贵州省赫章县人民法院
民 事 判 决 书
（2015）黔赫民初字第129号
原告赫章县国土资源局。
法定代表人赵朝勇，赫章县国土资源局长。
委托代理人安飞宇（特别授权），赫章县国土资源局交易中心主任。
委托代理人王翔（特别授权），赫章县国土资源局法规股股长。
被告赫章县强臣房地产开发有限公司。
法定代表人文守华，强臣公司经理。
委托代理人徐义和（一般代理），强臣公司员工。
原告赫章县国土资源局诉被告赫章县强臣房地产开发有限公司建设用地使用权出让合同纠纷一案，本院受理后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告赫章县国土资源局的委托代理人安飞宇、王翔及被告赫章县强臣房地产开发有限公司委托代理人徐义和到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告赫章县国土资源局诉称：2004年7月23日，赫章县强臣房地产开发有限公司以出让方式取得的赫章县老城关镇地块，地块编号HTGJ04001号，该地块面积18600.51平方米。成交价661万元。土地用途为商住综合。规划指标容积率为1,68，建筑密度为28%，由于该公司超容积率进行开发建设，依照《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第十八条、《贵州省实施〈中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例〉办法》第二十条、《贵州省国土资源厅关于规范办理改变土地使用条件手续有关问题的通知》第三条等规定，及我局委托贵州海天房地产资产评估事务所有限公司作出的相关《评估报告书》。该公司调整容积率部分应繳地价款951.76万元，扣除该公司己交毕节市人民检察院转交我局的50万元地价款，还应繳纳904，76万元。综上所述，为保护国有资金的安全，规范土地出让秩序，及时收回拖欠的土地出让价款及违约金，现依法向贵院提起诉讼，恳请贵院判令支持原告的诉讼请求。1、请求判令被告缴清调整容积率部分应缴地价款90176万元；2、请求判令被告承担本案全部诉讼费用。
被告赫章县强臣房地产开发有限公司辩称：我公司2004年经赫章县政府招商引资来到赫章，同年7月原告招、拍、挂出让老城关镇片区旧城改造项目，我公司竟得该宗土地开发时发现存在诸多疑难问题。
(一)、土地问题。原告在拍卖土地前未将村民集体土地征收为国有土地，就违反规定挂牌出让，导致被告在实施拆迁时无法进行拆迁，村民提出的条件是，拆迁可以，但需在异地划一块与原有面积一致的宅基地，答辩人只有找政府和被告协调，但一直未解决，后经政府和被告进行协商，按拍卖价355，37元/平方米由答辩人先补偿给村民或按土地面积折算成房屋补偿，待该项目结束后一次性清算返被告，被告一直按此标准与村民协商拆迁补偿，村民在答辩人处领土地补偿款和房屋安置面积都有据可查。
(二)、拆迁问题。
1.该土地面积为18600.57平方米，摸底调查应拆除面积28000平方米，前期A、B、C三栋拆迁私房7619.09平方米，（城关镇政府1573.98平方米货币补偿，派出所825平方米异地建设不在其中），三栋开发面积18818.11平方米，在拆迁户回迁过程中每家又多要面积，超出面积按551元/平方米补差，实际还房面积9156.76平方米，商品房销售按成本价给老百姓650元/平方米。集体土地拆迁一直受阻，各职能部门白天晚上到村民家、也包括当时的县领导都到过村民家做过工作，到2006年才慢慢开始理解，有几户还是经法院强拆的，折出来了，物价也涨了，答辩人承诺的650元/平方米只能保建安造价（当时夜郎广场销售价为1250元/平方米），拆迀户过多，靠326国道的两个单元又拆不了，因此，遗留问题出来了，十多户拆迁户无法安置。
2、2008拆迁更难，未安置的被拆迁户天天到被告公司、政府闹事，被告无力解决，天天给政府写申请、报告，如果政府再无法解决村民集体土地，答辩人只有放弃该片土地的开发，未安置的拆迁户交由政府解决，政府召开紧急会议，同意答辩人提出拆迁的陈家湾组暂不开发，在已拆迁的土地上建高层，同时按原成交价355，37元/平方米计算扣减土地出让金，赫章县人民政府县长办公会议纪要赫府字（2007)7号，关于建设工作有关问题的会议纪要。五、关于强臣房地产开发有限公司实施老城区开发遗留问题。
