北京市第一中级人民法院
民 事 判 决 书
（2013）一中民初字第10329号
原告（反诉被告）北京市农业机械研究所，住所地北京市海淀区西三旗西路**号。
法定代表人蔡福栋，党委书记。
委托代理人张东山，国浩律师（北京）事务所律师。
委托代理人杜玉松，国浩律师（北京）事务所律师。
被告北京实创高科技发展有限责任公司，住所地北京市海淀区上地信息路22号。
法定代表人姚志宇，董事长。
委托代理人韩伟罡，北京市中策律师事务所律师。
委托代理人梁强，北京市中策律师事务所律师。
被告（反诉原告）北京实创房地产开发有限责任公司，住所地北京市海淀区上地信息产业基地西路上地中学。
法定代表人陈晓智，董事长。
委托代理人韩伟罡，北京市中策律师事务所律师。
委托代理人梁强，北京市中策律师事务所律师。
北京市农业机械研究所（以下简称农机所）与北京实创高科技发展有限责任公司（以下简称实创高科技公司）、北京实创房地产开发有限责任公司（2013年10月23日前名称为北京实创房地产开发公司，以下统一简称实创房地产公司）合资、合作开发房地产合同纠纷一案，本院受理后依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告农机所之委托代理人张东山、杜玉松，被告实创高科技公司、实创房地产公司之委托代理人韩伟罡、梁强到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
农机所起诉称：2000年8月23日，其与实创高科技公司签订《合作开发协议书》。该协议书约定：1、双方在农机所院内合作开发建设北京现代农业机械发展中心，即双方合作在农机所占地范围内拆除原建筑、设备，开发建设约16万平方米的科研、生产、展销和居住用房。2、收益分配方式为：总建筑面积在16万平方米以下部分，农机所分得6.3万平方米的房屋，其中包括商业用房3.8万平方米和住宅楼2.5万平方米，其余及超过16万平方米的部分归实创高科技公司所有。3、实创高科技公司向农机所支付1000万元搬迁补偿费，支付时间为：协议签订且总体方案规划要点批准后1周内支付100万元；按规划完成一期建设设计、开始拆除旧建筑物之前支付400万元；房屋建完验收后10日内支付剩余500万元。4、农机所的义务包括：配合实创高科技公司办理全部项目报审、报批、报建的证明和手续，提供规划范围内的全部建设用地等。5、实创高科技公司的义务包括：承担建设用地以外的其他全部建设资金和税费，积极办理各项规划、审批等手续，在2003年12月31日前完成整个项目建设任务，并经有关部门验收合格，将农机所应得部分交付给农机所等。6、实创高科技公司不能在规定期限内完成施工并验收合格，每迟延1日，向农机所支付违约金1万元。
2003年7月22日，针对实创高科技公司迟迟不能开工建设问题，农机所与实创高科技公司签订《〈北京现代农业机械发展中心〉合作开发补充协议（一）》（以下简称2003年补充协议）。该补充协议约定：实创高科技公司争取在2003年12月31日前进行发展中心大厦的开工建设；如到时未能开工，每延期1天，实创高科技公司向农机所补偿1万元。2005年10月18日，实创房地产公司经实创高科技公司同意后，与农机所签订《“北京现代农业机械发展中心项目”合作开发协议补充协议》（以下简称2005年补充协议）。该补充协议约定：1、农机所放弃3.8万平方米商业用房之所有权，实创高科技公司向农机所支付拆迁补偿费19000万元。2、拆迁补偿费的支付时间为：签订该补充协议前的2005年3月14日和4月7日支付600万元；该项目1号楼取得销售许可证之日起，每30日支付500万元；该项目3号、4号楼取得销售许可证之日起，每30日支付800万元（含前述500万元）；全部拆迁款应当在取得销售许可证后24个月内付清。3、1号楼取得销售许可证的时间不超过2005年11月1日，3号、4号楼取得销售许可证的时间不超过2006年1月1日。4、实创高科技公司应当按照约定向农机所支付拆迁补偿费；逾期支付在30日以内的，每逾期1日，按照应付款的万分之三向农机所支付违约金；逾期付款超过60日，农机所有权终止协议及该建设项目，由此造成的一切损失及法律责任由实创高科技公司承担。2007年1月25日，农机所与实创高科技公司签订补充协议（以下简称2007年补充协议）。该补充协议约定：1、职工住宅的拆迁工作（包括腾空建筑、撤离人员、拆迁补偿等）由实创高科技公司负责完成。2、实创高科技公司按照1：1.2的比例对被拆迁人进行补偿，即每拆除1平方米住宅用房给予原住宅所有人1.2平方米的新建房屋作为补偿，所拆房屋建筑面积以房屋所有权证书登记面积为准；3、拆迁过程中所发生的全部费用由实创高科技公司承担。4、农机所应得的2.5万平方米的住宅楼，按照1：1.2的比例对职工住宅房屋补偿后，剩余部分建筑面积（即25000平方米减除1.2倍职工住宅楼建筑面积），农机所按照建筑面积1：1的比例与实创高科技公司所属本项目4号楼进行置换（包括按照建筑面积的13％分摊的地下建筑面积）。