山东省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2014）鲁民一终字第426号
上诉人（原审被告、反诉原告）山东天翔集团有限公司，住所地：山东省潍坊市奎文区民生东街19号。
法定代表人王万全，董事长。
委托代理人张义东，山东求是和信律师事务所律师。
委托代理人王怡，山东求是和信律师事务所律师。
被上诉人（原审原告、反诉被告）江苏南通二建集团有限公司，住所地：江苏省启东市汇龙镇人民中路683号。
法定代表人杨传东，董事长。
委托代理人孟涛，山东平正大律师事务所律师。
委托代理人刘率，山东平正大律师事务所律师。
上诉人山东天翔集团有限公司（以下称天翔公司）因与被上诉人江苏南通二建集团有限公司（以下称南通二建）建设工程施工合同纠纷一案，不服山东省潍坊市中级人民法院（2012）潍民初字第195号民事判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。上诉人天翔公司的委托代理人张义东、王怡，被上诉人南通二建的委托代理人孟涛到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原审法院查明并经本院认定：2007年5月5日，南通二建与天翔公司签订《金色九州商住楼土建安装工程施工补充协议》，该协议约定：一、天翔公司直接分包的分项工程包括电梯、所有塑钢门窗、地基土方、防水、外墙保温、消防设施等。二、合同价款结算方式为据实结算。1、工程量依据审定的竣工图、图纸会审纪要、审定的施工组织设计、建设单位书面通知、设计图纸变更、隐蔽工程签证、建设单位的现场签证单等计算。2、工程依据1996年《山东省建筑工程综合定额》、1996年《山东省安装工程综合定额》、2002年《潍坊市价目表》及相关的费用定额，遵循省、市颁布的有关文件规定进行结算。3、按照丙级I类取费，综合人工费22元／工日。4、临时设施增补费按建筑面积6元／平方米包干使用（其余不再计取）。5、超高费按定额规定的70%计取。6、土建工程可调差材料及安装工程主材由建设单位确定材料品牌规格型号等，并确认材料价格，结算时材料价格按照建设单位认可的单价及购物发票调整，采购保管费按15%计取。7、以下分项工程不执行定额，按双方认可的市场价格直接计入税前：基础土方机械开挖、外墙涂料工程、防水工程、内墙刮腻子、外墙保温、阳台栏杆。8、施工单位施工用水、用电费用，结算时按实际缴纳价款从工程款中扣减。9、由建设单位直接发包的分项工程，施工单位按建设单位分包工程造价收取2%的总包管理费，不再计取其他任何费用（电梯工程不计取管理费）。10、让利工程总造价扣除甲方供材、甲方认价材料、定额管理费，税前让利4%（建设单位直接分包的项目除外）。三、工程在签订合同前，施工单位必须向建设单位缴纳履约保证金50万元。履约保证金在工程主体封顶后返还25万元，工程竣工后返还剩余部分；……七、工程在保修期内，因施工单位原因出现的质量问题，施工单位在接到建设单位通知后，应及时给予修复，否则由建设单位自选安排，所发生的维修费用从剩余工程款中按两倍扣除。
2007年6月16日，南通二建与天翔公司签订《建设工程施工合同》，约定由南通二建承建天翔公司开发的位于潍坊市××东街38号的“潍坊市金色九州商业住宅小区”工程；工程内容为1#楼建筑面积24034.90平方米，2#楼建筑面积7742.60平方米；承包范围为1#、2#楼施工图纸范围内的全部内容（发包人指定的除外）；开工日期为2007年6月20日，竣工日期为2008年10月5日，合同工期479天；工程质量标准为合格；合同价款暂定4200万元，采用可调价格合同。合同价款调整办法执行双方在2007年5月5日签署的《金色九州商住楼土建安装施工补充协议》；工程款（进度款）支付的方式和时间为：1、地上三层主体砼封顶后，开始支付工程款，按工程割算拨付已完工程量的60%，主体部分每月拨付当月工程形象进度款的75%，主体砼封顶付全部已完工程量的80%。2、以后每月拨付当月工程形象进度款的75%。3、工程竣工验收合格后，施工单位应及时退场，施工单位退场完毕后10日内，天翔公司按南通二建累计完成工程量的85%支付工程款。