新疆维吾尔自治区高级人民法院伊犁哈萨克自治州分院
民 事 判 决 书
（2015）伊州民二终字第270号
上诉人（原审原告）：伊犁冠通生物科技有限公司。
法定代表人：尹胜，系该公司董事长。
委托代理人：张江，新疆天和律师事务所律师。
被上诉人（原审被告）：新源县群鑫农作物种植专业合作社。
法定代表人：丁武，系该合作社主任。
委托代理人：袁刚，新疆信禾诚律师事务所律师。
上诉人伊犁冠通生物科技有限公司（以下简称伊犁冠通公司）因与被上诉人新源县群鑫农作物种植专业合作社（以下简称新源群鑫专业合作社）委托代理合同纠纷一案，不服伊宁县人民法院于2015年2月3日作出的（2014）伊县民初字第2243号民事判决，向本院提出上诉。本院受理后，依法组成合议庭于2015年6月2日公开开庭进行了审理。上诉人伊犁冠通公司的委托代理人张江、被上诉人新源群鑫专业合作社的委托代理人袁刚到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
伊犁冠通公司原审诉称：2013年9月27日，其与新源群鑫专业合作社就玉米代收代储事宜在伊宁县签订了一份《玉米收储协议》。协议约定：新源群鑫专业合作社为其收购玉米7800吨，以实际入库数为准，价格暂定为1.58元／公斤，协议履行期限至2014年8月31日止。协议签订后，其依约履行了约定的义务，但新源群鑫专业合作社却以种种借口拖延协议的履行，并以退还部分货款的方式拒绝履行义务。故诉至法院，请求判令：1、判决新源群鑫专业合作社退还货款391272元；2、判决新源群鑫专业合作社支付违约金787600元；3、判决新源群鑫专业合作社依约履行开具发票的义务；4、判决新源群鑫专业合作社承担一切涉诉费用（诉讼费、保全费、担保费等）。
新源群鑫专业合作社原审辩称：其受伊犁冠通公司委托代其收购并仓储玉米，所收玉米价格、水份、质量是经伊犁冠通公司确定的。其按合同约定替伊犁冠通公司收购了6949吨玉米，伊犁冠通公司未按协议约定及时付款错过了收购季节，其未完成收储数量不存在违约行为。11月8日《确认函》所反映的“完成了收购，数量确认为7800吨”的内容为虚假，理由一是收购并烘干入库的玉米双方未过秤无法确认库存数量，另外伊犁冠通公司在11月8日前没有按协议约定付清7800吨玉米收购款1189.6万元，只付了756万元。11月12日，伊犁冠通公司虽又支付了433.6万元玉米收购款，但因错过了玉米收购季，致使无法完成双方确认的收储量。伊犁冠通公司代储玉米数量应为6949吨，上述玉米在仓储期间因水份挥发数量减少了l59.18吨，致使伊犁冠通公司在拉运对玉米数量为6789.81吨。6949吨玉米价款为10602480元。另，2013年11月底其退还给伊犁冠通公司（实为潘月刚）336000元；2014年7月28日，其退还给伊犁冠通公司912080元。根据《玉米收储协议》约定，伊犁冠通公司应支付仓储费277960元。以上双方款项相互冲抵，伊犁冠通公司还应支付其仓储费232520元。故伊犁冠通公司的第一、二、四项诉讼请求均不能成立，请求驳回。第三项开具发票的请求必须等伊犁冠通公司付清仓储费用后才能履行。
