湖北省武汉市汉阳区人民法院
民 事 判 决 书
（2016）鄂0105民初4354号
原告（反诉被告）：武汉市土地整理储备中心，住所地武汉市江岸区三阳路**号*座。
法定代表人：陈明宝，该中心主任。
委托诉讼代理人：鲍玮、ＸＸ，湖北卓胜律师事务所律师，特别授权代理。
被告（反诉原告）：武汉国信房地产发展有限公司，住所地武汉市东西湖区张柏路1号（9）。
法定代表人：印涛，该公司董事长。
委托诉讼代理人：鲁军锋，湖北津廷律师事务所律师，特别授权代理。
原告（反诉被告）武汉市土地整理储备中心（以下简称土地中心）与被告（反诉原告）武汉国信房地产发展有限公司（以下简称国信公司）合同纠纷一案，本院于2015年7月13日立案受理，后作出（2015）鄂汉阳民一初字第00413号民事判决书，土地中心不服判决提起上诉，武汉市中级人民法院以（2016）鄂01民终3874号民事裁定书裁定撤销原判发回本院重审。本院于2016年11月7日立案后依法另行组成合议庭，于2017年1月10日由审判员叶凌芳担任审判长，与人民陪审员周洪元、杨官木组成合议庭，公开开庭进行了审理后，又于同年5月17日由审判员叶凌芳担任审判长，与人民陪审员周洪元、李晓霞组成合议庭，再次公开开庭进行了审理。土地中心的委托诉讼代理人鲍玮、ＸＸ、国信公司的委托诉讼代理人鲁军锋均到庭参加诉讼。本案现已审理终�。
土地中心向本院提出诉讼请求：1.请求判令被告向原告返还多支付的定向开发小户型普通商品房购房款共计人民币1261.1347万元；2.请求判令被告以日万分之一为标准向原告支付截止于全部清偿完毕之日止的逾期付款违约金；3.请求判令被告就尚未对外进行销售定向开发小户型商品房（房号9-2-0102，建筑面积80.99平方米）与原告签订《武汉市商品房买卖合同》，并协助原告办理权属变更登记手续；4.请求判令本案诉讼费用由被告承担。事实和理由：2007年12月19日，原、被告就位于汉阳区××号“国信馨园”小户型普通商品房项目的定向开发事宜签订《定向开发小户型普通商品房项目协议书》一份，协议约定原告按3534.58元每平方米的均价向被告定向购买“国信馨园”小户型普通商品房387套，该小户型普通商品房由被告向原告指定的被拆迁人进行交付，其中被拆�人按实际销售价格向被告所交纳的实际购房款一并计入原告应向被告支付的定向开发商品房总房价款内；此外，协议亦对定向开发销售价格、付款方式、结算条件及违约责任等作出明确约定，其中包括约定若截至结算之日止，被告收到的总房款（包括原告已支付的定向开发定金、定向开发购房款和被告实际收取的定向开发小户型普通商品房房款）高于原告需支付的定向开发商品房总价款时，被告应于结算之日起5个工作日内将超出部分的购房款足额返还给原告，未依约返还的，每逾期一日，应按到期应付款额的万分之一向原告支付违约金。嗣后，经原被告双方共同确认，被告就国信馨园项目实际收取的购房款远远超过协议约定原告所需支付的定向开发商品房总价款，超出金额为人民币1261.1347万元。其后，虽经原告多次催索，被告并未履行上述多付购房款的返还义务�亦未配合原告办理未售商品房的权属变更登记手续。为维护原告的合法权益，故提起诉讼。
国信公司辩称，1、2014年11月12日，被告致函原告开展对账结算工作，但至今双方未完成结算工作。被告已向原告支付73023734元，被告剩余待支付款项为8265923.1元，待与原告结算确认后支付。因双方未完成结算工作，被告应返还金额尚不确定，被告不应就此承担违约责任。2、依照原被告签订的《定向开发小户型普通商品房项目协议书》，开发小户型普通商品房买受人必须为原告负责拆迁范围内的被拆迁户。在未销售完毕时，原告仅对剩余定向开发小户型普通商品房享有实质控制权，无权与被告签订商品房买卖合同，无权主张被告协助办理权属变更登记手续。故请求法院依法驳回原告的全部诉讼请求。
