“甩项说明：甩项材料，由甲乙双方共同招标，确定材料规格、价格、质量要求及材料供应商，由总包单位及材料供应商签订供货合同，确定数量及供货时间，自行进货并负责验收、保管（甲方及监理参与质量检查），由总承包单位施工、只计取安装费用，多用材料从工程款中按材料结算价的1.5倍扣除”……。
被告则称，虽然甩项工程包含在合同总价款内，但是原告所做的《关于泰山职业技术学院教师公寓8#、10#楼甩项材料及材料超供的核查情况》，系单方行为，该工程尚未进行结算，该报告不能作为认定工程造价的依据，亦不能作为认定原告已经超付工程款的依据。但本庭询问其是否申请鉴定时，被告明确表示不申请鉴定，同时表示应由原告完成鉴定举证。
针对被告的上述主张，原告称，在施工过程中，因满庄建安公司内部管理出现问题致使项目经理刘某某携带部分工程款及相关施工资料消失，致使涉案工程被迫停工，为了尽快完成涉案工程，应满庄建安公司及法人赵兴文的要求，由原告替满庄建安公司垫支8#、10#公寓楼超出合同价款部分的工程款，并约定待工程决算审计定案后，由满庄建安公司偿还原告己支付超出审计定案值部分的工程款，但工程竣工后，被告（此时满庄建安公司已经改制为被告）拒不提报施工工程资料予以决算审计，更不退回原告超付的工程款。为此，原告于2011于2012年10月向本院提起诉讼，立案号2012泰山民初字第2693号，在该案中，被告称涉案工程未进行审计决算，因此被告依法申请对涉案工程进行鉴定，本院技术室要求原、被告补充鉴定材料，在本院于2013年3月22日所做调查笔录中，被告陈述“由当时的承包人（刘某某）将承包的8#、10#楼的有关材料全部带走，我方申请鉴定的话需要找到承包人拿到材料，才能提交这些材料”，在本院于2013年11月29日所做调查笔录中，被告陈述“当时施工该项目的经理（刘某某）带走了原告拨付的30多万元和该项目的有关施工材料，现在公司正在找该经理要回该项目的有关施工资料，据他家人说，他在外施工，完工后把相关材料送回来，但是他们不说他现在具体在哪里，公司也想了很多办法，但他家人一直不跟我们说清楚”，本院技术室因未能收到审计材料，于2014年1月15日出具退鉴函，终止本次鉴定程序。原告还称，因被告未能提报施工资料导致双方未能进行决算，且被告现在拒绝申请鉴定，即使原告申请鉴定，亦如同2012泰山民初字第2693号案件一样，因满庄建安公司的项目经理刘某某携钱款及施工资料消失，导致无法提交审计资料，最终仍无法进行鉴定，在此情况下，原告委托泰安岱宗工程造价咨询有限公司依据施工合同、图纸、招标文件等资料所做的《关于泰山职业技术学院教师公寓8#、10#楼甩项材料及材料超供的核查情况》可以作为认定工程款的依据。
四、关于原告已向被告支付的工程款数额
原告称，满庄建安公司施工后，原告按照工程进度支付工程款，在刘某某携款消失后，仍旧支付工程款，垫付材料款等，共计支付5292799.38元。为此，原告提交转账支票等交付凭证、满庄建安公司、被告出具的发票等予以证实。
被告对原告的上述证据无异议，但称具体收到的款项数额需与财务进行核实，但在本庭指定的期限内，被告并未将核实后的情况反馈本庭。同时，被告在2012泰山民初字第2693号案件中亦陈述，因刘某某未能找到，对于已付工程款无法落实清楚。
在原告提交的付款凭证及发票中，发票数额为5290976.5元，以满庄建安公司名义出具的发票数额为5098456.80元，以被告名义出具的发票数额为150080元，以张某某名义出具的发票数额为42439.70元，而原告提交的交付凭证数额为5292799.38元。经法庭询问，原告称付款过程一般是满庄建安公司（或被告）出具收据或者发票，然后原告再通过转账支票的方式支付，由满庄建安公司和被告指派的人来领取，之所以支付凭证与发票数额不一致，是因为其中2011年3月11日的7600元，是刘某某失联后，满庄建安公司另行组织人员进行施工，由施工人员直接从原告处领款，故被告未出具发票，另外，原告于2009年7月8日支付满庄建安公司294222.88元，但满庄建安公司出具的发票数额为300000元；另，张某某系满庄建安公司的工作人员，之前的很多款项都是张某某领取的，2011年1月21日支付的42439.7元也是被告满庄建安公司指派张某某领取的涉案工程的工程款。
五、关于被告是否应支付违约金及违约金的数额
