北京市西城区人民法院
民 事 判 决 书
（2015）西民初字第422号
原告孙正民，男，1964年10月11日出生。
被告中国燕兴总公司，住所地北京市西城区月坛南街丙七号。
法定代表人冯再清，经理。
委托代理人朱茂林，北京义贤律师事务所律师。
委托代理人李晓娟，北京义贤律师事务所实习律师。
原告孙正民与被告中国燕兴总公司劳动争议一案，本院受理后,依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告孙正民，被告中国燕兴总公司之委托代理人朱茂林、李晓娟到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告孙正民诉称，1993年5月，原告从国家人事部工资保险福利司调入被告处工作，担任对外经济合作处处长，后担任经营部副经理等。2001年4月，被告发布职工分流办法，因经营不善按照上级公司要求对职工进行分流处理，办法规定对分流职工只发放最低生活费，对在岗职工发放最低工资。原告留在被告处继续工作。2001年5月，被告给留下的员工另外建立了一张工资卡，用该卡发放补贴，补贴内容为伙食补贴、通讯补贴、交通补贴、书报费、洗理费、养老补贴和工龄补贴,发放至2004年12月。2005年1月开始上述补贴停止在该卡中发放，合并在原来的效益工资中。2002年2月，被告补发2001年5月至2002年2月的工资,与本案主张的补贴无关。2001年5月至2002年5月被告没有发放原告上述补贴，2002年6月被告给原告一张浦发卡，自2002年6月起被告发放原告上述补贴，发放的金额为860元，2003年5月提高到1338元，2003年10月提高到1348元，2005年1月至2006年3月为1366元。2006年4月开始发放的效益工资为2705元，其中包含原效益工资400元，应发补贴2305元。2012年4月，原告发现被告存在克扣上述补贴的情况，多次向被告及其上级单位反映，但一直未果。原告认为应发标准分别为：2001年5月至12月1789元，2002年1月至12月1799元，2003年1月至4月1809元、5月至12月2205元，2004年1月至12月2215元，2005年1月至12月2325元，2006年1月至3月2325元。原告诉讼请求的计算方式为以上应发标准减去实发数额。2013年被告任命原告担任北京宾庄商务有限公司经理，但未与原告签订书面劳动合同。原告认为裁决书认定事实不清，前后矛盾。首先，没有依照同工同酬的原则计算被告欠发原告的工资数额，而采取平均数计算方法，没有考虑原告的职务和工龄情况。其次，没有要求用人单位“在人事管理、工资制度和财务凭证方面”承担举证责任，未裁决补发原告其余月份工资差额。再次，在已查清被告有意克扣工资的情况下，没有按照原劳动部《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》的规定判令被告加发工资报酬百分之二十五的经济补偿金。此外，裁决书将双方存在无固定期限的事实劳动关系视同双方签订了无固定期限劳动合同，裁决被告可以不承担未与劳动者签订书面劳动合同的法律责任，是对劳动合同法的曲解，纵容了用人单位不与劳动者签订书面劳动合同。现原告诉至法院，诉讼请求为：1、被告支付原告2001年5月至2006年3月期间被克扣的工资65271元，并支付25%的经济补偿金16317.75元以及2001年5月至2014年1月的利息（按照中国人民银行一年期贷款利率计算）；2、被告支付原告2013年1月至12月未与原告签订书面劳动合同的双倍工资差额121116元；3、诉讼费由被告承担。
