长春净月高新技术产业开发区人民法院
民 事 判 决 书
（2016）吉0194民初831号
原告（反诉被告）：杭州建工集团有限责任公司长春分公司。住所地：长春市绿园区。
负责人：平月民，系该分公司经理。
委托代理人：朱璟文，系该公司东方之珠水晶湾项目负责人。
委托代理人：姜凤歆。
被告（反诉原告）：长春晟辉公司有限责任公司。住所地：长春净月高新技术产业开发区。
法定代表人：田金运，系该公司董事长。
委托代理人：王丹。
委托代理人：张莉，吉林创融律师事务所律师。
被告：吉林省东兴建设开发集团有限公司。住所地：长春市宽城区。
法定代表人：田金运，系该公司董事长。
委托代理人：张莉，吉林创融律师事务所律师。
原告（反诉被告）杭州建工集团有限责任公司长春分公司（以下简称杭州建工分公司）与被告（反诉原告）长春晟辉公司有限责任公司（以下简称晟辉公司）、被告吉林省东兴建设开发集团有限公司（以下简称东兴公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院受理后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告（反诉被告）杭州建工分公司的委托代理人朱璟文、姜凤歆，被告（反诉原告）晟辉公司的委托代理人王丹、张莉，被告东兴公司的委托代理人张莉到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告杭州建工分公司诉称：2007年9月30日，原告与被告晟辉公司签订《建设工程施工合同》，原告承包被告东兴公司与被告晟辉公司合作开发的东方之珠水晶湾9、10、27、28号楼土建、暖通、电气及施工图所含工程，约定屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏为五年。工程款于竣工验收后扣除保修金5%一次性付清，保修金在保修期满后一次性付清。到目前为止，二被告尚欠工程款及保修金计864475.2元未支付。经原告多次催讨，二被告仍拖欠不还，原告为维护合法权益诉至人民法院，请求判令：1、被告晟辉立即向原告清偿工程款68532元、质保金795943.2元（合计864475.2元）及利息（工程款利息自2009年9月11日起至判决生效之日止，质保金利息自2014年9月11日起至判决生效之日止，均按中国人民银行同期贷款利率计算）；2、二被告对上述清偿款项承担连带责任；3、诉讼费由二被告承担。
被告晟辉公司辩称并反诉称：1、原告的起诉已经超过诉讼时效，不应予以保护。原告施工的项目于2009年6月已经实际竣工并交付使用，在工程验收单、移交单、会签单上均有体现，质保期间自2009年6月20日至2014年6月20日，根据双方签订的《建设工程施工合同》第三部分第六条第26款约定的付款时间及质保金支付时间，且未发生诉讼时效的中止或中断，故原告主张我方给付工程款、质保金及利息已超过诉讼时效。2、我方并不拖欠原告工程款及质保金，原告承建了我方开发的东方之珠水晶湾小区9、10、27、28号楼，工程在质保期内发生严重质量问题，我方一直要求原告予以维修，原告并未履行合同约定的维修义务，至今未修复完毕。据此我方提出反诉，请求判令：1、原告依据合同承担维修义务，需维修事项详见本诉状附件《维修项目列表》或承担维修费用（费用以双方认可或法院鉴定为准）；2、原告承担因工程质量问题而给我方造成的经济损失，截至2016年10月15日为止共计818671.41元；3、反诉费用由原告承担。
被告东兴公司辩称：本案与我方无关，案涉的东方之珠水晶湾小区系被告晟辉公司开发建设，我方与原告未签订过该项目的施工合同，不存在与被告晟辉公司合作开发的事实，请求驳回原告对我方的诉讼请求。
