山东省昌邑市人民法院
民 事 判 决 书
（2015）昌民初字第1264号
原告：昌邑市信泰建筑安装工程有限公司（反诉被告，下简称原告），住所地：昌邑市文昌南路66号。
法定代表人：徐照凯，董事长。
委托诉讼代理人：杨明珂，山东恒昶律师事务所律师。
被告：山东潍水房地产开发有限公司（反诉原告，下简称被告），住所地：昌邑市交通路东段。
法定代表人：张传杰，总经理。
委托诉讼代理人：刘代鹏，系该公司职工。
委托诉讼代理人：宋远，山东海洋律师事务所律师。
原告昌邑市信泰建筑安装工程有限公司与被告山东潍水房地产开发有限公司建设工程施工合同纠纷一案，本院立案后，依法适用普通程序，公开开庭进行了审理。第一、二、三、四、六次开庭，原告委托诉讼代理人杨明珂及被告委托诉讼代理人宋远到庭参加了诉讼；第五次开庭，原告委托诉讼代理人杨明珂及被告委托诉讼代理人杨秋兰到庭参加了诉讼；第七次开庭，原告委托诉讼代理人杨明珂及被告委托诉讼代理人宋远、杨秋兰到庭参加了诉讼；第八次开庭，原告委托诉讼代理人杨明珂及被告委托诉讼代理人宋远、刘代鹏到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告向本院提出诉讼请求：1、请求判令被告支付原告工程款14129921.82元及利息；2、诉讼费用由被告承担。第六次开庭，原告将第一项诉讼请求变更为请求判令被告支付原告工程款7019514.46元及利息。
事实与理由：原、被告于2010年7月5日签订建设工程施工合同，合同约定由原告承建被告开发的昌邑市潍水蓝湾小区B21#、B22#住宅楼。该工程已于2014年12月30日竣工验收交付给被告，但被告未按备案合同约定支付原告工程款，尚欠原告工程款7019514.46元。
被告辩称，原告没有提供竣工资料和结算资料，双方还没有作出最终工程造价结算；原告逾期交工给被告造成损失，被告提出反诉。
被告向本院提出反诉请求：1、判令原告赔偿损失1451349元；2、诉讼费用由原告承担。在审理过程中，被告将第一项诉讼请求变更为：判令原告赔偿损失1540568元。并增加一项诉讼请求，请求判令原告履行配合被告竣工验收备案的义务。
事实与理由：2010年7月5日双方签订合同，原告承包了被告潍水蓝湾小区B21、B22住宅楼工程，合同约定于2011年11月10日竣工交付，但原告未能按期完成施工，给被告造成逾期交房等损失。
针对被告的反诉，原告辩称，被告反诉依据的合同是原、被告双方所签订的备案合同，被告一方面主张该合同无效，另一方面又依据该合同提起反诉，是相互矛盾的。由于被告前期没有及时办理工程开工手续，在工程开工后没有按照合同约定按期支付工程进度款，被告还将部分工程指定分包，从而导致该工程延期竣工交付，延期交付的责任在被告，被告的反诉请求不能成立。
当事人围绕诉讼请求向本院提交了证据，本院组织当事人进行了质证、认证。根据当事人陈述及经审查确认的证据，本院认定事实如下：
2010年7月5日，原、被告双方签订建设工程施工合同一份，约定由原告承建潍水蓝湾住宅楼B21、B22，建筑面积为26140.96m2。承包范围为施工图纸内土建、安装（水、电、暖）工程内容。开工日期为2010年7月8日，竣工日期为2011年11月10日。合同工期总日历天数490天。合同价款为48400000元。专用条款23.2约定，本合同价款采用可调价格合同方式确定。工程量未变更部分，以投标报价工程量为准；变更部分单独计算。26约定，双方约定的工程款支付的方式和时间为，施工企业进场后工程进度割算拨款，基础割算一次，以上分层割算，工程竣工时拨至95%，余款留做保修金，按规定保修期满质量并达到保修标准后，保修金一次性付清。工程质量保修书约定，质量保修范围包括地基基础工程、主体结构工程、屋面防水工程和双方约定的其他土建工程，以及电气管线、上下水管线的安装工程、供热、供冷系统工程等项目。