湖北省巴东县人民法院
民 事 判 决 书
（2016）鄂2823民初142号
原告巴东县大顺实业有限公司。住所地：巴东县信陵镇红石梁社区。注册号：4228230000003149。
法定代表人焦仕站，董事长。
委托代理人彭龙，湖北楚峡律师事务所律师。特别授权。
被告巴东县住房和城乡建设局。住所地：巴东县信陵镇楚天路**号。
法定代表人王昌龙，局长。
委托代理人郑洲，该局法规股股长。一般代理。
委托代理人姜海波，湖北必胜律师事务所律师。一般代理。
原告巴东县大顺实业有限公司诉被告巴东县住房和城乡建设局合同纠纷一案，本院2016年1月25日立案受理后，依法由审判员吴林适用简易程序公开开庭进行了审理，原告巴东县大顺实业有限公司法定代表人焦仕站、委托代理人彭龙，被告巴东县住房和城乡建设局委托代理人郑洲、姜海波到庭参加了诉讼。审理中，本院原将本案确立为“合资、合作开发房地产合同纠纷”不当，应为“合同纠纷”。本案现已审理终结。
原告巴东县大顺实业有限公司向本院提出诉讼请求：1、判令被告按《合作建房合同书》约定及时支付基础工程预付款900311.03元，并自2015年6月10日至上述项付清之日止按同期中国人民银行公布的贷款基准利息的四倍承担违约责任；2.判令被告按《合作建房合同书》约定及时支付基础工程进度款1200414.71元，并自2015年8月1日至上述款项付清之日止按同期中国人民银行公布的贷款基准利息的四倍承担违约责任。3.判令被告按《合作建房合同书》约定及时支付第一、二层停车场工程预付款987289.20元，并自2015年8月1日至上述款项付清之日止按同期中国人民银行公布的贷款基准利息的四倍承担违约责任。4.判令被告按《合作建房合同书》约定及时支付第一、二层停车场工程进度款1316385.60元，并自2015年9月1日至上述款项付清之日止按同期中国人民银行公布的贷款基准利息的四倍承担违约责任。上述预付款及进度款合计4404400.54元，扣除被告2016年1月29日已支付的2000000万元,尚欠2404400.54元，违约金按银行同期贷款利率的4倍计算。事实和理由：原、被告于2013年12月6日签订《合作建房合同书》，商定在信陵××路原规划的停车场地块合作建房，建房类型为停车场、农贸综合市场及配套办公用房。合同还约定其他权利和义务及被告支付合作项目工程价款等事项。合同签订后，原告严格按合同履行，积极筹资建设该合作项目，该工程基础及主体已完工。为保证该项目顺利实施，原告无数次要求被告按合同约定支付相应合作项目工程预付款及进度款4404400.539元，但被告一直不按合同履行，直到原告向法院起诉、被告才于2016年1月29日给原告支付了200万元，因原告长期拖欠原告预付款及进度款，导致民工工资及材料款不能及时兑现，不仅影响工程后期进度，也会造成社会不稳定因素，现依法提起诉讼，恳请人民法院判决支持原告诉讼请求。
原告巴东县大顺实业有限公司为支持其诉讼请求，向本院提交了如下证据：
《合作建房合同》，《工程量清单及限价》，《建设工程施工合同》，《建筑工程施工许可证》，开工令，基础分部工程质量验收记录，主体分部工程质量验收记录，地基与基础工程验收会议纪要，一、二层规划图纸，建筑红线勘误的审查意见、图纸审查函、建筑红线勘误公示等。
用以证实，1、原告严格按合同履行，积极筹款组织施工单位如期施工；2、原告未按图纸施工及进行规划设计调整均系被告同意；3、基础工程合同价款、停车场包干价,基础工程、一、二层停车场及主体开工、完工时间；4、被告未按合同支付预付款及进度款已违约，至今尚欠原告工程款240余万元。
经质证：被告对以上证据真实性无异议，但认为原告在施工中未按规划图纸施工，变更设计规划属根本违约，被告有理由不支付工程款，被告已经给原告支付工程款340万元。
