襄阳市襄州区人民法院
民 事 判 决 书
（2017）鄂0607民初1720号
原告：荆门市宏远钢构有限公司。住所地：湖北省荆门市掇刀区南京路*号。
法定代表人许爱思，董事长。
委托诉讼代理人：构旭涛，荆门市掇刀区掇刀石法律服务所法律工作者。代理权限：代为承认放弃诉讼请求，参加诉讼、调解，代收法律文书。
委托诉讼代理人:姚涛，湖北双燕律师事务所律师。代理权限：一般授权。
被告：湖北鼎鼎电气有限公司。住所地：襄阳市襄州区深圳工业园南纬路。
法定代表人ＸＸＸ。
委托诉讼代理人:罗锋、雷昆，均系湖北联帮律师事务所律师。代理权限：一般授权。
原告荆门宏远钢构有限公司与被告湖北鼎鼎电气有限公司建设工程合同纠纷一案，本院于2017年4月5日立案后，依法适用简易程序，公开开庭进行了审理。原告荆门市宏远钢构有限公司的委托诉讼代理人构旭涛、姚涛与被告湖北鼎鼎电气有限公司的委托诉讼代理人雷昆到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告荆门宏远钢构有限公司向本院提出诉讼请求：判令被告向原告支付其拖欠的工程款55.964万元并从2013年3月1日起按55.964万元的日千分之三计算向原告支付违约金，直至付清为止。事实与理由：2011年8月24日，原告与被告签订《合同书》，约定被告将其1、2、3号钢结构车间工程发包给原告施工建设，工程总造价为755万元。后于2011年9月19日签署了《合同补充协议》，重新约定了付款进度，内容为“……单栋车间墙面安装完工验收三日内，甲方支付乙方单栋工程造价15%工工程进度款；余款10%为质保金，满一年一次性付清”，合同签订后，原告如期完成了建设施工，其中1号车间和3号车间被告分别于2011年12月22日和2012年4月19日验收合格，2号车间原告于2012年4月25日向被告提交了主体结构分部报验申请，监理机构同意验收，但被告一直拖延未予以验收。此后原告于2012年11月26日向被告提交2号车间工程竣工报验单，监理机构也同意验收，但被告至今未作出是否验收合格的结论，并于2012年将该车间投入使用。截止2013年12月27日，被告共计支付工程款613.036万元，尚欠1471.964万元，2013年12月27日，原告将欠款中的86万元转让给案外人严冰，被告于2015年2月16日通过银行支付了20万元，其余66万元严冰称被告已提供货物抵帐。被告尚欠原告55.964万元至今未付，原告多次催要无果，诉至法院。
被告湖北鼎鼎电气有限公司辩称：根据2011年12月20日，原、被告双方及监理方代表签订的会议纪要，对原告扣减工程及罚款5万元，工程总价款变更为750万元；被告不存在拖欠工程款的问题，按合同约定的已经付超款项。由于原告严重延期工期，至少需向被告支付742.5万元的违约金，而且原告施工的工程存在严重的质量问题。50.964万元是答辩人扣罚的违约金和质保金。原告多年未向被告主张该笔费用作为违约金和质保金扣罚；被告保留另行主张剩余违约金的权利；由于原告施工的工程存在严重的质量问题，工程至今未验收，亦不具备付款条件；原告违约行为致使50.964万元被扣罚，原告主张违约金无任何事实和法律依据，违约金标准过高；原告认为自2013年3月1日起被告就应当付款，至今已4年多时间，远远超过诉讼时效，依法应当驳回原告的诉讼请求。
本院经审理认定事实如下：2011年8月20日，被告湖北鼎鼎电气有限公司（以下简称甲方）与原告荆门市宏远钢构有限公司（以下简称乙方）签订合同书，被告湖北鼎鼎电气有限公司将其公司1、2、3号钢构车间工程的制作及施工事项交由原告荆门市宏远钢构有限公司施工，原告包工包料，包生产工具、用具及各种施工机械，工期为120天。该工程采用固定总价的方式确定合同价款，合同总价为7550000元整，该价款包括工人保险、各项配套费用。付款方式：所有主体构件加工完毕进场验收合格后三日内，甲方支付已方工程总款15%的工程款进度款，乙方3个车间钢梁吊装完毕时付工程总款的15%；全部工程完工后付工程总款的20%，验收合格后付25%的工程款；所有手续移交完毕并清场完再付15%，余款10%作为质保金，壹年后付清。违约责任：甲方未能在约定时间内支付给乙方工程价款，且超出应付之日7日后，乙方可以按照应付工程款的千分之三每日向甲方收取违约金，直至获取应付工程价款（特殊情况例外：如政府通知暂停等不可抗力因素）；乙方在施工过程中，未能按照合同约定的质量标准完成承包范围内的工作，乙方承担因此产生的全部费用，当合同工期超过7天之后，乙方仍未能交房，甲方可以按照合同价款千分之三每天向乙方扣罚违约金（因大雨天、自然灾害等因素使交房期延迟除外）。