宁夏回族自治区银川市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）银民初字第175号
原告（反诉被告）：宁夏煤炭勘查工程公司，住所地宁夏回族自治区银川市金凤区新昌东路158号。
法定代表人：刘自俭，该公司总经理。
委托诉讼代理人：李宏奎，宁夏正义达律师事务所律师。
被告（反诉原告）：中电投宁夏青铜峡能源铝业集团有限公司，住所地宁夏回族自治区银川市金凤区新昌西路168号。
法定代表人：刘丰，该公司董事长。
委托诉讼代理人：韩学丹、张瑞，宁夏合天律师事务所律师。
被告（反诉原告）：中电投宁夏青铜峡能源铝业集团有限公司煤炭煤化工分公司，住所地宁夏回族自治区银川市金凤区新昌西路168号。
负责人：颜传宝，该公司总经理。
委托诉讼代理人：韩学丹，宁夏合天律师事务所律师。
委托诉讼代理人：李祖国，男，1971年2月26日出生，汉族，系该公司副总经理，住宁夏回族自治区银川市金凤区。
原告宁夏煤炭勘查工程公司与被告中电投宁夏青铜峡能源铝业集团有限公司建设工程勘查合同纠纷，本院受理后，依据原告申请追加中电投宁夏青铜峡能源铝业集团有限公司煤炭煤化工分公司作为本案共同被告参加诉讼。审理过程中，被告中电投宁夏青铜峡能源铝业集团有限公司、中电投宁夏青铜峡能源铝业集团有限公司煤炭煤化工分公司提起反诉。本院依法组成合议庭，于2015年11月24日、2016年1月14日、2016年7月3日公开开庭进行了审理。原告宁夏煤炭勘查工程公司及其委托诉讼代理人李宏奎，被告中电投宁夏青铜峡能源铝业集团有限公司（以下简称中电投公司）的委托诉讼代理人韩学丹、张瑞，中电投宁夏青铜峡能源铝业集团有限公司煤炭煤化工分公司（以下简称中电投煤化工分公司）的委托诉讼代理人韩学丹、李祖国到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告宁夏煤炭勘查工程公司向本院提出诉讼请求：1.要求被告中电投公司支付原告工程款18214492.89元，利息1249008.25元，（自2014年5月1日起暂计算至2015年7月13日），共计19463501.14元，并支付自2015年7月14日起剩余工程款（按中国人民银行同期贷款利率计算）的利息；2.本案诉讼费由被告中电投公司承担。诉讼过程中，原告变更诉讼请求为：1.要求被告中电投公司支付原告工程款5825696.55元，利息399480.96元，（自2014年5月1日起暂计算至2015年7月13日），共计6225177.51元，并支付自2015年7月14日起剩余工程款（按中国人民银行同期贷款利率计算）的利息；2.要求被告中电投煤化工分公司支付原告工程款12388796.34元，利息849727.31元（自2014年5月1日起暂计算至2015年7月13日），共计13238523.65元，并支付自2015年7月14日起剩余工程款（按中国人民银行同期贷款利率计算）的利息；3.要求被告中电投公司在被告中电投煤化工分公司拖欠工程款的范围内承担连带清偿责任；4.本案诉讼费由二被告承担。
事实和理由：2008年3月8日原告与被告中电投公司签订合同，约定由原告为其负责”红墩子矿区红一井煤炭资源勘探（精查）”项目，工程价款为31442585元；同年，双方再次签订合同，约定原告为其负责”红一煤矿回风立井筒地质检查孔工程”项目，工程价款为2434000元；2009年6月10，双方签订第三份合同，约定由原告为其负责”红墩子矿区红一煤矿主、副井井筒地质检查孔”项目，工程价款为448万元。工程竣工验收后，双方对上述三项工程进行结算。经结算，红一井田精查合同结算金额34903377元，被告中电投公司支付工程款29667870.45元，下余5235006.55元未付；红一煤矿回风立井合同结算金额2307900元，被告中电投公司支付工程款220万元，下余107900元未付；红一煤矿主、副井合同结算金额4822900元，被告中电投公司支付工程款4340110元，下余482790元未付。以上未付款总计5825696.55元。
