北京市顺义区人民法院
民 事 判 决 书
（2017）京0113民初18823号
原告（反诉被告）：北京市顺义食品总厂，住所地北京市顺义区新顺东街路南，统一社会信用代码911110113102515363F。
法定代表人：王建军，经理。
委托诉讼代理人：宁井红，女，1971年2月27日出生，汉族，北京市顺义区***室居民。
委托诉讼代理人：贾海鹏，北京颐合中鸿律师事务所律师
原告（反诉被告）：北京金街生活消费品市场中心，住所地北京市顺义区府前中街路南，统一社会信用代码911101137493934321。
法定代表人：王建军，经理。
委托诉讼代理人：宁井红，女，1971年2月27日出生，汉族，北京市顺义区***室居民。
委托诉讼代理人：贾海鹏，北京颐合中鸿律师事务所律师。
被告（反诉原告）：北京林吉建筑装饰装璜有限公司，住所地北京市顺义区南彩镇郝家疃村普光路19号，统一社会信用代码91110113102556675X。
法定代表人：宋闯，经理。
委托诉讼代理人：李长岗，北京首润律师事务所律师。
原告（反诉被告）北京市顺义食品总厂（以下简称顺义食品厂）、原告（反诉被告）北京金街生活消费品市场中心（以下简称金街消费品中心）与被告（反诉原告）北京林吉建筑装饰装璜有限公司（以下简称林吉公司）合资、合作开发房地产合同纠纷一案，本院于2017年9月28日立案受理后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告顺义食品厂、金街消费品中心共同委托诉讼代理人宁井红、贾海鹏，被告（反诉原告）林吉公司法定代表人宋闯、委托诉讼代理人李长岗到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告（反诉被告）顺义食品厂、金街消费品中心共同向本院提出诉讼请求：1.顺义食品厂、金街消费品中心与林吉公司于1999年8月18日签订的《房屋有偿使用合同》及2001年2月20日签订的《房屋有偿使用合同补充协议》中部分内容因政府规划、占用无法继续履行，于判决生效之日起部分解除（剩余部分为598.24平方米）；2.上述《房屋有偿使用合同》及补充协议部分解除后，确认继续履行的合同期限至2019年8月19日止（超过20年部分无效）；3.诉讼费由林吉公司负担。
事实与理由：顺义食品厂、金街消费品中心与林吉公司于1999年8月18日签订《房屋有偿使用合同》，合同约定顺义食品厂、金街消费品中心将房屋及场地出租给林吉公司使用。2007年，因北京市顺义区政府金街改造项目，该出租地块所涉及大部分被政府拆迁改造，合同因此无法履行。顺义食品厂、金街消费品中心认为，《房屋有偿使用合同》及补充协议部分内容因不可抗力原因无法继续履行，因此请求法院予以解除。另外，《房屋有偿使用合同》及补充协议部分解除后，继续履行部分合同履行期限不得超过20年，因此请求法院确认合同期限至2019年8月19日止（超过20年部分无效）。《房屋租赁使用合同》签订于1999年8月18日，约定期限至2049年8月19日。《最高人民法院关于适用中华人民共和国合同法若干问题的解释（一）》第一条规定：“合同法实施以后成立的合同发生纠纷起诉到人民法院的，适用合同法的规定；合同法实施以前成立的合同发生纠纷起诉到人民法院的，除本解释另有规定的除外，适用当时的法律，当时没有法律规定的，可以适用合同法的有关规定。”顺义食品厂、金街消费品中心与林吉公司签订的《房屋租赁使用合同》的时间为1999年8月18日，当时的《中华人民共和国经济合同法》未对租赁合同的租赁期限作出规定，根据前述司法解释，应当适用《中华人民共和国合同法》第二百一十四条第一款规定，租赁期限不得超过20年，超过20年的，超过部分无效。《房屋租赁使用合同》中租赁期限超过20年的部分应为无效。
被告（反诉原告）林吉公司辩称：
