辽宁省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2014）辽民一终字第23号
上诉人（原审被告、反诉原告）：中国船舶燃料大连有限公司，住所地大连保税区国贸中心E座9层。
法定代表人：贾波，该公司总经理。
委托代理人：王玉明，该公司职员。
委托代理人：葛红，辽宁金环律师事务所律师。
被上诉人（原审原告、反诉被告）：大连金湾建设集团有限公司，住所地大连经济技术开发区湾里街道湾里村。
法定代表人：孔宪文，该公司董事长。
委托代理人：苗松，辽宁众义律师事务所律师。
上诉人中国船舶燃料大连有限公司（以下简称船舶大连公司）与被上诉人大连金湾建设集团有限公司（以下简称金湾公司）建设工程施工合同纠纷一案，大连市中级人民法院于2013年12月2日作出（2012）大民二初字第39号民事判决，船舶大连公司不服该判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭，于2014年2月12日公开开庭审理了本案。船舶大连公司的委托代理人王玉明、葛红，金湾公司的委托代理人苗松到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
金湾公司向一审法院起诉称：2008年5月，金湾公司与船舶大连公司签订《建设工程施工合同》，约定由金湾公司为船舶大连公司储供油基地土建工程进行施工，工程合同价款为4,910,018元（含700万元的预留金）。该工程采用固定总价合同，工程开工日期2008年5月15日，竣工日期为2008年9月21日，合同工期总日历天数130天。合同生效后，金湾公司的施工人员、材料、设备等均已就绪，但由于船舶大连公司提出综合办公楼的图纸需要重新设计，故综合办公楼没有动工，直至2008年7月18日，综合办公楼新图纸才交给金湾公司，由于船舶大连公司的行为导致综合办公楼迟延施工60余天，期间正值建筑市场人工、主材涨价，给金湾公司造成损失。另外，按照从2008年3月1日起施行的辽建发[2007)87号文件的规定，案涉的综合楼工程造价应执行此文件，故金湾公司做出综合办公楼结算值为11,209,203元。在施工过程中，还存在各单体签证增减为1,221,582元，各单体电气增减值为222,971元，各单体暖通给排水增减值为122,369元，施工期间已报部分值为255,881元，各单体材料调价为3,929,045元。上列部分总计为5,751,848元。该工程施工场地为填海土地，由于船舶大连公司土地部分填海工程末结束，导致金湾公司的部分工程未能施工，包括南挡土墙未施工完毕，经船舶大连公司审核，审减值为262,560元；综合办公楼大门及门卫未施工，该部分在中标工程项目一览表中造价为202,130元。两项合计为464,690元，这部分工程款金湾公司同意从总造价中扣减。该工程已于2009年1月20日前陆续交付给船舶大连公司使用，且于2009年10月26日经质检部门验收合格。船舶大连公司拖欠给付工程款给金湾公司造成很大的经济损失，根据双方签订合同专用条款38.1条的规定，船舶大连公司应承担同期银行贷款利息并承担违约责任。现金湾公司主张船舶大连公司承担利息的期间为2009年12月1日起至给付之日止。故诉至法院，要求船舶大连公司支付所欠工程款19,563,735元及利息（自2009年12月1日起至给付之日止按照同期银行贷款利率计算）。
