安徽省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2016）皖民终944号
上诉人（原审原告、反诉被告）：浙江港海建设集团有限公司，注册地浙江省上虞市百官街道王充路568号颖泰大厦1702号，实际经营地上海市杨浦区国伟路135号18号楼3楼。
法定代表人：俞伯良，董事长。
委托诉讼代理人：王宏，安徽睿正律师事务所律师。
委托诉讼代理人：杨道礼，安徽睿正律师事务所实习律师。
上诉人（原审被告、反诉原告）：安徽同济置业有限公司，住所地安徽省合肥市长江西路990号。
法定代表人：王正年，董事长。
委托诉讼代理人：陈义，该公司员工。
委托诉讼代理人：俞芳，北京高文（合肥）律师事务所律师。
上诉人浙江港海建设集团有限公司（简称港海公司）因与上诉人安徽同济置业有限公司（简称同济公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服安徽省合肥市中级人民法院(2014)合民一初字第00676号民事判决，向本院提起上诉。本院受理后依法组成合议庭，开庭进行了审理。港海公司的委托诉讼代理人王宏、杨道礼，同济公司的委托诉讼代理人陈义、俞芳到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
港海公司上诉请求：1.改判一审判决第一项，将欠付工程款数额调增1609200元，并据此金额调整违约金的计算基数，维持其他内容，如违约金的起算日、终止日，违约金计算基数的确定方式，违约金的计算方式等；2.维持一审判决第二项、第三项；3.判令同济公司承担一、二审诉讼费用（案件受理费、财产保全费、鉴定费）。事实和理由：一、同济公司有证据不提供，应当依据举证义务判令其承担总包配合费442800元、土方工程的湿土排水台班费72000元。二、马钢的生产基地在马鞍山和合肥，采购马钢钢材运至施工所在地涡阳运费通常为110元/吨，结合鉴定单位出具的钢材数量，钢材价款应调增304000元。三、鉴定意见中的部分错误应予调整，包括：1.港海公司有证据证明其承包的A1、A2、A3、A7、A9、A10楼的施工班组不在施工现场居住，没有生活水电发生，按定额千分之七全额扣减水电费与事实不符，只能以千分之四扣减水电费，应当调增施工人员生活用水用电费用170420元（千分之三部分）。2.合同约定，材料价格按亳州市定额站（涡阳）信息价，如没有信息价以双方协商确认价格为准。鉴定单位采用2000年《全国统一建筑工程基础定额安徽省综合估价表》违反了合同约定，案涉工程施工期间物价上涨，与该综合估价表相差很大，应依据合同法第六十一条按照交易习惯确定。主要辅材价格应按合同履行时的市场价调增价款为620000元。
同济公司辩称，港海公司上诉请求没有事实和法律依据，应按照一审判决履行。关于总包配合费、土方工程的湿土排水台班费应另行解决争议，钢材价款过高，施工人员费用应从工程总价扣除。
同济公司上诉请求：1.撤销原判，依法改判；2.港海公司承担一、二审诉讼费用。事实和理由：一、工程总款、已付款认定有多处错误。一审认定的工程总款中，构造柱隐蔽工程量291196.15元、清水模板补偿费用298289.49元、A10#楼人货电梯费用14795.78元、马钢钢材造价608333.91元与普通钢材价差过高、人工费优惠426213.72元、自拌混凝土的机械费和人工费460885.77元应当扣除，应根据竣工图纸而不是电子版图纸计算A9#楼基础变更工程量，人工费应按合同约定的50%调整。双方确认的已付款75091000元不包括A8#楼工程款，一审以港海公司认可数额认定已付款为45012600元没有依据。二、双方对结算报告内审结果存在争议，按合同通用条款的约定计算欠付港海公司工程款违约金、利息，且年利率24%，无事实根据。三、港海公司逾期竣工，按照合同约定应当承担3312000元的违约金。同济公司主张港海公司工期延误的违约责任没有超过诉讼时效，因为违约金是双方工程结算内容的一部分，工程竣工决算定案才能计算出违约金，而双方至今未对工程竣工决算达成一致。
港海公司辩称：一、同济公司关于款项争议的事由均不能成立。1.设计图纸中明确要求二次结构及构造柱按99G304图集及规范施工，鉴定人一审出庭时明确答复应按规范施工，否则验收不能通过，构造柱隐蔽工程量291196.15元应当支付；2.同济公司取消抹灰砂浆改清水模板，采用不同工艺但施工效果相同，应支付费用，合肥市定额规定的清水模板补贴和三期工程仲裁庭对该费用最终裁决均为6元/㎡,清水模板补偿费用298289.49元应当支付；3.根据龙门架及井架物料提升机安全技术规范，A10#楼人货电梯费用14795.78元应支付；4.建设单位要求必须使用马钢品牌，涡阳当地没有马钢可买，异地购买产生运费110元/吨和马钢钢材造价608333.91元应支付；5.