一、答辩人与被答辩人于1999年8月18日签订《房屋有偿使用合同》双方并非租赁关系，请求法院以租赁关系案由为由驳回原告的诉讼请求。就该合同双方于2013年形成过诉讼，（2013）顺民初字第11871号生效判决结案案由为合资、合作开发房地产纠纷，该判决双方均认可结案案由，均未上诉。所以双方因1999年8月18日签订的《房屋有偿使用合同》形成纠纷的法律关系应为合资、合作开发房地产纠纷，双方的合作关系也是合资、合作开发房地产关系。按照法律规定，法院在案件审理过程中，应当按双方合同中的权利义务关系及法律关系的性质，依法确定案由。故申请法院依法驳回原告的诉讼请求，或请法院依法将涉诉的案件案由确定为合资、合作开发房地产纠纷。二、本案的第一项诉讼请求已在（2013）顺民初字第11871号生效判决中部分解决。属于民事重复诉讼，法院应按一事不再理原则，驳回被答辩人的该项起诉。理由如下：1.被答辩人提出的《房屋有偿使用合同》及《补充协议》涉及的部分土地被占用，无法继续履行请求部分解除。首先被占用土地是因为被答辩人的侵权行为造成的，被答辩人于2007年4月5日强行侵占土地200㎡,2010年3月18日强行侵占土地714平米。其中2007年4月5日侵占的200㎡土地上有四层商业楼一栋，商业楼被侵占拆除的赔偿问题已在（2013）顺民初字第11871号生效判决中解决，其对应土地的合同内容也因房屋被拆除、土地被侵占答辩人无法继续使用而失去控制。2.被答辩人于2010年3月18日强行侵占的714㎡土地，答辩人已经提起诉讼（案号（2017）京0113民初11177号），被答辩人本案提出的诉讼请求应作为11177号案件的答辩意见，不应另行提起诉讼，法院应按一事不再理原则驳回被答辩人的另案起诉，该请求应合并到（2017）京0113民初11177号案号审理。三、本案的第二项诉讼请求与双方合作关系相悖，法院应驳回被答辩人请求。（2013）顺民初字第11871号生效判决已对答辩人和被答辩人于1999年8月18日签订的《房屋有偿使用合同》定性为合资、合作开发房地产合同，双方均认可，未上诉。本次诉讼被答辩人又以租赁合同为案由提起诉讼，意图通过本次诉讼变更之前已生效且双方均认可的公正判决内容，其诉讼行为别有用心，其诉求内容与实际情况相悖。（2013）顺民初字第11871号生效判决对被答辩人强拆答辩人房屋判决赔偿损失850万元，庭审时法官已释明，损失金额由法院酌定，酌定依据参考房屋面积、周边租金、合同按合作50年剩余年限（计算至2049年8月19日）等因素确定，所以双方为合资、合作开发房地产关系，不存在租赁关系，也不涉及租赁合同超出20年无效问题，该情况也请法院与11871号判决审判法官核实、确认。综上所述，双方在合作过程中，双方均参照《房屋有偿使用合同》约定的权利义务履行合同，其合作关系明确为合资、合作开发房地产关系，对于答辩人非法占用被答辩人土地，致使其中914㎡无法使用的问题，答辩人也已按合资、合作开发房地产纠纷提起诉讼。本案被答辩人提出的诉讼请求部分已解决，部分和答辩人起诉内容重复，部分与合同性质相悖，无实际意义，请求法院根据上述情况，驳回被答辩人全部诉讼请求。双方是合作合资关系，不是租赁关系，对案由不认可，请求法院驳回。
被告（反诉原告）林吉公司向本院提出反诉请求：1.将原审案由变更为合资、合作开发房地产合同纠纷；2.二被反诉人返还被侵占部分土地的土地使用费、拆迁损失费违约金916734元以及上述款项自1999年8月20日起至给付日止同期银行贷款利率的利息。3.诉讼费由被反诉人承担。
