河南省舞阳县人民法院
民 事 判 决 书
（2016）豫1121民初791号
原告（反诉被告）中州万基城市建设有限公司。住所地：许昌市许继大道原商校院内*楼。
法定代表人杨俊峰，总经理。
委托代理人董帆，河南汉风律师事务所律师。
委托代理人马ＸＸ，河南德耀律师事务所律师。
被告（反诉原告）信阳市立城置业有限公司。住所地：河南省光山县城九龙东路盛世九龙花园。
法定代表人张洋，董事长。
委托代理人宋燕京，河南长风律师事务所律师。
委托代理人樊幸钦，河南长风律师事务所律师。
原告中州万基城市建设有限公司诉被告信阳市立城置业有限公司，被告信阳市立城置业有限公司反诉原告中州万基城市建设有限公司建设工程施工合同纠纷一案，本院于2016年5月9日受理后，依法组成合议庭，于2016年9月26日公开开庭进行了审理。原告中州万基城市建设有限公司的委托代理人马ＸＸ、董帆，被告信阳市立城置业有限公司的法定代表人张洋及其委托代理人宋燕京、樊幸钦到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告诉称：2012年10月11日，原告与被告签订舞阳国际城项目建设工程施工合同一份，原告承建被告发包的工程，合同造价5241万元。
合同签订后原告按照合同履行自己的义务，工程建设已至达到竣工验收合格条件，按照合同第2条约定应拨付工程款4500万元，实际拨付3276.3万元，又因为施工过程中图纸变更增加400万元工程量，故被告共欠原告工程款1623.7万元。
原告前期支付的履约保证金150万元，有100万元至今未退。根据合同专�条款第30条的约定，未按时支付工程款的违约金为487110元。诉讼请求判决被告支付剩余工程款1623.7万元，归还保证金100万元，支付违约金48.71万元。
被告辩称：《施工合同》第六条2.4款约定：工程竣工验收合格后20日内，甲方向乙方累计拨付工程款应达到决算额的96%……。原告承包的工程没有干完，目前仍没有竣工验收，决算也没有做，也不可能做出来，根本达不到支付96%工程款的条件。所以原告要求答辩人支付剩余工程款1632.7万元不能成立。该请求不应支持。
“施工合同”第一部分“协议书”六、3.3工程达到竣工验收条件后三日内无息退还保证金100万元给乙方。
“施工合同”第三部分“专用合同条款”，第30.2（1）承包人不能按照合同约定的竣工日期或发包人同意顺延的工期竣工，每延期一天按每天2000元扣罚履约保证金；延�超过30天后发包人有权无条件中止合同并没收全部履约保证金。因承包人原因延误工期的，延误工期造成的监理费，由发包人从承包人的工期保证金中扣除支付给监理单位。
原告施工的工程，至今未达到竣工验收条件，工程延期远远超过30天，答辩人有权没收全部履约保证金，原告要求归还100万元保证金，请求法院不予支持。
原告请求答辩人支付违约金48.71万元，支付增加工程价款400万元没有事实根据，不符合施工合同和补充协议的约定，该两项诉讼请求不能成立。
反诉原告诉称：双方签订的舞阳国际城项目工程施工合同约定：合同总价52410000元。根据施工进度，反诉原告应付工程款33500000元，现反诉原告已付工程款36269000元，多支付工程款2769000元，反诉被告应当返还。
双方签订的舞阳国际城项目工程施工合同第三部分专用�同条款30.2（8）约定：因承包人原因导致合同无法履行，发包人将对承包人处以合同价款10%的违约金……。本案合同的总价款为52410000元，因反诉被告的原因，导致合同无法履行，反诉被告应当按照合同价款的10%，向反诉原告支付违约金5241000元。
反诉原告已付反诉被告工程款35206000元，反诉被告仅给反诉原告开具28500000元的发票，剩余6706000元未开具发票，税率按照5.33%计算，反诉被告应当支付反诉原告所欠税费357429.8元。
反诉被告工作人员还款违约，引起诉讼，导致第三方保全反诉原告1220000元的资金9个月，造成反诉原告按照月息0.02的利息，共计219600元，反诉被告应当予以赔偿。
