广西壮族自治区崇左市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2016）桂14民初28号
原告：广西建工集团第一建筑工程有限责任公司，住所地广西壮族自治区南宁市衡阳东路1号。
法定代表人：蒙贵飞，该公司董事长。
委托诉讼代理人：谢林格，广西东方意远律师事务所律师。
委托诉讼代理人：尹维柏，广西东方意远律师事务所律师。
被告：凭祥市宝鼎房地产开发有限公司，住所地广西壮族自治区凭祥市南大路418号（南山工业堂）。
法定代表人：吴锦标，该公司执行董事。
委托诉讼代理人：兰国乔，广西万合律师事务所律师。
委托诉讼代理人：杜培荣，广西万合律师事务所律师。
原告广西建工集团第一建筑工程有限责任公司（以下简称广西一建）与被告凭祥市宝鼎房地产开发有限公司（以下简称宝鼎公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2016年7月27日受理后，依法适用普通程序，公开开庭进行了审理。原告广西一建的委托诉讼代理人谢林格、被告宝鼎公司的委托诉讼代理人兰国乔到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告广西一建向本院提出诉讼请求：1、判令被告支付原告工程欠款53100117.26元（工程欠款计算方式：一期结算价35561539.36元+二期结算价59271067.37元+三期确认工程量47820931.70元-已收工程款89553421.17元=工程欠款53100117.26元）；2、判令被告支付原告工程欠款利息39049682.58元（工程欠款利息以实际工程欠款为本金，工程欠款在1200万元以内的部分按月息2%计算，工程欠款超1200万元的部分按月息3%计算，从2010年11月12日暂计至2016年6月30日，此后延算至被告付清完毕为止）；3、判令被告支付原告逾期支付工程款的违约金25189921.00元（逾期支付工程款的违约金以实际应付未付工程款为本金，逾期每日按应收未收工程款的万分之四计算，从2010年11月12日暂计至2016年6月30日，此后延算至被告付清完毕为止。以上1、2、3合计117339720.80元；4、案件诉讼费由被告负担。
事实和理由：原、被告双方于2010年1月12日签订《建设工程施工协议书》，约定：由原告承包位于凭祥市边境经济合作区南山工业园的宝鼎苑住宅小区工程项目，承包范围是19幢11层小高层+3幢6层多层商住楼土建与安装工程，包括土方、基础、主体、装修、水电安装、消防、人防、通风、防水、涂料、门窗等图纸上所有内容，工程工期为450日历天（单栋工期），工程价款暂定为12000万元，工程竣工后，双方应根据实际完成工程量及本条所约定的计价标准结算确定最终的工程价款。本项目分三期施工，一期工程为1—5＃楼，二期工程为11—18＃、20—22＃楼，三期工程为6—10＃、19＃楼。2013年12月4日，原被告双方对项目施工过程中完成工程量、收到工程款及工程欠款利息作确认并签订《工程款及垫资利息确认单》，确认内容：1、截止到2013年11月6日双方已确认完成工程量131940027.22元，按合同条款约定被告应向原告支付工程款119333041.83元，实际已支付78165651.77元，尚欠41167390.06元；2、截止2013年11月30日被告累计应支付原告垫资施工利息19451040.99元，实际已支付10445000.00元，尚欠9006041.00元。同日，原被告双方还对2013年11月30日前产生的工程欠款利息计算明细进行了确认。截止起诉之日，本案项目已整体完工。其中一、二期工程已完工结算，结算价分别为一期35561539.36元，二期59271067.37元，三期已竣工（其中6—10＃楼已验收合格），双方确认工程量为47820931.70元。截至2016年6月30日，原告共收到被告工程款89553421.17元，应收未收工程款合计53100117.26元。