原审判决查明：2013年9月27日，伊犁冠通公司、新源群鑫专业合作社就玉米代收代储事宜，签订了一份《玉米收储协议》。依据该协议：新源群鑫专业合作社（为乙方）为伊犁冠通公司（为甲方）代收代储玉米7800吨，以实际入库数量为准，价格暂定为1.58元／公斤，协议履行期限至2014年8月31日止。协议还约定：1、收购时以新源群鑫专业合作社收购储存点过磅数量作为基础，按质量标准要求高于14%水份的须折算为14％的水份后的数量作为调拨数量；2、伊犁冠通公司以出具的委托书为依据，按照以不高于14%水份标准的收购数量每1000吨向新源群鑫专业合作社支付代收购款；3、新源群鑫专业合作社未按本协议约定调拨标的物的，伊犁冠通公司有权要求新源群鑫专业合作社在协议期限内调拨标的物，继续履行协议，由此给伊犁冠通公司造成经济损失的由新源群鑫专业合作社承担；若在协议期限内新源群鑫专业合作社不能按质按量调拨标的物，新源群鑫专业合作社赔偿伊犁冠通公司未调拨标的物价值的10%的违约金；4、所有伊犁冠通公司已支付款项的已售出玉米的所有权归伊犁冠通公司所有，新源群鑫专业合作社未经伊犁冠通公司书面许可，不得私自转运、出售或抵押，否则，伊犁冠通公司有权暂停本协议的履行，封存新源群鑫专业合作社所有售出的玉米，同时新源群鑫专业合作社承担转运、出售或抵押总货值50%的违约金等其他条款。协议签订后至同年11月1日止，伊犁冠通公司陆续通过李建新转付给新源群鑫专业合作社756万元用于支付农户玉米收购款。
另查，李建新系伊犁冠通公司委托收储玉米单位绿野公司和新源群鑫专业合作社共同的收款人，其在2013年11月1日前共计收到伊犁冠通公司支付的玉米收购款1099.6万元。上述款中，李建新给新源群鑫专业合作社转付了756万元，给绿野公司转付了玉米收购款343.6万元。同年11月8日，伊犁冠通公司、新源群鑫专业合作社在未经双方过磅验磅情况下签订《确认函》，确认新源群鑫专业合作社代收玉米为7800吨，玉米收购价格、价款1189.6万元，其中500吨，单价为每吨1580元；另外509吨，单价为每吨1540元；余下的6800吨单价为每吨1520元。同年11月12日，伊犁冠通公司又向李建新帐户汇了433.6万元，作为玉米收购款。2013年11月份，新源群鑫专业合作社通过李建新退给伊犁冠通公司的委托代理人潘月刚33.6万元玉米收储款。2014年7月28日，新源群鑫专业合作社退还伊犁冠通公司玉米收储款912080元。2014年6月至7月间，伊犁冠通公司将其在新源群鑫专业合作社处代储的玉米进行了提取调运，调运时玉米水份含量在10%和12.5%之间，数量为6789.81吨。根据《玉米收储协议》第4.1的约定，玉米水份按14%折算，6789.81吨玉米自然挥发掉的水份应为159.18吨。
还查明：2013年9月27日，伊犁冠通公司与案外人绿野公司也签订了一份《玉米收储协议》，约定由绿野公司为其代收代储10000吨玉米，收购款由伊犁冠通公司通过李建新转付。2013年11月5日，双方签订《玉米收储补充协议》，将合同标的物数量变更为2200吨，并确认伊犁冠通公司已付收购款343.6万元。
原审判决认为：一、关于新源群鑫专业合作社为伊犁冠通公司代收代储的玉米数量实际是多少问题。根据双方签订的《玉米收储协议》内容应确定伊犁冠通公司、新源群鑫专业合作社双方之间是委托代理关系，新源群鑫专业合作社是受伊犁冠通公司委托代收代储玉米，伊犁冠通公司、新源群鑫专业合作社双方约定按14%的水份折算收储玉米并支付农户玉米款的。新源群鑫专业合作社代为收储的玉米所有权属伊犁冠通公司所有，上述玉米在仓储期间随时间和气温变化致使水份从14%挥发至伊犁冠通公司提取的10%至12.5%之间均属正常，造成的玉米的重量减少至6789.81吨属自然现象，其减少的水份折算出数量为159.18吨应计入伊犁冠通公司、新源群鑫专业合作社确认的玉米数量中，故认可新源群鑫专业合作社提出的玉米数量按6949吨计算（6789.81吨＋159.18吨＝6949吨），伊犁冠通公司、新源群鑫专业合作社双方应按此6949吨的重量结算玉米款及仓储费。