4、天翔公司委托专业审计单位审计完结后30日内付至结算价款额95%（施工单位提供全套结算后90日内审计完成）。5、余额5%为工程保修金。竣工验收满一年后（14日内），若无质量问题，返还保修金的60%。满两年后（14日内），若无质量问题，返还保修金的95%。满五年后（14日内），若无质量问题，全部付清保修金；天翔公司拖延支付工程款30天以内（含），每天除支付同期贷款利息外按拖欠工程款总额的万分之一向南通二建支付违约金。拖延30天以上、60天以内（含），每天除支付同期贷款利息外按拖欠工程款总额的万分之二向南通二建支付违约金。拖延60天以上，每天除支付同期贷款利息外按拖欠工程款总额的万分之三向南通二建支付违约金，并承担南通二建其他经济损失（专用条款第35.1条）；南通二建施工每拖延一天，罚工程造价款的万分之二。因天翔公司造成的工期延误，工期顺延，如发生费用双方协商解决。经天翔公司所属地方质检监部门检查质量不合格，南通二建必须返修至合格且费用自付，因此而拖延的工期由南通二建自负。因南通二建原因给天翔公司造成的直接及间接损失全部由南通二建承担（专用条款第35.2条）；工程的质量保修期为：1、地基基础工程和主体结构工程为设计文件规定的该工程合理使用年限。2、屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏为5年。3、装修工程为2年。4、电气管线、给排水管道、设备安装工程2年。5、供热及供冷为2个采暖期及供冷期。6、住宅小区内的给排水设施、道路等配套工程为2年；双方于2007年5月5日签署的《金色九州商住楼土建安装工程施工补充协议》系本合同的补充条款。
上述合同签订后，南通二建依约于2007年6月20日开始对承接的工程进行了施工。关于工程竣工时间，南通二建提交潍坊金色九州商住小区1#楼、2#楼《单位（子单位）工程质量竣工验收记录》以证实工程竣工日期为2010年1月27日，但该两份竣工验收记录表上所记载的竣工日期“2010年1月27日”存在改动的情形，天翔公司以此为由不予认可，南通二建则主张系在其他验收方同意的情况下对竣工日期进行的改动，但并未提交证据予以证实。2011年7月14日，潍坊市建设工程竣工验收备案办公室对南通二建施工的潍坊金色九州商业住宅小区1#、2#楼工程办理了竣工验收备案登记，其出具的《竣工验收备案表》上载明工程竣工验收日期为2011年1月24日。天翔公司主张应将竣工验收文件收讫时间2011年7月14日认定为工程竣工验收日期。
2011年7月7日，南通二建与天翔公司签订《协议书》，就潍坊金色九州项目工程验收、决算、付款等问题达成如下协议：一、天翔公司在付给南通二建工程款50万元后两天内，南通二建提供该项目整体验收资料，报市有关部门进行综合验收。二、应天翔公司要求，南通二建向潍坊市清欠办出具的未拖欠工程款证明，只作为配合天翔公司办理备案及相关手续使用，不作为天翔公司所付工程款的依据，天翔公司所付工程款以实际财务往来支付为准。三、天翔公司已经收到南通二建的决算书，南通二建申报结算值为34762242.80元。南通二建在为清欠办出具天翔公司无拖欠证明后，天翔公司在一个半月内对涉案工程审计完毕并出具审计报告（如逾期，视为认可南通二建申报的结算值，按南通二建结算值进行最终结算）。审计报告完毕，所欠南通二建的工程款（质量保修金除外），五日内付欠款总额的40%，中秋节前付30%，春节前再付30%。如逾期付款，天翔公司按同期银行利率的2倍支付利息。四、双方一致同意不再按双方2007年5月16日签订的《建设工程施工合同》专用条款第35条的约定向对方追究违约责任。天翔公司认可南通二建系于2011年7月7日向潍坊市清欠办出具的未拖欠工程款证明。