5、本项目4号楼地上建筑面积超出置换部分的面积，农机所按照7000元／平方米的价格购买；4号楼地下建筑面积分摊后的剩余部分，农机所如需优先购买，购买价格双方另行协商。6、农机所购买本项目4号楼超出置换部分建筑面积的价款，从实创高科技公司应向农机所支付的拆迁补偿费中冲减。7、实创高科技公司保证在2008年8月31日前向农机所交付可进行验收使用的4号楼。8、实创高科技公司负责为农机所办理4号楼房屋产权证。9、实创高科技公司逾期向农机所交付房屋4号楼，逾期30日以内的，每逾期1日，向农机所支付违约金1万元；逾期超过30日的，每逾期1日，向农机所支付违约金1.5万元。
根据2009年2月双方达成的一致意见，对于超出职工住宅拆迁原补偿方案而增加的0.1补偿系数所对应的补偿资金费用，农机所同意承担25％，即农机所同意承担约355万元额外增加的拆迁补偿费用。在双方合作过程中，实创高科技公司曾为农机所垫付有关费用15万元。按照2007年1月25日签订的补充协议，实创高科技公司实际拆除居民住宅房屋约15800平方米，按照1：1.2比例计算，实创高科技公司用于补偿的房屋面积约18960平方米，农机所应当置换取得4号楼6040平方米（25000减去18960）。虽然按照《补充协议》约定，此6040平方米应当包括13％的4号楼地下面积，但由于4号楼地下建筑大部分规划为自行车库，农机所仅能取得4号楼地下面积29.94平方米。4号楼登记面积为7466.03平方米，其中地上面积7436.09平方米，对于置换后剩余的4号楼地上面积1426.03平方米，农机所以7000元／平方米的价格购买，农机所应付实创高科技公司购买价款998.221万元。前述相关协议签订后，农机所按照约定履行了各项义务。实创高科技公司没有按照约定向农机所支付搬迁补偿费和拆迁补偿费，也没有按照约定向农机所交付4号写字楼。按照《合作开发协议书》，实创高科技公司应当支付农机所搬迁补偿费1000万元；实创高科技公司已经支付500万元，尚欠500万元。按照2005年补充协议，实创高科技公司应当支付农机所拆迁补偿费19000万元；实创高科技公司已经支付13185万元，尚欠5815万元。扣除相关款项，截止目前，实创高科技公司应当向农机所支付的欠款本金为人民币4946.779万元（500＋5815-355-15-998.221）。截止2013年6月30日，实创高科技公司应当向农机所支付的逾期付款违约金为4777.1115万元；自2013年7月1日起至拆迁补偿费支付完毕之日止，实创高科技公司每天应当向农机所支付逾期付款违约金1.7445万元。实创高科技公司应当在2008年8月31日前将4号楼交付给农机所，但实创高科技公司拒绝交付房屋，直至2013年12月10日，4号楼实际占有人与农机所签订房屋租赁合同，视为实创高科技公司将4号楼交付农机所。截止2013年12月10日，实创高科技公司应当向农机所支付逾期交付房屋违约金2874万元。实创高科技公司应当在2003年12月31日前开工建设，但实创高科技公司没有按照约定开工建设，故实创高科技公司应当向农机所支付逾期开工补偿金655万元。
实创房地产公司曾在取得实创高科技公司同意后与农机所签订合作开发协议补充协议，且整个项目由实创房地产公司实际开发建设，故实创高科技公司和实创房地产公司应当对农机所承担连带责任。据此请求如下：1、判令实创高科技公司和实创房地产公司向农机所支付欠款本金4946.7780万元。2、判令实创高科技公司和实创房地产公司向农机所支付截止2013年6月30日的逾期付款违约金4777.1115万元；自2013年7月1日起至第1项所欠本金实际支付完毕之日止，实创高科技公司和实创房地产公司每天向农机所支付逾期付款违约金17445元。3、判令实创高科技公司和实创房地产公司向农机所支付逾期交房违约金2874万元。4、判令实创高科技公司和实创房地产公司向农机所支付逾期开工补偿金655万元。5、判令实创高科技公司和实创房地产公司就上述1到4项诉讼请求对农机所承担连带责任。6、由实创高科技公司和实创房地产公司承担本案的诉讼费用。