国信公司向本院提出反诉请求：1判令原告向被告支付违约�1590163.94元（按应支付款项逾期每日万分之一的标准，暂计至2009年11月13日）；2判令原告承担全部反诉费用。原、被告于2007年12月19日签订《定向开发小户型普通商品房项目协议书》，根据约定，原告应当在2007年12月20日向被告支付定金人民币23310000元。实际上，原告迟延支付定金，违反约定，应向被告支付违约金234706元。根据约定，原告应当在项目竣工验收之日起30日内，指定中介公司进行核算审计，并据此确定最终定向开发销售价格，在30日内与被告对定向开发小户型普通商品房总房款进行结算，并在结算之日起5个工作日内将差额款项支付给被告。原告应支付总房款115412413.95元（3534.58元每平方米?32652.37平方米），应从2009年3月18日后按照逾期应支付款项每日万分之一的标准向被告支付违约金。
土地中心对国信公司的反诉辩称，被告的反诉请求已过诉讼时�，不应支持。根据双方就诉争项目签订的定向开发协议书，第4.2条约定原告应在被告就诉争项目取得预售许可证之日起十个工作日内支付购房定金2331万元，被告于2007年12月10日取得诉争项目的预售许可证，按照协议约定，原告最迟应予2007年12月20日支付完毕购房定金，但原告却于2008年4月24日方才支付完毕上述款项，原告迟延支付上述款项至今七年有余，在七年多的时间内，被告从未向原告提出任何要求支付违约金的权利主张，其反诉请求早已超过诉讼时效，不应得到支持。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。对当事人无异议的证据，本院予以确认并在卷佐证。根据当事人陈述和经审查确认的证据，本院认定事实如下：2007年12月19日，土地中心（乙方）与国信公司（甲方）就位于汉阳区××号“国信馨园”小户型普通商品房项目的定向开发事宜签订《定向开发小户型普通商品房项目协议书》，该协议书第一条约定：“买受人”是指乙方负责实施拆迁范围内的被拆迁户。“定向开发销售价格”是指按本协议约定的，乙方向甲方结算时，所依据的小户型普通商品房销售价格。第四条约定：4.2甲方在取得本协议定向开发普通商品房建设项目预售许可证之日起10个工作日内，乙方向甲方银行账户转付人民币2331万元，作为定向开发定金，该定金可依次冲抵乙方应支付给甲方的定向开发商品房总房款。4.3双方约定“国信馨园”小户型普通商品房项目中的以下商品住宅约32977.57平方米、387套，由甲方向乙方指定的拆迁户进行定向销售。第五条约定：5.1.（1）甲乙双方确定的定向开发销售价格按照开发成本加上6.5%利润的原则确定，（2）开发成本在项目竣工验收之日起30日内，由乙方指定甲方认可的具有相关资质的中介公司进行核算审计；目前，根据湖北海清工程造价咨询有限公司出具的《关于“国信馨园”商品房成本预算审计报告》，预算开发成本为每平方米人民币3318.85元；（3）甲乙双方初步确定的定向开发销售价格为每平方米人民币3534.58元，按此价格计算，本协议定向开发小户型普通商品房总房款约为11656.2万元；最终定向开发销售价格以竣工验收后的核算结果为准，乙方可根据需要，随时提出将上述初步确定的定向开发销售价格即每平方米人民币3534.58元，作为最终的定向开发销售价格，甲方对此表示认可；5.2买受人与甲方签订《商品房买卖合同》中的实际销售价格，由乙方根据上述定向开发销售价格并考虑乙方在定向销售过程中发生的财务、管理费用及不可预见等费用后确定一个基数，并由甲方考虑房屋结构、楼层、朝向等调节因素提出单套住宅售价的详细价格，经乙方认可后最终确定；乙方确定的本协议定向开发小户型普通商品房的实际销售价格高于定向开发销售价格的，高出部分所产生的营业税由乙方在本协议定向开发小户型普通商品房全部销售完毕之日起30日内，向甲方支付。第六条约定：6.2.