关于涉案工程造价确认、工程款的支付以及利息承担情况，经审理查明以下事实：（一）潍坊市工程建设监理有限责任公司根据南通二建和天翔公司的共同委托，经对涉案工程进行审计后于2011年12月15日出具鉴定报告，确认金色九州小区1#、2#商住楼（土建、装饰）工程造价为18777575.56元（该结算值已经扣除甲供材款和水电费），安装工程造价为3871279.61元（该结算值已经扣除甲供材款），涉案工程造价共计22648855.20元，南通二建于2011年12月10日在工程结算核定表上盖章确认。天翔公司不认可上述鉴定结论，单方申请山东省工程造价咨询公司潍坊分公司进行复核，山东省工程造价咨询公司潍坊分公司经审核后出具鉴定结论，在原审计工程造价22648855.20元基础上扣减工程造价值1485466.78元，南通二建对此不予认可。另查明，2011年12月8日，南通二建给天翔公司出具说明，内容为：潍坊金色九州商住宅楼工程已经审核完毕，应收南通二建审计费208550元，南通二建同意由建设方代扣，于提交结算报告书时由建设方一次付清；在审理过程中，天翔公司提交支票存根和收款收据，证实已经代南通二建交付审计费208550元；天翔公司主张应从工程款中扣除该208550元。（二）本案在审理过程中，根据天翔公司的申请，该院委托潍坊新正大工程项目管理有限公司对涉案工程造价进行了鉴定，潍坊新正大工程项目管理有限公司于2013年12月21日出具潍新正工鉴字（2013）第3号《鉴定报告书》，确认潍坊市金色九州商业住宅小区工程鉴定总造价为34131857.29元，其中包含税前让利总价下浮4%计477847.19元、甲方供材11581578.74元、甲方代缴电费478336.33元。南通二建和天翔公司对上述鉴定结论均予以认可。天翔公司向潍坊新正大工程项目管理有限公司支付鉴定费用288000元。（三）2011年8月23日，南通二建与天翔公司确认钢材、木材、水泥、地面砖及墙面瓷砖、通风材料等甲方供材计款11121116.07元。2011年8月25日，南通二建与天翔公司确认电缆、卫浴洁具、HN20卡表、电子连接器、水表、荧光灯等安装材料甲方供材合计价值460462.67元。上述甲方供材共计价值11581578.74元。（四）天翔公司主张应从未付工程款中扣除税款533804.01元（137714.02元＋396089.99元），南通二建对此不予认可。（五）天翔公司已经支付南通二建工程款17136000元。（六）南通二建主张根据2011年7月7日《协议书》的约定，天翔公司对拖欠的工程款从2011年7月7日起按照中国人民银行同期贷款利率的两倍计算利息至本案起诉之日，共计972621元。天翔公司对此不予认可。
关于天翔公司与南通二建存在争议的剪刀楼梯消防墙工程项目设计、施工及违约责任承担情况，该院查明以下事实：（一）2010年3月4日，山东恒基消防安全工程有限公司潍坊分公司给天翔公司出具《九州工地工作联系单》，内容为：接市消防局通知，由天翔公司开发、南通二建承建的金色九州小区1#楼因未按图纸设计及消防要求施工，造成剪刀楼梯消防墙漏项，验收不合格，限期整改，否则不予验收。（二）2010年5月9日，山东省建筑设计院出具《设计更改单》（附：1、轻钢龙骨产品规格表；2、隔墙安装示意图；3、构造体系配套材料表），内容为：1#商住楼T1楼梯梯段隔墙（1-26层）原设计100厚轻质隔墙变更为轻钢龙骨水泥墙隔墙，墙内填充100厚防火岩棉（120kg／㎡），参考图集07CJ03-1（2／28），此墙体须满足耐火极限1小时。（三）2010年9月19日，天翔公司与王承收签订《防火墙施工承包合同》，约定由王承收施工金色九州商住小区1号楼1至26层（1至3单元）剪刀楼梯防火隔离墙工程；工程总价款约345000元，结算时按实际工程量据实结算；工程施工时间为2010年9月23日至10月12日；按设计院更改要求施工，达到消防部门防火验收标准并验收合格。天翔公司提交转账支票存根和收款收据证实其已支付王承收工程款153000元。南通二建认可未对剪刀楼梯消防墙工程进行施工。（四）2010年12月30日，潍坊市公安局消防分局给天翔公司出具潍消验复（2010）第0003号《建设工程竣工验收消防复查意见书》，内容为：天翔公司金色九州商住小区1#、2#楼工程经整改后，已经具备消防安全条件，同意恢复使用。