江苏省苏州市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2011）苏中民初字第0008号
原告（反诉被告）宏润建设集团股份有限公司，住所地：浙江省象山县丹城镇建设东路262号。
法定代表人郑宏舫，董事长。
委托代理人殷之杰、杨洋，上海市申达律师事务所律师。
被告（反诉原告）仙妮蕾德食品（昆山）有限公司，住所地：江苏省昆山市淀山湖镇北苑路北侧。
法定代表人陈得福，董事长。
委托代理人张伟清、韩蓓蓓，上海市建纬律师事务所律师。
原告宏润建设集团股份有限公司（以下简称：宏润公司）与被告仙妮蕾德食品（昆山）有限公司（以下简称：仙妮蕾德公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2011年2月9日立案受理。审理中，被告仙妮蕾德公司提出反诉，本院依法组成合议庭合并进行了审理，并于2015年12月10日公开开庭进行了审理。原告宏润公司的委托代理人殷之杰、被告仙妮蕾德公司的委托代理人韩蓓蓓到庭参加了诉讼，本院现已审理终结。
原告宏润公司诉称：一、诉讼请求：1、判决仙妮蕾德公司支付工程款11174438元；2、判决仙妮蕾德公司支付质量保证金6867047元；3、判决仙妮蕾德公司支付逾期支付工程款利息5991160.88元（自2010年8月26日起，按照应支付的工程款11174438元和50%的质量保证金3433523.5元，暂计至2015年11月30日止；自2011年2月26日起，仙妮蕾德公司应支付剩余50%质量保修金3433523.5元的利息，暂计至2015年11月30日止，以上均应计算至判决生效之日止）；4、判决仙妮蕾德公司承担诉讼费。
二、事实和理由：2007年1月20日，双方签订建设工程施工合同一份，宏润公司按约进行施工，但仙妮蕾德公司未按约向第三人提供设备、材料、消防重大设计变更以及拖欠工程款，导致宏润公司无法正常施工，造成停工、窝工损失，后经双方协商，涉案工程于2008年9月10日通过竣工验收合格，同年11月举行厂房开幕典礼，自开工以来，仙妮蕾德公司一直拖欠工程款未付，宏润公司无奈于2010年5月18日与仙妮蕾德公司签订一份《补充协议》，确认了工程总造价、已付款金额，欠付工程款金额等事项，但仙妮蕾德公司以各种原因至今未按约支付相关款项，为此，请求法院依法支持宏润公司的诉讼请求。
被告仙妮蕾德公司辩称：1、宏润公司第一项诉请支付工程款的条件未成就，根据双方补充协议的约定，支付工程尾款的前提是宏润公司需提供竣工验收资料，由于宏润公司施工工程存在重大质量问题导致无法完成竣工验收手续，为此，宏润公司无权要求支付工程款；2、宏润公司要求支付工程质量保证金无合同依据，且与事实不符，涉案工程我公司虽举行开工典礼但未正式投入生产，双方也未正式签订过厂房交接手续，试运行也是时断时续，同时为解决工程质量问题，双方协商委托昆山市建设工程质量检测中心进行检测，但宏润公司最终拒绝共同委托检测，因此，其无权要求返还工程质量保证金；3、因为宏润公司第一项请求不成立，故其要求支付工程款利息没有法律依据。请求法院依法驳回宏润公司的诉讼请求。
被告仙妮蕾德公司反诉诉称：一、诉讼请求：1、判决宏润公司支付或在剩余工程尾款中扣除因施工质量不符合合同要求的违约行为给我公司造成的经济损失8667047元（暂计至以鉴定结论出来之日起）；2、宏润公司承担本案全部诉讼费用。