三、容积率问题
1、2011年县城规委提出2004年土地挂牌容积率1.68。而在当时的土地招、拍、挂现场答疑会上就提出了，如果按此容积率该片土地只能建31248平方米，因此，1.68的容积率根本无法实施旧城改造及现实状况，县政府同意只要满足规划设计条件，由答辩人作方案，报县城规委会审查，已通过并办理了相关手续。
2、县城规委对提出2011年的规划容积率3.92〔建筑占地面积4670平方米，建筑层数18+1层地下一层〕。
A、B、C三栋从未超方案，政府同意建高层的E栋建筑占地面积只有1187平方米，建筑面积21000多平方米，县城规委计算得出建筑占地面积4470平方米（18+1）层=85000多平方米，按实际建筑面积多出了64000多平方，相当于修建了四栋高层。
3、土地评估
2004年被原告招、拍、挂出让给被告的地价为355.37元/平方米，而现在原告评估2004年的地价为3308元/平方米，2011年的地价为6897元/平方米，原告要被告按6897元/平方米增收高层土地出让金，相当于按460万/亩生地出让价（拆迁土地补偿不在内，就拿出让给白果新区、农业局片区的净地价也才100多万/亩），并且政府同意建高层的会议纪要上也明确了按原成交价计算扣减未开发的土地。
2004年、2005年政府出台了两份关于计算土地出让金的优惠政策文件。
(四)、高层安置、补偿情况
1、政府同意建高层后，但此土地产权属于贵州久联集体所有，被告给政府汇报后，政府派人与贵州久联集体协调，请他们理解政府难处，把该土地让出来，政府不再异地规划，让被告先垫付100万元补偿久联公司，政府至今未还被告，同时应在出让金中扣减。
2、拆迁安置共计48户，安置面积5595，92平方米。
3、原交定金1万元，订购4栋1单元的购房业主10户，售价按建安价1700元/平方米，面积1085.89平方米。
4、另有一户村民按规划委要求，在原地给他修了一栋500平方米的房屋还给他，本应由政府异地划地修建，因政府无地可划，就由被告在开发土地上代建后至今未算账，应在出让金中扣减。
综上所述：被告在开发老城关镇片区旧城改造项目过程中修建高层，是被告在赫章深陷多年无法开展工作，为解决遗留问题，经县政府会议纪要同意后实施的，并未违反法律、法规，符合贵州省人民政府和赫章县人民政府的相关规划规定，并不存在违规擅自变更规划，更不存在增加建筑面积不交土地出让金，被答辩人不按2004年的土地出让价355.37元/平方米计算，而按2011年的净地价6897元/平方米计算，更未执行县政府〔2007〕7号会议记要精神，显然不公平、不公正。答辩人多次请示汇报，原告至今未将集体土地征收为国有土地，由于该片区土地未彻底解决，给被告留下诸多遗留问题，导致重大经济损失。原告有不可推卸的过错责任，被告已建和未建的面积，原告按整块土地计算出让金，同时，未经被告认可，单方请评估公司按整块土地评估，并按2011年净地价6897元/平方米计算土地出让金，也就是说把陈家湾组未开发的土地面积一并计算在内，使答辩人无法按受。因此，请求人民法院根据本案存在的客观事实，并建议人民法院依据县政府的三分会议纪要组织原被告算账或请中介机构计算，以维护双方的合法权益。
原告赫章县国土资源局为了支持自己的主张，提供了以下证据：
第一组：186、187、1.88号三份《评估报告》。用以证明被告超容（即多修了建筑平方）的时间、面积、及应补交的剩佘金额。三份评估报告评估的内容不一样，评估的目的一样，评估报告是回到基准日去评估，所以每超容一次，就要从基准日开始重新评估，才有三次评估报告。
被告质证认为：1、从原告方提供的评估报告来看，三次评估报告，面积一样，形成时间一样，但结果却不一样；2、规划局的那些情况说明等有错误，原告方的评估把未建的和已建的都算进去了；3、三次评估不符合政府会议纪要精神；4、当时在开答疑会的时候，说的标准不一样,修高层3.92的容积率是政府同意的，容积率之所以从1.68调整到3.92，是为了更多的拆迁户，且经政府审批了我方才作如此调整；5、钱该给的应该给，但是账必须算清，我方也有社会责任。综上，被告方不认可该三份评估报告。我方申请由法院主持双方再行选择评估机构。