2010年3月15日，原告又与被告中电投煤化工分公司签订合同，约定由原告为其负责”红墩子矿区红五红六井田煤炭资源勘探”项目，工程款为85766800元；2010年10月，双方又签订合同，约定原告为其负责”红墩子矿区红二煤矿主、副、风井井简地质检查孔工程”项目，工程款为660万元。工程竣工验收后，双方将工程交给北京华建联造价工程师事务所进行结算审核，双方根据审核结果进行结算。经审核红二煤矿合同审定金额为4939129.47元，被告中电投煤化工分公司支付工程款480万元，下余139129.47元未付；红五红六井田合同审定金额为76718375.27元，被告中电投煤化工分公司支付63851690.89元，下余12249666.87元未付。上述未付工程款共计12388796.34元。
以上五份合同施工的工程，实际由被告中电投煤化工分公司占有、使用，因此原告向被告中电投煤化工分公司出具询证函，将所有往来帐目进行核对：截止2014年12月31日，被告中电投煤化工分公司拖欠原告工程款18214492.89元，被告中电投煤化工分公司对询证函予以确认。现原告已按照上述合同约定完成了施工任务，且均已办理了竣工结算，但二被告拖欠下余工程款不付，故原告起诉。
被告中电投公司辩称，原告对中电投公司就《红一井田精查合同》《红一煤矿回风立井检查孔合同》《红一煤矿主副井检查孔合同》要求支付工程款5825696.55元，与事实不符。1.《红一井田精查合同》，双方对价款的结算违背合同约定的计算标准，多结算费用344.8217万元。合同约定：计费标准及结算依据是《国家计委关于重新审定颁煤炭地质勘探收费标准的通知》（计价费【1996】2853号），但双方结算时并未按此收费标准进行结算，多结算费用344.8217万元，实际结算价应当为31455160元。另原告逾期交工应在价款中扣除违约金467705.56元。合同约定：原告应于2009年5月15日前向被告提交送审稿；送审稿经有关部门审定后30日内即2009年6月15日前向被告提交地质报告审定稿，如未按期提交每超一日减收勘察费万分之一。原告实际于2009年10月27日才将勘察报告经国土资源厅审查通过，迟延134天，应承担违约并减收勘察费467705.56元。该费用应从工程款中扣除。2.《红一煤矿回风立井检查孔合同》，双方对合同价款的结算违背合同约定的计算标准，应依据计价费【1996】2853号通知，多结算费用123030元，实际结算价应当为2184870元。原告逾期交工应承担违约金71545元。合同约定：原告应于2009年1月20日竣工并提交勘察报告，否则每迟延一日应向被告支付应付工程款2‰的违约金。原告实际于2009年2月20日竣工并向被告提交勘察报告，迟延31天应付违约金71545元，应在工程款中扣减。3.《红一煤矿主副井检查孔合同》，双方对合同价款的结算违背合同约定的计算标准，应依据计价费【1996】2853号通知，多结算费用338606元，实际结算价应当为4484294元。原告逾期交工应在价款中扣除违约金20万元。合同约定：原告应于2009年8月8日竣工并将检查报告提交给被告方，否则工期每迟延一天承担5000元逾期违约金。原告实际于2009年9月18日将主副井施工结束，逾期40天应承担违约金20万元，应在工程款中扣除。
被告中电投煤化工分公司辩称，原告对煤炭煤化工分公司就《红五红六井田勘察合同》、《红二煤矿检查孔合同》要求支付工程款12388796.34元，与事实不符。1.《红五红六井田勘察合同》，（1）合同约定：原告应于2010年7月31日前完成野外工作，2010年9月10日使地勘报告经自治区国土资源厅评审通过，否则每拖期一天承担违约金10万元。原告实际于2010年8月10日完成野外工作，应承担违约金100万元；地勘报告于2010年12月11日才经自治区国土资源厅评审通过，超期82天，应承担违约金820万元，两项合计应承担违约金920万元。按合同约定违约金最高承担金额为合同价的10%，原告应承担违约金767.18万元，该费用应从工程款中扣除。