原告杭州建工分公司针对被告晟辉公司的反诉辩称：1、本案争议的工程双方已于2009年6月竣工验收合格，原告已将该工程交付给被告，并无质量问题。2、在质保期内被告向原告所提出的质量问题，原告均已解决，被告提出的损失并不实际存在，并且有一些事项已超过了质保期，原告不再负有维修的义务。3、关于防水工程，被告指定由河南安信达防水有限公司长春分公司负责，并将全部的工程款支付给该公司，因此该损失与原告无关。4、被告委托其他公司进行了维修，在维修前未通知原告，更未得到原告的同意，因此其损失不应由原告承担。故请求驳回被告的反诉请求。
原告杭州建工分公司为证明其主张向本院提交了如下证据：
证据一：东兴公司于2008年4月28日、5月25日、7月25日签发的关于钢材指导价格通知三份，东兴公司2008年3月21日签发的通知一份，二被告的工商简表，证明东兴公司与晟辉公司的法定代表人为同一人，在施工的过程中东兴公司向原告发出分包配合通知和钢材结算指导价格通知，原告有理由相信东兴公司实际与晟辉公司合作建设案涉工程。晟辉公司质证意见为：对通知的真实性有异议，我方无法辨认该份证据的真伪。对证明事项有异议，证据并非我方出具，内容也没有我方的任何权利义务，不能证明二被告之间有合作关系。东兴公司质证意见为：对通知的真实性有异议，印章及落款均为东兴公司成本合约部，现在我方并无这个部门，且并非以我方名义出具。对证明事项有异议，该份证据不能证明原告与我方有施工合同关系，也不能够证明二被告之间有合作关系。
证据二：1、工程维修（质保）情况会签单一份、向被告法定代表人田金运发送短信照片，证明质保期满，2014年1月27日物业公司、管理处、工程部均签发同意退还质保金。原告项目经理朱璟文在2014年11月25日、2015年1月6日、1月25日均通过短信的方式向二被告催要过，原告的诉讼请求没有超过诉讼时效。晟辉公司质证意见为：对于会签单的真实性无异议，对证明事项有异议，可以证明质保期间是2009年6月20日至2014年6月20日，质保期满应付质保金，但自2014年6月20日至原告起诉之日，被告没有收到过原告主张权利的任何通知，根据会签单上的质保情况表述能够证明原告处于维修没有完毕的状态。对短信照片真实性有异议，对证明事项有异议，不能够证明原告催要的是案涉工程项目的款项。东兴公司质证意见为：与我方无关，不能证明我方与原告存在施工合同关系，也不能证明二被告是合作关系。
证据三：2014年9月28日物业工作人员签字的东方之珠水晶湾已建工程质量问题排查记录一份。证明在该日之前原告一直在为被告提供保修服务，因此并没有超过诉讼时效。晟辉公司质证意见为：对证据真实性有异议，该份证据没有被告的签字及盖章，对证明事项有异议，并不能证明原告在保修期满后向被告主张过工程款及质保金。东兴公司质证意见为：与我方无关，不能证明我方与原告有合同关系，也不能证明二被告是合作关系。
证据四：《建设工程施工合同》及补充协议一份，证明原告与晟辉公司签订了施工合同，原告承建了东方之珠水晶湾9、10、27、28楼土建、暖通、电气及施工图所含工程。合同第38页32.4款约定竣工日期为承包人送交竣工验收报告的日期，39页33.3款约定发包人自收到竣工结算报告及资料后28日无正当理由拒不支付工程款的，从第29天起按同期银行贷款利率支付拖欠工程价款的利息并承担违约责任。第60页第26款约定保修金在保修期满后一次性付清。第70页第2条质量保修期分别为5年（防水）、2年（其他），同时约定质量保修期自工程竣工验收合格之日起计算。补充协议第3页第六条第4款约定保修金在保修期满后持工程、物业签字的单据一周内一次付清。晟辉公司质证意见为：对证据真实性无异议，对证明事项有异议，该证据不能证明我方拖欠工程款及质保金，仅能证明案涉工程是由原告承建。东兴公司质证意见为：对证据真实性无异议，能够证明案涉工程是由原告与晟辉公司签订的合同，与我方无关。