被告中国燕兴总公司辩称，1993年5月，原告从国家人事部工资保险福利司调入被告处工作，担任对外经济合作处处长，经营部副经理等。被告没有克扣原告工资。被告隶属于中国兵器装备集团，1999年响应国家政策号召实行主副业分离，由于经营不善调整人员分流。具体方案为总部设为四个处室，包括综合管理部，财务审计处，经济运营处，债权债务办公室。物业经营部隶属综合管理部，以上系总部留守人员。外经处和启亚办合并成立经营部，经营部不在留守的范围内，原告是经营部的副经理。经营部根据2000-082文件要设立专门的专户，工资由专门的账户发放，奖金依据经营部和总公司签订的承包合同执行。留守人员要发放补贴，其他人员只发放基本工资，奖金是所在部门发放。原告不属于总部留守人员，不能要求按照留守人员的标准发放。2002年6月开始，原告被纳入留守人员的范围内，补贴的发给根据个人工作表现和岗位有所差别，公司已经给原告发放了全部的补贴。从原告提交的2003年4月30日在岗职工拟调整收入可以看出，被告职工的工资分为两部分发放。第一部分为按照职工的级别，通过工资卡发放，这一部分既包括级别工资也包括补贴，具体包含岗工、拟调、工龄、效益、交洗、物补、书报、托煤、补贴、医补。对上述部分，原告和其他员工一样正常发放，没有少发。另一部分是被告根据效益情况和员工表现自主发放的补贴，这一部分不发放到工资卡里，而是发放到单独的浦东卡里。对于此部分补贴，是被告在国家规定的工资之外另行发放的，具有完全的自主权，并且从原告提供的补贴表也可以看出，这部分补贴人员不是固定的，是变化的，这也说明这部分福利并不是全员性的。因原告2000年以前在被告国际合作处劳务输出工作中的遗留问题和工作表现，直至2002年6月才将其暂时列入留守人员范围，但由于原国际劳务工作中所反映的问题一时难以落实，所以经过公司领导班子决定，暂且在工资之外的自主补贴部分只发放伙食补贴和通讯补贴，在被告没有降低原告正常工资标准的情况下，这属于被告自主经营权的范畴，原告无权提出异议。2004年12月17日，原告与被告签订解除劳动合同协议书，被告劳动关系转入北京中燕创业有限责任公司（燕兴基业公司），工资和社会保险均由该公司发放和缴纳。双方权利义务已经一次性结清。即使有争议，至今已经超过了仲裁时效。此后被告没有义务给原告发放工资。由于燕兴基业公司属于员工身份置换初创阶段，且是为安置身份置换后人员搭建的平台公司，还不能独立运转。被告必须帮助该公司理顺相应管理环节，所以相关补贴仍然沿用在被告期间的标准。2006年年4月以后，燕兴基业公司开始正式独立运营，有了独立的财务和会计，也调整了原告的补贴。2008年11月底原告与被告再次建立劳动关系。25%的经济补偿金现没有法律依据，原告应向劳动部门主张。原告主张的克扣工资没有法律依据，不同意支付。原告要求未签订书面劳动合同二倍工资的请求超过诉讼时效，没有法律依据。仲裁裁决后被告没有起诉。综上，不同意原告的诉讼请求。
经审理查明：1993年5月，原告到被告处工作。
1999年4月7日，被告聘任原告为外经处处长。
2000年7月25日，被告制定《关于燕兴总部机关机构调整、人员分流的实施办法》（燕总办[2000]052号），主要内容为：经公司经理会议研究，决定在燕兴公司总部进行机构调整，人员分流的工作，总部机关机构调整，人员分流的步骤第一阶段为动员、公布方案阶段，具体方案是总部的机构设置综合管理部编制7人，财务审计处编制4人，资产运营处编制4人，债权职务办公室编制4人，外经处与启亚处合并成立经营部，人员不动，组建一个股份公司，成立物业经营部，第二阶段为个人申请阶段，第三阶段为双向选择，选聘上岗，确定岗位（或工作部门）阶段，第四阶段为签订合同阶段。
2000年7月31日，被告作出《关于燕兴总部机关机构设置的通知》（燕总综[2000]054号），主要内容为：经公司经理会议研究决定，总部机关机构设置为综合管理部、财务审计处、经济运营处、债权债务办公室。
2000年8月15日，被告作出《关于张凤山等十二人任职的通知》（燕总人[2000]064号），聘任原告、张凤山、刘洪三人为总部经营部副经理。
2000年10月18日，被告作出《关于对外经处、启亚办的财务管理办法》（燕总财[2000]082号），主要内容为：经营部，根据总公司办公会议决定，外经部、启亚办经营活动统一纳入总公司财务管理范围，由总公司财审处对其进行财务核算，两部门统一采用“收支两条线”的财务管理办法，费用管理采用单位提出计划、公司领导把关、财务部门审核的办法，奖励办法依据两部门与总公司签订的有关承包协议执行等。原告称该文件未实际执行，外经部并没有独立财务核算的权利。
