北京市第三中级人民法院
民 事 判 决 书
（2018）京03民终3665号
上诉人（原审被告，反诉原告）：北京市朝阳区金色摇篮潜能开发婴幼园，住所地北京市朝阳区望京西路**号院**号楼。
法定代表人：岑艳，总经理。
委托诉讼代理人：赵天铎，北京市友邦律师事务所律师。
被上诉人（原审原告，反诉被告）：北京劳动保障职业学院，住所地北京市朝阳区惠新东街*号。
法定代表人：李继延，院长。
委托诉讼代理人：杨明亮，男，1963年7月4日出生，汉族，北京劳动保障职业学院副院长，住北京市朝阳区。
委托诉讼代理人：岳屾山，北京市岳成律师事务所律师。
上诉人北京市朝阳区金色摇篮潜能开发婴幼园（以下简称金色婴幼园）因与被上诉人北京劳动保障职业学院（以下简称保障学院）债权转让合同纠纷一案，不服北京市朝阳区人民法院（2015）朝民初字第44787号民事判决，向本院提起上诉。本院立案后，依法组成合议庭公开开庭对本案进行了审理。上诉人金色婴幼园的委托诉讼代理人赵天铎，被上诉人保障学院的委托诉讼代理人杨明亮、岳屾山到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
金色婴幼园上诉请求：1.撤销一审判决，依法改判驳回保障学院的一审诉讼请求；2.依法改判保障学院支付违约金13582402元或发回重审；3.诉讼费由保障学院承担。事实和理由：一、一审判决认定事实不清。1.一审法院认定双方协商实际变更了涉案款项支付时间。此认定明显与事实不符，没有任何事实和法律依据，也没有任何证据证明。2.关于300万元的问题。仅从《2008年度北京劳动学院付款情况表》的第10条的具体内容上看，不能证明未清算费用应由金色婴幼园承担。并且保障学院在一审提交的证明费用的证据为保障学院单方打印的《费用清算表》，该份证据无双方签字确认，也无其他间接证据证明双方确认过此费用，金色婴幼园对该份证据的真实性也不予认可，但一审判决对上述情况只字未提，强行确认了由金色婴幼园承担上述费用，是认定事实错误。3.关于返还数额问题。一审判决判令金色婴幼园返还保障学院13389400元人民币，但未予以说明如何计算得出此数额，无事实及法律依据。4.违约问题。根据双方签订的《股权转让合同书》第十一条之规定：“在合同有效期内乙方就另一方的任何违约或延迟履约而给与的延期，不得影响、损害或者限制守约方在本合同项下及作为债权人根据有关法律法规所拥有的任何权利，不得视为守约方放弃对违约方的违约行为进行追究的权利，亦不构成守约方放弃对违约方今后类似的违约行为进行追究的权利”故根据在卷证据及合同约定，结合保障学院的付款时间，足以证明保障学院违约事实明显，其应当承担违约责任，向金色婴幼园支付违约金。二、一审判决适用法律错误。一审判决判令金色婴幼园返还保障学院13389400元人民币，依据的是《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百一十四条，上述两条法律规定显然与判决内容不符。
保障学院辩称：1.同意一审判决，不同意金色婴幼园的上诉意见。一审法院认定事实清楚适用法律正确，请求驳回上诉，维持原判。2.本案核心问题是债务履行时间和利息支付方式是否发生变更，以及是否按照变更后的方式支付款项，本案涉及的证据在朝阳区人民法院及北京市第三中级人民法院（以下简称三中院）的生效判决中已进行认定，（2014）朝民初字第8113号民事判决认定金色婴幼园对债务履行时间及利息给付方式的变更发生法律效力，保障学院按照约定履行了义务。（2014）三中民终字第13951号民事判决认定保障学院提交的证据四、证据五，程跃不认可该证据，但是朱玉德认可，三中院对该两份证据进行认可。对于公证书的证据也进行了认可。朝阳区人民法院和三中院的审理过程中对给付时间、方式、款项金额、合同约定和实际履行不一致的原因、变更后的利息支付时间等均进行了审理。