具体质量保修内容双方约定为施工图纸内土建、安装（水、电、暖）工程内容。质量保修期从工程实际竣工之日起计算。分单项竣工验收的工程，按单项工程分别计算质量保修期。土建工程为按国家规定，屋面防水工程为五年；电气管线、上下水管线安装工程为二年；供热、供冷为两个采暖期及供冷期；室外的上下水和小区道路等市政公用工程为国家规定；甲方自理及分包的项目，甲方甩项部分、不执行定额按协议价格单独执行部分及甲方供材料部分不在保修范围内。工程质量保修金一般不超过施工合同价款的3%，本工程约定的工程质量保修金为施工合同价款的5%。质量保修金银行利率为同期贷款利率。发包人在质量保修期满后14天内，将剩余保修金和利息返还承包人。
原、被告另行签订建设工程施工合同补充协议一份，约定工程名称为昌邑市潍水蓝湾B21#、B22#住宅楼，建筑面积约27503.72平方米，承包范围为按设计图纸内容原告进行总承包。消防、电梯、中央空调由被告另行发包，原告计取发包项目总造价1%的协调管理费。第三条约定结算方式为，本工程适用1996年山东省综合定额及相关文件规定。工程类别按1996年山东省综合定额规定核定，取费等级为乙级。第四条对工程款拨付的约定为扣除甲方单独分包项目和甲方供料款（甲方供料款应按付给乙方的拨款比例扣除）以后按以下工程进度段落和约定的比例支付工程款。按甲乙双方共同确定的预算造价为基数，其中80%拨工程款，20%以商品房形式抵顶工程款，在签订本协议施工队伍进场后先预付预算造价20%的商品房，甲乙双方共同确定商品房的位置和户型，乙方抵顶的商品房，商品房价格与同期销售价格一致，享受甲方推出的优惠条件。工程进度款拨付：工程主体二层完成付工程进度款的70%，工程主体六层完成，付工程进度款的70%，工程主体十层完成，付工程进度款的70%，工程主体完成，付工程进度款的70%，工程砌墙完成，付工程进度款的70%，工程内外墙抹灰完成，付工程进度款70%，屋面、楼地面完成，付工程进度款的70%，工程竣工清理，付工程进度款的70%；竣工验收3个月内结算审计完成并付至审定总价的75%；留5%做作保修金在工程竣工验收后两年内拨付4%，剩余在保修期满后七日内一次付清。第六条约定，招标代理费、交易费甲乙双方各承担一半。第九条约定，未尽事宜，双方协商解决，违背协议实质性内容的其他协议均无效。
关于工期问题，讼争工程开工日期为2010年12月30日，计划竣工日期为2012年12月30日。2014年12月30日，工程竣工验收并交付被告使用。
关于工程款问题，原、被告双方均认可以房抵顶工程款9373155.9元。甲供材金额为2281288.15元。原告主张已付工程款23175860.93元，被告主张已付工程款22655861元，双方认可原告主张的工程款数额包含B22#楼及连接2层内墙涂料项目及地暖项目工程款。
关于被告指定分包工程，在合同的实际履行过程中，分包项目由被告与分包方签订分包合同，由被告向分包方拨付工程款。总承包服务费计入工程总造价中。经原、被告双方核对及法庭认定，被告指定分包的工程有：消防、电梯、中央空调、门窗、内外墙装饰(除B22#楼及连接2层内墙涂料工程)、外墙保温。
本案双方当事人争执的焦点有二，一是讼争工程工程款问题；二是逾期竣工违约责任问题。
一、关于工程款问题，又分为两个问题，其一为原告具体施工范围；其二为讼争工程应以哪份合同作为工程价款的结算依据。
（一）原告的具体施工范围。
原、被告双方对原告施工潍水蓝湾B21#、B22#楼土建、新增地下车库、水电工程无异议，有异议的项目为43份签证涉及的工程、B22#楼及连接2层内墙涂料工程、B21#、B22#地暖工程。