流动施工津贴优惠与人工费优惠（合同第4.7条补充条款第3条）是两项不同的合同约定，扩大适用流动施工津贴优惠产生的人工费优惠426213.72元差额应当支付；6.约定优先于定额适用，按定额少算的自拌混凝土机械费、人工费460885.77元应支付；7.A9#楼基础变更电子版图纸由建设单位提供，也可实施现场查勘，A9#楼基础变更工程量应当计算；8.鉴定单位根据开工日期、竣工日期和正常施工进度和双方对人工费调整的约定对人工费进行大概调整有一定道理，港海公司没有异议。9.关于已付款数额，由于材料不全，港海公司承担一审判决根据举证规则认定的结果。二、关于一审判决违约金、利息的计算，符合法律规定应予维持。港海公司就计算基数提出上诉，基数部分应据实调整。三、案涉一期工程最晚竣工时间是2011年9月2日，同济公司反诉时间是2014年11月，已超过诉讼时效。以工程结算未完成作为诉讼时效尚未超过的抗辩，违反法律规定。
港海公司向一审法院起诉，请求判令：1.同济公司向港海公司一次性支付拖欠工程款，具体数额以司法鉴定意见为依据，暂计拖欠工程款为8000000元，包括同济万象城工程A1、A2、A3、A7、A9、A10楼及A9-A10商铺累计欠款。2.同济公司按银行同期贷款利率的3倍支付拖欠工程款（以司法鉴定意见为据）的利息，自拖欠之日计算至上述款项付清之日止，暂以港海公司决算金额计算拖欠工程款至2014年9月30日的利息为3000000元，其中A1、A2、A3楼等，拖欠工程款的金额为扣减5%质保金和已付工程款后的金额，起算时间为2011年10月21日，拖欠工程款的金额以司法鉴定意见为据，暂计算至起诉之日为1800000元；A7、A9、A10楼及A9-A10商铺等，拖欠工程款的金额为扣减5%质保金和已付工程款后的金额，起算时间为2012年1月25日，拖欠工程款的金额以司法鉴定意见为据，暂计算至起诉之日为1200000元。3.同济公司支付违约金，按拖欠工程款数额（以司法鉴定意见为据）的日万分之二计算，自拖欠之日计算至上述款项付清之日止，暂以港海公司决算金额计算拖欠工程款至2014年9月30日的违约金1500000元，其中A1、A2、A3楼等，拖欠工程款的金额为扣减5%质保金和已付工程款后的金额，起算时间为2011年10月21日，拖欠工程款的金额以司法鉴定意见为据，暂计算至起诉之日为900000元；A7、A9、A10楼及A9-A10商铺等，拖欠工程款的金额为扣减5%质保金和已付工程款后的金额，起算时间为2012年1月25日，拖欠工程款的金额以司法鉴定意见为据，暂计算至起诉之日为600000元。4.同济公司承担本案全部诉讼费用，包括鉴定费、财产保全费、诉讼费用等。
同济公司向一审法院反诉，请求判令：1.港海公司承担2009年双方订立的施工合同项下工期延误违约金3312000元（该违约金为暂计，具体数额以审计报告定案的工程造价，结合合同约定的违约金计算方式计算）；2.港海公司承担逾期办理竣工备案的违约金400000元；3.港海公司返还超付工程款2489200元（以鉴定机构最终鉴定结论为依据）；4.反诉诉讼费用由港海公司承担。
一审法院认定事实：2009年8月11日，同济公司（甲方）与港海公司（乙方）签订《建设工程施工合同》，约定同济公司将涡阳县同济万象城项目的A1、A2、A3、A7、A8、A9、A10楼的土建、装饰和安装工程发包给港海公司施工，并约定：一、承包方式为施工总承包，包工包料、按实结算。二、合同工期。具体开工日期以监理公司和甲方发出开工令为准；合同工期总日历天数18层380天，11层300天；竣工日期按合同约定的工期内竣工。三、合同价款。1.暂定价6000万元（以实际结算为准）。2.采用可调价格合同，合同价款调整方法为合同价±设计修改或变更±经济签证±政策性调整±材料差价。3.结算依据。土建工程执行2000年《全国统一建筑工程基础定额安徽省综合估价表》，装饰工程执行1999年《安徽省装饰工程综合估价表》，安装工程执行2000《全国统一安装工程预算定额安徽省估价表》；土建、装饰、安装工程同时执行2003《安徽省建设工程补充定额估价表》。材料价差按合同工期结构施工阶段的亳州市（涡阳）市场价格信息平均值结算。其中商品砼按双方约定的材料价格计算规则进行结算。取费标准：土建工程综合费率按22%计取，流动津贴按1.5元/工日计取；装饰和安装工程按照工程类别规定取费后总价下浮5%。材料价格按亳州市定额站（涡阳）信息价，如没有信息价以双方协商确认价格为准。四、工程款支付。1.承包方单体工程施工至八～十层结构完成时，发包方在7日内支付已完工程进度款70%，以后承包人每月25日上报已完的工程量报表经发包人审核后于次月的10日前支付当月完成工程价款的70%，工程竣工验收合格后支付至总价款的80%，发包人在收到承包人上报的决算报告三个月内审计完毕，7日内付至工程总价款的95%，余款5%作工程质量保修金，保修金在保修期满后无息返还。