因反诉被告违约，导致原告向银行的30000000元贷款，无法按时偿还，每月支付利息286440元，违约24.6个月，给反诉原告造成利息损失共计7046424元，反诉被告应当按50%即3523212元赔偿。
反诉被告还应赔偿反诉原告各项损失12272084元的50%即6136042元。包括：1、反诉原告延期交房损失2114712元。2、反诉原告拆迁赔偿损失426072元。3、反诉原告商场租赁损失3370000元。4、反诉原告水电费用319800元。5、反诉原告管理人员工资2091000元。6、反诉原告向郭技斌、王良洪借款的利息损失3206500元。7、反诉原告律师代理费损失744000元。8、反诉原告因工程质量及现场施工规范管理的处罚779800元。反诉请求合计金额为19026083.8元。
诉讼中反诉原告变更反诉请求为返还多支付工程款2163000元，支付违约金4900335元，支付税费266500元，赔偿因工程质量罚款711000元，赔偿拆迁损失230100元，共计8270935元。庭审中将支付税费266500元的反诉请求变更为开具税票500万元。
反诉被告辩称：根据工程形象进度节点款的支付和双�的付款情况，反诉原告主张多支付工程款不是事实。本案不存在因反诉被告原因造成合同无法履行的事实，反诉原告主张违约金不能成立。反诉被告是纳税主体，即使存在反诉被告应向反诉原告出具税票而未出具的情况，也不应向反诉原告支付税费。关于工程质量罚款首先不存在这项法律事实，无事实根据和法律依据。原、被告双方属平等民事主体之间的法律关系，不存在行政管理关系，反诉原告无权对反诉被告进行处罚，因此反诉被告也不负赔偿反诉原告主张的工程质量罚款。关于拆迁损失，费用是否产生不清楚，延期交房是否与反诉被告有关也不清楚，延期交房多种原因，此请求也无事实根据和法律依据，反诉请求均应依法驳回。
经审理查明：2012年10月11日，原、被告经协商一致签订舞阳国际城项目工程施工合同，合同主要内容为：第一部分协议书�发包方（甲方）信阳市立城置业有限公司，承包方（乙方）许昌市万基城市建设有限公司。工程内容舞阳国际城施工图纸所包含内容，工程总承包价5241万元，最终结算总价优惠6.5%。工程款支付：2.2主体结构验收合格二次结构施工到10层以上三日内拨付工程款500万元，二次结构完成三日内拨付工程款250万元，内外装修工程完成三日内拨付工程款500万元。第三部分专用合同条款，六、合同价款与支付。26.1工程开工后根据实际工程进度和施工进度计划分期付款。26.1.①达到每个拨款节点时，由承包人及时向发包人上报实际完成形象进度，并由监理、发包人审核确认后拨付；26.2当发包人因故不能及时拨付工程进度款时，承包人应保证不超过20天连续施工不停工。30.2承包人的违约责任：①承包人不能按照合同约定的竣工日期或发包人同意顺延的工期竣工，每延期一天按�天2000元扣罚履约保证金。②承包人保证节点工期按时完成，每个节点工期不能按时完成的，每个节点一次性罚款5万元。③在施工过程中若因承包人原因造成质量问题，发包人有权对承包人每次进行110万元的经济处罚。⑧因承包人原因导致合同无法履行，发包人将对承包人处以合同价款10%的违约金。32.1.3凡在承包范围外发包人直接发包的工程或在工程承包范围内经双方协商同意发包人直接发包的工程，现场管理、质量控制、工期控制等方面由监理单位、承包人根据发包人与分包商签订的合同共同管理，共同验收。
舞阳国际城项目工程施工合同签订后，原告中州万基城市建设有限公司作为承包人进行工程施工建设，被告信阳市立城置业有限公司作为发包人根据实际工程进度向原告支付节点款。庭审中原告提出被告期间有付款迟延的行为，但认同至主体工程封顶，被告已将合同2.1约定的工程进度节点款2850万元支付完毕。
主体结构工程完成后，原告中州万基城市建设有限公司于2014年6月13日对施工项目负责人进行了更换，新项目负责人按其与原告签订的内部承包合同负责对主体结构工程之外的工程即施工合同2.2中约定的二次结构进行工程建设。被告信阳市立城置业有限公司依据新项目负责人的施工建设进度依照施工合同2.2中“主体结构验收合格二次结构施工到10层以上三日内拨付工程款500万元“的约定向原告支付了二次结构形象进度的节点工程款500万元。原、被告双方对此均无异议。