证据五：工程验收单、移交单、对账明细单、工程维修（质保）情况会签单各一份，结算审定签署表四份，证明案涉工程在2009年6月21日经过监理单位、晟辉公司、物业公司三方验收合格，工程质量符合约定，在2009年9月11日进行移交，物业公司签收同意接收，工程款利息起算时间应为2009年9月11日，案涉工程结算款项为15918864元，被告扣留原告质保金795943.2元，拖欠工程款864475.2元，2014年1月27日物业公司、管理处、工程部均签发同意向原告支付质保金。晟辉公司质证意见为：对证据真实性均无异议，对证明事项有异议，工程验收单和移交单仅能证明验收合格的日期和原告移交工程日期为2009年6月21日，结算签署单仅能证明案涉工程的结算总额为15918864元，结算审定日期是2010年5月12日，对账明细单仅能证明对账日期截止到2010年8月16日，而我方在2010年8月16日之后又陆续支付了工程款，因此不能证明我方拖欠原告工程款及质保金。工程维修（质保）情况会签单能够证明质保期间是2009年6月20日至2014年6月20日，质保期满应付质保金，但自2014年6月20日至原告起诉之日，我方没有收到过原告主张权利的任何通知，会签单上的质保情况表述能够证明原告处于维修没有完毕的状态，在质保期内工程存在质量问题。东兴公司质证意见为：与我方无关，真实性无法确认。
证据六：吉林省东兴物业管理有限责任公司工商简表，证明东方之珠水晶湾的物业公司是东兴公司下设子公司，进而说明工程维修（质保）情况会签单中物业公司的签章能代表东兴公司。晟辉公司质证意见为：对证据真实性无异议，对证明事项有异议，不能证明物业公司与晟辉公司有任何关联，也不能够证明其可以代替我方行使任何民事行为。东兴公司质证意见为：对证据真实性无异议，对证明事项有异议，物业公司系独立法人，不能够证明其能够代表我方行使任何民事行为。
证据七：2010年3月20日加盖吉林省东兴建设开发集团有限公司成本合约部印章的结算说明，该证据系在2016年11月8日与晟辉公司对账过程中，在晟辉公司结算材料中发现的，证明东兴公司有成本合约部这个部门，其行为能代表东兴公司。晟辉公司质证意见为：对该证据真实性及证明事项均有异议，不能够证明我方与东兴公司有合作关系，案涉工程为我方独立开发。东兴公司质证意见为：对证据真实性无异议，对证明事项有异议，不能证明东兴公司与晟辉公司存在合作关系，且该印章为部门印章，在法律上不具有代表东兴公司行使民事行为的法律效力。
被告晟辉公司为抗辩原告杭州建工分公司的主张，向本院提交了如下证据：
证据一：《建设工程施工合同》及《补充协议》各一份，证明原告与我方存在施工合同关系，我方的付款条件及期限，原告应按照合同约定履行承建义务并达到合同要求，同时应承担质保义务，否则应承担的违约责任。晟辉公司质证意见为：对证据真实性无异议，在施工合同第71页第三条第1款明确约定承包人应当在接到保修通知起7日内派人保修，而原告对收到通知的均已完成了保修义务。补充协议第3页第六条第2款同样约定若接到通知后没按要求及时处理才承担责任，而原告对接到的维修通知均已完成。东兴公司质证意见为：对证据真实性无异议，能够证明案涉工程由原告与晟辉公司签订施工合同，与我方无关。
证据二：工程验收单、工程移交单、工程维修（质保）情况会签单各一份，证明原告承建项目的竣工验收合格的时间及质保期的起始时间。杭州建工分公司质证意见为：对证据的真实性及证明事项均无异议。东兴公司质证意见为：与我方无关。
证据三：结算审定签署表8张，证明原告与我方的最终合同结算价款金额、时间及结算价款包含甲供材等。杭州建工分公司质证意见为：对证据真实性无异议，对工程总价款无异议。东兴公司质证意见为：与我方无关。
证据四：付款凭证51份，证明我方已按合同约定履行了支付工程款义务，共付款15252806.8元，其中工程款已足额支付,质保金795943元已经退还原告129885.8元，尚扣质保金666057.2元。杭州建工分公司质证意见为：对该证据真实性及证明事项均无异议。东兴公司质证意见为：与我方无关。