三、合同履行中双方就债务履行的时间及利息支付进行了约定，并且按照约定完成了履行。债务履行时间和利息支付方式变更的原因是2008年1月23日朱玉德找到杨明亮，朱玉德是金色婴幼园的指定联系人，杨明亮是保障学院的指定联系人。两人在保障学院处财务处长办公室谈到付款方式的时候，朱玉德说保障学院先支付部分款项，因为快过节了，金色婴幼园需要发奖金。杨明亮说还没到约定付款期，这么做以后付款就乱了，程跃说不用管合同了能给就给点，只要总数不变就行。于是杨明亮向保障学院申请，交给金色婴幼园支票，此后金色婴幼园经过吃饭、商谈等要求保障学院提前支付款项，具体支付情况为：2008年1月23日达成一致意见在2008年12月31日前支付961.27万元，利息是2007年8月1日至2008年7月31日间的利息，700.77万元。利息的计算方式是9612.7万元*7.29%=700.77万元，总计支付1662.04万元。2008年10月30日前支付了1050万元。12月初朱玉德与杨明亮进行了对账，出具了2008年手写清单。其中第九项涉及金色婴幼园所说的300万元。双方明确了抵扣300万元后再支付的钱款。2008年12月4日保障学院支付100万元，12月11日支付212.04万元，同日进行了对账，形成了2008年度打印版付款情况表，对整年履行情况进行了确认。经过朝阳区人民法院和三中院认定的证据和实际付款的情况可以证明双方通过实际履行的方式对付款期限进行了变更。一审法院是在结合已生效判决认定的事实以及一审期间提交的证据综合认定事实，不存在金色婴幼园主张的事实认定不清的情形。综上，一审法院事实认定清楚，适用法律正确。
一审判决记载的保障学院一审诉讼请求：1.判令金色婴幼园支付保障学院14323800元；2.判令金色婴幼园支付保障学院利息1848712.04元（2013.6.9-2015.7.15）。
金色婴幼园反诉请求：判令保障学院支付金色婴幼园违约金13582402元。
一审法院认定事实：2005年7月6日，岑艳、程跃作为转让方，北京市计划劳动管理干部学院作为受让方，签订了《北京全程超越文化发展有限公司股权转让合同书》，载明：北京全程超越文化发展有限公司（以下简称全程公司）由程跃、岑艳共同出资，其中程跃出资1560万元人民币，占注册资金的60%，岑艳出资1040万元人民币，占注册资金的40%；岑艳将其拥有占全程公司40%的股权和程跃拥有占全程公司15%的股权进行转让，股权价值为1430万元。该合同第三条资产、负债和净资产情况记载有以下内容：1.全程公司账面资产177659425.53元；2.全程公司在建设北京市昌平区旧县村西全程学校过程中，目前尚欠建筑公司工程款7481.8万元，由于未付款，没有取得发票；3.全程公司建设的北京市昌平区旧县村西全程学校，现由北京全程超越实验学校和北京国际金融专修学院使用，形成全程公司的一部分资产是在全程学校和金融学院账上列支，该部分资产价值总额为10738325.26元（不包含金融学院的负债）；4.从2005年7月1日起，到2005年11月15日偿还工行借款3660万元，到2008年6月30日偿还工行借款3000万元，还需支付银行贷款利息640万元。以上四项价值总额为269615750.79元。第四条负债的分配约定：截止转让基准日，需新股东为全程公司提供借款用以清偿的债务为243615750.79元。新股东按各自在全程超越公司的出资比例提供清偿债务的资金，其中：受让方的出资比例为55%，应提供的资金为133988662.93元；转让方程跃的出资比例为45%，应提供的资金为109627087.86元。第六条费用分担约定在学校双方共同经营运转过程中，所发生的费用按以下原则由双方承担：能明确计量出由一方使用所发生的费用时，由使用方承担该费用；如不能明确时，双方按股权比例或学生人数合理分摊费用。