二、事实和理由：涉案工程存在严重质量问题，双方在《补充协议书》中就工程质量、工程款尾款、工程竣工验收等事项作出约定，但宏润公司未能按补充协议书的约定完成工程质量维修义务，我公司多次发函，但均未果，导致我公司无法正常投产。为此，我公司申请对工程质量进行鉴定，并根据鉴定结论支持我公司诉请。另外，根据双方施工合同的约定，涉案工程合同工期为250天，开工日期为2007年2月5日，竣工日期为2007年12月20日，而工程至今未实际竣工验收，主要原因是宏润公司未根据2010年5月14日的《补充协议书》履行不合格工程的维修工作，导致工程整体未验收通过，宏润公司虽提供了六份单位竣工验收证明书，但证明书中并未显示工程竣工验收日期，证明书中的盖章也是形式上的盖章。同样，该事实从补充协议书中也可以进一步印证，补充协议书中载明工程竣工验收合格，且取得政府验收合格文件后10日，返还质量保证金，说明在签订协议时工程仍未竣工验收，协议中还明确，在签订协议后2个月内完成维修不合格的工程，但维修工作至今未完成，未能竣工验收。审理中，在鉴定报告出来后，仙妮蕾德公司对其诉请中8667047元的组成说明如下：第一笔是评估报告中确认的2940090.11元，第二笔是评估报告有初版，而正版中扣除了778694.63元，我方认为应按照初版中的数额确定，即778694.63元也应当加上。第三笔是按照合同约定，质量不符合协议约定的，承包人按照每平方米5元承担违约赔偿责任，即44785.51平方米（整个涉案工程的面积）x5元，这笔赔偿款是223927.55元。第四笔是在整个鉴定中，天花板脱落，我方发过函，但是没有纳入鉴定范围，我方请第三方单位做了技术方案，需要4.1万元（还没有修复，也尚未支付），我公司把报告书作为证据提交。剩余的部分以诉请金额减掉前面4笔。原因是我方做了质量鉴定及加固方案的评估，根据鉴定结果把工厂的70%-80%质量纳入了评估范围，尚有20%-30%没有纳入。在出加固方案的时候分为两块，有一块是必须加固的，还有一部分是符合国家标准但是没有达到当时我们双方约定的要求，所以请求法院裁量，我公司现在是以双方补充协中确定的工程总造价132740944元乘以3.5%，打折计算得出剩余的金额大约在400多万左右。因为对方交付的是不合格工程所以需要打折。
原告宏润公司针对反诉辩称：涉案工程已于2008年9月10日通过竣工验收，并进行试生产。同年9月8日我公司发出要求尽快组织竣工验收备案的报告但未果，同年10月30日四方在工程竣工证明书中盖章确认工程竣工验收，同年11月4日仙妮蕾德公司举行厂房开幕典礼并投产。2010年5月18日双方签订的补充协议约定质量保修期从2009年10月30日开始计算，说明仙妮蕾德公司承认工程在此时间前已经使用，并补办了竣工验收手续。此后，我公司也履行了工程保修义务。根据法律的规定，工程竣工验收合格，承包人要求对工程质量进行鉴定的，不予支持。因此，仙妮蕾德公司要求涉案工程质量进行鉴定不符合法律规定，应予驳回。
经审理查明：2007年1月20日，仙妮蕾德公司与宏润公司签订一份《建设工程施工合同》，约定：宏润公司对仙妮蕾德公司一期厂房进行承包建设施工，工程内容：土建工程、给排水工程、电气工程、室外总体、装潢，不包括工艺管道和设备的采购及安装工程。合同工期：2007年2月5日，竣工日期：2007年10月20日，合同工期总日历天数250天。质量标准：一次性验收合格。合同价款：120340944元。合同通用条款15.1中约定：工程质量应当达到协议书约定的质量标准，质量标准的评定以国家或行业的质量检验评定标准为依据。工程质量应承包人原因未能达到约定的标准，承包人承担违约责任。合同专用条款中约定：本合同价款采用固定闭口总价。合同价款中包括的风险范围：施工期间的政策性调整及市场风险、图纸工程量的计算误差、设计变更、签证、施工现场等。工程进度款支付的方式和时间：发包人仙妮蕾德公司应于合同生效后一周内预付合同金额的25%作为备料款，同时承包人宏润公司须支付等额的履约保函；合同生效次月开始，每月5日发包人按照上月实际完成工程造价的75%支付工程款进度款；累计支付工程（包括25%预付款）已超过工程总价50%后，发包人开始逐月扣除工程预付款，即每月5日按照上月实际完成的工程造价的75%的一半支付进度款；工程竣工验收通过后并审价结算完毕后支付至结算总价的95%；留取结算总价的5%作为质量保证金，完成一年质量保修后10天内支付；因承包人的原因造成工程不能如期完成的，每延误一日，支付违约金为竣工款的万分之二。本合同通用条款第15.1款约定承包人违约应承担的违约责任是支付每平方米5元的违约金。专有条款中对其他事项也一并作出了约定。
