广西壮族自治区高级人民法院
民 事 判 决 书
（2014）桂民再字第8号
申请再审人（一审原告、二审上诉人）：浙江三鼎建设集团有限公司。
法定代表人：王乐平，董事长。
委托代理人：雷丹玫，北京市炜衡律师事务所律师。
委托代理人：魏立璇，北京市炜衡律师事务所律师。
被申请人（一审被告、二审被上诉人）：柳州望泰房地产开发有限公司。
法定代表人：冯望均，总经理。
委托代理人：陈苹，广西广合律师事务所律师。
申请再审人浙江三鼎建设集团有限公司（简称三鼎公司）与被申请人柳州望泰房地产开发有限公司（简称望泰公司）建设工程施工合同纠纷一案，柳州市中级人民法院于2012年8月1日作出（2010）柳市民一初字第5号民事判决，三鼎公司不服提出上诉。本院于2013年3月28日作出（2012）桂民一终字第57号民事判决。三鼎公司仍不服，向最高人民法院提出再审申请。最高人民法院于2013年12月27日作出（2013）民申字第1100号民事裁定，指令本院再审本案。本院依法另行组成合议庭公开开庭审理了本案。三鼎公司的委托代理人雷丹玫、魏立璇，望泰公司的委托代理人陈苹到庭参加诉讼。本案经批准延长审限，现己审理终结。
2010年6月24日，三鼎公司诉至一审法院称，2006年，望泰公司在柳州市开发房地产项目。同年12月25日，经评标机构评定三鼎公司中标，双方签订了《望泰龙城华府3＃、6＃、11＃楼及一期地下室工程施工合同》。三鼎公司收到开工令即开始施工，施工期间，望泰公司多次变更设计，使施工方案及施工计划一再改变，导致工期延后。同时，望泰公司每期工程进度款均拖延，致使三鼎公司的施工成本增加，也严重影响工程进度。工程完工后，经验收评为合格。2009年9月10日，三鼎公司向望泰公司提交了结算书，但对方一直未答复。三鼎公司认为应根据结算书核算的工程造价48662146元结算工程款，扣除5％作保修金，望泰公司已付30590900元，尚欠15638138.7元。请求法院判令：1、望泰公司支付工程款15638138.7元；2、望泰公司支付该工程款利息542056.96元（从2009年10月8日起，暂计至2010年5月31日止）；3、本案诉讼费用由望泰公司承担。
望泰公司答辩称，三鼎公司所诉与事实不符。1、望泰公司已将对方提交的结算材料交给第三方审核，结论是：三鼎公司承建的全部工程总造价为29932798.2元，与其的结算相差近1300万元，双方为此多次协商无果。2、双方结算相差甚远的原因，是由于对方施工延误，而由望泰公司分包了1600多万元给其他单位施工。3、正是由于其自身的原因造成工程延期500多天，按约定三鼎公司逾期一天罚10000元违约金，并应赔偿望泰公司的损失。三鼎公司造成了望泰公司未能按期交房给业主，已有117名业主起诉望泰公司支付违约金200多万元。望泰公司保留向三鼎公司索赔权。请求法院驳回三鼎公司的诉讼请求。
柳州市中级人民法院一审查明，2006年11月25日，望泰公司为新建龙城华府3#、6#、11#及一期地下室工程，向三鼎公司发出招标邀请函。2006年12月25日，望泰公司向三鼎公司出具《中标通知书》。同日，三鼎公司与望泰公司签订《望泰龙城华府3#、6#、11#及一期地下室工程施工合同》（简称《工程施工合同》），该合同经柳州市建设行政主管部门备案。《工程施工合同》主要内容为：工程名称：柳州望泰龙城华府；工程内容：施工图纸内的土建、安装、桩基、场外工程等；工程承包范围：施工图纸内的土建、安装、桩基、场外工程等项；建筑面积：52263平方米；合同工期：开工日期2006年12月28日（以开工报告为准）；竣工日期：2008年9月8日（以竣工报告为准），合同工期总日历天数610天，春节顺延15天；工期每延误一天按工期工程造价的万分之四处罚，最高处罚数额为一期工程款的百分之一：合同价款暂定44003550.96元；本工程发包人指定分包的工程项目为：电梯工程、智能化工程、消防工程施工单位向分包单位收取1%的配套费（税费另外计取）。铝合金门窗工程、钢质进户门工程、车库卷帘门工程、人防门工程、铁艺栏工程（同等价格承包商优先考虑，如发包方确需分包的，施工单位收取5%的配套费，税费另外计取）。合同还约定，组成合同的文件包括“双方有关工程的洽商、变更等书面协议或文件视为合同的组成部分”。