实创高科技公司、实创房地产公司答辩称：1、关于所欠本金。首先，所欠本金中包含的搬迁补偿费1000万元，已经支付了500万元。因农机所未完成相应搬迁工作，该所应当退还支付的500元；剩余的500万元，因为农机所没有开展拆迁工作，所以未支付。其次，关于商业办公楼的18500万元，已经支付了13185万元。第三，职工住宅楼的专项拆迁补偿费500万元，根据2007年补充协议，职工住宅楼的拆迁是由实创高科技公司来承担，所以此500万元不需支付，应从18500万元款项中扣除。此外，以下款项应从18500元中扣除：农机所起诉状中说的355万元和15万元，应由农机所拆除的小平房的补偿费458.3664万元，实创高科技公司的合作公司北京福环房地产开发有限公司（以下简称福环公司）向农机所提供的3000万元借款和169271.24元利息，所置换的4号楼应由农机所给付房屋补偿款3293.0450万元，即0.7万元×（7466.03－（25000×87％－18988.32）］。扣除上述款项后，该二公司应支付本金是976.661476万元。2、关于违约金。实创高科技公司不存在违约的问题。合同签订后支付了13185万元，但农机所一直未开具合格的发票。除500万元的发票与收款性质相符，其他均为被禁止的发票，导致税款无法抵扣。就此，该二公司专门向税务机关举报；税务机关将书面处理意见发给农机所之后，农机所至今仍未开具相应的发票。所以该公司不给付剩余的款项是有合法依据的。其次，违约金计算错误，根据合同约定，逾期不超过30日的，按照每日1万元计算；超过30日到60日可以解除合同，故合同对超过60日的违约金计算约定不明。此外，农机所没有证明自己的损失，故损失最高不应超过同期银行贷款利率。所有逾期超过30日的违约行为，应当按照同期贷款利率来计算。再次，由福环公司代为支付的3000万元利息应从违约金中扣除。据此，该二公司应承担逾期付款违约金共计为346.386032万元。3、关于逾期交房问题。2010年9月，农机所就提起过此项诉讼请求。2012年3月21日，法院作出了民事调解书，确认4号楼的交付责任已经两清，故不存在逾期交房的任何问题，当然也包括违约金的问题。农机所的诉讼请求明显违反了一事不再理的基本原则。4、关于逾期开工违约金的问题。双方约定，将高科技公司应交付3.8万平米商业用房变更为交付18500万元拆迁补偿费。所以，大厦何时开工、竣工，已不会对农机所产生任何影响，农机所主张没有依据。此外，根据2005年补充协议的约定，本协议签订之日视为工程开工。所以也不存在违约问题。
实创房地产公司反诉称：1、根据《合作开发协议书》的约定，实创房地产公司向农机所支付搬迁补偿费500万元，但农机所收到该费用后未履行搬迁义务。2007年补充协议约定“腾空建筑、撤离人员”等搬迁工作转由实创房地产公司完成，因此农机所应当将上述已收取的搬迁补偿费500万元返还给实创房地产公司。2、2003年补充协议约定，农机所接到实创高科技公司开始腾空第一期旧建筑物通知的40天内，腾空旧建筑物并撤出人员，交给实创高科技公司实施拆迁。每逾期1天，农机所向实创高科技公司补偿1万元。协议签订后，农机所并未履行上述腾空旧建筑物及撤出人员的义务。2005年补充协议约定：在签订该协议3日内，实创房地产公司向农机所支付拆迁款300万元，农机所即为实创房地产公司提供办公室2间，实创房地产公司进入现场办公。进场15日后，实创房地产公司开始拆除工作，届时农机所应积极配合实创房地产公司进行拆除工作。根据该协议的约定农机所应在2005年11月5日前完成搬迁，但截止2007年1月25日实创高科技公司与农机所签订《补充协议》时，农机所始终未履行搬迁义务。因此，自2005年11月5日起，至2007年1月25日搬迁义务转移至实创房地产公司时止，农机所共逾期446日履行移交旧建筑物的义务，应向实创房地产公司支付违约金446万元。3、2007年补充协议约定，农机所承诺在2007年3月31日前将办公区域内的办公楼、厂房及附属设施腾空交予实创房地产公司，如农机所违反约定逾期搬迁，每逾期1日，向实创房地产公司支付1万元违约金。协议签订后，实创房地产公司多次与农机所交涉，要求其尽快将办公区域内由刘建永占用的附属设施小平房腾空，但农机所均以“无能为力，不好办”为由，拖延履行，严重影响了合作项目的施工。在此情况下，实创房地产公司只得与刘建永协商谈判，并于2011年6月17日与刘建永就小平房拆迁事宜签订了《拆迁补偿协议》，公建部分才全部腾空，共逾期1538日，故农机所应向实创房地产公司支付公建部分逾期搬迁违约金人民币1538万元。据此，反诉请求：1、判令农机所向实创房地产公司返还搬迁补偿费500万元。2、判令农机所向实创房地产公司支付逾期移交旧建筑物违约金446万元。3、判令农机所向实创房地产公司支付逾期搬迁公建部分违约金1538万元。4、由农机所承担反诉费用。
农机所针对实创房地产公司的反诉答辩称：1、实创房地产公司要求返还搬迁补偿费500万元没有合同依据。双方签订的协议约定，实创高科技公司应当向其支付搬迁补偿1000万元，在双方签订的多份协议中，均没有搬迁补偿费不予支付的约定，更没有返还已付搬迁补偿费的约定。合同履行过程中，农机所已经按照协议约定履行了搬迁义务，为项目建设提供条件，且项目已经进行完毕。此外，职工住宅区的拆迁事宜与搬迁补偿费没有任何联系。2、2003年补充协议和2005年补充协议，没有约定农机所应在2005年11月5日完成搬迁，也没有约定移交旧建筑的时间，故实创房地产公司要求支付逾期移交旧建筑物违约金没有依据。3、关于公建部分逾期搬迁违约金。2007年补充协议约定，农机所的搬迁范围仅限于办公区域内的办公楼、厂房及附属设施（不包括锅炉房和机井），搬迁期限是2007年3月31日。实创房地产公司提到的小平房位于职工住宅区，职工住宅区的搬迁是实创高科技公司和实创房地产公司的义务，与农机所没有关系。此外，农机所于2007年7月19日完成了搬迁义务。