第二组：规划局的《规划条件》。用以证明原告方评估报告中的数据系据规划局的该方案而得。值得说的是，如果未经领导同意就调整容积率，是要被罚款的，领导同意调整容积率，但并不是代表免费调整，因为调整增加容积率必须要补交土地出让金。
被告质证认为：计算有重大错误，不准确，按这个计算，相当于修建了四栋高层，所以该份证据我方不予认可。
第三组：《测绘报告》。规划局和我单位都请了有资质的机构对土地进行了测绘，用以证明我方数据的来源。说明：规划局的数据也不全是依据该数据，因为规划局自己有数据。
被告方质证认为：既然计算的地上存在基础数据上的重大错误，占地面积、建筑面积计算错误，上面算下来是3000多个平方，计算过多，需要重新测绘，所以该测绘报告也不应被采信。
第四组：《国有土地使用权出让合同》，用以证明原、被告之间签订了土地出让合同，且合同中有相关约定。
被告方质证认为：无异议。
被告赫章县强臣房地产开发有限公司为了支持自己的主张，提供了以下证据：
第一组：2004年25号县长办公会议纪要。用以证明凡是涉及到旧城改造项目的，如果是开发商修的，土地出让金就会由政府返还。也就是说原告方的评估报告中含了这些项目。
原告方质证认为：对证据的真实性不持异议，但是达不到被告方的证明目的，因为政府会议纪要首先也应在法律法规范围内，即使按照该会议纪要，算下来被告方是要吃亏的，因为这个与超容的建筑面积没有关系，也就是说如果退了，土地面积就少了，被告方就显然地要吃亏。同时，这需要各走各的渠道，被告方交了出让金，可去政府相关部门退，所以该组证据与本案没有关系。
第二组：2005第64号专题会议纪要。用以证明土地出让金的计算、如何计算、走哪种程序问题。因为该会议纪要涉及到旧城改造项目，我方做的也是旧城改造。今天讲的虽然是超容问题，但实际上就是土地出让金的问题。
原告方质证认为：我方在计算超容面积的时候就没有把垃圾中转站等计算进去，故该组证据达不到被告方证明目的。
第三组：2007第7号县长办公会议纪要。用以证明陈家湾组改造项目确实无法拆，政府专门开了会议同意我们撒出开发，同时对于土地出让费，同意按每平方355.37元算。
原告方质证认为：我方可以按355.37退给被告方，但是对于被告方不利。因为被告方超的是建筑面积，而不是建设用地面积问题。也就是一块土地卖给了你，你也要经规划部门等的管理，而不是想怎么修就怎么修。而现在的问题是，不管被告方是否再建陈家湾组，被告方也是超容了。所以，该份证据达不到被告方的证明目的。
第四组：用地红线图。用以证明A栋1单元1梯2户1576平方米未修建、C2栋2单元1梯4户9600平方米未修建。
原告方质证认为：C2栋我们确实在评估报告中以9018平方米进行了计算，也就是我们土管局提交的调髙容积率补交地价款计算表的最后一栏，金额为399.95万元，对此笔款可以不予计算在内，从总金额中扣除；A栋1单元1梯2户1576时未修建的这部分是否包含在我方的评估报告内暂时不清楚。
第五组：建筑面积统计表。用以证明修建的建筑而积总共为39047.21平方米。
原告方质证认为：这是被告方单方提供的，没有房管部门盖章，不予认可。
第六组：关于老城区改造项目拆迁安置面积的说明（附表格和拆迁协议）。用以证明我方在此工程项目中共拆迁了93户，还房面积10422平方米，该面积不应当缴纳土地出让金，应当从土地出让金中扣除相应的金额。
原告方质证认为：被告方称共拆迁了93户，还房面积10422平方米，如是由有关单位认可，则我方认可，暂时是没有异议的。另外被告应提供不应当繳纳土地出让金的法律法规等文件规定，我方就认可。
第七组：为被拆迁户修建500平方米房屋的说明（附补偿合同3份）。用以证明为被拆迁户修建500平方米房屋及还安置房360平方米，共860平方米，所对应的土地出让金860平方米﹡355.37元/平方米=305,618.20元；建房资金860平方米﹡3000元/平方米=2580，000.00元。两项合计2,885,618.20元，应当由政府买单，因此该款应从土地出让金中扣除。