另外，三鼎公司与望泰公司经协商就《工程施工合同》未尽事宜签订了一份《工程发包补充协议书》（简称《补充协议》），对工程取费标准、让利，分包工程项目、工程工期以及工程款支付方式、结算、安全等事宜进行了约定。其中约定，工程总工期为360天，每逾期一天罚一万元。该协议书未签署时间。
2007年1月至8月间，望泰公司陆续向三鼎公司发出开工令，三鼎公司即开始施工。2009年9月15日，该工程通过竣工验收，并已交付望泰公司使用。望泰公司在合同履行期间向三鼎公司直接支付工程款总额为30590900元。2009年9月10日，三鼎公司向望泰公司提交结算书，望泰公司收到结算书未在约定时间28天内作出答复，三鼎公司以望泰公司欠其工程款为由，向一审法院提起诉讼。请求：判令望泰公司支付工程款15638138.7元及利息542056.96元。庭审中，三鼎公司增加诉讼请求：1、支付劳保费88万元；2、按合同约定支付配合费。
一审期间，根据望泰公司的申请，一审法院委托广西众益工程造价咨询有限公司（简称众益公司），对本案讼争工程造价进行了鉴定。众益公司出具了桂众造价（2011）1421号工程造价鉴定报告，鉴定结论为：本案工程造价按《补充协议》计算为25015189.07元（已扣除工期逾期罚金5930000元）；按《工程施工合同》计算为36004672.02元。
柳州市中级人民法院一审认为，三鼎公司与望泰公司所签的《工程施工合同》经建设行政主管部门备案，为有效合同。《补充协议》有双方当事人签字和盖章，虽然未签署时间，但双方对《补充协议》的真实性无异议，该协议落款时间上的瑕疵不影响其效力。双方也在备案合同中约定，“双方有关工程的洽商、变更等书面协议或文件视为合同的组成部分”。而从协议内容上看，双方一致同意对工程取费标准作出调整并约定总让利，对工期的调整亦没有超过施工合同总工期，且与三鼎公司在中标前提供的组织施工设计方案确定的工期目标360天相一致。由此可见，该《补充协议》是在《工程施工合同》基础上的具体补充、调整，协议内容原则上没有改变备案合同的实质内容，未对三鼎公司的基本权利和义务造成影响，是双方当事人的真实意思表示，故《补充协议》的合法有效性应予确认。此外，柳州市政府发改委曾颁发《关于柳州市市区内工程建设项目招投标管理有关问题的通知》，其中针对外商独资、非国有控股投资资金在80%以上的建设工程（工业厂房及配套的办公用房和职工宿舍、房地产开发项目、市政工程项目），明确其发包方式由投资者自行决定。本案工程，望泰公司作为发包方，其对三鼎公司发出邀请招标函，为邀请招标。双方在平等自愿基础上签订的《补充协议》，没有违反国家、地方相关法律法规，并且协议得到实际履行，故综合以上事实和相关因素，本案争议的建设工程不宜界定为法律、行政法规规定的必须进行招标的工程，不适用最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条的规定。本案应按《补充协议》结算工程款。
关于三鼎公司主张建筑安装工程劳保费88万元问题，根据望泰公司提供的转帐凭据证实，望泰公司已按《广西建筑安装工程劳动保险费管理试行办法》［桂建计字（2004）第41号］缴纳了劳保费。而《广西建筑安装工程劳动保险费管理试行办法》规定，劳保费由劳保费管理机构拨付给建筑施工企业，故劳保费不应计入工程总造价。三鼎公司主张劳保费应计入工程总造价，由望泰公司向其支付劳保费88万元，与事实不符，不予支持。
关于三鼎公司主张的工程分包配合费问题，本案鉴定报告中对于工程分包配合费计算的结论是“因送鉴资料中不能统计配合费的计算基数”，故鉴定结果中不包含配合费。三鼎公司亦未对此提出具体明确的数额，属请求不明确，不予支持。
