四川省德阳市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）川06民终1097号
上诉人（原审原告）：四川聚之盛太安建设有限公司，住所地：四川省德阳市天山南路三段79号。
法定代表人：周万领，总经理。
委托诉讼代理人：郑本万，四川世星律师事务所律师。
被上诉人（原审被告）：德阳东防电机制造有限公司，住所地：四川省德阳市嘉陵江路北侧。
法定代表人：牛勇,总经理。
委托诉讼代理人：李杨，四川海岷律师事务所律师。
上诉人四川聚之盛太安建设有限公司（以下简称四川聚之盛太安公司）因与被上诉人德阳东防电机制造有限公司（以下简称德阳东防公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服德阳市旌阳区市人民法院（2016）川0603民初231号民事判决，向本院提出上诉。本院于2017年5月19日受理后，依法组成合议庭，进行了审理。上诉人四川聚之盛太安公司的委托诉讼代理人郑本万，被上诉人德阳东防公司委托诉讼代理人李杨均到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
上诉人四川聚之盛太安公司上诉请求:撤销德阳市旌阳区人民法院（2016）川0603民初231号民事判决第五项，并改判被上诉人支付上诉人政府性调差款1150882元及利息，被上诉人支付上诉人前期垫付款355677.33元及利息。事实和理由：《建设工程施工合同补充协议书》（补充协议一）明确约定了政府性调差，上诉人也申请了鉴定，对材料、人工等上涨情况进行了鉴定，一审法院对此不予认可属于认定事实错误。上诉人在仲裁裁决以外提出的垫付费用，一审法院未进行审查，属认定事实不清。故请求二审法院对以上事项审查后予以改判。
被上诉人德阳东防公司辩称，一审认定事实正确，适用法律正确，故应驳回上诉，维持原判。
原审原告四川聚之盛太安公司向一审法院起诉请求：1.判令被告支付原告建设工程施工中新增厂区附属工程、配电房、室外公共卫生间、大门及围墙等（下称新增附属工程）共计欠款1279890元及利息;2.判令被告支付原告建设工程施工中因政府性调差工程款共计1412976元及利息；3.判令被告支付原告厂房装饰工程款370925.57元及利息；4.判令被告支付原告安全文明施工措施费122614元；5.判令被告支付原告工程质保金520000元；6.判令被告支付原告前期垫付工程款项共计520277.33元及利息；7.判令被告退还违约金317500元及利息；8.本案诉讼费、鉴定费、保全费由被告承担。
一审法院认定事实：2007年4月28日，原告与被告就被告德阳东防公司的生产车间、厂房、综合楼建设签订了《建设工程施工合同》，合同约定，全部工程竣工验收日期为2007年9月30日；安全施工措施费按工程总结款采用固定包干价格，共计620万元，同时约定合同价款中包括的风险范围为材料价格的风险。同时约定在合同履行过程中发生的争议，由双方当事人协商解决，协商不成的，按下列方式解决：1.提交德阳市仲裁委员会仲裁；2.依法向人民法院起诉。该合同第三部分专用条款第五条约定，安全施工措施费按川府发[2004]20号文件的有关规定执行，按不低于总造价的1.5%计取，由甲方在工程预算外支付，乙方专款专用。
后原、被告又协商签订《建设工程施工合同补充协议书》（以下简称补充协议一），协议约定，工程承包范围包括施工图范围内的土建、水、电安装工程。实行包人工、包材料、包机械、包工期、包施工质量、包安全、包文明施工、包施工技术措施的承包性质，承包方式为施工图预算+政府性调差+有效经济签证，扣除原告四川聚之盛太安公司在本合同中对被告德阳东防公司的优惠约定。工程费用有四部分：（1）施工图预算（所有工程量均以施工量预算工程量为准）；（2）工程款按2007年4月28日合同为准，补充：因建筑材料、人工工资涨价追加工程款15万元，新增工程款收费按2000年标准下浮5%结算；（3）免收赶工补偿费；（4）施工图范围内（承包范围内）的水、电费用由原告四川聚之盛太安公司承担；即合同工程总价变更为635万元，工程最后余款52万元作为工程质保金，质保期到后一次支付；质保期从工程移交完毕双方签字之日起计算，在保修期满5年时一次性返还。合同还约定将竣工验收日期延期至：钢构车间为2007年12月30日，框架为2008年2月28日。同时约定，该协议所发生的争议，双方各本着公平、公正等价有偿原则协商解决，协调不成的由成都仲裁委员会仲裁。