事实与理由：被反诉人以“合同纠纷”为案由将反诉人起诉至贵院，其法律关系是错误的，双方的合作基础为1999年8月6日签订的《房屋有偿使用合同》，其合同双方形成过诉讼，（2013）顺民初字第11871号生效判决结案案由为合资、合作开发房地产纠纷，该判决双方均认可结案案由，均未上诉。所以双方因1999年8月18日签订的《房屋有偿使用合同》形成纠纷的法律关系应为合资、合作开发房地产纠纷，双方的合作关系也是合资、合作开发房地产关系。2007年4月5日在双方未达成一致的情况下，被反诉人对反诉人使用的场地进行断水、断电，致使场区内原告建设出租使用的四层商业楼不能运营。2007年8月23日二被告用暴力手段强行拆毁了该商业楼（房屋占地约200㎡，房屋拆除补偿已另案解决）。2010年3月18日二被告又以暴力手段强行侵占了原告的停车场（停车场占地约714㎡，停车场地下有一500立方米消防蓄水池，蓄水池的损失已另案解决）。被反诉人分两次强行侵占反诉人使用的土地914㎡，致使《房屋有偿使用合同》不能完全履行，签订合同时反诉人支付合作费用合计235万元（拆迁损失费违约金105万元，土地有偿使用费130万元）。现因被反诉人强占部分土地，反诉人请求法院判令被反诉人按侵占面积及剩余使用年限返还被侵占部分土地的土地使用费和拆迁损失费违约金916734元和利息（占用位置及返还金额计算方式见附件）。
原告（反诉被告）顺义食品厂、金街消费品中心针对反诉请求共同辩称：不同意反诉请求。租赁合同约定的费用就是130万元，所以面积应该以土地权证确定剩余的面积598.24㎡为准，不认可林吉公司的计算基数以及数额，我方计算应退还的金额为964268.48元（详见应退还租金计算依据）。利息不同意支付，不是我方的过错导致解除。
本院经审理查明如下事实：
2013年，林吉公司作为原告诉被告顺义食品厂、金街消费品中心、顺义供销社合资、合作开发房地产合同纠纷一案，案号为：（2013）顺民初字第11871号。在该案中，林吉公司诉称为“1999年8月6日、1999年8月18日、2001年2月20日，被告顺义食品厂、金街中心与原告林吉公司签订协议书，约定在金街市场工程改造后，双方共同开发经营北京金街生活消费品市场，市场的主要部分归被告经营，涉诉协议所涉及的房屋和场地交由原告经营和管理。被告还承诺允许原告与第三方合作经营。协议签订后，原告与第三方国泰大厦签订了合作协议。2007年8月23日，因金街市场进行商业改扩建，在双方就改扩建相关问题未达成一致意见的情况下，三被告用暴力手段强行拆除了原告的房屋，被告的违约行为给原告带来了巨大的经济损失。综上，为维护原告的合法权益，故诉至法院要求判令：三被告赔偿原告因拆除原告房屋（四层楼房）致使原告无法继续出租造成的损失共计7971.6万元（费用计算方法：房屋面积800平方米，租金按照6.5元每平方米每日计算至合同结束，6.5元×800平方米×365天×42年=7971.6万元）；案件受理费由被告承担”。
在（2013）顺民初字第11871号民事案件中，本院经审理查明如下事实：“1999年，顺义食品厂对厂址进行改造，开办北京顺义金街综合市场。2002年12月25日，顺义食品厂设立金街中心，经营范围包括承办北京金街生活消费品市场等。2002年12月底，北京顺义金街综合市场变更名称为北京金街生活消费品市场。2003年，北京金街生活消费品市场的主办单位由顺义食品厂变更为金街中心。现顺义食品厂已经不实际经营。另查一，1999年8月18日，北京金街综合市场作为甲方与乙方林吉公司签订《房屋有偿使用合同》，内容为：经过甲、乙双方共同充分协商本着发挥各自优势，平等互利的原则，决定由甲、乙双方投资，决定开发利用北京顺义金街市场，开发经营商业、服务业及其它在金街市场内开办的经营项目，为了明确甲、乙双方的权利义务，自愿签订土地房屋有偿使用合同。条款如下：一、甲方责任。1.甲方将自己所属的顺义区XXX街以XXX市场内北头西侧（原XXX美食城）现有的平房（结构、砖瓦、水泥）21间，该房建筑面积724平方米，房屋场地1155平方米（详见附件平面图），及院内水、电、暖设施提供给乙方有偿使用，搞商业、服务业、经营及开发各种服务项目；2.甲方同意在合同期限内，经有关部门批准对原有的房屋进行合理改造和扩建（向前扩4米）。甲方协助乙方办理房屋翻建、改造的有关手续，其各种费用由乙方支付；3.在合同期限内，甲方于1999年8月10日向乙方移交提供的房屋和场地。甲方保证乙方经营期间及翻建改造扩建房屋期间的水、电、暖的供应。