根据桂众造价（2011）1421号工程造价鉴定报告结论，本案工程造价按《补充协议》计算为25015189.07元，因双方在《补充协议》中已约定总工期超过360天，每逾期一天罚一万元，故三鼎公司施工工期逾期593天，应承担逾期违约责任。望泰公司已支付工程款总额为30590900元，并未实际拖欠三鼎公司的工程款。三鼎公司主张望泰公司拖欠工程款事实依据不足，不予支持。判决：驳回原告三鼎公司的诉讼请求。一审案件受理费140685元，财产保全费5000元，由三鼎公司负担。
三鼎公司不服一审判决，上诉称，1、《补充协议》应确认为无效合同，本案应以《工程施工合同》作为结算工程价款依据。（1）《补充协议》签署于《工程施工合同》之前，它不是正式施工合同的补充，已经失效。（2）《补充协议》从始至终双方均未实际履行。（3）如果采用《补充协议》结算工程价款，显失公平，将严重损害施工方合法利益。（4）一审判决认定《补充协议》“原则上没有改变备案合同的实质内容，合法有效”错误。（5）一审判决适用法律错误。2、一审判决依照桂众造价（2011）1421号工程造价鉴定报告认定的工程造价违反了基本常识，请求二审法院重新鉴定，依法改判。（1）该鉴定报告认定该工程造价为每平方米478.64元，违反了基本常识，该造价根本不可能建房。（2）该鉴定报告对工程量、工程价款结算均存在错算、漏算和主观臆断情况。（3）该鉴定报告中有关“工期逾期罚金”内容超出了一审法院委托鉴定范围，系无权鉴定，该部分内容应属无效。3、在望泰公司没有提出反诉情况下，一审法院主动追究三鼎公司违约责任，违反了法定程序。4、根据相关规定，建筑安装工程劳保费及分包工程配合费应该计算在工程总造价中。请求二审法院撤销一审判决，依法改判或发回重审，一、二审诉讼费由望泰公司负担。
望泰公司没有提交书面答辩意见，在二审庭审时口头答辩称，1、本案双方签订的《工程施工合同》及《补充协议》都是有效的，应作为结算依据。2、本案工程属自行决定发包方式项目，本案工程采取邀标方式备案，备案只是为了应付建委要求，在施工过程中，双方当事人真正履行的是《补充协议》，《工程施工合同》和《补充协议》不一致的，应以《补充协议》为准。3、一审判决适用法律正确。4、一审时望泰公司明确要求在工程款中抵扣逾期竣工违约金，一审判决在工程款中扣除违约金程序合法。5、桂众造价（2011）1421号工程造价鉴定报告鉴定程序合法，鉴定结论客观真实，应当作为本案定案依据。6、望泰公司已把劳保费支付给建设部门，按当时政策文件规定，应由建设部门将劳保费支付给施工单位，现三鼎公司按照2012年文件规定再次要求望泰公司支付劳保费，违反了法不溯及既往原则。如果望泰公司再次支付，则属于重复支付。请求二审法院依法驳回上诉，维持原判。
各方当事人对一审判决认定事实无异议部分，本院二审予以确认，并确认《补充协议》在《工程施工合同》之前已签订。
本院二审另查明，望泰公司（甲方）与三鼎公司（乙方）签订的《补充协议》约定：一、工程取费标准按计取标准下调半类（即标准二类下调至二类半）……三、工程总让利为总造价下浮10%。四、分包工程。1、本项目的门窗工程、卷帘门、幕墙玻璃、无框玻璃门、外墙等装饰工程的材料由甲方提供确定，乙方按分部的3%计取配合费。桩基部分的5%计取配合费。2、消防工程、人防工程、暖通工程、专用设备、自动电扶梯、智能化电脑网络、大型空调等由甲方指定的分包商承接，乙方予以配合。配合费按分包部分的1%计取。3、商品砼必须由甲方指定价格，并保证由相应供应单位按施工要求保质保量并及时供应，价格中已包括商品砼的出厂价、运输费、泵送费和运输损耗费。……五、工程工期。桩基工程工期另定。地下一层及地上十七加一部份施工期为360天，但乙方须按300天总工期制定合理的施工进度计划，按期完成施工。施工期间连续停电、停水在四小时以上等客观原因及甲方原因停工四小时以上顺延一天，甲方应予以签证并以此为准。总工期超过360天，则每逾期一天罚壹万元，由于乙方原因造成甲方不能按期交房而使甲方赔付业主违约金的，赔偿责任由乙方承担。……八、质量保证金。本工程质量工期履约保证金为壹仟万元整，在招标工作前三天付清，期限最长不超过2年，即以甲方收到乙方保证金三日起2年内如数退还。若本项目在2年内竣工验收完毕，工程保证金应在一周内如数退还。九、安全及其他。……此补充协议与工程施工合同有不同之处，以本协议为准。