由于原施工项目负责人完成的主体结构工程和新项目负责人完成的二次结构工程均比原施工合同约定的工期滞后，针对工期延误问题，2014年10月8日舞阳县城市建设管理部门主持召开了由原、被告双方当事人参加的工�施工进度协调会并形成会议纪要。2014年10月10日原、被告依据会议纪要的内容签订了补充协议。其主要内容：一、舞阳国际城项目工程施工合同中约定的工期因各种原因导致延误，将原合同工期调整至2015年2月1日具备竣工验收条件。其中商业所有土建部分在2014年11月5日前完成交付；1#住宅楼西，北立面真石漆2014年11月15日前完成……，本协议签订后甲方支付50万元给乙方。另向乙方借50万元，剩余节点工程款2014年10月31日前支付（乙方须完善工程款拨付手续后，甲方予以拨款）。二、原项目负责人负责期间遗留的工程质量问题，乙方按照设计及规范要求进行整改，并保证在2014年11月10日前整改合格。甲方不再追究乙方在施工中因工程质量问题所造成的损失。三、万基公司前任项目负责人用于工程施工借款100万元，由信阳市立城置业担保，原项目负责人向信阳市立城置�承诺到期不还可以从工程款中扣除。万基公司同意承担本金并在工程达到工程竣工结算后从工程款中扣除。四、付款办法按原合同进度，任何一方违约均按原合同承担违约责任。如乙方在2015年2月1日前完不成此协议约定内容（具备竣工验收条件）时，按原合同追究违约责任。
2014年10月10日补充协议签订后，原告按照补充协议约定进行工程建设，被告信阳市立城置业有限公司依照协议第一条约定于2014年10月16日、2014年10月23日、2014年10月27日分别向原告中州万基城市建设有限公司支付20万元、30万元、50万元，共计100万元补充协议约定的节点工程款。双方对此无异议。但在约定的2014年10月31日前支付剩余节点工程款问题上产生分歧。原告认为1#楼、2#楼二次结构已完成，依照补充协议约定应在2014年10月30日前付清二次结构节点款。依照施工合同第六条2.2款“二次结构完成三日内拨付工程款250万元”的约定也应付清二次结构节点款。被告认为原告没有完成二次结构的工程建设，不具备支付完成二次结构节点工程款的条件不予付款。双方各持己见。为此原告于2014年11月3日向被告送达了停工报告，要求付清全部节点款后再议复工事宜。被告于2014年11月5日向原告发出工作联系函。原告2014年11月10日复函称商业区部分问题已在积极整改完善中，工程中一些琐碎问题不影响主合同施工进程，原告会积极配合被告对工程遗留问题进行整改。鉴于原告继续施工资金压力过大不得已下发停工通知，希望被告及时拨付剩余节点工程款。
工程停工后，原、被告于2014年12月1日对舞阳国际城商住楼工程量完成情况及存在问题进行了汇总，双方参加人员及监理公司人员均在汇总清单上签字确认汇总情况。汇总情况分1#楼、2#楼综合问题和各楼�问题，商业部分二次结构和地下室问题。其中1#楼综合问题中二次结构施工中存在问题7处，各楼层问题中二次结构存在问题18处。2#楼综合问题中二次结构施工中存在问题10处，各楼层问题中二次结构存在问题41处。商业部分二次结构存在问题17处，其它问题5处。地下室部分存在问题4处。
原、被告双方在2014年12月1日对舞阳国际城商住楼工程量完成情况及存在问题确认的基础上，依据并结合2014年10月10日补充协议中约定的二次结构未完工程的实际履行情况和工程进度节点款的支付及其相关权利义务关系经协商一致有针对性的又于2015年1月13日再次签订了补充协议，该补充协议的主要内容是：一、甲、乙双方会同监理单位对乙方已完成工程量进行确认（详见工程量完成情况及存在问题汇总表）。二、针对乙方已完成工程中存在质量问题和二次结构未完成的部分，由乙方负责施工和整改完成（整改时间不得超过2015年2月10日），整改完成3日内经监理，甲方、建设局监督验收合格通过，乙方须向甲方开具两笔节点款750万元的发票（政策因素造成不能完税，甲方不作为延迟拨款依据），同时向甲方出具保证书，保证此工程款全部用于解决农工工资。