嘉兴市秀洲区人民法院
民 事 判 决 书
（2015）嘉秀民初字第512号
原告（反。被告）：中元建设集团股份有限公司。
法定代表人：章锡根。
委托代理人：杨国江。
被告（反。原告）：嘉兴市秀洲工业区置信开发有限公司。
法定代表人：沈奇根。
委托代理人：童加康、沈杰。
原告中元建设集团股份有限公司诉被告嘉兴市秀洲工业区置信开发有限公司建设工程施工合同纠纷一案，本院于2015年6月2日立案受理后，依法组成合议庭进行审理，被告嘉兴市秀洲工业区置信开发有限公司在法定期限内向本院提出反诉，本院决定本诉与反诉合并审理。本案于2015年7月9日进行了证据交换，并于2015年10月8日公开开庭进行了审理，原告（反诉被告）中元建设集团股份有限公司委托代理人杨国江，被告（反诉原告）嘉兴市秀洲工业区置信开发有限公司委托代理人童加康到庭参加了诉讼。现本案已审理终结。
原告中元建设集团股份有限公司诉称，2002年7月22日，原告与被告签订了《建设工程施工合同》一份，合同约定，被告将其投资建设的位于嘉兴市秀洲工业区洪北路北侧的嘉兴秀洲工业区一期1号至3号民工公寓工程发包给原告施工。双方就工期、质量、价款分别作了约定。同年7月26日，双方又签订了《补充协议》，协议对付款方式作了变更，为“开工后一个月内付100万元，工程结顶前付50万元，结顶后付50万元，竣工后十天付50万元，竣工验收合格后付65万元，余款竣工验收后6个月内付清”。合同签订后，原告即组织人员进场施工，上述工程于2003年4月26日通过竣工验收。2005年3月30日，经被告委托，嘉兴市银建工程咨询评估有限公司出具了《建设工程造价咨询报告书》，确定上述工程造价为5818568元，上述评估报告已经原、被告双方盖章确认。2003年5月27日，原、被告签订了《建设工程施工合同》一份，合同约定，被告将其投资建设的位于嘉兴市秀洲工业区洪北路北侧的嘉兴秀洲工业区一期4号、5号民工公寓工程及二期1号至5号、9号民工公寓工程发包给原告施工。双方就工期、质量、价款分别作了约定。付款方式为“合同签订后七天内预付合同总价的20%，按核实的当月完成工作量，在次月5日前支付，当工程款累计支付至合同价的95%时停止支付，余款在审计后28天内付清”。合同签订后，原告即组织人员进场施工，上述工程于2004年8月8日通过竣工验收。2005年7月26日，原告就上述工程编制了相应的工程结算报告，被告于同年10月12日签收了上述工程结算报告。但直到2014年6月27日，经被告委托，嘉兴市银建工程咨询评估有限公司出具了《建设工程造价咨询报告书》，确定上述工程造价为16699101元，上述评估报告已经原、被告双方盖章确认。2004年11月25日，原、被告签订了《建设工程施工合同》一份，合同约定，被告将其投资建设的位于嘉兴市秀洲工业区洪北路北侧的嘉兴秀洲工业区二期6号至8号民工公寓工程发包给原告施工。双方就工期、质量、价款分别作了约定。付款方式为“开工前七天，预付合同价的15%，工程款按形象进度支付”。合同签订后，原告即组织人员进场施工，上述工程于2006年12月26日通过竣工验收。2009年1月16日，经被告委托，嘉兴市昌信工程咨询评估有限公司出具了《建设工程造价咨询报告书》，确定上述工程造价为11720107元，上述评估报告已经原、被告双方盖章确认。2014年11月7日，原、被告就上述三项工程，签订了《确认书》一份，明确上述三项工程造价合计为34237776元，扣除被告材料款6382907元及原告应承担的水电费90000元，被告应支付的工程款为27764869元（不包括合同外的附属工程）。但至今，被告只支付了工程款2071元，尚有7054869元未付。故诉请法院，要求：1、判令被告支付原告工程款7054869元及逾期付款违约金7667289元（按每日万分之二的标准计算至起诉之日，实际计算至判决确定的履行之日）；2、本案诉讼费由被告承担。