还查明，三鼎公司先后于2006年10月8日、12月15日、2007年1月17日、19日共向望泰公司支付保证金800万元。望泰公司于2007年1月4日向柳州市建筑安装工程劳保费管理办公室支付劳保费88万元。
再查明，2013年3月3日，众益公司向本院出具了《情况说明》，写明“我司因工作失误导致桂众造价（2011）1421号《柳州望泰房地产开发有限公司望泰龙城华府一期地下室、3#、6#、11#楼工程造价鉴定报告》上漏盖一名造价师的签章，现予以更正”，并补寄了三份有鉴定人狄琼伍、汤桂华签名的桂众造价（2011）1421号工程造价鉴定报告给本院。经本院组织质证，望泰公司和三鼎公司在发表质证意见时对《情况说明》和补正后的桂众造价（2011）1421号工程造价鉴定报告的真实性均没有提出异议，本院二审予以确认。
本院二审认为，1、关于本案应以《工程施工合同》，还是《补充协议》作为工程款结算依据问题。参照柳州市发展和改革委员会、柳州市建设委员会、柳州市财政局联合下发的《关于柳州市市区内工程建设项目招投标管理有关问题的通知》［柳发改投资（2007）14号］第二条“外商独资、非国有控股投资资金在80%以上的建设工程（工业厂房及配套的办公用房和职工宿舍、房地产开发项目、市政工程项目），其发包方式由投资者自行决定”的规定，望泰公司系民营企业，本案建设工程不属于依法必须进行招标的项目。依据《补充协议》有关“本工程质量工期履约保证金为壹仟万元整，在招标工作前三天付清”和2006年10月8日三鼎公司向望泰公司支付保证金500万元、三鼎公司于2006年11月13日编制的《望泰·龙城华府施工组织设计》已经望泰公司、三鼎公司和监理公司审批通过等一系列事实，可以认定在2006年11月25日望泰公司就新建龙城华府3#、6#、11#及一期地下室工程向三鼎公司发出招标邀请函之前，双方已签订《补充协议》。既然双方当事人在望泰公司发出招标邀请函之前已签订《补充协议》，那么所谓的邀请招标只是流于形式，故不存在适用《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”规定的基础。本案《工程施工合同》和《补充协议》，均是双方当事人真实意思表示，内容没有违反法律、行政法规的强制性规定，也没有损害社会公共利益，均应认定为合法有效，均可以作为本案工程款结算依据。因《补充协议》已明确约定“补充协议与工程施工合同有不同之处，以本协议为准”，一审判决认定《工程施工合同》和《补充协议》就工程价款结算等约定不一致的，应以《补充协议》作为工程款结算依据并无不当。
2、关于桂众造价（2011）1421号工程造价鉴定报告能否作为本案定案依据问题。桂众造价（2011）1421号工程造价鉴定报告第一页已明确写明“组织了相关专业技术人员对柳州望泰房地产开发有限公司望泰龙城华府一期地下室、3#、6#、11#楼工程造价进行了工程造价鉴定”，而不是只有一个鉴定人进行工程造价鉴定，众益公司另外出具的《情况说明》也明确写明因该公司工作失误，导致桂众造价（2011）1421号工程造价鉴定报告上漏盖一名造价师的签章，并补寄了三份有鉴定人狄琼伍、汤桂华签名的桂众造价（2011）1421号工程造价鉴定报告。应认定桂众造价（2011）1421号工程造价鉴定报告存在的程序瑕疵，且已被补正。三鼎公司又主张桂众造价（2011）1421号工程造价鉴定报告在工程量、工程价款结算等方面存在错算、漏算和主观臆断情况，其认定的工程造价违反了基本常识，不能作为本案定案依据，但却不能举出充分证据证明其主张，不予采信。桂众造价（2011）1421号工程造价鉴定报告直接从工程造价30945189.07元中扣除工期逾期罚金5930000元，超出了鉴定机构职权范围，对该部分内容，不予采信。望泰龙城华府一期地下室、3#、6#、11#楼工程造价按《补充协议》计算应为30945189.07元。