2001年1月3日，被告作出《关于在1999年11月对韩外派研修生中出现违规问题的报告》（燕总经营[2001]001号），主要内容为：被告向兵器装备集团国际经济合作部就1999年11月对韩国外派研修生过程出现的违规问题进行说明。被告称因原告工作失误出现违规事件，故未将原告列为分流人员，上述事件于2002年6月调查完毕，当时已错过分流时期，此后将原告作为总部留守人员。
2001年4月3日，被告作出《关于下发中国燕兴总公司〈待岗职工分流暂行办法〉的通知》（燕总劳人[2001]015号），主要内容为：《待岗职工分流的暂行办法》经2001年1月2日经理办公会研究通过，现下发执行。《中国燕兴总公司关于待岗职工分流的暂行办法》规定，待岗职工下岗分流的途径包括解除劳动关系、协保、内部退养和下岗。
2001年8月1日，被告外经处更名为对外经济合作部，被告聘任原告为对外经济合作部副经理。
2003年5月12日，被告聘任原告为国际合作处副处长。
2004年12月27日，北京中燕创业经贸有限责任公司变更名称为燕兴基业（北京）国际科贸有限责任公司（以下简称燕兴基业公司）。
2008年11月27日，被告聘任原告担任物业管理部一级岗。2009年11月30日，被告聘任原告担任物业部主任（办公
会成员）。
2010年12月14日，被告聘任原告担任综合管理办公室主
任。
2012年2月20日，被告聘任原告担任综合办主任，负责对蓬莱酒店、兴燕物业资产经营业务的指导、监督和协调，负责六号门办公楼和方庄办公房的出租、收费和管理工作，完成年度经营目标，负责总部物业管理与收费事项等方面的业务指导，沟通房管、人防及相关部门的业务联系，负责安排总部行政后勤方面的事务。
2012年12月20日，被告聘任原告为北京宾庄商务服务有限公司经理。
关于2005年1月至2008年的工作情况，原告称其在被告处从事对外劳务工作，被告称原告在燕兴基业公司从事对外劳务工作。关于工资支付情况，原告称2000年左右被告经营出现问题后工资开始通过燕兴基业公司、财务个人账户、现金等方式发放，2008年8月开始以北京宾庄商务服务有限公司名义发放；被告称原告2005年1月至2008年11月的工资由燕兴基业公司发放。关于社会保险缴纳情况，经查，原告的社会保险一直由被告缴纳；被告称2004年12月17日至2008年11月的社会保险是其接受燕兴基业公司委托为原告缴纳。
被告就其主张的2004年12月17日双方解除劳动关系、原告与燕兴基业公司建立劳动关系，在原告同意的情况下通过股份代持的方式将经济补偿金投入燕兴基业公司增资扩股，2008年11月双方再次建立劳动关系，2009年燕兴基业公司解散该经济补偿金返还原告，原告与燕兴基业存在劳动关系期间的社会保险其系接受燕兴基业公司委托为原告缴纳的情况，提交2004年12月17日《职工申请解除劳动关系表》、《与职工解除劳动关系协议书》，2005年《职工经济补偿金及奖励明细表》，2005年5月20日股权证明，2014年6月16日人力资源和社会保障部全国人才流动中心出具的证明，2009年12月31日股权转让及现值确认单、持股人收款单，2010年1月7日转账支票存根、付款凭证，2005年和2006年借款单、进账单、付款凭证等，燕兴基业公司2008年5月报销凭单、2008年6月工资表、付款凭证等。其中，《职工申请解除劳动关系表》载明个人申请理由为“根据国家和北京市有关规定，因本人所在单位经营困难、濒临破产，特申请解除劳动合同关系”，下部为原告签名和日期。《与职工解除劳动关系协议书》约定被告（甲方）、原告（乙方），乙方自愿申请从即日起与甲方解除劳动关系，自本协议签字之日起，甲方在十五日内将乙方本人的人事档案、劳动及社会保险关系手续一同转入北京中燕创业有限责任公司管理，甲方在办完乙方人事档案、劳动及社会保险关系转移手续后十日内，按《办法》规定向乙方一次性支付经济补偿金，合计43700元。《职工经济补偿金及奖励明细表》载明原告实际工龄补偿金额为43700元、奖励金额18848元，余年工龄补偿金额为46000元、奖励金额19840元，合计128388元。股权证明的内容为：“兹有孙正民投资13万元，占燕兴基业公司总投资的2.6%。特此证明”，下部加盖燕兴基业公司印章。人力资源和社会保障部全国人才流动中心出具证明的内容为：北京中燕创业经贸有限责任公司自2004年12月29日起将公司职工个人档案存放于该中心，具体存放职工档案名单为原告等11人。股权转让及现值确认单、持股人收款单、转账支票存根、付款凭证显示，原告持股金额13万元，当时股权现值总计125242元，原告收取125242元。燕兴基业公司借款单、进账单、付款凭证、报销凭单等显示该公司曾支付被告社会保险费、为原告报销养路费、代管费等。