（1）由乙方指定的买受人与甲方签订《商品房买卖合同》，《商品房买卖合同》中约定的合同价款须严格执行经乙方确认的定向开发小户型普通商品房实际销售价格，付款进度按照正常商品房买卖合同的约定支付，所销售的房屋价款（包括首付、按揭贷款和公积金贷款）全部进入甲方开设的账户；（2）自“国信馨园”项目竣工验收完毕具备交房条件，且项目定向开发销售价格最终确定之日起30日内，甲乙双方应分别对定向开发小户型普通商品房总房款进行结算；乙方应支付给甲方的定向开发小户型普通商品房的总房款为：最终确定的定向开发销售价格?定向开发销售小户型普通商品房实测总建筑面积，此价款可用乙方已支付的定向开发定金和甲方实际收取的定向开发小户型普通商品房房款（已支付的首付款、未收到的按揭贷款和公积金贷款均视为甲方已收取的房款）抵扣；如截至结算之日甲方所收到的总房款与定向开发定金之和高于乙方需支付给甲方的定向开发小户型普通商品房总房款时，则甲方应于结算之日起5个工作日内将差价划转到乙方指定的银行账户；如截至结算之日甲方所收到的总房款与定向开发定金之和低于乙方需支付给甲方的定向开发小户型普通商品房总房款时，则乙方应于结算之日起5个工作日内将差价支付给甲方；（3）在甲乙双方对定向开发小户型普通商品房总房款结算之日起，如仍有部分定向开发小户型普通商品房尚未销售完毕的，甲方须协助乙方在房产管理部门办理相关手续，确保乙方对剩余定向开发小户型普通商品房的实质控制权，并应继续负责剩余定向开发小户型普通商品房的销售工作，直至按乙方要求全部销售完毕；剩余定向开发小户型普通商品房的销售房款（包括按揭贷款和公积金贷款），由甲方代收，并于每月第一个工作日按实收金额全部转入乙方账户。第七条约定：甲方有权按照本协议约定收取定向开发定金和售房款，并应按约定向乙方拨付超出定向开发小户型普通商品房总价款的售房款；甲方应在办理完小户型普通商品房项目竣工验收之日起30日内，积极配合决算审计工作并提供所需的各种工程、管理、财务原始单据资料，以便确定最终的定向开发销售价格，并尽早完成甲乙双方关于总房价款的财务结算工作；乙方应按本协议约定向甲方支付定向开发定金和定向开发小户型普通商品房�价款的不足部分，并有权收回超出定向开发小户型普通商品房总房款的售房款；在甲方销售乙方定向开发小户型普通商品房时，实际销售价格可能超出定向开发销售价格，乙方应配合甲方向税务部门出具相关证明，明确甲方在本协议定向开发房源的利润仅为6.5%；双方还对其它权利义务进行了约定。第八条约定：甲方应于本协议签订之日起20日内取得项目预售许可证。甲方应于2008年12月30日前确保项目综合竣工验收完毕并达到交付使用条件。第九条约定：甲方未按本协议书约定向乙方退还超出定向开发小户型普通商品房总房款的售房款的，每逾期一日，按应付款额的万分之一向乙方支付违约金。乙方未按本协议书约定向甲方支付定向开发小户型普通商品房定金或总价款的不足部分的，每逾期一日，按应付款额的万分之一向甲方支付违约金。如逾期6个月仍未支付，�方有权解除本协议书，并由乙方承担因此给甲方造成的全部经济损失。乙方违反7.2条第三款约定（即在甲方销售乙方定向开发小户型普通商品房时，实际销售价格可能超出定向开发销售价格，乙方应配合甲方向税务部门出具相关证明，明确甲方在本协议定向开发房源的利润仅为6.5%），则乙方应据实赔偿因此给甲方造成的直接经济损失。协议书还对其它事项进行了约定。国信公司、土地中心在以上协议上签字捺印。
土地中心于2007年12月28日向国信公司支付定向开发定金5,000,000元，又于2008年4月24日向国信公司支付定向开发定金18,310,000元。
2009年2月11日，国信公司取得了汉阳区××号的武汉市商品房项目竣工交付使用备案证。
土地中心于2009年4月2日、6月2日、8月28日分三笔共向国信公司支付房款50,000,000元。
2010年3月3日，土地中心向国信公司发出联系函，明确以《定向开发小户型普通商品房项目协议书》中确定的定向开发销售单价3534.58元每平方米作为与国信公司的定向回购价格，以此价格办理回购房资金结算手续。次日，国信公司收到该联系函，对此未提出异议。