二、关于新源群鑫专业合作社是否应当支付伊犁冠通公司未履行部份50%违约金787600元问题。伊犁冠通公司根据2013年11月8日双方签字的《确认函》确认新源群鑫专业合作社已收购了7800吨玉米，此后未交付足额数量玉米，属于违约行为，并要求按照合同条款7.1.5“所有甲方已支付款项的已售出玉米的所有权归甲方所有，乙方未经甲方书面许可，不得私自转运、出售或抵押，否则，甲方有权暂停本协议的履行，封存乙方所有售出的玉米，同时乙方承担转运、出售或抵押总货值50%的违约金，”的约定支付违约金。根据法律规定，当事人对自己主张的事实应提供相应的证据，未提供的，应由负有举证责任的一方承担举证不利的后果。伊犁冠通公司向法庭出示的证据均不足以证明新源群鑫专业合作社有私自转运、出售或抵押的行为。伊犁冠通公司认可在2013年11月8日前未足额向新源群鑫专业合作社支付玉米代收款，且双方在未对仓储的玉米进行过磅并验磅的情况下，于11月8日双方签字确认已收购了7800吨玉米的《确认书》不真实，不能作为双方结算玉米款的依据。伊犁冠通公司、新源群鑫专业合作社双方的此行为均有不妥之处，仅据此《确认书》认为新源群鑫专业合作社的行为构成违约，要求新源群鑫专业合作社承担未履行部份50%的违约金787600元，理由不够充分。伊犁冠通公司要求新源群鑫专业合作社承担787600元违约金的诉讼请求，证据不足，不能成立，不予支持。三、关于新源群鑫专业合作社应否退还伊犁冠通公司货款、数额如何确定的问题。新源群鑫专业合作社替伊犁冠通公司代收代储的玉米数量为6949吨，按双方确定的价格其货物价值为10602480元（500吨×1580元／吨＝790000元；500吨×1540元／吨＝770000元；5949吨×1520元／吨＝9042480元），伊犁冠通公司应支付新源群鑫专业合作社仓储费为277960元（6949吨×40元／吨）。伊犁冠通公司收到新源群鑫专业合作社退还的玉米收购款912080元，新源群鑫专业合作社承认收到玉米收购款11896000元。新源群鑫专业合作社辩称退还伊犁冠通公司的委托代理人潘月刚玉米收购款336000元，应视为已退还给伊犁冠通公司，伊犁冠通公司对此予以否认。由于该笔款项潘月刚收取并未得到伊犁冠通公司的授权，也无证据证实伊犁冠通公司已收到此笔款，且通过新源群鑫专业合作社将912080元货款退还给伊犁冠通公司法人代表的行为可以认定，新源群鑫专业合作社给付潘月刚336000元的行为不符合其双方账务往来习惯，故无法认定新源群鑫专业合作社已经退还伊犁冠通公司玉米款336000元。故新源群鑫专业合作社的辩解，不予支持。根据伊犁冠通公司、新源群鑫专业合作社上述往来帐款相互冲抵，新源群鑫专业合作社应退还原告玉米款103480元（11896000元－10602480元－912080元－277960元＝103480元）。综上所述，依法成立的合同应受法律保护，合同签订方应按合同约定履行义务，违反合同义务应承担相应的违约责任。伊犁冠通公司未按双方约定先履行支付代收款义务，致使新源群鑫专业合作社在收购季节无法完成双方确认的代收代储玉米数量，其责任在伊犁冠通公司。伊犁冠通公司要求新源群鑫专业合作社开具发票的诉讼请求，因开具发票属国家规定的强制性义务，属税务行政部门管理范围，开具发票行为属行政法律关系，在本案民事纠纷中不作处理。伊犁冠通公司要求新源群鑫专业合作社支付担保费的诉讼请求无法律依据，不予支持。保全费、诉讼费由诉讼双方按胜败诉比例分别承担。依照《中华人民共和国合同法》第八条、第六十条、第一百零十条、第一百一十四条、第三百九十六条、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条之规定，判决：新源群鑫专业合作社于判决生效之日起五日内退还伊犁冠通公司货款103480元；二、驳回伊犁冠通公司其他诉讼请求。