（五）2012年11月2日，山东省建筑设计研究院出具《关于对潍坊市金色九州商住小区1号商住楼设计图纸的说明》，内容为：该院于2007年完成了潍坊市金色九州商住小区1号商住楼的设计，现就该工程1号楼1-26层主楼楼梯段间隔墙的设计问题作出如下说明：本工程施工图纸设计为：1、建施1中第五部分第11条中说明了“加气混凝土砌块墙”的图例，各层平面图纸中1-26层主楼楼梯段隔墙及其他加气混凝土砌块墙均按此图例表示。2、建施22中剖面图中也对上一条内容进行了说明表示。3、综上及图纸其他内容说明该工程1号楼1-26层主楼梯段间原设计有隔墙。（六）2013年1月29日，山东省建筑设计研究院工作人员韩少龙携带设计图纸到庭对设计图纸中是否对剪刀楼梯消防墙部分进行了标示进行了说明，韩少龙证实：其是潍坊市金色九州商业住宅小区工程项目图纸设计的总负责人；设计图纸中的建筑施工图第一页加气混凝土砌块墙图例、建筑施工图第八页一层平面楼梯间隔墙施工图、建筑施工图变八2-2剖面图等均对剪刀楼梯消防墙进行了明确的标示，比例尺为1：100；涉案工程1至26层均需进行剪刀楼梯消防墙的施工，剪刀楼梯消防墙施工完毕后应为七八米长，宽十公分。天翔公司技术人员郭庆江据此主张设计图纸中对剪刀楼梯消防墙进行了明确的标示，天翔公司是在进行工程验收时才发现南通二建未对剪刀楼梯消防墙进行施工。南通二建技术人员朱亮亮主张设计图纸中并未对剪刀楼梯消防墙进行明确标示，设计人员所称的标示部分应是“栏杆”而不是剪刀楼梯消防墙。另外，南通二建主张在施工过程中曾经向天翔公司提出过剪刀楼梯消防墙的施工问题，但天翔公司答复不用南通二建施工，天翔公司对南通二建的该项主张不予认可。（七）、天翔公司主张因南通二建公司施工过程中存在防火墙工程漏项的严重问题，致使工程竣工日期由合同约定的2008年10月5日推迟至2011年1月24日，逾期竣工时间730天；根据《建设工程施工合同》中”南通二建施工每拖延一天，罚工程造价款万分之二”的约定，南通二建每天应承担违约金4200元（以工程造价21163388.39元为标准），南通二建共计应承担逾期竣工违约金3066000元（4200元×730天）；天翔公司主张因补建防火墙造成经济损失，根据《金色九州商住楼土建安装工程施工补充协议》关于“工程在保修期内，因施工单位原因出现的质量问题，施工单位在接到建设单位通知后，应及时给予修复，否则由建设单位自选安排，所发生的维修费用从剩余工程款中按两倍扣除”的约定，南通二建应赔偿天翔公司损失690000元（345000元×2）。针对天翔公司上述关于承担逾期竣工违约金和赔偿损失的诉讼主张，南通二建辩称，根据2011年7月7日《协议书》的约定，天翔公司要求南通二建承担逾期竣工违约金已无依据；2010年1月27日涉案工程已经通过了四方竣工验收，南通二建已经完成了合同确定的施工义务。由于四方竣工验收之后的消防验收没有通过，天翔公司才找到原设计单位山东省建筑设计研究院于2010年5月9日出具了设计变更，该设计变更不在合同规定的南通二建施工范围以内，南通二建无需对其施工，也不应赔偿天翔公司由此造成的损失。
本案审理中，天翔公司除主张因防火墙漏项给其造成损失并要求南通二建赔偿以外，还提交证据证实南通二建施工的涉案工程存在以下质量问题，并要求南通二建赔偿其损失：（一）2#楼屋面出现渗水问题且造成损失，提交以下证据予以证实：1、潍坊市工程建设监理有限责任公司于2011年8月23日出具的《监理工程师通知单》，内容为：因2#楼屋面渗水严重，甲方、监理、施工方三方于8月22日下午对渗水情况进行了查看，建议施工方重做屋面防水。2、天翔公司于2011年9月5日出具的《致南通二建金色九州项目部》的函，内容为：因2#楼渗水严重，南通二建8月26日接到监理公司重做屋面防水的通知后未予施工，天翔公司将于9月8日自行维修，所需费用从工程款中予以扣除。3、天翔公司于2011年9月2日与金色九州小区2#楼1单元1201室业主刘海强、2#楼1单元1202室业主刘伟、2#楼2单元1201室业主郭庆江、2#楼2单元1202室业主王振分别签订的《赔偿协议书》及照片16张，证实赔偿因屋面漏水给上述4户业主造成的装修损失共计605000元（43000元＋82000元＋260000元＋220000元）。4、天翔公司与马贝-
