上海市金山区人民法院
民 事 判 决 书
（2014）金民三（民）初字第140号
原告诉被告建设用地使用权转让合同纠纷一案，本院受理后，依法适用简易程序，后因案情复杂转为普通程序，并组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告委托代理人、被告法定代表人及委托代理人到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告诉称，上海市金山区朱吕公路某号土地使用权原登记在上海某服饰有限公司名下，实际所有人为原告。2011年4月12日，原、被告签订关于出让上述土地的《协议书》及《办证税费约定书》；2011年5月11日，经双方协商一致，就办证税费问题达成《关于办证税费约定书的补充协议》。
由于原告并未对该土地进行投资开发，为了实现土地使用权的转让，双方约定，由被告投资建设，待土建工程达到25%，符合国有土地使用权转让条件时，再以房地产项目方式进行转让；2012年4月土建工程完工，同年5月被告对土地使用权进行评估，评估价3617700元，6月对土建工程评估，评估价3501790元，在建工程总价为7119490元；2012年8月15日，原告协助被告办理了土地使用权变更手续。
根据协议约定，被告就双方之间建设用地使用权转让应向原告支付费用人民币710万元，该费用不包括办理土地上的建筑产证税费，关于土地使用权转让相关的税费，被告根据原告指令应向相关收费部门支付。现本案系争土地使用权人已变更为被告，被告于2012年8月30日收到土地使用证。根据原告核算，被告仍有款项人民币569678.40元尚未支付，被告的行为已构成迟延支付。原、被告多次就剩余款项进行沟通未果，原告遂涉讼，请求判令被告支付原告剩余款项人民币569678.40元。本案诉讼费由被告承担。
被告未作书面答辩。庭审中称，原告的诉讼请求没有事实和法律依据。原、被告间的《协议书》明确土地使用权的转让总价为710万元，2011年1月18日至2012年8月30日期间，被告共支付原告7067146.19元，只有三万多元尚未支付，故原告仅余款三万多元同意支付。
经审理查明，2006年9月6日，上海某服饰有限公司（下简称某公司）出具同意退还位于上海市金山区吕巷镇朱吕公路某号土地（下称涉案土地）给政府的承诺。2006年8月21日，原告与上海某企业发展有限公司签订《土地批租协议》，原告受让原属某公司16.73亩的土地使用权，从事生产经营或投资兴办实业。2007年8月24日，上海吕巷某公司出具关于上海某工具制造有限公司项目基建事宜的情况说明，表明已收到原告的土地款，为推进新项目开工建设，以原某公司的名义开工建设，完成基建总工程量25%后，协助原告办理具体在建项目交易手续。2011年4月12日，原、被告签订了《协议书》，约定：土地使用权转让费5，688，200元，被告分期支付土地转让费，最后一期费用应当于被告取得土地使用权证后支付等等。当时，原、被告及上海周陆企业管理咨询服务有限公司（下简称周陆公司）三方签订《办证税费约定书》，约定：以大包干形式，相关办证税费初步约定1，748，400元，包括但不限于办理土地过户手续过程中发生的营业税、土地增值税、土地过户税、教育附加税、河道建设税等税费，一直到将上海市房地产权证过户到被告名下止；上述办证税费不包括该土地上的建筑、房产证等税费；被告按7，100，000元委托周陆公司办理土地证（包括土地转让费及办证中的税费及一切其他费用）等等。2011年5月11日，上述三方签订《关于办证税费约定书的补充协议》，约定：办证税费仅指原告转让给被告土地在转让过程中所产生的各项税费及办证等费用，不包括该地块上建筑物因审计评估、税费等所产生的一切税费，建筑物由此产生的一切税费由被告承担；土地办证办税过程中所有评估、审计等均由原告出面聘请；原、被告再次确认土地转让总额为7，100，000元（不包括建筑物），被告未按约定支付剩余的2，494，100元，按2011年4月12日签订的《协议书》承担违约责任；本协议与以前双方或中介方（三方）共同签署的协议书或约定书有冲突的，以本协议为准等等。
2011年12月，涉案土地上的建筑物开始施工（由被告出资建造），2012年4月完成25.94%的工程量。2012年5月，以某公司名义委托上海申价房地产评估有限公司对涉案土地进行评估，评估价为3，617，700元；2012年6月，又委托上海东华建设造价咨询有限公司对在建工程进行审价，造价为3，501，790元，工程总价款为7，119，490元。