船舶大连公司答辩并反诉称:不否认双方当事人存在建设工程施工合同的法律关系，但金湾公司在履行合同中没有完全履行合同规定的义务，例如金湾公司合同价款中有700万元预留金这部分工程未能履行。标书内规定的工程也没有履行，而且有很多材料不符合合同约定与标书中的规定。虽然金湾公司完成了大部分的工程，但是工程决算却是金湾公司单方制作，而且是依照标书原来确定的工程范围确定的，有些工程量重复计算，还有一些工程增加内容不合理。在双方合同中已经约定由船舶大连公司委托的造价事务所进行审核，最终金湾公司因为与造价师计算出入太大而没有把决算进行到底。现在金湾公司主张的工程价款完全是单方计算，本工程没有合理的决算。船舶大连公司已支付金湾公司工程款2,714万元，故不欠金湾公司的工程款。另外，施工合同第35条约定，工程具备竣工验收条件时，金湾公司应向船舶大连公司提供工程竣工档案资料及竣工验收报告，单项工程竣工验收后10天内，应向船舶大连公司提供完整的装订成册的竣工档案资料四套。金湾公司如不在规定的时间内提供档案资料，每延误一天按1000元人民币向船舶大连公司支付违约金，剩余工程款暂停支付至提交合格档案材料为止。案涉工程2009年10月26日竣工，但金湾公司未按约定于同年11月6日前将工程竣工档案资料及竣工验收报告提交给船舶大连公司，直到2010年3月1日还有部分资料未向船舶大连公司提供，已违约116天。现提起反诉，请求判令金湾公司支付违约金116,000元，并承担反诉费用。
金湾公司对船舶大连公司的反诉辩称：金湾公司之所以没有将竣工档案资料移交给船舶大连公司的原因，其责任在船舶大连公司，不在金湾公司，故不同意船舶大连公司的反诉请求。
一审法院审理查明：2008年5月，金湾公司通过公开招标的方式取得了案涉工程施工权利。同年5月8日，金湾公司与船舶大连公司签订《建设工程施工合同》，主要内容是：金湾公司承包船舶大连公司储供油基地的土建工程，包括综合办公楼、空压机房、低压变电所、含油污水池、灌区钢平台、油库房、汽车用房等。开工日期为2008年5月15日，竣工日期为同年9月21日，合同价款43,910,018元(其中预留金700万元用于装修)。在通用条款“图纸”中约定：5.3“……因发包人未能按约定提供图纸，致使调整工程施工计划，给承包人造成损失和（或）导致工期延误的，发包人应赔偿承包人损失，顺延延误的工期。”在专用条款“施工工期”部分13.2约定：“延期开工损失赔偿及限额约定：因发包人原因延期开工给承包人造成的损失，发包人应承担此项费用并相应顺延工期，由于不可抗力或发包人认可的其他原因造成的工期拖延，其工期顺延，工程费用不作调整。由承包人自身原因延期开工，不顺延工期，造成的损失由承包人承担。”在“合同价款、工程量确认和工程款支付”30.3中约定：“采用固定价格合同，合同价款中包括的风险范围：本工程采用固定总价合同，因发包人原因发生的设计变更，按实调整。按实调整时，中标价中已有的综合单价按已有的综合单价执行，中标价中没有的综合单价，依据投标文件中的计价规定和中标优惠条件，由承包人提出，发包人确认。……工程最终结算款须经工程竣工验收合格后并经中燃总部审计或中燃总部指定的会计事务所审计后方可支付，支付至审计后的工程总造价的95%。”在“工程变更”中约定：34确定变更价款“增加部分工程量的项目单价确定方法：新增工程内容，设计变更和新增工程内容（或减少）的工程量，结算时按投标文件的计价规定和中标优惠条件进行结算。减少部分工程量的项目单价确定方法：同上。”在“竣工验收与结算”条款中约定：工程具备竣工验收条件时，承包人应向发包人提供工程竣工档案资料及竣工验收报告。单项工程竣工验收后10日内，应向发包人提供完整的装订成册的竣工档案资料4套。承包人如不在规定的时间内按要求向发包人提供档案资料，每延误一天按1000元人民币向发包人支付违约金，剩余工程款暂停支付至提交合格的档案资料为止。提交竣工结算书时间为交工验收之日起10天内。合同36.2条约定：发包人收到承包人递交的竣工结算文件后28天内予以答复，发包人对竣工结算文件如有异议的，应当在答复期内向承包人提出，逾期未答复的，竣工结算文件视为已被认可。合同中第36.9条约定：本工程竣工结算文件须经注册造价工程师确认，并应签字和加盖造价工程师专用章。合同中违约条款约定，发包人逾期付款应承担与本工程同期贷款利息；发包人收到竣工结算报告及结算资料确认28天内无正当理由不支付工程结算价款，从第29天起按承包人同期向银行贷款利率支付拖欠工程款利息并承担违约责任。上述施工合同签订后，金湾公司按约组织人员进入工地施工。各单项工程的开工时间不一致，最晚的开工时间为2008年9月16日。