关于43份签证涉及的工程，原告提供由监理单位山东省建设监理咨询有限公司盖章的43份签证。该宗证据施工单位处有徐振海签字、监理单位处有栾志田签字，甲方处有高振光、赵子平、杨云涛、徐金贵签字。原告提供上述证据证明在原告施工过程中，增加负二层施工面积1469.13平方米，车库面积610.35平方米。被告对上述证据中15-17页的设备变更通知单及18-20页的图纸真实性无异议，对其他签证单真实性不予认可。
本院认为，监理单位与工程建设方之间是委托法律关系，虽监理单位系以自己的名义进行监理活动，但相对于施工方而言，监理单位的监理行为可以视为建设方的行为，对建设方亦具有法律效力。故本案中，原告作为施工方，虽提供的部分签证系复印件，但监理单位在其上加盖公章，表明对上述证据的认可。原告提供的签证中有高振光、杨云涛、赵子平的签字，虽被告对上述人员的签字不予认可，但经与被告提供的相关签证相比对，笔迹基本一致，故推定为上述人员的签字。被告对上述证据中的设计变更通知单及图纸是认可的，说明讼争工程确实有工程量变更情况，根据建筑行业的通常作法，工程竣工验收后，相关资料应由建设方即被告掌握，被告未在法庭规定的期限内提交证据，视为举证不能，对原告提交的上述43份签证的真实性及效力，本院予以确认。签证是原、被告双方在合同履行中对工程量进行变更的记录，该43份签证所涉及的工程量应计入原告施工范围。
关于B22#楼及连接2层内墙涂料、B21#、B22#地暖工程问题，被告主张这两部分工程是被告分包给徐振海个人施工，不应计入原告施工范围，提供B22#内墙涂料分包合同及六份收款收据，证明徐振海已支取上述两项工程款500000元。原告出具说明一份，主张上述项目由原告完成，权利由原告享有。
本院认为，B22#楼及连接2层内墙涂料、B21#、B22#地暖工程属于原、被告双方建设工程施工合同的工程承包范围，不属于甩项工程，徐振海与被告签订的分包合同只是就上述工程的内容在备案工程的基础上进行了变更，该部分工程量应计入原告施工范围。
（二）讼争工程应以哪份合同作为工程价款的结算依据。
原告主张讼争工程应以备案合同作为工程价款的结算依据。提交中标通知书及2010年7月5日原、被告双方签订的建设工程施工合同各一份。该合同为备案合同，投标的预算编制依据是2003年山东省建筑消耗量定额。
被告质证称，对证据的真实性无异议，但有一部分工程是被告另行分包的，并非原告施工。
被告主张讼争工程的招投标程序违反《招投标法》强制性规定，备案合同无效，应以双方签订的补充协议为准，提交以下证据：
1、提交建设施工合同补充协议一份，约定本工程适用1996年山东省综合定额及相关文件规定。协议最后一页在电话一栏标注“2010.5.21”。被告以此主张该份协议签署日期为2010年5月21日。被告主张补充协议是双方在招投标之前协商确定的计价办法及付款方式，在招投标前就已协商好由原告中标，所以双方签订的备案合同是无效的。双方不仅有涉案B21#、B22#楼的承包关系，还存在A8、9、10#楼、39-41#楼的承包关系。
原告质证称，对补充协议的真实性无异议，但该补充协议的签订时间不是2010年5月21日，是在备案合同之后签订的，时间是被告后填的。原告提交内容相同的补充协议一份，该份协议书上没有签订日期。庭审中，被告认可曾向造价审计部门提交过一份协议书，亦没有标明签订日期。
2、提交2013年11月3日，原、被告双方签订的协议书一份，原告的签约代表为徐振海。该协议书不仅涉及本案的B21#、B22#楼，也涉及到徐振海施工的A8-A10、39-42七个多层的工程款的结算。
提交昌邑市潍水蓝湾住宅楼A8、A9中标通知书一份，证明A8、A9#楼的中标单位是昌信建筑有限公司，中标时间为2010年7月19日，工程实际是2009年就已完工，实际施工人是徐振海。
提交B21、B22号楼投标人资格预审合格通知书三份，证明讼争工程投标人仍是由徐振海借用原告及昌信建筑公司等投标人的资质进行投标，在协议书中已将A8、A9都作为原告单位所施工的工程，证明两单位是有利害关系及利益关系的。讼争工程实际施工人是徐振海。