2014年11月12日，国信公司向土地中心发出回函，回函载明：“收到贵中心送达的‘国信馨园’项目催款函及《审计报告》征求意见稿，我公司高度重视，安排专人对相关内容进行了认真仔细的核对，反馈如下：我公司收到贵中心定向开发定金人民币23,310,000元及房源回购资金人民币50,000,000元，我公司实际已返还人民币68,000,000元（其中7笔人民币58000000元未开收据），余人民币5,310,000元应返还，剩余两套未安置回购房价值人民币578,610.75元，贵中心应支付我司，相抵后应结算定价内房款人民币4,731,389.25元。经计算，我司认为�中心应付我司违约金及利息人民币3,018,404.7元。我公司确认已售‘国信馨园’项目回购房385套，实际收取溢价房款人民币12,586,152.79元。溢价房款应扣除我司替贵中心垫付的空置房物业管理费、营业税金及附加、土地增值税、所得税及扣除股东投入资金占用费等。待双方确认及商议支付方式后再行结算。自2010年开始税务机关入驻我司稽查该项目，我司积极与贵中心联系敦促双方进行结算，但贵中心因房源未安置完及人员机构调整等原因，未能与我司结算。值此次贵中心来函，我司深感欣慰，我司恳请贵中心立即启动下一步的对账工作，我司将积极与贵中心保持联系，争取早日完成项目结算工作。”
国信公司提交的结算说明中载明：国信公司确认已售“国信馨园”项目386套，销售面积32571.38平方米，实际已收客户销售房款127,737,496.23元，其中定价内房款115,126,148.31元，溢价房款12,611,347.92元，尚有1套房源未安置，面积80.99平方米，溢价房款应扣除回购房空置物业费、土地使用税、土地增值税、营业税金及附加、印花税、企业所得税后余款8,265,923.1元待双方确认及商定方式后结算。
国信公司于2008年11月1日前实收房款9,679,552元，2010年4月4日前实收房款75,768,341元，2010年5月1日实收房款12,724,934元，同年5月26日向土地中心返还房款10,000,000元；2010年6月1日实收房款10,118,862元，同年6月25日向土地中心返还房款10,000,000元；2010年7月1日实收房款6,949,265元，同年7月3日向土地中心返还房款25,000,000元、2010年8月1日实收房款3,645,794元，同年8月3日向土地中心返还房款10,000,000元、2010年9月1日实收房款2,786,328元，同年9月19日向土地中心返还房款5,000,000元；2010年10月1日实收房款1,158,894元，同年10月15日向土地中心返还房款5,000,000元；2010年11月1日实收房款514,375元，2011年1月1日实收房款247,462元，同年1月18日向土地中心返还房款2,000,000元；2011年4月1日实收房款1,003,376元；2011年5月12日向土地中心返还房款1,000,000元；2011年9月1日实收房款976,664元，10月1日实收房款753,953元；2012年2月1日实收房款495,745元，3月1日实收房款253,483元，8月1日实收房款342,928元，2014年12月12日向土地中心返还房款4,000,000元、2015年1月21日向土地中心返还房款731,389.25元、2015年4月1日实收房款317,540元，4月9日向土地中心返还房款292,345.11元，综上，国信公司定向销售商品房386套、面积共计32751.38平方米、实收房款共计127,737,496.23元，尚有一套房源（房号9-2-0102，面积80.99平方米）未安置，国信公司共计向土地中心返还11笔房款总计73,023,734.36元。