原告认可收到125242元，但称以上证据系被告为套取职工下岗再就业安置基金，非双方真实意思表示，协议签署后仍在原岗位工作，上述期间双方仍存在劳动关系，就此提交2005年4月25日被告《关于认真落实青州会议精神的通知》[中燕发（2005）001号]（以下简称《通知》）、2005年6月27日被告《关于确认我公司2002年以来向韩国派遣研修生业绩的请示》（燕总外[2005]31号）（以下简称《请示》）、2005年12月14日商务部《关于同意赋予燕兴基业公司对外劳务合作经营资格的批复》（商合批[2006]35号）（以下简称《批复》）、2006年5月25日中国对外承包工程商会《关于商请将中国燕兴总公司派遣产业研修生的资格和业务划转到燕兴基业公司的函》（承商劳函[2006]336号）（以下简称《函》）复印件、2006年9月5日被告《关于中国燕兴总公司职工在1992年10月至12月期间应认定视同工作年限问题的报告》（燕总发[2006]20号）（以下简称《报告》），2008年3月20日被告《关于聘任赵宏敏等同志专业技术职务的通知》。其中，《通知》的主要内容为被告对于向韩国派送研修生工作情况的总结，原告称《通知》为其工作成果。《请示》为被告请求中国对外承包商会对其2002年以来向韩国派遣研修生业绩的情况进行确认，并附2002年至2004年、2005年1至6月输韩国研修生劳务合作业务年度报表，报表中显示制表人为原告。《批复》为商务部批复同意燕兴基业公司换领对外劳务合作经营资格证书，同时撤销被告的对外劳务合作经营资格。《函》为中国对外工程承包商会与韩国中小企业协同组合中央会商请将原告派遣产业研修生的资格和业务划转燕兴基业公司，其中表述“燕兴国际（燕兴基业）的法人代表仍是燕兴公司的法人代表赵宏敏，从事具体工作的人员也是原有的职员”。《报告》为被告向北京市劳动和社会保障局养老处就1992年10月至12月视同工龄认定问题进行的说明，并附职工名单，原告在列。被告2008年3月20日《关于聘任赵宏敏等同志专业技术职务的通知》显示，被告于该日聘任原告为高级经济师。原告否认《通知》、《报告》的真实性，认可《请示》正文的真实性，称因燕兴基业公司尚未取得相关经营资格，故以其名义出具《请示》，认可《函》的真实性，称2004年已将对外劳务业务剥离至燕兴基业公司，认可《关于聘任赵宏敏等同志专业技术职务的通知》的真实性，但表示现无法核实为何在当时即聘任原告为高级经济师。
原告就其主张的2001年5月至2002年5月应享受补贴、但被告未支付，2002年6月起被告通过浦发银行卡支付其补贴、但未足额，2005年1月起补贴计入效益工资一并通过工商银行发放、停止在浦发银行卡中发放，2006年4月起方按照应发标准发放其补贴的情况，提交2001年5月至7月、2002年1月至12月、2003年1月至12月、2004年1月至12月，2005年2月至3月、5月至12月，2006年1月至4月补贴表，2003年4月30日在岗职工拟调整收入表，2005年1月至2月、2006年1月、3月、4月、6月工资表，2008年工资表，浦发银行2002年6月8日至2012年3月21日的交易明细，工商银行历史交易明细。其中，补贴表显示被告工作人员每月享受补贴，同一年中每月补贴金额基本一致，补贴的项目包括洗理费、书报费、伙补、电话费（通讯费）、年功（工龄）、交通、养老补贴；原告2002年6月享受伙补360元、电话费500元，总计860元，2005年10月、2006年1月享受补贴1366元。2003年4月30日在岗职工拟调整收入表显示原告工资构成为在岗职工工资卡实际收入、在岗职工浦东卡实际收入，在岗职工浦东卡实际收入包括伙补360、通讯600元、养补396元，合计1356元。