原告方质证认为：我方不予认可，修建该房屋能否冲抵土地出让金需要有相关的证明文件加以证明。
第八组：收据一张(民爆公司出具),用以证明为政府垫付给玖联集团（民爆公司）房屋拆迁款100万元，该款应当从土地出让金中扣除。
原告方质证认为：该款是否有相关文件依据，该工程项目原则上拆迁是被告方自行负责,后因拆迁压力过大；政府是进行了协调，但该款应有相关文件依据，我方才认可。
第九组：支付被拆迁户土地款依据(收条、打款单)19张。用以证明部分被拆迁户土地是集体用地，未征用为国有土地，被告为此支付了31万元土地款，另外还有6户的91万元没有提供依据。该款应当从土地出让金中扣除。
原告方质证认为：需要政府出台有关文件，我方才认可。
第十组：十二个单位的拆迁安置协议。用以证明十二个单位的拆迁补偿款784087.82元，十二个单位占地3721.81平方米，该费用应当由政府负担，但已经是被告支出，该款应当从土地出让金中扣除。
原告方质证认为：被告方提供的证据是没有依据的。
第十一组：六户被拆迁户土地款领款单6张。用以证明被告垫付六户被拆迁户土地款180,708.00元，该费用应当由政府负担，该款应当从土地出让金中扣除。
原告方质证认为：需要政府出台有关文件，我方才认可。
被告补充提交第十二组证据：2016年3月4日赫章县房屋登记服务中心出具的“房屋登记查询证明”。用以证明被告实际修建房屋商业面积为4458.95平方米，住宅面积为34869.33平方米，原告只要以此面积按照原告评估报告的方法计算应当补交的土地出让金，被告是同意的，计算出的结果应当再扣减县政府会议纪要中规定应当扣除的部分。原告质证意见:同意按照赫章县房屋登记服务中心出具的“房屋登记查询证明”注明的面积计算被告应当补交的土地出让金。
被告补充提供第十三组证据：贵州智强房地产测绘服务有限公司出具的“房屋外墙投影面积测量成果报告书”七份。用以证明被告所修房屋所占用的土地面积含墙体外1.5米都总共只有6032.53平方米。原告质证意见：该“房屋外墙投影面积测量成果报告书”不是法院委托的，不予认可。
原告补充提交第五组证据：“赫章县国土资源局关于强臣公司超容积应缴土地出让金计算说明”两份。用以证明：第一份说明的出让土地面积是按照出让合同约定的18600.51平方米计算,被告应当补交土地出让金155.73万元；第二份说明是根锯县规划局出具的《规划条件》，因部分面积由于拆迁原因不能解决，出让面积由18600.51平方米调整为13344平方米，出让土地面积是按照13344平方米计算，被告应当补交367.86万元，两种方法由被告选择。被告质证意见：同意按照第二种方法计算，但要扣减县政府会议纪要中规定应当扣除的部分。
经审查认为，原告提供的第二组、第四组、第五姐证据客观真实，来源合法、与木案有关联性，本院予以采信。原告提供的第一组、第三组证据的部分数据与客观事实不符，但第一组证据中计算土地出让金的方法被告认可，故对该计算方法予以釆信。被告提供的第一组至第四组和第十二组证据客观真实，来源合法、与本案有关联性，本院予以采信。被告提供的第六组至第十一组与本案不具有关联性，本院不予采信，第五俎证据是被告自己出具的统计表，其真实性、客观性不能认定，本院不予采信，第十三组证据，未经本院委托，原告又不认可，故本院不予采信。
经审理查明：2004年8月25日，原告赫章县国土资源局与被告赫章县强臣房地产开发有限公司签订《国有土地使用权出让合同》，合同编号为：200XXX1。该合同中，土地出让人是原告赫章县国土资源局，受让人为被告赫章县强臣房地产开发有限公司。合同第三条约定：出让人出让给受让人的宗地位于赫章县城关镇老城区，宗地编号为HTGJ04XXX01，宗地面积大写壹万捌仟陆佰点伍壹平方米（小写18600.51平方米），宗地四至及界址点坐标见附件（出让图）。合同第七条约定：本合同项下宗地的土地出让金为每平方米人民币大写叁佰叁拾伍点叁柒元（小写：355.37元），总额为人民币大写陆佰陆拾壹万元（小写：6610000,00元)。