2008年5月6日，仙妮蕾德公司与宏润公司签订一份《仙妮蕾德昆山厂房一期工程补充协议》，约定：由宏润公司承担仙妮蕾德公司昆山厂房一期所增加的变更消防工程。该增加变更部分的消防工程款总额为13500000，本合同为闭口合同。支付方式：本协议签订之日起一周内支付40%工程款，即5400000元，施工开始第二个月根据提交的工程进度报告后5个工作日内，支付15%工程款，即2025000元，施工开始第三个月根据提交的工程进度报告后5个工作日内，支付10%工程款，即1350000元，工程竣工通过验收后，支付30%工程款，即4050000元，保证金为工程款5%，即675000元，支付时间与建设施工合同一致。工程期限：三个月，自2008年5月1日起至2008年7月31日止。违约责任：…，宏润公司未能按期完成工程，应每天按照应付工程的0.1%支付违约金。附件同本协议与主合同具有同等法律效力。…。
2008年5月10日，宏润公司与上海乔楚消防设备有限公司签订一份《消防碰头产品购销合同》，同年6月11日，上述产品运送至仙妮蕾德公司。
2008年9月5日，仙妮蕾德公司与宏润公司签订一份《采购合同》，设备名称：生产线配管系统。宏润公司工作内容：生产线配管系统的丈量计算、施工组织设计、制造、运输、吊卸、定位、安装、调试。合同总价：3500000元（含税），履约保函为合同总金额的10%，即350000元。双方签订本合同后，仙妮蕾德公司自收到履约保证金350000元后，支付合同金额的30%作为工程预付款，即1050000元。设备及有关物料进厂后，经检验通过后，支付合同金额的40%，即1400000元。设备安装完成通过验收支付合同总金额25%的验收款项，即875000元。设别全部安装调试验收合格365天后7个日历内支付5%质保金，即175000元。合同金额应视为已经包括工人、材料及材料市场差价等风险，合同将不会因上述因素改变，除工程变更、暂定项目调整及合同另有规定外，合同金额及单价不作任何调整。宏润内公司收到签约款后30日历天内将配管所需材料运交仙妮蕾德公司指定地点，送达后45个日历天内配管完成，设备安装并调试完毕后经甲方验收合格，视为宏润公司交货完毕，…。质保期为一年（365天）。…。
2008年9月2日，仙妮蕾德公司出具一份《证明》，载明直接由业主发包给其他施工单位的安装工程有以下几项：1、方便面联合工房的高低压配电设备、空调系统、生产流水线设备、空气压缩机设备、软化水设备；2、动力中心的高低压配电设备、菜油发电机设备、锅炉设备、洗衣房设备；3、污水处理站的污水处理设备；4、食堂及办公楼的空调系统。
上述事实，由双方签订的施工合同、补充协议、采购合同、证明予以证实。
2009年9月8日，宏润公司向仙妮蕾德公司发出一份《关于要求尽快组织竣工验收备案的报告》，载明：昆山工厂项目经参与各方的努力，已通过了消防、规划、绿化等部门的验收，早已具备申报竣工备案的条件，请业主尽快申报，组织备案，以便早日投产使用。
诉讼中，宏润公司提供六份《单位工程竣工验收证明书》，该证明书有施工、监理、建设、设计单位四方盖章，但未注明盖章的时间，也没有注明工程竣工的时间以及工程验收的时间。
2009年11月4日，仙妮蕾德公司举办了涉案工程厂房的开幕典礼。
