江苏省南通市通州区人民法院
民 事 判 决 书
（2016）苏0612民初6683号
原告：上海东方泵业集团南通有限公司，住所地南通市通州区。
法定代表人吴永旭，董事长。
委托诉讼代理人：张家楠，江苏金平川律师事务所律师。
委托诉讼代理人：谭达人，该公司员工。
被告：浙江金典建设有限公司，住所地温岭市。
法定代表人：林明，执行董事。
委托诉讼代理人：倪君部，该公司员工。
原告上海东方泵业集团南通有限公司（以下简称东方泵业）与被告浙江金典建设有限公司（以下简称金典公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2016年10月11日立案受理后，依法适用简易程序，2017年7月5日转为普通程序，于2016年11月7日、2017年3月30日、4月13日、7月31日公开开庭进行了审理。原告委托诉讼代理人张家楠、谭达人四次庭审均到庭参加诉讼，被告委托诉讼代理人倪君部第一次庭审到庭参加诉讼，后三次庭审均未到庭参加诉讼。原、被告法定代表人四次庭审均未到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告东方泵业向本院提出诉讼请求：1.判令被告赔偿原告两幢研发楼加固费用，数额待鉴定后确定；2.判令被告承担擅自分包或转包违约金700万元；3.判令被告承担计划竣工之日至实际撤场之日的逾期违约金，暂算至合同解除之日为166.2万元；4.判令被告承担计划竣工之日至实际撤场之日原告在该项目中投入额的利息损失，暂计算至2016年8月1日为9246659元；5.判令被告承担3号车间钢结构除锈损失101840212元；6.判令被告赔偿原告新型墙体材料发展基金损失1121153元、散装水泥专项资金损失224230元；7.判令被告承担原告已缴纳的案涉整体工程质量鉴定费69万元。审理中，原告明确两幢研发楼的加固费用为9486341.59元，变更利息损失计算至2016年9月21日为9053911.7元，同时撤回第3项诉讼请求。事实和理由：2003年1月4日，原告与被告就原告一期工程签订《建设工程施工合同（土建）》、《室外工程合同》，同年8月26日双方又签订《补充合同》，对承包范围、工程造价、质量标准、施工工期、违约责任等权利义务进行了约定。2014年5月12日原告诉被告建设工程施工合同纠纷一案，经南通市中级人民法院委托鉴定，鉴定报告显示被告承包的工程多处检测项目不符合设计要求。根据双方签订的合同约定，被告不得擅自转包或分包，一经发现，原告有权终止合同，被告承担700万元违约金。合同约定，施工工期为380天，每迟延一天违约金为2000元，工程于2013年2月28日开工，应于2014年3月14日竣工，由于被告违法转包、擅自分包工程，又欠付农民工工资造成上访等原因，造成工程停工，至2016年6月24日才判决解除合同、被告撤离施工现场。计划竣工之日至被告实际撤离现场之日，该期间的逾期违约金被告应当依约承担。由于被告违约致现场钢结构生锈，在恢复施工前，应对其除锈，因此产生1018402.12元的损失，被告应当承担。原告在该项目中投入巨大，由于被告的原因致使工程不能竣工投产，原告投资款的同期银行贷款利息损失也是原告的损失之一，从计划竣工之日至被告实际撤场之日的该项损失，被告应当赔偿。被告未能向原告交付相应的施工资料导致原告产生的新型墙体材料发展基金损失及散装水泥专项资金损失，被告应当赔偿。故起诉要求法院支持原告的诉讼请求。