被告巴东县住房和城乡建设局辩称：1、双方签订的合作建房合同属实，但当时的合同约定停车场为二层，后来规划文件中规划为三层，因对增加的建筑物分配约定不明，双方一直有争议未能达成一致意见。2、原告在合同签订后，未按规划文件及图纸施工，导致建筑物现状与设计文件不一致，建筑物现状为正负零以上八层，正负零以下地下室。3、鉴于原告的违章行为，监理单位随城管部门多次下达整改通知，但原告一直拒绝整改。4.因原告拒绝整改，被告无法变更规划文件及图纸，现该建筑物一直处于非法状态。5、原告在完成整改规划文件及图纸变更前双方均无法实现合同约定。6、2016年7月11日，根据原告对工程的整改，巴东县规划局下发关于巴东县巴山路停车场及综合农贸市场项目工程规划调整的复函，争议标的已完成规划调整。7、原告向法庭陈述不属实，2014年11月27日，原告在被告处借支工程款50万元，2015年6月29日，原告在被告处借支工程款90万元，加上诉讼中支付的200万元，原告已支付工程款340万元；8、被告未支付工程款的理由是原告超越规划设计，违章建设，导致被告无法实现合同目的，公共基础设施无法使用；9、双方签订的合作建房合同书第八条第三、四、五项有明确约定，原告在施工过程中盲目指挥，强令违章作业，造成的损失应由原告自己承担，同时，合同的第五条第二项约定在建设过程中擅自更改设计图纸和违规建设所造成的损失全部由原告承担，也是被告对违约金的抗辩理由，因此原告无权主张违约金。综上，原、被告发生争议，系原告违章建筑造成被告不能实现合同目的，并在当地造成严重影响，被告被迫废改设计；双方对新增面积无法就合同原则达成分配意见，因此，鉴于双方的实际情况，建议双方各自放弃对对方违约责任的追究，按照合同原则处理本案相关争议。
被告巴东县住房和城乡建设局为支持其辩解意见，向本院提交了如下证据：
《建设用地规划许可证》，《建设工程规划许可证》，《国有建设划拨用地决定书》，《建设工作委托监理合同》，新型城镇化专题会议纪要，监理单位的违章违建的情况说明，监理工程师联系单及通知单，巴山路停车场擅自复工的情况报告，关于巴山路停车场及农贸市场建设问题整改备忘录，2016年3月设计图纸，关于补办巴山路停车场及综合农贸市场项目工程规划调整手续的函，巴东县城乡规划管理局关于规划调整的复函，原告借支单3份等。
用以证明，1、原、被告合作项目手续完备；2、被告未按合同支付工程款，系被告在施工中变更设计规划，属根本违约；3、设计方案、规划调整后占地红线面积由1492.47平方米变更为1653.87平方米，建筑面积由9770.69平方米变更为11645.68平方米，新增地下室面积684.46平方米；4、被告已经给原告支付工程款340万元。
经质证，原告对以上证据的真实性均无异议，但提出，施工中变更图纸，被告知情并认可，且被告主张先施工、后办手续，都是被告在操作，责任在被告；在被告支付的340万元中，有140万元系边坡支护款，并非主体工程款。
本院认为，对原、被告双方提交的证据，双方对其真实性无异议，本院视其对证明案件事实所起的作用及证明力大小，予以分析认定。根据原、被告陈述及提交的证据，本院确认以下基本案件事实：
2013年11月1日，巴东县新型城镇化建设工作领导小组专题会议决定，由巴东县住房和城乡建局和巴东县大顺商贸有限公司合作建设巴山路停车场。
2013年12月10日，巴东县住房和城乡建设局就巴出路停车场申请立项。
2013年12月6日，巴东县住房和城乡建设局（甲方）与巴东县大顺商贸有限公司（乙方）签订《合作建房合同书》（2014年8月28日，巴东县大顺商贸有限公司变更为巴东县大顺实业有限公司），合同明确了下列事项：
项目概况：合作建房项目层高为六层，其中第一、二层为停车场，三、四、五层为综合农贸市场，六层为配套办公用房。
合作建房的权属划分：合作建房项目的第一、二层停车场的所有权归属甲方，系国有；第三、四、五、六层的房屋所有权归属乙方。合作建房用地规划内的土地面积甲乙双方各享有50%的土地使用权，乙方按合作建房用地规划内土地面积50%依程序认缴公益设施用地土地出让金及相关税费。
合作建房项目建工手续的办理及费用承担：项目立项、规划许可、用地批准手续、施工许可手续由甲方负责办理，乙方参与办理，费用由双方各承担50%。
