宜昌市夷陵区人民法院
民 事 判 决 书
（2013）鄂夷陵民初字第01201号
原告（反诉被告）宜昌华宇建设工程有限公司（以下简称华宇公司）。
法定代表人董怀升，宜昌华宇公司董事长。
委托代理人傅强，湖北民基律师事务所律师，一般授权。
委托代理人张俊华，宜昌华宇公司员工，一般授权。
被告（反诉原告）宜昌绿环农业市场开发有限公司（以下简称绿环公司）。
法定代表人杨世松，绿环公司经理。
委托代理人李元安，湖北前锋律师事务所律师，特别授权。
委托代理人李海安，湖北百思特律师事务所律师，特别授权。
原告华宇公司与被告绿环公司建设工程施工合同纠纷一案，本院于2013年3月17日作出（2012）鄂夷陵民初字第00673号民事判决。原告华宇公司和被告绿环公司均不服，提起上诉。同年9月6日，宜昌市中级人民法院以原判决认定事实不清、程序违法为由，作出（2013）鄂宜昌中民二终字第00249号民事裁定书，发回本院重审。本院依法另行组成由审判员张红星担任审判长，审判员李怡、人民陪审员刘兴玉参加的合议庭，于2014年3月6日公开开庭进行了审理。原告华宇公司法定代表人董怀升的委托代理人傅强和张俊华、被告绿环公司法定代表人杨世松及特别授权的委托代理人李元安、李海安到庭参加了诉讼。因案情复杂，经本院院长批准延长审限六个月，本案现已审理终结。
原告华宇公司诉称，宜昌市夷陵区绿环农贸市场标准化改造工程系被告绿环公司申请投资开发项目，被告获准该项目批复后，于2011年4月21日委托招标代理机构宜昌胜捷工程咨询有限责任公司向包括原告在内的三家公司发出邀请招标公告，在招标文件中明确工程价款支付金额及方式为：1、双方合同签订后，待施工方进场施工后第十个工作日以预付合同总价的10%工程款；2、发包人每月按监理工程师审定的承包人完成进度工程价款的60%支付工程进度款；3、发包人在收到承包人竣工结算报告并在20天内确认后即支付结算总价80%工程款。招标文件还对其他事项进行了要求和约定。2011年6月30日，原被告双方签订了《建设工程施工合同》，确定合同价款为3117494.24元，但在合同的其他内容上有部分条款与招标文件进行了实质性变更，尤其在工程价款支付上对招投标文件进行了实质性的变更，上述《建设工程施工合同》签订后，因与招标文件严重不符而未能获得备案。2011年7月8日，被告在未取得施工许可证的前提下，要求原告进场施工。但在施工过程中，被告却出现多次违反招标文件或法律禁止性规定的行为，并最终导致该工程被安全监督管理站责令停工整改。原告认为，被告在签订合同时，对招投文件的内容进行了实质性的更改，违反了招投标法第四十六条的规定。同时在实际履行中，被告不办理施工许可证、不办理规划许可证，不按规定办理签证，不支付工程进度款，不落实资金来源，致使原告不能继续施工，被告的行为严重侵犯了原告的合法权益，故依法起诉，要求确认原、被告双方于2011年6月30日签订的《建设工程施工合同》无效，判令被告支付工程款2222970.62元，支付自2012年1月13日起至判决确定之日止期间的逾期付款利息，并判令对该建设工程具有优先受偿权，同时要求判令被告返还履约保证金及其他垫付费用25万元。原告提供证据如下：
1、关于绿环标准菜市场发改委批复（110号文件）、施工招标文件、中标通知书，证明招标文件确定了招标方式、工程地点、工程款的支付方式，原告依法取得了中标人的资格。
2、湖北省建设工程施工合同，证明工程款的支付方式与招标文件严重不相符，在具体的施工合同中不支付预付款，进度款支付的时间和金额彻底改变，以政府的拨款时间为准。办理施工许可证是发包人的义务，原告有协助义务。必减项目发包人已经做完，从总价中扣除与招投标法的规定相违背，已经做完的项目没有权利招投标。同时钢构应是按照我们投标报价为准，而不是被告确定的40多万元标准。
3、十二份工作联系函，证明对施工过程中的一些情况进地了协商和记录，协商情况包括要求延期申请，包括对合同要求重新签订补充协议，要求支付工程进度款，以及书面的文件。
4、工程款支付申请表。证明被告既没有按照招标文件的约定每月支付进度款，同时也证明了在原告要求支付工程款的情况下被告仍然拒绝支付。
5、停工整改通知书，证明没有办理施工许可证，所以关于工期的约定无效，停工原因是被告引起的。
6、图纸交底记录、工程查勘记录、工程量清单、会议纪要、工作联系单，证明施工地过程中双方的合作记录。
7、已完工程验收记录、验收会见单、验收证明，证明原告施工工程已经进行了移交，并且获得被告的认可。
8、被告向质监站出具的说明，证明配电工程分包已经获得了被告的同意，由昌耀电力公司施工，配电工程的工程款68万元。
9、工程量计算书和结算书，证明工程量及价款。
10、鉴定报告。证明配电工程发生费用25万多元，原告已支付了20万元给电力公司，还有5万多元是电缆工程，这一费用被告应当支付给我们。对钢屋面和人工费用调整有异议。