被告嘉兴市秀洲工业区置信开发有限公司辩称并反诉称，1、涉案所欠的工程款应该扣除被工程实际负责人屠福明及朱建荣借去的1484040元；2、原告出具的三份收款收据可以确认140万工程款，而且是税务机关正规的收据，该部分工程款过去双方从未有争议，更没有闹到派出所去，在长达11年时间，这么大的公司如果没有收到该款为何从来不来催讨；3、关于违约金部分，原告诉请的主张与事实不符，原告方在诉状中将其违约金的诉请超过了本金，合同中没有违约金条款，具体的答辩意见辩论阶段再详细说明；综上，双方一共合作了11年，彼此关系和睦，发生纠纷主要是3份收据引起的，请求法庭通过调查，查明事实驳回原告不当部分的诉请。原告在签订三份施工合同后，分别组织了施工，但实际三期工程的工期分别拖延了178天、127天、513天，故反诉要求：1、判令原告支付被告逾期竣工违约金1838243元；2、本案反诉费由原告承担。
原告中元建设集团股份有限公司对反诉辩称，1、被告公司在反诉中主张的原告公司拖延工期与事实不符，造成工期延误的主要原因是被告公司没有按照约定支付工程进度款，其自行发包的门窗等也是原因，双方在结算时没有提及工程延误的问题，因被告公司的原因导致工期延长而造成的损失双方没有提及；2、被告公司通过提起反诉的主张要求原告公司承担工期延误的责任已经超过诉讼时效，因为该诉讼时效应该是2年，如果按照被告的陈述本案中有关于工程竣工的时间具体是民工公寓一期工程竣工时间是2003年6月6日、二期是2004年6月20日、三期是2006年12月26日，竣工验收都是由业主即被告组织了包括原告施工单位和其它的五方参加的竣工验收，被告公司应当在验收的当天就知道权利被侵害了，到2015年的时候提起诉讼显然已经超过了法律规定的时效。3、本案中被告公司不存在诉讼时效中断的情形，因为工程完工之后，被告公司将上述三个工程委托审价机构审价，最终双方在2014年11月7日签订了协议书，将三份报告汇总，并扣除水电等费用，整个过程中双方多次有造价的接触，都没有提到逾期竣工的问题，不存在时效中断的情形，鉴于以上的情形，本案中造成工期延误不在于原告公司，原告公司没有权利来主张，如果是原告公司的原因，诉讼时效也远远超过了，请求法庭驳回被告的反诉请求。
审理中，双方当事人进行了举证与质证，原告中元建设集团股份有限公司向本院提交的证据有：
1、嘉兴市秀洲工业园区开发建设有限公司与原告浙江中元建设集团股份有限公司签订的《建设工程施工合同》一份及《补充协议书》一份，证明：1、2002年7月22日，原告与嘉兴市秀洲工业区开发建设有限公司签订了该《建设工程施工合同》，约定嘉兴市秀洲工业区开发建设有限公司将位于嘉兴市秀洲工业区洪北北侧的“嘉兴秀洲工业区1#-3#民工公寓”工程发包给原告施工，双方同时就工期、质量、价款等作了明确的约定。2、2002年7月26日，双方就上述工程又签订了《嘉兴秀洲工业区1#-3#民工公寓工程施工合同补充协议》一份，对合同条款作了相应变更。经质证，被告对合同的真实性没有异议，合同中未对逾期付款有过约定；补充协议上也有具体的开工时间点，补充协议中有一部分材料原告采购的，实际过程中有调整是被告购买的。
2、《房屋建筑工程竣工验收质量合格文件》三份，共3页，证明：诉争的“1#-3#民工公寓”工程于2003年4月26日通过了参建各方共同参与的竣工验收。经质证，被告对其真实性没有异议。
3、《建设工程造价咨询报告书》一份，证明：2005年1月，上述“1#-3#民工公寓”工程造价经被告委托的嘉兴市银建工程咨询评估有限公司审核，确定为5818568元；后原被告双方均对该报告予以盖章确认。经质证，被告对其真实性没有异议。