保修期为二年，期满后十天内付清工程全部价款。双方约定若一期工程实际开工日期在2009年9月10日以后，在2010年春节前（2010年2月13日前），发包方必须支付承包方已完工程量的70%，以确保承包方顺利度过春节。五、竣工验收。承包人在工程竣工验收后十日内向发包人提供符合规范要求和实际情况的竣工图2套，并在30天办理完竣工备案手续。五、违约责任。1.发包人逾期支付工程进度款的违约责任为顺延工期，并承担自第8日前应支付工程款的万分之二/天的违约金。2.发包人收到竣工结算报告及结算资料后无正当理由不支付工程竣工结算价款的，执行通用条款33.3，并承担自第8日起应支付工程款的万分之二/天的违约金（通用条款33.3约定，发包人收到竣工结算报告及结算资料后28天内无正当理由不支付工程竣工结算价款，从第29天起发包人按同期银行贷款利率的3倍向承包人支付拖欠工程价款的利息，并承担违约责任）。3.因承包人原因不能按照协议约定的竣工日期或工程师同意顺延的工期竣工的，承包人按各楼号违约的天数承担该楼号工程造价万分之二/天的违约金。该合同还约定了其他事项。
案涉工程竣工验收报告和竣工验收备案表载明：A1、A2、A3楼的开工日期为2009年9月8日，竣工日期为2011年4月28日，竣工验收合格日期为2011年4月29日，竣工验收备案时间为2011年6月13日。A7、A9、A10楼的开工日期为2009年10月12日，竣工日期和竣工验收合格日期为2011年9月2日，竣工验收备案时间为2011年9月19日。A9-A10商铺开工日期为2010年5月13日（竣工验收备案表中填写为2010年5月8日），竣工日期和竣工验收合格日期为2011年9月2日，竣工验收备案时间为2011年9月19日。
2011年7月13日，港海公司向同济公司提交案涉A1、A2、A3楼的决算书，2011年10月17日港海公司向同济公司提交A7、A9、A10楼及A9-A10商铺的决算书，同济公司均予签收。
2013年10月9日，港海公司向同济公司邮寄《催款通知书》，称案涉A1、A2、A3、A7、A8、A9、A10楼中，全部工程（含A8楼）已分别于2011年4月28日和9月2日完成了竣工验收，后港海公司提交了结算报告，港海公司实际施工的A1、A2、A3、A7、A9、A10楼结算总价为66588998.97元，但同济公司未在合同约定期限内进行审计并支付剩余工程款，截至2013年9月24日，同济公司就A1、A2、A3、A7、A9、A10楼尚欠工程款20907298.97元，现要求同济公司至迟于2013年10月31日之前支付全部欠付的工程款并根据合同约定承担相应的利息及逾期付款违约金，否则将启动法律程序进行追索。
合肥仲裁委员会于2015年2月11日，就同济公司与港海公司履行双方2010年7月31日签订的施工合同（即三期合同，涉及同济万象幼儿园、商务会所、C2、C5、C6楼）过程中产生的争议，作出（2013）合仲字第303号仲裁裁决。该生效仲裁裁决认定，同济公司已支付给港海公司一、三期工程款合计75091000元（不包括仲裁期间支付的工程款500000元，该款后计入三期工程已付款），但无法具体区分一、三期的付款数额，仲裁庭以港海公司仲裁反请求中自认收到同济公司案涉工程款28148400元作为港海公司已收到同济公司三期工程款，余46942600元为一期工程已付工程款。在该仲裁裁决书另载明，港海公司提供的“证据十二”即关于A8楼工程款的收据及柏运继、韦秀芬出具的收条，旨在证明A8楼的实际施工人是柏运继，A8楼的工程款4392000元由柏运继、韦秀芬夫妇收取。
一审法院在审理过程中，依港海公司申请，委托安徽中信工程咨询有限责任公司对位于安徽省涡阳县向阳路同济万象城A1、A2、A3、A7、A9、A10楼及A9-A10商铺的土建、装饰和安装工程造价进行鉴定。安徽中信工程咨询有限责任公司于2015年12月18日出具工程造价鉴定报告书初稿（皖中信工鉴字〔2015〕000号），鉴定意见为，A1、A2、A3、A7、A9、A10楼及A9-A10商铺的土建、装饰和安装工程合计造价为50341000.22元。在双方当事人所提相关异议基础上，于2016年5月26日出具鉴定报告书（皖中信工鉴字〔2015〕020号），鉴定意见为：1.