11、履约保证金单据、配电工程款单据、安全措施费单据，证明原告垫付费用的应当由被告返还。
被告绿环公司辩称，双方签订的《湖北省建设工程施工合同》有效。在合同签订过程中，双方对付款方式进行微调，并不影响整体合同的效力。原告在合同解除后，应当按照合同约定办理决算，起诉确认合同无效无法律依据。原告在起诉状中的陈述不属实，原告企图将双方没有完全按照招标文件约定付款方式，与背离合同实质性内容另行签订协议相混淆。合同之所以未能在住建局备案，主要原因不是原告陈述的合同条款，而是原告想撕毁原合同，不配合办理备案。进场施工的具体时间是基于双方在合同中的约定，责令停工是由于原告拒绝配合办理施工许可证，并非被告主观上不想办。原告陈述被告大量增加工程量，从宜昌长江建设项目管理有限公司出具的鉴定报告可以看出，不存在大量增加工程量的情形。绿环市场改造工程已按规定办理了规划许可证，从原告所举证据也可以看出，被告已经为其办理了签证。支付工程款应当依照约定进行，被告已支付134.2万元。原告诉称被告“不办理规划许可证，不按规定办理签证，不支付工程进度款”不属实。工程款的支付应当按照合同约定，根据鉴定确定的工程总造价减去被告已支付的工程进度款，扣除质保金或者工程维修费用。原告只承担了建设绿环市场部分改造工程，整个基建工程和其他改造工程系他人建设完成，绿环市场作为菜篮子工程，依法不宜拆分拍卖。原告主张对工程具有优先受偿权应当自建设工程竣工之日起或者建设工程合同约定的竣工之日起计算，原告起诉时工程没有竣工，双方约定竣工日期是2011年10月8日，原告起诉是2012年4月17日，超过了六个月的除斥期间。由于原告存在违约行为，其支付的履约保证金应不予退还。原告所支付的费用均包含在合同约定的工程总价款中，被告没有另行支付的义务。被告提供证据如下：
1、夷发改投资（2010）111号文件、规划许可证、关于绿环菜市场标准化工程工程造价评审报告、施工招标文件、投标文件、中标通知书、湖北省建设工程施工合同。证明双方签订合同的主体合格，合同内容不违反我国法律效力性强制性规定，签订程序合法，建设项目通过立项和规划；合同价款和项目资金来源；合同约定的工程开工和竣工日期；合同约定承包人误期超过10%的，履约保证金不予退还；工程量的变化幅度在±10%以内时，其综合单价不作调整；财政审定工程造价为315.54万元，原告投标价为3117494.24元；承包人误期按合同总价的20%承担发包人损失，加上延期交房损失；钢构价款为493089.49元，原告投标价为321881.01元，原告同意在合同总造价不变的情况下，按493089.49元扣减工程款，原告的投标报价应按扣减比例予以减少。
2、原告向被告送达的解除建筑工程承包关系的函、原告单方制作的建筑工程施工合同补充协议书。证明施工合同有效，双方已解除施工合同关系，原告要求签订改变施工合同实质内容的补充协议，被告不同意。
3、银行进账单、收据，夷陵维稳动态第33期，关于立即办理《施工许可证》所需资料暨立即派专人共同进行工程进度审核的通知，原告回函，建筑工程质量整改通知。证明原告没有按合同约定缴足合同价款10%的履约保证金；原告没有履行协助被告办理施工许可证的义务；原告书面拒绝提供办证资料，拒绝派人审核工程进度；原告施工质量不合格，被质监站勒令边施工、边整改。
4、编号为2011-001、2011-002的工程款支付申请表和形象进度工程量统计表，三张收款收据，财政直接支付凭证。证明被告已按合同约定履行了支付工程进度款的义务。
5、关于宜昌市夷陵区绿环市场标准化改造工程造价的鉴定报告。原告实际完成工程量价款为1935740.26元，而被告已支付工程进度款134.20万元。
6、宜昌绿环标准化菜市场改造工程未完成工程《施工招标文件》及开工令，宜昌市夷陵区绿环市场改造工程现场录相，房屋所有权证，租赁合同，损失明细。证明原告因停工给被告造成损失。
7、水电费凭证。证明原告在施工期间及停工后产生水电费23451.40元均由被告垫付。
8、鉴定费发票。证明被告垫付了鉴定费用8万元。
9、转账支票存根，收据，区菜场建设与管理工作领导办公室出具的意见。证明被告于2013年2月1日追加支付工程款10万元。
10、关于工作联系函的回复，关于催促立即复工的函，请示。证明原告既不按合同约定履行协助被告办理施工许可证的义务，也不履行区维稳办及相关职能部门组织双方达成的协调方案；原告拒绝对前期工程进度进行审核。
11、转账支票存根，收款收据，发票。证明被告于2013年8月6日、8月8日向配电工程施工人昌耀公司支付配电工程款215000元，并承担了配电设施费3180元。
12、改造工程质量修复函及回函，维修工程照片，修理费发票。证明被告通知原告履行保修义务遭到原告拒绝；被告垫付了工程维修费用3975元。
13、建筑工程施工许可证。证明绿环市场改造工程未完工程通过重新招投标后，顺利办理了施工许可证。