潍坊服务中心分别于2011年10月15日和10月23日签订的《工程施工承包合同》三份，内容为由马贝-
潍坊服务中心对金色九州小区2#楼上人屋面防水铺设修复、保温层及珍珠岩拆除、垃圾清理等工程项目进行施工，合同总价款计326564元（192276元＋93086元＋41202元）；天翔公司内部转账凭证及收据25份，用以证实已经支付了上述326564元工程款。天翔公司据此主张因南通二建未按合同约定履行保修义务，应按合同约定双倍赔偿天翔公司653128元（326564元×2），加上天翔公司已经赔偿业主的装修损失605000元，南通二建共计应赔偿天翔公司损失1258128元（605000元＋653128元）。南通二建对上述证据质证后认为，1、2011年8月23日的工程师通知单和2011年9月5日的维修通知单均未送达给南通二建，对天翔公司自行采取的维修行为南通二建不予认可。2、天翔公司与马贝-
潍坊服务中心签订的合同中约定的维修材料价格远高于正常的市场价格。3、照片中所反映出的是窗框渗水和外墙外保温渗水，而窗安装、发泡密封、外墙抹灰及外墙保温均是天翔公司直接发包的项目，南通二建对此不应承担维修义务。（二）地下车库出现渗水质量问题且造成损失，提交以下证据予以证实：1、照片12张，用以证实地下车库存在严重渗水。2、天翔公司于2011年10月27日与潍坊大洋自动泊车设备有限公司签订的《地下车库机械式停车设备维修协议书》及《费用清单》，用以证实因地下车库防水出现渗水、漏水现象，导致车库内120台车位停车设备出现锈蚀、脱漆等质量问题，需支出养护费用83778元。天翔公司据此主张按保修合同约定南通二建应双倍赔偿其损失167556元（83778元×2）。南通二建对上述证据质证后认为，1、照片只能说明腻子脱落、地下室浸水及机械式停车库设备出现锈蚀、脱漆情形。2、因天翔公司在施工过程中未选用耐水腻子，而是使用普通腻子，在地下室潮湿环境中出现脱落是正常现象。3、地下车库设置有排水沟和集水坑，不是封闭式的车库，若下雨后未及时排水，就会造成地下车库浸水。4、机械式停车库设备系天翔公司直接分包的工程项目，造成锈蚀的原因是设备的抗腐蚀性未达标还是设备的正常损耗并不明确。综上，天翔公司支付给潍坊大洋自动泊车设备有限公司养护费用与南通二建无关，南通二建对此不予认可。（三）散水坡出现沉降质量问题且造成损失，提交以下证据予以证实：1、照片四张，证实散水坡沉降不符合设计规范。2、潍坊市建筑工程质量监督站于2009年12月31日和2010年1月27日分别给南通二建发出的《建设工程（质量）整改通知单》，要求南通二建对发现的工程的质量问题在通知送达之日起三日内进行整改。3、潍坊永泰工程鉴定加固有限公司制作的工程预（结）算书，证实散水坡的修复费用为25053.04元。天翔公司要求南通二建赔偿该25053.04元损失。南通二建对上述证据质证后认为，1、潍坊市建筑工程质量监督站在2009年12月31日和2010年1月27日《建设工程（质量）整改通知单》中提出的工程质量问题，南通二建已经按要求在2010年2月工程竣工验收时整改合格，已经通过了四方验收和潍坊市建筑工程质量监督站的验收。2、照片中所反映的散水坡出现断裂、沉降等质量问题，系南通二建整改完毕交付使用后，天翔公司对车辆使用管理不到位造成的，与南通二建无关。3、不认可潍坊永泰工程鉴定加固有限公司制作的工程预（结）算书确认的修复费用。（四）1#楼1-4层窗框出现裂缝质量问题且造成损失，提交以下证据予以证实：1、照片八张，证实窗框出现裂缝。2、潍坊永泰工程鉴定加固有限公司出具的《水泥抹灰作法》维修清单，证实对裂缝进行修补需支出维修费用123342.60元，天翔公司要求南通二建对该项损失予以赔偿。南通二建对上述证据质证后认为，1、该些裂缝系在房屋交付使用后，因业主野蛮装修或使用不当造成的。2、潍坊永泰工程鉴定加固有限公司出具的维修费用清单与南通二建无关。（五）地下车库顶板上反梁出现裂缝质量问题且造成损失，提交以下证据予以证实：1、照片4张，证实地下车库顶板上反梁存在裂缝质量问题。2、山东省建筑设计院于2009年9月出具的《设计更改单》，载明车库顶板上反梁上裂缝不是受力裂缝，性质是温度裂缝，确定以下方案进行修复：裂缝处凿除至钢筋处，钢筋除锈，采用高压灌浆对裂缝进行处理，灌浆料采用高强无收缩灌浆料。