4、原、被告签订的《建设工程施工合同》一份，证明，2003年5月27日，原告与被告签订了该《建设工程施工合同》，约定被告将位于嘉兴市秀洲工业区洪北路北侧的“嘉兴秀洲工业区一期民工公寓4#、5#楼及二期民工公寓1#-5#、9#楼”工程发包给原告施工。双方同时就工期、质量、价款等作了明确的约定。经质证，被告对其真实性没有异议。
5、《单位工程质量竣工验收记录》七份，用于证明：诉争的“嘉兴秀洲工业区一期民工公寓4#、5#楼及二期民工公寓1#-5#、9#楼”工程于2004年5月8日通过了参建各方共同参与的竣工验收。经质证，被告没有异议。
6、《结算书》一份、《工程造价咨询报告书》一份，证明：针对“嘉兴秀洲工业区一期民工公寓4#、5#楼及二期民工公寓1#-5#、9#楼”工程，原告于2005年10月12日向被告提交了结算书；以及被告委托嘉兴市银建工程咨询评估有限公司对上述工程造价进行审核，2014年7月经原被告双方确认造价为16699101元。经质证，被告认为结算书是在2005年10月12日收到的，工程是2004年5月通过验收的，按照规定应该同时递交结算书的，原告方拖了一年多，最后的造价咨询报告不是被告拖的，2006年6月被告就提交到嘉兴市银建工程咨询评估有限公司，直到2014年才出报告，这个过程说明被告方没有故意拖延，造成这个原因是双方的原因并不是被告方的原因。
7、《建设工程施工合同》一份，证明：2004年11月25日，原告与被告前身签订了该份《建设工程施工合同》，约定被告将位于嘉兴市秀洲工业区洪北路北侧的“民工公寓6#-8#楼”工程发包给原告施工。双方同时就工期、质量、价款等作了明确的约定。经质证，被告对其真实性没有异议。
8、《单位工程质量竣工验收记录》三份，共3页，证明：诉争的“民工公寓6#-8#楼”工程于2006年12月26日通过了参建各方共同参与的竣工验收。经质证，被告对其真实性没有异议。
9、《工程造价咨询报告书》一份，证明：2009年1月，诉争的“民工公寓6#-8#楼”工程造价经被告委托嘉兴市信昌工程咨询有限公司审核，确定为11720107元；2009年1月16日，原被告双方均对该报告予以盖章确认。经质证，被告对其真实性没有异议。
10、《确认协议书》一份，证明：2014年11月7日，原被告双方对上述三个工程即民工公寓一、二、三期工程的结算事宜达成协议。1、确认三个工程的审定造价合计为34237776元；2、应扣一、二、三期工程中甲供材料款6382907元，以及一、二、三期工程施工过程中的水电费90000元。经质证，被告对其真实性没有异议，为什么出确认协议书说明审计价格出来的时候甲供这部分没有去掉，双方在这个时间点明确总的造价，扣除水电费、甲供材料也是反复讨价还价之后签订的这份协议书，将其中的甲供这部分剥离了。
11、《支付工程款明细》一份，证明：2015年1月21日，原被告双方对已付工程款情况进行了核对。确认被告就诉争的一、二、三期工程共计支付工程款2071万元，另已支付围墙、传达室、大门等附属工程工程款50万元。经质证，被告认为金额是对的，围墙、传达室、大门的50万不含在1、2、3期工程的工程款中，该款是另外叫原告做的，该50万元也已经付给了原告。
12、《催讨工程款函》一份、发函凭证一份，共2页，用于证明：原告曾于2015年2月9日，书面向被告催讨工程款。经质证，被告认为函是收到的，因为帐没有对清楚，所以钱后来没有付。
被告嘉兴市秀洲工业区置信开发有限公司向本院提交的证据有：