2005年1月至2月，2006年1月、3月、4月、6月工资表显示，原告2005年1月、2月和2006年1月、3月每月有效益工资1766元，2006年4月每月效益工资调整为2705元，2006年6月效益工资为400元，另增加工资项目各项补贴2305元，2008年工资表显示被告员工工资构成为基本收入、工资卡内各项收入和浦东卡实际收入。浦发银行历史交易明细显示，原告2002年6月至2003年4月基本每月存在金额为860元的交易一笔，2003年5月存在金额为1652元的交易一笔，2003年6月存在金额为1315.8元的交易一笔，2003年7月起每月存在金额为1338.2元的交易一笔，2003年10月至2004年12月每月存在金额为1348.2元的交易一笔。工商银行历史交易明细显示，2006年4月和6月的实发数额与工资表记载一致。被告认可2002年1月至2006年4月补贴表、2003年在岗职工拟调整收入表和银行历史交易明细的真实性，不认可工资表的真实性，并称浦发银行卡记录可以证明其已足额支付原告补贴，根据2003年在岗职工拟调整收入表可以看出其已足额支付原告按照职工级别的工资，另一部分为根据效益情况和员工表现自主发放的补贴。
原告另提交2012年5月16日《关于补发本人2001-2006年工资补贴问题的诉求》、2012年5月22日《关于燕兴公司在2001-2006年拖欠本人工资待遇的情况反映》，2012年9月12日被告燕总函[2012]2号函，2012年9月17日中国兵器装备集团公司资本运营部《关于燕总函[2012]2号的回复》、2012年10月17日《关于燕兴公司职工来信的意见》。其中，《关于补发本人2001-2006年工资补贴问题的诉求》、《关于燕兴公司在2001-2006年拖欠本人工资待遇的情况反映》为原告个人书写的被告欠发其工资补贴的情况及其诉求。被告燕总函[2012]2号函的内容为：“资本运营部：根据集团公司领导批示和资本运营部领导要求，燕兴公司对本单位员工孙正民写给集团公司有关领导及资本运营部《关于燕兴公司在2001-2006年拖欠本人工资待遇的情况反映》信中工资待遇问题进行了调查、核实。经财务人员核实，孙正民在信中所提供的有关工资发放资料属实。具体数额待处理时再详细计算。另查，公司在2006年3月因孙正民提出本人工资待遇问题后，公司仅发给本人1万元奖励。此问题如何处理，请批示”；中国兵器装备集团公司资本运营部《关于燕总函[2012]2号的回复》的内容为“燕兴公司：经研究，请你公司认真核实孙正民所反映问题的有关情况和历史原因，本着实事求是的原则，提出解决方案和相关法理依据，由你公司自行解决。此致。”《关于燕兴公司职工来信的意见》的主要内容为要求被告认真核实原告反映的2001年-2006年拖欠本人工资待遇的问题是否属实等。原告认可收到被告支付的1万元，但称为奖励性质，被告承诺另行支付欠发补贴。被告要求对该1万元进行抵扣。
另查，冯再清担任被告和燕兴基业公司的法定代表人。2010年12月20日，燕兴基业公司被吊销营业执照。被告提交该公司出具的《关于燕兴基业公司于孙正民劳动关系的说明》一份，内容为：“燕兴基业公司，原名为北京中燕创业经贸有限责任公司，成立于2001年11月21日，法人为冯再清，于2010年12月20日被吊销营业执照。2004年12月底，孙正民与中国燕兴总公司解除劳动关系后进入我公司工作，工作时间到2008年10月份。孙正民在我公司期间，档案由我公司委托人力资源和社会保障部全国人才流动中心保管，工资和社保由我单位支付，但是由于我公司没有社保账户，所以社保由中国燕兴总公司代缴。在我单位工作期间，我单位向其足额发放了工资待遇，不存在克扣现象。孙正民进入我公司工作后，曾向我单位投入13万元作为股权投资，我单位向其发放了股权证明。孙正民于2009年年底已退出该股权投资，退出时股权现值为125424元。我单位已于2010年1月7日将该股权现值125424元全部支付给孙正民。关于孙正民与我公司的相关关系，我公司认可中国燕兴总公司在庭审中所做陈述，以庭审记录为准。特此说明!”
