福建省漳州市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2018）闽06民终737号
上诉人（原审被告、反诉原告）：福建润朋房地产开发有限公司，住所地福建省漳州市南靖县山城镇桥东路9号，统一社会信用代码91350627676539575F。
法定代表人：曾朝尧，董事长。
委托诉讼代理人：王全辉，福建鹭靖律师事务所律师。
被上诉人（原审原告、反诉被告）：福建根茂建筑有限公司，住所地福建省漳州市芗城区大桥路高阳大厦301室，统一社会信用代码913506026628001466。
法定代表人：林碧贞，执行董事兼总经理。
委托诉讼代理人：陈加元，福建朗马律师事务所律师。
委托诉讼代理人：杨晓莹，福建朗马律师事务所实习律师。
上诉人福建润朋房地产开发有限公司（以下简称润朋公司）因与被上诉人福建根茂建筑有限公司（以下简称根茂公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服福建省南靖县人民法院（2016）闽0627民初1287号民事判决，向本院提起上诉。本院于2018年2月8日立案后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。上诉人润朋公司的委托诉讼代理人王全辉，被上诉人根茂公司的委托诉讼代理人陈加元、杨晓莹到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
上诉人润朋公司上诉请求：将本案发回重审或依法改判：1、撤销原审判决第四项，依法改判被上诉人支付逾期竣工违约金1095万元;2、依法驳回被上诉人要求支付逾期付款违约金的诉讼请求;3、改判由被上诉人承担违法超值保全的财产保全费5000元。事实和理由：一、上诉人请求被上诉人支付逾期竣工违约金没有超过诉讼时效。1、被上诉人于整个庭审过程从未提起诉讼时效抗辩，仅于宣判日前两天以代理意见提出，应视为未提出诉讼时效抗辩。2、原审法院告知被上诉人提出诉讼时效抗辩意见后，上诉人已明确提出未超过诉讼时效的反驳意见。原审法院未再组织开庭审理，未查明诉讼时效是否存在中断、中止情形，程序违法。3、上诉人多次要求被上诉人承担逾期竣工违约责任，提起反诉时并未超过诉讼时效，一审认定逾期竣工违约金的诉讼时效起算日为2011年12月12日属认定事实不清。①反诉请求支付逾期竣工违约金的诉讼时效起算日应自双方工程结算完成之日即2017年12月22日起算。上诉人始终认为双方结算时可以逾期竣工违约金抵付工程款，因双方未最终结算，并不“知道或应当知道”自己的合法权益受到侵犯。②一审认定上诉人知道“逾期完工的事实，其应当自竣工验收之日起的两年内主张逾期完工违约金”不能成立。即使知道“工程完工”事实，也不代表上诉人“知道或应当知道自己权益受到侵害”。③《建设工程施工合同》专用条款第18.1条明确约定：“工程竣工以最终获得整体验收并到建设主管部门备案完成后为准”。讼争工程直至2014年4月15日才经建设主管部门备案完成，竣工日期应认定为“2014年4月15日”，一审认定为2011年12月12日属认定错误。4、《民法总则》已于2017年10月1日正式实施，实施时本案仍在审理过程中，应当适用新的法律，诉讼时效应按新法规定的三年计算。二、上诉人不存在逾期付款的违约事实，原审法院判决支付工程款余款自2012年12月13日起按利息计算的违约金，认定事实不清。1、上诉人已按合同约定超额支付工程进度款，对于增加的工程款，根据《建设工程施工合同》专用条款第12.9条约定“对在施工期间的调整工程量或工程单价所造成的合同造价增减变化，只在工程结算阶段进行合同价款调整，调整部分不列入平时工程款支付的计算基数”，可见增加工程款在最终结算时才支付，双方直至2017年12月22日庭审中才确认结算工程余款，之前计算逾期付款违约金无事实依据。