逾期不履行本判决确定的金钱给付义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条的规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。案受件理费15410元，减半收取7705元，由伊犁冠通公司负担5933元，新源群鑫专业合作社负担1772元。保全费5000元，由伊犁冠通公司负担3850元，新源群鑫专业合作社负担1150元。
伊犁冠通公司不服原审判决，向本院提起上诉称：一、关于《玉米收储协议》是否涉及扣减水份的问题。《玉米收储协议》第3.6.1条明确规定：“收购时，以乙方收购、储存点过磅数量作为基础，按质量标准要求高于14％水份的须折算为14％的水份后的数量作为调拨数量。”此款明确的约定了1520元／吨、1540元／吨和1580元／吨是在已经扣减水份后价格，因此原审在新源群鑫专业合作社没有提供上述玉米收购价含水份证据的情况下，以6789.81吨玉米自然挥发掉的水份为159.18吨为由，并作出新源群鑫专业合作社为其代收代储的玉米数量为6949吨的认定，是违背本案合同约定的错误认定，应予以纠正。二、关于是否足额支付玉米收购款的问题。2013年11月8日《确认函》明确注明新源群鑫专业合作社已组织收购完毕，7800吨玉米分别储存于新源县种羊场仓库，以上玉米收购、储存数量及价格经甲乙双方签字确认后生效。该《确认函》已经双方签字确认，同时新源群鑫专业合作社向原审提交的李建新“证明”，足以印证其足额支付7800吨玉米款。根据新源群鑫专业合作社所称仅收取756万元货款，而发货金额10996088元，则其少付玉米收购款3436088元，新源群鑫专业合作社不应退还货款，而事实上，新源群鑫专业合作社于2014年7月28日退还其货款912080元，据此其不存在未足额支付收购款而违约的事实。原审对双方签字的《确认函》所确认的事实不予认定，而认定其未足额支付收购款构成违约，有悖事实，属认定事实错误。三、关于新源群鑫专业合作社是否应退还其货款、支付违约金并履行开具发票义务的问题。根据其在原审提供与宋锐的玉米购销合同、玉米入库数据单证、《确认函》、支付凭证及新源群鑫专业合作社自认的“证明”，足以证明新源群鑫专业合作社未按合同约定全面履行合同义务，并在未经其同意的情况下私自处分了所有权归属其的玉米1010吨，明显构成违约，应当退还货款、并承担支付违约金的责任。开具纳税发票是法定义务，且《玉米收储协议》第4.3条款中对开具纳税发票也作出了明确约定，该条款规定“甲方按质量标准和入库数量调拨玉米完毕，乙方向甲方提供全额仓储费发票后，甲方向乙方支付玉米储存费。”因此开具纳税发票是新源群鑫专业合作社应当履行的合同义务，原审以“开具发票行为属行政法律关系，在本案民事纠纷中不作处理。”为由，驳回其该项诉请明显不当。综上，请求撤销原审判决，依法改判由新源群鑫专业合作社返还货款391272元、支付违约金787600元及履行合同附随开具发票之义务。本案一切涉诉费用由新源群鑫专业合作社承担。