其供应限量为水1000吨每月、电50千瓦、暖724平方米。二、乙方责任。1.乙方在合同期内经甲方同意对甲方提供的房屋、场地进行改造、翻建和扩建，其全部费用由乙方自负。2.在合同期限内，乙方有权合法、合理并依本合同的约定经营开发利用房屋和土地，自主经营、自负盈亏及经营其它项目，自己负责办理经营范围项目的有关手续。3.在签订合同时，乙方必须支付给甲方的房屋有偿使用费人民币130万元。上述费用乙方于1999年8月20日付清。（乙方用XXX市场工程改造款抵顶土地有偿使用费）。4.乙方在合同期限内负责对自己经营的房屋装修、设备、流动资金和扩建房屋及相关设施的全部费用的投入……。三、合同期限。此合同期限共50年，自1999年8月20日起至2049年8月19日……。五、违约责任。合同一经签订，双方必须认真遵守，如任何一方无故违约，罚违约金200万元，并赔偿因此给对方造成的实际经济损失。六、财产处理。合同期满或中止，地上建筑物（不动产）及财产无偿归甲方所有。地面上可动资产（动产）及财产无偿归乙方所有。七、在合同履行期间，如遇有政府规划和不可抗力造成经济损失，甲、乙双方各自负其责，就有关问题双方可另行协商，如国家补偿的费用，房屋补偿归乙方所有，土地补偿归甲方所有……。该协议底部盖有北京顺义金街综合市场、林吉公司的公章。顺义食品厂盖章确认，该合同经北京市顺义区公证处公证。在该公证书中还有一北京顺义金街综合市场与林吉公司于1999年8月6日签订的协议书，内容为：甲方：北京顺义XXX综合市场（原北京市顺义食品厂），乙方：林吉公司。经双方充分协商，就甲方解除与郝凤刚租赁协议事宜达成如下协议：一、经乙方提议，双方通过协商，甲方于99年8月7日前解除与郝凤刚租赁协议。二、甲方因解除与郝凤刚租赁协议而赔偿郝凤刚的违约金搬迁费等总额105万元，全部由乙方承担，乙方在99年8月4日前将105万元足额交付甲方。三、原郝凤刚租赁协议标的由甲、乙双方合作开发，由乙方确定项目并投资进行的承包经营。1999年8月18日，顺义食品厂与林吉公司再次签订一份《房屋有偿使用合同》，合同内容与林吉公司与北京金街综合市场签订的《房屋有偿使用合同》内容一致。上述合同涉及国有土地登记的使用人为北京市顺义区供销合作联合社，使用证号为京顺国用（2002初）字第0044号，登记日期为2002年9月20日。房屋登记的所有权人为北京市顺义食品厂，房屋所有权证号为顺集字第XXXX号，登记日期为1989年5月25日。1999年8月20日，顺义供销社出具《证明》，载明：顺义区供销合作社同意其下属单位北京顺义XXX市场，现有座落在市场西北侧平房21间，其建筑面积724平方米，场地1155平方米。其房屋产权均属于顺义XXX市场所有（原顺义食品厂权属）。同意该单位同北京林吉建筑装饰装璜有限公司签订房屋有偿使用合同。对上述合同，林吉公司主张签订《房屋有偿使用合同》的主体是北京顺义XXX市场、顺义食品厂和林吉公司，因涉诉土地的登记使用权人为顺义供销社，且顺义供销社对签订该协议同意且认可，故顺义供销社也应为适格的被告；又因北京顺义金街综合市场后变更为北京金街生活消费品综合市场，而该单位的主办单位由顺义食品厂变更为金街中心，所以金街中心亦为适格被告。三被告称该合同相对方是顺义食品厂和林吉公司，且现合同已无法履行。就《房屋有偿使用合同》中约定的130万元房屋有偿使用费如何支付，三被告提交了两张发票证实已用金街大市场工程改造款进行了抵顶。两张发票显示2000年3月2日，北京四通建设工程总公司林吉建筑公司（以下简称四通林吉公司）为“金街大市场”开具130万元工程款的发票，同月，顺义食品厂向林吉公司开具了交占地费130万元的发票。林吉公司对此表示认可。2001年2月20日，顺义食品厂与林吉公司签订《〈房屋有偿使用合同〉补充协议》，载明：1999年8月18日，双方以友好协商签订了《房屋有偿使用合同》，甲方已将房屋724平方米及场地1155平方米交由乙方使用。