2、根据《建设工程施工合同》“专用条款”第五条第14.2约定，“单体竣工验收合格后7天内支付至工程总价款的85%；在工程竣工结算并确定总工程结算价款后付至工程结算总价款的97%”，双方并未就工程总价款进行结算，工程款余款付款条件未成就，被上诉人要求支付的是逾期付款违约金，不是逾期付款利息，上诉人已按合同约定支付工程款，不存在违约事实，判决支付自2012年12月13日起的逾期付款违约金无事实和法律依据。三、被上诉人在未经结算确定最终工程价款的情况下，明知工程余款只有几十万元，却申请保全上诉人价值2000多万元的房产（后变更为保全近1000万元的店面），既无诉讼保全的必要又超值保全，保全费应由被上诉人负担。
被上诉人根茂公司答辩称：1、上诉人称被上诉人在代理意见中提出时效抗辩，视为未提出诉讼时效抗辩，不能成立。最高人民法院《关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》（2008年9月1日起施行）第四条规定：“当事人在一审期间未提出诉讼时效抗辩，在二审期间提出的，人民法院不予支持，但其基于新的证据能够证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间的情形除外。”据此，只要在一审期间提出就符合法律规定。2、上诉人称曾多次主张被上诉人承担逾期竣工违约责任，存在时效中断的情形，与事实不符。3、上诉人称逾期竣工违约金诉讼时效应以工程结算确定工程价款日，即2017年12月22日为起算点，于法无据。①根据《民法通则》有关诉讼时效的规定，诉讼时效的起算点为权利人知道或应当知道其权利受侵害之日起算。本案《工程竣工验收报告》明确载明开工日期为2010年5月25日，竣工日期为2011年12月12日，工期是否逾期作为发包方的上诉人是完全知道的。上诉人认为被上诉人已造成工期违约，就应当从那时起算的2年内提出索赔主张，即应在2013年12月12日之前提出，而本案上诉人至2016年5月20日才提出反诉请求，原审认定超过时效，完全正确。上诉人认为应以建设主管部门备案的日期为竣工日，与事实不符。②上诉人认为本案时效应当适用《民法总则》规定的三年时效，不具有法律依据。上诉人应当在2013年12月12日之前主张工期违约赔偿，当时《民法总则》尚未颁行，故应适用当时的《民法通则》二年的诉讼时效规定。4、上诉人称讼争工程款属于增加的工程款，不存在逾期支付工程款的事实，理由不能成立。根据双方《施工合同》的专用条款第27.16条约定，发包人在接到工程结算书后60天内审核确定工程造价。2011年12月12日，讼争工程通过竣工验收，被上诉人并于2012年1月10日向上诉人提交决算书，而上诉人接受结算书后，并没有在约定60日内审核出结果，而是恶意拖延至被上诉人于2016年4月份提起本案的诉讼。上诉人的拖延审核造价行为已构成违约，给被上诉人造成经济损失，原审判决从2012年12月13日起算支付利息，具有事实和法律依据。
根茂公司向一审法院起诉请求：1、判令润朋公司支付湖滨名城商住楼一期1#、2#楼及地下室工程款4134800元及从2012年3月1日起至清偿之日止按中国人民银行规定的同期同类贷款利率计算的违约金（暂计至2016年4月1日为1418000元）；2、判决根茂公司以上工程款对讼争建筑物楼房享有优先受偿权。诉讼中，根茂公司增加一项诉讼请求：判令润朋公司偿付逾期拨付工程款的违约金30万元。
润朋公司向一审法院提起反诉请求：1、判令根茂公司支付逾期竣工延误工期违约金1095万元；2、判令根茂公司赔偿经济损失61450元。