被告金典公司辩称，针对原告的第一项诉讼请求，在（2014）通中民初字第0051号民事判决书第21页中可见，该工程由南通市中级人民法院委托鉴定机构对工程中的各个检测项目进行了单独评论，鉴定人也到庭接受了双方当事人的质询，鉴定人明某复该次鉴定只是对各个检测项目进行单独评论，无法进行总体评定，所以该次鉴定不能证明被告的施工质量是否合格，也不能证明被告的施工质量不合格。在鉴定过程中，被告方对个别单个项目不合格的原因进行了分析，因为该工程停工时间过长，而且鉴定环境非常恶劣，所以个别的检测项目不合格，并不能说明被告没有按照合同履行。被告有一级施工总承包资质，个别项目不合格，是有多种因素造成的。况且，个别的检测项目不合格，并不表示该建筑不符合结构安全性的要求，也并不能说该建筑不能够降低使用标准使用。根据大量的施工案例，有个别检测项目不合格，由原设计单位进行重新验算，是可以通过竣工验收的。所以，对于该两栋研发楼是否需要加固或者究竟要如何加固，目前无法确定，责任究竟由哪方承担，由法院依法判决。针对原告的第二个诉讼请求，该工程由被告组织施工，该工程的多个民事判决书中，都已经明确林某是被告公司的员工，其行为也是职务行为，且该工程的垫资款全部由被告垫付，在工程停工以后，为了配合政府部门解决农民工工资问题，被告的总经理、董事长都参与了该事件的解决，并且又垫付了390万元工资款，该款项也是由被告直接汇到政府部门。从人员、资金、技术、机械设备来看，该工程不存在违法分包或转包的情况。针对原告的第三个诉讼请求，该工程停工的原因是在施工期间，一直无法办理施工许可证，无法办理的原因是该工程在施工期间无规划许可证、土地证、建设工程规划许可证，该事实在（2014）通中民初字第0051号民事判决书中已经体现，并经法院查证属实。因为该工程在施工过程中一直处于没有施工许可证的状态，所以被告不能也不敢继续施工，并且原告也没有按照双方于2013年1月6日签订的合同履行付款义务。因为该工程违法建设，建设单位又没有履行合同根本义务，造成施工队伍讨薪、工程停工，所以该工程的停工责任和损失应该由建设单位自己承担。针对原告的第四个诉讼请求，在（2014）通中民初字第0051号案件审理过程中，被告曾经提起反诉，要求建设单位支付已完工程的工程款并赔偿停工损失，但因被告无力支付诉讼费，作自动撤诉处理，被告将保留向建设单位提起反诉或另行起诉的权利。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。对当事人无异议的证据，本院予以确认并在卷佐证。
经审理查明，2013年1月4日，原告作为发包方（甲方）与作为承包方的被告（乙方）签订《建设工程施工合同（土建）》一份，约定原告将其一期工程发包给被告施工。工程地点位于锡通科技产业园，工程项目包含1#大型泵车间、2#核泵车间、3#化工泵车间、4#单级泵车间的土建基础；车间辅楼、1#研发楼、2#研发楼、综合楼、办公楼、门卫及门卫休息室、围墙、水泵试验台四座、设备基础十五座、1#大型泵车间干坑2座及室外工程（室外工程详见室外工程合同）。合同造价包含土建、水电、消防安装、按规定要求的第三方工程材料检测费和试验费、场地临时道路、运、填土费、文明措施费、社会保障费（风险金）、对施工员工缴纳的安全押金以及合同约定“承包范围”中所列全部项目，总定价为6850万元，该造价为含税价，不含任何市场浮动因素。所有施工用混凝土均采用海德、中新苏通、南通建设、威胜的商品混凝土。所有建筑材料和机配件（除注明甲方供材外）均由被告负责采购。施工工期为从主体工程放样基础开挖起380天（包括水池、设备基础均应完工），要求按期完成。若延期每天处违约金2000元（如有天灾、地灾、暗浜等不可抗拒因素则另行协商）。被告任命林某为工程项目经理。双方还对工程款6850万元的付款进度作了明确约定，按工程项目单体具体完成进度情况按比例支付，付款前，被告应按核定的付款金额开具相应金额的正规发票，费用由被告自理。合同第十二条约定了违约责任，被告不得擅自转包或分包，一经发现，原告有权终止合同，被告应承担700万元违约金，并退回原告已付的工程款。合同第十四条约定，本工程建设过程中，若发生因拖欠农民工工资，欠材料款等不利因素，导致影响工程进度，所产生的经济损失，原告有权在工程总价中扣抵因上述因素造成的损失额。双方还对其他事项进行了约定。