合同第十一条约定：受让人在本合同项下宗地范围内新建建筑物的，应当符合下列要求：（三）、建筑容积率:1.68；(四〕、边筑密度：28%；(五)、建筑限高：小于6层；(七)、其他土地利用要求：北接解放路，南接前河路，出口为四个，24蹲位公厕两个，符合建设规划。合同第十二条约定：受让人在本合同项下宗地范围内一并修建下列设施，并在建成后无偿移交给政府：（一〉、道路、通道、绿地、小广场；（二）、公厕、垃圾站等公用设施。被告赫章县强臣房地产开发有限公司根据合同编号为200XX1的《国有土地使用权出让合同》取得土地，繳纳了6610000.00元土地出让金后，在该土地上进行了商住楼的开发，该范围称为“城关镇片区”。
2004年8月17日，赫章县人民政府作出了赫府字25号县长办公会议纪要，标题为“关于城镇建设有关问题的会议纪要”。该会议纪要第二点“关于县城党校等片区旧城改造的有关问题”的第（三）项明确：“明确今后纳入旧城改造的地块，属于公用建设部分的土地（含道路、通道、公厕、垃圾中转站、污水处理及公共绿化部分）不纳入挂牌出让的范畴，由政府统一征用后交开发商按规划进行建设”；第（四）项明确：“已挂牌出让的党校和城关镇片区两宗土地，属于公用建设部分的面积，测算相应的土地出让金退给开发商”。
2005年12月14日，赫章县人民政府作出了赫专字（2005）64号专题会议纪要，标题为“新党校建设及旧城改造中土地出让金等有关问题的专题会议纪要”。该会议纪要第二点“关于旧城改造中土地出让金的计算等问题”明确：“旧城改造中土地出让金的计算以墙体1.5米为界，均算为应付土地出让金的面积；垃圾中转站和公共厕所不算作应付土地出让金的面积。由开发商写申请，建设局写出报告报县人民政府审批”。
2008年4月15日，赫章县人民政府作出了赫府字(2007）7号县长办公会议纪要，标题为“关于建设有关问题的会议纪要”。该会议纪要第五点“关于强臣房地产开发有限公司实施老城区开发遗留问题”的第一项明确：“关于陈家湾组改造问题。鉴于强臣公司在实施原城关镇片区旧城改造时，因受群众阻力不能实施该片的陈家湾组，会议原则同意强臣公司放弃陈家湾组的改造，决定按实测面积和原成交价格〔355.37元7平方米〕计算扣减强臣公司应缴納的土地出让金，具体由国土资源局按有关程序办理。原则同意强臣公司剩余未开发部分增收土地出让金的基础上可建高层”。
2012年11月30日，赫章县规划局对被告开发的老城关镇片区地块明确了《规划条件》，在《规划条件》中备注：2004年8月土地出让容积率为1.68，建筑密度为28%；2004年9月容积率调整为2.21，2008年6月容积率调盤为3.213，建筑密度为33%。2012年5月《房产测绘报告》容积率为3.28，建筑密度为33%。目前正在办理C2栋相关手续，C2栋占地面积812平方米，建筑面积9018平方米，办理后该片区容积率为3.956，建筑密度为39.48%。
赫章县强臣房地产开发有限公司在赫章县老城关镇片区的开发过程中，除补偿了被拆迁户相应的建筑物补偿款和安置了被拆迁户相应房屋外，还补偿了部分被拆迁农户的土地款。但由于拆迁存在难度，所受让的宗地范围内部分地块无法拆迁，部分预计修建房屋的地方也未修建房屋，但却修建了超出原合同约定高度的高层房屋（强臣大厦）。
经原告赫章县国土资源局委托，深圳市勘察研究院有限公司于2012年5月3日作出“房产实测报（2012）第00002号房产测绘报告”，该报告显示，项目名称：赫章县老城关片区；房产权来源：新建；房屋总栋数6栋；房屋总建筑43767.16平方米；占地4455.64平方米；土地总面积：13344平方米（土地总面积由国土局度供）；建筑密度：33%，“容积率：3，28；测量日期2012年5月3日。