根据原被告双方签订的《建设工程施工协议书》第五条第4项约定：发包人没有按合同条款约定拨付工程款的，承包人在发包方所拖欠的工程款达1200万元前不能停工，发包人应按月息2%向承包人支付所欠工程款的利息，按天计算，直至发包人付清所应付的工程款。发包人所拖欠工程款达1200万元后，如果发包人仍然没有付清工程欠款的，承包人可继续施工，发包人对超过人民币1200万元的工程欠款部分另行按月息3%的标准按天向承包人支付违约金。承包人自发包人所拖欠的工程款达人民币1200万元之日起超过60日而仍未付清全部欠款的，承包人有权停工，承包人的所有损失均由发包人承担。据此计算，截至2016年6月30日被告累计产生工程欠款利息共计54375155.78元。另根据双方于2013年12月3日签订《关于“凭祥宝鼎”项目的补充协议》条款约定的计算方式统计，被告已累计支付原告工程欠款利息15325472.60元，尚欠39049682.58元未付。此外，根据《建设工程施工协议书》第十条第3项约定“发包人如不能按合同约定支付工程款，逾期每日按应付未付工程款部分的万分之四向承包人支付违约金，由此给承包人造成的经济损失超过违约金的，发包人还应承担赔偿责任。延误的工期相应顺延。”计算，截至2016年6月30日，被告应向原告支付逾期支付工程款的违约金为25189921.00元。
综上所述，被告未依约履行合同义务，丧失诚信，严重违约，原告依法依约有权要求被告支付工程欠款53100117.26元、工程欠款利息39049682.58元、逾期支付工程款的违约金25189921.00元。
被告宝鼎公司辩称，原告的诉讼请求没有事实和法律依据，应驳回其诉讼请求。理由是：1、原告请求支付拖欠工程款53100117.26元，没有事实依据。已经结算的一、二期工程款为884466298.29元，宝鼎公司已支付工程款110392743.00元。三期工程已经预付工程款21946113.71元，三期工程因双方尚未结算，未经审定，不存在拖欠。2、原告请求支付工程欠款利息39049682.58元没有事实和法律依据。2010年5月，宝鼎公司将此工程项目公开招标，原告中标。根据中标通知书，同年5月25日双方签订了2010字158号《建设工程施工合同》并备案。根据招投标法第四十六条的规定：招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的招投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。该合同是双方实际履行的合同，合同没有约定工程欠款利息。招标前的2010年1月12日，双方虽然签订《建设工程施工协议书》，但该协议未经招投标、未备案，是无效和未实际履行的。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定：当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。原告依据未经招投标而签订的《建设工程施工协议书》，主张工程欠款利息不符合法律规定。3、原告请求支付逾期支付工程款违约金25189921.00元，没有事实和法律依据。如前所述，宝鼎公司已支付工程款110392743.00元，一、二期工程的工程款已付清，三期工程已经预付21946113.71元，三期工程因双方尚未结算，未经审定，不存在拖欠，亦无违约可言。综上，原告诉讼请求没有事实和法律依据，应予驳回。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了质证。对当事人无异议的证据，本院予以确认并在卷佐证。对有争议的证据和事实，本院认定如下：
（一）原告提供的证据2即《关于“凭祥宝鼎”项目的补充协议》、3即工程款及垫资利息确认单、4即凭祥宝鼎项目垫资施工利息计算明细表、5即对数成果确认单是原、被告双方经过协商签订或核实确认，内容是双方真实意思表示，本院予以认定。
（二）被告提供的证据2即工程联系单、3即关于住宅区伸缩缝存在问题的整改通知书、4即关于三期工程收尾产生费用的函、5即关于对1﹟—4﹟楼伸缩缝漏水进行维修的函、6即联合通知，因原告不予认可，且被告并未对所产生的费用提起反诉，故本院不予认定。