3、潍坊永泰工程鉴定加固有限公司出具的《结构加固设计说明》、施工图及《车库顶板上反梁工程报价单》，证明对车库顶板上反梁上裂缝进行修复的费用为89846元，天翔公司要求南通二建对该项损失予以赔偿。南通二建对上述证据质证后认为，1、照片系山东省设计研究院进行设计变更时所拍摄作为依据的，并非目前的现状，南通二建已经根据设计变更意见对温度裂缝进行了处理。2、如果是后续出现的温度裂缝，南通二建并未收到天翔公司的维修通知单。3、潍坊永泰工程鉴定加固有限公司并不具备相应的加固设计资质，对其提出的报价单和维修费用不予认可。
原审法院认为，南通二建与天翔公司签订的建设工程施工合同及补充协议，是双方当事人真实意思的表示，且没有违反国家法律和行政法规的禁止性规定，应认定合法有效，南通二建和天翔公司双方均应当按照上述合同的约定行使权利和履行义务。
因南通二建与天翔公司均认可涉案建设工程的开工时间为2007年6月20日，该院直接予以确认。虽然南通二建提交了双方签署的《单位（子单位）工程质量竣工验收记录》，用以证实双方当事人已经共同签署意见确认了工程的竣工验收合格日期，但天翔公司以上述验收记录上载明的工程竣工时间“2010年1月27日”存在改动为由不予认可，而南通二建不能对改动的原因作出合理解释，亦未提交证据证实此改动得到了天翔公司的许可或追认，况且潍坊市公安局消防分局于2010年12月30日才对工程的消防部分作出了验收合格的结论，工程的竣工验收日期显然不能早于该时间，故对南通二建关于确认2010年1月27日为工程竣工验收合格日期的主张，不予采信。根据《竣工验收备案表》载明的内容，涉案工程的竣工验收日期为2011年1月24日，南通二建、天翔公司及勘查、设计、监理等单位均亦于该日在《竣工验收备案表》中签署了同意验收的意见，应当视为涉案工程的相关方对工程竣工日期达成了一致，故应确认涉案工程的实际竣工日期为2011年1月24日。因2011年7月14日系工程质量监督管理部门收齐工程备案证明文件的时间，天翔公司要求将该日作为工程竣工日期，没有事实和法律依据，不予采信。
虽然南通二建与天翔公司在2011年7月7日达成的《协议书》中约定南通二建在为清欠办出具天翔公司无拖欠证明后，天翔公司在一个半月内对涉案工程审计完毕并出具审计报告（如逾期，视为认可南通二建申报的结算值，按南通二建结算值进行最终结算），但在合同的后续履行过程中，南通二建并未按协议约定要求天翔公司按其申报值与其结算工程款，而是于2011年12月8日给天翔公司出具说明以涉案工程已审核完毕为由同意由天翔公司代扣审计费，于2011年12月10日对潍坊市工程建设监理有限责任公司出具的鉴定结论予以确认，应当视为南通二建同意继续履行《建设工程施工合同》中关于工程造价委托专业鉴定机构审核确定的约定。在本案审理中，因南通二建主张的工程申报结算值与天翔公司委托山东省工程造价咨询公司潍坊分公司作出的工程结算值存在较大差异，根据天翔公司的申请，该院委托鉴定机构对涉案工程造价进行鉴定，符合双方的合同约定，亦不违反法律规定。潍坊新正大工程项目管理有限公司根据该院委托，对涉案工程出具的工程造价鉴定报告，因鉴定机构及鉴定人均具有合法资质，鉴定程序合法，南通二建和天翔公司亦均对鉴定结论予以认可，故应将潍坊新正大工程项目管理有限公司确认的工程造价34131857.29元作为双方结算工程款的依据。因涉案工程已经通过竣工验收并交付使用，天翔公司依照合同约定应向南通二建支付工程款至工程总造价的95%，即32425264.40元（34131857.29元X95%）。因南通二建和天翔公司对鉴定结论确认的让利477847.19元、甲方供材11581578.74元及甲方代缴电费478336.33元均无异议，该院直接予以确认，双方在进行工程款结算时应当从工程款总额中扣除上述款项。南通二建和天翔公司对已支付17136000元工程款均无异议，该院亦直接予以确认。