新源群鑫专业合作社答辩称：双方之间是委托代理关系，其是受伊犁冠通公司的委托收购，合同虽然约定代收代储玉米是7800吨，但同时约定具体数量以实际入库数量为准。由于2013年11月8日的《确认函》是双方在未对仓储的玉米进行过磅并验磅的情况下签订的，因此该《确认函》认定代收代储玉米数量不正确，不能作为定案证据。由于李建新系伊犁冠通公司委托收储玉米单位绿野公司和其共同的收款人，李建新在11月8日前共计收到伊犁冠通公司打款1099.6万元后，仅支付其756万元，另外343.6万元支付给了绿野公司，因此伊犁冠通公司上诉称已足额支付收购款与事实相悖。根据合同约定收购的玉米所有权属于伊犁冠通公司，收购的玉米储存过程中水份自然蒸发，导致玉米重量自然减少，应该计算并由伊犁冠通公司自行承担。合同约定其将收购的玉米私自转运、倒卖、抵押承担转运、倒卖、抵押总货值50%的违约金，伊犁冠通公司要求其承担支付787600元违约金的责任，并没有提供其转运、倒卖、抵押收购玉米的证据，因此伊犁冠通公司主张的违约金是没有事实和法律依据。合同中虽然对仓储费约定了开具发票，但开具发票行为属行政法律关系，且伊犁冠通公司又未支付仓储费用，因此原审在本案民事纠纷中不作处理正确。综上，伊犁冠通公司的上诉理由不能成立，请求驳回上诉，维持原判。
经本院审理查明，除原审查明伊犁冠通公司、新源群鑫专业合作社在未经双方过磅验磅情况下签订《确认函》的事实不予认定以及新源群鑫专业合作社收到伊犁冠通公司玉米收购款应认定为11896000元外，原审法院查明的其他案件事实属实，本院予以确认。
本院另审理查明，《玉米收储协议》第4.2条约定：玉米的储存费用，甲方（伊犁冠通公司）按入库数量以每公斤包干价0.04元支付乙方（新源群鑫专业合作社）储存费用。第4.3条款约定：甲方（伊犁冠通公司）按质量标准和入库数量调拨玉米完毕，乙方（新源群鑫专业合作社）向甲方提供全额仓储费发票后，甲方向乙方支付玉米储存费。
原审认定新源群鑫专业合作社承认收到伊犁冠通公司玉米收购款11896000元，并以此为基数对双方往来帐款进行相互冲抵，对此新源群鑫专业合作社未提出异议。
本院认为，本案争议焦点是：1、《玉米收储协议》履行中谁构成违约，伊犁冠通公司主张的违约金请求是否成立；2、伊犁冠通公司主张由新源群鑫专业合作社返还货款请求是否成立；3．新源群鑫专业合作社应否履行代开发票的义务。
关于焦点一问题。最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第二条规定：“当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实有责任提供证据加以证明。没有证据或者证据不足以证明当事人的事实主张的，由负有举证责任的当事人承担不利后果。”本案中，就新源群鑫专业合作社未全面履行交付代收代储玉米义务构成违约的事实，庭审中伊犁冠通公司提供了双方于2013年11月8日的《确认函》予以证明。对此新源群鑫专业合作社在庭审中虽然以“《确认函》确认的玉米数量未经过磅并验磅，该《确认函》确认的玉米数量不能作为定案证据”为由，否认违约事实，但其未提供反驳证据推翻《确认函》确认的玉米数量，因此本院对《确认函》确认的玉米收购、储存数量、价格及效力予以认定。《确认函》在双方签字确认生效后，新源群鑫专业合作社不按约向伊犁冠通公司履行交货7800吨玉米的义务，明显构成违约，因此新源群鑫专业合作社应当对其违约行为承担责任。《中华人民共和国合同法》第一百一十四条第一款规定“当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。”最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第七十六条规定：“当事人对自己的主张，只有本人陈述而不能提出其他相关证据的，其主张不予支持。但对方当事人认可的除外。”