甲方支付剩余二次结构完成节点款100万元（此节点款共250万元，其中100万元已于2015年1月5日支付给原项目经理，剩余50万元在人防主体验收合格后支付）。三、乙方接受甲方另安排其他班组完成乙方未完成的剩余工程，乙方仍为该项目总承包单位，第三方施工工程款由甲方直接拨付给第三方施工班组，待工程竣工验收后，该工程款从甲乙双方决算后工程总造价乙方应得工程款中扣除。四、甲方指定的第三方施工班组负责后续施工过程中的工期，质量和安全责任，与乙方无关，由甲方和第三方施工班组承担，后期工程的农民工工资及材料款由甲方负责。八、甲乙双方违约责任及工程款结算、支付，其它未尽事宜均按照甲乙双方原签订的总承包合同执行。
庭审中原告未提供证据证明按2014年10月10日补充协议约定在2014年10月31日前向被告交付已完善的工程款拨付手续，也未提供证据证明在2015年2月10日前完成了2015年1月13日补充协议约定的整改内容，被告也未提供证据证明按该协议约定支付了剩余二次结构完成节点款100万元。被告提供2015年2月12日由监理单位参与核实的舞阳国际城商住楼工程整改完成情况说明，欲证明在两次补充协议签订后原告对商业、1#楼、2#楼主体施工中遗留问题及1#楼二次结构施工中遗留问题未进行整改，2#楼二次结构施工未墙体砌筑大部分完成，其他遗留问题未整改。原告认为该完成情况未经原告确认，否认其真实性。
2015年1月13日补充协议签订后，被告依据该协议第三条约定将舞阳国际城工程一期剩余工程另行安排给了光山县宏源建筑工程有限公司，双方于2015年2月28日签订了“舞阳国际城工程一期剩余工程施工承包合同”。合同对工程概况、承包范围及内容、承包方式、工期、价款等进行了约定，合同总价款约16998425元。庭审中原告陈述对被告将后期工程转给哪个单位施工不清楚，没有听说过光山县宏源建筑工程有限公司，也不知道光山县宏源建筑工程有限公司何时进入工地开始进行工程建设，何时完成工程建设。原告和光山县宏源建筑工程有限公司也无权利义务关系。
经庭审质证原、被告双方对2012年10月11日签订的舞阳国际城项目工程施工合同，2014年10月8日会议纪要，2014年10月10日补充协议，2014年12月1日舞阳国际城商住楼工程量完成情况及存在问题汇总，2015年1月13日补充协议，2015年2月28日被告与光山县宏源建筑工程有限公司签订的舞阳国际城工程一期剩余工程施工承包合同的真实性均无异议。
被告依据上述证据反诉主张原告支付违约金490.0335万元，开具税票500万元。依据上述证据结合庭审时提交的万基付款明细，2014年1月24日因舞阳国际城项目中州万基城市建设有限公司欠劳务农民工工资未付清情况“说明”和中国银行结算业务申请书（信阳立城置业垫预付工程款50万元），2014年5月28日关于解决中州万基城市建设有限公司拖欠农民工工资的协议书和原项目负责人胡喜彬出具的收到条及2014年5月29日河南省农村信用社进账单（信阳立城置业垫付农民工工资100万元）。2012年12月25日中国农业银行转原项目负责人胡喜彬工程款10万元的转账支票存根；2012年12月27日中国银行转原项目负责人胡喜彬施工保证金10万元的转�支付存根，2013年元月9日中国农业银行转原项目负责人胡喜彬工程款20万元的转账支票存根反诉主张向原告多支付工程款216.3万元并请求返还。结合庭审时提交的万基施工过程中各项罚款明细和罚款通知单22张，工程款支付申请表2张，工程款支付凭证2张，项目监理机构审查记录2张，舞阳国际城工程减少罚款和暂不罚款名目表1张反诉主张原告应向被告支付因工程质量及现场施工规范管理的处罚款71.1万元。结合庭审时提交的2012年7月22日舞阳新瑞城市建设投资有限公司与信阳市立城置业有限公司签订的两份“舞阳县新影院置换房建设协议”和信阳市立城置业有限公司于2013年10月11日、2014年3月31日、2016年6月27日分别向舞阳新瑞城市建设投资有限公司支付的5.31万元、10.62万元、38.708万元拆迁过渡安置费收据及新瑞城市建设投资有限公司向30户拆迁户平均每月支付8850元过渡�置费领取表。依据2012年10月11日签订的施工合同约定的竣工日期为2014年4月15日，因原告延期交房自2014年4月23日起算至2016年6月23日暂为26个月，反诉主张原告赔偿拆迁过渡安置费损失26×8850元=230100元。