合作建房项目的建设管理：双方约定由乙方聘用专业人员代表合作建房双方对项目建设实施现现场管理，甲方对乙方以及施工方的施工现场管理享有监督、检查权，乙方以及施工方的施工现场管理应无条件的接受甲方的监督、检查。乙方在项目建设现场管理中若擅自更改设计图纸或违规建设所造成的损失全部由乙方一方承担。
合作建房项目基础工程价款、停车场单位面积价款的约定及结算支付：合作建房项目的基础建设工程的造价甲乙双方各承担50%，甲方应承担的部分按以下约定支付给乙方：第一、预付款支付：合作建房项目基础工程施工正式开工后十个工作日内，甲方按基础工程施工合同价款的甲方应承担部分乘以30%计算所得款额给乙方支付基础工程预付款。第二、进度款的支付：合作建房项目的基础工程完工验收合格后三个工作日内，甲方按基础工程施工合同价款的甲方应承担部分乘以40%计算所得款额给乙方支付基础工程进度款。第三、余款支付：合作建房项目基础工程的总造价以政府审计机构审定的该基础工程造价为准，双方按政府审计机构审定的该基础工程造价结论各承担50%，基础工程造价送政府审计机构审定后，甲方按5%预留其质保金，余款在十个工作日内支付给乙方。第一、二层停车场的房屋所有权归属甲方，甲方按每平方米建筑面积1200元的包干价，给乙方支付建设工程款……。甲方应承担的第一、二层停车场建设工程款，由甲方按以下约定支付给乙方。第一、预付款的支付：合作建房项目主体工程施工正式开工后三个工作日内，甲方按停车场一、二层图纸设计面积乘以单位面积包干价1200元的30%给乙方支付预付款。第二、进度款的支付：合作建房项目归属甲方的停车场一、二层每层主体完工后三个工作日内，甲方均按已完工主体建设的楼层图纸设计面积乘以单位面积包干价1200元的40%给乙方支付工程进度款。第三、余款支付：合作建房项目工程竣工验收合格，工程造价送政府审计机构审定后，甲方按5%预留其质保金，余款在十个工作日内支付给乙方。
合作建房项目建设工程款的结算和支付：乙方代表合作房的建设方承担与中标施工企业、基础工程施工企业办理建设工程款的预付、工程结算、最终付清全部工程款；甲方按与乙方签订的《合作建房合同》约定，将应承担的基础建设工程价款、包干价的应付工程价款支付给乙方……。
违约责任：甲方未按期给乙方支付约定的工程款，其当期下欠工程款逾期支付期间，按同期人民银行公布的贷款基准利息的四倍承担违约金。乙方代表建设方在施工现场管理中若违反规定肓目指挥或强令违章作业造成损害赔偿、行政性罚款，应由建设方承担的经济损失，均由乙方一方承担……。
2014年4月2日，中共巴东县委关于新型城镇化专题调研会议决定：原则同意由县住建局和大顺商贸有限公司合作建设集停车场和集贸市场于一体的巴山路停车场大楼，合作双方各享有50%的土地使用权，停车场产权归县政府所有，其他产权归大顺商贸有限公司所有，项目建成后，停车场由县政府按照1200元平方米的包干价回购，资金由县住建局筹集。
2013年12月10日--
2015年1月，巴东县住房和城乡建设局相继完成项目立项、《建设用地规划许可证》，《国有建设用地划拨决定书》，《建设用地批准书》，《建设工程规划许可证》，图纸审查等工作。
为保证该工程开挖边坡稳定，2014年4月9日，巴东县住房和城乡建设局委托恩施自治州鄂西南地质工程有限公司进行了“边坡支护”设计，同时，为解决县内“三难”问题以及作为抢险治理工程，主管部门主张提前施工，后办手续，监理公司提前进场开展监理工作。2014年8月25日，“边坡支护工程”开工，由巴东县兴东建设总公司负责承建。2014年9月10日，巴东县住房和城乡建设局与上海华谊建设工程监理有限公司签订《建设工程委托监理合同》，由上海华谊建设工程监理有限公司负责现场监理。同时，施工单位在进行抢险防护治理施工过程中，考虑到施工安全和工程造价等因素，也为了便于以后房屋施工，在抢险防护治理施工的同时进行了山坡切土、房屋桩基础、房屋地圈梁、消防水池、房屋一层和二屋主体（框架）等工作内容的施工。
2015年3月28日，基础分部工程完工并通过验收，同时，主管部门同意进行下道工序施工。2015年5月，一层停车场工程完工，6月二层停车场工程完工。