南通二建和天翔公司认可共同委托潍坊市工程建设监理有限责任公司对涉案工程造价进行了审计，南通二建亦向天翔公司作出了同意双方进行工程款结算时可以从工程款中扣除天翔公司垫付的208550元审计费的意思表示，故天翔公司主张从工程款中扣减该208550元，具备事实依据，予以支持。天翔公司主张应从工程款中扣除税金533804.01元，因南通二建对此不予认可，天翔公司亦未提交证据证实已经代南通二建垫付了该些税金，故对天翔公司的该项主张不予支持。综上，天翔公司尚应支付南通二建工程款2542952.14元（32425264.40元-477847.19元-11581578.74元-478336.33元-17136000元-208550元），该款已经符合合同约定的支付条件，南通二建应予支付。关于天翔公司支付给潍坊新正大工程项目管理有限公司的鉴定费288000元，根据本案的实际情况，该院确认南通二建和天翔公司各承担144000元，因天翔公司已经全部支付，故南通二建应当返还天翔公司144000元。虽然2011年7月7日《协议书》中约定的工程款的支付方式因条件未成就没有履行，但协议中约定的逾期付款违约责任承担方式应当对双方继续具有约束力，故天翔公司应对尚欠的2542952.14元工程款应自潍坊新正大工程项目管理有限公司出具鉴定报告之日即2013年12月21日起按照中国人民银行同期贷款利率的2倍向南通二建支付利息。
根据施工图纸的标示、山东省建筑设计院2010年5月9日出具的《设计更改单》和2012年11月2日出具的《关于对潍坊市金色九州商住小区1号商住楼设计图纸的说明》，以及山东省建筑设计院设计人员韩少龙到庭作出的说明，能够认定施工图纸中对“剪刀楼梯消防墙”部分进行了标示。南通二建主张施工图纸中未对“剪刀楼梯消防墙”部分进行标示，没有依据，不予采信。南通二建未按施工图纸进行施工导致“剪刀楼梯消防墙”工程项目漏项，应当对此承担责任，但是天翔公司及监理部门在工程土建完工进行验收时才发现工程漏项，显然监管责任不到位，亦应对此承担责任。虽然涉案工程未按合同约定的竣工时间完工存在工期延误的情形，但双方并未提交证据证实造成工期延误的具体原因，且双方在2011年7月7日《协议书》作出了“双方一致同意不再按双方2007年5月16日签订的《建设工程施工合同》专用条款第35条的约定向对方追究违约责任”的约定，故天翔公司以南通二建施工中存在剪刀楼梯消防墙项目漏项导致工期延误为由，要求南通二建按照2007年5月16日《建设工程施工合同》专用条款第35条的约定承担3066000元的违约金，已无依据，不予支持。虽然南通二建不必因工程漏项承担违约责任，但该工程漏项必然给天翔公司造成损失，根据本案的实际情况，参照补建时的工程造价345000元，以及双方的过错程度，该院认定南通二建应赔偿天翔公司损失207000元（345000元×60%）。
涉案工程竣工交付使用后，南通二建对工程使用过程中产生的质量问题依照合同约定应当履行保修义务。根据南通二建与天翔公司签订《金色九州商住楼土建安装工程施工补充协议》的约定，天翔公司对发现的属于保修范围的工程质量问题，应当先行通知南通二建进行维修，在南通二建未按通知进行维修的情况下，才能由天翔公司自行维修并由南通二建承担双倍维修费用，但天翔公司提交的证据却不足以证实其发现2#楼屋面渗水、地下车库渗水、散水坡沉降、1#楼1-4层窗框出现裂缝、地下车库顶板上反梁出现裂缝等质量问题后，已经按照合同约定通知南通二建进行维修，但南通二建拒绝按照要求履行保修义务，以及天翔公司对上述质量问题已经进行维修且实际支出了维修费用，故天翔公司要求南通二建赔偿因其未履行保修义务造成的损失，依据不足，不予支持。
本案中计取的1706592.89元工程质量保修金，因工程竣工已经满两年，且无证据证实应当扣除保修费用，故根据2007年6月16日《建设工程施工合同》的约定，天翔公司应当返还南通二建工程质量保修金1621263.25元（1706592.89元×95%）。对尚余的85329.64元工程质量保修金，返还条件尚未成就，双方可待条件成就后再对保修金进行结算。