当天，双方还签订了《室外工程合同》，约定工程范围为：厂区道路（包括道路侧石铺设）、雨水管（包括管道铺设和窨井建造）、污水管（包括管道铺设和窨井建造）、电缆沟（包括所有建材及盖板）、整个厂区（含与厂区周边的衔接，如路、给水、排水、雨水管网、电力线缆沟等项目）。合同中还约定了上述工程单位数量的造价，并明确工程验收合格后按照实际工程量计算。施工工期为主体工程完工后45天全部竣工。谭某作为原告委托代表人，狄某作为被告委托代表人在上述两份合同中签字，合同均加盖了双方公章及金典公司法定代表人林明的印章。
原、被告之间还曾经签订过一份落款时间为2013年1月6日的《建设工程施工合同》，该份合同采用XXX示范文本，约定的承包范围与2013年1月4日签订的《建设工程施工合同（土建）》、《室外工程合同》中约定的内容基本相同，合同价约定为暂定1.1亿元。
被告于2013年2月28日对东方泵业工业园建设项目一期工程进场施工。2013年7月12日，原告委托上海吴坤律师事务所给被告发函，要求被告按承诺书提供与已得工程款等额合法发票，并要求被告不得发生因拖欠、克扣工人工资上访现象，尽快动工水泵试验台。2013年7月18日，被告函告原告，认为因原告至今不与被告签订施工协议书，导致无法办理进苏备案、施工许可证、民工保险、税收缴纳、深基坑专家论证等相关手续，没有履行基本建设程序，违反了《中华人民共和国建筑法》等法律法规，给被告造成了较大的经营风险，不敢再垫资施工，希望原告早日签订施工协议书及办理施工许可证，以便尽早完成该项目的施工任务。
2013年7月25日，经锡通科技产业园相关部门协调，狄某代表被告与原告、章某签订“关于协调解决拖欠农民工工资问题的会议纪要”，就被告拖欠农民工工资问题达成一致意见。
2013年8月26日，被告与原告签订了一份《补充合同》，主要约定内容如下：被告解除林某项目经理职务，任命狄某为工程项目经理；原告提前支付300万元，用于被告支付农民工工资和材料款；被告同意对土建工程增加500万元工程款；被告在2013年9月10日前应对1#大型泵车间的水泵试验台开始施工，三座小水池8月25日前开始施工，确保整个工程在三个月内完工；原告每次按合同向被告支付的工程进度款，被告应优先支付农民工的工资；被告在具备开票条件后，应将以前的支付款均开具发票；双方2013年1月6日签订的“示范文本”合同仅用于被告作为总承包方办理备案以及双方向政府相关部门办理项目建设施工等各种手续之用，双方均不得以该合同为依据向对方主张相关权益。同日，原告与狄某签订协议书一份，约定若三个月内《补充合同》中约定的大、小水池不能完工，每天将罚工程款3000元；若三个月后，大、小水池的施工量还不足50%，将取消《补充合同》中增加的工程款500万元。
案涉工程于2013年10月始基本处于停工状态。期间，农民工为讨要拖欠工资而集体上访，要求政府出面帮助协商解决。2013年11月1日，肖某、狄某代表被告向原告承诺，因结欠案涉项目劳务分包人章某劳务工资790万元，被告资金短缺，由原告垫付500万元用于发放劳务工资，该款在工程完工后结算时扣除。差额部分290万元由被告支付。原告于2013年11月6日、7日共向锡通科技产业园财政审计局汇入500万元。后经锡通科技产业园管理委员会等单位协调发放了部分工资。锡通科技产业园财政审计局于2015年8月向东方泵业退回3586068元。