2009年5月25日，原、被告双方再次签订《工程施工补充协议》（以下简称补充协议二），其中协议第一条约定工程实际总造价以工程竣工后的决算价格为准，原告依据决算价格付给被告工程款；决算根据竣工图纸现场签证单所列工程量，依据四川地区2000预算定额按照三级二档取费标准进行，其中材料价格以经双方认可的四川建筑材料造价信息为准，工程价款不包括安全文明措施费，核定为工程总造价的1.5%，由被告另行支付给原告。协议第三条再次将竣工明确为3#厂房于2009年7月10日前完成；综合楼于2009年7月20日前完成；1#厂房于2009年8月30日前完成。如遇不可抗力等影响造成停工的，工期顺延，并于2009年8月30日前全部通过综合验收；如原告未按协议第三条约定的时间完成工程，若有延误，则本协议第一条关于工程价款约定的工程款计算方法不再具有任何法律效力，工程价格仍按照双方已经在补充协议（一）中达成的承包方式和承包价，并按照原约定的完工日期计算延期时间，计算违约金和损失。
2011年9月14日，原、被告双方完成全部工程的竣工验收，并制作《竣工验收报告》。
2012年9月10日，被告德阳东防公司向成都仲裁委员会就双方的建设工程施工合同纠纷提起仲裁。2013年1月10日，成都仲裁委员会作出（2012）成仲案字第239号《裁决书》，裁决认定：1.2007年4月28日签订的合同和此后签订的两份补充协议，前后呼应，相互印证，是双方实际履行的合同，应当作为本案认定事实的依据；2.由于四川聚之盛太安公司未在合同约定的期限内完成约定的综合验收交付，依据《补充协议二》的约定，不应采用该补充协议第一条的据实结算的结算方式，而是采用2007年4月28日《建设工程施工合同》和《补充协议一》的固定包干价格结算方式；3.四川聚之盛太安公司所举的德阳旌东街道办事处沱江社区《证明》、德阳中兴机械制造有限公司《证明》与《补充协议二》的约定事实不符，对四川聚之盛太安公司所举的这两份证据不予以采信，四川聚之盛太安公司主张被告已于2008年12月提前使用该工程的事实无法认定，因此四川聚之盛太安公司未能在补充协议二约定期限内完成工程的竣工验收和交付；4.四川聚之盛太安公司违反2009年5月25日签订的《补充协议二》约定，未能按期在2009年8月30日前完成施工任务，已经构成违约;5.在德阳东防公司要求退还多支付工程款项中，仲裁庭对总工程的计算为：德阳东防公司实际支付的工程款802万元，扣除合同约定的工程包干总价635万元，扣除四川聚之盛太安公司的代垫款项386120.91元（此款项为仲裁庭认可的票据，付款方是德阳东防公司且有税务签单的正规发票或收据，共计27张，金额为386120.91元），加上质保金52万元（根据合同约定，质保金为52万元，在工程尾款中扣留，德阳东防公司应在工程交付5年期满后再支付原告四川聚之盛太安公司），加上装修工程款370925.57元（以原告出具给被告的2007年3月26日《工程报价说明》及2007年3月12日《四川省建设工程造价预（结）算书》中装饰工程报价为依据确定，该装修工程未进行），计算方法为：8020000元－6350000元-386120.91元+520000元+370925.57元＝2174804.66元。故裁决如下：1.四川聚之盛太安公司于裁决书送达之日起60日内将工程竣工验收报告及完整竣工资料书面移交给德阳东防公司；2.四川聚之盛太安公司于裁决书送达之日起30日内退还多支付的工程款2174804.66元；3.四川聚之盛太安公司于裁决书送达之日起向德阳东防公司支付违约金317500元。现该《裁决书》已发生法律效力。
2013年5月7日，原告与被告经德阳市经开区群工局组织调解签订《调解意见书》，载明：被告德阳东防公司与原告四川聚之盛太安公司发生的工程款及垫付款争议，由经开区群工局择时通知双方就争议事项进行协商，并组织市住建局及相关部门在政策及技术上予以支持；到期未处理完毕，双方同意在当地人民法院处理解决。