3、关于三鼎公司要求望泰公司支付建筑安装工程劳保费和工程分包配合费是否有事实和法律依据问题。根据望泰公司提交的转帐凭证和相关票据，望泰公司已于2007年1月4日按照《广西壮族自治区建筑安装工程劳动保险费管理试行办法》［桂政办发（2000）第117号］的规定向柳州市建筑安装工程劳保费管理办公室支付了88万元劳保费，而按照《广西壮族自治区建筑安装工程劳动保险费管理试行办法》规定，劳保费由劳保费管理机构收取后，按照规定分别拨付和调剂给建筑施工企业，在二审庭审中，三鼎公司也承认已经按照规定收到劳保费约55万元，故应认定三鼎公司再次要求望泰公司支付建筑安装工程劳保费88万元，没有事实和法律依据。三鼎公司要求望泰公司支付工程分包配合费，但并没有提出具体数额，应认定为诉讼请求不明确，一审判决不予支持正确。对该笔费用，三鼎公司可以另行起诉。
4、关于一审审判程序是否合法问题。望泰公司虽然没有提起反诉，但其仍然有权以“三鼎公司逾期竣工593天，按照《补充协议》约定需向望泰公司支付593万元违约金，扣除该593万元违约金后，望泰公司并没有拖欠三鼎公司工程款”作为抗辩事由，拒绝向三鼎公司支付工程款。三鼎公司不提供充分证据予以反驳，应视为其自愿放弃举证权利。在三鼎公司没有充分证据证明存在工期需要顺延的正当事由情况下，一审判决认定“三鼎公司施工工期逾期593天，应承担逾期违约责任。望泰公司已支付工程款总额为30590900元，并未实际拖欠三鼎公司的工程款”，并无明显不当。
本院二审判决：驳回上诉，维持原判。一审案件受理费124161元，财产保全费5000元，鉴定费344000元，由三鼎公司负担。二审案件受理费124161元（三鼎公司已预交145685元），由三鼎公司负担。三鼎公司多交纳的二审案件受理费21524元，由本院退给三鼎公司。
三鼎公司不服原一、二审判决，申请再审称，1、本案应以备案的《工程施工合同》作为结算工程价款的依据。（1）原判认定涉案工程的招标是“形式招标”没有事实、法律依据。（2）涉案工程是必须招标的项目，《补充协议》签订在《工程施工合同》之前，违反法律强制规定，应为无效。（3）《补充协议》与《工程施工合同》合同总价款相差1000多万元，两者在工期、工程价款、取费、分包、让利等核心条款均有实质性变更。（4）双方实际履行《工程施工合同》。2、原判适用法律错误。本案应适用《招投标法》及《最高人民法院关于审理建设施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》，原判适用柳州市政府的文件确认涉案工程不是必须招投标项目，明显错误。3、本案鉴定结论不能作为定案依据。（1）该鉴定结论只有一人盖章，补正盖章无依据。（2）该鉴定结论将未经司法机关认定违约金直接冲减工程价款，超过委托范围。（3）该鉴定结论认定的工程造价为每平方米478.64元，低于当时的工程施工成本价1300元左右，根本无法完成施工，故鉴定依据不足。4、原判未将工程劳保费计入工程总造价，是错误的。5、原判在望泰公司未提出反诉的情况下，主动追究三鼎公司的违约责任，违反程序法。请求：撤销原一、二审判决，判令望泰公司支付三鼎公司工程款15638138.7元及利息；支付劳保费88万元；按合同约定支付配合费。