2011年8月27日，原、被告又签订了合同补充协议，对付款进度及方式进行了约定。严冰为原告公司的项目经理。2011年12月22日及2012年4月19日，被告湖北鼎鼎电气有限公司在原告荆门市宏远钢构有限公司所承建的1号、3号钢结构车间主体钢结构工程质量验收报告加盖公章确认为合格，但质量监督机构验收监督未填写意见。2012年4月25日，原告荆门市宏远钢构有限公司对其所承建的2号钢结构车间主体结构分部工作报验收申请，除监理单位加盖公章外，被告作为承建单位未进行验收。2011年12月20日，因原告施工的1#车间现场材料的问题，原、被告及监理单位协商同意扣减工程及罚款合计50000元。
庭审中，被告湖北鼎鼎电气有限公司对应付原告荆门市宏远钢构有限公司尚欠559640元予以认为，但认为该款应扣减因原告施工质量问题罚款50000元。
另查明，原告荆门市宏远钢构有限公司为被告湖北鼎鼎电气有限公司施工的1、2、3号钢构厂房，被告公司自认于2016年前后投入使用。
本院认为，原、被告签订的建筑工程施工合同系双方当事人真实意思表示，亦不违反法律强制性规定，该合同合法有效。原、被告双方应当按照合同的约定履行各自的义务。原告荆门市宏远钢构有限公司为被告湖北鼎鼎电气有限公司建设的钢构厂房，在被告公司投入使用后，向被告公司主张工程款符合法律规定，本院予以支持。但原告主张支付工程款559640元，经本院审理查明，在2011年12月20日，因原告施工的1#车间现场材料的问题，原、被告及监理单位协商同意扣减工程及罚款合计50000元。因此，被告尚只应支付原告工程款509640元。被告湖北鼎鼎电气有限公司辩称原告施工的工程存在严重的质量问题，但被告已将原告所施工的厂房投入使用，依照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条“建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持”的规定，对被告提出的原告施工的厂房存在质量问题的抗辩理由，本院不予采纳；被告还辩称原告在施工过程中工期严重延期，原告需向被告支付7425000元的违约金，对被告的辩解理由，由于被告未提起反诉，对此本院不予审理；被告湖北鼎鼎电气有限公司还辩称原告的起诉已超过诉讼时效与本案查明的事实不符，本院不予采信。对于原告荆门市宏远钢构有限公司还主张由被告湖北鼎鼎电气有限公司自2013年3月1日起按559640元的日千分之三计算至付清之日止的违约金的诉讼请求。本院认为，被告对原告施工的厂房现已投入使用且拖欠原告的工程款未付，损害了原告的合法权益，原告要求被告承担逾期付款违约金的诉讼请求本院予以支持，但按日千分之三的标准过高。本案在庭审中，被告对该厂房未验收的情况下使用了该厂房的事实予以认可，但原告对被告何时使用厂房的时间不能确定，被告在庭审中自认为2016年前后，具体时间仍不能确定。因原告所主张的所欠款项中含有质保金，原、被告双方约定的质保期为壹年。故对原告主张自2013年3月1日开始计算违约金的诉讼请求本院不予支持；对原告主张逾期付款违约金应自原告向本院主张权利之日即2017年4月5日起按中国人民银行同期同类贷款利率计算。依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条之规定，判决如下：
一、被告湖北鼎鼎电气有限公司于本判决生效之日起三十日内支付原告荆门市宏远钢构有限公司工程款509640元，并承担该款自2017年4月5日起按中国人民银行同期同类贷款利率计算至付清该款之日止的违约金；
二、驳回原告荆门市宏远钢构有限公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱的义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费减半收取4699元，由被告湖北鼎鼎电气有限公司承担4000元，原告荆门市宏远钢构有限公司承担699元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人或代表人的人数提出副本，上诉于湖北省襄阳市中级人民法院。
审判员 魏爱丽
二〇一七年七月十七日
书记员 韩 蕾