2017年1月10日，湖北圣源会计师事务有限公司出具了关于《定向开发“国信馨园”小户型普通�品房项目财务结算专项审核报告》的说明，主要内容：2014年8月25日至2014年9月5日，我公司审计小组进点国信公司对“国信馨园”小户型普通商品房项目（以下简称“国信馨园项目”）截止2014年9月5日的定向销售及资金结算情况进行了审核，并于2014年9月28日出具审计报告。审计情况及相关期后事项说明如下：审核结论：经审核，截至2014年9月5日国信馨园项目387套房源，共安置销售385套，两套房源尚未安置。实际收取销售房款127,419,956元，与回购房款114,833,803.21结算差额为12,586,152.79元。土地中心国信馨园项目房源销售结算差额应承担的税金727,036.38元。国信公司未按协议约定返还土地中心国信馨园项目销售房款应承担的违约金为3,033,082.59元。审计报告意见的反馈情况。2014年11月13日，国信公司向土地中心提交了《关于对湖北圣源会计师事务有限公司〈定向开发“国信馨�”小户型普通商品房项目财务结算专项审核报告〉（征求意见稿）的审核意见》的回函，回函仅对税费（不含营业税及附加）提出异议，对应付土地中心的销售房款及违约金无异议。二、期后事项说明：审计截止日后至2017年1月10日，国信公司分三笔返还土地中心销售房款共计5,023,734.36元，并安置销售房源一套，房号4-2-0203，实测面积82.71平方米，销售收款317,540元。截至2017年1月10日，土地中心“国信馨园”项目387套房源，共安置销售386套，尚有一套房源未安置（房号9-2-0102，实测面积80.99平方米）。土地中心应收国信公司“国信馨园”项目结算款16,058,339.83元，其中：应收销售房款12,611,347.69元（销售房款127,737,496元与约定回购房款115,126,148.31元的结算差额）、违约金4,175,464.63元，应付国信公司代垫中心房款结算差额税金728,472.49元。
土地中心、国信公司就回购房款返还事宜协商未果，土地中心起诉来院。本案在审理过程中，经人民法院主持调解，双方未能达成一致协议。
本院认为，土地中心与国信公司签订的《定向开发小户型普通商品房项目协议书》系双方的真实意思表示，未违反法律的禁止性规定，合法有效，应受法律保护，双方均应当按照约定全面履行自己的义务。协议约定定向开发小户型普通商品房建筑面积约32977.57平方米、387套。实际上，定向开发小户型普通商品房实测面积为32652.37平方米、387套，国信公司定向销售建筑面积为32571.38平方米、386套，实收房款127,737,496元。“国信馨园”项目于2009年2月11日取得竣工交付使用备案证，国信公司于2010年3月4日收到土地中心确定以定向开发销售单价3,534.58元每平方米作为回购房价格的联系函，根据协议第五条5.1.（3）约定，双方最终确定项目定向开发销售价格3534.58元每平方米的时间为2010年3月4日，根据协议书第六条6.2.（2）约定，双方应在2010年4月4日前分别对定向开发小户型普通商品房总房款进行结算，此时，土地中心应支付国信公司总房款为115,412,413.95元（3,534.58元每平方米*32652.37平方米），此价款可用土地中心已支付的定向开发定金23,310,000元和国信公司实际收取的房款158,757,893元（买受人支付的房款85,447,893元+土地中心支付的房款50,000,000元）抵扣，国信公司收到的总房款与定向开发定金之和已高于土地中心应支付的总房款，国信公司应于结算之日起5个工作日内（最迟时间为2010年4月10日）将差价43,345,479.05元划转到土地中心指定的银行账户。但国信公司未按约定向土地中心支付该差价部分，截至2010年4月10日，国信公司欠付土地中心43,345,479.05元。故国信公司反诉土地中心支付违约金的诉讼请求中，要求土地中心从2009年3月18日后按照逾期应支付款项115,412,413.95元每日百分之一的标准向其支付违约金的部分，本院不予支持。