庭审中被告主张自2012年12月25日至2015年3月26日分40笔向原告支付工程款共计3566.3万元。并自制万基付款明细总表予以证明。原告当庭审核付款明细总表后对其中32笔工程款合计3276.3万元汇入原告公司账户不持异议。对被告于2014年1月24日通过中国银行转入舞阳县住建局马勇账户50万元。2014年5月29日通过舞阳信用社转入舞阳县劳动局焦耀程账户100万元均系被告代原告垫付农民工工资的事实和2014年5月30日通过中国银行转给张洛勒10万元，2015年元月5日通过中国银行转给胡喜彬90万元系被告按照2014年10月10日补充协议第三条约定代原告偿还借款的事实亦无异议。认为该4笔款未打入原告公司账户故未在原告提供的应收账表明细账中列明。对被告于2012年12月25日、2012年12月27日、2013年元月9日通过舞阳农行分别向原项目负责人胡喜彬转账10万元、10万元、20万元持不同意见，认为被告向胡喜彬转款未经原告公司追认，也不能证明该40万元用于建设工程，原告公司和胡喜彬之间因该建设工程尚在诉讼中，有待诉讼后求证。
另查明：许昌市万基城市建设有限公司于2014年4月2日变更登记为中州万基城市建设有限公司。庭审后原告于2016年11月24日向本院申请撤回起诉，本院予以准许。
本院认为，原、被告双方于2012年10月11日签订的舞阳国际城项目工程施工合同，2014年10月10日签订的舞阳国际城项目工程补充协议，2015年1月13日签订的舞阳国际城项目工程补充协议均属双方当事人真实意思的表示且不违背法律规定，均属有效。2014年10月10日的补充协议是对2012年10月11日施工合同约定内容的补充和变更。2015年元月13日的补充协议是对2012年10月11日施工合同和2014年10月10日补充协议约定内容的变更。该施工合同及2份补充协议是原、被告双方享受权利、履行义务的依据。原、被告双方于2014年12月1日共同签署确认的舞阳国际城商住楼工程量完成情况及存在问题汇总，经质证原、被告对其真实性均无异议，本院予以确认。该工程量完成情况及存在问题汇总可以作为衡量和评定原告按施工合同及补充协议约定完成工程建设进度，被告按工程进度支付节点工程款的证据使用。原、被告对2015年2月28日被告与光山县宏源建筑工程有限公司签订的舞阳国际城工程一期剩余工程施工承包合同的真实性亦无异议。该承包合同中约定的工程价款可以作为舞阳国际城项目工程施工合同变更后其合同价款随之变更的数据参照�用。
关于被告的反诉主张，1、违约金请求。依据原、被告双方于2012年10月11日签订的舞阳国际城项目工程施工合同第30.2.（8）约定，因承包人原因导致合同无法履行，发包人将对承包人处以合同价款10%的违约金。也即只要合同无法履行且责任在承包人，承包人应按合同价款10%向发包人承担违约责任。建设工程施工合同的履行，通常是承包人通过建设工程获取发包人支付的工程价款，发包人通过支付对价获得承包人交付的合格工程，从而使双方合同目的实现。按合同约定完成全部工程建设并交付合格工程是承包人的责任和应该履行的合同义务。按合同约定支付工程价款是发包人的责任和应该履行的合同义务。本案原、被告在履行施工合同过程中，因二次结构工程建设完成情况和按工程进度支付节点工程款问题产生分歧后双方根据存在的问题有针对性的签订了2014年10月10日的补充协议。该补充协议对原告应完成二次结构工程建设中未完成工程量的完成时间和被告支付工程款及剩余节点工程款的时间均进行了约定。其真实意思是原告依约解决二次结构工程进程中存在的问题，被告在补充协议签订后先行支付100万元工程款再依约支付剩余节点工程款。各自履行完补充协议约定的合同义务后继续履行原施工合同。