反诉原告绿环公司诉称，绿环农贸市场标准化改造工程是市区两级人民政府通过“以奖代补”的形式扶持建设的项目。通过立项、规划、招投标程序确定由被反诉人中标，反诉人与被反诉人依法签订了《湖北省建设工程施工合同》。合同约定：开工日期为2011年7月8日，竣工日期为2011年10月8日，合同工期为90天；合同价款为3117494.24元；反诉被告有义务协助反诉原告办理施工许可证以及其他施工所需证件、批件；误期赔偿费5000元／天，误期赔偿费最高限额为合同价款的20%，另外再计取因误期造成发包人延期向业主交房所产生的责任与损失；因承包人原因导致工期延误超过总工期10%的，发包人有权单方解除合同，履约保证金不予退还；合同价款采用承包范围内固定单价承包。合同签订后，双方在宜昌市夷陵区招投标中心办理了施工合同备案手续。由于工期紧任务重，经相关部门同意，双方商定边施工边办理施工许可证。2011年7月8日，反诉被告如期开工。在反诉被告施工期间，反诉原告均按合同约定向被反诉人支付了工程形象进度款。由于反诉被告不按规定办理安全报建手续，并拒绝向反诉原告提供办理施工许可证所需的应由施工方提供的相关资料，该工程一直未能办理施工许可证。2011年11月24日，夷陵区质监站向反诉被告下达了停工令。2011年11月30日，反诉被告在施工146天后停工，其在停工当天已误期56天。反诉被告停工后，反诉原告多次找反诉被告协商，要求其立即提供办证所需资料，并请求区政府及区直相关部门协调尽快办证，尽快恢复施工。但反诉被告出尔反尔，拒不配合，声称除非同意重新签订施工合同，追加工程款，否则不予配合。现反诉原告根据合同法第107条和民事诉讼法第52条之规定，特提起反诉，请求依法确定双方于2011年6月30日签订的湖北省建设工程施工合同有效、判令反诉被告立即支付误期赔偿费1539156.45元、立即终止与配电工程专业分包人签订的专业分包合同、立即支付水电费23451.40元。
反诉被告华宇公司辩称，反诉原告的诉讼请求不能成立。其一，双方所签订的《建设工程施工合同》与中标合同不一致。其二，反诉原告没有办理施工许可证，合同约定的开工的时间和工期都是无效的。反诉被告不存在违反工期的相关规定，所以不存在向反诉原告支付误期赔偿费。因为反诉原告不按照规定向其支付工程进度款，其在施工过程中因为工人的工资等问题无法解决，导致了停工。反诉原告主张的垫付的水电费用，其签字的认可，没有签字的不认可。
被告绿环公司质证认为：原告提供的第一组证据都是复印件，应当以原件为准，招标文件只是法律规定的要约邀请，不具有合同效力。对第二组证据真实性不持异议，但并不能证明合同内容违反法律强制性规定，钢构属实际发生，政府以奖代补并不违法。第三组证据不符合证据客观性特征，系原告单方制作，被告方不予认可。对第四组证据的前两期工程款支付申请表没有异议，对第三期申请表因为这份表存在严重的虚报，虚报金额多达200万元，原告当时已停工，而且拒绝配合办理施工许可证；被告收到第三份申请表后要求原告派人核实，原告没有派人，被告仍支付了30万元工程进度款，累计支付工程进度款124.2万元。农民工工资与本案没有关联性，而且系原告单方制作，缺乏客观性。对第五组证据真实性没有异议，但对原告所有证明的内容有异议。施工许可证没办下来不是被告主观上不想办，而且客观上存在原告不予配合的现实情况。双方履约必须严格按照合同约定，不能据此判定工期约定无效。第六组证据的真实性以被告方签字认可的原件为准。第七组证据，以被告签署意见的原件为准，验收以政府验收为准，被告只是预验收。对第八组证据的真实性不持异议，但配电工程的工程款应当以财政审计和双方签订的合同为准。第九组证据缺乏客观性，系原告方单方制作，如果上面有被告方签字盖章或注明，被告方认可。对第十组证据真实性不持异议，人工调增费用确定与否应当结合相关规定，被告方认为原告方没有按规定履行通知义务，被告方依法有权决定不予调整。第十一组证据不能证明原告所要证明的内容，履约保证金没按合同约定缴足，配电工程款和安全措施费包含在合同总价中。
原告华宇公司质证认为：对被告提供的第一组证据真实性不持异议，但合同是无效合同，工期约定也无效。对第二组证据真实性不持异议，以往以有效合同处理不影响今天本案的审理，原告为了工程的顺利实施要求签订补充协议，但被告不予签订，导致合同不能备案。对第三组证据真实性不持异议，夷陵维稳动态叙述的内容与事实不符，工程质量改正通知并不是说我们质量不合格，而是指出施工中的问题进行整改，因为合同有问题要签订补充协议，所以施工许可证没有办下来。对第四组证据的真实性不持异议，证明关联性有异议，被告已经支付的工程款数额124.2万没有异议，工程款支付时间既没按招标文件规定，也没有按合同约定，而且付款全部是财政拨款，被告没有支付工程款。第五组证据跟原告举证证明内容一致，原告对第三部分内容有异议外认可其他内容。对于第六组证据真实性无法核实，关联性有问题，合同工期不能按照合同计算。第七组证据，对原告方签字认可的负责，没有签字的不认可。对第八组证据，鉴定费8万元是由被告方申请的，应当由人民法院裁定。对第九组证据没有异议。第十组证据工作联系函没有收到，立即复工函已收到并回复，请示是被告单方面制作，我们不清楚。对第十一组证据，是合同解除之后昌耀电力直接与被告联系，原告没有委托被告垫付费用，双方怎么付款与原告没有关系。第十二组证据不属实，交付时被告已经接受，我们履行了保修义务，维修材料不是我方要求买的，同时也不知道是否用于该项工程。第十三组证据与本案无关联。