一审法院认定事实：2010年1月16日，润朋公司（发包人）与根茂公司（承包人）签订一份《建设工程施工合同》（以下简称为“116合同”），润朋公司将湖滨名城一期1#、2#楼及地下室工程发包给根茂公司施工，合同由协议书、中标通知书、专用条款、通用条款等组成。协议书约定：“工程承包方式为固定价加风险包干；承包范围：1、土建工程；2、生活及消防水电安装工程；3、平时通风安装工程；4、不包括基桩与护降水检测专项工程、人防设备安装工程、室外市政配套工程及室外园林景观绿化工程项目；开工日期：计划2010年1月（详见开工报告）；工程合同总工期为400日历天；合同价款为2150万元等内容”。通用条款约定：“13.1因以下原因造成工期延误，经工程师确认，工期相应顺延：（2）发包人未能按约定日期支付工程预付款、进度款，致使施工不能正常进行；（4）设计变更和工程量增加；（5）一周内非承包人原因停水、停电、停气造成停工累计超过8小时；（6）不可抗力；13.2承包人在13.1款情况发生后14天内，就延误的工期以书面形式向工程师提出报告。工程师在收到报告后14天内予以确认，逾期不予确认也不提出修改意见，视为同意顺延工期等内容”。专用条款约定：“9.1双方约定工期顺延的其他情况：严格按照通用条款第13.1、13.2条进行签证，未签证的，在工程结算时，不给予工期顺延；14.1工程款支付方式为银行转账；12.1本合同价款采用固定价加风险包干方式确定；12.3工程采用预算代决算包干，增减变更的工程量按实结算；12.5……。对主体结构阶段的钢筋和水泥的价格涨跌超过10%调整方法：在主体建筑开工后确认钢筋和水泥的价格，作为地下室部分（含顶板）的钢筋和水泥用量的价差调整基数，在主体建筑施工至地下室顶板完成时确认钢筋和水泥的价格，作为主体建筑一至五层部分的钢筋和水泥用量的价差调整基数，在主体建筑施工至五层顶板完成时确认钢筋和水泥的价格，作为主体建筑五层以上部分的钢筋和水泥用量的价差调整基数，其他时段不再对钢筋和水泥的价差进行调整，差价部分可以参与各项计价取费，在工程结算时调整总结算价款，作为平时的拨款基数；18.1除专用条款约定外，其他条款按本合同通用条款32、33条款规定执行，工程竣工以最终获得整体验收并到建设主管部门备案完成后为准；20.2发包人未按时支付工程进度款导致施工无法进行时，承包人有权停止施工，工期相应顺延，由此产生的损失均由发包人承担；20.5工程工期拖延处罚约定如下：承包人工期延误在一个月内的，承包人每延误1天，应向发包人支付违约金3000元；工期延误在二个月内的，承包人每延误1天，应向发包人支付违约金6000元；工期延误超过二个月以上的，承包人每延误1天，应向发包人支付违约金10000元；……；27.18……；若是由于发包人无法按时支付工程款而造成承包人资金紧张，并造成工人上访或向政府相关部门投诉，每发生上述情况一次，发包人每次应向承包人支付违约金人民币贰拾万元等内容”。
2010年5月18日，润朋公司与林顺发（项目承包人）签订一份湖滨名城一期1#、2#（含地下室）建筑工程承包补充协议书，协议明确林顺发为涉案工程的项目承包人，工期为400天，起算时间从2010年3月15日开始计算等内容。
2011年12月12日，涉案工程经建设单位、勘察单位、设计单位、监理单位、施工单位验收合格，并共同出具了二份建筑工程竣工验收报告，该报告载明开工日期为2010年5月25日，竣工日期为2011年12月12日。2014年4月15日，涉案工程经建设主管部门同意办理竣工备案。该备案资料中应有施工单位出具的建设单位已按合同约定支付工程款无拖欠的证明材料。
从2010年9月10日起至2013年9月4日止，润朋公司共28次支付给根茂公司工程进度款2138.5万元。根茂公司对其中2011年2月23日支付的100万元有异议外，其他均没有异议。