1、屠福明出具的领款单、借条共计13份，证明2005年7月5日屠福明从被告处以借款形式领走12万，2005年7月4日屠福明以借款形式从被告处领走了工程款15万、2005年7月1日屠福明以借款形式从被告处领走了12万、2005年7月6日屠福明以借款形式从被告处领走了11万、2005年12月31日屠福明从被告处领走了14万、2006年4月5日屠福明以领工程款的形式从被告处领走了工程款4万、2006年5月8日屠福明以领工程款的形式从被告处领走了12万、2006年5月11日屠福明以领工程款的形式从被告处领取了工程款8万、2006年9月18日屠福明以领民工三期工程款的形式从被告处领取了工程款5万、2006年11月9日屠福明以领预收民工三期工程款的形式向被告领取了4万、2007年4月10日屠福明以领取民工公寓的形式从被告处领取了5万、2008年8月29日屠福明以领民工三期公寓工程款以借条形式从被告处领取了2万、2009年7月24日屠福明以领民工公寓的形式从被告处领取了20万，以上借款形式总计是124万元。经质证，原告认为对于屠福明签字的领款单和支票凭证真实性无法确认，对证明事实有异议，被告想说明屠福明是项目的人员，但不是负责人，是原告公司委派的员工，项目经理不是屠福明，一期、二期的项目经理叫丁爱忠，三期叫姚孟季，原告也从来没有授权屠福明以他自己的名义领取，被告举证的单子上除了2009年7月24日收款人是中元建设集团股份有限公司外，其它的款项都载明收款人是屠福明，用途是借款，这个和被告向原告支付工程款是没有任何关联的，所以原、被告在2015年对帐的时候没有把这些款项列为已付工程款。原告也不同意被告把其出借给屠福明的借款冲抵被告欠原告的工程款。
2、2009年1月20日代扣委托书1份、发票1份，证明被告支付的审计费是原告委托被告支付，也应计算在这期工程中作为支付的工程款共计84000元。经质证，原告没有异议，可以视为被告代原告的付款。
3、朱建荣出具的领取单4份，证明2006年6月30日朱建荣以工程借款的形式从被告处领取工程款3万、2006年2月17日朱建荣以工程购物的形式领取10万、2005年12月24日朱建荣以工程款的形式领取1万、2005年12月16日朱建荣以工程款的形式领取了2万，总计16万。经质证，原告认为对其真实性无法发表意见，朱建荣的确在施工过程中是原告公司委派的工作人员，但不是项目经理，只是一个普通工作人员，原告从无委托朱建荣以个人名义领取工程款，原告向被告领取工程款都是以转帐形式的。
4、收款收据3份、银行现金支票存根3份、交通银行对帐单1份，2003年8月31日原告开具的收款收据为50万、2003年9月5日原告开具的收款收据50万、2003年11月10日原告开具的收款收据40万，证明被告去银行领取了140万现金的，被告在2003年11月10日银行贷款下来了之后，从2003年11月11日领取了50万、11月13日领取了50万、11月17日领取了40万。经质证，原告对收据的真实性没有异议，对支票存根和现金对帐单的真实性没有异议，但是对证明事实有异议，原告公司开了收据之后根本没有收到这三份收据下面的任何款项，理由是这个支票票根都是没有任何人员签名的，包括原、被告任何人员；其中两笔大的收据上中元公司载明是转帐的，实际上这个钱没有转到原告公司帐上，屠福明和朱建荣也没有拿到，支票上的收款人原告公司是被告的财务乱写的，真正的收款人不可能是原告公司，这个不能证明支票已经交给原告了，支票上也没有签字。
5、工程结算审核定单、1-3期民工公寓水电费结算单、工程图纸会审会议签到单、2008年12月29日原、被告签订的合同1份、2007年12月28日中元公司土建施工用水电费确认单1份、2004年11月24日钢材用料汇总签收单、2006年2月23日水泥用料汇总单1份、2004年12月28日水泥用料汇总单1份，证明屠福明和朱建荣均为一至三期工程的实际负责人，一直参与工程的施工与款项结算。经质证，原告认为屠福明和朱建荣的确是是原告委派到项目工地现场施工的工作人员，但是不是项目的负责人。
