四川省自贡市沿滩区人民法院
民 事 判 决 书
（2016）川0311民初39号
原告（反诉被告）四川省兆仓建筑有限公司，住所地自贡市。
法定代表人吴兆仓，总经理。
委托代理人熊海东，男，住自贡市大安区，该公司员工。
委托代理人余礼用，自贡恐龙法律服务所法律工作者。
被告（反诉原告）四川丹罗斯环保科技有限公司，住所地自贡市沿滩区。
法定代表人邱晓红，总经理。
委托代理人廖涛，四川宏宗律师事务所律师。
被告（反诉原告）四川蓝天之星环保科技有限公司，住所地自贡市沿滩区。
法定代表人邱晓红，总经理。
委托代理人廖涛，四川宏宗律师事务所律师。
原告（反诉被告）四川省兆仓建筑有限公司（以下简称四川兆仓建司））诉被告（反诉原告）四川丹罗斯环保科技有限公司（以下简称四川丹罗斯公司）、四川蓝天之星环保科技有限公司（以下简称四川蓝天之星公司）建设工程合同纠纷一案，本院于2016年1月5日立案受理后，依法适用简易程序，由代理审判员喻婷适用简易程序，于2016年3月18日公开开庭进行了审理，后因案情复杂，本案依法于2016年5月31日转为普通程序，由代理审判员喻婷担任审判长，与人民陪审员江声友、曾友智组成合议庭，于2016年6月27日公开开庭进行了审理。原告（反诉被告）四川兆仓建司委托代理人余礼用、熊海东、被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、四川蓝天之星公司委托代理人廖涛到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告（反诉被告）四川兆仓建司诉称：2013年11月8日，原告（反诉被告）四川兆仓建司与被告（反诉原告）四川丹罗斯公司签订了《建设工程施工合同》，被告（反诉原告）四川丹罗斯公司将位于自贡市沿滩区工业开发集中区内“四川省丹罗斯机械制造产业基地建设工程二期工程3#车间、2#门卫室”（在合同签订后变更为四川蓝天之星环保科技产业基地3#车间、2#门房）交由原告（反诉被告）四川兆仓建司承包建设。双方就该工程承建的范围、工期、造价收费标准、工程价款及支付方式及违约责任等内容都做了明确约定。合同签订后，原告（反诉被告）四川兆仓建司按照合同约定履行了义务，至2015年1月12日，二期工程通过竣工验收合格。2015年1月27日，双方办理了竣工造价结算，工程结算价10872630元。在施工过程中，被告（反诉原告）四川丹罗斯公司未按照合同约定支付进度款，也未按约定履行结算款的义务。办理结算至今尚欠原告（反诉被告）四川兆仓建司工程款4166451.10元（不含未到期的质量保修金326178.9元），已经属于严重违约。被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、四川蓝天之星公司的违约行为给原告（反诉被告）四川兆仓建司带来了巨大损失，被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、四川蓝天之星公司应该按照合同约定按银行同期贷款利息支付违约金。由于在合同签订后，合同主体由被告（反诉原告）四川丹罗斯公司变为了被告（反诉原告）四川蓝天之星公司，原四川丹罗斯机械制造公司变更为了四川丹罗斯环保公司，被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、四川蓝天之星公司对债权债务应当承担连带清偿责任。为尽快解决纠纷，双方同意于2015年2月9日向自贡市仲裁委员会申请仲裁，达成了调解协议，但被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司拒不履行，在执行过程中提出了执行异议，导致无法执行。故原告（反诉被告）四川兆仓建司诉至法院，请求判令：1.被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司连带支付所欠原告（反诉被告）四川兆仓建司二期工程款4166451.10元（不含未到期保修金326178.90元，在质保期到期后一周内支付原告）；2.被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司连带支付所欠原告（反诉被告）四川兆仓建司工程款利息542899.85元（按合同约定分段计算至起诉之日），并请求按合同约定支付起诉之日后欠付利息至付清为止；3.被告（反诉原告）四川兆仓建司享有工程款优先受偿权；4.本案的诉讼费、保全费及仲裁产生的仲裁费用由被告（反诉被告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司承担。
被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司辩称：1.被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司欠原告（反诉被告）四川兆仓建司的工程款没有诉求上记载的金额那么多，具体金额在举证期间确定；2.工程款利息的问题，被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司认为应当按照备案合同的约定，即同期贷款利率进行计算；3.被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司认为原告（反诉被告）四川兆仓建司的起诉超过竣工之日起6个月，对工程款没有优先受偿权；4.原告（反诉被告）四川兆仓建司在仲裁中花费的仲裁费属于其选择救济方式产生的费用，仲裁调解书已经被沿滩法院裁定不予支持，该费用应当由原告（反诉被告）四川兆仓建司承担。
被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、四川蓝天之星公司反诉称：被告（反诉原告）四川丹罗斯公司与原告（反诉被告）四川兆仓建司经招投标后，于2013年11月8日签订关于建设四川省丹罗斯机械制造产业基地建设工程二期3#车间及门房工程的《建设工程施工合同》，并经自贡市城乡规划建设和住房保障局招投标备案。该合同约定项目于2013年12月8日开工，2014年4月20日竣工，总工期日历天数132天。项目开工建设后，原告（反诉被告）四川兆仓建司未积极履行合同，工程工期严重超期，截止2014年12月29日才竣工并验收，实际工期逾期253天。根据合同约定，原告（反诉被告）四川兆仓建司应该向被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、四川蓝天之星公司支付逾期竣工违约金300000元，故被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、四川蓝天之星公司提起反诉，请求判令：原告（反诉被告）四川兆仓建司支付被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、四川蓝天之星公司违约金300000元；2.反诉受理费由原告（反诉被告）四川兆仓建司承担。