2015年8月25日，经原告单方委托四川兴建建设项目管理有限公司对新增工程量及建设工程合同所约定的政府性调差问题进行造价鉴定。2016年1月5日，四川兴建建设项目管理有限公司作出《德阳东防电机制造有限公司1#车间、厂房、综合楼及附属工程已完工工程造价鉴定报告》，鉴定结论载明：（一）1#车间、厂房、综合楼及附属工程已完工工程造价为8296296元，与合同签订基期（2007年4月）工程造价相比，造价增加1562976元，具体分项为：1.人工费政府性调差增加造价为143069元；2.材料价格政府性调差增加造价为1300882元；3.施工期根据相关规定采用商品砼，增加造价为42780元；4.因人工费、材料费调整，定额管理费增加造价为2081元；5.因人工费、材料费调整，税金增加造价为51066元；6.因人工费、材料费调整，安全施工措施费增加造价为23098元；（二）厂区附属工程、配电房、室外公共卫生间、大门及围墙已完工程造价为1279890元（注：已优惠下浮5%）。
2016年8月25日，德阳市建设工程质量安全监督站出具《建设工程项目施工安全评价与动态巡查管理手册》，其中《单位工程安全文明施工综合评价书》载明总体评价意见为：该工程未发生安全事故。
在庭审中，被告认可原告所诉请的第一项诉讼请求即本案所涉工程的新增附属工程，并与原告一致认可该部分造价为110万；对于补充协议一中因建筑材料、人工工资涨价所追加工程款15万元的约定，认可为材料款项的追加。
一审法院对原、被告双方存在争议的事实，认定如下：
１.关于原、被告双方于2007年4月28日所签订两份《建设工程施工合同》的采信问题
为证明《建设工程施工合同》所约定的工程范围，原告举证了一份签订于2007年4月28日的《建设工程施工合同》，该合同仅为第一部分协议书，载明：工程承包范围为１#车间、生产厂房、综合楼施工图内的土建工程。而被告同样举证了一份签订于2007年4月28日的《建设工程施工合同》，包括第一部分协议书及合同附件等，载明：工程承包范围为１#车间施工图内的土建工程、厂房综合楼施工图内的土建工程、水电及装饰装修工程。
一审法院认为，因被告所举的《建设工程施工合同》无合同附件等，内容不完整，而原告所举的《建设工程施工合同》，协议内容完整，与《建设工程施合同补充协议书》、《工程施工补充协议》相互印证，故一审法院对被告所举的《建设工程施工合同》不予采信，对原告所举的《建设工程施工合同》予以采信。
2.关于本案所涉建设工程的实际竣工日期的问题
原告为达到证明被告在本案所涉工程未经竣工验收已擅自使用的证明目的，向一审法院举证：（１）德阳市旌东街道办事处沱江社区于2012年10月15日出具的《证明》，载明：被告德阳东防公司因新厂房修建，租赁辖区德阳中兴机械制造有限公司的场所进行生产经营，并于2007年初由原告四川聚之盛太安公司修建位于嘉陵江东路的新厂房和办公楼，该工程在2008年12月竣工，被告于当月迁入使用至今。（2）德阳中兴机械制造有限公司于2012年10月15日出具的《证明》，载明：被告德阳东防公司在筹建中租用我公司半跨厂房，在租用期内由于拖欠租赁费用，公司于2008年12月中旬强行收回场地。（3）被告德阳东防公司的工商登记变更资料，载明：2007年12月7日，被告德阳东防公司将公司住所地由德阳市旌阳区天山南路三段69号变更为德阳市旌阳区嘉陵江西路北侧。（4）原告为达到被告已在工程竣工前提前使用涉案工程的事实，向一审法院申请调查被告于2008年1月至12月以及2009年1月至12月在德阳城区供电局缴纳电费的历史明细，被告从2007年、2008年、2009年、2010年在德阳市经济开发区国税局、德阳市地税局第四分局缴纳税费的明细，被告在德阳市经济开发区财政局领取灾后生产财政补贴情况，被告从成立至2008年12月底以及至2011年12月底的生产销售等经营情况的详细数据等证据。但因原告的申请调取证据的跨度时间较长，翻阅档案资料困难，故向原告释明后，一审法院未能予以调取。
一审法院认为，对于两份证明，因不符合《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第一百一十五条规定的证据形式，同时对于工商登记变更资料和调证的资料，不足以证明被告提前占用使用该工程的事实，故原告所举的四份证据不具备证据的真实性、合法性及关联性，其证据效力不足，达不到原告的证明目的，一审法院不予以认可，对原告主张被告在本案所涉工程未经竣工验收已擅自使用的理由不予采信。故根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条的规定，本案所涉工程以竣工验收合格之日为竣工日期即2011年9月14日。