2012年8月15日，被告法定代表人承诺收到土地证后支付余款；因涉案土地使用权仍登记在某公司名下，2012年8月15日，原告以某公司的名义与被告签订了《在建工程转让合同》，合同标的为金山区朱吕公路某号在建工程，包括该在建工程已经完成的工程量的所有权及所涉土地的使用权，工程总价款为7，119，490元。2012年8月30日，被告法定代表人出具收条，确认收到沪房金字2012第007536号房地产权证。
诉讼中，被告主张已经实际支付原告7067146.19元，原告认为，7，067，146.19元中的印花税3559.75元重复计算，应予扣除；土地评估费35，000元实际由原告支付，协议约定应由被告承担，应予扣除；此外，根据协议约定办证税费不包括该土地上的建筑、房产证等税费，如地上建筑物评估费25，000元、房屋测绘费13，542.44元等共计498，264.84元，该税费应由被告承担，也应予扣除。综上，被告应支付给原告的款项为7，100，000-（7，067，146.19元-3559.75元-35，000元-498，264.84元）=569，678.40元。
以上事实，由原、被告营业执照、土地批租协议、关于上海某工具制造有限公司项目基建事宜的情况说明、关于上海某服饰有限公司同意退还土地的承诺、协议书、办证税费约定书、关于办证税费约定书的补充协议、便条、收条、土地评估报告、土建工程结算审价报告及发票、银行信用卡交易明细、税收通用缴款书、土地收入明细表、相关付款凭证、非税收入一般缴款书、网上银行电子回单及本院庭审笔录等证据所证实。
本院认为，涉案土地的权利人尽管登记在某公司名下，但某公司事实上已将涉案土地退还吕巷镇人民政府，吕巷镇人民政府又以上海某企业发展有限公司的名义将涉案土地重新转让给原告，原告是事实上的权利人，原告主体适格。
原、被告约定，涉案土地及地上建筑物原告以总价710万元的价格转让给被告（事实上仅仅是土地转让价格），现被告已取得房地产证，被告应当足额支付转让款。被告总计支付费用7，067，146.19元，但该款项中印花税3559.75元被告重复计算，应予扣除；另还包括土地评估费35，000元、地上建筑物评估费25，000元、房屋测绘费13，542.44元，根据协议约定，办证税费仅指原告转让给被告土地在转让过程中所产生的各项税费及办证等费用，不包括该地块上建筑物因审计评估、税费等所产生的一切税费，建筑物由此产生的一切税费也由被告承担，故土地评估费35，000元、地上建筑物评估费25，000元、房屋测绘费13，542.44元也应当在7，067，146.19元中予以扣除；营业税及附加税和契税等是根据交易金额计算征收，可以按各自的交易价格进行负担，原告要求被告承担该税费符合双方签订协议时的真实意思表示，故本案建筑物按交易价格应缴营业税等共计296，951.79元也应予扣除；而土地增值税和企业所得税与增值额有关，不能完全按照交易金额来区分，现原告没有确凿证据证明其计算方法，故原告要求对该两项税金也应分摊的主张，本院不予采信。综上，被告实际已经支付6，693，092.21元，尚应支付原告406，907.79元。
据此，依照《中华人民共和国合同法》第一百零七条、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十二条之规定，判决如下：
一、被告应于本判决生效之日起十日内支付原告人民币406，907.79元；
二、驳回原告的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本案案件受理费9496.80元，由原告负担2713.80元，被告负担6783元，被告所负之款于本判决生效之日起七日内缴纳本院。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于上海市第一中级人民法院。
审 判 长 奚利强
代理审判员 贺美娟
人民陪审员 何昌炜
二〇一四年六月二十六日
书 记 员 张 倩
附：相关法律条文
1、《中华人民共和国合同法》
第一百零七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
2、《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百四十二条法庭辩论终结，应当依法作出判决。判决前能够调解的，还可以进行调解，调解不成的，应当及时判决。