（三）关于各期工程款问题。1、原告提供的证据6第82—86页结算审定单与被告提供的宝鼎名邸工程（1﹟—5﹟楼）结算书中的结算审定单一致，应予认定，但原告提供的证据6第87页结算审定单，有双方签字盖章确认的工程款385977.44元，该款应计算为1﹟—5﹟楼即一期工程款。2、原告提供的证据7第89、90页即建设工程结审核定案表与被告提供的广西桂正信建设工程造价咨询有限公司（以下简称桂正信公司）作出宝鼎名邸小区工程13﹟—15﹟、16﹟—18﹟楼工程结算书中的建设工程结审核定案表一致，应予认定。原告提供的证据7第88、91页结算审定单与被告提供的桂正信公司作出宝鼎名邸小区工程20﹟—22﹟楼、13﹟—15﹟楼工程结算书中的建设工程结审核定案表不一致，因被告提供的证据记载有时间、有桂正信公司签字盖章，应以被告提供的证据为准。
3、因双方均认可第三期工程未最终结算，而原告提供了关于第三期工程款的证据即27次对数成果确认单，被告未能提供证据推翻，且原告已完成的第三期工程已完工具备支付工程款条件，故原告提供的关于第三期工程款的证据即对数成果确认单，本院予以认定。
（四）关于被告已支付工程款和利息问题。原告提供证据3即《工程款及垫资利息确认单》和证据4即凭祥宝鼎项目垫资施工利息计算明细表已对被告截止2013年11月6日和11月30日应付工程款、已付工程款、尚欠工程款和应付利息、已付利息、尚欠利息进行了确认，本院予以认定。
此后，原告提供证据9即中国农业银行记账凭证证实2013年12月11日至2014年1月29日，被告支付给原告16100000元，少了被告提供转账票据中于2014年1月29日支付的168242元，但原告亦予认可收到该款，且认可在此期间，被告共支付给原告16268242.00元，故该款本院予认定，且根据原告与被告签订的《关于“凭祥宝鼎”项目的补充协议》，本院认定该款中70%即11387769.40元为支付工程款，30%即4880472.60元为支付利息。被告主张的已支付工程款所依据的转账票据中，有13张金额为610万元收款方是凭祥市宝鼎房地产开发有限公司，有一张金额为31758元是转给雷婷，原告不认可以上款项是被告支付给原告的工程款，故本院不予认定。
根据当事人的陈述和经本院审查确认的证据，本院认定事实如下：
2010年1月12日，原告广西一建与被告宝鼎公司签订《建设工程施工协议书》，约定：发包人宝鼎公司，承包人广西一建。一、工程概况：工程名称：宝鼎苑住宅小区；工程地点：凭祥市边境经济合作区南山工业园；工程内容：土建与安装工程；工程规模：总建筑面积10万㎡（以施工图为准）。二、工程承包范围：19幢11层小高层+3幢6层多层商住楼土地与安装工程总承包，包括土方、基础、主体、装修、水电安装、消防、人防、通风、防水、涂料、门窗等图纸上所有内容；承包方式：包工包料，工程施工总承包。三、工程工期：450日历天（单栋工期）；开工日期：暂定2010年1月28日（具体以双方认可的开工报告为准）；工程质量：达到国家现行建筑安装工程质量检验评定标准为合格工程。四、工程合同价款：暂定为人民币1亿2千万元，采用按实结算方式确定最终合同价款，即工程竣工后，双方根据实际完成工程量及合同所约定的计价标准结算确定最终的工程价款。五、工程款支付与结算方式：1、所有工程款以银行转账的方式转入承包人指定的开户银行及账号内。每月的25日，承包人向发包人提供当月完成工程量报表，发包人收到承包人提供的报表之日起五个工作日内审定，于下月5日拨付已完成工程进进度款。2、工程款支付额度（按单栋工程计算）：工程进度款实行按月支付。主体封顶前，每月按已完成工程量的85%支付工程款，单栋主体工程封顶之日起10日内，发包人累计支付工程款至承包人全部已完成工程量的90%；装修工程每月按进度支付至已完成工程量的90%；竣工合格验收通过时，累计支付工程款至所有完成工程量的90%。结算审定之日起10日内，发包人向承包人支付工程款至结算审定价款的97%，剩余3%作为工程质量保修金……3、结算时间：工程结算实行以栋为单位分别办理结算。单栋工程竣工验收合格之日起15日内，承包人向发包人提交该单栋工程竣工结算报告。发包人应在收到结算报告之日起60日内完成审核确认工作，发包方的确认结果经承包人同意后，作为双方最终结算的依据，发包人在约定期限内审核确认没有结果或没有答复的，视为同意承包人的结算报告。