2016年6月13日，根茂公司就本案增加的工程量向一审法院申请鉴定。一审法院委托福建天泽司法鉴定所进行鉴定并向根茂公司送达了鉴定机构的鉴定收费函，因根茂公司未按收费函的规定向鉴定机构预交鉴定费及提供相关材料，2016年9月7日，鉴定机构以超过期限未交纳鉴定费用为由决定退案并退回鉴定材料。2016年9月9日，一审法院再次委托福建省营造项目管理有限公司进行鉴定，但根茂公司又未按鉴定机构出具的鉴定补充材料函向鉴定机构提交鉴定所需的材料，2017年3月27日，鉴定机构又以无法鉴定为由予以退回。因润朋公司就本案工程造价已自行委托福建德信工程造价咨询有限公司（以下简称德信公司）进行造价审核，经一审法院召集双方进行协商鉴定机构后，2017年7月3日，根茂公司、润朋公司均同意由德信公司进行鉴定。在一审法院主持调解下，双方就造价问题于2017年11月2日达成协议，同意工程造价以德信公司于2015年4月15日作出的工程审核书（造价为22127629元）为基础。2017年11月10日，德信公司向一审法院出具了二份回复函。根据回复函（一）（增加190000元）的计算，本案的工程造价为22317629元。回复函（二）是水泥价格超过合同价的10%部分，该部分因双方各执一词，存在异议未能达成一致，待定。
诉讼中，双方一致同意就高、中考每年可顺延工期5天。2011年5月28日的工程联系单载明：根茂公司提出因下雨应延长18天，润朋公司意见为：按合同且应有南靖气象局证明材料。2010年8月15日的签证单（工程为一期多层建筑工程）载明：根茂公司提出因大雨7天、停电3天，应延长10天，润朋公司意见为：合计3天。2010年9月23日的签证单（工程为一期多层建筑工程）载明：根茂公司提出因台风3天、中秋放假2天，应延长5天，润朋公司意见为：补3天。
2016年5月20日，根茂公司向一审法院提出财产保全申请,要求查封润朋公司所有的位于南靖县。一审法院于2016年5月23日作出（2016）闽0627民初1287号民事裁定，裁定查封上述财产。2016年6月22日，润朋公司认为本案无财产保全的必要且超值保全，为避免损失的扩大，向一审法院提出申请,要求解除对上述财产的查封，并提供其所有的位于南靖县山城镇湖滨名城店面19幢D04号作为担保。一审法院于2016年6月23日作出（2016）闽0627民初1287号之一民事裁定，裁定解除上述财产的查封，并查封位于南靖县山城镇湖滨名城店面19幢D06号、19幢D04号。
另查明，合同签订后，涉案工程不是由根茂公司施工，而是由其他施工队施工至2010年5月18日。2010年5月18日，林顺发代表根茂公司又与润朋公司签订一份建设工程施工合同（以下简称“518合同”），合同约定开工日期：2010年3月15日（详见开工报告），协议书的其他内容和通用条款与“116合同”的内容一致；专用条款约定：对12.5增加以下内容“钢筋由发包人一次性提供1006吨，故钢筋不再作价差调整”；14.2在主体建筑地下室施工至底板全部浇筑完成后7天内支付工程总价款的10%、在主体建筑地下室施工到顶板（±0.00）时7天内支付工程总价款的15%、在主体建筑工程施工至三层顶板后7天内支付工程总价款的10%、在主体建筑工程施工至六层顶层板后7天内支付工程总价款的5%、在主体建筑工程施工至九层顶层板后7天内支付工程总价款的5%、在主体建筑工程结构封顶后7天内支付工程总价款的10%、在主体建筑工程砌体（不包括施工洞口）全部施工完成后十天内支付工程总价款的5%、全部外墙施工完成并全部拆除外脚手架后7天内支付工程总价款的15%、单体竣工验收合格后7天内支付工程总价款的15%、在工程竣工结算并确定总工程结算价款后7天内支付至工程结算总价款的97%、保修期满后7天内按比例无息退还3%的工程质量保修金；其他内容与“116合同”的内容一致。
一审法院认为，（一）关于2011年2月23日润朋公司支付的100万元应否认定为工程款的问题。润朋公司于2011年2月23日支付给根茂公司100万元，符合双方合同约定的工程款支付方式，应认定为是支付工程款。根茂公司于2011年2月24日是以沙石款的方式支付给肖振通，而肖振通又于当天以借款名义转账100万元给黄秀明，虽然肖振通到庭作证时称其是润朋公司的副总经理，是根据润朋公司的意思进行办理，因润朋公司予以否认，现根茂公司又没有提供证据予以证实，该笔款项应认定为润朋公司支付的工程款，至于根茂公司与肖振通及肖振通与黄秀明的关系应另案处理。