同日，程跃与北京市计划劳动管理干部学院签订《补充协议》，约定程跃承诺同意2008年以后根据学院需要随时将持有的全程公司45%的股权及相关权益转让给北京市计划劳动管理干部学院，同时程跃放弃在全程公司的一切权益。转让价格采用2005年签订的《北京全程超越文化发展有限公司股权转让合同书》中所确定的分配承担的负债109627087.86元和股权转让金1170万元。北京市计划劳动管理干部学院可以采用分期付款的方式分10年支付转让费。支付转让费的10年期间北京市计划劳动管理干部学院按照同类同期银行利率计算利息，分年支付。本补充协议只对约定股权的转让价格和付款期限进行限定。本补充协议在2010年12月31日前有效。
2007年8月6日，程跃与北京市计划劳动管理干部学院签订了《北京全程超越文化发展有限公司股权转让合同书》，约定程跃同意将其占全程公司45%的股权转让给北京市计划劳动管理干部学院，以双方于2005年7月6日签订《补充协议》商定的价格为基础，本合同转让方代目标公司垫付资金金额为109627087.86元。程跃同意随上述股权同时转让上述债权给北京市计划劳动管理干部学院。作为债权置换，双方同意由金色婴幼园作为受益人，形成北京市计划劳动管理干部学院对金色婴幼园同等金额的债务。本合同签订后5日内，北京市计划劳动管理干部学院向程跃支付股权转让金额1170万元。为保证本合同的顺利履行，在本合同签订后五个工作日内，双方共同准备有关股权变更的法律性文件，同时办理工商变更登记手续。为保证全程公司本次股权转让的顺利进行和不会因此而产生费用纠纷，本合同签订后，首先对全程公司自2005年7月6日至2007年本次股权转让基准日（2007年7月31日）为止的费用进行清理，所有费用按照2005年7月6日签订的《股权转让协议书》中的约定进行支付。双方分别指定朱玉德和杨明亮为执行合同的联系人。本合同中的债权转让事宜，双方协商做出补充合同。补充协议与本合同具有同等法律效力。对本合同所做的任何变更必须采用书面形式，由双方合法授权代表签署。同日，程跃与保障学院签订《股权转让合同书补充合同（第二次）》，约定双方就程跃持有全程公司45%股权及相关权益转让后的“目标债权”转让事宜签订本补充协议。目标债权是指双方于2007年签订45%的《股权转让合同书》第三条中所限定的全程公司的“目标债权”，金额为109627087.86元。作为债权置换，保障学院认可程跃指定金色婴幼园为此债权置换的合法收益人。在本合同签订的十年内保障学院付清对程跃的“目标债权”，每年的6月底为付款日，每次付款金额为10年平均值。如保障学院从北京市发改委和财政局申请的专项资金到位，保障学院应在专项资金分批到位的年限内付清程跃实际债务及利息，不再执行十年付清的条款，付款日期为保障学院在专项资金到位的五个工作日内向程跃付款。双方分别指定朱玉德和杨明亮为执行合同的联系人，一方在联系人变更时应及时通知对方，并确定新的联系人。
2009年12月1日，程跃与保障学院签订《关于购买北校区欠款利息计算的补充协议》，约定根据程跃和劳动保障学院于2007年8月6日签订的《股权转让合同书补充合同》第五条的约定，经过双方协商，就每年利息计算的具体事宜，签订本补充协议：1.每期利息计算期间为当年8月1日至次年7月31日；2.每期利息计算的方法为中国人民银行规定的利息计算方法，从下年度开始按照1月1日新利率执行，如果中国人民银行规定的利息计算方法变更，则按新规定的方法计算；3.每期利率统一按照中国人民银行公布的同期贷款利率（程跃同意劳动保障学院2008
--2010年按一年期贷款利率执行，2011--2012年按3--5年期贷款利率执行，从第2013年起按五年期以上银行贷款利率执行）计算。
2010年6月3日，金色婴幼园向保障学院出具《承诺书》，其内容为如果保障学院把2009年底欠金色婴幼园的欠款总额还清，金色婴幼园保证把2010年保障学院已经支付给金色婴幼园的款项退还给保障学院。特此承诺。其中：2010年2月8日200万元2010年6月3日300万元。