经原告赫章县国土资源局委托，贵州海天房地产资产评估事务所有限公司于2012年12月26日作出“黔海天土评(2012）字第186号土地评估报告”、“黔海天土评（2012）字第187号土地评估报告”、“黔海天土评(2012)字笫188号土地评估报告”。三份评估报告均附有赫章县城乡规划局的“关于赫章县老城关镇片区地块调整容积率有关情况的补充说明”和赫章县国土资源局的“老党校及老城关镇地块超容积率建设评估基准日补充说明”。赫章县城乡规划局的“关于赫章县老城关镇片区地块调整容积率有关情况的补充说明”的内容为：“一、2004年8月13土地出让容积率为1.68，总建筑面积为22417.92平方米，其中商业建筑面积为5268,21平万米，住宅建筑面积为24222.71平方米；二、2004年9月27日同意出让地块容积率调整为2.21，总建筑面积为29490.24平方米，其中商业建筑面积为5268.21平方米，住宅建筑面积为24222.03平方米；三、2008年6月5日同意出让地块容积率为3.213，总建筑面积为42874平方米，其中商业建筑面积为6115平方米，住宅建筑面积为36759平方米。根据《房产测绘根告》的结果，实际容积率为3.28，总建筑面积为43768平方米，其中商业建筑面积为6115平方米，住宅建筑面积为36834平方米。四、2011年5月同意出让地块容积率调整为3.956，总建筑面积为52786平方米，其中商业建筑面积为6927平方米，住宅建筑面积为45859平方米”。赫章县国土资源局的“老党校及老城关镇地块超容积率建设评估基准日补充说明”内容为：“一、老党校地块于2004年7月23日出让给贵阳景泰房地产开发有限公司。第一个基准日2004年9月24日，容积率从1.68增加到2.825。第二个基准日2008年5月8日，容积率从2.825增加到3.074。二、老城关镇地块于2004年7月23日出让给赫章县强臣房地产开发有限公司。第一个基准日2004年9月27曰，容积率从1.68增加到2.21。第二个基准日2008年6月5日，容积率从2.21增加到3.28。第三个基准日2011年5月1日，容积率从3，28增加到3.956。其余详细情况见规划局出具的规划条件及补充说明”。
贵州海天房地产资产坪估事务所有限公司于2012年12月20日作出三份评估报告均是对赫章县强臣房地产开发有限公司涉及容积率调整补交地价款的位于赫章县解放东路旧城改造建设项目土地使用权价值进行评估。“黔海天土评字第186号土地评估报告”评估基准日为2004年9月27日，评估结果是:土地使用面积为13344平方米，用途为住宅兼容商业，使用权类型为出让，评估总价为1088.75万元，评估单价为815.91元/平方米，住宅部分土地单位地价为425.98元/平方米，住宅部分楼面地价为192.75元/平方米。“黔海天土评（2012）字第187号土地评估报告”评估基准日为2008年6月5日，评估结果是：土地使用面积为13344平方米，用途为住宅兼容商业，使用权类型为出让，评估总价为1638.67万元，评估单价为1228.02元/平方米，住宅部分土地单位地价为771.94元/平方米，住宅部分楼面地价为235.35元/平方米，商业部分土地单位地价为4691.78元/平方米，商业部分楼面地价为1431.33元/平方米。“黔海天土评(2012)字第188号土地评估报告”评估基准日为2011年5月1日，评估结果是：土地使用面积为13344平方米，用途为住宅兼容商业，使用权类型为出让，评估总价为2427.81万元，评估单价为1819.40元/平方米,住宅部分土地单位地价为1179.85元/平方米，住宅部分楼面地价为298.24元/平方米,商业部分土地单位地价为6400.79元/平方米，商业部分楼面地价为1618.00元/平方米。
原告赫章县国土局认为，提高容积率应当补缴土地价款，补缴土地价款的数额应当根据贵州省国土资源厅黔国土资发133号文件的规定计算，即：提高容积率应补繳的土地价款=提高容积率所增加的建筑面积﹡楼面评估地价。原告的计算结果分为三段。第一段为第一个基准日2004年9月24日，容积率从1.68增加到2.21，被告应补缴的土地价款136.32万元（住宅部分楼而地价为192,75元/平方米﹡增加的住宅建筑面积7072.32平方米）。第二段为第二个基准日2008年6月5日，容积率从2.21增加到3，28，被告应补繳的土地价款418.49万元（住宅部分楼面地价为235.35元/平方米﹡增加的住宅建筑面积12631.97平方米+商业部分楼面地价为1431.33元/平方米﹡增加的商业建筑面积846.79平方米）。第三段为第三个基准日2011年5月1日，容积率从3.28增加到3.956，被告应补缴的土地价款399.95万元（住宅部分楼面地价为298.24元/平方米﹡增加的住宅建筑面积9005平方米+商业部分楼面地价为1618.00元/平方米﹡增加的商业建筑面积812.00平方米)。金额合计954,76万元。扣除该公司己交毕节市人民检察院转交原告的50万元地价款，被告还应缴纳904,76万元。原告因此向法院起诉请求处理。