原、被告双方当事人提供证据可以确认双方存在建设工程施工合同关系，也可以基本反映双方在履行合同过程中分歧。据此查明的事实如下：
2010年10月26日，宜昌市夷陵区发展和改革局向被告宜昌绿环市场开发公司下达夷发改投资（2010）第111号“关于夷陵区绿环标准菜市场改造工程基本建设投资计划的批复”文件，明确了宜昌市夷陵区绿环标准菜市场改造工程项目的名称、业主、建设地点、建设内容及规模、总投资及资金来源等内容，其中同意该项目核算总投资315.5万元，资金来源为：上级补助157.8万元、区财政补助63.2万元，公司自筹94.5万元。被告在获准该项目批复后，于2011年4月27日作为招标人委托招标代理机构宜昌胜捷工程咨询有限责任公司向原告及其他两家公司发出了施工招标文件，包括施工投标邀请函、投标须知、投标文件详细审定细则、合同、工程量清单、图纸、工程技术要求及工程技术规范、投标文件格式。合同专用条款第58.2.1条第⑴项约定“在工程质量和技术资料（含竣工图）经发包人及监理工程师认为合格的前提下，发包人按下列时间支付工程款：1、甲乙双方合同签订后，待施工方进场施工后第十个工作日预付合同总价的10%工程款；2、发包人每月按监理工程师审定的承包人完成进度工程价款的60%支付工程进度款；3、发包人在收到承包人竣工结算报告并在20天内确认后即支付至结算总价80%工程款；4、竣工结算在审计机构审定后，即支付除5%的质保金外的全部余款。未约定的其他事项按《建设工程价款结算暂行办法》（财政部建设部财建（2004）369号）执行；5、质保金的退付按国家相关规定执行。
原告在收到上述施工投标邀请函和招标文件后，于2011年5月17日作为投标人向对方发出了投标函和投标文件。同年5月31日，被告作为招标人和招标代理机构宜昌胜捷工程咨询有限责任向原告下达中标通知书，确定了被告作为业主的宜昌市夷陵区绿环农贸市场标准化改造工程的施工业务由原告中标，并通知在15日内双方洽谈签订施工合同后报招投标监督机构备案。同年6月30日，原告作为承包人与作为发包人的被告签订了一份《建设工程施工合同》，合同约定：一、工程概况：1、工程名称：宜昌市夷陵区绿环农贸市场标准化改造工程。2、工程地点：宜昌市夷陵区小溪塔人寿桥路40号。3、工程规模：改造面积9463平方米，其中地面铺装面积4228平方米。4、资金来源：上级补助及公司自筹。二、工程承包范围：招标文件规定范围内的工程内容。三、合同工期：开工日期2011年7月8日；竣工日期2011年10月8日，合同工期总日历天数90天。四、工程质量：工程质量标准达到设计要求及国家现行施工验收规范的合格标准。五、合同价款：合同价款3117494.24元，其中安全防护、文明施工措施费41982.87元。六、组成合同的文件：组成本合同的文件与本合同第二部分通用条款和第三部分专用条款的第2.1款规定一致。七、发包人承诺：发包人向承包人承诺按照本合同约定的期限和方式支付合同价款及其他应支付的款项，履行本合同所约定的全部义务。八、承包人承诺：承包人向发包人承诺按照本合同约定施工竣工，在质量保修期内承担工程质量保修责任，履行本合同所约定的全部义务。九、合同生效：双方约定本合同自双方签字盖章之日起生效。十、合同备案：本合同生效后送夷陵区公共资源交易中心备案。在上述施工合同的通用条款部分双方明确了组成合同文件的具体内容、合同主体、工期、造价、合同争议的解决等各项内容，另外在上述施工合同的专用条款部分，原、被告双方则对发包人、承包人各自应完成的各项具体工作、工程计量和计价的依据、合同价款与调整等内容作了具体和明确的约定，其中在工程价款支付部分约定为：1、发包人向承包人支付工程预付款的具体时间和金额：不支付预付款；2、双方约定工程进度款支付的具体时间和金额：在工程质量和技术资料（含竣工图）经发包人及监理工程师认为合格的前提下，发包人按下列时间支付工程款：①以政府拨款时间为准，政府拨款后按完成进度款的60%支付工程进度款。②发包人在收到承包人竣工结算报告并政府拨款到位后20天内支付其结算总价80%的工程款。3竣工结算在审计机构审定后，即支付除5%的质保金外的全部余款。未约定的其他事项按《建设工程价款结算暂行办法》（财政部建设部财建（2004）369号）执行。