2011年7月5日，金色婴幼园出具《说明》，其内容为保障学院收到市财政补贴的购买北校区的专项资金，并付款金色婴幼园后，按照2007年8月6日签订的《股权转让合同补充合同（第二次）》条款的规定，将多余款项金色婴幼园返还给保障学院。
2014年，程跃于一审法院起诉保障学院，要求保障学院支付违约金3010.46万元，后一审法院出具（2014）朝民初字第8113号民事判决书，判决驳回程跃的全部诉讼请求。后程跃上诉至北京市第三中级人民法院，该院出具（2014）三中民终字第13951号民事判决书，其中审理查明部分为2008年12月，朱玉德在杨明亮在场的情况下手写了一份2008年本息清单。该清单记载有以下内容：“①合同欠额10962.7万；②扣贷款1350；③实际欠9612.7万；④利息7.29%；⑤2007年8月1日-2008年7月31日9612.7×7.29%=700.77万元；⑥9612.7×10%=961.27万；⑦961.27+700.77=1662.04万元；⑧已付1050万元；⑨尚欠612.04万元（312.04）给；⑩利息从2008年8月1日起计算；??本金计算8651.43万元。”2008年12月11日，朱玉德打印了一份《2008年度北京劳动学院付款情况表》。该情况表中记载有以下内容：“1.劳动学院欠款总额：109627087.86元（10692.7万元）2.金色摇篮应承担工行贷款3000万元的45%：1350万元；3.劳动学院（1）-（2）尚欠实际金额：9612.7万元；4.一年期贷款基准利率（年息）：7.29%；5.劳动学院07年8月1日至08年7月31日（一年期）应付利息：9612.7万元×7.29%=700.77万元；6.劳动学院08年应付款：9612.7万元×10%+700.77万元=1662.04万元；7.2008年10月30日前已付款：1050万元；8.劳动学院尚欠金额（6）-（7）=612.04万元；9.2008年12月4日劳动学院支付100万元，2008年12月11日劳动学院支付212.04万元；10.金色摇篮预留300万元用于结算2006年度及2007年度上半年费用未清算用，费用双方另行清理，费用多退少补；11.下次计息从2008年8月1日起计算；12.下次计算劳动学院欠款总额的基数为9612.7万元-961.27万元=8651.43万元；双方对上述情况共同确认。”该情况表落款处甲方为程跃，乙方为劳动保障学院，但双方均未予签字或盖章。2009年10月27日，朱玉德以金色婴幼园的名义，通过电子邮件向劳动保障学院送达了两份2009年度北京劳动学院应付款情况表。第一份付款情况表中显示：09年6月31日前劳动保障学院应偿还总债务的10%即：9612.7万元*10%=961.27万元；09年应承担债务的利息（08年8月1日到09年7月31日）8651.43万元*7.83%=677.40万元，以上两项合计1638.67万；2009年5月底劳动保障学院已付款200万元，2009年6月30日已付款230万元，2009年7月10日已付款270万元，2009年7月16日已付款200万元；目前劳动保障学院应付款738.67万元。第二份付款情况表中除09年劳动学院应承担债务的利息（08年8月1日到09年7月31日）8651.43万元*7.47%=646.26万元，以上两项合计1607.53万元，目前劳动保障学院应付款707.53万元以外，其他内容均一致。同时该电子邮件中还附有人民银行利率表、《关于购买北校区欠款利息计算补充协议》。2010年10月，朱玉德在杨明亮在场的情况下手写了一份2010年本息清单。该清单记载有以下内容：“7690.16×5.4%=415.27，2010年10月份已付138.73，尚欠276.54万元。”保障学院自2008年1月23日起至2013年6月8日止，共计向金色婴幼园支付了128159000元。一审法院认为部分一审法院根据双方的书面约定及实际履行情况，认定本案中的程跃对保障学院的债权已经转让给金色婴幼园，程跃无权要求保障学院向其承担违约责任，并无不妥，后判决驳回上诉，维持原判。