位于安徽省涡阳县向阳路同济万象城A1、A2、A3、A7、A9、A10楼及A9-A10商铺的土建、装饰和安装工程合计造价为48351123.45元，其中A1#楼土建装饰工程造价4462390.48元，安装596119.35元；A2#楼土建装饰工程造价6379195.86元，安装767517.92元；A3#楼土建装饰工程造价4594821.24元，安装496313.42元；A7#楼土建装饰工程造价8733583.64元，安装1015322.96元；A9#楼土建装饰工程造价6111161.08元，安装647993.47元；A10#楼土建装饰工程造价9555013.68元，安装1094389.73元；A9#-A10#楼间门面房土建装饰工程造价749219.52元，安装63251.83元；A1#楼裙房土建装饰854607.20元，A10#楼裙房土建装饰807465.61元；一期工程签证变更（安装）167916.47元，一期工程签证变更（土建装饰）1254839.99元。2.本次鉴定中构造柱工程隐蔽工程工程量计算为按规范计算量，如按图纸施工量计算，则鉴定总价因扣除291196.15元，具体按何施工需要双方当事人提供证据，由法院审理确定。3.本次鉴定中，由于建设单位取消了天棚抹灰，鉴定报告中按建筑市场惯例计取天棚面积6元/㎡的清水模板补偿费，该项费用共298289.49元已计入鉴定造价，具体是否应计取该项费用由法院审理确定。4.本次鉴定中，由于A9#楼基础变更无纸质版图纸，有电子版图纸，因此未计入鉴定报告总造价中，该项费用36056.99元，具体是否应计取该项费用由法院审理确定。5.本次鉴定中，不包含电梯基坑防水造价为4752元，双方均确定防水工程为分包工程，电梯基坑防水是否也分包，需当事人双方提供证据，由法院审理确定。6.本次鉴定中，部分工程为2011年1月1日以后施工，人工费需调整，但当事人双方需对人工费调整的部分无法达成一致且存在较大差距，鉴定报告按照开竣工时期和正常施工大概情况对人工费进行了相应调整。7、本次鉴定中，A10#楼最高楼层为18层，按建筑惯例需安装人货电梯，该项费用造价为14795.78元，如施工单位实际施工未安装人货电梯则鉴定报告总造价需扣除该项费用，具体由双方当事人提供证据，由法院审理确定。8.本次鉴定中，案涉工程设计使用的钢材为马钢，马钢钢材与信息价之间的价差约200元/吨，鉴定报告将马钢与信息价之间的价差已考虑计入鉴定总造价，该项造价为608333.91元，由法院审理确定。9、本次鉴定中，混凝土施工为商品混凝土，因此按定额计价程序需扣除套用自拌混凝土里的机械费、人工费，该项费用造价为460885.77元，已在鉴定报告总造价中扣除，商品混凝土的单价采用的是双方约定单价非市场信息价，采用双方约定的单价是否应扣除商品混凝土的机械、人工搅拌费，需当事人双方提供证据，由法院审理确定。10、本次鉴定中，取费表中流动施工津贴按照合同约定按1.5元/工日计取，流动施工津贴实际应为3.5元/工日，合同约定是否为人工费优惠或仅为流动施工津贴的调整，鉴定机构无法判断，鉴定报告总造价按人工费优惠计算，若仅为流动施工津贴的调整，则鉴定报告总造价增加426213.72元，具体由当事人双方提供证据，由法院审理确定。11.本次鉴定中，由于建设单位一直未提供分包工程的分包决算，鉴定机构无法计算总包服务费，鉴定报告中不含总包服务费造价，该项费用可由法院审理确定。12.本次鉴定中，土方工程的湿土排水台班费，由于当事人双方均未提供案涉工程的地质勘查报告，鉴定机构无法计算，鉴定报告总造价不包含该项费用造价。
一审法院认为，本案争议焦点是：1.案涉工程总价款如何确定；2.同济公司就案涉工程的已付款和欠付款数额如何确定；3.同济公司应否支付港海公司的违约金；4.港海公司应否承担工期延误违约金；5.港海公司应否返还同济公司超付的工程款2489200元；6.港海公司应否承担逾期办理竣工备案的违约金400000元。
1.关于案涉工程总价款问题
案涉工程经具有法定资质的鉴定机构鉴定，位于安徽省涡阳县向阳路同济万象城A1、A2、A3、A7、A9、A10楼及A9-A10商铺的土建、装饰和安装工程合计造价为48351123.45元（详见鉴定报告）,双方当事人对此部分无异议，予以认定。就双方当事人争议部分，结合鉴定意见和鉴定人出庭接受质询情况，作如下分析认定：第一，构造柱工程隐蔽工程量。在案涉工程已竣工验收合格且无相反施工记录的情况下，可以推定构造柱工程隐蔽工程是在图纸基础上按规范施工的，对该部分工程价款291196.15元不予扣除。第二，清水模板补偿费。如果取消天棚抹灰，施工单位在天棚磨光、黑水泥掺胶水批嵌、表面批白等方面都会增加工程量及相应施工费用，对鉴定机构关于计取清水模板补偿费298289.49元的鉴定意见予以采纳。第三，A9#楼基础变更费用。在双方均未提供纸质版图纸的情况下，仍应以电子版图纸中所反映的A9#楼基础变更信息来确定工程造价为宜，故应将A9#楼基础变更费用36056.99元计入工程造价。第四，电梯基坑防水费用。双方均确定防水工程为分包工程，电梯基坑防水是否也分包，需当事人双方提供证据。此部分应由港海公司承担举证责任以及举证不能的法律后果，故采纳鉴定机构不将电梯基坑防水造价4752元计入工程结算价款的意见。第五，人工费调整。