以上事实，有当事人的陈述、《建设工程施工合同》、《建设工程施合同补充协议书》、《工程施工补充协议》、《竣工验收报告》、（2012）成仲案字第239号《裁决书》、《德阳东防电机制造有限公司1#车间、厂房、综合楼及附属工程已完工工程造价鉴定报告》等证据予以佐证。
一审法院认为，本案所涉及的其他焦点问题：一是原告的诉讼请求与成都仲裁委员会《裁决书》所涉事项否为“同一纠纷”；二是原告的各项诉讼请求是否得到支持。
关于争议焦点一，原告的诉讼请求与成都仲裁委员会《裁决书》所涉事项是否为“同一纠纷”的问题。
根据《中华人民共和国仲裁法》第九条的规定，仲裁实行一裁终局的制度。裁决作出后，当事人就同一纠纷再申请或者向人民法院起诉的，仲裁委员会或者人民法院不予受理。本案中，被告因退还垫付费用问题向成都仲裁委员会提起仲裁时，成都仲裁委员会已就原、被告之间建设工程施工合同中的装饰装修工程、原告的垫付费用及原告支付违约金的问题作出了裁决。本案中，原告就请求支付厂房装饰装修工程款、支付原告的前期垫付费用及退还违约金三项诉讼请求向一审法院提起诉讼，属于《仲裁法》第九条中所规定的同一事项再向人民法院起诉的，一审法院依法不予处理。
关于争议焦点二，原告的各项诉讼请求是否得到支持的问题。
1.关于新增附属工程费及利息的问题
因原、被告双方在庭审中已就本案所涉建设工程新增附属工程达成一致意见，双方均同意按110万计算新增附属工程款，故对此予以确认。
根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条、第十八条的规定，利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，建设工程已实际交付的，交付时间为应付款时间。同时当事人对欠付工程款利息没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。本案中，原告起诉时，被告已交付该工程，且原告未举证证明工程的交付时间，故一审法院确认工程竣工验收合格的时间为交付时间，即新增附属工程款的利息计算时间应从2011年9月14日起按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算。
2.关于政府性调差工程款及利息的问题
原告在庭审中陈述，政府性调差的工程款实际系施工过程中因主要材料价格上涨、人工工资上涨、使用商品混凝土的行政要求因素而导致施工成本大量增加的工程价款，既包含材料、人工价格的上涨，也包括价格的下跌。因《建设工程施工合同》中已对合同价款进行了约定，即按固定价格确认，同时价款中包括的风险已包括了材料价格风险，该风险实质就是材料价格的上涨风险，也包括材料价格的下跌风险；同时2009年5月25日签订的《补充协议二》约定，如原告未能按期在2009年8月30日前完成施工任务，则协议第一条关于工程价款约定的工程款计算方法不再具有任何法律效力，工程价格仍按照双方已经在《补充协议一》中达成的承包方式和承包价，而庭审中，被告认可15万元的追加系对建筑材料涨价所追加的工程款。故一审法院认为，《补充协议一》、《补充协议二》未对《建设工程施工合同》中的合同价包括的风险范围的约定未作出变更，《补充协议一》虽约定承包方式为施工图预算+政府性调差+有效经济签证，但仅对双方所约定的固定价格作出变更，该建设工程的工程款仍为固定价格；且被告明确表示在《补充协议一》所追加的合同价款系对建筑材料款涨价的补偿，故一审法院对原告主张的人工费政府性调差增加造价为143069元及使用商品砼增加造价为42780元，合计185849元予以支持；该部分工程款的利息计算时间应从建设工程竣工之日即2011年9月14日起，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算。同时对原告所主张的材料价格政府性调差增加造价为1300882元不予支持；对原告主张的定额管理费增加造价为2081元及税金增加造价为51066元，因该部分费用系相关部门收取的费用，原告未向一审法院举证证明该部分费用增加的情况，一审法院不予以支持。
3.关于安全文明措施费及利息的问题
因被告对原告提交的《建设工程项目施工安全评价与动态巡查管理手册》无异议，故一审法院对原告主张的安全文明措施费予以支持，具体金额为：98037.74元[（建设工程固定价6350000元+政府性调差工程款185849元）×1.5%]。该部分工程款的利息计算时间应从建设工程竣工之日即2011年9月14日起，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算。