一审另查一，2006年4月27日，北京市人民政府批准设立保障学院，同时撤销北京市计划劳动管理干部学院建制。
一审另查二，保障学院向金色婴幼园支付款项的具体情况：2008年1月23日150万元、6月30日500万元、7月18日300万元、10月30日100万元、12月4日100万元、12月11日212.04万元，2009年5月26日200万元、6月30日230万元、7月10日270万元、7月16日200万元、11月3日61.27万元、11月5日300万元、12月1日237.25万元，2010年2月8日200万元、6月8日300万元、10月20日600万元、11月26日176.54万元、100万元、12月30日300万元，2011年7月5日500万元、10月31日578.8万元，2012年1月13日800万元、2月14日200万元、6月18日1000万元、8月1日1000万元、10月11日1000万元、12月11日400万元，2013年1月22日1000万元、5月9日1300万元、6月8日500万元。
一审另查三，2015年，保障学院于北京市昌平区人民法院起诉全程公司、第三人程跃，其诉讼请求为要求全程公司办理将程跃名下的全程公司45%的股权变更至保障学院名下的工商登记手续；程跃协助办理上述股权变更登记手续。后该院出具（2015）昌民（商）初字第16061号民事判决书，判决全程公司于该判决生效后七日内将程跃持有的其公司的百分之四十五的股权变更至保障学院名下；程跃对该判决第一项确定的股权变更事宜负有协助义务。后程跃上诉至北京市第一中级人民法院，该院出具（2016）京01民终2433号民事判决书，判决驳回上诉，维持原判。
一审庭审中，双方的主要争议：
一、付款期限、违约问题。金色婴幼园主张每年6月底为付款日，保障学院多次迟延付款，所以其行为构成违约。保障学院主张双方已经变更了2007年8月6日的《股权转让合同书补充合同（第二次）》中约定的支付时间和支付方式，即先支付本金，利息结算后予以补足剩余的本金和利息，利息按照上一年度8月1日至本年度7月31日计算，所以保障学院不存在违约行为。保障学院主张杨明亮、朱玉德、程跃、李继岩协商一致一次性付清剩余款项，所以不再支付2011年8月1日之后的利息。金色婴幼园对此不予认可。
二、诉讼时效问题。保障学院主张金色婴幼园的诉讼请求超过诉讼时效，因为2013年6月8日是保障学院最后一次付款，所以金色婴幼园应在2015年6月8日之前向保障学院提出主张，同时程跃与金色婴幼园是两个民事主体，所以不能认为程跃提出诉讼主张即等于金色婴幼园提出诉讼主张，另若金色婴幼园主张违约，其应该在第一次结算时即提出。金色婴幼园表示程跃与保障学院的诉讼最终于2015年确认，所以其现在提出诉讼主张不超过诉讼时效。金色婴幼园主张因为保障学院于2013年6月8日最后一次付款，所以保障学院的诉讼请求超过诉讼时效。保障学院提供律师函、寄送单、查询单等证据，以此证明其没有超过诉讼时效。金色婴幼园对上述证据真实性、关联性、证明目的均不予认可。
三、300万元问题。保障学院依据《2008年度北京劳动学院付款情况表》等证据主张金色婴幼园300万元用于清算费用。金色婴幼园对此不予认可，其表示不知道保障学院如何计算了2005年至2007年期间的费用，且其在管理期间已经支付了相应的公共费用，其没有承诺支付保障学院上述款项，保障学院也没有相关证据。保障学院又提供表格，以此证明费用的构成。金色婴幼园对上述证据不予认可，其也没有承诺支付保障学院上述款项。