证据五：工程维修函及承诺书，证明案涉工程在质保期内存在质量问题，我方通知原告维修。杭州建工分公司质证意见为：对真实性有异议，经核对函及承诺中签字并非原告委托代理人朱璟文所写，保留申请鉴定的权利。2009年8月15日以晟辉公司名义签发的维修函，发生在原告向被告移交案涉项目之前，案涉工程在2009年9月11日才经晟辉公司验收合格，因此本身是矛盾的。维修函以及承诺书均没有阐述具体的质量问题，2010年8月9日维修函所阐述的房屋漏水及平台水泥层反沙等问题不属于原告保修范围，因实际施工人是晟辉公司指定的其他公司完成的。对于分包商工程出现的质量问题，应当由发包方与分包方承担责任，与原告无关。东兴公司：与我方无关。
证据六：案涉工程维修合同10份及付款凭证18份，证明在原告不进场维修的情况下，为减少损失发生，我方按照与原告签订的合同约定，聘请了第三方进行维修，并支付了费用，该费用应由原告承担。杭州建工分公司质证意见为：对于10份施工合同真实性均有异议，晟辉公司未提供合同相对方的营业执照或工商简表，无法核实该单位是否实际存在。即使是真实的，晟辉公司签订该10份合同前应先通知原告进行维修，且平台防水、露台防水、车库防水等不属于原告保修义务之内，是由晟辉公司指定的河南安信达公司施工完成的；原告是按照设计图纸施工，外墙造型在工程交付时已经验收合格；2014年7月22日之后的维修合同系质保期届满后签订的，部分房屋出现的问题系工程交付后晟辉公司没有妥善养护造成的，且已经超过了质保期限；18份付款凭证与本案不具有关联性。对于27栋、28栋维修预算无证据予以支持，不能证明存在质量问题，地面和墙体属于原告维修范围，但已经过了质保期。东兴公司质证意见为：与我方无关。
证据七：质检报告及退房手续、退款凭证各一份，证明原告承建的27栋105室工程质量存在问题，导致被告受到经济损失。杭州建工分公司质证意见为：对该证据真实性无异议，对证明事项有异议，工程交付时已经过验收质量合格，后期出现问题系交付后由于没有妥善养护、冻胀而导致的裂缝，对于填充墙墙体缝，非承重墙，不属于主体结构保修范围。退房的事由有多种，并不局限于房屋质量，据了解系因为105室业主无法正常入户而退房，且退房并没有给晟辉公司产生实际损失。东兴公司质证意见为：与我方无关。
证据八：东方之珠水晶湾物业公司出具的情况说明一份，证明案涉工程存在质量问题，且我方维修事实存在。杭州建工分公司质证意见为：情况说明的出具方为东兴公司下设的子公司，与本案有利害关系，且只有公司盖章，无出具人签字，无法核实其真实性。该证据也不能证明原告没有履行维修义务。东兴公司质证意见为：与我方无关。
被告东兴公司未向本院提交证据。
被告晟辉公司为证明其反诉主张，除出示了其在本诉中提交的证据外，还向本院提交了案涉工程需要维修的项目列表一份,以及业主索赔申请书、房屋照片及索赔明细，维修费用为167013.2元，索赔金额为273992元。证明原告施工的工程存在质量问题，需按照合同约定履行质保义务，并赔偿我方因此受到的损失。杭州建工分公司质证意见为：对需维修项目列表中关于27、28号楼维修预算，晟辉公司并没有提供相关的证据予以支持，不能证明存在所提到的质量问题，地面和墙体虽属于原告维修范围外，但已经过了质保期。对于业主的赔偿申请系复印件，且没有业主身份证信息相互印证，对真实性有异议。即使是真实的，并没有实际发生，防水不属于原告保修范围。