原告质证称，对证据的真实性无异议，但徐振海并非实际施工人，而是原告公司的项目经理，是原告公司承建了讼争工程。原告提交徐振海的项目经理资格证书、建造师证书、潍坊市社会保险参保证明证明徐振海为原告单位职工。
3、提交被告开会时在电脑上自行记录的2010年5月14日和2010年6月11日的会议纪要。2010年5月14日的会议纪要载明，讼争的小高层楼已开始出售，下周计划是由新开高层与施工方签订协议，证明双方是在2010年5月21日签订的补充协议。2010年6月11日会议纪要载明，销售部已将讼争工程楼房基本卖完，会议的总结是讼争工程应当尽快办理各项手续。被告主张以上证据形成证据链，可以证实原、被告在招投标之前已开始谈判由徐振海借用原告的资质进行施工。
原告质证称，上述证据系被告单方制作，不具法律效力，原告不予认可。
4、提交2010年10月2日顶房明细一份，证明当日原、被告按照补充协议抵顶了部分房屋。
原告质证称，对顶房明细的真实性无异议，但这份证据只是双方商定部分预售的房源可由原告联系出售，并约定了房屋价格，不是原告接收了上述房屋，以上述房屋抵顶了工程款。在2010年10月2日，讼争工程并未开工，房屋并未建成。
经审委会研究，本院认为，被告主张徐振海为实际施工人，双方签订的备案合同为无效合同，但原告举证证明徐振海系原告公司职工，故对被告的该项抗辩，本院不予采信。被告主张原、被告在招投标前对讼争工程的工程价款等实质性内容进行了谈判，并签订了标前合同，提供了原、被告签订的补充协议一份。但被告提交的补充协议除末尾填写“2010.5.21”外，内容与原告提交的补充协议完全一致，原告对被告主张的签订时间2010年5月21日不予认可，被告提供的会议纪要系被告单方制作，不能与其提供的填有时间的补充协议组成完整的证据链条，不足以证明原、被告签订了标前合同。被告亦未再提供其他证据证明招投标过程违反了法律法规的强制性规定，故讼争工程的招投标过程合法，中标有效，备案合同有效。依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条之规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。故本案应以备案合同即原告提供的建设工程施工合同作为结算工程价款的根据。
本院委托山东金诺工程咨询有限公司对讼争工程的工程造价进行鉴定，该鉴定机构于2017年11月14日作出山金鉴报字[2017]112号鉴定报告。鉴定结论为工程总造价为41849241.14元（包括散水项目6419.9元）。其中潍水蓝湾B21#、B22#楼、新增地下车库、水电项目金额为39643737.05元；B21#、B22#43张签证金额为512507.41元；B22#楼及连接2层内墙涂料金额为406127.48元；B21#、B22#地暖项目金额为1286869.20元。鉴定报告第四页鉴定人处有注册造价工程师唐梅煜、工程造价专业人员刘某及韩玮签字，复核人处有注册造价工程师刘建荣签字。原告花费鉴定费493250.18元。
被告对鉴定人员资格提出异议，认为鉴定人刘某、韩某具备鉴定资格，该鉴定报告不具有法律效力。同时，被告对鉴定报告提出异议，认为鉴定报告应采用96定额计价，地下车库无计算依据，43张签证不能作为鉴定依据，B22#楼及连接2层内墙涂料及B21#、B22#地暖项目系被告分包项目，不能计入鉴定报告，散水项目不应计入工程造价，还存在其他工程量方面的质疑。
鉴定机构于2018年3月17日出具补充报告并于2018年4月8日由工程造价专业人员刘某、韩玮出庭接受了双方当事人的质询，对被告的质疑一一进行了答复，并于4月10日提交了补充证据。原告认可部分散水项目不在原告施工范围内，系被告分包工程，散水项目工程款可全部扣除。