一审法院认为：2007年8月6日程跃与保障学院签订的《北京全程超越文化发展有限公司股权转让合同书》、《股权转让合同书补充合同（第二次）》、2009年12月1日程跃与保障学院签订的《关于购买北校区欠款利息计算的补充协议》系双方真实意思表示，依法成立、合法有效，各方均应全面履行。（2014）朝民初字第8113号、（2014）三中民终字第13951号民事判决书确认程跃对保障学院的债权已经转让给金色婴幼园，故保障学院、金色婴幼园应全面履行上述合同。本案争议的焦点有三：第一、付款期限、违约问题。依据2008年本息清单、《2008年度北京劳动学院付款情况表》、《关于购买北校区欠款利息计算的补充协议》、两份2009年度北京劳动学院应付款情况表、2010年本息清单等证据，结合朱玉德、杨明亮的身份等因素，保障学院、金色婴幼园对自2007年8月1日至2011年7月31日期间的本金、利息有明确的约定，加之双方协商确定的本金、利息的时间显示与《股权转让合同书补充合同（第二次）》约定的支付时间冲突，双方已经实际变更了涉案款项支付时间。关于违约问题一节，鉴于以上付款期限问题，结合2010年6月3日的《承诺书》和2011年7月5日的《说明》，一审法院对金色婴幼园关于保障学院违约的意见不予采纳；第二、诉讼时效问题。金色婴幼园主张保障学院诉讼请求超过诉讼时效，依据保障学院提供的相关证据，一审法院对金色婴幼园该抗辩意见不予采纳。保障学院主张金色婴幼园的反诉请求超过诉讼时效，鉴于相关诉讼事宜，一审法院对保障学院该意见不予采纳；第三、300万元费用问题。2008年本息清单、《2008年度北京劳动学院付款情况表》对该笔费用均已明确说明，保障学院又提供进一步证据解释相关费用，金色婴幼园未提供相关证据予以反驳，故一审法院对保障学院该部分意见予以采纳。结合以上几点，鉴于保障学院已经支付128159000元，所以一审法院确定金色婴幼园应返还保障学院13389400元。关于利息一节，考虑到之前的诉讼、双方费用结算、利息计算、保障学院起诉时间等因素，一审法院确定自保障学院起诉之日即2015年8月20日起计算相关涉案款项的利息。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百一十四条的规定，判决：一、北京市朝阳区金色摇篮潜能开发婴幼园于判决生效后十日内返还北京劳动保障职业学院13389400元。二、北京市朝阳区金色摇篮潜能开发婴幼园于判决生效后十日内按照中国人民银行同期贷款利率支付北京劳动保障职业学院上述13389400元自二〇一五年八月二十日起至北京市朝阳区金色摇篮潜能开发婴幼园实际返还上述13389400元之日止的利息。三、驳回北京劳动保障职业学院其他诉讼请求。四、驳回北京市朝阳区金色摇篮潜能开发婴幼园的全部反诉请求。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条的规定，如未在规定的期限内支付全部款项，则自逾期之日起按照中国人民银行规定的同期贷款利率的标准加倍支付迟延履行期间的债务利息。
二审中，当事人均未提交新证据。
本院二审依法补充查明以下事实：
关于书面变更协议的约定，2007年8月6日《股权转让协议》第十条约定：“本合同的变更，必须经双方共同协商，并订立书面变更协议。”第十二条约定：“对本合同所作的任何变更必须采用书面形式，由双方合法授权代表签署。”
关于本息支付顺序及逾期付款违约金的约定，2007年8月6日《补充协议（二）》第五条约定：“在本补充合同生效后的当日起，乙方对未向甲方支付应付实际债务部分，乙方应按银行同期贷款利率向甲方支付利息，直至乙方应支付的债务及利息全部付清为止。在每次结款时，甲方先扣除乙方在此次付款期间应支付的利息，然后再计算乙方应向甲方支付的债务金额。”第七条约定：“甲乙双方应全面、实际履行本补充合同，不履行或不完全履行本补充合同的，守约方有权要求违约方履约合同条款并追究违约方的违约责任，同时要求违约方向守约方支付违约金。违约金按未履行金额部分每日千分之三计算。”