2015年5月，巴山路停车场主体工程完成招投标工作，工程由巴东县兴东建设总公司承建。2015年5月11日，巴东县大顺实业有限公司、巴东县住房和城乡建设局与巴东县兴东建设总公司签订《施工合同》，签约合同价为：基础600万元、主体900万元，合计1500万元。2015年5月29日、5月31日，巴东县兴东建设总公司相继取得了《建筑工程施工许可证》和开工令。
自前期治理及基础工程起，监理单位即发现施工单位自±0层施工到后来的主体施工多处存在未按图纸施工的情况，使得工程存在有超出规划红线的问题，遂几次下达停工通知和监理工程师通知单，并将情况数次向业主巴东县住房和城乡建设局进行了上报，但由于巴东县住房和城乡建设局此期间人事更换频繁，监理单位送交的多份通知单无人签收，但其情况相关人员都已知晓。
此期间，原告巴东县大顺实业公司、被告巴东县住房和城乡建设局分别于2015年8月，2016年3月两次委托设计部门更改设计图纸。2015年11月5日，巴东县城乡规划管理局作出“关于巴山路停车场建筑红线勘误的审查意见”同意将巴山路停车场建筑红线占地面积更正为1653.87平方米，新增地下室面积684.46平方米，总建筑面积为11645.68平方米，待公示完成后完善相关手续，并于2015年11月5日发函恩施自治州建设工程设计审查事务所，要求对2015年8月变更后的计设图进行图纸审查，直至2016年8月恩施州图审所方才盖章通过。
根据监理部门反映的违章施工情况，2016年1月28日，巴东县住房和城乡建设局、巴东县城乡规划局、巴东县城管局、监理及设计部门召开整改会议，形成初步整改意见。2016年3月9日，由巴东县住房和城乡建设局、巴东县城乡规划局、巴东县城管局、巴东县大顺实业公司、设计单位、监理单位通过对现场查勘，形成处理方案。此后，巴东县大顺实业有限公司组织施工单位按处理方案进行了局部整改。
2016年6月30日，巴山路停车场及综合农贸市场项目工程主体完工并通过了验收。
2016年7月8日，巴东县住房和城乡建设局向巴东县城乡规划管理局又一次发出“关于补办巴山路停车场及综合农贸市场项目工程规划调整手续的函”，要求将原规划建筑占地红线面积为1492.47平方米，总建筑面积9770.69平方米进行调整，调整后总建筑面积增加为11645.68平方米，其中，新增地下室面积为684.46平方米，停车场（一至三层）544.7平方米，管理用房（七层）161.14平方米，综合农贸市场（四至六层）481.14平方米，申请补办工程规划许可调整手续。2016年7月11日，巴东县城乡规划管理局再次复函，同意上述规划调整（内容与2015年11月5日审查意见完全相同）。
日前，巴山路停车场及综合农贸市场项目工程尚未完工，正在进行后期建设。
本院认为，巴山路停车场及综合农贸市场项目工程，系政府主导，原、被告共同出资、共同受益的合建项目。原、被告在平等自愿基础上签订的《合作建房合同》，系双方当事人真实意思表示，内容没有违反法律禁止性规定，属有效合同。原、被告作为平等的民事主体，双方应按合同约定全面履行各自义务。原告在项目建设管理中的违法、违章行为，对外应接受建设行政主管部门监管、执法，对内则不影响原、被告间所签合同的效力，且被告作为与原告合作的方，既是建设业主单位，也是建筑行业主管部门，对原告施工管理中的违章，在监理单位多次上报情况后，自初始起，被告自身亦存在监督、检查不到位，执法不力等问题，故对其违章被告亦负有责任；再者，从合作项目的基础到主体工程顺利完工并验收以及被告两次发函要求进行规划调整和图纸审查等事实即可证明，被告当初对原告在实际履行中的合同变更及作法已默示同意，且原告的合同变更及违章在其整改及后，并没导致被告利益受损，也不影响被告合同目的最终实现，相反，被告利益则更大化。因此，原告的违章行为不能成为被告不履行合同的正当理由，被告未履行合同，应承担相应的违约责任。审理中，被告以合同中约定的“乙方在项目建设现场管理中若擅自更改设计图纸或违规建设造成的损失全部由乙方一方承担”作为抗辩理由，本院认为，该“条款”既不能免除被告按合同应支付的工程款义务，且从“条款”本意理解，“条款”所指损失也与双方约定的一方违约给对方造成的损失无关。