天津市第二中级人民法院
民 事 判 决 书
（2013）二中民四初字第65号
原告天津亚平市政工程集团有限公司，住所地天津市跃进路西侧金钟产业园区内1排1号。
法定代表人高洪举，总经理。
委托代理人李文欣，天津嘉德恒时律师事务所律师。
委托代理人刘扬，天津嘉德恒时律师事务所律师。
被告天津宁河万泰现代产业建设投资有限公司，住所地天津市宁河县芦台镇光明路72号。
法定代表人张鸿江，总经理。
委托代理人崔晓筝，北京康达（天津）律师事务所律师。
原告天津亚平市政工程集团有限公司与被告天津宁河万泰现代产业建设投资有限公司建设工程施工合同纠纷一案，原告于2013年11月5日向本院起诉，本院依法组成合议庭，于2013年3月7日公开开庭进行了审理。原告天津亚平市政工程集团有限公司的委托代理人李文欣、刘扬，被告天津宁河万泰现代产业建设投资有限公司的委托代理人崔晓筝到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告天津亚平市政工程集团有限公司（简称亚平公司）诉称，2010年2月9日，原、被告签订《天津市建设工程施工合同》（简称《施工合同》），合同约定原告承建被告开发的坐落本市宁河现代产业区内的宁河现代产业次干路基础设施工程。该合同还就工程价款、付款方式及争议解决的方式做了相应的约定。合同签订后，原告依合同所约对上述工程进行了施工并于2010年12月15日完工。2011年7月5日，该工程经验收，质量合格。由于施工过程中涉及到工程量增项和变更，该工程的工程造价最终确认为61840038元。原告将上述工程的《招标工程结算汇总表》送至被告处，但被告迟迟不予确认，仅给付14000000元，尚欠47840038元。现上述工程已投入使用并过质量保修期，而被告拖欠的款项虽经原告多次催要未果，为此原告诉至本院，要求：1、依法判令被告向原告支付工程欠款47840038元，利息6876367.24元；2、本案诉讼费由被告承担。
原告为证明其主张提供以下证据：
证据一：《天津市建设工程施工合同》，证明双方在合同中约定了给付工程预付款和工程总款额的时间和比例，约定了违约赔偿方式。
证据二：协商说明，证明双方对部分单价进行了调整。
证据三：工程开工报告，证明涉案工程实际开工日期为2010年3月19日。被告依约应于2010年3月13日前给付工程预付款。
证据四：竣工验收证书，证明涉案工程2011年7月5日竣工验收合格。
证据五：进账单二张，证明被告先后于2011年12月31日和2013年2月5日给付原告工程款共计1400万元。
被告天津宁河万泰现代产业建设投资有限公司（简称万泰公司）辩称，原、被告于2010年4月1日签订了《合同协议书》（简称《协议书》），对付款方式做了变更，即到2013年7月5日前应付工程款30%，即13775813元。因被告已给付原告工程款1400万元，不存在拖欠原告工程款的违约事实，故原告要求给付47840038元工程欠款及6876367.24元逾期付款利息的诉讼请求应予驳回。
被告针对其抗辩意见提供以下证据：
证据一：《协议书》，证明双方履行的是《协议书》，《协议书》对付款方式进行了重新约定。
证据二：《情况说明》，证明原、被告正在配合天津众诚建设工程咨询有限公司进行工程造价审核。
证据三：《审核报告书》，证明涉案工程审核造价为58672421元。
被告对原告提供的五份证据真实性没有异议，但对证据一、五证明目的有异议，认为付款方式不应以合同为准，而应以协议书为准；被告付款时间不应以进账单为准，而应以被告实际付款时间为准。
原告对被告提供的三份证据的真实性没有异议，但认为证据一《协议书》约定的付款方式是对《施工合同》内容的实质性变更，且该《协议书》没有经过备案，不发生法律效力。
本院对双方当事人提交的证据审查后认为，双方当事人对对方提交的证据的真实性均无异议，上述证据来源合法，与本案具有关联性，本院对上述证据予以确认。
本院经审理查明，2010年2月9日亚平公司与万泰公司签订《施工合同》，该合同经天津市宁河县建设工程合同管理办公室备案。合同约定由亚平公司承建万泰公司发包的宁河现代产业次干路基础设施工程，开工日期2010年2月9日，竣工日期2010年6月14日。合同价款55551628元。付款方式为合同签订后开工前7日内，预付合同总造价款的10%，进度款采用按月拨付，每月拨付当月已合格工程量的80%的工程款，待工程竣工经有关质检部门验收合格后，支付工程款达合同总价95%，余5%为质量保修金，待保修期（按照国家规定）满后一次性付清（无利息）。发包人每拖延一天支付预付款或进度款或结算款，发包人承担合同总价款万分之三的违约金。承包人每拖延一天工期，承包人承担合同总价款万分之三的违约金。
2010年4月1日，双方又签订《协议书》，《协议书》专用条款第26条对工程款（进度款）支付约定为自工程竣工验收合格后，一年内付至合同总造价的20%，第二年内付合同总造价的30%，第三年内付合同总造价的50%（其中3%作为质量保证金），质保期满后，发包人向承包人一次付清（无利息）。该《协议书》未经建设主管部门备案。
2010年3月19日，涉案工程实际开工。
2011年7月5日，涉案工程竣工验收合格。