再查，原告曾向北京市西城区劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求被告支付2001年5月至2006年3月克扣工资79135元、25%的经济补偿金19783.75元和截至2014年1月克扣工资的利息51008.95元，2013年1月至2013年12月未签订书面合同二倍工资差额121116元。2014年11月26日，该委作出京西劳仲字[2014]第1104号裁决书，裁决被告支付原告2001年5月至2001年7月、2002年1月至2002年4月工资差额11689.61元、驳回原告的其他请求。后原告不服，于法定期限内诉至本院。
以上事实，有燕总发[2012]12号《关于经营实体及债权专务岗位聘任的通知》、《关于燕兴总部机关机构调整、人员分流的实施办法》、[2001]001号《关于在1999年11月对韩外派研修生中出现违规问题的报告》、燕总劳人[2001]015号《关于下发中国燕兴总公司〈待岗职工分流暂行办法〉的通知》、《中国燕兴总公司关于待岗职工分流的暂行办法》、《中国燕兴总公司与职工解除劳动关系协议书》、《中国燕兴总公司职工申请解除劳动关系表》、职工经济补偿金及奖励明细表、证明、银行历史交易明细、补贴表、北京市社会保险个人缴费信息对账单、京西劳仲字[2014]第1104号裁决书及原、被告陈述等证据材料在案佐证。
本院认为：用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。用人单位自用工之日起满一年不与劳动者订立书面劳动合同的，视为用人单位与劳动者已订立无固定期限劳动合同。本案中，原告1993年5月到被告处工作，双方未签订书面劳动合同，其社会保险一直由被告缴纳；被告主张2004年12月17日双方解除劳动关系、原告与燕兴基业公司建立劳动关系，在原告同意的情况下通过股份代持的方式将经济补偿金投入燕兴基业公司增资扩股，2008年11月原、被告再次建立劳动关系，2009年燕兴基业公司解散时该经济补偿金返还原告，就此提交《职工申请解除劳动关系表》、《与职工解除劳动关系协议书》，《职工经济补偿金及奖励明细表》，股权证明，转账支票存根、付款凭证等；原告认可收到转账支票存根和付款凭证所载数额的款项，但称解除劳动合同非双方真实意思表示，系为套取职工下岗再就业安置基金，协议签署后仍在原岗位工作，双方仍存在劳动关系，就此提交《通知》、《请示》、《批复》、《函》、《报告》、《关于聘任赵宏敏等同志专业技术职务的通知》。原告上述证据可以证明其2004年12月17日后仍为被告提供劳动，双方劳动关系继续存续；考虑到被告与燕兴基业公司的关系，其待证的档案存放、社会保险代缴和费用报销等事实，并不足以对抗原、被告劳动关系继续存续的事实，现原告亦主张与被告存在劳动关系，本院不持异议。《中华人民共和国劳动合同法》于2008年1月1日起施行，2009年1月1日起已满一年，应视为原、被告建立无固定期限劳动合同，原告要求被告支付2013年1月至2013年12月未签订书面劳动合同二倍工资差额的诉讼请求，缺乏事实和法律依据，本院不予支持。被告关于原告主张超过仲裁时效的答辩意见，本院不予采纳。
工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。本案中，原告提交的证据足以证明补贴为被告工作人员工资的组成部分，补贴的项目包括洗理费、书报费、伙补、电话费（通讯费）、年功（工龄）、交通、养老补贴；被告虽主张因原告工作中反映出的问题一直未解决、2004年12月在燕兴基业公司时该公司未正常运转，故原告仅享受伙食补贴和通讯补贴，但因被告未就违规事件系原告过错导致提交证据证明，且双方劳动关系仍然存续，故其应当支付原告全额补贴。被告未举证证明原告应享受的补贴标准，应当承担举证不能的法律后果，本院结合原告的主张、浦发银行历史交易明细、补贴表和工资表的记载予以核算差额，并抵扣被告已支付原告的10000元，抵扣后的金额为54579.6元。原告该项诉讼请求中的合理部分，本院予以支持。原告要求被告支付25%经济补偿金和利息的诉讼请求，缺乏法律依据，本院不予支持。
综上所述，依据《中华人民共和国劳动法》第五十条，《中华人民共和国劳动合同法》第七条、第十四条之规定，判决如下：
一、自本判决生效后七日内，被告中国燕兴总公司支付原告孙正民二〇〇一年五月至二〇〇六年三月期间的工资差额五万四千五百七十九元六角；
二、驳回原告孙正民的其他诉讼请求。
如果被告中国燕兴总公司未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费十元，由原告孙正民负担五元（已交纳），被告被告中国燕兴总公司负担五元（于本判决生效后七日内交纳）。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，交纳上诉案件的受理费，上诉于北京市第二中级人民法院。如在上诉期满七日内未交纳上诉案件受理费的，视为放弃上诉权利。
审 判 长 王 蒙
人民陪审员 果振敏
人民陪审员 李海黎
二〇一六年五月三十日
书 记 员 周凯雯