经审理查明：2000年8月23日，农机所与实创高科技公司签订《合作开发协议书》。该合作开发协议书约定：双方在农机所占地范围内合作开发建设北京现代农业机械发展中心。1、项目建设规模：拆除占地范围内原建筑、设备，开发建设约16万平方米的科研、生产、展销和居住用房。2、收益分配：总建筑面积在16万平方米（含）以下部分，农机所分得6.3万平方米的房屋，其中包括经营大楼1万平方米、生产厂房和办公楼2.8万平方米、住宅楼2.5万平方米，其余及超过16万平方米以上部分的部分归实创高科技公司所有。实创高科技公司向农机所支付1000万元搬迁补偿费，支付时间为：协议签订且总体方案规划要点批准后1周内支付100万元；按规划完成一期建设设计、开始拆除旧建筑物之前支付400万元；房屋建完验收后10日内支付剩余500万元。3、农机所的权利和义务：配合实创高科技公司办理全部项目报审、报批、报装的证明和手续；提供规划范围内的全部建设用地，并在规定期限内腾空建筑物内的一切物品；提供不小于30平方米办公室和电话1部；等等。4、实创高科技公司的权利和义务：承担除建设用地以外的其他全部建设资金和税费；在农机所的配合下负责办理各种报审、报批、报装手续；负责全部建设工程的设计、施工的组织和管理工作；在2003年12月31日前完成整个项目建设任务，并经有关部门验收合格，将农机所应得部分交付给农机所；等等。5、违约责任：由于农机所的原因造成协议不能履行的，农机所双倍返还已付的搬迁补偿费，并赔偿实创高科技公司相应损失；由于实创高科技公司的原因造成协议不能履行的，农机所不退回收取的搬迁补偿费，实创高科技公司应赔偿农机所相应损失；农机所应在规定时间内从建设用地腾空，每迟延1天需向实创高科技公司支付违约金1万元；实创高科技公司应在规定期限内完成施工并验收合格，每迟延1天，向农机所支付违约金1万元。双方在协议中还约定了其他事项。
《合作开发协议书》签订后，双方未实际履行各自的义务；双方均认可由于多种原因，项目亦未能按期开工。
2003年7月22日，农机所与实创高科技公司签订2003年补充协议。约定：1、实创高科技公司争取在2003年12月31日前进行北京现代农业机械发展中心大厦的开工建设；如到时未能开工，每延期1天，实创高科技公司向农机所补偿1万元。2、双方签订补充协议后45天内，实创高科技公司向农机所支付拆迁费100万元；在取得大厦规划证1周内，实创高科技公司向农机所支付200万元；在取得大厦开工证1周内，实创高科技公司再向农机所200万元；农机所接到实创高科技公司开始腾空第一期旧建筑物通知的40天内，腾空旧建筑物并撤除人员，交给实创高科技公司实施拆迁，每逾期1天，农机所补偿实创高科技公司1万元。
2003年9月至2004年9月，实创高科技公司分4次给付农机所500万元，该款系《合作开发协议书》约定的搬迁补偿费。实创高科技公司未向农机所发出腾空第一期旧建筑物的通知，农机所亦未腾空第一期建筑；北京现代农业机械发展中心大厦未能在2003年12月31日前开工。2004年10月，双方就地下部分的分摊比例进行了多次沟通，但未能达成一致意见。双方认可，2003年补充协议约定的500万元拆迁费为《合作开发协议书》约定的搬迁补偿费的一部分。
2005年10月18日，实创高科技公司的全资子公司实创房地产公司经实创高科技公司同意，与农机所签订2005年补充协议。约定：1、合作方式：实创房地产公司给付农机所18500万元，作为实创房地产公司对农机所应分得38000平方米商业、办公及地上地下部分所有权的拆迁补偿；实创房地产公司支付上述款项后，享有对上述房屋的处置权，农机所不再享有上述房屋的所有权；实创房地产公司另支付农机所500万元作为该所职工住宅楼的专项拆迁补偿费；此笔补偿款具体支付事宜，双方另行签约。2、支付方式：此协议签订前，实创房地产公司于2005年3月14日和4月7日支付600万元，作为拆迁补偿费预付款；该项目1号楼取得销售许可证之日起，每30日支付500万元；该项目3号、4号楼取得销售许可证之日起，每30日支付800万元（含前述500万元）；全部拆迁款应当在取得销售许可证后24个月内付清。3、其他事项：此协议签订3日内，实创房地产公司支付农机所300万元，农机所为实创房地产公司提供2间办公室，该公司进行现场办公；进场15日后，实创房地产公司开始拆除工作，农机所应积极配合；本协议签订之日，视同本项目正式开工；1号楼取得销售许可证的时间不超过2005年11月1日，3号、4号楼取得销售许可证的时间不超过2006年1月1日。4、违约责任：实创房地产公司应当按照约定向农机所支付拆迁补偿费，逾期支付在30日（含）以内的，每逾期1日，按照应付款的万分之三向农机所支付违约金；逾期付款60日的，农机所有权终止协议及该建设项目，由此造成的一切损失及法律责任由实创房地产公司承担。