4、质保金扣留为应付工程款的5%，质量缺陷责任期和保修期均为24个月，从项目竣工验收合格后交付使用之日算起，保修期内因承包人工程质量问题而保修的，相应保修期从修复之日起计算，时间顺延。发包人在质量缺陷责任期满后14天内将质保金返还给承包人。双方还对提前竣工和误期赔偿进行了约定：提前竣工每日奖励2000元，最高限额20000元；误期赔偿每日赔付额为5000元，最高限额为合同价款的20%，另外再计取因误工造成发包人延期向业主交房所产生的责任与损失。在签订该合同之前，原告对被告提供的格式《建设施工合同》相关内容提出质疑，认为与招标文件中的合同不一致，如合同价款的调整、工程价款的支付、安全防护和文明施工措施费的约定、提前竣工与误期赔偿的约定等等。
原、被告双方签订《建设工程施工合同》之后，原告即于2011年7月8日组织人员和设备正式进场施工。因夷陵区农贸市场标准化改造工程系“菜篮子”民生工程，工期紧且任务重，故原、被告系边施工边办理施工许可证、施工合同备案等相关手续。同年7月14日原告依约向被告交纳履约保证金20万元。同年7月21日，原、被告将签订的《建设工程施工合同》在宜昌市夷陵区公共资源交易管理办公室进行了政府采购合同备案登记。
原告在进场施工两个月后，原、被告之间开始为施工许可证的核发、部分合同条款具体内容的变更、工程量的调整、工程价款的支付、相关行政审批手续的办理等问题发生争议。
同年10月8日，原告向被告和监理单位宜昌三大工程建设监理公司报送了工程临时延期申请表及工程延期证明材料，以市场边营业边改造影响施工作业、工程款拨付周期长致使资金周转困难、工程量增加比例大影响施工计划等原因，申请延长竣工日期至同年12月8日。被告方工作人员在该申请表上签署了“此工期止日在结算时，甲乙双方可以酌实情协商考虑、分辨”的书面意见。同时，原告起草了一份《建筑施工合同补充协议》，要求对双方签订的《建设施工合同》作如下变更：1、竣工日期由2011年10月8日延期至2011年12月8日；2、第三部分专项条款第58.1条变更为“甲乙双方合同签订后，待施工方进场施工后第十个工作日预付合同总价的10%工程款”；3、第58.2.1-1条变更为“发包人每月按监理工程师审定的承包人完成进度工程价款的60%支付工程进度款”。其他按原合同履行。被告没有同意。
自2011年8月3日至同年10月17日，原告与被告以书函形式对前述争议进行了沟通。原告主要意见集中体现在2011年10月16日给被告的工作联系函中：1、双方签订的《建设工程施工合同》有关条款与法规不符，速签补充协议；2、延期报告，被告未给予回应；3、递交二次进度款支付报告，被告应同监理审核支付；4、监理单位未履行职责；5、未经其允许，被告不应擅自组织人员施工，以免造成质量缺陷；6、10KV配电工程属电力专业工程，其形式上受被告委托代管该项专业工程，要求被告及时支付电力工程专款；7、被告应协助处理好一期工程收尾工作，不应口头上相互指责；8、要求被告积极为其开辟新工作面，迅速拨付工程资金。被告认为原告所陈列的上述情形与实际不符，因原告自身原因已超工期10%，而工程量仅完成50%，要求原告安排主要负责人来洽商分歧，严格履行合同。
同年10月28日，宜昌市夷陵区质监站向原告下达了建筑工程质量整改通知，责令原告对通知上所列8项主要问题边整改、边施工。当天，原、被告双方及监理公司、设计单位等对已完工程进行了验收，质量为合格。同年11月5日，原、被告双方对已完工程进行了移交。同年11月24日，宜昌市夷陵区质监站以未办理施工许可证和质量报建为由向原告华宇公司下发了建筑工程安全监督停工整改通知书。同年11月30日正式停工。
原、被告双方继续因合同条款内容、工程量的调整、施工手续的报批等问题产生严重分歧。2011年12月9夷陵区维稳办召集原、被告及相关职能部门协调解决原、被告在履行建设工程施工合同中产生的问题，并提出如下建议：1、区住建局督促原告尽快向被告提供相关资料，由区定额站及时为被告颁发施工许可证；督促质量监督站依法为原告办理复工通知书；督促原告组织力量恢复施工。2、区经信局负责协议原、被告之间的关系，确保工程顺利进行。3、被告按合同约定向原告支付工程进度款，不得拖欠。同年12月20日，被告向原告送达“关于催促立即复工的函”，希望原告能够按照双方于2011年12月9日上午在区调处中心达成的调处意见，各级协助和配合被告做好以下工作：1、带齐相关资料配合绿环公司办理施工许可证；2、积极组织力量及早复工；3、复工后安排专人对前期已完成的工程按合同约定进行概算。同年12月28日，原告回复称，未按招投标文件重新签订《建设工程施工合同》、未办理合法施工手续、未按招投标文件支付工程款之前，拒绝被告上述要求。2012年1月15日，被告向原告送达了“关于立即提供办理施工许可证所需资料暨立即派人共同进行工程进度审核的通知”，要求原告遵守合同约定，迅速配合办理施工许可证尽早复工，否则将以合同目的不能实现及不能履行合同主要义务为由解除与原告签订的《建设工程施工合同》，同时被告将该通知内容向相关部门进行书面汇报。