2009年11月9日，宏润公司向仙妮蕾德公司出具一份《结算资料》，载明：我公司承建的昆山厂房项目早已完工，其间双方签订了一期厂房的施工合同为120340944元，消防增加合同为13500000元，配管合同为3500000元，三个合同总价为137340944元。根据合同要求三个合同均为总价包干合同。截止目前为止，仙妮蕾德公司共支付工程款为104699459.38元，扣除质保金5%为6867047.20元，仙妮蕾德公司应支付25774437.42元，以上款项请业主尽快支付。
上述事实，由宏润公司提供的关于要求尽快组织竣工验收备案的报告、单位工程竣工验收证明书、网络资讯、结算资料予以证实。
2010年1月21日，宏润公司向仙妮蕾德公司发出一份《关于要求支付工程的报告》，认为涉案工程已经投入使用，尚欠我公司工程款22441484.70元，目前又到年关，为避免材料供应商和民工聚众讨债，请业主在2010年1月底支付剩余工程款。
2010年5月18日，仙妮蕾德公司与宏润公司签订一份《补充协议书》，约定：三个合同（以下简称原合同）经协商就工程交付及工程款支付等事项，达成补充协议如下：1.1、双方原合同工程总价为137340944元，经双方进行最后决算，双方确认此工程总价为132740944元，该总体工程款为固定价，除非另有书面约定，不因任何原因而增加。1.2、双方共同确认，质量保证金总金额为6867047元。质量保证金按照原合同规定在确认没有质量问题的情况下支付。如在质量保修期内没有发生质量问题，或者出现质量问题，乙方（宏润公司）如约如期及时予以解决并经验收合格，甲方（仙妮蕾德公司）分2次支付剩余质量保证金，或乙方未按约履行保修义务而有甲方委托第三人进行维修，甲方在扣除合理维修费后若有剩余，甲方分2次支付剩余质量保证金。1.3、乙方必须于双方签订本协议之日起2个月内完成维修所有甲方工厂中不合格之工程。若乙方在前述期限内没有进行维修工作，甲方有权暂不返还50%的保证金3433523.5元。----。1.7、双方共同确认，甲方已经支付给乙方的工程款为114699459元。1.8、甲方尚须支付乙方工程尾款11174438元（不含保证金）。2.1、乙方在双方协议签订后，即协助甲方做竣工验收的准备工作。上述协议还对保修的范围以及保修的时间进行了约定，质量保修期从2009年10月30日开始计算。
上述事实，由要求支付工程款的报告、双方签订的《补充协议书》予以证实。
2010年9月10日，昆山市城建档案馆出具六份证明，证明涉案工程通过登记备案。
2010年9月26日，宏润公司向仙妮蕾德公司发出一份《催款函》，载明：按照补充协议书的约定，仙妮蕾德公司尚欠工程款14607916.5元，请尽快支付。
2010年11月15日、2010年12月3日及12月11日，仙妮蕾德公司向宏润公司发出三份《公函》，载明：宏润公司未完成工程方面遗留问题及维修工作，应解决漏水问题，空调验收问题以及协助办理工程验收备案手续，在尚未取得政府部门验收合格文件前，不需要支付任何款项；宏润公司虽进行了部分质量问题的维修，但过了一段时间以后原先修复的地方又重新出现了问题，我公司担心整体工程有潜在的质量问题；双方共同委托昆山市建设工程质量检测中心检测的委托书请宏润公司尽快盖章给我公司。
2010年12月21日，宏润公司委托律师向仙妮蕾德公司发出一份《律师函》，要求仙妮蕾德公司按照双方签订的《补充协议书》的约定支付涉案工程尾款及质量保证金。同年12月24日，仙妮蕾德公司出具《复函》，认为按照补充协议书的约定，宏润公司应当在我公司收到政府竣工验收合格的书面文件后，才有权要求支付工程尾款及质量保证金，但宏润公司未能将所有文件向政府管理部门办理竣工验收备案手续，所以我公司尚未收到合格文件，宏润公司无权主张我公司支付尾款及质量保证金。关于双方应共同委托昆山市建设工程质量检测中心检测，但宏润公司于事后拒绝签订委托书。鉴于工程质量维修问题尚未获得解决且备案手续尚未完成，宏润公司须承担相应的责任。同年12月29日，宏润公司委托律师对上述复函作出了答复和解释，认为宏润公司已经履行了相关登记备案手续，由于工程已经交付使用，因此，不存在委托第三方进行质量检测，并重申要求仙妮蕾德公司支付尾款及保证金，否则向法院提起诉讼。