实创房地产公司于2005年补偿协议签订前的2005年3月18日和4月7日共支付农机所600万元拆迁补偿费，于2005年11月14日支付100万元拆迁补偿费，于2005年12月21日由福环公司代为支付3000万元拆迁补偿费，于2006年9月6日支付185万元拆迁补偿费，于2006年12月21日支付3000万元拆迁补偿费，于2006年12月29日支付2000万元拆迁补偿费；上述金额合计为8885万元。农机所收到上述款项后向实创房地产公司分别开具了相应的北京市工商企业资金往来专用发票。
2006年11月5日，实创房地产公司取得1号楼的预售许可证；实创房地产公司主张应从该证取得的时间的第二天起每月支付农机所500万元拆迁补偿费；农机所不予认可，主张应按2005年补偿协议约定的销售许可证取得时间，即2005年11月1日起实创房地产公司应每月支付500万元。
2007年1月25日，农机所与实创高科技公司签订2007年补充协议。约定：1、职工住宅拆迁：按照约定，职工住宅的拆迁工作（包括腾空建筑、撤离人员、拆迁补偿等）由实创高科技公司负责完成；实创高科技公司按每拆迁职工住宅楼1平方米建筑面积，给予被拆迁住宅所有权人1.2平方米建筑面积的补偿；职工住宅楼指农机所宿舍区现有1至5号楼，所拆房屋建筑面积以房屋所有权证书登记面积为准；拆迁过程中所发生的全部费用由实创高科技公司承担。2、公建拆迁：农机所同意在2007年3月31日前将办公区域内公用办公楼、厂房附属设施（不包含锅炉房、机井）交予实创高科技公司；锅炉房、机井与职工住宅楼同期拆迁，拆迁时间根据职工住宅楼拆迁时间另行确定。3、分配形式：农机所应得的2.5万平方米的住宅楼，按照该协议的约定进行补偿后，剩余部分建筑面积（即25000平方米减除1.2倍职工住宅楼建筑面积），农机所按照建筑面积1：1的比例与实创高科技公司所属本项目4号楼进行置换（包括按照建筑面积的13％分摊的地下建筑面积）；本项目4号楼地上建筑面积超出置换部分的面积，农机所按照7000元／平方米的价格购买；4号楼地下建筑面积分摊后的剩余部分，农机所如需优先购买，购买价格双方另行协商；农机所购买本项目4号楼超出置换部分建筑面积的价款，从实创高科技公司应向农机所支付的拆迁补偿费中冲减；实创高科技公司在2008年8月31日前向农机所交付可进行验收使用的4号楼；实创高科技公司负责为农机所办理4号楼房屋产权证，双方各自承担相应费用。4、违约责任：农机所违反本协议约定逾期搬迁的，每逾期1日，农机所支付实创高科技公司1万元违约金；实创高科技公司逾期向农机所交付房屋，逾期30日以内的，每逾期1日，向农机所支付违约金1万元；逾期超过30日的，每逾期1日，向农机所支付违约金1.5万元。此协议还作了其他约定。
2007年7月19日，农机所腾空办公区内的房屋。2007年9月前，实创高科技公司、实创房地产公司取得在办公区新建1至6号楼的施工许可证。
2007年12月15日，实创房地产公司取得4号楼的预售许可证。实创房地产公司主张应从该证取得的时间的第二天起每月支付农机所800万元拆迁补偿费；农机所不予认可，主张应按2005年补偿协议约定的销售许可证取得时间，即2006年1月1日起实创房地产公司应每月支付800万元。
实创房地产公司于2007年7月26日支付农机所500万元拆迁补偿费，于2007年7月31日支付500万元拆迁补偿费，于2007年12月24日支付1000万元拆迁补偿费，于2008年6月5日支付500万元拆迁补偿费，于2008年7月28日300万元拆迁补偿费，于2009年4月24日支付500万元拆迁补偿费，于2009年9月15日支付500万元拆迁补偿费，于2010年2月21日支付500万元拆迁补偿费；上述金额合计为4300万元。农机所收到上述款项后向实创房地产公司分别开具了相应的北京市工商企业资金往来专用发票。
2009年3月，经双方协商，农机所同意承担居民楼拆迁增加的0.1补偿系数所对应的25％补偿费用，约355万元。此外，在双方合作过程中，实创高科技公司还为农机所垫付费用15万元。
2010年3月后，实创高科技公司、实创房地产公司未再支付剩余的拆迁补偿费。2010年6月13日，农机所向实创高科技公司发出《关于加快履行合作开发协议的函》，要求实创高科技公司支付剩余拆迁补偿款及交付4号楼；2010年6月22日，农机所向实创高科技公司发出《“北京现代农业机械发展中心”项目协议履行情况》，就协议的履行情况向实创高科技公司予以说明。