原告于2014年2月15日收到浙江台温律师事务所代表被告向其寄送的《解除〈建设工程施工合同（土建）〉〈室外工程合同〉的通知》。认为自被告进场施工至今近十个月，虽经施工方多次催促，原告至今仍未办理好施工许可证，迫使被告长期处于违法建筑状态，故发函提前解除与原告于2013年1月4日签订的上述合同。原告收到该通知后，授权北京市炜衡律师事务所上海分所向被告发出律师函，认为案涉工程因被告原因处于停滞状态，被告认为因原告的原因导致施工许可证未能办理导致工程处于长期违法状态并要求解除的理由不能成立；因被告未能到南通市建设局办理相关备案登记导致施工许可证未能办理，原告数次催促被告完成相应手续，但被告一直拒绝办理，工程实际处于停工状态的原因是被告拖欠农民工工资等问题造成，要求继续履行合同，尽快施工。
就案涉工程，原告已经向被告支付工程款2110万元。
原告案涉建设水泵生产项目于2010年6月8日经南通市通州区发展和改革委员会准予登记备案，建设地点为南通市通州区张芝山镇天星村。原告于2010年8月16日取得坐落于天星村的223535平方米土地使用权证。后因锡通科技产业园规划要求，项目地点变更为张芝山镇培德村，按照项目建设进度分期供地。原告分别于2012年10月、2014年2月和10月分批取得案涉工程所在地约12万余平方米土地使用权证，分别于2012年8月25日、2014年2月7日、2014年9月30日取得案涉工程建设用地规划许可证，于2014年5月5日取得案涉1#大型泵车间、2#核泵车间、研发大楼1#、研发大楼2#、综合楼、办公楼、4#车间的建设工程规划许可证，于2014年10月30日取得3#车间的建设工程规划许可证。
被告具有房屋建筑工程施工总承包一级资质。2013年9月26日，被告取得了江苏省省外建筑施工企业资质、资格核验书，有效期至2014年3月31日。
2013年11月15日，章某以东方泵业和金典公司为被告向南通市中级人民法院提起诉讼，南通市中级人民法院经审理后作出（2013）通中民初字第0108号民事判决。该判决书中确认狄某、林某均系金典公司工作人员；林某以金典公司名义与章某签订《建设工程劳务（周材）分包合同》一份，以人工费、安全文明施工费、部分机械设备、周转材料、低值易耗品的方式，将东方泵业项目建设一期工程约7000平方米发包给章某施工。该案章某提供的2013年1月4日原告与被告签订的《建设工程施工合同（土建）》第五条施工工期条款下，原告代理人谭达人签署“若因政府土地指标不能及时到位，工期将顺延”字样。
2014年5月12日，原告向南通市中级人民法院提起诉讼，要求被告交付已完工的全部施工资料并立即撤离施工现场。该案审理中，南通市中级人民法院根据原告的申请，委托苏州市建设工程质量检测中心有限公司对案涉已完工工程质量进行检测鉴定。该中心接受委托后出具了检（2015）鉴定字XXXX号检测鉴定报告。关于1#、2#研发楼的检测结果为：
1、上部结构混凝土抗压强度回弹法检测结果。
1#研发楼二层梁、三层梁、六层梁和屋面梁满足设计要求，四层梁和五层梁低于设计要求；
2#研发楼二层梁、五层梁、六层梁满足设计要求，三层梁、四层梁和屋面梁低于设计要求；
2、上部结构钢筋保护层厚度、钢筋间距检测结果。
1#研发楼：本次所检30块楼板，其中三层板1-3～1-4×1-1／E～1-F、1-5～1-6×1-B～1-C板底钢筋间距平均值偏差超出规范允许范围；本次所检梁底钢筋砼保护层厚度合格点率为90%，板底钢筋砼保护层厚度合格率为91%。
2#研发楼：本次所检30块板，板底钢筋间距平均值偏差未超出规范允许范围；本次所检梁底钢筋砼保护层厚度合格点率为86%，板底钢筋砼保护层厚度合格点率为94%。
3、砌体砌筑砂浆抗压强度检测。
1#研发楼承重墙体砌筑砂浆抗压强度检测结果：
一层墙：所检6个构件砌筑砂浆抗压强度推定值低于设计要求M7.5（混合砂浆），其中最低值为1.4MPa；
二层墙：所检6个构件砌筑砂浆抗压强度推定值低于设计要求M7.5（混合砂浆），其中最低值为2.0MPa；