望泰公司答辩称，1、《补充协议》合法有效，应作为结算依据。（1）本案工程属于非强制性招投标项目。（2）双方3年一直按《补充协议》履行。（3）《补充协议》只是对《工程施工合同》未尽事宜的补充和特别约定。两合同工程计价方式相同；《工程施工合同》的610天工期包含桩基工程，《补充协议》360天工期不包含桩基工程；本案工程各栋楼层不同，按规定取费标准也不一样，双方为计算方便，统一约定按二类半取费，未改变取费的实质内容；工程让利10%不属改变工程价款。2、原判按柳州市政府文件确认涉案工程项目，不属强制性招投标项目，适用法律正确。3、鉴定报告合法有效，应作为定案依据。三鼎公司所称瑕疵部分，已补正。三鼎公司仅做了整体工程的一部分，而防水、外墙涂料、花岗岩装饰、无负压供水设备购销及安装、电梯设备买卖及安装、人防、消防、智能防盗系统、进户门、木质防火、给水管道安装、栏杆扶手等工程均由其他施工单位完成。鉴定报告仅就三鼎公司负责施工部分进行工程价款结算，该结论并非是全部整体工程价款，故三鼎公司称“工程造价低于成本价”没有依据。4、望泰公司已按原规定将88万元劳保费交给劳保机构，故不计入工程总造价。现三鼎公司要求望泰公司按新的规定再次支付该费用，没有法律依据。5、三鼎公司逾期593天完工，应付593万元违约金，望泰公司从一审答辩开始就要求抵扣工程款。依据法律规定，当事人互负到期债务，通知到达生效。实际上该违约金还不能抵偿望泰公司的经济损失。请求维持二审判决。
本院再审确认原一、二审判决查明的事实。另查明，1、三鼎公司于中标并与望泰公司订立《工程施工合同》后，在望泰公司持有的《补充协议》上填写的落款日期为“2006年12月25日”。2、望泰公司属民营企业。
综合双方当事人的诉辩意见，本案的争议焦点是：1、案涉工程应以《工程施工合同》还是《补充协议》作为结算工程价款的依据；2、鉴定机构作出的鉴定报告能否作为本案结算工程款的依据；3、三鼎公司诉请的劳保费应否支持。
本院再审认为，一、关于案涉工程应以《工程施工合同》还是《补充协议》作为结算工程价款的依据的问题。
首先，《中华人民共和国招投标法》第三条第一款规定“在中华人民共和国境内进行下列工程建设项目包括项目的勘察、设计、施工、监理以及与工程建设有关的重要设备、材料等的采购，达到以下标准之一的，必须进行招标：（一）大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的项目；（二）全部或部分使用国有资金投资或者国家融资的项目；（三）使用国际组织或外国政府贷款、援助资金的项目”。望泰公司系民营企业，其自筹资金投资建设涉案工程，不属于前引条款规定必须招投标的工程建设项目。而属于当地政府有关部门联合下发的《关于柳州市市区内工程建设项目招投标管理有关问题的通知》［柳发改投资（2007）14号］第二条规定“发包方式由投资者自行决定”的建设工程项目。虽然，望泰公司向三鼎公司发出招标邀请书、中标通知书，双方在进行所谓的招投标之后也将《工程施工合同》交给当地政府的建设行政主管部门备案。但是，鉴于该建设工程项目依法不属于必须进行招投标的建设工程项目，且双方在招投标前，已就该建设工程项目的施工事宜进行充分磋商并达成《补充协议》。故应认定案涉工程的招投标不符合《中华人民共和国招标投标法》的规定，并非真正意义上的建设工程项目招投标，案涉工程的招投标程序流于形式。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”，该条所规定的“经过备案的中标合同”指的是严格履行规范的招投标程序并向建设行政主管部门办理备案登记手续的合同。因此，本案《工程施工合同》不应认定为前引司法解释所规定的“经过备案的中标合同”，本案不存在适用前引司法解释以备案合同作为结算工程价款的前提条件。《工程施工合同》与《补充协议》实质性内容不一致时，不能依照前引司法解释的规定将该合同当然地作为结算案涉工程款的依据。