2010年12月31日，仙妮蕾德公司向宏润公司发出一份《函件》，载明到目前为止工程上还有遗留许多质量问题没有维修完成，请尽快派人来厂维修。2011年1月31日宏润公司委托律师出具一份《律师函》答复：仙妮蕾德公司擅自使用未经竣工验收的工程，依法应由该公司承担相应责任。根据2010年5月18日的补充协议约定，现宏润公司仅有的义务为保修义务，尽管本律师多次发函要求支付工程款遭拒绝，但宏润公司仍愿意在保修期内根据要求履行相应的义务。
上述事实，由登记备案证明、双方的往来函件予以证实。
诉讼中，本院根据仙妮蕾德公司的申请，对该公司提出的关于涉案工程质量问题，委托了苏州市建设工程质量检测中心有限公司进行质量鉴定，2013年1月25日，该检测中心出具一份《检测鉴定报告》，检测鉴定结论为：1、方便面联合工厂01区、02区、食堂及办公楼的基础、主体结构，动力中心主体结构及门卫基础的施工质量不符合《混泥土结构工程施工质量验收规范》GB50204-2002（2011年版）及设计要求。动力中心的基础、门卫、污水处理的主体结构施工质量符合《混泥土结构工程施工质量验收规范》GB50204-2002（2011年版）及设计要求。2、方便面联合工厂01区、02区、动力中心、食堂及办公楼、污水处理房均存在不同程度的墙体与地坪裂缝。3、方便面联合工厂01区、02区、动力中心、食堂及办公楼、污水处理房、门卫均存在楼、屋面渗漏现象。4、雨水井走向，雨水管道长度，窨井数量等不符合设计要求。
2014年1月24日，南京东南建设工程安全鉴定有限公司针对上述质量检测报告中存在的质量问题，出具一份《修复加固方案司法鉴定报告》，对存在的质量问题以及其对房屋安全使用影响予以了分析，并出具了修复和加固方案。
2015年10月26日，江苏天衡工程咨询管理有限公司苏州分公司出具一份《工程造价咨询报告书》，对存在的工程质量问题的修复和加固方案作出造价鉴定，价格鉴定结论为：本案房屋等修复加固方案所需费用为：2940090.11元。其中房屋维修费用为2819631.41元，加固费用为120458.70元。对上述报告中扣除的约78万余元（初稿中含该笔费用），该公司作出回复：根据南京东南建设工程安全鉴定有限公司于2015年10月13日出具的工作联系函，因为钢屑水泥砂浆地坪，将该地坪定额材料中钢屑水泥砂浆含量由5mm厚的含量变为20mm后的含量，比较合理，更适合本工程。
上述三份报告在送达双方当事人后，双方均分别提出了异议，本院也重新要求鉴定单位予以答疑，鉴定机构根据异议也分别出具了出面异议答复，并送达双方。
上述事实，由工程质量检测报告、工程修复方案报告、修复方案造价咨询报告、双方的异议书、异议答复予以证实。
另查明：2007年6月26日至2007年12月31日，仙妮蕾德公司共签署七份延长工期报审表，同意延长的工期为29.5天。
根据2010年10月14日签署的宏润公司的资质证书，该公司的资质等级为：市政公用工程施工总承包一级、房屋建筑工程施工总承包一级、机电安装工程施工总承包一级、地基与基础工程专业承包一级、建筑装修装饰工程专业承包一级。
上述事实，由延长工期报审表、资质证书予以证实。
诉讼中，被告仙妮蕾德公司增加反诉请求，要求判决宏润公司支付工期延误违约金。原告宏润公司亦变更诉讼请求，要求判决仙妮蕾德公司支付逾期支付进度款违约金。鉴于上述增加诉请和变更诉请均超出本案答辩期限和举证期限，不符合最高人民法院关于民事诉讼证据规则的规定，经本院释明可另行主张权利后，双方予以了撤回。2011年12月12日，仙妮蕾德公司向本院另行起诉要求宏润公司支付工期延误违约金暂计13340465元。而宏润公司在收到起诉状后，提出反诉，要求仙妮蕾德公司支付逾期支付进度款违约金3333604.2元。本院于2012年2月20日立案受理（本院案号：2012苏中民初字第0014号）。