本院认为，讼争工程的鉴定报告上有两名注册造价工程师及两名工程造价专业人员签字，其中刘某、韩玮作为参与鉴定过程的工程造价专业人员，有权出庭接受当事人的质询。本案系经本院审委会研究决定后，本院委托鉴定部门按照备案合同约定的2003年定额进行鉴定，该鉴定报告的计价方式是合理的。同时，43份签证涉及的工程量、B22#楼及连接2层内墙涂料及B21#、B22#地暖工程均属于原告的施工范围，均应计入工程造价。原、被告均认可散水项目不应计入原告施工范围，故对该部分造价予以扣除。鉴定机构对被告的质疑给予合理的答复并提供了相关证据，该鉴定报告有理有据，对其效力本院予以确认。
关于讼争工程的工程款问题，原告主张已付工程款23175860.93元，被告主张已付工程款22655861元，双方均认可差额部分为B22#楼及连接2层内墙涂料及B21#、B22#地暖项目工程款，故本院对原告主张的数额予以确认。综上，讼争工程的工程造价为41842821.24元（41849241.14元-6419.9元），被告已付工程款23175860.93元，以房抵顶工程款9373155.9元，甲供材金额2281288.15元，被告尚欠原告工程款7012516.26元。
原告要求被告自2014年12月31日起，按中国人民银行同期贷款利率支付利息。
二、逾期竣工违约责任问题
讼争工程开工日期为2010年12月30日，计划竣工日期为2012年12月30日。2014年12月30日，工程竣工验收并交付被告使用，存在逾期竣工问题。
关于逾期竣工违约责任问题，被告提供以下证据：
1、提供逾期交房违约金付款凭证三十七份，证明被告已向业主支付违约金1540568元，该损失应由原告承担。原告认为被告与第三方签订的合同所产生的违约金效力不应及于原告，且被告提供的票据非正式票据，不能证实被告已经向第三人支付了相应的违约金。
2、提供2014年11月6日建筑工程质量整改通知单、2014年11月28日建筑工程质量整改通知单各一份，证明至2014年11月28日原告施工的室外无障碍坡道仍未施工完成。
原告主张逾期竣工问题的产生，是由于被告未及时办理讼争工程开工手续，没有按时支付建设工程形象进度款，没有按时提供甲供材，被告所分包的工程也没有按时完工，且施工过程中变更了施工图纸，增加了工程量等造成的。为证明自己的主张，原告以下证据：
1、提供讼争工程的建筑工程施工许可证一份，载明获得时间为2011年2月16日。
2、提供工程施工节点、付款明细表各一份，证明被告未按时支付工程形象进度款。
3、提供施工日志九本，证明实际开工时间为2011年3月1日。
4、提供地下－2层的施工图纸及43份签证单，证明工程量增加。
5、原告主张被告庭审中提交的甲供材明细，可以证明被告的供货时间也未在双方约定的合同竣工期间内，因被告所供材料不及时，导致原告无法及时施工。被告认为甲供材的提供时间是根据原告所施工工程进度，原告没有施工至施工截点，被告无需提前供应材料。
6、提供2013年4月1日原告向被告发出的工作联系单一份，证明原告施工的工程已基本施工完毕，但因被告分包工程没有完工，导致物料提升机和塔吊无法拆除，影响施工。
7、提供2013年9月11日，被告向原告发出的通知书及审计费用单一份，证明截至2013年9月11日，被告单方主张讼争工程已超付487万元，以此为由拒绝向原告继续支付工程进度款。
8、提供被告提交的2013年11月3日原、被告双方签订的协议书一份，约定被告向原告支付工程款350万元。后被告直至2014年2月18日才支付协议约定的工程款350万元。
9、提供原告向被告发出的2013年7月28日工作联系单及2013年9月26日的停工通知一份，以圆通快递的形式发出。被告主张并未收到上述两份证据。