原告称，在施工过程中，因满庄建安公司内部管理出现问题致使项目经理刘某某携带部分工程款及相关施工资料消失，致使涉案工程被迫停工，原告超付工程款，根据原告与满庄建筑公司于2008年10月24日签订的《泰山职业技术学院教职工公寓施工合同补充协议》规定，满庄建安公司未能保证拨付的工程款完全用于涉案工程，被告应按合同价款的5%（5777121.22元*5%=288856元）支付违约金。为此，原告提交双方签订的补充协议、满庄建安出具的承诺、监理公司出具的《证明》及监理日志等予以证实。
被告则称，现有证据无法证实满庄建安公司挪用工程款另做他用，对原告的该项诉讼请求不应予以支持。
本院认为，原告与满庄建安公司签订的《建设工程施工合同》、《泰山职业技术学院教职工公寓施工合同补充协议》、《泰山职业技术学院8#、10#楼教室公寓建设协议书》系双方真实意思表示，内容不违反法律、法规的强制性规定，为有效合同，合同双方均应按照合同约定全面履行自己的义务。满庄建安公司于2010年1月6日出具的承诺亦为其真实意思表示，且内容不违反法律、法规的强制性规定，满庄建安公司亦应按照该约定履行自己的义务。满庄建安公司经改制，变更为被告，原有债务由被告承继，故被告亦应按照上述协议及承诺履行自己的义务。根据满庄建安公司出具的承诺约定，由原告暂时垫支8#、10#楼公寓楼超出合同价部分的工程款，待工程决算审计后，由满庄建安公司偿还原告已支付的超出审计定案值部分的工程款。故，原告要求被告返还超付的工程款，于法有据，本院予以支持。
关于焦点一、关于原告起诉是否已过诉讼时效
根据满庄建安公司于2010年1月6日向原告出具的承诺载明，待工程决算审计定案后，满庄建安公司偿还原告已支付超出审计定案值部分的工程款，根据《建设工程施工合同》约定，待验收批复后决算，现双方均认可涉案工程于2011年验收，故原告于2012年10月30日起诉未过诉讼时效，后原告申请撤诉，撤诉裁定书于2015年6月8日向双方送达。根据法律规定，诉讼时效因原告起诉发生中断，诉讼时效期间重新起算，现原告于2017年1月24日再次起诉，亦未过诉讼时效。对被告本案已超诉讼时效的主张，于法无据，本院不予支持。
关于焦点二：关于工程总价款
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”本案中，涉案工程经过了招投标，双方当事人在中标合同中已经对工程价款的支付及调整方式作出了明确约定，双方均应严格按照合同履行。合同约定为固定总价承包方式，一次包死价为5777121.22元，后满庄建安公司在履行过程中作出承诺，在工程量等未变更的情况下变更价格为5603807.58元，属于对合同的实质性内容进行变更，该变更无效，仍应以中标的合同作为结算依据，即工程价款为5777121.22元，故对原告关于工程总价款为5603807.58元的主张，于法无据，本院不予支持。
关于焦点三：关于应扣减部分工程款
根据招标文件及《建设工程施工合同》约定，甩项材料应从工程总价款中予以扣除；合同还约定，由满庄建安公司负责除甩项材料之外的材料，后由于满庄建安公司的原因，改为原告采购部分材料，该部分材料款亦应从工程总价款中予以扣除。故，原告要求将甩项材料款及垫支材料款从工程总价款中予以扣除的主张，于法有据，本院予以支持。
关于上述甩项材料款及原告垫支材料款的数额如何确定，应根据双方签订的《建设工程施工合同》及补充协议等来确定。根据满庄建安公司于2010年1月6日出具的承诺书载明，被告承诺待工程决算审计定案后，由被告偿还原告超出审计定案值部分的工程款，故，上述应扣减部分的工程款应以审计方式确定数额。
关于是否应当通过法院委托鉴定机构审计定案的问题，亦应根据双方签订的《建设工程施工合同》、补充协议等来确定。根据《建设工程施工合同》约定，应在被告提交验收结算资料后进行审计定案，现涉案工程已于2011年验收，而被告因其负责该项目的项目经理刘某某携带相关资料失联导致部分工程资料无法提供时至今日仍未向原告提交验收结算资料，以致涉案工程一直未进行审计定案，显然该责任应由被告承担，况且本庭询问被告是否对甩项材料款及原告垫支材料款申请司法鉴定时，被告亦明确表示不对上述事项申请鉴定。即使被告申请进行鉴定，涉案工程也因满庄建安公司项目经理刘某某的原因导致部分工程资料无法提供，即因为被告的原因导致无法进行鉴定，故，上述甩项材料款及原告垫支材料款的数额无法通过本院委托第三方鉴定机构审计的方式予以确定。