原告在收到被告绿环市场开发公司的上述通知后，于2012年2月4日书面回函给被告，并明确提出在未按招投标文件重新签订建设工程施工合同、未办理合法施工手续、未按招投标文件支付工程款并落实建设资金来源前，拒绝被告的上述要求。至此，原、被告之间的分歧虽然经相关部门和人员组织协商但无法调和。2012年2月9日，被告向相关部门送达了“关于解除《湖北省建设工程施工合同》的请示”。2012年4月10日，原告向被告送达了“关于解除建筑工程合同承包关系的函”，并要求被告在收到此函之日起2日内付清已完工的全部工程款2151089.61元。
2012年4月17日，原告诉至本院，要求确认原、被告双方于2011年6月30日签订的《建设工程施工合同》无效，要求被告支付工程款2222970.62元和自2012年1月13日起至判决确定之日止期间的逾期付款利息，并判令对该工程具有优先受偿权，同时要求被告返还履约保证金和垫付费用25万元。审理过程中，被告提出反诉，要求确认原、被告双方于2011年6月30日签订的《建设工程施工合同》有效，判令华宇公司向其支付误期赔偿费1539156.45元（合同价款×20%＝623498.85元＋逾期向商户交房损失915657.60元）、水电费23451.40元，同时要求原告立即终止与配电工程专业分包人签订的专业分包合同，并承担本案鉴定费用80000元。
庭审中被告对原告已完成的工程量和工程造价有异议，向本院提出了鉴定申请，要求本院委托有资质的鉴定机构对原告已完工程中的外墙面装饰工程的外墙涂料工程量、摊位工程中的隔断工程量、市政及电力工程中的水泥混凝土施工工程量、配电工程和电缆沟工程量及已完工程的总造价进行鉴定。本院准许后依法委托宜昌长江建设项目管理有限公司对上述鉴定内容进行了鉴定。2012年8月27日，宜昌长江建设项目管理有限公司出具了宜长建管司鉴字（2012）第005号“关于宜昌市夷陵区绿环农贸市场标准化改造工程造价的鉴定报告”，鉴定机构能够确定的工程造价总额为1935740.26元，按已完成上述工程价款，依据鄂建文（2011）80号文的规定调整人工费金额为84654.45元。对人工调整费84654.45元是否应计入应付工程款中，原、被告双方各执己见。原告认为应当计入应付工程款之中，被告认为原告没有按合同约定在规定时间内通知发包人或者未在规定时间内提出调整报告。
另查明：（一）关于工程进度款的支付情况。原告申报情况：2011年8月28日申报已完工程量价款877022.0159元，要求支付工程进度款526213元（已完工程价款的60%，下同）；同年10月10日申报已完工程量价款339923.3258元，要求支付工程进度款203953.99元；同年12月30日申报已完工程量价款1334695.499元，要求支付工程进度款800817元。被告支付明细：2011年7月27日付10万元；同年8月30日付4.2万元；同年9月22日付50万元；同年11月11日付30万元；2012年12月12日付30万元，合计124.2万元。诉讼过程中，为解决拖欠农民工工资，被告于2013年2月4日向原告支付10万元。（二）合同专用条款第55条第9款规定，合同签订后国家的法律、法规、规章、政策发生变化影响工程造价的，应按省级或行业建设主管部门或其授权的工程造价管理机构发布的规定调整合同价款。（三）关于10KV配电工程专业分包问题已解决，被告第3项反诉请求予以放弃。（四）原、被告双方一致同意解除《建设工程施工合同》后，对未完工程，被告重新通过招投标，由宜昌兴达市政工程有限公司中标、承包。（五）被告支付司法鉴定费用8万元，垫付原告施工期间和停工后留守期间水电费23451.40元。（六）2013年5月26日，被告函告原告，要求对有质量问题的工程予以维修。同年6月3日，原告回函称被告所述质量问题不存在。被告对存在质量问题的部分工程进行了维修，支付电器材料款3975元。
本院认为，本案争议的焦点之一，关于合同的效力问题。本案诉争的宜昌市夷陵区绿环农贸市场标准化改造工程，系经当地政府立项批复、财政扶持的建设项目，原、被告通过合法的招投标程序，由原告中标承建。原、被告以招投标文件为基础，签订的《建设工程施工合同》系双方真实意思表示，工程范围、工期、工程价款、工程项目性质等主要内容均与招投标文件没有发生实质性变更，应为有效合同。至于施工许可证的办理、合同的备案均属于行政法规上管理性规定，不属于效力性规定，是否取得施工许可证和在行政主管部门对合同进行备案，不影响合同的效力。原告要求确认合同无效的理由不能成立，本院不予采信，被告要求确认合同有效的理由成立，应予支持。《建设工程施工合同》中关于工程进度款的支付与中标合同不一致，参照《湖北省高院民事审判工作座谈会会议纪要》第35.2条之规定，应以中标合同为依据，即：1、甲乙双方合同签订后，待施工方进场施工后第十个工作日预付合同总价的10%工程款；2、发包人每月按监理工程师审定的承包人完成进度工程价款的60%支付工程进度款；3、发包人在收到承包人竣工结算报告并在20天内确认后即支付至结算总价80%工程款。