部分工程为2011年1月1日以后施工，人工费需调整，鉴定报告按照开竣工时期和正常施工大概情况对人工费进行了相应调整。鉴定人出庭接受质询称，人工费调整是根据开工日期、竣工日期和正常施工进度以及双方对人工费调整的约定进行了大概调整，可能存在一定误差，但在正常范围内；人工费是按实际施工时间确定，而不是合同约定时间；装饰工程人工费调整按照100%调整而非按50%调整，是考虑到还有楼地面工程及外墙粉刷的项目工程，所以按照100%调整来补贴这些工程等。根据上述意见，采纳鉴定机构对人工费方面的鉴定意见。第六，安装人货电梯造价。A10#楼最高楼层为18层，按建筑惯例需安装人货电梯。鉴定人出庭接受质询时称，按照规范需要将人货电梯价格计算在内。根据上述意见，本院采纳鉴定机构关于A10#楼计入安装人货电梯造价14795.78元的鉴定意见。第七，马钢钢材价差。案涉工程设计使用的钢材为马钢，马钢钢材与信息价之间的价差约200元/吨，鉴定报告将马钢与信息价之间的价差已考虑计入鉴定总造价。鉴定人出庭接受质询时称，鉴定意见中钢材的基础价是涡阳县的钢材信息价；亳州信息价副刊和其周边的地级市质检站发布的信息价都表明，马钢在市场上价格比普通钢材归200元-300元/吨，鉴定意见取了200元/吨增加价格；合肥价格与涡阳价格是不同地区，没有可比性。根据上述意见，采纳鉴定机构关于工程所使用马钢材料造价为608333.91元的鉴定意见。第八，自拌混凝土里的机械费、人工费。混凝土施工为商品混凝土，因此按定额计价程序需扣除套用自拌混凝土里的机械费、人工费，已在鉴定报告总造价中扣除。商品混凝土的单价采用的是双方约定单价非市场信息价。鉴定人出庭接受质询时称，鉴定机构不能确定双方约定的商品混凝土价格中是否包括机械费和人工费，2010年施工时当地商品混凝土信息价要比约定价格高很多；信息价是通常混凝土价格的依据之一。根据上述鉴定意见，有约定单价的应当按照约定单价来结算工程价款，港海公司关于不应扣除套用自拌混凝土里的机械费、人工费的主张符合合同约定，故此部分造价460885.77元不应扣除。第九，扩大适用流动施工津贴优惠差额。鉴定意见认为，本次鉴定中，取费表中流动施工津贴按照合同约定按1.5元/工日计取，流动施工津贴实际应为3.5元/工日，合同约定是否为人工费优惠或仅为流动施工津贴的调整，鉴定机构无法判断，鉴定报告总造价按人工费优惠计算，若仅为流动施工津贴的调整，则鉴定报告总造价增加426213.72元。双方当事人在合同中明确约定了仅是流动施工津贴优惠，鉴定意见将之扩大为整个人工费优惠，依据不足，故应增加此部分费用426213.72元。第十，土方工程的湿土排水台班费。当事人双方均未提供案涉工程的地质勘查报告，鉴定机构无法计算土方工程的湿土排水台班费，鉴定报告总造价不包含该项费用造价。采纳鉴定机构的此节鉴定意见，可由双方当事人另行解决争议。第十一，总包服务费。由于建设单位一直未提供分包工程的分包决算，鉴定机构无法计算总包服务费，鉴定报告中不含总包服务费造价。采纳鉴定机构的此节鉴定意见，可由双方当事人另行解决争议。另，港海公司还认为主要辅材价格、空调挑檐板套价应当调整计入、对港海公司鉴定过程中没有及时提供的证据材料应当本着实事求是的原则据实计算；同济公司还认为部分土方工程运输费用存在重复计算、钢管脚手架增加费用没有依据。就以上异议，鉴定人员在出庭接受质询中已予明确说明和答复，港海公司和同济公司的此部分异议意见，依据不足，不予采信。综上，案涉工程结算价款总额为48351123.45元+36056.99元+460885.77元+426213.72元=49274279.93元。
2.关于同济公司就案涉工程的已付款和欠付款数额问题
根据业已生效的合肥仲裁委员会于2015年2月11日作出（2013）合仲字第303号仲裁裁决之认定和处理，同济公司在该案仲裁前所支付的75091000元中的28148400元以及仲裁期间支付的工程款500000元，合计28648400元付款均已作为三期已付款项，剩余46942600元为一期工程已付工程款，故循此处理。
本案所涉A9-A10商铺并不在双方当事人所谓一期工程的施工合同中，但无论A9-A10商铺是否包括一期工程，均不妨碍本案之处理。同时，根据双方当事人的一致意见，一期工程中的A8楼并不在本案双方争议处理范围，故A8楼已付款项直接影响本案之处理。在本案中，同济公司陈述称其包括一期（含A9-A10商铺、A8楼）、三期工程已付工程款为88891900元，加上仲裁阶段支付的500000元，合计89391900元，另外抵偿给港海公司俞柏龙一辆迈腾车辆作价660000元，港海公司尚欠代开发票代缴税金550000元，其就A8楼直接向实际施工人柏运继或者通过港海公司转付的工程款为88891900元-75091000元=13800900元，A8楼至今未结算。而港海公司在前案仲裁时举证称由柏运继、韦秀芬夫妇收取的A8楼工程款为4392000元，本案庭审中陈述称代开发票代缴税金只涉及到A8楼，以车抵款没有相应事实支撑；其收到同济公司支付的A8楼工程款为6322000元，已全部转付给实际施工人，但又称同济公司就案涉A1、A2、A3、A7、A9、A10楼及A9-A10商铺的已付工程款数额为45012600元。本院认为，作为负有举证义务的同济公司在本案中并未举证证明其已经支付A8楼实际施工人柏运继的具体款项数额，同时考虑到港海公司在仲裁阶段以及本案审理中的多次陈述不一致，暂按港海公司自认的同济公司就案涉A1、A2、A3、A7、A9、A10楼及A9-A10商铺的已付工程款数额为45012600元予以处理为宜。