（2）合同中约定的安全保证金428834元，风险抵押金30000元，作为应退还款项，非应支付的工程款，原告将此款计入应付工程款错误。2.《红二煤矿检查孔合同》，（1）合同约定：原告应于2011年1月5日前完成野外工程施工，于2011年1月21日前提交地质报告（供审稿）；否则每拖期一天承担违约金1万元，但原告实际于2011年1月25日完成野外工作，超期20日，应承担违约金20万元；于2011年1月31日才向答辩人提交地质报告（供审稿），超期10天，应承担违约金10万元，两项合计应承担违约金30万元，应从工程款中扣减。（2）被告对外公开招投标时，在招标文件中明确约定，总报价中包含3%合同预留金单列于工程清单中，用于结算调增额部分，如在工程量清单中未填写该报价，则被视为包含在其它报价中，双方在结算时，由于专业知识欠缺，未将3%合同预留金即198174元在合同结算价中单列，而混在应付工程款中。该款项不应作为工程款支付。前述二份合同，合计应付合同价款7302.8696万元，已付款6672.7542万元，下剩工程款为630.1154万元，并非原告所述1238.8796万元。
被告中电投公司、中电投煤化工分公司提出反诉请求：1.要求反诉被告宁夏煤炭勘查工程公司向反诉原告中电投公司支付工程违约金73.9251万元；2.反诉被告向反诉原告中电投煤化工分公司支付工程违约金797.18万元；3.反诉费用由反诉被告承担。事实理由：与二被告答辩意见一致。
反诉被告宁夏煤炭勘查工程公司辩称，涉案工程已经进行结算，该结算合法有效，是双方真实意思表示，且双方每年均对债权债务对账确认，实际履行中双方从未有争议。双方结算后已超过两年诉讼时效，反诉原告主张反诉被告承担违约责任不应得到支持。
双方针对各自主张分别向本院出示了证据，本院组织双方进行了质证。对原、被告分别出示的《红墩子矿区红一井田煤炭资源勘探（精查）合同》、《红墩子矿区红一井田煤炭资源勘探（精查）合同》、《红墩子矿区红一煤矿回风立井井筒地质检查孔工程施工合同》、《红墩子矿区红一煤矿主、副井井筒地质检查孔、红墩子矿区红五、六井田煤炭资源勘探工程合同》、《红墩子矿区红二煤矿主、副、风井井筒地质检查孔工程合同》、工程结算表、审核报告及原告出具的《关于红墩子矿区红五井田煤炭勘探设计的批复》、询证函，被告中电投公司出具的宁夏回族自治区资源储量评审中心《关于发送宁夏银川市红墩子矿区红一井田煤炭勘察报告评审意见书的通知》，被告中电投煤化工分公司出具的《红五、红六井田勘探工程结算审核报告》、《红墩子矿区红二煤矿主、副、风井井筒地质检查孔工程结算审核报告》、《红三井田煤炭资源勘探报告评审意见书》、《红墩子矿区红二煤矿主立井筒检查孔地质报告》、《红墩子矿区红�煤矿主、副、风井井筒地质检查孔工程招标文件》,双方对以上证据的真实性均予认可，本院予以确认并在卷佐证。对被告中电投公司出示的北京中证天通工程造价咨询有限公司出具的《说明》（复印件），原告其对真实性无法确认，对合法性、关联性有异议，该说明系被告单方委托中介机构出具，且双方工程款已经双方审核达成结算，故对被告出示的该证据不予采信。对反诉原告出具的《承诺书》、2013年1月4日、2013年12月20日反诉被告出具的《关于红墩子矿区红五红六井田煤炭资源勘探报告延期交付的函》两份、红五红六井田勘探合同的付款凭证，反诉被告对以上证据的真实性均无异议，本院予以确认并在卷佐证。
根据当事人陈述和经审查确认的证据，本院认定事实如下：2008年，原告与中电投宁夏能源有限公司（后变更名称为�电投宁夏青铜峡能源铝业集团有限公司）签订《中电投宁夏能源红墩子矿区红一井田煤炭资源勘察（精查）勘察合同》（以下简称合同一），约定：原告为被告完成中电投宁夏能源红墩子矿区红一井田煤炭资源勘察（精查）工作，并提交具有相应资质的储量评审部门审核批准的地质报告；原告于2009年5月15日前提交地质报告送审稿，送审稿经有关部门审定后30日内向被告提交地质报告审定稿；合同计费标准为《国家计委关于重新审定颁煤炭地质勘探收费标准的通知》，暂定为31442585元；工程勘察费按工程进度支付，被告于地质报告送审稿通过国土资源部门审查，取得批复文件后20天内向原告支付到决算款的95%，5%做为质量保证金，于一年质保期满后20天内支付；违约责任：原告于2009年5月15日前提交《地质报告》（送审稿），送审稿经有关部门审定后30日内原告向被告提交《地质报告》（审定稿）；由于原告原告未按合同规定时间提交勘察成果资料，每超过一日，应减收勘察费万分之一。