原告杭州建工分公司为抗辩被告晟辉公司的反诉主张，向本院出示了本诉中原、被告已提交的如下证据：1、2008年3月21日东兴公司签发的通知一份，证明本案部分工程已由东兴公司分包给其他单位施工，其中包括门、窗、地热、屋面防水、瓦，维修问题应由分包单位承担，与原告无关；2、建筑工程结算书及结算汇总表，证明塑钢门窗、进户门、地热工程、车库门、GRC构件、外墙涂料、配电箱、瓦、防水、隔气属于分包项目，由晟辉公司指定分包商承建，原告不是承建方，没有取得工程款，无保修义务；3、工程质量问题排查记录一份，证明对案涉工程属于原告保修范围的，原告已经履行了维修义务。晟辉公司质证意见为：对证据1真实性及证明事项均有异议，印章为部门印章，不能代表公司行为，不能够证明该项目是由东兴公司分包，且该证据上并没有我方名头，与本案无关；对证据2的真实性无异议，在实际决算值中晟辉公司已经支付给原告瓦、防水、隔气结算价款，第五项中的1-7为我方分包项目，价款没有含在决算值中，但对该分包项目，晟辉公司已经向原告支付了分包配合费，原告应与分包单位共同承担责任；对证据3的真实性及证明事项均有异议，该证据没有我方的签字及盖章，并不能证明原告已经履行了维修义务，恰恰可以证明案涉工程存在严重的质量问题。
通过对双方提交的证据分析及认定，本院确认案件事实如下：晟辉公司系东方之珠水晶湾项目建设单位。2007年，晟辉公司与杭州建工分公司签订《建设工程施工合同》，约定由杭州建工分公司承建东方之珠水晶湾项目9、10、27、28号楼，工程内容为土建、水暖、电气及设计图纸所含全部。合同第二部分通用条款第34.1项约定：“承包人应按法律、行政法规或国家关于工程质量保修的有关规定，对交付发包人使用的工程在质量保修期内承担质量保修责任。”第34.2项约定：“承包人应在工程竣工验收之前，与发包人签订质量保修书，作为本合同附件（附件3）”第35.1项和第35.2项分别对发包人和承包人的违约责任进行了约定。第38.1项约定：“承包人按专用条款的约定分包所承包的部分工程，并与分包单位签订分包合同。非经发包人同意，承包人不得将承包工程的任何部分分包。”第38.3项约定：“工程分包不能解除承包人任何责任与义务……分包单位的任何违约行为或疏忽导致工程损害或给发包人造成其他损失，承包人承担连带责任。”合同第三部分专用条款26项约定工程款在“工程竣工验收后扣除保修金5%一次性付清，保修金在保修期满一次性付清。”该合同后还附有双方签字确认的《房屋建筑工程质量保修书》，双方约定：具体保修内容为主体、屋面、装饰及电气、采暖和给排水工程，其中屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏保修期为五年，装修工程保修期为二年，电气管线、给排水管道、设备安装工程保修期为二年……质量保修期自工程竣工验收合格之日起计算。属于保修范围、内容的项目，承包人应当在接到保修通知之日起7天内派人保修。承包人不在约定期限内派人保修的，发包人可以委托他人修理。质量保修完成后，由发包人组织验收。质保金在建设单位留满五年，无质量问题，返还施工单位。双方为进一步明确权利、义务和责任，又签订了《补充协议》一份，其中第六条第2项约定承包人必须保证后期维修维护的及时和质量，若接到通知后没按要求时间及时处理，或不能保证质量，发包人将自行维护维修，费用加倍从质保金中扣除，第3项约定在保修期内由于质量问题造成的损失及相关费用由承包人承担，第4项约定工程质量保修金按工程总造价的5%预留，保修期满后，持工程、物业签字的单据一周内一次性付清。
上述合同及协议签订后，杭州建工分公司随即开工进行建设。期间晟辉公司依约按工程进度向杭州建工分公司及其指定的单位支付工程款。其中，杭州建工分公司于2008年9月1日向晟辉公司出具证明一份，内容为：“我公司承建东方之珠水晶湾9、10、27、28#楼的防水工程由河南安信达防水有限公司长春分公司施工，我公司同意此项工程款由贵公司支付。”2009年中旬，由杭州建工分公司承建的9、10、27、28号楼施工完毕，监理单位于6月21日验收合格，晟辉公司项目管理部于9月11日签字验收，物业公司于9月11日验收合格并接收工程。工程交付使用后，因防水等质量问题，晟辉公司及小区物业公司曾多次口头或发函要求杭州建工分公司予以维修，杭州建工分公司水晶湾项目负责人朱璟文于2010年8月9日出具书面维修承诺，承诺接到报修通知后将及时予以维修。后因杭州建工分公司未能维修达标或及时维修，晟辉公司委托第三方进行了维修。后工程质保期届满，晟辉公司一直未予退还质保金，杭州建工分公司水晶湾项目负责人朱璟文多次找到晟辉公司相关人员协商解决均未果。