据上，同济公司就案涉A1、A2、A3、A7、A9、A10楼及A9-A10商铺尚欠港海公司工程款为49274279.93元-45012600元=4261679.93元。因案涉A1、A2、A3、A7、A9、A10楼及A9-A10商铺的质保期已届满，无需扣除质保金，故同济公司应支付港海公司的欠付工程款为4261679.93元。
3.关于同济公司应支付港海公司的违约金问题
双方就A9-A10商铺未签订书面建设工程施工合同，但双方均同意参照2009年8月11日双方就A1楼等所签订的《建设工程施工合同》来处理，故循此处理。
双方合同约定，工程竣工验收合格后支付至总价款的80%，发包人在收到承包人上报的决算报告三个月内审计完毕，7日内付至工程总价款的95%，余款5%作工程质量保修金，保修金在保修期满后无息返还；保修期为二年，期满后十天内付清工程全部价款。根据上述约定，第一，因双方在本案中并未提供已付款45012600元的具体时间和数额，且该总额已超过工程竣工验收合格之日前的应付款比例80%，故工程竣工验收合格之日不作为违约金起算日。第二，2011年7月13日，港海公司向同济公司提交案涉A1、A2、A3楼的决算书，2011年10月17日港海公司向同济公司提交A7、A9、A10楼及A9-A10商铺的决算书，同济公司均予签收。故，同济公司应当在2011年10月20日前支付案涉A1、A2、A3楼工程总价款的95%，2012年1月27日前支付案涉A7、A9、A10楼及A9-A10商铺工程总价款的95%。因港海公司申请鉴定事项以及鉴定机构最终鉴定意见中并未明确具体单体楼的工程价款，故以2012年1月27日作为应支付工程总价款95%即46810565.93元的终期为宜，同济公司此时欠付款为46810565.93元-45012600元=1797965.93元。第三，案涉A1、A2、A3楼竣工验收合格日期为2011年4月29日，A7、A9、A10楼和A9-A10商铺竣工验收合格日期为2011年9月2日。因港海公司申请鉴定事项以及鉴定机构最终鉴定意见中并未明确具体单体楼的工程价款，故以2013年9月12日为同济公司应返还5%质保金即2463714元的终期为宜。
双方在合同中约定了发包人收到竣工结算报告及结算资料后无正当理由不支付工程竣工结算价款的，执行通用条款33.3，并承担自第8日起应支付工程款的万分之二/天的违约金；通用条款33.3约定，发包人收到竣工结算报告及结算资料后28天内无正当理由不支付工程竣工结算价款，从第29天起发包人按同期银行贷款利率的3倍向承包人支付拖欠工程价款的利息，并承担违约责任。该违约金的计算方式明确，可按此处理，但考虑到2012年期间的同期（三年至五年期）银行贷款3倍，以及2013年以后同期银行贷款利率3倍与万分之二之和，均已超过了年利率24%的上限标准，故参照《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第二十六条第一款“借贷双方约定的利率未超过年利率24%，出借人请求借款人按照约定的利率标准支付利息的，人民法院应予支持”之规定，确定违约金按年利率24%标准计算。
4.关于港海公司应否承担工期延误违约金问题
案涉A1、A2、A3楼、A7、A9、A10楼和A9-A10商铺中最晚的竣工日期为2011年9月2日，至今也长达5年，即使港海公司存在工期延误的违约行为，同济公司也明知或应当知道，其现在本案中主张工期延误违约金，明显超过法定诉讼时效，故对港海公司的时效抗辩主张予以采纳，对同济公司的工期延误违约金诉讼请求不予支持。
5.关于逾期办理竣工备案的违约金400000元问题
双方在合同中约定了工期延误方面的违约责任，但并未约定竣工验收合格后的办理竣工备案时限及其违约责任，同济公司在本案中也未提供任何证据证明同济公司因竣工备案逾期办理而给其造成实际损失方面的证据，故对同济公司的要求港海公司承担逾期备案违约金400000元的诉讼请求，不予支持。
6.关于返还超付工程款2489200元问题
如前分析，同济公司尚差欠港海公司工程款，不存在其向港海公司超付工程款的情形，故对同济公司要求港海公司返还超付工程款2489200元的诉讼请求，亦不予支持。