4、发包人没有按约定拨付工程款的，承包人在发包人所拖欠的工程款达到1200万元前不能停工，发包人应按月息2%向承包人支付所欠工程款的利息，按天计息，直至发包人付清所应付的工程款。发包人所拖欠的工程款达到1200万元以后，如果发包人仍然没有付清工程欠款的，承包人可继续施工，发包人对超过人民币1200万元的工程款欠款部分另行按月息3%的标准按天向承包人支付违约金……十、违约条款及违约责任：3、发包人如不能按合同约定支付工程款，逾期每日按应付未付工程款部分的万分之四向承包人支付违约金，由此给承包人造成的经济损失超过违约金的，发包人还应承担赔偿责任。延误的工期相应顺延。
2010年5月25日，原告又与被告签订一份《建设工程施工合同》，合同约定的工程概况、工程承包范围、工期、工程质量标准与《建设工程施工协议书》约定的基本一致，但约定的合同价款为77327208.86元，约定的工程量确认、工程款支付、竣工结算也不一样,也没有具体约定不按约定支付工程款的利息。该《建设工程施工合同》已在凭祥市建设局备案。
合同签订后，原告于2010年6月10日开工建设1—5#楼即第一期工程，于2011年3月4日开工建设第二期20—22#楼、11—12#楼，于2011年5月9日开工建设第二期16—17#楼，于2011年10月23日开工建设第二期18#楼，第三期工程也按约陆续进行。截止起诉前，本案项目已整体完工，工程也已全部交付被告。其中，一、二期工程先后于2011年11月9日、2012年5月9日、2013年10月11日峻工并经验收备案。
2012年12月1日、6日、16日，双方经审定，1—5#楼即第一期工程价款为35561539.36元（其中1#楼为6536088.58元，2#楼为7142961.16元，3#楼为7329829.47元，4#楼为6938289.19元，5#楼为7228393.52元，1—5#楼土建和安装工程签证为385977.44元）。
2013年12月28日，2014年1月27日、7月31日、8月1日，桂正信公司作出结算审核报告书，审定第二期工程价款为53271067.37元（其中11—12#楼为13037966.39元，13—15#楼为20570415.99元，16—18#楼为10912279.78元，20—22#楼为8750405.21元）。
原告完成的第三期工程至今未经双方结算，但在工程施工过程中，双方根据合同约定，自2012年4月30日至2014年1月22日，对原告工程成果进行了27次确认，双方共确认建设单位即被告核付款为47938101.86元。
2013年12月3日，原（乙方）、被告（甲方）双方签订《关于“凭祥宝鼎”项目的补充协议》，协议内容为：经甲乙双方协商一致，现就乙方垫资施工“凭祥宝鼎”项目产生的利息的支付事项明确如下：1、截止到2012年10月31日，甲方支付给乙方的工程款为54460651.77元，该款全部作为工程款（不包含垫资施工产生的利息）。2、2012年11月17日，甲方支付给乙方的600万中，400万作为工程款，200万作为工程垫资施工产生的利息。3、自2012年12月1日开始，甲方每次支付给乙方的款项中，按来款的30%作为工程垫资施工利息，余下的70%作为施工工程款。
2013年12月4日，原被告双方对项目施工过程中完成工程量、收到工程款及工程欠款利息作确认并签订《工程款及垫资利息确认单》，确认内容：1、截止到2013年11月6日双方已确认完成工程量131940027.22元，按合同条款约定被告应向原告支付工程款119333041.83元，实际已支付78165651.77元，尚欠41167390.06元；2、截止2013年11月30日被告累计应支付原告垫资施工利息19451040.99元，实际已支付10445000.00元，尚欠9006041.00元。同日，双方还对2013年11月30日前产生的工程欠款利息计算明细进行了确认，双方均在“凭祥宝鼎”项目垫资施工利息计算明细表上签字盖章。
2013年12月11日至2014年1月29日，被告支付给原告16268242元（其中，2013年12月11日支付30万元，2014年1月2日支付100万元，2014年1月21日支付1200万元，2014年1月24日支付100万元，2014年1月26日支付30万元，2014年1月29日支付1668242元），此后，被告再未支付给原告工程款及利息。原告为此诉至本院。