焦点之二，合同解除的原因及时间。原告在进场施工后不久，即与被告在履行合同中为诸多方面问题发生争议。虽然双方通过来往信函反映存在分歧、意见，但是均是一方站在己方的立场表明观点，都未从实际着手解决存在的问题。争议最大的如工程量是否存在增加、施工许可证的办理、工程进度款的支付等方面。因这些方面存在根本性分歧，以致不可调和，合同难以为继。为此，原、被告均同意解除合同，故双方签订的《建设工程施工合同》应于2012年4月10日原告对被告2012年1月15日解除合同的要约予以承诺时终止。
焦点之三，合同解除的责任。1、本案涉及的建设工程虽系政府扶持的一项惠民工程，在行政许可方面相关行政职能部门给予了便利，但是相应的行政许可仍要依法进行。如施工许可证的办理和工程质量报监等，根据《中华人民共和国建筑法》规定，应属于建设单位的法定义务，而施工单位只是协助和配合。2011年11月24日，相关行政职能部门以绿环农贸市场改造工程未依法办理施工许可证、未办理质量报监为由，通知原告停工整改，而原告在此之前，多次函告督促被告办理施工许可等手续未果。故该建设工程被职能部门责令停工的主要责任在被告。被告辩称系原告不予配合，没有提供证据证实，本院不予采信。2、原、被告在签订《建设工程施工合同》时，变更了工程进度款的支付方式，原告在履行合同过程中，多次要求按中标合同的约定支付进度款的理由成立。从被告支付工程进度款具体时间反映，确有与中标合同不符之处，如“双方合同签订后，待施工方进场施工后第十个工作日预付合同总价的10%工程款”，即在2011年7月18日应付31万元左右，而被告在2011年7月27日仅付10万元，存在较明显的违约行为。其后，原告三次申请支付工程进度款，并提供了自行编制已完工程量及造价，被告应当按合同约定通过监理工程师对原告提供的工程量予以审核后，按60%支付工程进度款。庭审查明，此方面的工作被告未依约履行，以致于双方在工程进度款的支付上发生严重分歧，主要责任应在被告。尽管原告停工后，被告已支付原告已完工程造价的60%以上的工程进度款，也不能否定上述违约行为。3、相关职能部门介入原、被告的纠纷进行调停，在达成基本调解方案后，被告依调解方案要求原告协助办理施工许可、安排人员核实工程进度确定支付工程进度款、组织人员复工，原告仍坚持未按招标文件重新签订施工合同、办理合法施工手续、落实资金来源之前予以拒绝，以致分歧无法进入实质性解决阶段，合同不能继续履行，对此原告也有责任。4、合同约定的竣工期限届满后，原告书面向被告提出了延期申请，并提交了相关工程延期的证明，被告书面回复否认原告要求延期的理由，虽然双方争议的理由无法核实清楚，但是至2011年10月8日竣工期限届满时，从原告第二次申请工程进度款时（2011年10月10日），提交已完工程量价款约为1216945元左右，可以确定原告施工进度不足合同约定工程量的50%。主要原因属原告在施工准备、施工管理等方面存在问题，在工期上有违约行为。
焦点之四，合同解除后的处理。1、根据《中华人民共和国合同法》第九十七条、第九十八条之规定，合同的权利义务终止，不影响合同中结算和清理条款的效力，受损一方有要求对方承担违约责任、赔偿损失的权利。原告承建并办理了移交手续的工程，被告应据实向原告支付相应工程款。原告诉请判令被告给付其工程款2222970.62元，因双方对已完工程量和工程造价存在严重分歧，根据被告的申请，本院委托宜昌市长江建设项目管理有限公司进行鉴定，鉴定报告认定能够确定的工程造价为1935740.26元，不能够确定的人工调整费84654.45元。其中不能够确定的人工调整费，根据合同专用条款第58条的约定及鄂建文（2011）80号文，该人工调整费应计入原告已完工程价款之中。所以原告已完工程价款，本院以鉴定报告为基础确认2020394.71元。被告以原告未在规定时间内通知其而不予确认人工调整费84654.45元的抗辨理由不能成立，本院不予采信。被告方已经支付的工程款1342000元，还应向原告支付工程款678394.71元。被告抗辩称按合同约定应扣留应付工程价款5%的质保金的问题。本案中质量缺陷责任期应从2011年11月5日起开始计算，应于2013年11月4日届满。被告应按合同的约定，于质量缺陷责任期届满后第14日将质保金退还原告。虽然被告提出该抗辩理由时质量缺陷责任期未届满，但是现在质量缺陷责任期已经届满，故被告抗辩要求扣留工程价款5%的质保金的理由本院难以再支持。2013年5月26日，被告在质量缺陷责任期限内对存在质量缺陷的工程向原告发出书面整改信函，在原告拒绝的情况，被告自行处理所花费的材料款3975元要求原告承担的理由成立，本院予以支持。