2009年8月19日原告向宁夏矿产资源储量评审中心报审《宁夏银川市红墩子矿区红一井田煤炭勘察报告》，于2009年10月22日提交复审稿，国土资源厅评审中心于2009年10月27日审查该报告通过评审。2009年12月7日，原告与中电投宁夏能源有限公司对工程价款进行结算确认，为34903377元。被告已付款29667870.45元。
2008年11月，原告与中电投宁夏能源有限公司签订《中电投宁夏能源红一煤矿回风立井井筒检查孔工程施工合同》（以下简称合同二），约定：原告为被告完成红一煤矿回风立井井筒检查孔工程，开工日期2008年11月1日，竣工日期2009年1月20日；合同价款取费依据《国家计委关于重新审定颁煤炭地质勘探收费标准�通知》及《工程勘察设计收费标准》（2002年修订版），暂定价款为2434000元；工程款于完工初步验收合格后支付50%，其余款项在施工资料移交完成、地质报告提交并审查通过及完成了竣工结算后30日内向原告付清；违约责任：原告无故或未按合同规定时间开始工作或不能按约完成工作并提交勘察工作报告时，每逾期一日，应偿付应付工程款２‰的违约金。原告于2009年2月20日竣工并向被告提交勘察报告，2009年11月24日，双方对原告实际完成工程款进行结算确认，为2307900元。被告已付款220万元。
2009年6月，原告与被告中电投公司签订《中电投红墩子矿区红一煤矿主、副井井筒地质检查孔工程合同书》（以下简称合同三），约定原告完成被告红墩子矿区红一煤矿主、副井井筒地质检查孔工程，包工包料，合同价款4480000�；开工日期2009年6月15日，竣工时间2009年8月8日；工程款支付：野外工作完成并验收通过后付合同价款的50%，提交报告并审查通过付合同价款的40%，预留10%作为质保金，质保期一年；因原告原因不能如期完工，工期每迟延一天承担5000元逾期违约金。2009年11月20日，原告向被告提交《红墩子矿区红一煤矿主、副井井筒地质检查孔工程施工报告》，该施工报告3.2实际施工进度情况中记载：按照计划工程应于2009年9月4日前完成检查孔项目的所有工作。实际项目报告于2009年9月24日完成，工期滞后20天主要原因如下：（1）由于地层条件比较复杂，局部岩芯较为破碎，为保证较高岩芯采取率，施工采取减小钻压、降低转速等技术手段，使得回次进尺减少，导致工程延期；（2）由于施工期间孔内情况不可预知，发生漏孔、坍塌等事故导致工程延期；（3）由于抽水试验�不确定性，使抽水时间延长，造成工程延期。监理单位及建设单位负责人在该报告审核表中均签署”内容基本属实”意见。2009年11月25日，原、被告及监理单位对原告完成实际工程量进行结算，工程价款为4822900元。原告主张已付款4340110元，被告主张已付款4340610元。
2010年3月，原告与被告中电投煤化工分公司签订《红墩子矿区红五、六井田煤炭资源勘察工程合同书》（以下简称合同四），约定：原告为被告完成红墩子矿区红五、六井田煤炭资源勘探设计、勘探、报告编制及报批；合同价款85766800元；工程款按工程进度支付，原告向国土资源部门提交地质报告送审稿后30天内完成竣工决算，竣工决算完成后15日内被告向原告支付到决算款的85%。地质报告送审稿通过国土资源部门审查，取得批复文件后20天内�原告支付到决算款的95%，5%做为质量保证金，于一年质保期满后20天内支付；合同附件关于拖期违约金约定：原告于2010年6月30日完成中间资料提交（满足矿井设计），于2010年7月31日前完成野外工作，于2010年9月10日前提交地勘报告（自治区国土资源厅评审通过），否则每拖期一天各承担违约金10万元；延期违约金总限额为合同总价款的10%。