根据双方的诉辩意见，本案争议的焦点是一、应以哪份合同作为结算工程价款的依据；二、被告尚欠原告的工程款是多少；三、原告主张的工程欠款利息和违约金应否支持。
本院认为，一、关于应以哪份合同作为结算工程价款的依据的问题。《中华人民共和国招标投标法》第三条规定：“在中华人民共和国境内进行下列工程建设项目包括项目的勘察、设计、施工、监理以及与工程建设有关的重要设备、材料等的采购，必须进行招标：（一）大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的项目；……前款所列项目的具体范围和规模标准，由国务院发展计划部门会同国务院有关部门制订，报国务院批准。”《工程建设项目招标范围和规模标准规定》（国家发改委令第3号）第三条规定：“关系社会公共利益、公众安全的公用事业项目的范围包括：……（五）商品住宅，包括经济适用住房……”根据上述规定，商品住宅项目的建设施工必须经过招标，本案原告与被告于2010年1月12日签订的《建设工程施工协议书》未经招标程序，违反了法律的强制性规定，应属无效。
原告与被告于2010年5月25日签订的《建设工程施工合同》虽经备案，但没有证据证明该《建设工程施工合同》是经过双方进行招投标的情况下签订的中标合同。中标合同以真实的招标活动为基础，没有招投标活动存在，就不可能存在中标合同。
从本案来看，双方按《建设工程施工协议书》结算工程款和确认垫资利息，而《建设工程施工合同》约定工程价款为77327208.86元，与双方实际确认的工程量和工程价款相差甚大，另外《建设工程施工合同》没有约定工程垫资利息，故《建设工程施工协议书》是双方的真实意思表示，为双方实际履行的合同，应以该协议书作为双方结算工程价款的依据；《建设工程施工合同》是双方为了备案而签订，不是双方实际履行的合同，不能作为双方结算工程价款的依据。被告主张该合同已经备案，应以该合同作为双方结算工程价款的依据，本院不予采纳。
二、关于被告尚欠原告的工程款是多少的问题。原告与被告在本案项目施工过程中，在不同的施工阶段都对工程量进行确认，双方并且在对数成果确认单上签字盖章，这为双方最终结算工程款奠定了基础。在此基础上，双方于2012年12月1日、6日、16日经审定，共同确认1—5#楼即第一期工程价款为35175561.92元（其中1#楼为6536088.58元，2#楼为7142961.16元，3#楼为7329829.47元，4#楼为6938289.19元，5#楼为7228393.52元），该款双方没有争议，应予确认。另外，原告举证主张双方于2012年12月16日审定1—5#楼土建和安装工程签证为385977.44元，有双方签字盖章确认的结算审定单证实，被告没有证据否定，故该款应计入第一期工程价款。第一期工程价款总计为35561539.36元（35175561.92元+385977.44元=35561539.36元）。
2013年12月28日、2014年1月27日、7月31日、8月1日，桂正信公司作出结算审核报告书，审定第二期工程价款为53271067.37元（其中11—12#楼为13037966.39元，13—15#楼为20570415.99元，16—18#楼为10912279.78元，20—22#楼为8750405.21元）。原告主张第二期工程价款为59271067.37元（其中11—12#楼为16037966.39元，13—15#楼为20570415.99元，16—18#楼为10912279.78元，20—22#楼为11750405.21元），但其主张的11—12#楼工程价款为16037966.39元、20—22#楼工程价款为11750405.21元所依据的结算审定单与结算审核报告书不一致，应以结算审核报告书为准。故第二期工程价款应为53271067.37元。