另查明，2010年3月21日，晟辉公司、杭州建工分公司及工程造价咨询机构共同对27号楼进行审定结算造价为3239444元，在结算汇总表显示土建部分分包项目（瓦、防水、隔气）186859元，甲分包配合费225348元*3%=6760元。同年5月12日，三方又分别对9、10、28号楼进行审定结算造价。其中9号楼审定结算造价为4904464元，在结算汇总表显示土建部分分包项目（瓦、防水、隔气）189761元，甲分包配合费12800元；10号楼审定结算造价为4709820元，在结算汇总表显示土建部分分包项目（瓦、防水、隔气）189761元，甲分包配合费12800元；28号楼审定结算造价为3065136元，在结算汇总表显示土建部分分包项目（瓦、防水、隔气）186859元，甲分包配合费6760元。上述四栋楼的甲分包配合项目均包含塑钢门窗、进户门、地热工程、车库门、GRC构件、外墙涂料、配电箱。
还查明，本案在审理过程中，经晟辉公司与杭州建工分公司共同确认，晟辉公司已向杭州建工分公司足额支付工程款，晟辉公司预扣工程质保金795943元，已退还杭州建工分公司129885.8元，尚扣666057.2元。
又查明，2014年1月27日，施工单位、东方之珠水晶湾管理处、工程部、物业公司四方代表对9、10、27、28号楼主体工程质保维修情况进行会签，并共同签署会签单，内容为“验收时间：2014年1月27日。质保期限：2009年6月20日至2014年6月20日。维修情况：根据水晶湾管理处提供的实际情况，请集团财务部代为保留该施工单位质保金的50%，待施工单位维修完毕，经验收合格后，再行发放。”
本院认为：一、关于东兴公司是否为本案适格被告的问题。虽然东兴公司向造价咨询机构出具过结算说明，其成本合约部亦向承建单位出具过分包配合通知，但东兴公司并非《建设施工合同》及《补充协议》签订的一方主体，东兴公司亦未向杭州建工分公司支付过工程款，且在建设工程竣工验收备案证中显示的建设单位仅为晟辉公司，故对杭州建工分公司认为晟辉公司与东兴公司系合作开发关系，东兴公司应承担连带责任的观点，因证据不足，本院不予采纳。
二、关于晟辉公司是否拖欠工程款，是否应予退还质保金的问题。晟辉公司与杭州建工分公司签订的《建设工程施工合同》及《补充协议》系双方真实意思表示，且符合法律、法规的规定，合法有效，双方应当按照合同约定履行各自义务。杭州建工分公司应按合同约定如质完成工程，并按质保范围及质保期限承担质保责任。晟辉公司应依约结算并给付工程款，如工程不存在质量问题或虽存在质量问题但经杭州建工分公司维修合格后，质保期满退还相应质保金，如经报修未及时维修或维修后仍不合格，晟辉公司可以委托第三方予以维修，维修的相应费用应由杭州建工分公司承担。本案审理过程中，经双方共同核对，对晟辉公司已向杭州建工分公司足额支付了工程款无异议，本院予以确认。双方亦对质保金为795943元，晟辉公司已退还杭州建工分公司129885.8元，尚扣留666057.2元无异议，本院予以确认。
双方争议的主要问题在于防水项目是否应由杭州建工分公司承担质保责任，晟辉公司委托第三方进行维修的费用是否应由杭州建工分公司承担。杭州建工分公司称是晟辉公司指定将防水工程分包给河南安信达防水有限公司长春分公司施工，其未实际取得该部分工程款，但按照《建设工程施工合同》及《补充协议》杭州建工分公司承建内容包括土建部分防水项目，晟辉公司对指定分包防水项目又予以否认，结合晟辉公司与杭州建工分公司结算汇总表中关于“分包项目”系按全款结算、“甲分包配合费”系按全款3%结算的表述，以及杭州建工分公司出具的将防水项目工程款支付给案外人河南安信达防水有限公司长春分公司证明，晟辉公司向河南安信达防水有限公司长春分公司支付款项凭证等，可以认定防水项目并非由晟辉公司分包，而系经晟辉公司允许分包，故对杭州建工分公司的该意见，本院不予采纳。按照《建设工程施工合同》第38.3项约定：“工程分包不能解除承包人任何责任与义务……分包单位的任何违约行为或疏忽导致工程损害或给发包人造成其他损失，承包人承担连带责任。”故晟辉公司应对防水项目承担质保期内的维修责任。