合同签订后，宁夏自治区发改委于2010年4月发文同意红五、红六井田合并，宁夏国土资源厅于2010年5月19日下发《关于红墩子矿区红五井田煤炭勘探设计的批复》并附《勘探设计评审意见书》，载明由中电投公司报送的红墩子矿区红五井田煤炭勘探设计已经评审通过，并要求中电投公司按照设计和评审意见组织勘查施工，并按期提交勘探成果报告。原告于2010年6月29日向被告提交了中间资料，于2010年8月10日完成野外工作，于2010年9月9日向被告提交《地勘报告》供审稿并报自治区国土资源厅评审，于2010年11月15日向被告提交《地勘报告》终审稿并报宁夏国土资源厅评审，宁夏国土资源厅于2010年12月11日下发评审意见书。2013年1月3日、2013年12月20日，原告在其向被告中电投公司下发的《关于红墩子矿区红五红六井田煤炭资源勘探报告延期交付的函》及《关于红墩子矿区红五红六井田煤炭资源勘探项目工程款的函》中，主张其勘探工作延期主要系因合同履行中红五、红六井田合并为红三井田，需修改勘探设计，宁夏国土资源厅于2010年5月19日下发设计批复同意施工，致开工日期顺延60日，宁夏国土资源厅在其后未及时安排组织评审和下发评审意见，致延误45天，其并未违约。
另，2011年4月28日，原、被告对原告完成实际工程量进行结算，工程价款为76718375.27元�原告主张已付款63851690.89元，被告主张已付款为64927542元，并提交2010年4月至2011年9月收据七份欲予证实，其中2011年2月9日、2011年9月29日（共计金额24108439.2元）未注明具体工程名称。另原告向被告中电投煤化工分公司交纳安全保证金428834元，风险抵押金30000元。原告主张安全保证金428834元，风险抵押金30000元被告已退还，被告已付款中不包含上述费用。被告主张以上款项未退还。
2010年10月，原告与被告中电投煤化工分公司签订《红墩子矿区红二煤矿主、副、风井井筒地质检查孔工程合同书》（以下简称合同五）约定：原告为被告完成红墩子矿区红二煤矿主、副、风井井筒地质检查孔工程；合同价款660万元；原告于2011年1月5日前完成野外工程施工，2011年1月21日前提交地质报告（供审稿）；于专家评审后3日内提交最终稿，否则每拖期�天承担违约金1万元；延期违约金总限额为合同总价款的10%。被告中电投煤化工分公司主张原告实际于2011年1月25日完成野外工作，超期20日；于2011年1月31日向被告提交地质报告（供审稿），超期10天。被告对原告以上陈述完成时间不予认可。2012年9月4日，双方对原告完成实际工程量进行结算，工程价款为4939129.47元。被告已付款480万元。
根据原告出具询证函记载：截止2014年12月31日，被告共欠18214492.89元，被告中电投煤化工分公司在”数据证明无误”处加盖财务专用章。被告中电投公司对该询证函不认可，认为中电投煤化工分公司无权代表其签章。原告在庭审中主张欠付金额以对帐询证函为准。
本院认为，被告中电投公司、中电投煤化工分公司分别就红墩子矿区煤矿井田勘察事项与原告签订了五份建设工程勘察合同，合同双方主体合法，内容明确，均系有效协议。原告按约完成了工程勘察合同义务并将合同约定的勘察报告向被告交付，被告应当向原告支付工程款。本案中被告中电投公司、中电投煤化工分公司与原告在2009年至2012年期间已分别就五个勘察项目工程款进行了结算，其中被告中电投公司作为发包方的合同一经结算工程款为34903377元、合同二工程款为2307900元、合同三工程款为4822900元，合计42034177元；被告中电投煤化工分公司作为发包方的合同四经结算工程款为76718375.27元、合同五工程款为4939129.47元，合计81657504.74元。以上工程款共计123691681.74元。上述结算情况均有双方自愿签章的工程结算表予以证实，本院予以确认。