10、原告主张被告提供的甲方分包工程表格及分包合同，可以证明讼争工程没有按照合同约定完工是由于被告将部分工程分包后，所分包的工程未能及时完工。被告主张是由原告进行总承包管理，按照建筑法及建筑管理承包条例的规定，原告应对分包项目的工期、质量负责。
关于被告指定分包工程，被告提交分包合同复印件十九份，其中包括被告于2012年5月26日与昌邑市通用门窗有限公司签订的关于B21#、B22#门窗制作安装工程分包合同各一份；于2012年5月27日与日照康悦保温工程有限公司签订的关于B22#外墙保温及外墙漆分包合同一份；于2012年8月21日与潍坊山前节能建材科技有限公司签订的关于B21#外墙保温及外墙漆分包合同一份；于2013年3月12日与中信门业签订的关于楼宇门及对讲系统分包合同一份；于2013年3月13日与临朐赢嘉消防器材有限公司签订的关于防火门制作安装及入户门供货安装分包合同一份；于2013年3月14日与临朐福润金属门窗厂签订的关于车库门及地下室门供货安装分包合同一份；于2013年5月15日与临朐福润金属门窗厂签订的关于北沿街肯德基门工程分包合同一份；于2013年5月16日与昌邑围子镇明杰金属门窗厂签订的关于护栏、阳台护栏、飘窗护栏的分包合同一份；于2013年5月23日与北京丽贝亚筑装饰有限公司签订的关于沿街外墙石材干挂工程分包合同一份；于2013年6月15日与蔡日科签订的关于B21#楼内墙腻子分包合同一份；于2013年11月28日与安丘市东方装饰有限公司签订的关于轻质防火隔板工程的分包合同一份；于2014年9月24日，与日照茂森景观工程有限公司签订的关于南北广场压印地面的工程合同一份；于2016年2月6日与昌邑大华装饰工程有限公司签订关于讼争工程空调格栅安装工程施工协议；与临朐县福润金属门窗厂签订的高层楼顶护栏制作安装分包合同无签订日期。
11、提供主体工程验收记录二份，证明B21#楼主体工程于2012年4月29日验收，B22#楼主体工程于2012年5月11日验收。被告对证据的真实性无异议。
12、提交2013年3月21日工作联系单一份，由监理人员栾志田签字，证明讼争工程主体、内外墙抹灰完工的时间节点。
本院认为，通过庭审中原、被告双方的举证情况可以看出，讼争工程存在逾期竣工问题，但逾期竣工问题是多方面原因造成的。根据原告提供的讼争工程的主体工程验收记录，可以看出原告单独施工的B21#楼主体工程于2012年4月29日验收，B22#楼的主体工程于2012年5月11日验收，主体工程的验收时间均远远早于原、被告双方合同约定的竣工时间。进入装饰阶段后，有原告施工的项目，亦有被告指定分包的项目，各项目交叉进行，被告提供的分包合同的签订时间大半在原、被告双方约定的竣工日期之后，即使被告抗辩原告施工的工程在2014年11月未完工，但被告指定分包工程，由被告直接与分包方签订分包合同，与分包方直接结算，原告亦未收取分包方的协调管理费，且双方合同约定分包工程质量问题由分包单位负责。故分包工程的逾期竣工责任应由被告承担。原、被告双方签订的施工合同约定工程竣工时，工程款拨至95%，余5%作为质保金，质保期满后一次性付清。因工程竣工时，双方并未进行最终审计结算，故质保金应暂按合同价的5%计算即2420000元。结合被告的付款情况及尚欠工程款7012516.26元的事实，可以看出被告存在逾期付款情形。被告还存在未及时办理讼争工程开工手续，施工过程中工程量增加的情形，故讼争工程存在工期顺延的多种情形。