在甲方协助下，乙方已将房屋进行了翻建和改造。现双方经协商，对乙方正在使用的房屋和土地达成补充协议如下：1.甲方同意在合同期限内，经有关部门批准，乙方可在所使用的场地范围内增建建筑物。甲方应协助乙方办理有关建筑审批手续，其各种费用由乙方支付。2.乙方在所使用的场地范围内改造和增建建筑物，全部费用乙方自负。3.经甲乙双方协商一致，本合同方可中止履行。4.在合同履行期间，非遇政府为公益目的征用土地和不可抗力发生致合同不能履行时，本合同不解除。政府征用土地的，房屋和经营损失的补偿归乙方所有，土地补偿归甲方所有。2002年3月26日，顺义食品厂（甲方）与林吉公司（乙方）签订《土地买卖协议》，约定：甲乙双方经友好协商，甲方愿将食品总厂内北头西侧（原聚合园美食城）平房21间，建筑面积724平方米，房屋场地1155平方米，卖给乙方，在独立自主互利互惠共同发展的基础上，达成如下协议：1.甲方愿将房屋场地1879平方米的土地卖给乙方，协商价格每平方米1250.67元。合计金额235万元。2.乙方交清房价款后，甲方将食品总厂内北头西侧（原聚合园美食城）1879平方米的国有土地交给乙方。3.在甲方的协助下，由乙方办理土地过户转移变更手续。手续齐全后，再由乙方申请办理土地出让手续。4.付款时间：99年8月付清。林吉公司称签订《土地买卖协议》就是为了将土地使用权过户给林吉公司，但最终因一些原因没有变更成功。《土地买卖协议》中所说的金额235万元实际上指的是1999年8月6日北京顺义XXX市场与林吉公司签订《协议书》中约定林吉公司需要支付的105万元和1999年8月18日北京顺义XXX市场、顺义食品厂与林吉公司签订《房屋有偿使用合同》中约定的林吉公司应支付的130万元房屋有偿使用费。三被告对《土地买卖协议》表示该协议实际的签订日期是2002年9月，因协议所涉土地属于顺义供销社而非顺义食品厂，性质属于划拨土地，故上述协议应属无效……另查三、2004年，顺义区政府制定《顺义区商业规划（试行）》，该规划包括《房屋有偿使用合同》所涉及房屋和场地在内的区域建设“XXX街”。2006年，顺义区政府将商业中心区XXX片区改造工程列为2007年拟实施的重点建设工程，并决定采取联合入市方式进行市场化运作，预计2007年4月份启动，2008年11月底前完成。2007年8月15日，顺义区政府要求XXX商业区改造项目由供销社具体负责，“必须在2007年9月底前完成拆除工作，达到场地平整条件”。2007年3月2日，XXX中心、顺义食品厂向宋自林发出《通知》，该通知写明：“根据顺义区政府关于2007年对XXX市场改造规划的安排，为配合区政府实施这一重点工程，特向全体商户告知，XXX市场将于2007年4月5日全面停水、停电。望全体商户接此通知后，积极配合做好各项搬迁撤离工作。届时对于涉及租赁合同内容的相关事宜协商解决。2007年8月24日，《房屋有偿使用合同》所涉及房屋被拆，场地被占用。2008年11月14日，北京市国土资源局顺义分局向顺义区人民政府发的京国土顺[2008]151号关于收购顺义区府前中街商业金融项目的请示中，载明“顺义区XXX街商业金融项目（金街改造项目）位于顺义区XXX街，占地面积53445平方米，用地性质为商业金融。该项目宗地内有北京市顺义区供销合作联合社、北京渔阳兴顺房地产开发公司等六个产权单位，目前供销社已经出资，将宗地内产权单位给予补偿并完成拆迁、拆除工作，宗地已达到自然平整……建议由区土地储备中心与宗地内的产权单位签订《收购协议》，鉴于供销社已先行对宗地内的产权单位完成了拆迁补偿工作，所以区土地储备中心支付收购款的方式为待交易结束，且竞得人将补偿费支付给区土地储备中心到账后，区土地储备中心再将405647009.57元支付给供销社，不再向其他产权单位支付收购款，具体支付方式另行约定。2008年，北京市土地整理储备中心顺义区分中心将顺义供销社享有使用权的涉诉土地收购。