从双方于2014年12月1日共同签署确认的舞阳国际城商住楼工程量完成情况及存在问题汇总和2015年1月13日签订的补充协议内容看，2014年12月1日前和2015年1月13日前原告并未按2014年10月10日补充协议的约定内容完成对二次结构未完成工程量的工程建设。原告在未依约完成工程建设，也未向被告完善工程款拨付手续的情况下，自2014年10月10日补充协议约定的被告应支付剩余工程节点款时间届满后3日即以被告未按约定时�支付工程款向被告发出停工报告并停工，且停工后一直未恢复工程建设。直接导致双方于2015年1月13日针对原存在的问题再次签订补充协议。从合同相对人履行合同义务上看，原告未完成工程建设并停止工程建设的事实存在，也导致了被告另行安排第三方建设其未完工程的结果。2015年1月13日的补充协议变更了原施工合同的权利义务关系。尽管补充协议仍约定原告为总承包人，但原告并未按施工合同32.1.3“凡在承包范围外发包人直接发包的工程或在工程承包范围内经双方协商同意发包人直接发包的工程，承包人根据发包人与分包商签订的合同，共同管理，共同验收”的约定，对第三施工方履行监督和管理责任。从补充协议的内容看该未完工程实际已由被告与第三施工方建立了建设工程施工合同关系并由被告与第三施工方对所建工程据实结算。原告对该部分未完工程的安全、工期、质量、材料、劳务费用概不负责。不论补充协议的内容或是原告实际履行施工合同的行为，均符合合同法和最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释规定的当事人一方明确表示或者以其行为表明不履行合同义务及合同约定的期限内没有完工且在发包人催告的合理期限内仍未完工，使合同目的不能实现并予解除的情形。原告不按补充协议约定履行二次结构工程建设的合同义务又擅自停止工程建设的行为，既不符合2014年10月10日双方签订的补充协议，又违背了2012年10月11日双方签订的施工合同第26.2工程款支付中“当发包人因故不能及时拨付工程进度款时，承包人应保证不超过20天连续施工不停工。”的约定，因此可以认定原告的行为导致了双方签订的施工合同无法履行并使被告于2015年2月28日将剩余未完工程另行安排给光山县宏�建筑工程有限公司的法律后果。属于原施工合同中约定的因承包人原因导致合同无法履行的情形，应承担双方施工合同无法履行的违约责任。关于违约金的数额，原、被告双方在发生争议后于2015年1月13日签订的补充协议应认定为对原施工合同的变更和对2014年10月10日补充协议的变更。其中第二条是针对2014年10月10日补充协议中约定的二次结构未完工程和节点工程款支付内容的再次变更并达成变更协议。第三条是对原施工合同中约定的相关权利义务及其合同约定价款的变更。该补充协议签订后，被告将剩余未完工程另行安排给第三施工方的同时，原、被告之间的建设工程施工合同价款即变更为5241万元减除第三施工方的工程价值。在原、被告均不提供第三施工方完成的剩余工程实际价值的情况下，应参照2015年2月28日被告与光山县宏源建筑工程有限公司签订的工程施工�同承包价款1699.8425万元予以认定。因此补充协议签订后，原、被告之间的合同约定价款变更为52411699.8425=3541.1575万元。依据合同约定原告向被告支付违约金的数额为（3541157535411575×6.5%）×10%=3310982元。
2、返还工程款请求。依据被告提交的万基付款明细，结合庭审时原告对该付款明细的质证意见，可以认定双方无争议的被告付款数额为3526.3万元，其中包括132项标注的3276.3万元；36项标注的转胡喜彬90万元，37项标注的转张洛勒10万元；38项标注的转住建局马勇50万元，40项标注的转劳动局焦耀程100万元。原告认为被告未通过原告公司分三次向胡喜彬转款40万元未经原告确认。原告与胡喜彬之间的建设工程合同纠纷也在诉讼中，有待求证。基于该三笔转款均发生在施工合同履行之初，胡喜彬具有工程项目负责人的身份，可以认定胡喜彬在建设工程施工合同履行中收取发包人支付款项的行为系职务行为。该40万元应认定为被告向原告支付的工程款。故应认定被告向原告支付的工程款总额为3566.3万元。