上述事实，双方的诉状、调查笔录予以证实。
对于涉案工程中需解决和争议的问题本院分析如下：
一、关于仙妮蕾德公司欠付工程尾款数额的认定。
本院认为，仙妮蕾德公司与宏润公司签订的建设工程施工合同、一期工程补充协议（消防合同）、配管系统采购合同系双方当事人真实意思之表示，未违反中华人民共和国法律、法规之规定，应认定合法有效，双方当事人均应恪守约定履行。
上述三份合同约定的合同总价均为固定总价，根据双方于2010年5月18日签订的《补充协议书》之约定，三份合同总价为137340944元，经双方最后决算后，一致确认工程总价为132740944元，重新确认的总价系双方协商一致的结果，本院予以采纳。同时，上述补充协议中又对仙妮蕾德公司已付工程款总额予以了确认，即114699459元，以及对欠付的工程尾款总额予以了确认，即11174438元（不含保证金），故本院据此认定仙妮蕾德公司应支付宏润公司工程尾款为11174438元。
二、关于质量保证金6867047元是否应由仙妮蕾德公司全额返还以及仙妮蕾德公司反诉提出的宏润公司工程施工中存在质量问题造成其损失赔偿如何处理之问题。
本院认为，建设工程施工合同属于特殊形式的承揽合同，法律规定承包人的主要合同义务就是按照合同约定向发包人交付合格的建设工程，如果承包人交付的建设工程质量不合格，发包人订立合同的目的就无法实现，发包人不仅可以拒绝受领该工程，而且也可以不支付工程价款。
涉案工程质量经苏州市建设工程质量检测中心有限公司检测，大部分工程项目存在地基基础和主体结构不符合《混泥土结构工程施工质量验收规范》及设计要求。同时，部分工程存在墙体、地坪裂缝，漏水以及有关附属工程，例如雨水走向等不符合设计要求的质量问题。诉讼中，宏润公司虽提供了六份工程竣工验收证明书、涉案工程备案登记证明以及2009年11月4日仙妮蕾德公司举办厂房开幕典礼的材料的主要关键证据，以此证明涉案工程已经通过竣工验收并交付使用。但其提供的六份工程竣工验收证明书中，既没有工程验收的时间，也没有四方签字盖章的时间、更没有工程竣工的时间。诉讼中，宏润公司对此未能作出合理的解释。同时，本院注意到2010年5月18日仙妮蕾德公司与宏润公司签订的《补充协议书》载明，宏润公司必须于双方签订本协议之日起2个月内完成维修所有工厂中不合格之工程。根据上述文意的一般理解，可以得出一是在签订上述协议时，工厂中尚有工程需要维修；其二维修的工程系不合格之工程。另外，本院亦注意到2011年1月31日宏润公司委托律师向仙妮蕾德公司发出的律师函答复中，提出仙妮蕾德公司擅自使用未经竣工验收的工程，依法应由该公司承担相应责任的表述，该表述可视为宏润公司认可涉案工程尚未竣工验收，同时告知了发包人擅自使用后的法律后果。因此，涉案工程事实上并未进行实质性的竣工验收。
根据《中华人民共和国建筑法》第六十条第一款中关于建筑物在合理使用寿命内，必须确保地基基础工程和主体结构质量的规定，本院认为建设工程是否经过验收、发包人是否擅自使用，如果建筑工程在合理使用寿命内地基基础和主体结构质量出现问题，承包人仍要承担责任，这是法律的强制性规定。而涉案工程恰恰涉及到了地基基础和主体结构质量不符合工程质量验收规范和设计要求，应视为一项不合格工程，导致发包人仙妮蕾德公司订立合同的目的不能实现。因此，宏润公司应当对此承担相应的责任。鉴于仙妮蕾德公司在2009年11月4日进行了厂房开幕典礼，该行为本院可视为其事实上接收了涉案工程，因此，对于涉案工程中存在的非地基基础和主体结构质量问题，应视为一般质量瑕疵，在仙妮蕾德公司接收涉案工程后，由此产生的质量风险应有该公司承担，故本院对仙妮蕾德公司在涉案纠纷中要求对其他质量问题进行评估鉴定的申请不予采纳。