其次，虽然《补充协议》在《工程施工合同》签订之前已订立，但三鼎公司在订立《工程施工合同》后，仍在望泰公司持有的《补充协议》上将双方订立《工程施工合同》当日的日期补填写为《补充协议》的落款时间，该行为说明双方订立《工程施工合同》后，均认可该两份合同均是案涉工程合同的组成部分。同时，《补充协议》明确载明“此补充协议与工程施工合同有不同之处以本协议为准”，进一步证实双方当事人的真实意思是将《补充协议》作为《工程施工合同》的补充，两者内容不一致之处，应以《补充协议》为准。再者，从《补充协议》的内容分析，该协议缺少工程概况、工程承包范围、合同价款，开工竣工日期等一般建设工程施工合同的必要条款，仅约定了工程取费标准、工程总造价让利10％、分包工程质量保证金等内容。由此可见，《补充协议》内容并不完整，必须综合两份合同的内容，方能进行案涉工程施工。因此，作为案涉工程合同组成部分的《工程施工合同》和《补充协议》均是双方当事人真实意思表示，内容亦没有违反法律、行政法规的效力性强制性规定，均为有效合同，当事人的权利义务应综合该两份合同的内容予以确定。故三鼎公司要求仅将《工程施工合同》作为双方结算工程价款依据，本院不予支持。
二、关于鉴定机构作出的鉴定报告能否作为本案结算工程款依据的问题。1、鉴定机构众益公司在一审期间，根据《工程施工合同》结合《补充协议》作出的桂众造价（2011）1421号鉴定报告只有一人签章，该鉴定报告存在形式上的瑕疵。本院二审期间，众益公司对鉴定报告上漏盖其他造价师签章的问题作了书面说明，并提交了补正后的鉴定报告，已对形式上的瑕疵予以补正。该鉴定报告不存在最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第27条规定的应当重新鉴定的情形，原审采信该鉴定报告没有违反法律和司法解释规定。2、三鼎公司申请再审认为以《补充协议》为据鉴定的工程款，计算得出的该工程每平方米造价低于成本。经核实，鉴定报告以《补充协议》为据鉴定的工程款扣除延误工期罚金后的工程造价有误，而三鼎公司直接套用该数字计算该工程的每平方米工程造价，其计算结论显然不正确。同时，三鼎公司也无证据证实涉案工程造价低于其合理的施工成本价，故三鼎公司该理由不成立。3、鉴定机构直接从工程造价中扣除工期罚金，超出鉴定机构职权范围，故桂众造价（2011）1421号鉴定报告以《补充协议》结算的工程造价有误，原审经核定认定为30945189.07元。三鼎公司在原一、二审期间未能举证证实鉴定报告的其他部分内容存在错误，其申请再审本案对此亦未能举证。因此，原一、二审判决根据双方的真实意思表示，确认桂众造价（2011）1421号鉴定报告按《补充协议》得出的鉴定结论，并经核定将被鉴定机构不合理地扣减的工期罚金纳入应付工程款金额，据此认定案涉工程价款，是正确的。
三、关于三鼎公司诉请的劳保费应否支持的问题。望泰公司已按原规定向建设安装工程劳保费管理部门交纳了88万元的劳保费，且三鼎公司也已收到了劳保费管理部门拨付劳保费55万元，是双方不争的事实。三鼎公司要求望泰公司按新的规定将88万元劳保费计入工程款结算，属对同一项费用重复主张权利。对此，原一、二审判决不予支持，是正确的。
望泰公司在一审期间已举证证实三鼎公司逾期竣工，欠付5930000元违约金，并要求冲抵工程款。望泰公司已付工程款30590900元，其还应支付的部分工程款，与三鼎公司应付的违约金相冲抵，望泰公司未拖欠三鼎公司的工程款。另外，三鼎公司起诉请求望泰公司支付工程分包配合费的具体数额不明确，原二审判决已告知三鼎公司可另行起诉，亦是正确。
综上所述，原二审判决认定基本事实清楚，适用法律正确，实体处理恰当，应予维持。三鼎公司申请再审的理由缺乏事实及法律依据，本院不予采纳。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项、第二百零七条第一款、第二款的规定，判决如下：
维持本院（2012）桂民一终字第57号民事判决。
本判决为终审判决。
审判长 程丽文
审判员 蒙宏庆
审判员 陈朝两
二〇一四年九月二十九日
书记员 刘飞燕