一审法院判决：一、同济公司支付港海公司欠付工程款4261679.93元及相应违约金（其中以1797965.93元为基数，自2012年1月28日起算；以2463714元为基数，自2013年9月13日起算。以上违约金均按年利率24%标准计算，款清息止）。二、驳回港海公司的其他诉讼请求。三、驳回同济公司的反诉请求。
二审中，双方当事人没有提交新证据。经审查，一审判决中A9#-A10#楼间门面房土建装饰工程的造价807465.61元系笔误，应为749219.52元，本院予以更正。本院对一审查明的其他事实予以确认。另，本院组织同济公司、港海公司和鉴定机构安徽中信工程咨询有限责任公司就鉴定报告工程造价中的扩大适用流动施工津贴优惠差额、人工费调整等事项谈话确认。
本院认为，本案二审争议焦点是：一、同济公司欠付港海公司工程款数额如何确定；二、同济公司如果欠付工程款，相应的违约金、利息如何确定；三、同济公司主张港海公司承担工期延误的违约责任是否超过诉讼时效。
关于争议焦点一。工程造价方面，双方当事人对下列事项存在争议：1.总包配合费、土方工程的湿土排水台班费；2.构造柱隐蔽工程量、清水模板补偿费、A10#楼人货电梯费用、马钢钢材的价差、扩大适用流动施工津贴优惠差额、自拌混凝土机械费和人工费、A9#楼基础变更工程量、人工费调整、主要辅材价格、施工人员用水用电费用等十项费用。对于总包配合费、土方工程的湿土排水台班费，双方当事人均有举证义务，因双方未提供相关证据导致鉴定机构无法计算相关费用具体数额，一审法院判定由双方当事人另行解决争议，有利于本案的及时解决。对于构造柱隐蔽工程量等十项费用：第一，构造柱隐蔽工程量。案涉工程已竣工验收合格且同济公司无法提供没有构造柱的相反施工记录，鉴定机构按规范计算构造柱隐蔽工程量符合鉴定规则，此项费用291196.15元在鉴定总价中不予扣除。第二，清水模板补偿费。同济公司取消天棚抹灰，港海公司采用在天棚磨光、水泥批嵌、表面批白等清水模板工艺，鉴定机构按建筑市场惯例计取清水模板补偿费符合施工实际，该项费用298289.49元在鉴定总价中不予扣除。第三，A10#楼人货电梯费用。A10#楼最高层为18层，鉴定机构计入人货电梯费用，符合建筑惯例和建设规范，该项费用14795.78元在鉴定总价中不予扣除。第四，马钢钢材的价差。双方约定使用马钢钢材，港海公司未提供购置马钢钢材的相关票据。鉴定机构以涡阳县的钢材信息价为基础，以马钢钢材比普通钢材贵2**-300元/吨的当时周边市场行情为依据，取200元/吨计算马钢钢材的价差符合双方约定、当地市场行情和鉴定规则。港海公司主张以合肥市、马鞍山市的马钢钢材价格加上运费的方法计算马钢钢材费用没有约定依据，且异地购置钢材额外产生运费不具有合理性。同济公司主张不应在钢材信息价基础上每吨增加200元，与当时涡阳县周边市场马钢钢材信息价不符。故，对鉴定总价中马钢钢材造价608333.91元不予调整。第五，扩大适用流动施工津贴优惠差额。合同中对流动施工津贴约定按每工日1.5元计算，鉴定机构将施工流动津贴由定额3.5元每工日调整为1.5元每工日，即人工费标准由39元每工日调整为37元每工日，双方当事人均无异议。故，扩大适用流动施工津贴优惠差额426213.72元不应计入人工费，予以扣除。第六，自拌混凝土机械费和人工费。港海公司提供证据证明，双方对混凝土的约定价格低于当时市场信息价。港海公司认为约定的混凝土价格低于市场信息价，已体现了该价格不再含自拌混凝土机械费和人工费，有合理性。且双方当事人对混凝土价格有明确约定，依法不应再按定额扣除自拌混凝土机械费和人工费。同济公司虽主张双方约定的混凝土价格高于当时市场的混凝土实际成交价，对约定的混凝土价格应按定额扣除自拌混凝土机械费和人工费，但未提供相应证据证明，应承担不利后果。故，鉴定机构在鉴定总价中扣除自拌混凝土机械费和人工费460885.77元不当。第七，A9#楼基础变更工程量。双方当事人均未提供A9#楼基础变更纸质图纸，但客观上存在A9#楼基础变更电子图纸。二审中经本院释明，同济公司不同意勘验，应承担不利后果。故，在鉴定总价中增加A9#楼基础变更工程量36056.99元。第八，人工费调整。按合同约定人工费政策性调整需按50%计算，案涉工程2011年以后施工的土建、装饰、安装工程的人工费均需按50%进行政策性调整。鉴定机构对安装工程按50%调整人工费，对土建工程因无法明确2011年以后施工的具体工程量未予调整人工费，对装饰工程中2011年以后施工的部分按100%调整人工费。双方当事人对鉴定机构的人工费调整方法均无异议，故，对鉴定总价中人工费数额维持不变。第九，主要辅材价格。港海公司没有提供证据材料，鉴定机构据实计算符合鉴定规则。第十，施工人员用水用电费用，港海公司没有提供证据材料，调增施工人员生活用水用电费用没有依据。因此，对港海公司关于同济公司应当支付总包配合费和土方工程的湿土排水台班费，鉴定机构应当增加钢材价款、不扣施工人员生活用水用电费用、调整主要辅材价格的主张，本院不予采信；对同济公司关于鉴定机构应当扣除构造柱隐蔽工程量、清水模板补偿费、A10#楼人货电梯费用、马钢钢材的价差，不应增加A9#楼基础变更工程量、自拌混凝土的机械费和人工费的主张，本院不予采信；对同济公司关于不应增加差额426213.72元的主张，本院予以采信，一审判决中案涉工程结算价款总额49274279.93元应减去426213.72元，本院变更案涉工程结算价款总额为48848066.21元。