而对于涉案地基基础和主体结构质量问题宏润公司不能因仙妮蕾德公司事实上接收涉案工程而对此免责。鉴于诉讼中仙妮蕾德公司明确表示涉案工程质量问题宏润公司已无能力修复，且双方已缺乏信任基础，不同意继续有宏润公司修复，故本院为避免新的矛盾和纠纷的产生，结合工程修复和加固方案造价鉴定报告，应由宏润公司赔偿涉案工程质量修复费用2940090.11元，赔偿后涉案工程中存在的质量问题则由仙妮蕾德公司自行修复处理。至于仙妮蕾德公司提出的在造价鉴定报告正式稿中应增加被扣减的77万余元的费用，因鉴定机构对此已经作出合理说明，故本院不予支持。
关于仙妮蕾德公司提出的其他质量损失赔偿问题，根据双方签订的工程施工合同通用条款15.1条款以及专用条款22.2条款的约定，承包人因工程质量问题应承担的违约责任是支付每平方米5元的违约金。因此，仙妮蕾德公司主张44785.51平方米（整个涉案工程的面积）x5元，这笔赔偿款223927.55元，本院予以支持。天花板脱落的修复费用41000元，因仙妮蕾德公司未实际支出，且涉案工程已实际使用，该质量问题系一般质量瑕疵，由此产生的质量风险应由其自负。至于仙妮蕾德公司提出的应按照132740944元乘以3.5%计算得出的约400多万左右的工程质量赔偿问题，因缺乏合同依据以及相应的法律依据，本院不予支持。
据此，宏润公司应当承担的工程质量问题对仙妮蕾德公司造成的经济损失为2940090.11元＋223927.55元=3164017.66元。该款项应在仙妮蕾德公司返还宏润公司工程质量保证金中予以抵扣，即由仙妮蕾德公司返还宏润公司工程质量保证金6867047元-3164017.66元=3703029.34元。
三、关于欠付款项利息的计算问题，根据2010年5月18日双方签订的《补充协议书》，其中并未涉及到工程款及质保金利息需计算支付的问题，故本院按宏润公司起诉主张权利之日开始计算。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第四十四条、第六十条、第一百零七条、第二百六十九条，《中华人民共和国建筑法》第六十条第一款之规定，判决如下：
一、仙妮蕾德食品（昆山）有限公司于本判决生效后十五内支付宏润建设集团股份有限公司工程尾款11174438元，并自2011年2月9日起按照中国人民银行同期贷款利率支付利息至本判决生效时止。
二、仙妮蕾德食品（昆山）有限公司于本判决生效后十五内支付宏润建设集团股份有限公司工程质量保证金3703029.34元，并自2011年2月9日起按照中国人民银行同期贷款利率支付利息至本判决生效时止。
如果付款义务人未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费157644元，由仙妮蕾德食品（昆山）有限公司负担；反诉案件受理费36235元，由仙妮蕾德食品（昆山）有限公司负担23007元，由宏润建设集团股份有限公司负担13228元；工程质量鉴定检测费550000元、工程质量修复方案鉴定费185000元、工程质量修复方案造价鉴定费29400元，合计764400元，由宏润建设集团股份有限公司负担。双方在履行本判决时一并互相结算。
如果不服本判决，双方当事人可在本判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于江苏省高级人民法院。根据国务院《诉讼费用交纳办法》所规定的相关标准交纳相应的上诉费用（交于江苏省高级人民法院帐户：开户行中国农业银行南京山西路支行；帐号10×××75）。
审 判 长 顾平
代理审判员 陈斌
代理审判员 姚望
二〇一五年十二月十八日
书 记 员 柳璐