4.关于退还质保金及利息的问题
因一审法院认定的工程交付时间为2011年9月14日，根据《补充协议一》的约定，质保期从2011年9月15日起算至2016年9月14日止，故被告应从2016年9月15日起向原告退还质保金52万元，原告所主张的利息从2016年9月15日起按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算。
5.关于保全费、鉴定费负担问题
因原告未举证证明保全费、鉴定费的具体金额，故不予支持。
综上所述，一审法院认为，原、被告之间所签订的《建设工程施工合同》、《建设工程施工合同补充协议书》、《工程施工补充协议》系是双方真实意思的表示，且不违反法律、行政法规的禁止性规定，符合合同法的意思自治原则，该约定真实、有效，合同双方应当遵照履行。
依照《中华人民共和国合同法》第二百六十九条，《中华人民共和国仲裁法》第九条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条、第十六条、第十七条、第十八条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条之规定，判决如下：一、被告德阳东防电机制造有限公司于本判决生效之日起十日内向原告四川聚之盛太安建设有限公司支付新增厂区附属工程、配电房、室外公共卫生间、大门及围墙等工程款110万元及利息，利息的计算方式：以110万元为本金，从2011年9月14日至本判决确定给付之日止，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率支付；若未按本判决确定的给付之日给付本金，上述违约金计算至本金付清之日止；二、被告德阳东防电机制造有限公司于本判决生效之日起十日内向原告四川聚之盛太安建设有限公司支付政府性调差工程款185849元及利息，利息的计算方式：以185849元为本金，从2011年9月14日至本判决确定给付之日止，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率支付；若未按本判决确定的给付之日给付本金，上述违约金计算至本金付清之日止；三、被告德阳东防电机制造有限公司于本判决生效之日起十日内向原告四川聚之盛太安建设有限公司支付安全文明措施费98037.74元元及利息，利息的计算方式：以98037.74元为本金，从2011年9月14日至本判决确定给付之日止，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率支付；若未按本判决确定的给付之日给付本金，上述违约金计算至本金付清之日止；四、被告德阳东防电机制造有限公司于本判决生效之日起十日内向原告四川聚之盛太安建设有限公司退还质量保证金52万元及利息，利息的计算方式：以52万元为本金，从2016年9月15日至本判决确定给付之日止，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率支付；若未按本判决确定的给付之日给付本金，上述违约金计算至本金付清之日止；五、驳回原告四川聚之盛太安建设有限公司的其他诉讼请求。
本案二审期间，当事人围绕上诉请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。上诉人为证明其为德阳东防公司前期垫付了355677.33元，向法庭提交了14组证据。1.2010年10月28日，陈慧英出具的收条1份，收条载明，“收到四川聚之盛太安建设有限公司出具由四川德鑫电气工程有限责任公司增值税发票23份，金额23万元整，该笔款项由聚之盛太安建设有限公司垫付”。2.四川德鑫电气工程有限责任公司出具的发票存根复印件共23份，每张的金额均为1万元整，共计23万元整，编号为06303530-06303537和06317373-06317389。3.德阳市商业银行转账支票存根1张、银行进账单1张以及四川德鑫电气工程有限责任公司收据2张，以上证据证明上诉人通过转账支付四川德鑫电气工程有限责任公司电力工程款10万元，现金支付10KV（千伏）电力工程款13万元，金额为23万元，进一步证明上诉人为被上诉人安装电力设备的真实性，该证据与证据2的票据相对应。上诉人认为证据1-3形成证据锁链，足以证明上诉人为被上诉人垫付了电力设备费用23万元。