关于已付款及欠付工程款。原、被告认可合同一已付款29667870.45元、�同二已付款220万元、合同五已付款480万元，本院予以确认。对合同三原告主张已付款4340110元，被告中电投公司主张已付款4340610元，因被告未能提供证据证实其付款情况，本院以原告自认为准认定合同三项下已付款为4340110元。对合同四项下已付款，原告主张已付款为63851690.89元，被告中电投煤化工分公司主张64927542元，并提交2010年4月至2011年9月期间金额为64927542元收据七份欲予证实，其中2011年2月9日、2011年9月29日收据中（金额共计24108439.2元）仅注明系，未注明具体工程名称，因在此期间双方另有其他勘察项目及支付工程款情况，故不能认定2011年2月9日、2011年9月29日所付款项即为支付合同四项下工程款。本院以原告自认确认合同四已付款为63851690.89元。另在合同四履行过程中原告向被告中电投煤化工分公司交纳安全保证金428834元，风险抵押金30000元。原告主张安全保证金428834元，风险抵押金30000元被告已退还，上述费用不包含在已付款中。被告主张以上款项尚未退还。因原告并未对安全保证金、风险抵押金提起诉讼，对该部分费用本院不做处理。综上，二被告已付款共计为：104859671.34元（合同一29667870.45元+合同二220万元+合同三4340110元+合同四63851690.89元+合同五480万元），其中被告中电投公司作为发包方的合同一、二、三已付款为36207980.45元；被告中电投煤化工分公司作为发包方的合同四、五已付款为68651690.89元。
综上，二被告合计欠付款为18832010.4元（123691681.74元－104859671.34元），其中合同一、二、三项下欠付款为5826196.55元（42034177元－36207980.45元），合同四、五项下欠付款为13005813.85元。本案在审理中，原告要求以被告中电投煤化工分公司出具欠付款询证函中所记载欠付款18214492.89元为准主张权利，因该数额未超过二被告应付款项，故本院认定二被告合计欠付款为18214492.89元。被告中电投煤化工分公司非法人主体，依法对外不能独立承担民事责任，故被告中电投公司做为总公司应对全部欠付工程款18214492.89元向原告承担付款责任。被告中电投煤化工分公司对合同四、五项下欠付款12388296.34元（18214492.89元－5826196.55元）与被告中电投公司共同承担付款责任。原告要求二被告自2014年5月1日起按中国人民银行同期贷款利率承担工程款利息，符合法律规定，应予支持。
关于反诉原告中电投公司、中电投煤化工分公司要求反诉被告宁夏煤炭勘查工程公司支付工程延期违约金。反诉被告辩称该请求已超过诉讼时效。双方于2009年11月至2012年9月分别就各合同项下工程款进行了结算，根据反诉原告中电投煤化工分公司提交的反诉被告于2013年1月3日、2013年12月20日向反诉原告中电投公司下发的《关于红墩子矿区红五红六井田煤炭资源勘探报告延期交付的函》及《关于红墩子矿区红五红六井田煤炭资源勘探项目工程款的函》，反诉被告在该函中对反诉原告提出其延期交付勘察结果构成违约的事实及原因进行了答复，据此可以认定反诉原告中电投煤化工分公司至少于2013年12月20日前对延期交工违约金向被告主张过权利，诉讼时效中断。反诉原告在2015年11月24日本案开庭审理时，对反诉被告的延期交工违约金提出从工程款中抵扣，反诉原告主张并未超过诉讼时效。
关于合同一项下延期交工违约金的认定，原告与中电投宁夏能源有限公司在合同一中约定：原告于2009年5月15日前提交《地质报告》（送审稿），由于原告原因未按合同规定时间提交勘察成果资料，每超过一日，应减收勘察费万分之一。2009年8月19日原告向宁夏矿产资源储量评审中心报审《宁夏银川市红墩子矿区红一井田煤炭勘察报告，原告迟延提交送审报告96天，且未能提交证据证实延期非因已方原因，故其应当承担迟延交工违约责任。双方对该合同工程价款进行结算确认为34903377元，按合同约定，每日万分之一违约金，被告应支付违约金335072元。