二审另查，保障学院起诉状中的诉讼请求为判令金色婴幼园返还多支付款项14323800元，并支付利息（以14323800元为基数按照同期银行贷款利率计算直至全部付清为止。2013年6月9日至2015年7月15日期间的利息暂计为1848712.04元），诉讼费由金色婴幼园承担。2015年10月23日，一审法院第一次组织谈话，在该次谈话笔录中记载保障学院的诉讼请求与事实理由同起诉状。之后庭审中，保障学院的诉讼请求未发生变化。
二审经询，双方均对本案案由应为债权转让纠纷不持异议。
本院对一审查明的其他事实予以确认。
本院认为，结合当事人的诉辩主张和查明的事实，本案二审的争议焦点可归纳为四个方面：一、双方就付款期限及利息支付情况的约定是否发生变更。二、双方是否就金色婴幼园免除保障学院2011年8月之后的利息达成过一致意思表示。三、保障学院履行付款义务是否存在违约情形，如存在违约，则其应当支付的逾期付款违约金数额；如存在多支付款项的情形，则金色婴幼园应当返还的款项金额。四、300万元款项的抵扣问题。
针对争议焦点一，双方就款项支付期限及利息支付情况的约定是否发生变更。金色婴幼园上诉主张按照双方协议约定，每年六月底为付款日，保障学院答辩主张双方就款项支付期间进行了实际变更，并提交了2018年至2011年双方对账记录及款项支付凭证。对此本院认为，其一，金色婴幼园主张保障学院自2008年开始就出现迟延付款并产生违约金，但从朱玉德、杨明亮2008年本息清单、2009年付款情况表、2010年本息清单等内容看，金色婴幼园并无要求保障学院支付延迟付款违约金的意思表示。其二，2008年度本息清单与保障学院当年实际付款金额相互吻合，并且2008年12月对账显示的应付款项金额与保障学院在当年对账之后实际支付的金额亦吻合，但与金色婴幼园所主张的金额存在矛盾。其三，朱玉德以金色婴幼园名义发送的两份2009年应付款情况表显示的本金及利息计算方式与2008年计算方式相同，仅利率不同。经询，金色婴幼园认可2009年利率计算发生变化，即2008年8月1日至2008年12月31日利率为7.47%，2009年1月1日至7月30日利率为5.31%，核算后金额与保障学院当年实际支付金额一致。另，2010年对账显示的计算方式及金额亦与保障学院实际付款情况相符。其四，针对2011年对账情况，保障学院主张系杨明亮在朱玉德在场的情况下手写的本息计算方式，但未有双方代表签字。因保障学院主张的该年度利息相比金色婴幼园主张的相应利息高，本院对此不持异议。综上，根据金色婴幼园与保障学院历年实际付款及对账等事实可以认定，双方就款项支付情况已以履行行为对曾约定的需书面变更及约定的款项计算周期、支付时间进行了实际变更。
针对争议焦点二，双方是否就金色婴幼园免除保障学院2011年8月之后的利息达成过一致意思表示的问题。保障学院主张2011年8月1日之后因专项资金到位，故双方协商不再计算利息，金色婴幼园对此不予认可。对此本院认为，首先，就利息问题，曾在《股权转让合同书补充合同（第二次）》《关于购买北校区欠款利息计算的补充协议》等协议中均有所约定，其中并未约定免除专项资金到位后保障学院相关支付期间的利息给付义务，保障学院与金色婴幼园就专项资金到位之后的利息支付亦未形成新的书面协议。其次，从双方实际履行看，保障学院亦未提交其他有效证据证明双方就利息免除达成了一致，在金色婴幼园不予认可的情况下，对于保障学院该项辩称意见，本院难以采信。一审判决未核算2012年及2013年利息的处理有误，本院依法予以纠正。对于本息的偿还顺序问题，根据规范性法律文件的规定及本案现有证据，本案还款应当按照先偿还利息后偿还本金的偿付顺序核算。对于利息的计算标准，本院按照《关于购买北校区欠款利息计算的补充协议》的约定核算相应的利息金额。