三层墙：所检6个构件砌筑砂浆抗压强度推定值低于设计要求M7.5（混合砂浆），其中最低值为4.0MPa；
四层墙：所检6个构件中5个构件砌筑砂浆抗压强度推定值低于设计要求M5（混合砂浆），其中最低值为2.5MPa；
五层墙：所检6个构件砌筑砂浆抗压强度推定值低于设计要求M5（混合砂浆），其中最低值为1.6MPa；
六层墙：所检6个构件中5个构件砌筑砂浆抗压强度推定值低于设计要求M5（混合砂浆），其中最低值为2.2MPa；
2#研发楼承重墙体砌筑砂浆抗压强度检测结果：
一层墙：所检6个构件砌筑砂浆抗压强度推定值低于设计要求M7.5（混合砂浆），其中最低值为2.9MPa；
二层墙：所检6个构件砌筑砂浆抗压强度推定值低于设计要求M7.5（混合砂浆），其中最低值为3.4MPa；
三层墙：所检6个构件中4个构件砌筑砂浆抗压强度推定值低于设计要求M7.5（混合砂浆），其中最低值为1.4MPa；
四层墙：所检6个构件中4个构件砌筑砂浆抗压强度推定值低于设计要求M5（混合砂浆），其中最低值为1.8MPa；
五层墙：所检6个构件中4个构件砌筑砂浆抗压强度推定值低于设计要求M5（混合砂浆），其中最低值为2.4MPa；
六层墙：所检6个构件中2个构件砌筑砂浆抗压强度推定值低于设计要求M5（混合砂浆），其中最低值为4.1MPa。
4、基础结构混凝土抗压强度钻芯法检测。1#、2#研发楼，4#、3#、2#车间辅楼所检样品现龄期混凝土强度推定值低于设计要求。
苏州市建设工程质量检测中心有限公司在案件审理中作出书面答复意见：本次检测鉴定工作仅限于项目清单中所罗列的项目和对应数量，结论只能针对各个检测项目进行单独评论。如需对工程中所涉及的各个单体建筑结构进行总体评定，可由法院组织申请方重新提出鉴定申请。申请方提出的鉴定申请项目中未涉及结构安全性评估。鉴定报告中反映出的若干不合格项目，建议由原设计单位根据实测数据和结果进行技术核定或出具技术处理方案。东方泵业预交质量鉴定费69万元。
南通市中级人民法院根据被告申请，对被告已完成工程进行造价鉴定。经南通新江海建设项目管理咨询有限公司鉴定，被告已完工工程的预算造价为29162287.23元。
南通市中级人民法院于2016年6月24日作出（2014）通中民初字第0051号民事判决，解除原告与被告于2013年1月4日签订的《建设工程施工合同（土建）》、《室外工程合同》和2013年8月26日签订的《补充合同》；被告于本判决发生法律效力之日起十五日内撤离位于锡通科技产业园的东方泵业一期工程施工现场；被告于本判决发生法律效力之日起十五日向原告交付其已完工程在竣工验收时所需的施工资料。该判决现已发生法律效力。
本院在审理过程中，根据原告的申请，委托原设计单位浙江天然建筑设计有限公司对1#、2#研发楼出具加固技术处理方案，该公司于2016年12月出具了1#、2#研发楼加固工程结构加固施工图。本院根据原告东方泵业的申请，委托江苏中房建设投资管理咨询有限公司对加固费用进行鉴定，该公司于2017年6月29日出具了《工程造价咨询报告书》，1#研发楼加固工程为4746357.44元，2#研发楼为4739984.15万元，合计9486341.59元。该公司同时明确，鉴定造价发映的是社会平均价格水平，本鉴定造价未下浮，是否下浮由法院进行裁定。原告支出加固设计费6万元、工程造价鉴定费85891元。
本院于2016年8月29日受理上海凌满机械设备有限公司诉东方泵业、金典公司、潘建明建设工程分包合同纠纷案，于2016年9月18日立案受理曹宇诉潘建明、浙江金典、东方泵业建设工程分包合同纠纷案，后分别作出（2016）苏0612民初5831号、6242号民事判决，认定金典公司将东方泵业一期工程中的1#、2#、3#、4#厂房水池及装配坑；基坑围护；降水施工；土方施工分包给上海基明建设工程有限公司，承包方式为包工包料，合同价款1270万元。潘建明系借用上海基明建设工程有限公司名义签订合同，没有得到该公司同意及认可。