其中综合办公楼因设计变更，开工时间为2008年7月23日。在施工过程中，金湾公司根据船舶大连公司的要求，变更和增加了部分工程。全部工程于2008年12月31日完工，案涉工程竣工验收时间为2009年10月26日，验收结果为工程合格。双方于2009年1月份分批对案涉工程进行了交接，船舶大连公司对工程已使用。2009年11月3日，船舶大连公司搬迁指挥部及案涉工程的监理单位大连港口建设监理咨询有限公司燃供项目部向金湾公司发出一份“关于金湾工程决算中的问题及审核意见”，对金湾公司提交的决算书提出异议。截止2010年5月22日，船舶大连公司给付金湾公司工程款总额为2,714万元。案涉工程金湾公司与船舶大连公司未进行决算。
还查明，金湾公司自认办公楼大门及门卫、南区挡土墙其未施工，此部分价值合计464,690元，同意从总价款中扣除。综合办公楼投标时造价8,003,986元，后因设计变更，此部分造价已委托鉴定。
本次审理中，金湾公司、船舶大连公司均提出多项鉴定申请，本院委托大连博兴工程咨询有限公司作出了“工程造价鉴定报告”，针对金湾公司的鉴定申请，结论为：1．综合办公楼总造价及精装修部分工程造价鉴定值为7,239,080元，其中精装修变更部分工程造价鉴定值为117,847元。2．各单体材料调价后差价总额部分工程造价鉴定值为1,834,119元。3．签证计量价格部分工程造价鉴定值为1,157,986元。针对船舶大连公司的鉴定申请，结论为：1．各单体土建部分的各项鉴定结果详见《各单体土建部分鉴定书》。2．签证计量价格部分工程造价鉴定值为701,809元。3．已报部分的各项鉴定结果详见《已报部分鉴定书》。4．各单体电气、采暖、给排水工程造价鉴定值为3,977,832元。5．鉴定违规使用水泥钢材数量、实际价格和经济损失部分工程造价鉴定值为470,447元。
另查，2010年2月8日，金湾公司向船舶大连公司移交了工程验收、竣工等档案资料。双方当事人派员签订了“移交档案目录清单”。2010年2月12日和同年2月26日，代表船舶大连公司的中燃大连公司搬迁指挥部向金湾公司发出函件，要求金湾公司“派人按我部（船舶大连公司）以前档案整改要求进行整改，所缺少的文字资料补齐，如因图纸修改存档有问题，由业主（船舶大连公司）协调解决。”并限期在2010年2月28日前整理好。再查，船舶大连公司企业原名称为中国船舶燃料供应大连公司，2010年9月15日，经工商行政部门核准，变更为中国船舶燃料大连有限公司。
再查，在双方所签订的《建设工程施工合同》附件3《工程质量缺陷保修书》中约定：质量保修期从工程实际竣工之日算起。其中地基基础工程、主体结构工程为设计文件规定的合理使用年限；屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏为5年；电气管线、给排水管道、设备安装和装修工程为2年；供热与供冷系统为2个采暖期、供冷期；装饰装修工程为2年。双方确认案涉工程的保修金为140万元。
一审法院认为：金湾公司为船舶大连公司储供油基地的土建工程进行施工，双方据此签订的《建设工程施工合同》，系当事人真实的意思表示，不违反法律规定，且已实际履行，合法有效。双方当事人均应按合同约定履行各自的义务。金湾公司已按合同约定将储供油基地的土建工程施工完毕，该工程已竣工并验收合格，交付船舶大连公司使用，船舶大连公司应支付相应的款项。根据双方合同约定“本工程采用固定总价合同，因发包人原因发生的设计变更，按实调整。”从已查明的事实可以看出，案涉工程存在设计变更部分，故金湾公司所要求的工程款应包含合同内及合同外两部分。首先，关于合同内价款，双方约定为43,910,018元，其中包括应扣除的预留款700万元、原中标时综合楼价款8,003,986元（已设计变更，需重新计价）、金湾公司自认未施工的办公楼大门和门卫、南挡土墙合计价值464,690元，实际应给付28,441,342元，船舶大连公司已给付27,140,000元，故合同内船舶大连公司尚欠的款项应为1,301,342元。