依协议书第四条4.2约定，土地中心应于2007年12月20日向国信公司支付定金23,310,000元，土地中心实际于2008年4月24日支付完毕，国信公司没有证据证明其此后向土地中心主张过违约金，故其要求土地中心支付该笔定金的违约金的诉讼请求，已超过法律规定的诉讼时效，本院不予支持。2010年4月10日后，国信公司继续负责剩余商品房的销售，从2010年5月1日至2015年4月1日，国信公司实际代收房款42,289,603元，但未按协议第六条6.2.（3）约定于每月第一个工作日将实际金额全部转入土地中心账户。国信公司于2010年5月26日至2015年4月9日陆续向土地中心返还房款73,023,734.36元，但2015年4月9日后未再返还房款，共欠付土地中心房款12,611,347元（43,345,479.05元+42,289,603元-73,023,734.36元�，故国信公司应承担相应违约责任，考虑到国信公司在2015年4月9日前均有返还房款，仍在履行协议约定，故逾期付款违约金的起算时间从2015年4月10日计算较为妥当。至今，“国信馨园”项目剩余1套房源（房号9-2-0102，实测面积80.99平方米）未销售。双方在协议书第六条6.2（3）约定，在双方对定向开发小户型普通商品房总房款结算之日起，如仍有部分定向开发小户型普通商品房尚未销售完毕的，甲方须协助乙方在房产管理部门办理相关手续，确保乙方对剩余定向开发小户型普通商品房的实质控制权，对于至今未销售的房源（房号9-2-0102，实测面积80.99平方米），为保证土地中心对其的实质控制权，国信公司应协助土地中心在房产管理部门办理过户手续。根据协议书第五条5.2“土地中心确定的本土协议定向开发小户型普通商品房的实际销售价格高于定向开发销售价格的，高出部分所产生的营业税由土地中心在本协议定向开发小户型普通商品房全部销售完毕之日起30日内向国信公司支付”之约定，土地中心只承担房款高出部分（127,737,496元-115,126,148.31元）产生的营业税，故国信公司主张未结算房款12,611,347元中应扣除其垫付的未安置房物业费、未安置房应纳土地使用税、土地增值税及附加、印花费、企业所得税的抗辩意见，本院不予采信。依照《中华人民共和国合同法》第四十四条、第六十条、第一百零七条、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十二条的规定，判决如下：
一、武汉国信房地产发展有限公司于本判决生效之日起十五日内向武汉市土地整理储备中心返还超收的定向开发小户型普通商品房房款12,611,347元；
二、武汉国信房地产发展有限公司于本判决生效之日起十五日内以日万分之一的标准向武汉市土地整理储备中心支付逾期付款违约金（以12,611,347元为本金，计算时间自2015年4月10日起至本判决生效之日止）；
三、武汉国信房地产发展有限公司应于本判决生效之日起十五日内协助武汉市土地整理储备中心在房产管理部门办理房号为9-2-0102，实测面积80.99平方米房屋的过户手续；
四、驳回武汉市土地整理储备中心的其他诉讼请求；
五、驳回武汉国信房地产发展有限公司的反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费120,001元及保全费5,000元由武汉国信房地产发展有限公司承担承担，此款武汉市土地整理储备中心已交纳，武汉国信房地产发展有限公司于本判决生效之日起十五日内将应承担的款项直接支付给武汉市土地整理储备中心。反诉受理费9,556元由武汉国信房地产发展有限公司承担（已交纳）。
如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数或者代表人的人数提出副本，上诉于湖北省武汉市中级人民法院。
审 判 长 叶凌芳
人民陪审员 周洪元
人民陪审员 李晓霞
二〇一七年六月二十日
书 记 员 刘 朝