4.2007年8月29日的领款单1份，领款人为曾振华领，领款事由为今收到东防工地临时围墙款40000元。5.2007年7月28日的费用报销单一份，东防办证业务费10000元。6.2008年4月7日的无证支出报销单1份，支付时间为2008年4月5日，支付东防工地拆迁户现金8000元。7.2007年1月-8月的工资表共8份，邱清明、古际清和周金治的守夜费用。8.2007年8月15日的费用报销单1份，办理贷款业务费20000元。9.2008年1月23日的收条1份，载明收到周万领支付德阳东防电机制造有限公司增资手续40000元。10.2008年7月18日德阳市经济开发区市政环卫管理所出具关于开工保证金的发票1份，金额为5000元。11.2007年3月19日四川新安担保有限公司出具关于担保费的发票1份，金额为2600元。12.2014年1月16日，四川德鑫电气工程有限责任公司出具关于东防电力安装费用的发票1份，金额为55135元。13.2009年8月14日，德阳旌东街道办事处沱江社区居民委员会出具的关于土方费收据1份，金额为15000元。14.2007年4月5日的费用报销单1份，东防环评业务费25000元。综上，上诉人认为合同虽然未对以上各项垫付费用进行约定，但费用实际发生且上诉人已为之垫付，被上诉人应按照已支付情况予以给付各项款项。被上诉人德阳东防公司对上诉人四川聚之盛太安公司所提交的14组证据依次发表了质证意见。被上诉人认为，证据1-3属于成都仲裁委员会已审查的范围，根据《中华人民共和国仲裁法》第九条关于“仲裁实行一裁终局的制度。裁决作出后，当事人就同一纠纷再申请仲裁或者向人民法院起诉的，仲裁委员会或者人民法院不予受理。”的规定，法院不应再予以处理。对于证据4-14，双方所签订的合同并不涉及此内容，且均由上诉人单方面制作，不予认可证据中所对应的费用支出。
本院认为，成都仲裁委员会对上诉人所提交的代垫款明细及29张凭证进行了审查，予以认可了其中的27张凭证，未认可陈慧英2010年10月28日出具的收条，对此，进行了裁决。一、二审中，上诉人为证明陈慧英出具的收条所载费用，提交了证据2和3。《中华人民共和国仲裁法》第九条规定，仲裁实行一裁终局的制度。裁决作出后，当事人就同一纠纷再申请仲裁或者向人民法院起诉的，仲裁委员会或者人民法院不予受理。故证据1-3所涉内容与仲裁已裁决的内容为同一内容，应不予处理。关于证据4-14，双方当事人所签订的合同并未约定以上款项的内容，被上诉人对此也并不予以认可。根据上诉人所提交的证据4-8和14可见，其均属上诉人单方面制作的报销单，并无其他证据予以佐证其系实际发生的垫付费用，故不予认可。关于证据9和11，分别为增资手续费和担保费，均与本案并无关联，故不予认可。证据10和13，分别为开工保证金和土方费，并无其他证据予以佐证该费用属实际发生的垫付费用，故不予认可。关于证据14，票据所载的时间为2014年1月16日，此与工程的竣工验收时间2011年9月14日相悖，不符合常理，故不予认可。
二审查明的其他事实与一审基本一致，本院予以确认。
本院认为，上诉人四川聚之盛太安公司与被上诉人德阳东防公司签订的《建设工程施工合同》和《建设工程施工合同补充协议书》均属当事人真实意思表示，并不违反法律和行政法规的强制性规定，应属有效，当事人应按约履行合同义务。
关于前期垫付款的问题。经成都仲裁委员会和一、二审均已对上诉人所提交的前期垫付款的佐证证据予以审查，上诉人与被上诉人对前期垫付款并无书面约定，现有证据亦无法证明其主张的费用属实际已发生的垫付费用，故上诉人请求支付前期垫付款的主张，不予支持。
关于政府性调差款的问题。经成都仲裁委员会审查后，裁决上诉人与被上诉人所约定的结算方式应适用固定包干价格的方式，且金额为635万元。《中华人民共和国仲裁法》第九条规定，仲裁实行一裁终局的制度。裁决作出后，当事人就同一纠纷再申请仲裁或者向人民法院起诉的，仲裁委员会或者人民法院不予受理。故对此应不予处理。
综上所述，上诉人四川聚之盛太安公司的上诉请求均不能成立，应予驳回；一审判决认定事实清楚，适用法律正确，应予维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费14039元，由四川聚之盛太安建设有限公司负担。
本判决为终审判决。
审判长 李 家
审判员 陈书娟
审判员 陈洪斌
二〇一七年八月八日
书记员 张 晶