其次，关于合同外价款，双方当事人均申请鉴定，根据鉴定机构出具的“工程造价鉴定报告”可以看出，综合办公楼经设计变更后的总造价为7,239,080元（已包括装修部分价款）；签证计量价格部分工程造价为1,157,986元，故合同外应给付价款为8,397,066元。综上，金湾公司应得到的工程款合计9,698,408元。根据双方约定的保修条款，案涉工程有部分未过保修期，由于金湾公司无法将未过保修期部分的保修金与已过保修期部分的保修金区分开来，故案涉工程的全部保修金140万元暂且予以扣除，待案涉工程全部超过保修期后由金湾公司另行主张。综上，船舶大连公司实际应给付金湾公司的工程款为8,298,408元。
至于金湾公司提出综合办公楼总造价应依据08定额，鉴定结论有误一节，根据双方合同约定“本工程采用固定总价合同，因发包人原因发生的设计变更，按实调整。按实调整时，中标价中已有的综合单价按已有的综合单价执行，中标价中没有的综合单价，依据投标文件中的计价规定和中标优惠条件，由承包人提出，发包人确认。”鉴定机构根据上述约定，在对综合办公楼进行造价鉴定时，大部分依据的是中标价中已有的综合单价，对于少部分没有的单价按照投标文件中的计价规定和优惠条件得出，可见，鉴定机构的造价鉴定依据合法。即使如金湾公司所言案涉工程是由于船舶大连公司的原因迟延开工，因案涉合同中对因发包人原因导致的设计变更应采用何种单价已有约定，该约定不违反法律规定，现金湾公司以案涉的综合办公楼施工时08定额已生效为由要求采用与合同不符，故对金湾公司该项主张不予支持。至于金湾公司提出依据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条第二款规定“因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同当时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。”而本案中综合办公楼开工的时间是2008年7月，此时辽宁省建设厅、辽宁省财政厅联合发布的辽建发(2007]87号文件已经施行，故认为本案应采用08定额的问题，首先，从上述司法解释第十六条的全文分析，该条分为三款，其中第一款明确约定“当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。”本案中，双方当事人明确约定“本工程采用固定总价合同，因发包人原因发生的设计变更，按实调整。按实调整时，中标价中已有的综合单价按已有的综合单价执行，中标价中没有的综合单价，依据投标文件中的计价规定和中标优惠条件，由承包人提出，发包人确认。”故本案中，既然双方当事人对工程价款计价标准和方法有明确约定，即应适用上述司法解释第十六条第一款的规定，只有在双方当事人对此无明确约定的情况下，才适用第二款的规定。综上，对金湾公司此项主张不予支持。
关于金湾公司提出由于船舶大连公司未及时给付工程款等原因造成其他单体工程亦存在迟延开工的情况，以致造成各单体材料调价，此部分损失亦应由船舶大连公司承担一节，从已查明的事实虽然可以看出案涉的各单体工程开工时间不一致，但该开工时间不一致是否系船舶大连公司造成无据认定，且案涉工程规模庞大，属于系统工程，在施工过程中根据具体情况开工时间有早有晚也属于正常现象，不可能十六个单体工程同日开工，且即使未在合同约定的开工日期进入工地，购买原材料、进行施工的其他相应准备也是可以的，不能仅以开工时间不一致即认为系船舶大连公司造成或必然造成材料涨价的损失等，故对金湾公司此项主张同样不予支持。
关于金湾公司诉请的利息，双方在合同中约定“发包人确认竣工结算文件后应向承包人支付工程竣工结算价款。”虽然金湾公司无据证明其何时将案涉工程的竣工结算文件交付船舶大连公司，但从2009年11月3日船舶大连公司搬迁指挥部及案涉工程的监理单位共同向金湾公司发出的“关于金湾工程决算中的问题及审核意见”可以看出，至迟到此日，船舶大连公司已收到金湾公司提交的竣工结算文件。又根据合同约定的“发包人对承包人递交的竣工结算文件确认后28天内无正当理由不支付工程结算价款，从第29天起按承包人同期向银行贷款利率支付拖欠工程款利息，并承担违约责任。”故从船舶大连公司发出异议通知之日起开始计算，金湾公司要求该公司自2009年12月1日开始承担利息合理，本院予以支持。