关于合同二项下延期交工违约金的认定，原告与中电投宁夏能源有限公司在合同二中约定：原告为被告完成红一煤矿回风立井井筒检查孔工程，竣工日期2009年1月20日；原告不能按约完成工作并提交勘察工作报告时，每逾期一日，应偿付应付工程款２‰的违约金。2009年2月20日原告竣工并向被告提交勘察报告。延期竣工31天，双方对该合同项下工程款结算确认为2307900元。按合同约定，被告应支付违约金143090元。原告主张该合同项下逾期交工应违约金71545元，应予支持。
关于合同三项下延期交工违约金的认定，原告与中电投宁夏能源有限公司在合同三中约定：原告完成被告红墩子矿区红一煤矿主、副井井筒地质检查孔工程；开工日期2009年6月15日，竣工时间2009年8月8日；因原告原因不能如期完工，工期每迟延一天承担5000元逾期违约金。根据原告提交的《红墩子矿区红一煤矿主、副井井筒地质检查孔工程施工报告》记载：按照计划工程应于2009年9月4日前完成检查孔项目的所有工作。实际项目报告于2009年9月24日完成，工期滞后20天主要原因如下：（1）由于地层条件比较复杂，局部岩芯较为破碎，为保证较高岩芯采取率，施工采取减小钻压、降低转速等技术手段，使得回次进尺减少，导致工程延期；（2�由于施工期间孔内情况不可预知，发生漏孔、坍塌等事故导致工程延期；（3）由于抽水试验的不确定性，使抽水时间延长，造成工程延期。该报告审核表中监理单位及建设单位负责人均签署”内容基本属实”意见。据此认定原告未能按约提交施工报告系因客观原因所致，非因原告原因，故对被告要求原告支付该合同延期交工违约金不予支持。
关于合同四项下延期交付时间及违约金的认定，原告与被告中电投煤化工分公司签订的合同四约定：”反诉被告于2010年6月30日完成中间资料提交（满足矿井设计），于2010年7月31日前完成野外工作，于2010年9月10日前提交地勘报告（自治区国土资源厅评审通过），否则每拖期一天各承担违约金10万元；延期违约金总限额为合同总价款的10%”。反诉被告于2010年6月29日向反诉原告提交了中间资料，于2010年8月10日完成野外工作，于2010年9月9日向反诉原告提交《地勘报告》供审稿并报自治区国土资源厅评审，于2010年11月15日向反诉原告提交《地勘报告》终审稿并报宁夏国土资源厅评审，宁夏国土资源厅于2010年12月11日下发评审意见书。反诉被告主张其勘探工作延期主要系因合同履行中红五、红六井田合并为红三井田，需修改勘探设计，宁夏国土资源厅于2010年5月19日下发设计批复同意施工，致开工日期顺延60日；宁夏国土资源厅在其后未及时安排组织评审和下发评审意见，致延误45天。根据反诉被告提供证据及本案查明事实，宁夏自治区发改委于2010年4月发文同意红五、红六井田合并，宁夏国土资源厅于2010年5月19日下发《关于红墩子矿区红五井田煤炭勘探设计的批复》并附《勘探设计评审意见书》，对中电投公�报送的红墩子矿区红五井田煤炭勘探设计评审通过，并要求中电投公司按照设计和评审意见组织勘查施工。即反诉原告关于红五红六井田煤炭勘探设计和评审意见于2010年5月19日才经国土资源部门审查通过并符合开工条件，故反诉被告开始勘察工作的时间应自2010年5月19日起算。双方于2010年3月签订勘察合同，开工日期顺延60日，双方约定的中间资料提交时间、野外工作完成时间、提交地勘报告均应相应顺延，反诉被告应于2010年11月10日前提交经宁夏自治区国土资源厅评审通过地勘报告。本案中反诉被告于2010年11月15日向提交《地勘报告》终审稿并报宁夏国土资源厅评审，宁夏国土资源厅于2010年12月11日下发最终评审意见书。超过双方合同约定提交评审通过的地勘报告31天，合同约定每拖期一天承担违约金10万元，反诉被告主张该约定过高，请求调整，本院依法酌情调整�每延期一日违约金5万元，反诉被告应向反诉原告中电投煤化工分公司支付逾期交付违约金155万元。