第三期工程款因双方未最终结算，但工程已竣工并交付被告，工程款应按《建设工程施工协议书》第五条“工程款支付应按工程款支付额度（按单栋工程计算）：工程进度款实行按月支付。主体封顶前，每月按已完成工程量的85%支付工程款，单栋主体工程封顶之日起10日内，发包人累计支付工程款至承包人全部已完成工程量的90%”的约定支付。为此，双方根据合同约定，自2012年4月30日至2014年1月22日，对原告工程成果进行了27次确认，双方共确认被告核付款为47938101.86元（其中2013年12月4日后确认2014年1月22日核付4404191.06元）。原告主张被告暂按47820931.70元，有事实和法律依据，应予支持。如双方最终结算第三期工程款多于暂付的47820931.70元，原告可另行主张权利。
综上，原告应得到的工程款为136653538.43元（35561539.3元+53271067.37元+47820931.70元=136653538.43元）。2013年12月4日，双方确认被告已付工程款78165651.77元。2013年12月11日至2014年1月29日，被告支付给原告16268242元按双方的《关于“凭祥宝鼎”项目的补充协议》，自2012年12月1日开始，甲方每次支付给乙方的款项中，按来款的30%作为工程垫资施工利息，余下的70%作为施工工程款。因此，被告支付给原告的16268242元中，70%即11387769.4元为工程款，被告尚欠原告的工程款为47100117.26元（136653538.43元-78165651.77元-11387769.40元）。被告主张的已支付工程款所依据的转账票据中，有13张金额为610万元收款方是凭祥市宝鼎房地产开发有限公司，有一张金额为31758元是转给雷婷，原告不认可以上款项是被告支付给原告的工程款，故本院不予认定。
三、原告主张的工程欠款利息和违约金应否支持的问题。原告与被告签订的《建设工程施工协议书》虽因违反国家法律强制书性规定而无效，但该协议是双方的真实意思表示，为双方实际履行的合同。另外，双方于2013年12月3日签订《关于“凭祥宝鼎”项目的补充协议》，2014年12月4日签订《工程款及垫资利息确认单》及在“凭祥宝鼎”项目垫资施工利息计算明细表上签字确认，以上补充协议、垫资利息确认单、垫资施工利息计算明细表在形式上为《建设工程施工协议书》之补充协议，但它们在性质上属于原、被告双方之间既存债权债务关系的结算清理，在法律效力上具有独立性，而且垫资利息是基于被告在履行合同过程中，建设资金难以为继，双方又想工程得以继续施工的情况下进行的约定，不违反法律、行政法规的效力性强制性规定，应予支持。
至于被告应付的工程欠款利息，双方在《工程款及垫资利息确认单》中确认截止2013年11月30日，被告累计应支付原告垫资施工利息19451040.99元，实际已支付10445000.00元，尚欠9006041.00元，该利息应予认定。被告于2013年12月1日以后的利息，应以实际尚欠的工程欠款为本金，分段计付。
如上所述，原告与被告经结算和审定，被告尚欠原告工程款47100117.26元，但由于双方于2014年1月22日才核付第三期后期工程款4404191.06元(1349340.25元+1388836.90元+1666013.91元)，故截止2013年12月1日，被告尚欠原告工程款为42695926.20元（47100117.26元-4404191.06元=42695926.20元），双方于2014年1月22日核付的第三期后期工程款4404191.06元应从即日即2014年1月22起才计算利息。
2013年12月11日至2014年1月29日，被告支付给原告16268242元，其中2013年12月11日支付300000元，2014年1月2日支付1000000元，2014年1月21日支付12000000元，2014年1月24日支付1000000元，2014年1月26日支付300000元，2014年1月29日支付1668242元，按双方签订《关于“凭祥宝鼎”项目的补充协议》的约定，以上款项分别支付工程款为210000元、700000元、8400000元、700000元、210000元、1167769.40元，合计11387769.4元；支付利息为90000元、300000元、3600000元、300000元、90000元、500472.60元，合计4880472.60元。