6、收款收据4份，证明2003年11月15日屠福明以领工程款的形式向被告处领取了130万工程款，2011年1月27日朱建荣以领工程款的形式从被告处领取了100万，2012年1月20日朱建荣以工程款形式领取了20万、2006年屠福明以工程款形式领取了15万，证明作为工程实际负责人的屠福明和朱建荣在施工期间一直代表原告领取工程款，原告也是认可的。经质证，原告对其真实性没有异议，但对待证事实有异议，屠福明只是领取支票的人，拿到原告公司入帐的。
7、建设工程施工合同及补充协议书、一期工程开工报告、竣工验收备案表各1份，证明一期工程合同施工期为130天，实际施工为308天，拖延了178天，工程是2003年6月6日竣工验收的。经质证，原告对证据的真实性没有异议，但对待证事实有异议，竣工应以通过竣工验收的时间为准；这个工程的工期延长并不是因为原告的原因导致的；从原告提供的竣工验收文件和被告提供的备案表都可以证明这个工程的竣工时间是在2003年4月26日，上面也有被告的签字、盖章，被告最迟在2003年4月26日知道了工期延误的事实，假设是原告公司引起的原因，被告直到2015年6月提起工期问题的追诉已经超过了诉讼时效，除非被告可以证明有诉讼时效中断的情形，否则的话时效已经超过了。
8、民工公寓二期部分合同、竣工验收备案表各1份，证明合同约定期限是2003年6月1日到2004年1月26日，施工期应该是240天，但是实际施工2003年7月21日到2004年7月22日，一共是364天，拖延了127天。经质证，原告对其真实性没有异议，但对待证事实有异议，这个材料不能证明是因为原告的原因延误了工期，实际上主要原因是因为被告不能按照合同约定支付进度款造成的，以及门窗工程等多种原因造成的延期竣工，双方在结算的时候原告也没有向被告提出因为原告的原因造成，被告也没有向原告主张，每份报告上都没有对此作出处理；从原、被告提交的材料看，被告最迟在工程竣工验收的时候知道工期已经延误了，竣工验收到现在已经有10年左右了，除非被告有材料证明就工期违约有诉讼时效中断的情形，否则已经远远超过法律规定的诉讼时效。
9、6-8号楼建设工程施工合同、竣工验收备案表，证明三期合同约定的施工期是2004年11月28日到2005年7月24日、一共是240天，实际施工期是2004年12月3日到2006年12月26日，一共是753天，拖延了513天。经质证，原告对其真实性没有异议，但对待证事实有异议，这个材料不能证明是因为原告的原因延误了工期，实际上主要原因是因为被告不能按照合同约定支付进度款造成的，以及门窗工程等多种原因造成的延期竣工，双方在结算的时候原告也没有向被告提因为他的原因造成，被告也没有向原告主张，每份报告上都没有对此作出处理；无论从原、被告提交的材料看，被告最迟在工程竣工验收的时候知道工期已经延误了，竣工验收到现在已经有10年左右了，除非被告有材料证明就工期违约有诉讼时效中断的情形，否则已经远远超过法律规定的诉讼时效。
经审查，本院认证如下：
对原告提供的证据1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12，被告对其真实性均无异议，且与本案相关联，故对上述证据，本院予以认定。
对被告提供的证据1、3、5、6，结合原告在庭审中的陈述对屠福明及朱建荣员工身份的认定、屠福明及朱建荣在领款单上有工程二个字的领款予以认可的事实，可认定，被告有理由相信屠福明及朱建荣的领款系代表原告的行为，故上述证据可认定屠福明及朱建荣的领款共计140万应计入被告已付原告的工程款中。对被告提供的证据2，原告无异议，本院予以认定，该84000元款项应计入被告已付原告的工程款中。