2010年6月13日，实创房地产公司向农机所发出《关于“北京现代农业机械发展中心”项目协议履行情况的复函》，主要内容是：由于《合作开发协议书》中由农机所负责拆迁的责任义务变更为实创房地产公司承担，实创房地产公司不应再给付农机所1000万元搬迁迁补偿费，故农机所应退还实创房地产公司支付的500万元；农机所未能按照2007年补偿协议的约定将部分附属设施交予该公司，希望尽快腾空。
诉讼中，实创房地产公司称未支付剩余的拆迁补偿费是因农机所未提供正式的税务发票。2012年9月24日，农机所向实创房地产公司提供了已交拆迁补偿费的北京市地方税务局通用机打发票。2012年10月12日，实创房地产公司向北京市昌平区地方税务局检举农机所未提供符合国家税法规定的正式发票一事。
2010年6月，职工住宅楼被拆除，拆除面积为15800平方米。实创高科技公司、实创房地产公司所称的小平房位于职工住宅区，该房屋于2011年6月17日拆除。
2010年9月17日，4号楼取得竣工验收备案表。2011年9月21日，4号楼登记至实创房地产公司名下。所有权证书记载，建筑面积7466.03平方米（该部分包括地下部分29.94平方米），土地使用权取得方式为有偿出让。所有权证书还记载，登记簿中记载不颁布所有权证部位，即不分摊和不可分摊部分1409.16平方米，该部分地下部分，其中变电室为120.58平方米、自行车库为1288.58平方米。
2011年10月，农机所向法院提起诉讼，请求实创高科技公司、实创房地产公司支付本金及逾期付款违约金，交付4号楼及支付逾期交房违约金等。2012年3月21日，法院基于双方达成的调解协议出具（2011）一中民初字第15149号民事调解书。
2013年6月9日，4号楼转移登记至农机所名下。所有权证书还记载，建筑面积7466.03平方米，其中地上面积7436.09平方米，地下面积29.94平方米；土地使用权取得方式为有偿出让。2013年12月10日，农机所与案外人就4号楼的使用签订了房屋租赁合同。农机所认可自此实创高科技公司、实创房地产公司将4号楼交付该所。
诉讼中，实创高科技公司、实创房地产公司称该二公司为母子公司关系，共同承担本案合同项下的权利和义务。
诉讼中，就1000万元搬迁补偿费的用途，农机所称系该所搬迁需要的费用；实创高科技公司、实创房地产公司称农机所自行搬迁的费用。就500万元专项拆迁补偿费的性质和用途，农机所称其有些职工未分得房屋，用该笔钱补偿职工；实创高科技公司、实创房地产公司称该500万元包含在18500万元拆迁补偿费内，系住宅楼搬迁增加的费用。
另查，双方合作建设的项目取得了相应的规划审批。
上述事实，有合作开发协议书、《北京现代农业机械发展中心》合作开发补充协议（一）、“北京现代农业机械发展中心项目”合作开发协议补充协议、补充协议、付款明细、北京市地方税务局通用机打发票、国有土地使用权证书、房屋所有权证、建筑设计说明、关于加快履行合作开发协议的函、关于“北京现代农业机械发展中心”项目协议履行情况的复函、民事调解书、执行通知和公告、房屋所有权证、北京市服务业、娱乐业、文体体育业专用发票、北京市公路货物运输发票、施工许可信息查询、北京市农业机械研究所地形图、关于证据21的说明、关于《北京现代农业机械发展中心》项目有关问题的情况通报及送达凭证、税收违法检举案件检查情况书面告知书、北京福环房地产开发有限公司出具的情况说明、商品房预售许可证、关于《北京现代农业机械发展中心若干问题》的函及回复函、2004年10月的函件及双方当事人的陈述等证据在案佐证。
本院认为：农机所与实创高科技公司、实创房地产公司签订的《合作开发协议书》及系列补充协议系双方之真实意思表示，协议签订后双方亦履行了相关批准手续，故协议不违反法律、行政法规的强制性规定，该协议有效。
依法成立的合同，对当事人具有法律约束力，当事人应当按照合同的约定履行自己的义务。根据《合作开发协议书》及2005年补充协议的约定，实创高科技公司和实创房地产公司应当支付给农机所1000万元搬迁补偿费、18500万元拆迁补偿费，现实创高科技公司和实创房地产公司给付上述款项13685万元。此外，根据《合作开发协议书》及2007年补充协议的约定，农机所应得的2.5万平方米住宅楼面积减去所拆职工住宅房屋面积的1.2倍后，剩余的建筑面积双方按照1：1的比例与4号楼进行置换（包括按照建筑面积13％分摊的地下建筑面积）；4号楼地上建筑面积超出置换部分面积的，农机所按7000元／平方米的价格购买。就置换4号楼的面积问题农机所提出，4号楼的地下建筑部分其仅能取得29.94平方米的所有权，其他部分为小区的自行车库等，故其不应分摊相当于置换部分13％的地下建筑面积，但该主张明显与双方的约定不相符，故本院不予采纳。据此，对超出置换面积的地上部分，农机所也应按7000元／平方米支付该部分房屋的价款，具体计算方法为：0.7万×［（7466.03-29.94）－（25000－15800×1.2）×（100％-13％）］=1526.903万元。诉讼中，农机所认可其所承担的居民楼拆迁增加的费用355万元及实创高科技公司为其垫付的15万元从拆迁补偿款中扣除，对此本院予以确认。综上，实创高科技公司、实创房地产公司还应支付农机所补偿费3918.097万元。