在审理过程中，被告否认原告申请测绘的建筑面积，并补充提供了2016年3月4日赫章县房屋登记服务中心出具的“房屋登记查询证明”。用以证明被告实际修建房屋商业面积为4458，95平方米，住宅面积为34869.33平方米。原告对此予以认可。原告根据赫章县房屋登记服务中心出具的“房屋登记查询证明”，计算出“赫章县国土资源局关于强臣公司超容积应缴土地出让金计算说明”两份。第一份说明的出让土地面积是按照出让合同约定的18600.51平方米计算，被告应当补交155.73万元；第二份说明是根据县规划局出具的《规划条件》，因部分面积由于拆迁原因不能解决，出让面积由18600.51平方米调整为13344平方米，出让土地面积是按照13344平方米计算，被告应当补交土地出让金367.86万元，两种方法由被告选择。被告同意按照第二种方法计算，但要扣减县政府会议纪要中规定应当扣除的部分。
本院认为：在审理本案的前阶段，双方的争议焦点有三项，一是对建房面积的数量，二是对补交土地出让金的计算方法，三是对应当在结算出的土地出让金中扣减多少。经过审理和补充提交证据，被告同意了原告评估报告中对补交土地出让金的计算方法，原告认可被告主张的赫章县房屋登记服务中心出具的“房屋登记查询证明”所证明的建房面积的数量，双方只对在计算出的土地出让金中扣减多少存在争议。
根据双方认可的计算方法，出让土地面积是按照13344平方米计算，被告应当补交土地出让金367.86万元。由于被告在取得土地时已经缴纳的土地出让金是按照18600.51平方米缴纳，故原告多缴纳了5256.51平方米（18600.51平方米-13344平方米）的土地出让金。按照出让价格每平方米355.37元，被告多交了土地出让金186.8万元（5256.51平方米﹡355.37元/平方米）,该多交的部分应当扣除。故被告应当补交土地出让金175.06万元（367.86万元-186.8万元）。在本案起诉前，被告通过毕节市人民检察院转交给原告50万元，被告就实际再补原告125.06万元。
对于被告主张的要求从土地出让金中扣除其支付给拆迁户的土地、房屋等补偿款，因合同中没有约定，又无法律规定，对该请求不予支持。
对于被告主张的要求从土地出让金中扣除其所修建房屋的墙体外1.5米之外的土地相应的土地出让金，因被告未提供合法有效的证据予以证明具体数额，本院不予采纳，被告可另行主张。
综上所述，根据《中华人民共和国合同法》第六十条、和《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条和《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十条之规定，判决如下：
由被告赫章县强臣房地产开发有限公司于本判决生效之日起10日内给付原告赫章县国土资源局土地出让金125.06万元。
如果未按本判决指定的期间履行金钱给付义务的，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息（利率为日万分之一点七五）。
案件受理费75133，20先，由赫章县国土资源局负担59077.60元，由被告赫章县强臣房地产开发有限公司负担16055,40元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于贵州省毕节市中级人民法院。
本判决生效后，如果义务人不履行到期义务的，权利人可在本判决确定的履行期限届满后二年内向本院或者义务人财产所在地人民法院申请强制执行。
审判长 朱明俊
审判员 朱 奕
审判员 张 玲
二〇一六年五月二十七日
书记员 苏成泉