庭审中，顺义供销社认可涉诉土地地上物的拆迁拆除补偿费、土地平整费、规划评估等工作所发生的费用均由其领取，且与收购方约定就收购土地签订的有关协议、合同及相关权力自动终止，并保证在收购土地时，在收购土地范围内的土地和房屋及其他地上附着物未设定任何抵押、留置或其他担保措施，无任何被司法机关查封、冻结等情形，没有转让、出租行为，无出租入股或其他合作，没有任何权属纠纷，宗地交付后，如果有未向收购方披漏或者未解决而留存及与交付前有关的债务及纠纷，由顺义供销社继续承担或负责解决……另查四、2010年，林吉公司将顺义供销社、顺义食品厂、金街中心作为被告诉至法院，称2007年8月24日，XXX市场进行商业改扩建，在相关问题未达成一致意见的情况下，顺义供销社、顺义食品厂、金街中心强行拆毁了公司所建部分房屋，占用了公司所建消防蓄水池，公司虽多次与其协商，但其拒不停止侵权行为。故要求判令：被告停止在林吉公司经营管理的场地上施工，并将侵占的房屋、场地、消防水池、停车场恢复原状。后北京市平谷区人民法院作出（2010）平民初字第5504号民事判决书驳回了林吉公司的诉讼请求。后林吉公司上诉至北京市第二中级人民法院（以下简称二中院）。二中院经审理后认为林吉公司明确其以侵权为由提起本案诉讼，但根据其提供的证据，不能证实涉案房屋、场地系被市场中心、顺义供销社、顺义食品厂拆除。对此其应承担相应的后果。现林吉公司要求市场中心、顺义供销社、顺义食品厂停止在涉诉的场地上施工，并将房屋、场地、消防水池、停车场恢复原状，缺乏依据，法院难以支持……因涉案房屋、场地被拆除产生的损失问题，可另行解决。2011年8月，二中院做出（2011）二中民终字第14985号民事判决书，驳回上诉，维持原判。”
2015年9月18日，本院作出（2013）顺民初字第11871号民事判决书判决“一、被告北京市顺义食品总厂、北京市顺义区供销合作联合社、北京金街生活消费品市场中心共同赔偿原告北京林吉建筑装饰装璜有限公司损失八百五十万元，于本判决生效后三十日内执行；被告北京市顺义食品总厂、北京市顺义区供销合作联合社、北京金街生活消费品市场中心对前述债务承担连带清偿责任；二、驳回原告北京林吉建筑装饰装璜有限公司其他诉讼请求”。上述判决现已发生法律效力。
另查，顺义食品厂、金街消费品中心提交的北京市顺义区人民政府2011年12月26日出具的《国有土地使用证》〔编号为京顺国用（2011）划第00181号〕记载：土地使用权人为北京市顺义区供销合作联合社，座落为顺义区府前中街南侧，地号为130323100041000000，图号为I-6-8-【16】，地类（用途）为商业服务业，使用类型为划拨，使用权面积为598.24㎡，其中独用面积598.24㎡。
庭审中，顺义食品厂、金街消费品中心称现北京市顺义区供销合作联合社享有的土地使用权面积为598.24㎡，其他土地使用权已经于2009年3月26日由北京顺桥房地产开发有限责任公司取得，故其与林吉公司签订的《房屋有偿使用合同》及补充协议应部分解除，仅剩余598.24㎡可继续履行；林吉公司不认可顺义食品厂、金街消费品中心关于剩余部分为598.24㎡的陈述，认为剩余部分应为965㎡，虽然部分土地已经变更登记，不是在顺义食品厂、金街消费品中心名下，但现在的土地使用权人与顺义食品厂、金街消费品中心存在关联关系，顺义食品厂、金街消费品中心仍是该地块的实际控制人，故剩余部分965㎡应按照合同约定继续履行。
上述事实，有双方当事人陈述、（2013）顺民初字第11871号民事判决书、国有土地使用证等证据在案佐证，可作为认定案件事实之依据。
本院认为：
第一，关于涉案《房屋有偿使用合同》及补充协议应否部分解除问题。因《房屋有偿使用合同》及补充协议涉及的土地、房屋确实因政府规划被征用或拆除，故《房屋有偿使用合同》及补充协议签订以后客观情况发生了重大变化，继续履行原合同亦不能实现合同目的，故顺义食品厂、金街消费品中心请求变更涉案《房屋有偿使用合同》及补充协议并无不当，本院予以支持。顺义食品厂、金街消费品中心称现北京市顺义区供销合作联合社享有的土地使用权面积为598.24㎡，并提供《国有土地使用证》佐证，虽林吉公司辩称剩余部分土地面积应为965㎡，但其未提交相关证据予以证明，本院不予采信，故双方应以《国有土地使用证》记载的面积及宗地图继续履行《房屋有偿使用合同》及补充协议。