在无法通过审计方式确定上述工程款数额的前提下，原告委托泰安岱宗工程造价咨询有限公司对甩项材料款及原告垫支材料款的数额进行核算，该公司亦出具《关于泰山职业技术学院教师公寓8#、10#楼甩项材料及材料超供的核查情况》，认定：甩项材料款及中标清单中施工单位采购改为原告供货的材料款共计1036023.42元。关于该核查情况能否作为定案依据，应根据其作出结论是否依据事实以及双方所签订的合同及协议来认定，即该结论是否依据《建设工程施工合同》、招标文件、图纸及被告实际施工情况等资料所作出。泰安岱宗工程造价咨询有限公司于2017年7月13日向本院出具说明，对甩项材料款及中标清单中施工单位采购改为原告供货的材料款的计算依据进行说明，其中关于甩项材料款的计算依据为招标文件、图纸、供货合同及满庄建安公司实际领用材料单，因招标文件对甩项材料单价作出了约定，作为合同附件的图纸对甩项材料的数量进行了约定，故图纸规定数额的甩项材料款依据上述单价及数量确定为652514.10元；超出图纸规定数量的甩项材料款依据满庄建安公司实际领用的数量及供货合同的价格的1.5倍计算，确定为354048.30元。其中关于中标清单中施工单位采购改为原告供货的材料款的计算依据为供货合同及满庄建安公司实际领用材料单，故该工程款依据满庄建安公司实际领用的数量及供货合同的价格确定为29461.02元。因该核查情况完全是依据《建设工程施工合同》、招标文件、图纸及被告实际施工情况等资料所作出，可以作为定案依据，故，该1036023.42元应从工程总价款中予以扣除，即原告应支付的工程款为4741097.8元（5777121.22元-1036023.42元=4741097.8元）。
关于焦点四、关于原告已向被告支付的工程款数额
根据原告陈述，付款过程一般是满庄建安公司（或被告）出具发票，然后原告再通过转账支票的方式支付，故原告付款金额应以原告提交的付款凭证，并结合满庄建安公司（或被告）出具的发票认定，原告提交的付款凭证载明5292799.38元，其中5242759.68元有满庄建安公司（或被告）出具的发票相互印证，可以认定为原告支付的工程款；其中2011年1月21日支付的42439.70元，虽然该由张某某领取，并以张某某名义出具发票，但是之前张某某曾多次代满庄建安公司领取支票，且该42439.7元的转账支票收款人记载为泰山区满庄建安公司，用途为付工程款，故该42439.7元亦应认定为原告支付的涉案工程的工程款；其中2011年3月11日的7600元，原告虽主张系涉案工程的工程款，但该款并未有相关的发票予以证实，且原告亦未提交其他证据证实与涉案工程有关，故，对该7600元系原告支付的工程款的主张，因证据不足，本院不予支持。故，原告已经支付的工程款数额为5285199.38元。至此，原告已付工程款超出应付工程款的数额为544101.58元（5285199.38元-4741097.8元=544101.58元）。因此，对于原告要求被告返还超付的工程款544101.58元，于法有据，本院予以支持。
关于焦点五、关于被告是否应支付违约金及违约金的数额
根据《泰山职业技术学院教职工公寓施工合同补充协议》约定，满庄建安公司应当确保原告预付的工程款完全用于本工程，若挪用，应按照合同价款的5%处罚。现原告并未提交有效证据证实满庄建安公司将工程款挪作他用，现原告要求被告按照合同价款的5%支付违约金，于法无据，本院不予支持。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条，《中华人民共和国民法通则》第一百四十条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条之规定，判决如下：
一、被告山东一山建工集团有限公司返还原告泰山职业技术学院工程款544101.58元；
二、驳回原告泰山职业技术学院的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条的规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费13925元，由原告负担6452元，由被告负担7473元。
如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人或者代表人的人数提出副本，上诉于山东省泰安市中级人民法院。
审 判 长 李 健
代理审判员 宋丽平
人民陪审员 冯正运
二〇一七年十一月二十七日
书 记 员 常伟伟