关于被告已支付的340万元款项，本院认为，原、被告在合作项目开工前，先期确实进行了边坡支护工程治理，该项目不在原、被告合同约定的范围之内，且原告2014年11月27日、2015年6月29日给被告出具的两份借支单据上亦有“边坡支护款”等字样，金额分别为50万元和90万元，因此，该两笔款不应抵作合同工程款，被告实际给原告支付的工程款应认定为200万元。关于预付款、进度款及违约金的计算，本院认为，原告起诉所主张的基础工程及一、二层停车场预付款和进度款数额，经本院核算，没有超出合同约定的基础工程合同价和停车场的包干价、图纸面积及计算比例，其违约金的起算时间亦没有超出合同约定的“基础工程及一、二层停车场开工后十个工作日、完工后三个工作日”这一起算时间，因此，原告关于预付款、进度款及违约金的计算符合合同标准，本院予以支持。同时，在计算违约金时，对被告诉讼中已支付的工程款和现尚欠的工程款，应分段计算。
综上，根据《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百零九条、第一百一十四条的规定，判决如下：
一、被告巴东县住房和城乡建设局支付原告巴东县大顺实业有限公司基础工程及一、二层停车场预付款和进度款共计2404400.54元。
二、被告巴东县住房和城乡建设局承担原告巴东县大顺实业有限公司因逾期支付基础工程及一、二层停车场工程款违约金，其违约金给付数额分段计算：1、以900311.03元为基数自2015年6月10日起至2016年1月29日止，按中国人民银行同期贷款基准利息的四倍计算给付违约金。2、以2187703.91元为基数自2015年8月1日起至2016年1月29日止，按中国人民银行同期贷款基准利息的四倍计算给付违约金。3、以1316385.60元为基数自2015年9月1日起至2016年1月29日止，按中国人民银行同期贷款基准利息的四倍计算给付违约金。4、以2404400.54元为基数自2016年1月30日起至付清之日止，按中国人民银行同期贷款基准利息的四倍计算给付违约金。
以上一、二项限被告在判决生效后10日内履行。如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费42036元，减半收取21018元，由被告巴东县住房和城乡建设局承担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于湖北省恩施土家族苗族自治州中级人民法院。上诉人应在提交上诉状时，根据不服本判决的上诉请求数额及《诉讼费用交纳办法》第13条第（一）款的规定，预交上诉案件受理费，款汇至收款人：湖北省恩施土家族苗族自治州中级人民法，开户银行：中国农业银行恩施开发区支行，账号：17×××04（特别提示：用途栏务必注明系某某上诉案诉讼费，并将汇款凭证及联系电话提交本院或邮寄至恩施州中级人民法院立案一庭）。上诉人在上诉期届满后七日内仍未预交上诉费用的，按自动撤回上诉处理。
本判决发生法律效力后，当事人可在本判决确定之义务的履行期限届满之日起二年内向本院申请强制执行。
审判员 吴 林
二〇一六年九月二十六日
书记员 黄海燕
附：本案相关的法律条文
《中华人民共和国合同法》
第六十条当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
当事人应当遵循诚实信用原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。
第一百零七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
第一百零九条当事人一方未支付价款或者报酬的，对方可以要求其支付价款或者报酬
第一百一十四条当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。