关于船舶大连公司在反诉中提出金湾公司应支付未按合同约定的时间提供工程档案资料的违约金116,000元一节，一审法院认为，施工合同中第35条约定，“承包人（金湾公司）应向发包人（船舶大连公司）提供工程竣工档案资料和竣工验收报告，单项工程竣工验收后10天内，应向发包人提供完整的工程档案资料。承包人如不在规定的时间内按要求向发包人提供档案资料，每延误一天按1000元向发包人支付违约金。”船舶大连公司反诉中要求给付违约金的时间为116天，即自2009年11月6日至2010年3月1日。经查，该工程2009年10月26日通过竣工验收。虽然金湾公司于2010年2月8日移交了工程竣工验收资料，但是，船舶大连公司于2010年2月12日和同年2月26日向金湾公司发出函件，针对图纸修改等问题，要求金湾公司在2010年2月28日前将整改的工程档案资料补充整理好。该函件应视为船舶大连公司同意工程档案资料到2010年2月28日交付。嗣后，船舶大连公司对此并未提出异议。现船舶大连公司又要求金湾公司支付逾期交付工程档案资料的违约金116,000元，显系不当，不予支持。
关于船舶大连公司提出合同内项目金湾公司只扣除办公楼门卫和南挡土墙对应的款项，未扣除其他单体工程中未施工项目款项一节，案涉工程各单体项目双方于2009年1月分批进行了交接，且2009年10月26日经验收合格，船舶大连公司已实际使用，在双方交接时，船舶大连公司并未提出所谓的有未完工项目，至于其中存在的减项和变更施工内容，已在双方申请的签证计量计价部分有所体现，故对船舶大连公司此项主张不予支持。关于船舶大连公司提出金湾公司在施工中没有使用其承诺的品牌建材，应扣除材料差价一节，因案涉工程系在船舶大连公司委托的监理单位的监督下施工，且进入工地的钢材、水泥等重要材料需经发包方、施工方和监理方的共同检验才能允许进入工地施工使用，既然船舶大连公司和监理单位在案涉工程施工时未提出材料品牌的问题，说明对案涉工程所购买的材料是认可的,且案涉工程已经竣工验收合格并交付使用，不存在质量不合格的问题，故对船舶大连公司此项主张同样不予支持。关于船舶大连公司提出鉴定机构对金湾公司与该公司均申请鉴定的签证部分造价不同，应采信船舶大连公司申请作出的造价一节，经询问鉴定机构工作人员，鉴定人员称之所以出现本案中双方当事人申请的签证部分出现不同的造价结果，是因为当事人提交的签证单不同，金湾公司提交的签证单比船舶大连公司提交的多，由于金湾公司多提交的签证单上均有设计单位的签字和盖章，所以应以金湾公司申请对签证部分作出的造价结论为准，故对船舶大连公司此项主张亦不予支持。关于船舶大连公司申请对各单体土建部分，已报部分，各单体电气、采暖、给排水总造价进行鉴定，并要求按照此结果确定案涉工程的工程价款一节，因双方在合同中约定“本工程采用固定总价合同，因发包人原因发生的设计变更，按实调整。”同时根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十二条规定：“当事人约定按照固定价格结算工程款，一方当事人请求对建设工程造价进行鉴定的，不予支持。”故本案中，只能对因发包人原因发生的设计变更部分进行造价鉴定并据实调整，对原合同已约定的工程项目应按合同载明的固定价格结算，故对船舶大连公司此项主张不予支持。综上，依照《中华人民共和国合同法》第四十四条、第二百六十九条、第二百八十三条、最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条、第十七条、第十八条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条之规定，判决如下：一、船舶大连公司于本判决生效之日起十日内给付金湾公司工程款8,298,408元及利息（从2009年12月1日始计算至本判决确定的给付之日止，按照中国人民银行同期同类贷款利率计算）。