本案《玉米收储协议》第7.1.5条对新源群鑫专业合作社承担支付违约金情形约定为：所有伊犁冠通公司已支付款项的已售出玉米的所有权归伊犁冠通公司所有，新源群鑫专业合作社未经伊犁冠通公司书面许可，不得私自转运、出售或抵押，否则，伊犁冠通公司有权暂停本协议明履行，封存新源群鑫专业合作社所有售出的玉米，同时新源群鑫专业合作社承担转运、出售或抵押总货值50%的违约金。由于伊犁冠通公司诉讼过程中所出示的证据，不能证明新源群鑫专业合作社在《玉米收储协议》履行过程中有私自转运、出售或抵押收购玉米的行为，且新源群鑫专业合作社对存在有私自转运、出售或抵押收购玉米的事实不予认可，伊犁冠通公司又不能提供其他相关证据加以证明。因此伊犁冠通公司要求新源群鑫专业合作社承担支付787600元违约金的请求，有悖《玉米收储协议》约定，本院不予支持。对于《玉米收储协议》7.1.1条约定的“若在协议期限内新源群鑫专业合作社不能按质按量调拨标的物，新源群鑫专业合作社赔偿伊犁冠通公司未调拨标的物价值的10%的违约金。”问题，由于新源群鑫专业合作社未按《确认函》确认的7800吨玉米足量供货，仅供货6789.81吨，导致伊犁冠通公司1010.19吨玉米（7800吨－6789.81吨）未调拨，因此新源群鑫专业合作社应按《玉米收储协议》7.1.1条的约定，对未交付的1010.19吨玉米价值为1535488.8元（1010.19吨×1520元）按10%计算承担违约责任，即应承担的违约金为153548.88元（1535488.8元×10%）。
关于焦点二问题。最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第七十四条规定：“诉讼过程中，当事人在起诉状、答辩状、陈述及其委托代理人的代理词中承认的对己方不利的事实和认可的证据，人民法院应当予以确认。但当事人反悔并有相反证据足以推翻的除外。”原审根据新源群鑫专业合作社在庭审陈述承认收到玉米收购款11896000元的事实，作出新源群鑫专业合作社收到伊犁冠通公司支付的玉米收购款为11896000元的认定后，新源群鑫专业合作社不持异议，据此本院对伊犁冠通公司支付玉米收购款为11896000元的事实，予以确认。本案《玉米收储协议》第3.6.1条约定“收购时，以乙方收购、储存点过磅数量作为基础，按质量标准要求高于14％水份的须折算为14％的水份后的数量作为调拨数量。”根据该条款约定，伊犁冠通公司调拨玉米数量以新源群鑫专业合作社收购、储存点过磅数量作为基础，新源群鑫专业合作社收购、仓储的玉米在伊犁冠通公司调拨时水份不得高于质量标准要求的14％，并未约定当调拨时水份挥发低于14％造成数量减少应计入双方确认的玉米调拨数量中。因此伊犁冠通公司提取调运的6789.81吨水份含量在10%和12.5%之间的玉米，不应按14％再折算重量，对调拨时水份挥发减少的159.18吨损耗，不应由伊犁冠通公司承担。《中华人民共和国合同法》第三百九十四条规定“储存期间，因保管人保管不善造成仓储物毁损、灭失的，保管人应当承担损害赔偿责任。因仓储物的性质、包装不符合约定或者超过有效储存期造成仓储物变质、损坏的，保管人不承担损害赔偿责任。本案新源群鑫专业合作社作为收购、仓储玉米的保管人，应当对对仓储物发生毁损、灭失承担损害赔偿责任。因此原审将仓储的玉米水份挥发减少的159.18吨计入双方确认的玉米数量中，有悖《玉米收储协议》的约定和法律规定，本院予以纠正。《玉米收储协议》第4.2条约定“玉米的储存费用，伊犁冠通公司按入库数量以每公斤包干价0.04元支付新源群鑫专业合作社储存费用。”