（二）关于根茂公司提出水泥超过合同价的10%部分，润朋公司应否予以支付的问题。对主体结构阶段的钢筋和水泥的价格涨跌超过10%，双方在合同已明确约定了调整方法，同时，在根茂公司向润朋公司提交湖滨名城一期补价部分水泥、钢筋汇总表后，润朋公司的法人曾朝尧于2011年2月22日签署意见为“同意一期水泥、钢筋补差价56万元（以后不再进行任何补贴）”，现根茂公司未提供各阶段因钢筋和水泥的价格涨跌而双方确认的签证单，故该水泥补差部分不予确认。（三）关于根茂公司要求支付逾期拨付工程款的违约金30万元能否成立的问题。该部分为根茂公司增加的诉讼请求，因其未在指定的时间内预交诉讼费，故其增加诉讼请求的部分按自动撤回起诉处理。（四）关于根茂公司对建筑物是否享有优先受偿权的问题。根据《最高人民法院关于建设工程价款优先受偿问题的批复》（法释[2002]16号）规定：建设工程承包人行使优先权的期限为六个月，自建设工程竣工之日或者建设工程合同约定的竣工之日起计算。本案工程于2011年12月12日竣工，截止根茂公司提起本案诉讼，已超过优先权的行使期限，故其该主张，于法无据。（五）关于润朋公司应否支付延误工期违约金的问题。合同的通用条款约定：延误工期应书面形式向工程师提出报告，同时，专用条款也约定：发包人未按时支付工程进度款导致施工无法进行时，承包人有权停止施工，工期相应顺延，由此产生的损失均由发包人承担。根据双方确认的工程联系单和签证单，因下雨顺延18天，台风和停电顺延6天，虽然签证单（台风和停电）系另外一个工程（即本院审理的（2016）闽0627民初1286号），但工程施工时间重叠，应予顺延。高、中考顺延10天（两年）。同时，根据《中华人民共和国民法通则》第一百三十七条规定，诉讼时效从知道或者应当知道权利被侵害时开始起算。涉案工程于2011年12月12日竣工验收合格，此时润朋公司应当知道根茂公司逾期完工的事实，其应当自竣工验收之日起的两年内主张逾期完工违约金。润朋公司没有证据证明该两年内发生诉讼时效中止或中断的事由，至本案反诉主张逾期违约金已超过诉讼时效。润朋公司提出因双方尚未就工程价款及逾期竣工违约金进行总结算，施工合同仍处于履行状态，逾期违约金的诉讼时效起算日并未开始计算，且双方多年来一直在县建设局召集下进行协商，被告从未放弃或怠于行使债权，原告提出超过诉讼时效与事实不符，不能成立。因双方委托鉴定的是工程造价，并未包含工期违约金，由于工程造价的确定与逾期竣工违约金的计算并无关联，鉴于工程款请求权与逾期竣工违约金请求权是分别独立的请求权，诉讼时效应分别起算。同时，由于诉讼时效是当事人向人民法院请求保护民事权利的期间，故双方当事人在诉讼中以互有债权进行抵销时，不能以超过诉讼时效的债权抵销对方的债权，否则无异于剥夺对方的时效抗辩权而强迫对方履行自然债务。因此，润朋公司的理由不能成立。同时，根茂公司申请对可顺延的工期天数委托有资质的鉴定机构进行鉴定，因没有鉴定的必要，不予采纳。故润朋公司要求支付延误工期违约金的理由不能成立。（六）关于根茂公司应否赔偿润朋公司损失的问题。根据建设部《房屋建筑工程质量保修办法》规定，房屋建筑工程在保修期限内出现质量缺陷，建设单位或者房屋建筑所有人应当向施工单位发出保修通知。施工单位接到保修通知后，应当到现场核查情况，在保修书约定的时间内予以保修。发生涉及结构安全或者严重影响使用功能的紧急抢修事故，施工单位接到保修通知后，应当立即到达现场抢修。因此，对已竣工验收合格并投入使用的建设工程，在保修期限和保修范围内发生质量问题的，一般是先由建设单位组织勘查、设计、施工等单位分析质量问题的原因，确定保修方案，通知施工单位保修，若施工单位不按工程质量保修书约定保修的，建设单位可以另行委托其他单位保修，由原施工单位承担相应责任。本案中，涉案工程于2011年12月12日竣工，经有关单位验收评定为合格并投入使用。此时，作为施工单位的根茂公司应承担的责任为保修责任。