如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条的规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。二、驳回本诉,金湾公司的其他诉讼请求。三、驳回船舶公司的反诉请求。本诉案件受理费144,300元，由金湾公司承担83,092元，由船舶大连公司承担61,208元；反诉案件受理费1,310元，由船舶大连公司承担；鉴定费871,879元（其中金湾集团预交284,544元，船舶大连公司预交587,335元），由金湾公司承担163,724元，由船舶大连公司承担708,155元。
船舶大连公司的上诉理由和请求是：一，综合楼实际装修施工是原标书中已有的工程项目，不属于增加的精装修项目,在施工中也并未发生精装修,该部分鉴定值117,847元，不应计入决算中,故应予扣除。二、关于鉴定报告中作出了两种签证的价款，一审法院采信其中1,157,986元不符合开庭时双方的陈述。三、各单体未干或者减量工程及相应造价应一并结算。鉴定机构已多次与双方当事人到现场进行勘查、测量，双方都已签字确认。鉴定机构根据图纸、现场的施工情况以及签证作出相关意见，尽管上诉人对鉴定结论存有异议，但结论已经能够证明实际的工程量及造价与原合同是有差别的。合同第34.2条对工程量变更的价款已作出约定：结算时按投标文件的计价规定和中标优惠条件进行结算。四、金湾公司使用非约定品牌水泥、钢材、电气等材料,其价差部分47万元应在总造价中予以扣除。金湾公司在施工中，未全面履行合同和标书规定采购和使用建材，经过鉴定，这部分的价差为47万余元。一审法院认为材料进场时，监理公司未提出材料品牌问题，双方工程已交接使用，不存在质量问题，故不支持上诉人的请求是错误的。五、一审判决确定2009年12月1日为利息给付起始日期错误，应以工程款最终确认之日（即判决作出时）起计算。一审判决的根据是，合同约定发包人对承包人递交的竣工结算文件确认后28天内无正当理由不支付工程结算价款，从第29天起按照承包人同期向银行贷款利率计算利息。而事实上，船舶大连公司并未确认金湾公司所作的4500万元的结算额。2009年11月3日在金湾公司提交竣工结算资料后，监理和建设指挥部就向金湾公司提出工程结算的书面异议，此后，根据合同约定，由审计造价单位组织双方核对工程量和造价，确定的工程造价近3000万元。可见不支付金湾公司工程款理由充分。六、关于反诉一节。合同45页35.9约定：承包人如不在规定的时间内按要求向发包人提供档案资料，每延误一天按每天1000元人民币向发包人支付违约金，剩余工程款暂停支付直至提交合格的档案资料为止。金湾公司逾期交付竣工档案，且仍有部分档案没有交付，船舶大连公司有权根据合同的约定要求被上诉人支付违约金。故一审法院判决驳回上诉人的反诉请求没有法律根据。综上，请求二审法院查清事实，依法作出公正判决。
金湾公司二审辩称：不同意船舶大连公司的上诉请求。工程已交付使用，双方约定固定价款结算，我方没有对增量部分计价，对方也不应扣除减量。一审判决存在问题，但考虑我方没有提出上诉，请求二法院驳回上诉，维持一审判决。
本院经审理查明，一审认定的基本事实属实。
另查明：合同履行中，综合楼装修方案发生变化。经鉴定单位经审核，增加了装修精。该部分装修精鉴定值为117,847元。在二审质证中，船舶大连公司对增加装修精部分的图纸真实性提出怀疑，但不能提供证据予以证明。
本院审理中，对船舶大连公司上诉提出鉴定报告中作出了两种签证的价款，一审法院采信其中1,157,986元不符合一审开庭时双方的陈述问题进行了质证。鉴定单位称，1,157,986元是因为设计变更增加的，实际施工也是按设计变更后进行的。变更内容为防火墙，确定工程内容时，业主取消了该项目，后又因消防验收不合格，重新恢复（增加）了该项目。