原告在2010年起开始对项目建设进行投资，在诉讼中主张因被告逾期竣工造成项目投资的利息损失，提供了涉案项目投入资金发票、汇款单、合同等证据，投入资金计64749284.5元。其中2010年7月至2010年8月期间，支付土地出让金、登记费、复垦费、报批费等土地相关费用49602774元，2010年6月28日支付环评费12000元，2010年12月至2012年11月期间支付施工图审查费、抗震设计审查费124412元，2012年6月11日支付崖岩土勘察费10万元，2013年2月、2014年1月支付两笔监理费计15万元，2012年8月至2013年5月支付配电箱改装费、临时配变电工程设计费、临时配电工程费、广告牌制作费计102500元，2012年10月至2013年6月期间支付中国联合工程公司设计费1575000元，2013年5月至2013年6月支付浙江天然建筑设计有限公司设计费704000元，2012年8月至2014年1月付江苏地基工程有限公司南通分公司管桩施工工程款435900元，2012年8月至2012年11月支付南通海华建材有限公司管桩费5342697.5元，2014年1月支付温州市大山钢结构有限公司钢构工程款500万元，2012年8月支付武汉重型机床集团有限公司设备预付款100万元，2014年1月支付江苏剑桥涂装工程有限公司设备款60万元。原告主张上述投资按银行同期贷款利率自合同约定的竣工之日即2014年3月15日起计算利息至2016年9月21日判决解除合同之日止。
原告在诉讼中主张因被告没有及时在3#车间里挖水池，导致钢结构无法继续施工而生锈，原告委托江苏永诚造价事务所有限公司对除锈工程进行造价鉴定。该公司于2016年9月22日出具《关于上海东方泵业集团南通有限公司工业园建设项目3#车间除锈工程标底编制的报告》，工程标底总造价为1018402.12元。
南通市中级人民法院在执行（2014）通中民初字第0051号民事判决时，于2016年9月21日向被告发出限行履行通知书，要求被告在收到本通知之日起五日内向原告交付其已完工程在竣工验收时所需的施工资料，包括散装水泥发票、混凝土发票；砖、砌块发票，但被告至今未能交付。
原告于2014年5月5日、11月4日分别缴纳新型墙体发展基金931461元、189692元，合计1121153元；分别缴纳江苏省散装水泥专项资金186292元、37938元，合计224230元。南通市通州区墙体材料革新与建筑节能办公室于2017年5月31日出具证明，因原告无法提供新建建筑使用墙体材料的有关票证资料，无法办理新型墙体材料发展基金退还手续；南通市通州区散装水泥办公室于2017年6月27日出具证明，因原告无法提供使用预拌砼、预拌砂浆及散装水泥的相关资料证明，故无法按规定办理专项资金退还手续。
本院认为，本案双方的争议焦点为：1.被告是否应当赔偿原告1#、2#研发楼加固费用；2.被告是否应当承担擅自分包或转包违约金700万元；3.被告是否应当承担原告因工期延期造成的损失；4.被告是否应当赔偿原告新型墙体材料发展基金和散装水泥专项资金损失。