针对争议焦点三，保障学院是否应当支付逾期付款违约金，亦或保障学院是否存在多付款项的情形。根据本院上述论述，双方以实际履行的方式变更了涉案款项的支付情况约定。从实际履行的事实情况来看，保障学院在2008年至2011年均已按期足额支付款项，2012年至2013年提前足额付款，且有多付情形，因此保障学院未存在迟延付款的情况。金色婴幼园关于要求保障学院支付违约金的上诉请求，缺乏事实及法律依据，本院不予支持。关于多付款项的金额，本院在扣减2012年及2013年利息后予以核算。经核算，保障学院多支付款项金额应为9187683.51元，金色婴幼园应予退还，并应赔偿相应利息损失。一审法院根据本案实际情况认定利息起算日并无不当，利息计算标准于法有据，本院予以确认。
针对争议焦点四，关于300万元款项的抵扣问题，本院认为，2008年本息清单、《2008年度北京劳动学院付款情况表》对该笔费用均已明确说明，预留300万元作为2006年度及2007年度上半年相关公司费用未清算用，费用双方另行清理；保障学院庭审中亦进一步就此作出解释说明。故根据已查明事实，一审判决认定将该笔款项在应付款本金中先予抵扣，并无不当，本院亦予确认。另该300万元的具体结算问题非本案法律关系，如有争议可另行解决。
此外，本案基于股权转让法律关系产生，但实为原权利人将权利转让给金色婴幼园后，金色婴幼园与保障学院就款项偿还问题引发的争议，因此本案案由应为债权转让合同纠纷。双方对此亦不持异议，本院依法对案由进行变更。
另，保障学院一审庭审中诉称其诉讼请求与起诉状一致，一审法院实际亦是按照保障学院起诉状中诉讼请求作出的认定，本院同样以此作为认定论述的诉争基础。
综上所述，金色婴幼园的上诉理由部分成立，本院予以支持；不成立的部分，本院予以驳回。一审法院判决认定事实有误的部分，本院依法予以改判；认定无误的部分，本院予以维持。依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第七十七条、第七十九条第一百零七条，《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释（二）》第二十一条；《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（二）项之规定，判决如下：
一、维持北京市朝阳区人民法院（2015）朝民初字第44787号民事判决第四项；
二、撤销北京市朝阳区人民法院（2015）朝民初字第44787号民事判决第一项、第二项、第三项；
三、北京市朝阳区金色摇篮潜能开发婴幼园于本判决生效后十日内返还北京劳动保障职业学院9187683.51元；
四、北京市朝阳区金色摇篮潜能开发婴幼园于本判决生效后十日内支付北京劳动保障职业学院利息（以9187683.51元为基数，自二〇一五年八月二十日起至实际支付之日止，按照中国人民银行同期贷款利率计算）；
五、驳回北京劳动保障职业学院其他诉讼请求。
如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审本诉案件受理费107743元，由北京市朝阳区金色摇篮潜能开发婴幼园负担68956元（于本判决生效后七日内交至一审法院），由北京劳动保障职业学院负担38787元（已交纳）；一审反诉案件受理费51647元，由北京市朝阳区金色摇篮潜能开发婴幼园负担（已交纳）。
二审案件受理费176659元，由北京劳动保障职业学院负担27509元（于本判决生效后七日内交纳），剩余149150元由北京市朝阳区金色摇篮潜能开发婴幼园负担（已交纳103295元，剩余45855元于本判决生效后七日内交纳）。
本判决为终审判决。
审 判 长 尚晓茜
审 判 员 金妍熙
审 判 员 程 磊
二〇一八年四月十六日
法官助理 张 禾
书 记 员 李安康