对被告提供的证据4，原告虽开具了收款收据，且有二份收款收据明确收款方式为转帐；而被告的陈述系其先领取了现金，再分三次交给了屠福明，并由屠福明出具了收条，后屠福明用上述三份收款收据向被告换取了收条；被告的行为明显违反了财务支付规则，且与常理不相符，因为即使被告现金付款在先，但被告处未有原告任何一工作人员的签字收款确认，且被告在收到上述收款收据中的表明转帐形式支付方式后，也未有原告任何一工作人员对此出具收款说明。故该证据不能证实被告已付工程款140万元的事实。对被告提供的证据7、8、9，原告对其真实性无异议，本院予以认定，但对被告主张的逾期竣工违约金的反诉请求有无超过诉讼时效，应结合相应的事实再予以认定。
根据以上认定的证据及当事人的陈述，本院认定本案的事实如下：
2002年7月22日，原告与嘉兴市秀洲工业园区开发建设有限公司签订了《建设工程施工合同》一份，合同约定，嘉兴市秀洲工业园区开发建设有限公司将其投资建设的位于嘉兴市秀洲工业区洪北路北侧的嘉兴秀洲工业区一期1号至3号民工公寓工程发包给原告施工。双方就工期、质量、价款分别作了约定。同年7月26日，双方又签订了《补充协议》，协议对付款方式作了变更，为“开工后一个月内付100万元，工程结顶前付50万元，结顶后付50万元，竣工后十天付50万元，竣工验收合格后付65万元，余款竣工验收后6个月内付清”。合同签订后，原告即组织人员进场施工，嗣后，该工程的权利与义务由嘉兴市秀洲工业园区开发建设有限公司转为被告承受。上述工程于2003年4月26日通过竣工验收。2005年3月30日，经被告委托，嘉兴市银建工程咨询评估有限公司出具了《建设工程造价咨询报告书》，确定上述工程造价为5818568元，上述评估报告已由原、被告双方盖章确认。2003年5月27日，原、被告签订了《建设工程施工合同》一份，合同约定，被告将其投资建设的位于嘉兴市秀洲工业区洪北路北侧的嘉兴秀洲工业区一期4号、5号民工公寓工程及二期1号至5号、9号民工公寓工程发包给原告施工。双方就工期、质量、价款分别作了约定。付款方式为“合同签订后七天内预付合同总价的20%，按核实的当月完成工作量，在次月5日前支付，当工程款累计支付至合同价的95%时停止支付，余款在审计后28天内付清”。合同签订后，原告即组织人员进场施工，上述工程于2004年5月8日与7月5日分二次通过竣工验收。2005年7月26日，原告就上述工程编制了相应的工程结算报告，被告于同年10月12日签收了上述工程结算报告。2006年6月，被告委托嘉兴市银建工程咨询评估有限公司对上述工程进行审价，直到2014年6月27日，嘉兴市银建工程咨询评估有限公司出具了《建设工程造价咨询报告书》，确定上述工程造价为16699101元，上述评估报告已由原、被告双方盖章确认。2004年11月25日，原、被告签订了《建设工程施工合同》一份，合同约定，被告将其投资建设的位于嘉兴市秀洲工业区洪北路北侧的嘉兴秀洲工业区二期6号至8号民工公寓工程发包给原告施工。双方就工期、质量、价款分别作了约定。付款方式为“开工前七天，预付合同价的15%，工程款按形象进度支付”。合同签订后，原告即组织人员进场施工，上述工程于2006年12月26日通过竣工验收。2009年1月16日，经被告委托，嘉兴市昌信工程咨询评估有限公司出具了《建设工程造价咨询报告书》，确定上述工程造价为11720107元，上述评估报告已由原、被告双方盖章确认。2014年11月7日，原、被告就上述三项工程签订了《确认书》一份，明确上述三项工程造价合计为34237776元，应扣除被告提供的材料款6382907元及原告应承担的水电费90000元。2015年1月21日，经对帐，被告通过转帐形式支付原告工程款2071万元（不包括合同外支付的工程款50万元）。原告为工程款事宜，故成讼。
另查明，屠福明及朱建荣系原告在本案所涉工程中的员工，在2005年至2009年期间通过借款等形式向被告领取工程款140万元，2009年1月，原告委托被告支付审计费84000元。