本案中，新源群鑫专业合作社实际交付伊犁冠通公司玉米数量为6789.81吨，伊犁冠通公司应支付的仓储费用为271592.4元（6789.81吨×40元／吨），按双方签订的《确认函》确认的价格，伊犁冠通公司应支付的货物价值为10360511.2元（500吨×1580元／吨＝790000元；500吨×1540元／吨＝770000元；5789.81吨×1520元／吨＝8800511.2元），新源群鑫专业合作社于2014年7月28日退还伊犁冠通公司货款912080元。由于新源群鑫专业合作社退还给潘月刚玉米收购款336000元，并未得到伊犁冠通公司的授权，也无证据证实伊犁冠通公司已收到此笔款，且新源群鑫专业合作社退还给潘月刚336000元的行为不符合其双方账务往来习惯，因此原审对该笔不予认定系退还伊犁冠通公司玉米收购款正确，本院予以维持。根据上述往来帐款相互冲抵后，新源群鑫专业合作社实际应当退还伊犁冠通公司的货款为351816.4元（11896000元－271592.4元－10360511.2元－912080元）。
关于焦点三问题。《玉米收储协议》第4.3条款约定：甲方（伊犁冠通公司）按质量标准和入库数量调拨玉米完毕，乙方（新源群鑫专业合作社）向甲方提供全额仓储费发票后，甲方向乙方支付玉米储存费。根据该条款约定，新源群鑫专业合作社按照伊犁冠通公司调拨玉米数量提供全额仓储费发票是其应当履行的合同义务。《中华人民共和国合同法》第六十条第一款规定“当事人应当按照约定全面履行自己的义务。”鉴于《玉米收储协议》所约定的“开具仓储费发票”不违反法律强制性规定，且双方之间6789.81吨玉米的仓储关系已实际发生，同时《中华人民共和国税收征收管理法》第二十一条第二款规定“单位、个人在购销商品、提供或者接受经营服务以及从事其他经营活动中，应当按照规定开具、使用、取得发票。”因此伊犁冠通公司主张对已调拨6789.81吨玉米由新源群鑫专业合作社开具仓储费发票的请求，有合同依据和法律依据，应当予以支持。原审以开具发票行为属行政法律关系为由，在本案民事纠纷中不作处理，有悖合同约定和法律规定，显然不当，本院予以纠正。
综上，伊犁冠通公司部分主张成立，本院予以支持。依照《中华人民共和国合同法》第六十条第一款、第一百一十四条第一款、第三百九十四条、《中华人民共和国税收征收管理法》第二十一条第二款、最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第二条、第七十四条、第七十六条《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（三）项之规定，判决如下：
撤销伊宁县人民法院（2014）伊县民初字第2243号民事判决书；
被上诉人新源县群鑫农作物种植专业合作社于本判决生效之日起十日内退还上诉人伊犁冠通生物科技有限公司货款351816.4元；
被上诉人新源县群鑫农作物种植专业合作社于本判决生效之日起十日内向上诉人伊犁冠通生物科技有限公司支付违约金153548.88元；
若未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
被上诉人新源县群鑫农作物种植专业合作社于本判决生效之日起五日内向上诉人伊犁冠通生物科技有限公司开具6789.81吨玉米仓储费发票；
驳回上诉人伊犁冠通生物科技有限公司的其他诉讼请求。
一审案件受理费7705元，二审案件受理费14479元，合计22184元，由上诉人上诉人伊犁冠通生物科技有限公司负担8873.6元，被上诉人新源县群鑫农作物种植专业合作社负担13310.4元。保全费5000元，被上诉人新源县群鑫农作物种植专业合作社负担。
本判决为终审判决。
审判长 黄 明
审判员 彭红梅
审判员 芦海龙
二〇一五年十月十二日
书记员 孙 杰