故被告尚应向原告支付工程款674419.71元。因双方解除合同后，工程款一直没有办理结算，在未经司法鉴定之前，原告所完成的工程量及工程价款也无法确定。且在合同解除之前，被告为督促原告复工，要求原告派人共同进行工程进度审核，以确定如何支付工程价款，而原告不予配合，以实际行为表明不再履行合同。故原告要求被告支付所欠工程款的利息，理由不能成立，本院难以支持。2、合同解除后，原告向被告交纳的履约保证金20万元，被告应予返还。被告辩称因原告在合同解除后，没有履行工程保修义务而享有拒绝支付履约保证金的权利，合议庭不予支持。其一，因为该保证金的是对履行合同的担保，而不是质量保证金。其二，因原、被告双方已协商一致解除合同，终止对合同的履行，被告依据合同占有的履约保证金应予返还。3、原告主张的建设工程优先受偿权的问题。对于合同的解除，原、被告双方均有责任。参照《最高人民法院全国民事审判工作纪要》第四条第二款之规定的精神，原告此项请求，本院不予支持。4、原告主张的其他垫付费用，包含在合同约定的总价款中，要求被告返还的理由不能成立
焦点之五，被告的反诉请求问题。1、关于要求确认合同有效的理由成立，本院予以支持。2、关于赔偿误期损失问题。因原告确实存在误期行为，虽然在支付工程进度款过程中，被告有违约行为，但是在解除合同时，被告已经支付了工程款1242000元，超过了完成进度工程价款的60%，原告抗辩被告没有按约定支付工程进度款以致工期延误的理由不能完成立。综前所述，工期延误原因是多方面的，既有原告的责任，也有被告的责任。故被告要求原告按《建设工程施工合同》约定，承担合同价款20%的损失费，本院难以全部支持，酌情按已完工程总价款2020394.71元的10%，即202039元予以支持。被告主张的延期向商户交房损失因证据不足，不予采信。被告诉请判令原告立即终止与配电工程专业分包人签订的专业分包合同，因在本案审理过程中，被告已与配电工程专业分包人解决了配电工程问题，并在庭审中表示不再主张这一诉讼请求，本院口头裁定予以准许撤回该项诉讼请求。对于被告为原告在施工期间垫付以及在工程竣工后原告相关留守人员产生水电费用23451.40元，证据充分，原告理应偿还。
原、被告对已完工程量和工程价款产生分歧而导致了司法鉴定程序的启动，因此而产生的鉴定费用80000元，本院按照实际应付工程款所占原告主张的工程款比例分担（774419.71／2222970.62＝0.35，80000×0.35＝28013），由原告负担51987元，被告绿环公司承担28013元。
综上，本院根据《中华人民共和国合同法》第九十三条、第九十七、第九十八、第一百零七条、第一百一十四条、《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释（二）》第二十二条、《最人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条、第十八条第（三）项、第二十一条之规定和《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十二条之规定，判决如下：
一、原告宜昌华宇建设工程有限公司与被告宜昌绿环农业市场开发有限公司2011年6月30日签订的《建设工程施工合同》有效。
二、被告宜昌绿环农业市场开发有限公司向原告宜昌华宇建设工程有限公司支付工程款人民币674419.71元。
三、被告宜昌绿环农业市场开发有限公司退还原告宜昌华宇建设工程有限公司履约保证金人民币20万元。
四、原告宜昌华宇建设工程有限公司向被告宜昌绿环农业市场开发有限公司赔偿误期损失人民币202039.47元、支付水电费用23451.40元，合计225490.87元。
五、司法鉴定费用人民币80000元，原告宜昌华宇建设工程有限公司负担51987元，被告宜昌绿环农业市场开发有限公司28013元。该费用被告宜昌绿环农业市场开发有限公司已垫付，原告宜昌华宇建设工程有限公司在履行赔偿义务时，一并返还。
六、驳回原告宜昌华宇建设工程有限公司其他诉讼请求
七、驳回反诉原告宜昌绿环农业市场开发有限公司其他反诉请求。
上述内容，限本判决发生法律效力后十日内履行完毕。
如果赔偿人未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件本诉受理费人民币13292元，由原告宜昌华宇建设工程有限公司负担，反诉受理费人民币9432元，由被告宜昌绿环农业市场开发有限公司负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于湖北省宜昌市中级人民法院。
审 判 长 张红星
审 判 员 李 怡
人民陪审员 刘兴玉
二〇一四年八月十一日
书 记 员 姜 静