第二，关于涉案《房屋有偿使用合同》及补充协议履行期限问题。顺义食品厂、金街消费品中心主张双方存在租赁关系，合同履行期限最长应为20年，超过20年的部分无效，本院（2013）顺民初字第11871号民事案件中涉及的《房屋有偿使用合同》及补充协议与本案相同，该案案由系合资、合作开发房地产合同纠纷，且从涉案《房屋有偿使用合同》及补充协议的内容来看，双方存在合资、合作关系，并非租赁关系，故涉案《房屋有偿使用合同》及补充协议继续履行部分的履行期限应依照合同的约定，故顺义食品厂、金街消费品中心请求确认继续履行的合同期限至2019年8月19日止的诉讼请求无法律及事实依据，本院不予支持。
第三，关于林吉公司反诉主张的返还被侵占部分土地的土地使用费、拆迁损失费违约金916734元以及利息问题。因涉案《房屋有偿使用合同》及补充协议已经部分变更，涉案土地面积确实减少，故顺义食品厂、金街消费品中心应返还林吉公司无法使用土地部分的费用，因涉案土地系因政府征收所致，并非顺义食品厂、金街消费品中心原因，故林吉公司主张的违约金、利息，本院不予支持。关于应返还的具体数额，本院将根据合同约定的履行期限、合同标的额、涉案土地被征用时间及被征用面积等酌情确定。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第八条、第四十四条、第六十条，《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释（二）》第二十六条之规定，判决如下：
一、确认原告（反诉被告）北京市顺义食品总厂（原北京市顺义县食品总厂）、原告（反诉被告）北京金街生活消费品市场中心（原北京顺义金街综合市场）与被告（反诉原告）北京林吉建筑装饰装璜有限公司于1999年8月18日签订的《房屋有偿使用合同》以及原告（反诉被告）北京市顺义食品总厂（原北京市顺义县食品总厂）与被告（反诉原告）北京林吉建筑装饰装璜有限公司于2001年2月20日签订的《房屋有偿使用合同补充协议》涉及的土地面积按照《国有土地使用证》〔编号为京顺国用（2011）划第00181号〕记载的土地面积（598.24㎡）及宗地图继续履行，超过上述面积的部分解除；
二、原告（反诉被告）北京市顺义食品总厂、原告（反诉被告）北京金街生活消费品市场中心返还被告（反诉原告）北京林吉建筑装饰装璜有限公司九十一万六千七百三十四元，于本判决生效之日起七日内履行；
三、驳回原告（反诉被告）北京市顺义食品总厂、原告（反诉被告）北京金街生活消费品市场中心其他诉讼请求；
四、驳回被告（反诉原告）北京林吉建筑装饰装璜有限公司其他反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》（2012年修正）第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费七十元，由原告（反诉被告）北京市顺义食品总厂、原告（反诉被告）北京金街生活消费品市场中心共同负担（已交纳）；反诉案件受理费六千四百八十四元，由原告（反诉被告）北京市顺义食品总厂、原告（反诉被告）北京金街生活消费品市场中心共同负担，于本判决生效之日起七日内交纳。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数或代表人的人数提出副本，交纳上诉案件受理费，上诉于北京市第三中级人民法院。上诉期满后七日内仍未交纳上诉案件受理费的，按自动撤回上诉处理。
审 判 长 杨 冰
人民陪审员 马德云
人民陪审员 乔立娟
二〇一八年六月十三日
法官 助理 曾德荣
书 记 员 张 茜