关于争议焦点1，原、被告之间就案涉工程先后签订过两份施工合同，南通市中级人民法院生效判决认定，双方实际履行的系2013年1月4日订立的《建设工程施工合同（土建）》、《室外工程合同》，且原告在法庭辩论终结前已经取得案涉工程建设用地使用权证、建设用地规划许可证及建设工程规划许可证，案涉合同合法有效。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十条规定，建设工程施工合同解除后，已经完成的建设工程质量合格的，发包人应当按照约定支付相应的工程价款；已经完成的建设工程质量不合格的，参照本解释第三条规定处理。也即修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。本案中，金典公司承建的1#、2#研发楼，根据苏州市建设工程质量检测中心有限公司检测鉴定报告，多处检测项目不符合设计要求，其中研发楼承重墙体砌筑砂浆抗压强度多处检测数值大大低于设计要求；多个单体基础结构混凝土抗压强度低于设计要求。苏州市建设工程质量检测中心有限公司建议就鉴定报告中反映出的若干不合格项目，由原设计单位根据实测数据和结果进行技术核定或出具技术处理方案。本院据此委托浙江天然建筑设计有限公司依据苏州市建设工程质量检测中心有限公司检测鉴定报告出具加固技术处理方案，委托江苏中房建设投资管理咨询有限公司依据浙江天然建筑设计有限公司的加固工程设计方案对加固费用进行鉴定。加固工程设计方案和加固费用鉴定报告可以作为认定原告修复费用的依据。被告作为有资质的施工单位，应当对建设工程质量负责。审理中，被告未提供造成质量问题系原告方过错的证据，故上述修复费用及设计费、鉴定费应由被告承担。江苏中房建设投资管理咨询有限公司出具的加固费用9486341.59元系社会平均价格水平，未考虑下浮，本院考虑该工程为加固工程，酌定下浮率为15%。故被告应赔偿原告加固费用为8063390.35元（9486341.59*85%）。
关于争议焦点2，原、被告签订的《建设工程施工合同（土建）》约定了违约责任，被告不得擅自转包或分包，一经发现，原告有权终止合同，金典公司应承担700万元违约金。根据南通市中级人民法院（2013）通中民初字第0108号民事判决书及本院（2016）苏0612民初5831号、6242号民事判决书，可以认定被告在建设工程施工合同履行过程中，存在未经原告同意擅自分包、转包行为，违反了合同约定，且违反了法律禁止性规定。《中华人民共和国合同法》第一百一十四条第二款规定，约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。最高人民法院关于适用《中华人民共和国合同法》若干问题的解释(二)第二十八条规定，当事人依照合同法第一百一十四条第二款的规定，请求人民法院增加违约金的，增加后的违约金数额以不超过实际损失额为限。增加违约金以后，当事人又请求对方赔偿损失的，人民法院不予支持。根据上述法律及司法解释的规定，违约金应当以补偿性为原则，且与赔偿损失不可同时主张。本案中，原告同时主张了工程修复费用及工程逾期造成的损失，且主张的损失大于约定的700万元违约金。本院在支持原告赔偿损失的同时，对原告主张的违约金不再予以支持。
关于争议焦点3，《中华人民共和国合同法》第一百零七条规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。本案中，原告虽然在工程建设初期未取得建设用地规划许可证、建设工程规划许可证，违反了相关法律规定，但政府主管部门并未对原告未批先建的行为予以查处，致本案工程2013年10月始基本处于停工状态的主要原因是被告将工程违法分包，导致农民工索要工资集体上访所致。本案被告直至2014年2月15日即工程约定的竣工日期前一个月才提出因原告方未办理施工许可证而提前解除与原告签订的合同，而此时被告完成的工程量经鉴定不足3000万元，未及合同价款的二分之一，故本案造成工程逾期的主要责任在被告。原告在被告提出提前解除合同后，虽回函不同意解除合同，但未及时提起诉讼，或采取措施减少自己的损失，以致损失的扩大，对此亦应承担相应责任。本院酌定原告自负损失的40%，被告承担损失的60%。原告主张利息损失按同期同类银行贷款利率自2014年3月16日计算至2016年6月24日，本院予以支持。原告投入资金的利息损失为8226126.81。原告主张的除锈费用1018402.12元，系因工程逾期发生的损失，考虑该费用系标底价，本院酌定下浮率为15%，该费用损失为865641.8元（1018402.12*85%）。上述两项系因工程逾期造成原告的损失，合计为9091768.61元（8226126.81+865641.8），由被告赔偿5455061.17元（9091768.61*60%）。