关于职工住宅楼500万专项拆迁补偿款是否给付问题。2005年补充协议在约定实创房地产公司给付农机所18500万元拆迁补偿费的同时，还约定实创房地产公司另支付500万元作为农机所职工住宅楼的专项拆迁补偿费用，故500万元专项费不包含在18500万元内。但本院注意到，双方在2005年补充协议中还约定就该500万元的具体补偿事宜另行签约，但此后双方就该笔补偿款的支付事宜未再签约，且2007年补充协议约定职工住宅楼拆迁义务转由实创高科技公司承担，因此，在农机所未能举证证明该笔专项补偿款并非专用于拆迁事宜的情况下，实创高科技公司、实创房地产公司不应再支付该笔500万专项拆迁补偿费，故本院对农机所该项主张不予支持。
诉讼中，实创高科技公司、实创房地产公司称农机所未完成相应的搬迁和拆迁工作，故不应支付《合作开发协议书》约定的1000万元搬迁补偿费；同时实创房地产公司还提出反诉，请求农机所返还已支付的500万元搬迁补偿费。对此，本院认为，首先，双方在协议中约定农机所具有腾空建筑之义务，而未明确约定房屋的拆迁行为由农机所负责实施。其次，2003年补充协议约定的给付农机所500万元款项为《合作开发协议书》约定的1000万元搬迁补偿费的一部分，且该补充协议还约定农机所将房屋腾空交给实创高科技公司拆迁，即该补充协议进一步确认了实创高科技公司给付农机所搬迁补偿费及该公司实施拆迁行为之义务。再次，实创高科技公司、实创房地产公司在诉讼中亦认可搬迁补偿费系对农机所搬迁行为的补偿，且农机所业已完成了办公区的搬迁工作，实创高科技公司、实创房地产公司亦已拆迁并新建了房屋，故1000万元搬迁补偿费该二公司应当支付，本院对实创房地产公司要求返还500万元搬迁补偿费的反诉请求不予支持。
关于逾期付款违约责任问题。要确定违约金的数额首先必须明确支付拆迁补偿费的起始时间。现双方对此各持己见，农机所主张应按照2005年补充协议约定的销售许可证取得时间作为支付起始时间，实创高科技公司、实创房地产公司主张应按照销售许可证实际取得的时间作为支付起始时间。就该问题，本院需要指出的是，按照双方的约定，申请及办理销售许可证之手续为实创高科技公司、实创房地产公司的义务，但该二公司未能依约履行义务，导致办证迟延，其应当承担不利后果，故本院采信农机所的主张，即实创房地产公司应当于2005年11月1日起每30日支付农机所500万元，于2006年1月1日起每30日支付农机所800万元（含前述500万元）。根据查明的事实可知，实创高科技公司、实创房地产公司自2005年11月起即陆续迟延支付拆迁补偿费，现仍欠农机所部分款项，该二公司应当承担违约责任。合同中，双方约定逾期付款在30日内，实创房地产公司每逾期1日向农机所支付应付款万分之三的违约金；对于超过30日逾期付款的违约金未作明确约定，但合同约定给农机所造成的一切损失由实创高科技公司承担。现农机没有提交证据证明自己的损失，故实创高科技公司、实创房地产公司的逾期付款行为给农机所造成的实际损失应为利息损失；而诉讼中实创高科技公司、实创房地产公司亦同意按照银行同期贷款利息赔偿损失。鉴此，逾期付款不超过30日的，实创高科技公司、实创房地产公司按应付款项的日万分之三支付农机所违约金；逾期付款超过30日的，实创高科技公司、实创房地产公司按照中国人民银行规定的同期贷款利率标准支付农机所相应的利息。根据实创高科技公司、实创房地产公司每期欠付的补偿费数额、逾期付款天数、违约金计算标准及利率标准，本院确认2013年6月30前的违约金及利息数额共为2605.9298万元；自2013年7月1日起至补偿费实际支付完毕止，实创高科技公司、实创房地产公司按照中国人民银行规定的同期贷款利率的标准支付农机所相应的利息。诉讼中，实创高科技公司、实创房地产公司称农机所未开具合格的发票，致使其不能抵扣税款，但支付补偿费是实创高科技公司、实创房地产公司之主要义务，与农机所为其开具合格发票的义务不具有对等性，不能发生同时履行抗辩权，故本院对该二公司的抗辩意见不予采信。实创高科技公司、实创房地产公司提出福环公司代为支付的3000万元应计算利息并抵扣违约金，但该笔款项业已折抵了2006年3月31日前的部分拆迁补偿款，加之该二公司在2005年12月21日前存在逾期付款之情形，故农机所无须承担3000万元的利息，从而亦不存在抵扣违约金的情况。