本院认为，原、被告的合法权益受法律保护。本案中，双方签订建设工程施工合同及相应的补充协议均合法有效，双方当事人均应按约履行。原告履行了施工义务后，有权向被告主张工程款。结合本院认定的事实，被告有理由相信屠福明及朱建荣的以借款形式向被告领取工程款140万元系代表原告的行为，故可认定屠福明及朱建荣的以借款形式向被告领取工程款140万元应计入被告已付原告的工程款中。案涉工程经审计工程造价合计为34237776元，扣除被告已支付的工程款为28666907元（转帐支付的2071万元＋借款形式支付的140万元＋材料款6382907元＋水电费9万元＋审计费84000元），尚应支付工程款为5570869元。按合同约定案涉工程的工程款被告最迟应在2009年1月28日支付清（按双方于2004年11月25日签订的施工合同中的约定），因被告付款时未写明付何期的工程款，故本院认定按合同约定支付的先后时间予以支付，即被告先行履行到期的工程款。因2004年11月25日签订的施工合同约定发包人的违约责任不明确，故原告主张的逾期付款的责任可按银行同期同类贷款利率计算，从2009年1月29日起计算至判决确定的付款之日止。关于被告提出的三次支付现金140万元的主张，因该收款收据中的收款方式未写明为现金支付，且有二张写明为转帐支付，而被告认为已现金支付，但现金支付又没有原告的收条予以证明；又被告开具的支票存根栏收款人虽为原告，但原告未签名确认，且出具银行的支票收款人为被告，而非原告单位，致使支票票据的收款人与存根的收款人不一致，故被告提出已支付现金140万元的主张，缺乏证据予以证实，本院对此无法采信。关于被告提出的反诉要求原告支付逾期竣工违约金的请求，本案所涉工程已分别于2003年、2004年、2006年分别通过竣工验收，即使造成逾期竣工的责任在于原告，现被告提出反诉请求已超过了法定的2年诉讼时效，且被告也未提供证据证实时效有中断的情形，故对被告提出的反诉请求，本院不予支持。依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零九条，最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条和《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款、第一百四十二条的规定，判决如下：
一、被告（反诉原告）嘉兴市秀洲工业区置信开发有限公司于判决生效之日起十日内支付原告（反诉被告）中元建设集团股份有限公司工程款5570869元及其利息（按中国人民银行公布的同期同类贷款利率计算，从2009年1月29日计算至本判决确定的履行之日止）；
二、驳回原告（反诉被告）中元建设集团股份有限公司的其他诉讼请求；
三、驳回被告（反诉原告）嘉兴市秀洲工业区置信开发有限公司的反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条的规定，加倍给付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费111033元、财产保全费5000元，共计116033元，由原告（反诉被告）中元建设集团股份有限公司负担16033元，由被告（反诉原告）嘉兴市秀洲工业区置信开发有限公司负担100000元。反诉案件受理费10672元由被告（反诉原告）嘉兴市秀洲工业区置信开发有限公司负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于浙江省嘉兴市中级人民法院。（后附页）
审判长 张晓明
审判员 刘连明
审判员 杨维均
二〇一五年十月二十一日
书记员 沈 菲