关于争议焦点4，根据《江苏省新型墙体材料专项基金征收使用管理实施办法》、《江苏省散装水泥促进条例》相关规定及南通市通州区墙体材料革新与建筑节能办公室、南通市通州区散装水泥办公室出具的相关证明，原告缴纳的新型墙体发展基金、江苏省散装水泥专项资金在提供相关使用材料的证明后可以退还。原、被告签订的《建设工程施工合同（土建）》约定，所有建筑材料和机配件（除注明甲方供材外）均由被告负责采购。故被告有责任提供包括散装水泥发票、混凝土发票；砖、砌块发票。被告经南通市中级人民法院强制执行仍未能提供，审理中亦明确表示无法提供，故应当赔偿原告缴纳的新型墙体发展基金1121153元、江苏省散装水泥专项资金224230元。
综上所述，被告应当赔偿原告两幢研发楼的加固费用，承担违法分包违约责任，赔偿原告因工程逾期造成的损失及未能提供相关使用证明造成的原告无法退还新型墙体发展基金、散装水泥专项资金损失。南通市中级人民法院审理过程中原告支付的鉴定费69万元，系鉴定工程质量的费用，被告并未举证工程质量系原告方的责任，故该鉴定费用由被告承担。本案原告支出的加固设计费、鉴定费合计145891元，亦应由被告承担。依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第九十七条、第一百零七条、第一百一十三条、第一百一十四条、第一百一十九条、第一百二十条、第二百八十一条，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十四条的规定，判决如下：
一、被告浙江金典建设有限公司于本判决生效后十日内给付原告上海东方泵业集团南通有限公司1#、2#研发楼加固费用8063390.35元；
二、被告浙江金典建设有限公司于本判决生效后十日内给付原告上海东方泵业集团南通有限公司因工期逾期造成的利息及除锈费用损失5455061.17元；
三、被告浙江金典建设有限公司于本判决生效后十日内给付原告上海东方泵业集团南通有限公司新型墙体发展基金损失1121153元、散装水泥专项资金损失224230元，合计1345383元；
四、被告浙江金典建设有限公司于本判决生效后十日内给付原告上海东方泵业集团南通有限公司工程质量鉴定费69万元。
五、被告浙江金典建设有限公司于本判决生效后十日内给付原告上海东方泵业集团南通有限公司加固设计费6万元、工程造价鉴定费85891元，合计145891元；
六、驳回原告上海东方泵业集团南通有限公司的其他诉讼请求。
如果被告未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费184770元，由原告上海东方泵业集团南通有限公司负担69647元，被告浙江金典建设有限公司负担115123元（原告已垫支，待执行时由被告一并支付原告）。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于江苏省南通市中级人民法院，同时向该院预交上诉案件受理费184770元（该院开户行：中国银行南通市濠南路支行，户名：江苏省南通市中级人民法院，帐号：46×××65）。
审 判 长 金永南
代理审判员 王端炜
人民陪审员 钱卫东
二〇一七年九月十九日
书 记 员 李 慧