晟辉公司庭审中提供了2011年至2016年期间其与第三方签订的多份维修合同及付款凭证，在质保期内晟辉公司不通知施工方维修而另行出资委托第三方维修不符合常理，且庭审中杭州建工分公司承认接到过维修通知，故在质保期内因杭州建工分公司未维修合格而由第三方予以维修的费用应在质保金内扣除。但2014年1月27日由施工单位、东方之珠水晶湾管理处、工程部、物业公司四方确认的9、10、27、28号楼主体工程质保维修情况会签单中，已认可退还杭州建工分公司50%质保金，另50%待维修完毕经验收合格后再行发放，该会签单系对2009年6月20日至2014年1月27日期间质保维修情况的结算，按照《补充协议》第4条的约定对晟辉公司具有约束力，故晟辉公司应退还杭州建工分公司质保金397971.5元（795943元*50%）。其中晟辉公司已退还129885.8元，尚扣留268085.7元，晟辉公司应承担逾期退还利息。另50%质保金因杭州建工分公司提供的证据不能证明其已经对质保项目维修完毕并经晟辉验收合格，且晟辉公司提供的证据能够证明案涉工程确实存在一定质量问题，故对杭州建工分公司主张退还剩余50%质保金的主张，本院不予支持。
三、关于杭州建工分公司的起诉是否已超过诉讼时效的问题。虽然杭州建工分公司未能提供与晟辉公司法定代表人田金运发送短信催要款项的原始载体，但结合庭审时各方陈述及举证情况，质保期满后因质量问题晟辉公司仍不予退还质保金，杭州建工分公司多次向其主张退还符合常理，应认定诉讼时效发生中断，故杭州建工分公司的起诉未超过诉讼时效。
四、关于晟辉公司反诉要求杭州建工分公司赔偿损失的问题。2014年1月27日四方形成质保维修情况会签单后，晟辉公司虽又于2014年6月3日（质保期内）与案外人吉林省宇信建筑工程有限公司签订了防水维修施工合同，但其提供的证据不能证明维修是针对杭州建工分公司承建的9、10、27、28号楼，对该损失赔偿请求本院不予支持。关于质保期满后晟辉公司又与第三方签订的维修协议，以及业主退房、业主赔偿请求，因已超过质保期，且晟辉公司提供的证据无法证明确实给其造成了实际损失，其损失赔偿主张于法无据，本院不予支持。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第二百八十一条，《中华人民共和国建筑法》第二十九条、第六十二条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十七条之规定，判决如下：
一、本诉被告长春晟辉公司有限责任公司于本判决生效后十日内退还本诉原告杭州建工集团有限责任公司长春分公司东方之珠水晶湾9、10、27、28号楼工程质保金268085.7元，并按中国人民银行同期贷款利率支付该款项自2014年9月11日起至判决生效之日逾期退还利息；
二、驳回本诉原告杭州建工集团有限责任公司长春分公司的其他诉讼请求；
三、驳回反诉原告长春晟辉公司有限责任公司的诉讼请求。
如果未按本判决指定的期限履行给付金钱义务，应当依照《中国人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费14493元，由本诉原告负担9172元，由本诉被告负担5321元；反诉案件受理费5993元，由反诉原告负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于吉林省长春市中级人民法院。
审 判 长 郭 帅
人民陪审员 王立军
人民陪审员 史 书
二〇一六年十二月二十三日
书 记 员 金秋月