润朋公司主张根茂公司不尽保修义务，应当举证证明在保修期内发生了保修范围内保修事项的事实，以及已尽了通知义务，根茂公司不尽保修义务的事实。诉讼中，润朋公司在提交的公证书中有提到存在质量问题。从润朋公司提供的1－2号楼质量问题及延期交房赔偿业主明细表看，其中一部分是支付住户因房屋质量问题及延期交房的赔偿款合计42550元，该部分均有润朋公司与业主签订的协议书、银行转账凭证、业主的收据等为证，该部分损失根茂公司应予支付。另一部分是垃圾清运费合计18900元，而垃圾清运费均以润朋公司开具的报销单体现，现润朋公司又未提供其他证据予以佐证，无法确认该费用是涉案工程发生质量或延误工期而引起的赔偿，其真实性亦无法确认，故该部分费用不应由根茂公司赔偿。（七）关于根茂公司要求支付逾期付款的违约金能否成立的问题。涉案工程于2011年12月12日竣工并验收合格，根茂公司亦向润朋公司提交了单方制作的结算报告，但因双方对工程造价无法达成一致。在本案诉讼中，根茂公司也申请工程造价鉴定，最后双方一致同意按德信公司的鉴定意见，根据计算，涉案工程的工程造价为22317629元，扣除润朋公司已支付的工程款21385000元，润朋公司尚欠工程款932629元。合同约定在工程竣工结算并确定总工程结算价款后7天内支付至工程结算总价款的97%、保修期满后7天内按比例无息退还3%的工程质量保修金，该保修期双方未明确约定，双方只是根据规定对相应部位约定了保修期，根据财政部、建设部《建设工程价款结算暂行办法》第十四条第（四）规定，质保金待工程交付使用一年质保期到期后清算。现保修期已届满（至2012年12月12日），润朋公司未按约定支付尚欠的工程款，已构成违约，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条、第十八条的规定，现根茂公司要求润朋公司支付按中国人民银行规定的同期同类贷款利率计算的违约金，理由正当，应予支持，但支付时间应从2012年12月13日起计算。润朋公司提出其余工程价款因双方未结算，付款条件未成就的理由，与事实不符，依法不予采纳。
综上，根茂公司具备工程施工资质，其与润朋公司签订的工程施工协议书，系双方的真实意思表示，内容不违反法律、法规的强制性规定，合法有效，双方均应按合同的约定履行各自的义务。涉案工程竣工后经验收合格并交付使用，现根茂公司要求润朋公司支付尚欠的工程款及按中国人民银行规定的同期同类贷款利率计算的违约金，理由正当，应予支持，但金额应以932629元为准，支付时间应从2012年12月13日起计算；要求支付逾期拨付工程款的违约金30万元，因未在指定的时间内预交诉讼费，该诉讼请求按自动撤回起诉处理；要求对建筑物享有优先受偿权，于法无据，不予支持。润朋公司反诉要求根茂公司支付逾期竣工延误工期违约金，因已超过诉讼时效，依法不予支持；要求赔偿损失，其中金额42550元予以支持，其他部分证据不足，不予支持。依照《中华人民共和国合同法》第四十四条、第六十条、第一百零七条、第二百六十九条、《最高人民法院〈关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释〉》第十七条、第十八条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条规定，判决：一、润朋公司应于判决生效后10日内支付给根茂公司工程款932629元及违约金，违约金从2012年12月13日起按中国人民银行规定的同期同类贷款利率计至判决确定的付清款项之日止；二、根茂公司应于判决生效后10日内支付给润朋公司赔偿款42550元；三、驳回根茂公司的其他诉讼请求。四、驳回润朋公司的其他反诉诉讼请求。如果未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。一审案件本诉受理费50649元，由根茂公司负担42138元，润朋公司负担8511元。反诉受理费87869元，由根茂公司负担340元，润朋公司负担87529元。财产保全费5000元，由润朋公司负担。