关于逾期交房违约金问题。（2011）民事调解书明确了4号楼的交付和过户时间，并确认双方对于4号楼的交付责任两清。由上述内容可以看出，实创高科技公司、实创房地产公司在履行调解书确定的交付义务后，双方就此前与4号楼交付有关的权利义务已经终结。因此。农机所要求实创高科技公司、实创房地产公司给付调解书生效前的违约金与调解书确认的内容相悖。对于在调解书送达生效后，实创高科技公司、实创房地产公司仍未履行交房义务问题，此为执行程序中的迟延履行问题，农机所应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条“被执行人未按判决、裁定和其他法律文书指定的期间履行给付金钱义务的，应当加倍支付迟延履行期间的债务利息。被执行人未按判决、裁定和其他法律文书指定的期间履行其他义务的，应当支付迟延履行金。”之规定，向实创高科技公司、实创房地产公司主张迟延履行金，故本院对农机所关于支付迟延交房违约金的请求不予支持。
关于逾期开工补偿金问题。2003年补充协议约定，若实创高科技公司在2003年12月31日前未开工建设北京现代农业机械发展中心大厦，则每延期1天向农机所补偿1万元，但实创高科技公司、实创房地产公司此后未能开工，直至2005年10月18日双方签订2005年补充协议时才确认签订该协议之日为开工日期。另外，虽然2005年补充协议约定以货币补偿形式替代38000平方米商业、办公楼的实物补偿，但实创高科技公司、实创房地产公司迟延开工行为导致农机所迟延获益，实创高科技公司、实创房地产公司应当按照约定承担违约责任，故本院对农机所要求实创高科技公司、实创房地产公司支付逾期开工补偿金655万元的主张予以支持。
关于实创房地产公司要求农机所支付逾期移交旧建筑物违约金问题。在2003年补充协议中双方约定，农机所接到实创高科技公司的通知后40日内腾空旧建筑物，但此后实创高科技公司、实创房地产公司未向农机所发出腾空旧建筑物的通知；且2005年补充协议双方也仅约定实创房地产公司于进场后15日内进行拆除工作及农机所予以积极配合，但并未约定农机所应于2005年11月5日前完成搬迁，且亦没有证据证明履行协议过程中农机所没有配合实创房地产公司开展拆迁工作。据此，本院对实创房地产公司该项反诉请求不予支持。
关于实创房地产公司要求农机所支付逾期搬迁公建部分违约金问题。根据2007年补充协议的约定，农机所应于2007年3月31日前将办公楼、厂房及附属设施腾空，但农机所于2007年7月19日才将上述房屋腾空，该所应当承担违约责任。根据双方关于农机所每逾期1日应支付1万元违约金的约定，农机所应支付实创房地产公司违约金110万元。诉讼中，实创房地产公司主张农机所的腾空时间应计算至该公司与案外人就涉诉小平房签订拆迁补偿协议之时，但根据查明的事实可知，该小平房位于职工住宅区，而农机所对职工住宅区不具有搬迁义务，故本院对实创房地产公司要求农机所承担2007年7月19日之后的逾期腾空违约金不予支持。
综上所述，依据《中华人民共和国合同法》第八条、第六十条、第一百零七条、第一百一十四条第一款之规定，判决如下：
一、本判决生效后十日内，北京实创高科技发展有限责任公司、北京实创房地产开发有限责任公司支付北京市农业机械研究所补偿费三千九百一十八万零九百七十元；
二、本判决生效后十日内，北京实创高科技发展有限责任公司、北京实创房地产开发有限责任公司支付北京市农业机械研究所二○一三年六月三十日前的逾期付款违约金及利息二千六百零五万九千二百九十八元；自二○一三年七月一日起至本判决第一项确认的补偿费三千九百一十八万零九百七十元支付完毕之日止，北京实创高科技发展有限责任公司、北京实创房地产开发有限责任公司按银行同期贷款利率的标准向北京市农业机械研究所支付利息；
三、本判决生效后十日内，北京实创高科技发展有限责任公司、北京实创房地产开发有限责任公司支付北京市农业机械研究所逾期开工违约金六百五十五万元；
四、本判决生效后十日内，北京市农业机械研究所支付北京实创房地产开发有限责任公司逾期搬迁办公楼、厂房及附属设施违约金一百一十万元；
五、驳回北京市农业机械研究所的其他诉讼请求；
六、驳回北京实创房地产开发有限责任公司的其他反诉请求。
如果双方未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费三十四万九千一百三十三元五角，由北京市农业机械研究所负担十三万五千三百一十一元五角（已交纳），由北京实创高科技发展有限责任公司、北京实创房地产开发有限责任公司负担二十一万三千八百二十二元（于本判决生效后七日内交纳）；反诉案件受理费八万三千元，由北京实创房地产开发有限责任公司负担七万九千三百四十八元（已交纳），由北京市农业机械研究所负担三千六百五十二元（于本判决生效后七日内交纳）。
如不服本判决，可在判决书送达后十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提供副本，交纳上诉案件受理费，上诉于北京市高级人民法院。如在上诉期满后七日内未交纳上诉案件受理费的，按自动撤回上诉处理。
审 判 长 王良胜
代理审判员 周明珠
人民陪审员 李 岩
二〇一四年十一月十八日
书 记 员 李雅靓
赵梦芸