诉讼中，双方确认2011年12月31日，被告给付原告工程款1000万元。2013年2月4日，被告给付原告工程款400万元。涉案工程结算造价为59179626.36元。为此庭审中原告变更第一项诉讼请求为：1、判令被告向原告支付工程欠款45179626.36元，截止2013年10月31日逾期付款利息6760230.26元；2、本案诉讼费由被告承担。
本院认为，原、被告双方签订的《施工合同》是当事人真实意思表示，并经建设主管部门备案，该合同合法有效。原、被告双方签订的《协议书》虽未经建设主管部门备案，但有双方当事人的签字盖章，亦是双方当事人的真实意思表示。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条的规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程款的根据。经审查，双方签订的《协议书》的付款方式为施工方先行垫资，而《施工合同》中约定的付款方式是按照工程进度付款，本院认为《协议书》约定的付款方式完全改变了《施工合同》约定的付款方式，属于实质内容的重大变更。依据上述法律规定，本案应当以备案合同作为结算工程价款的依据。因此，被告主张按照《协议书》约定的付款时间，其不存在逾期付款的抗辩理由，本院不予支持。根据本案查明的事实，被告未按照双方《施工合同》约定，按期支付工程预付款和工程款，现原告主张被告予以支付，符合法律规定，本院予以支持。
关于被告应支付的工程款数额，现双方对工程欠款为45179626.36元没有争议，被告应予以支付。关于原告主张的逾期支付预付款及进度款利息一节，根据原、被告双方之间的《施工合同》第35条约定，即发包人每拖延一天支付预付款或进度款或结算款，发包人承担合同总价款万分之三的违约金，该约定是双方就发包人违约应承担的违约责任进行的具体约定，根据该约定可以认定双方就发包人的违约行为约定了违约金的计算方式和标准，即以合同总价款为基数，以日万分之三为标准计算。根据《中华人民共和国合同法》第一百一十四条规定：当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。本案双方当事人选择在合同中约定了违约金的计算方法，不违反法律的规定。根据本案查明的事实，被告未能依据双方合同约定的付款时间支付工程款，被告存在违约行为，原告有权依照双方合同约定要求被告支付违约金。现原告要求被告支付以合同总价款为基数，以中国人民银行同期同类贷款利率为标准的利息损失，系其自愿放弃相关权利，本院予以尊重。
综上所述，被告应支付原告工程款45179626.36元及逾期付款利息。关于利息的计算应依照双方《施工合同》约定的付款时间及付款比例分段计算，即自2010年3月13日起至2011年7月4日止，以55551628元的10%即5555162.8元为基数，以中国人民银行同期同类贷款利率为标准；自2011年7月5日起至2011年12月30日止，以55551628元的95%即52774046.6元为基数，以中国人民银行同期同类贷款利率为标准；因2011年12月31日，被告给付原告1000万元工程款，故自2011年12月31日起至2013年2月3日止，以42774046.6元为基数，以中国人民银行同期同类贷款利率为标准；因2013年2月4日，被告给付原告400万元工程款，故自2013年2月4日起至2013年10月31日止，以38774046.6元为基数，以中国人民银行同期同类贷款利率为标准。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百零九条、第一百一十四条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条，《中华人民共和国民事诉讼法》第十三条之规定，判决如下：
一、被告天津宁河万泰现代产业建设投资有限公司于本判决生效后十五日内支付原告天津亚平市政工程集团有限公司工程欠款45179626.36元；
二、被告天津宁河万泰现代产业建设投资有限公司于本判决生效后十五日内支付原告天津亚平市政工程集团有限公司利息（自2010年3月13日起至2011年7月4日止，以55551628元的10%即5555162.8元为基数，以中国人民银行同期同类贷款利率为标准；自2011年7月5日起至2011年12月30日止，以55551628元的95%即52774046.6元为基数，以中国人民银行同期同类贷款利率为标准；自2011年12月31日起至2013年2月3日止，以42774046.6元为基数，以中国人民银行同期同类贷款利率为标准；自2013年2月4日起至2013年10月31日止，以38774046.6元为基数，以中国人民银行同期同类贷款利率为标准）；
三、驳回原告天津亚平市政工程集团有限公司其他诉讼请求。
上述给付事项如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费315382元，由被告天津宁河万泰现代产业建设投资有限公司承担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于天津市高级人民法院。
审 判 长 张艳军
审 判 员 王 新
人民审判员 王宪立
二〇一四年四月二日
书 记 员 庞 艺
速 录 员 周晓琳