船舶大连公司上诉请求对金湾公司未施工工程项目的工程造价予以扣除。本院审理中，鉴定单位称，本案一审中，一审法院委托鉴定单位对金湾公司未施工工程项目的工程量进行了鉴定，但未要求核价。故鉴定中，只给出了未施工工程项目的工程量，没有给出造价。本院庭审质证后，鉴定单位对该部分工程量进行了核价。结论为：342,996元。
本院认为，船舶大连公司上诉提出应当扣除精装修项目117,847元、一审法院采信1,157,986元签证造价不合理问题，经二审庭审中鉴定单位参与充分质证，能够认定，该部分确系增加的工程量。船舶大连公司虽对此仍持有异议，但不能提供足以否定的证据。根据最高人民法院关于证据规则的相关规定，本院对船舶大连公司的该项上诉请求不予支持。
关于船舶大连公司上诉请求对金湾公司未施工工程项目的工程造价予以扣除问题。本案一审中，一审法院已委托鉴定单位对金湾公司未施工工程项目的工程量进行了鉴定，但未予计价，故属漏计。经鉴定单位对该部分工程量进行核价，结论为342,996元。因该部分确系未施工项目，故依照合同约定，应在总工程款中予以扣除。扣除该部分工程款后，一审判决第一项工程款数额应当修正为8,298,408元-342,996元=7,955,412元。
关于金湾公司使用非约定品牌水泥、钢材、电气等材料,价差部分47万元应否在总造价中予以扣除问题。因非约定品牌材料进场和使用，已经船舶大连公司和监理方允许，且未影响案涉工程的验收和交付使用。一审法院对该问题的认定符合事实，理由充分，本院予以认定。船舶大连公司的该项上诉理由缺乏法律依据，本院不予支持。
关于利息起算时间问题。从2009年11月3日船舶大连公司搬迁指挥部及监理单位共同向金湾公司发出关于金湾工程决算中的问题及审核意见，表明船舶大连公司已正式收到竣工结算文件。自此时起，28天内无正当理由不支付工程结算价款，从第29天起即应给付工程款利息。据此，一审法院认定自2009年12月1日开始承担利息并无不当。船舶大连公司以需继续审核及施工资料未交付为由拖延工程款的给付，没有法律依据，本院不予支持。
关于船舶大连公司上诉请求金湾公司给付逾期交付竣工档案违约金问题，一审法院在判决中已做出明确认定。经本院审查，该认定符合事实，处理适当。本院对船舶大连公司的该项上诉请求不予支持。
案涉工程为固定价格合同，依照法律规定，诉讼双方应当按固定价结算工程价款。按照诉讼双方的诉讼请求，一审法院认定，通过委托鉴定，对综合楼价款进行调整及对未施工的项目扣除后，不再对其他予以调整是正确的。案涉工程经验收合格，已交付使用近五年，但船舶大连公司对拖欠工程款仍不予给付。其在反诉请求中，除请求违约金11.6万元外,并没有具体提出扣减事项及具体数额。本院对一审法院漏计部分的未施工工程款扣减后，船舶大连公司应当及时给付尚拖欠的工程款。
综上，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（二）项之规定，判决如下：
一、维持大连市中级人民法院（2012）大民二初字第39号民事判决第二、三项。
二、变更大连市中级人民法院（2012）大民二初字第39号民事判决第一项为：中国船舶燃料大连有限公司于本判决生效之日起十日内给付大连金湾建设集团有限公司工程款7,955,412元及利息（从2009年12月1日始计算至本判决确定的给付之日止，按照中国人民银行同期同类贷款利率计算）。如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条的规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审判决的诉讼费用分担不变。二审案件受理费70,203元，由中国船舶燃料大连有限公司负担66，530元，由大连金湾建设集团有限公司负担3,673元。
本判决为终审判决。
审 判 长 潘志斌
审 判 员 王 隽
代理审判员 赵碧涛
二〇一四年三月二十一日
书 记 员 刘 禹