本院二审期间，上诉人润朋公司提供了一份证据，即润朋公司于2016年1月28日提交给南靖县城乡规划建设局的一份《报告》，欲证明润朋公司于2016年1月28日向南靖县城乡规划建设局提出逾期竣工违约金的主张，引起诉讼时效中断。被上诉人根茂公司质证认为，对证据的真实性没有异议，但证明内容有异议，被上诉人没有收到《报告》，上诉人只提交给建设局，故无法证明诉讼时效中断。
本院认为，被上诉人根茂公司对上诉人提供的证据的真实性没有异议，故对证据的真实性本院予以确认。《报告》可以证明上诉人曾向南靖县城乡规划建设局反映被上诉人存在工期延误的事实。
对一审判决查明的事实，上诉人润朋公司与被上诉人根茂公司均无异议，本院予以确认。
本案当事人争议的焦点为：1、上诉人润朋公司主张被上诉人根茂公司支付延误工期违约金能否成立的问题；2、被上诉人根茂公司主张上诉人润朋公司支付逾期付款违约金能否成立的问题。对此，本院作如下的分析、认定。
1、关于上诉人润朋公司主张被上诉人根茂公司支付延误工期违约金能否成立的问题
本院认为，根据涉案工程的竣工验收报告，本案工程的开工日期为2010年5月25日，竣工日期为2011年12月12日，实际工期应为560天，扣减合同约定的400天工期，并扣减双方诉讼中无异议的顺延天数：①高中考两年10天；②下雨延长18天；③大雨、停电3天；④台风、中秋3天，共计是34天，被上诉人根茂公司延误的工期为560天－400天－34天＝126天。上诉人润朋公司主张竣工时间应以备案时间为准，即为2014年4月15日，与事实不符，本院不予采纳。被上诉人根茂公司主张上诉人润朋公司诉求延误工期违约金已经超过诉讼时效，因双方之间未就涉案工程进行最终结算，被上诉人的主张缺乏法律依据，不能成立。被上诉人根茂公司主张涉案工程存在增加工程量及上诉人润朋公司存在逾期拨付工程款等情形，应相应顺延工期，其不存在延误工期的事实。根据被上诉人根茂公司提交的上诉人润朋公司无异议的“工程款支付申请表”看，上诉人润朋公司确实存在多次未按期拨付工程款的情形，且根据上诉人二审中提交的证据《报告》看，上诉人《报告》中也仅主张1号楼和2号楼工期延误约12天，同时结合本案存在增加工程量81万多元及被上诉人存在多栋楼同时施工，上诉人拨付工程款时部分款项没有明确具体用途以及本案是新的施工班组接替原施工班组等实际情形，虽然被上诉人根茂公司未严格依照合同约定对于需要顺延工期的一些情形进行签证，但基于合同履行过程中上诉人润朋公司确实存在未及时按约拨款等影响工期因素存在的考虑，上诉人润朋公司主张被上诉人根茂公司支付延误工期违约金，本院不予支持。
2、关于被上诉人根茂公司主张上诉人润朋公司支付逾期付款违约金能否成立的问题
本院认为，上诉人润朋公司与被上诉人根茂公司签订的《建设工程施工合同》专用条款第14.2条约定：在工程竣工结算并确定总工程结算价款后7天内支付至工程结算总价款的97%、保修期满后7天内按比例无息退还3%的工程质量保修金。上诉人与被上诉人于诉讼中一致确认涉案工程的总价款为22317629元，故3%的质量保修金为22317629元×3%＝669528.87元，现上诉人尚欠工程款为932629元，理应扣减质量保修金669528.87元。根据双方签订的《房屋建筑工程质量保修书》的约定，地基与基础工程和主体结构保修期为合理使用年限，屋面防水工程保修期为5年，装修工程为2年，电气管线、给排水管道、设备安装工程为2年。因双方对于各工程的保修金额未作具体约定，故3%质量保修金应以5年保修期为限。涉案工程最迟于2011年12月12日竣工验收合格，依照“保修期满后7天内按比例无息退还”的约定，上诉人润朋公司应于2016年12月19日退还被上诉人质量保修金669528.87元。因被上诉人根茂公司于2016年4月20日提起本案诉讼，起诉主张权利时，相应的保修金保修期限尚未届满，上诉人润朋公司并未存在逾期退款的情形，故被上诉人主张上诉人支付以尚欠款项669528.87元为本金，并自2012年3月1日起按中国人民银行规定的同期同类贷款利率计算的利息，不能成立，本院不予支持。因上诉人润朋公司在收到被上诉人根茂公司的相关决算材料后未及时进行结算，而被上诉人也未及时主张权利，故对于尚欠的工程款263100.13元（932629元－669528.87元）本院酌情确定从被上诉人根茂公司提起本案诉讼之日即2016年4月20日起至付清款项之日止，参照中国人民银行规定的同期同类贷款利率计付利息，超出部分本院不予支持。