综上所述，依据《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百一十三条、第二百七十九条，最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十一条、第十六条、第十七条、第十八条之规定，判决：一、山东天翔集团有限公司支付江苏南通二建集团有限公司工程款4164215.39元（2542952.14元＋1621263.25元）及利息（以2542952.14元为基数按中国人民银行同期贷款利率的2倍自2013年12月21日起计算至本判决生效之日），于本判决生效之日起十五日内支付。二、江苏南通二建集团有限公司返还山东天翔集团有限公司鉴定费144000元，于本判决生效之日起十五日内支付。三、江苏南通二建集团有限公司赔偿山东天翔集团有限公司损失207000元，于本判决生效之日起十五日内支付。四、驳回江苏南通二建集团有限公司的其他诉讼请求。五、驳回山东天翔集团有限公司的其他反诉请求。案件受理费67921元，申请诉讼保全费5000元，共计72921元，由江苏南通二建集团有限公司负担22921元，由山东天翔集团有限公司负担50000元。反诉费24870元，由山东天翔集团有限公司负担20000元，由江苏南通二建集团有限公司负担4870元。
上诉人天翔公司不服判决上诉称，一、被上诉人应当承担逾期交付工程的违约责任。根据合同约定，被上诉人应于于2008年10月5日完成竣工验收，由于被上诉人在施工中，没有按照施工图纸进行施工，导致涉案1号商住楼剪刀楼梯消防墙工程项目漏建，造成整个工程的消防验收不能通过。上诉人委托第三方补建后，工程于2011年1月24日竣工验收，逾期达730天。被上诉人应按照合同约定“每拖延一天，罚工程造价款万元之二”，向上诉人支付违约金共计3152738.6元。一审法院认定被上诉人“不必因工程漏项承担违约责任”是错误的。二、被上诉人应当对工程存在的严重质量问题承担法律责任。1、被上诉人应当承担防火隔离墙补建的全部工程款345000元。2、被上诉人施工的涉案工程交付使用后，出现了严重的工程质量问题，具体包括：2#楼楼顶上人屋面渗水、地下车库渗水、散水坡沉降、1#楼1-4层窗框裂缝、地下车库顶板上反梁裂缝等。被上诉人应当承担维修或赔偿损失的法律责任。上诉人申请一审法院对质量问题进行司法鉴定，但一审法院未予鉴定，也没有对质量问题作出处理，相关法律事实没有查清。请求撤销原审判决第三项、第五项，发回重审或改判支持上诉人的反诉请求。
被上诉人南通二建口头答辩称，原审判决认定事实基本清楚，适用法律正确，应予维持。
本院认为，二审争议的焦点问题是：一、被上诉人应否承担逾期交付工程的违约责任；二、涉案工程是否存在质量问题，被上诉人应否赔偿上诉人质量问题造成的全部损失。
涉案工程未按合同约定的竣工时间完工存在工期延误的情形，但双方并未提交证据证实造成工期延误的具体原因。且双方在2011年7月7日就潍坊金色九州项目工程验收、决算、付款等问题签订《协议书》，明确约定“双方一致同意不再按双方2007年5月16日签订的《建设工程施工合同》专用条款第35条的约定向对方追究违约责任。”故上诉人以被上诉人施工中存在剪刀楼梯消防墙项目漏项导致工期延误为由，要求南通二建按照《建设工程施工合同》约定承担逾期交付工程的违约责任，原审法院未予支持，本院认为并无不当。同理，关于工程质量问题，上诉人上诉要求被上诉人对工程质量问题承担责任，但由于工程质量不符合约定亦属于违约问题，在双方明确约定不再按《建设工程施工合同》专用条款第35条的约定向对方追究违约责任的情况下，实际上表明双方皆放弃了要求对方承担违约责任的权利。上诉人的上诉理由缺乏法律依据，不应当予以支持。上诉人可依照合同约定要求被上诉人履行保修义务。
综上，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百六十九条、第一百七十条第一款第（一）项、第一百七十五条之规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费51189元，由上诉人山东天翔集团有限公司负担。
本判决为终审判决。
审判长 张爱华
审判员 张 豪
审判员 刘卫红
二〇一四年十二月十九日
书记员 李 倩