综上，本院认为，原、被告双方于2010年7月5日签订的备案的建设工程施工合同系双方真实意思表示，合法有效。被告提供的证据不足以证明原、被告签订了标前合同，亦不能证明招投标过程违反了法律法规的强制性规定，对被告提出的备案合同无效的抗辩，本院不予采信。本院委托山东金诺工程咨询有限公司对讼争工程的工程造价进行鉴定，该鉴定机构于2017年11月14日作出山金鉴报字[2017]112号鉴定报告。虽被告对鉴定报告提出异议，但鉴定机构作出了合理的答复并由参与鉴定的专业人员出庭接受了当事人的质询，提供了相应的依据，该鉴定报告有理有据，对其效力本院予以认定。经审查，被告尚欠原告工程款7012516.26元未付，故对原告要求被告支付工程款的请求，本院予以支持。根据原、被告合同约定，质量保修期从工程实际竣工之日即2014年12月30日起计算，被告分包的项目不在保修范围内，因原告施工的工程早已过质保期，被告应将剩余工程款7012516.26元全部支付给原告。
讼争工程逾期竣工的情况客观存在，但也存在工期顺延的多种情形。然因施工过程中签证、联系单的不规范，无法确定具体工期顺延的天数。原、被告双方对讼争工程的逾期竣工都有一定的责任，综合原、被告双方提供的证据，酌情认定原告承担40%的责任。虽原、被告双方合同对逾期竣工违约金未作明确约定，但被告出现逾期交房的情况与讼争工程逾期竣工有一定的关联性，由此产生的损失即逾期交房违约金应由本案的违约方承担。被告提交的37份逾期交房违约金付款凭证，虽非正式的票据，但被告已经对业主进行了赔偿，该部分损失由原告承担40%即616227.2元（1540568元×40%）。
原告主张利息自2014年12月31日起，按中国人民银行同期贷款利率计算，符合法律规定，本院予以支持。对于被告请求原告履行配合被告竣工验收备案的义务的反诉请求，因被告已提起另案诉讼，本院不予处理。
关于讼争工程造价审计费用问题，参照《建设工程价款结算暂行办法》第十四条之规定“单位工程竣工结算由承包人完成结算编制，发包人审查并给与确认或修改意见，发包人根据确认的竣工结算报告向承包人支付工程竣工结算价款”，故对于工程最终结算价款的确定，施工方负有提供结算资料的义务，发包人负有审查确认义务。在不涉及诉讼的建设工程审计中，审计费用一般由作为付款义务人的发包方承担。但在本案中，因原、被告双方对工程造价的基本计价依据产生争议，导致无法由被告自行委托审计，而由法院委托第三方对工程造价进行鉴定，该鉴定费用应由原、被告双方共同承担，各担50%，即246625.09元。
依据《《中华人民共和国合同法》第二百六十九条、第二百七十九条、第二百八十六条、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条、第十六条、第十七条、第十八条、第二十一条之规定，判决如下：
一、被告山东潍水房地产开发有限公司支付原告昌邑市信泰建筑安装工程有限公司工程款7012516.26元及利息（以7012516.26元为基数，自2014年12月31日起至被告实际付款之日止，按中国人民银行同期贷款利率计算），于本判决生效之日起十日内付清；
二、原告昌邑市信泰建筑安装工程有限公司支付被告山东潍水房地产开发有限公司逾期竣工违约金616227.2元，于本判决生效之日起十日内付清；
三、驳回原告的其他诉讼请求；
四、驳回被告的其他反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费60887.61元，财产保全费5000元，共计65887.61元，由被告负担。反诉案件受理费18665元，减半收取9333元，财产保全费5000元，共计14333元，由原告负担8582元，由被告负担5751元。鉴定费493250.18元，由原告负担246625.09元，被告负担246625.09元。
如不服本判决，可于判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于山东省潍坊市中级人民法院。
审 判 长 刘斐斐
人民陪审员 吴克忠
人民陪审员 韩凤霞
二〇一八年五月二十八日
书 记 员 张 洪