关于上诉人润朋公司主张的5000元保全费问题。一审法院根据判决支持的各方数额比例确定双方应负担的保全费用，符合法律规定，并无不当。上诉人主张保全费5000元应由被上诉人根茂公司全部负担，缺乏法律依据，本院不予采纳。
综上所述，上诉人润朋公司的上诉请求部分成立，部分不能成立；一审判决认定事实清楚，但认定上诉人润朋公司主张延误工期违约金超过诉讼时效，并判决上诉人自2012年12月13日起支付逾期付款违约金不当，依法应予纠正。据此，依照《中华人民共和国合同法》第一百零七条，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）、（二）项之规定，判决如下：
一、维持福建省南靖县人民法院（2016）闽0627民初1287号民事判决第二、四项。
二、撤销福建省南靖县人民法院（2016）闽0627民初1287号民事判决第一、三项。
三、上诉人福建润朋房地产开发有限公司应于本判决生效后十日内支付给被上诉人福建根茂建筑有限公司工程款932629元及违约金（违约金以263100.13元为本金，自2016年4月20日起至付清款项之日止，按中国人民银行规定的同期同类贷款利率计付）。
四、驳回上诉人福建润朋房地产开发有限公司的其他上诉请求。
五、驳回被上诉人福建根茂建筑有限公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
二审案件受理费89236元，由上诉人福建润朋房地产开发有限公司负担84236元，被上诉人福建根茂建筑有限公司负担5000元；一审案件本诉受理费、财产保全费的负担按一审判决执行；一审案件反诉受理费87869元，由上诉人福建润朋房地产开发有限公司负担82529元，被上诉人福建根茂建筑有限公司负担5340元。
本判决为终审判决。
审 判 长 邹跃光
审 判 员 廖书茵
代理审判员 许伟森
二〇一八年三月二十九日
书 记 员 陈舒婷
附主要法律条文和执行申请提示：
主要法律条文：
《中华人民共和国合同法》
第一百零七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百七十条第二审人民法院对上诉案件，经过审理，按照下列情形，分别处理：
（一）原判决、裁定认定事实清楚，适用法律正确的，以判决、裁定方式驳回上诉，维持原判决、裁定；
（二）原判决、裁定认定事实错误或者适用法律错误的，以判决、裁定方式依法改判、撤销或者变更；
（三）原判决认定基本事实不清的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审，或者查清事实后改判；
（四）原判决遗漏当事人或者违法缺席判决等严重违反法定程序的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审。
原审人民法院对发回重审的案件作出判决后，当事人提起上诉的，第二审人民法院不得再次发回重审。
执行申请提示：
《中华人民共和国民事诉讼法》第二百三十九条：申请执行的期间为二年。申请执行时效的中止、中断，适用法律有关诉讼时效中止、中断的规定。
前款规定的期间，从法律文书规定履行期间的最后一日起计算；法律文书规定分期履行的，从规定的每次履行期间的最后一日起计算；法律文书未规定履行期间的，从法律文书生效之日起计算。