已付款方面，同济公司应承担举证责任，一审法院以港海公司自认的45012600元作为同济公司对一期工程（不含A8楼）的已付工程款，符合证据规则，与（2013）合仲字第303号仲裁裁决认定事实不冲突，本院予以采纳。本案中无需扣除质保金，因此，本院认定同济公司欠付港海公司工程款为48848066.21元-45012600元=3835466.21元。
关于争议焦点二。本案中，双方对诉争工程均同意按2009年8月11日双方就A1楼签订的《建设工程施工合同》来处理，同济公司以双方对结算报告内审结果存在争议为由，主张不应按合同约定计算违约金、利息，无法律依据，本院不予采信。按照合同约定，从2012年1月27日起按48848066.21元×95%-45012600元=1393062.89元为欠付工程款基数，从2013年9月12日起按48848066.21元×5%=2442403.31元为欠付质保金基数，以24%为利率计算欠付工程款违约金，本院予以确认。
关于争议焦点三。同济公司认为，向港海公司主张工期延误的违约责任没有超过诉讼时效，因为违约金是双方工程结算内容的一部分，工程竣工决算定案才能计算，现工程决算并未完成。同济公司的上述理由无法律依据，同济公司提起反诉的时间是2014年11月，案涉工程最晚的竣工日期为2011年9月2日，同济公司明知也应当知道港海公司工期延误，但未在法定诉讼时效予以主张，一审法院据此不予支持同济公司的工期延误违约金诉讼请求并无不妥。对同济公司上述关于诉讼时效的主张，本院不予采信。
综上所述，港海公司上诉请求不能成立，同济公司的上诉请求部分成立。依据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项、第（二）项的规定，判决如下：
一、维持安徽省合肥市中级人民法院（2014）合民一初字00676号民事判决第二项、第三项，即“二、驳回原告浙江港海建设集团有限公司的其他诉讼请求。三、驳回反诉原告安徽同济置业有限公司的反诉请求。”
二、变更安徽省合肥市中级人民法院（2014）合民一初字00676号民事判决第一项为“一、被告安徽同济置业有限公司于本判决生效之日起十日内支付原告浙江港海建设集团有限公司欠付工程款3835466.21元及相应违约金（其中以1393062.89元为基数，自2012年1月28日起算；以2442403.31元为基数，自2013年9月13日起算。以上违约金均按年利率24%标准计算，款清息止）。”
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审案件受理费96800元，保全费5000元，合计101800元，由原告浙江港海建设集团有限公司负担69493.21元，被告安徽同济置业有限公司负担32306.79元；鉴定费352000元，由原告浙江港海建设集团有限公司和被告安徽同济置业有限公司各负担176000元。反诉案件受理费44248元，保全费5000元，合计49248元，由反诉原告安徽同济置业有限公司负担。二审案件受理费93817.65元，由港海公司负担33734.48元，由同济公司负担60083.17元。
本判决为终审判决。
审 判 长 胡 小 恒
审 判 员 王 彪
代理审判员 曹 晗
二〇一七年六月一日
书 记 员 刁萌（代）
附：相关法律条文
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条
第二审人民法院对上诉案件，经过审理，按照下列情形，分别处理：
（一）原判决、裁定认定事实清楚，适用法律正确的，以判决、裁定方式驳回上诉，维持原判决、裁定；
（二）原判决、裁定认定事实错误或者适用法律错误的，以判决、裁定方式依法改判、撤销或者变更；
（三）原判决认定基本事实不清的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审，或者查清事实后改判；
（四）原判决遗漏当事人或者违法缺席判决等严重违反法定程序的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审。