关于合同五项下违约金的认定，原告与被告中电投煤化工分公司签订的合同四约定：原告为被告完成红墩子矿区红二煤矿主、副、风井井筒地质检查孔工程；原告于2011年1月5日前完成野外工程施工，2011年1月21日前提交地质报告（供审稿），每拖期一天承担违约金1万元。被告中电投煤化工分公司主张原告实际于2011年1月25日完成野外工作，超期20日；于2011年1月31日向被告提交地质报告（供审稿），超期10天。被告对原告以上陈述完成时间不予认可。被告提交原告出具《红二煤矿主立井井筒检查孔地质报告》证实其主张，该供审报告编制时间为2011年1月31日。故本院认定原告迟延10天提交地质报告（供审稿），其按约应承担违约金10万元。�告主张原告超期20日完成野外工作，无证据证实，本院不予认定。
综上，反诉被告共计应向反诉原告中电投公司支付延期交工违约金406617元，向反诉原告中电投煤化工分公司支付延期交工违约金165万元。
依照《中华人民共和国合同法》第一百零七条、第一百一十四条、第二百六十九条、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条、第十八条之规定，判决如下：
一、被告中电投宁夏青铜峡能源铝业集团有限公司于本判决生效之日起十五日内向原告宁夏煤炭勘查工程公司支付工程款18214492.89元及利息（按中国人民银行同期贷款利率6%自2014年5月1日起计算至本判决确定的给付之日）；
二、被告中电投宁夏青铜峡能源铝业集团有限公司煤炭煤化工分公司对上述欠付款中的12388296.34元及利息（以12388296.34元为基数按中国人民银行同期贷款利率6%自2014年5月1日起计算至本判决确定的给付之日）与被告中电投宁夏青铜峡能源铝业集团有限公司承担共同付款责任，于本判决生效之日起十五日内支付；
三、反诉被告宁夏煤炭勘查工程公司向反诉原告中电投宁夏青铜峡能源铝业集团有限公司支付违约金406617元，于本判决生效之日起七日内支付；
四、反诉被告宁夏煤炭勘查工程公司向反诉原告中电投宁夏青铜峡能源铝业集团有限公司煤炭煤化工分公司支付违约金165万元，于本判决生效之日起七日内支付；
五、驳回反诉原告中电投宁夏青铜峡能源铝业集团�限公司、中电投宁夏青铜峡能源铝业集团有限公司煤炭煤化工分公司的其他反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费138581元,由原告宁夏煤炭勘查工程公司负担8581元,被告中电投宁夏青铜峡能源铝业集团有限公司、中电投宁夏青铜峡能源铝业集团有限公司煤炭煤化工分公司负担13万元；反诉费36389元，由反诉原告中电投宁夏青铜峡能源铝业集团有限公司、中电投宁夏青铜峡能源铝业集团有限公司煤炭煤化工分公司负担28136元，反诉被告宁夏煤炭勘查工程公司负担8253元。
如不服本判决，可以在本判决送达之日起十五日内，向本院递交�诉状，并按对方当事人人数提出副本，上诉于宁夏回族自治区高级人民法院。
审判长 胡春燕
审判员 赵和平
审判员 赵来珍
二〇一七年十月二十二日
书记员 王丽娟
相关法律法规解释条文：
《中华人民共和国民事诉讼法》
第十四条人民检察院有权对民事诉讼实行法律监督。
《中华人民共和国合同法》
第一百零七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
第一百一十四条当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
第二百六十九条建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》
第十七条当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。
第十八条利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：
（一）建设工程已实际交付的，为交付之日；
（二）建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日；
（三）建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。