据此，截止2013年12月11日、2014年1月2日、2014年1月21日，被告尚欠原告的工程款分别为42485926.20元（42695926.20元-210000元=42485926.20元）、41785926.20元（42485926.20元-700000元=41785926.20元）、33385926.20元（41785926.20元-8400000元=33385926.20元）。截止2014年1月22日、2014年1月24日、2014年1月26日、2014年1月29日、2014年1月30日，被告尚欠原告的工程款分别为37790117.26元（33385926.20元+4404191.06元=37790117.26元）、37090117.26元（37790117.26元-700000元=37090117.26元）、36880117.26元（37090117.26元-210000元=36880117.26元）、35712347.86元（36880117.26元-1167769.40元）。以上尚欠的工程款，作为分段计算被告应付工程欠款利息的本金。
原告与被告《建设工程施工协议书》约定逾期支付工程款应支付利息外，还约定“发包人如不能按合同约定支付工程款，逾期每日按应付未付工程款部分的万分之四向承包人支付违约金”，但因《建设工程施工协议书》属于无效合同，故原告要求被告支付违约金，本院不予支持。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第五十二条、第二百七十一条，《中华人民共和国招标投标法》第三条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条、第二条、第十七条、第十八条规定，判决如下：
一、被告凭祥市宝鼎房地产开发有限公司支付原告广西建工集团第一建筑工程有限责任公司工程款47100117.26元；
二、被告凭祥市宝鼎房地产开发有限公司支付尚欠原告广西建工集团第一建筑工程有限责任公司工程款利息。其中：
1、2013年11月30日前的利息为9006041.00元；
2、2013年12月1日至2013年12月11日的利息,分别以1200万元和30695926.20元为本金，各按2%和3%的月利率计算，扣除已付的90000元；
3、2013年12月12日至2014年1月2日的利息，分别以1200万元和30485926.20元为本金，各按2%和3%的月利率计算，扣除已付的300000元；
4、2014年1月3日至2014年1月21日的利息，分别以1200万元和29785926.20元为本金，各按2%和3%的月利率计算，扣除已付的3600000元；5、2014年1月22日至2014年1月24日的利息，分别以1200万元和25790117.26元为本金，各按2%和3%的月利率计算，扣除已付的300000元；
6、2014年1月25日至2014年1月26日的利息，分别以1200万元和25090117.26元为本金，各按2%和3%的月利率计算，扣除已付的90000元；
7、2014年1月27日至2014年1月29日的利息，分别以1200万元和24880117.26元为本金，各按2%和3%的月利率计算，扣除已付的500472.60元；8、2014年1月30日至本案判决规定的履行期限止的利息，分别以1200万元和23712347.86元为本金，各按2%和3%的月利率计算；
三、驳回原告广西建工集团第一建筑工程有限责任公司的其他诉讼请求。
上述债务，义务人应于本判决生效之日起十五日内履行完毕。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费628498元，财产保全费5000元，由原告广西建工集团第一建筑工程有限责任公司负担130128元，被告凭祥市宝鼎房地产开发有限公司负担498370元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人或代表人的人数提出上诉状副本，上诉于广西壮族自治区高级人民法院。
审判长 杨德清
审判员 韦金彪
审判员 黄伟明
二〇一七年三月八日
书记员 杨凤莲