被告以其已付工程款3566.3万元，应付工程进度节点款3350万元，并请求返还多收取的216.3万元工程款。本院认为原、被告于2015年1月13日签订的补充协议，既是双方在履行2012年10月11日的施工合同和2014年10月10日的补充协议过程中对各自应享受的合同权利及应履行的合同义务达成一致的变更协议，也是对双方实际履行合同行为的确认。该补充协议对原告未完成工程量和被告应付工程款有明确约定，说明签订补充协议时，被告对其在合同履行中实际已支付的工程款并无异议。按照施工合同26.1约定的工程开工后，根据实际工程进度和施工进度计划分期付款的情况，可以认定被告在合同履行中已向原告履行的支付工程款行为是其自愿履�合同义务的行为，也是对其自身权利处分的行为，因此在原、被告至今未对工程价款据实结算的情况下请求返还，缺乏获取该216.3万元工程款的基础和条件，也有违公平等价有偿的民事原则和合同履行中的交易习惯。请求返还工程款216.3万元本院不予支持。
3、罚款请求。被告认为原告所建工程质量及现场施工管理存在问题应接受处罚并承担罚款71.1万元。首先原、被告是平等主体之间的民事法律关系，发包人在施工过程中不具有对承包人进行处罚的权利。原、被告在施工合同违约责任中约定的处罚条款应视为违约条款，按照施工合同约定。原告延期竣工，不按期完成节点工程，所建工程存在质量问题应接受相应处罚。但从被告提供的“万基施工过程中各项罚款明细”看，部分罚款显然超出了施工合同约定的处罚范畴。因此被告作出的不符合上述合同约定内�的处罚项目，不应支持。被告作出的与施工合同约定内容相关的处罚，也仅提供了由监理机构加盖印章予以证明的罚款通知单。依照法律规定，监理机构实施的民事法律行为的效力取决于双方当事人的授权。庭审中被告并未提供原、被告授权监理机构进行监证和处罚的委托书或其他函件。因此在原告否认的情况下，被告作出的处罚缺乏事实根据，且无证据支持。故被告请求的该部分处罚虽与施工合同约定的违约条款有关联，因其无事实根据仍不能得到支持。但对庭审时原告认可的因工程质量问题被告于2013年7月12日作出的罚款3000元的罚款通知单，可以作为原告在施工过程中违背合同约定承担违约责任的证据使用，由原告向被告支付该项违约金3000元。
4、赔偿拆迁损失请求。根据法律规定双方当事人或一方当事人在合同履行中因违约行为应承担违约责任并�付违约金，支付违约金的目的即为弥补因一方当事人的过错或违约行为给对方当事人造成的损失，违约金本身具有补偿性且与赔偿金不得并用。被告该项反诉请求不符合法律规定，本院不予支持。
5、开具税票请求。依据2015年1月13日双方签订的补充协议，原告有义务在收到工程节点款后向被告开具符合合同约定和法律规定的税票，原告怠于履行开具发票的行为已经违约，被告该项反诉请求成立，应予支持。
综上分析，依照《中华人民共和国合同法》第一百零八条、第一百一十四条第一款、第一百二十条、第二百六十九条、第二百七十二条第一款之规定，判决如下：
一、中州万基城市建设有限公司自本判决生效后十日内向信阳市立城置业有限公司支付合同无法履行违约金3310982元。
二、中州万基城市建设有限公司自本判决生效�十日内向信阳市立城置业有限公司支付工程质量违约金3000元。
三、中州万基城市建设有限公司自本判决生效后十日内向信阳市立城置业有限公司开具面额500万元的税票凭证。
四、驳回信阳市立城置业有限公司返还工程款2163000元的反诉请求。
五、驳回信阳市立城置业有限公司赔偿拆迁损失230100元的反诉请求。
六、驳回信阳市立城置业有限公司的其他反诉请求。
本案反诉费67978元，原告中州万基城市建设有限公司负担11840元，被告信阳市立城置业有限公司负担56138元。反诉财产保全费5000元，原告中州万基城市建设有限公司负担871元，被告信阳市立城置业有限公司负担4129元。
如果未按照本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于河南省漯河市中级人民法院。
审判长 夏英涛
审判员 宋海燕
审判员 陈晓凤
二〇一六年十一月二十五日
书记员 赵 祎