原告（反诉被告）四川兆仓建司辩称：1.工期逾期是事实，但是逾期的责任在被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、四川蓝天之星公司，原告（反诉被告）四川兆仓建司不应当承担责任，由于工程涉及变更，应当以实际施工确定施工工期，被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、四川蓝天之星公司没有按照合同约定支付工程款，严重影响了工程进度，由于因材料订货、施工图纸、对室内吊顶施工不明确，加上春节放长假，天气恶劣等非原告（反诉被告）四川兆仓建司的原因，责任在被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司；2.2014年4月5日原告（反诉被告）四川兆仓建司书面反映要求工期顺延，被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司及监理单位负责人都签字确认了同意延长工期；3.双方在办理结算时，被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司没有追究工期延长的违约责任，原告（反诉被告）四川兆仓建司也没有追究未按时付款的违约责任，合同是有约定的，在结算时，双方均未追究，视为对双方的行为不再追究。
原告（反诉被告）四川兆仓建司为支持自己的诉讼主张，向本院提交了以下证据：
1.营业执照、组织机构代码证，拟证明原告（反诉被告）四川兆仓建司系依法注册的法人单位；
2.法定代表人身份证明，拟证明吴兆仓系原告（反诉被告）四川兆仓建司的法定代表人；
3.被告（反诉原告）四川蓝天之星公司营业执照、组织机构代码证、税务登记证，拟证明被告（反诉原告）四川蓝天之星公司于2014年4月9日依法注册登记；
4.被告（反诉原告）四川丹罗斯公司营业执照、组织机构代码证、税务登记证及工商信息，拟证明被告（反诉原告）四川丹罗斯公司于2011年1月18日依法注册登记，于2015年8月12日变更为四川丹罗斯环保科技有限公司；
5.自规建住函【2014】545号及情况说明，拟证明被告（反诉原告）四川蓝天之星公司系被告（反诉原告）四川丹罗斯公司分立出来新成立的一家公司，其该诉争工程的二期工程由其进行建设；
6.建设工程施工合同（二期工程），拟证明2013年11月8日，原告（反诉被告）四川兆仓建司与被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司签订合同，建立建筑工程承包合同关系，将该诉争工程中二期工程交由原告（反诉被告）四川兆仓建司承包建设；
7.竣工验收报告，拟证明二期工程（原四川丹罗斯机械制造产业基地二期工程3#车间、2#门房）于2015年1月12日竣工验收合格；
8.工程竣工结算确认表（2015年1月27日备案），拟证明双方确认并报上级主管部门审定确认备案的二期工程结算总价为10872630.00元；
9.付款清单，拟证明至2015年12月30日止，已支付工程款（二期工程）6380000.00元，尚欠工程款4492630.00元，扣除3%保修金326178.90元后应付工程款4166451.10元；
10.欠付工程款利息清单，拟证明按双方合同约定应付所欠工程款利息542899.85元；
11.执行裁定书，拟证明1.2015年12月29日经人民法院作出裁定，对仲裁协议（自仲裁（2015）民字第14、15号调解书）裁定不予执行，原告（反诉被告）四川兆仓建司向人民法院提起诉讼符合法律规定；2.原告（反诉被告）四川兆仓建司与被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司对本工程（二期工程）造价金额发生了争议。
被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司为支持自己的诉讼主张，向本院提交了以下证据：
1.营业执照、法定代表人身份证明，拟证明被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司的主体资格；
2.建设工程施工合同（备案）、建设工程施工合同（施行本），拟证明一期二期工程经自贡市城乡规划建司和住房保障局备案，以及证实双方权利义务关系；
3.收据、转账凭证及其他付款凭证，拟证明被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司支付工程款1550万元；
4.承兑汇票一份，拟证明原告（反诉被告）四川兆仓建司已经收到退回的保证金20万元；
5.说明一份，拟证明原告（反诉被告）四川兆仓建司没有出具税票，应该扣除14万的税金。
另外，本院依法在被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司处调取了一份二期工程土建部分结算总价（按实际合同结算），金额为5977750元。
经庭审质证，被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司对原告（反诉被告）四川兆仓建司举示的对证据1、2、3、4、5无异议，对证据5二期工程被告（反诉原告）四川丹罗斯公司认为签订的合同已经由被告（反诉原告）蓝天公司承担了债权债务，被告（反诉原告）四川丹罗斯公司不应当承担责任；对证据6真实性、合法性无异议；对证据7无异议，能够证明原告（反诉被告）四川兆仓建司的工期严重超期；对证据8三性均有异议，总的结算金额是不真实的；对证据9无异议，一期、二期总共支付给原告（反诉被告）四川兆仓建司的是1550万元；对证据10三性均有异议，应当按照备案合同，原告（反诉被告）四川兆仓建司计算利息的依据不是按照合同约定的计算，应当按照欠款金额和同期贷款利率计算；对证据11无异议。
原告（反诉被告）四川兆仓建司对被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司举示的证据对证据1无异议；对证据2备案合同三性无异议，对实行本真实性无异议，合法性有异议，根据相关法律规定，与备案合同不一致，应当以备案合同为准；对证据3无异议，被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司支付工程款1550万元；对证据4无异议；对证据5真实性、合法性无异议，但是具体差好多发票上面写的不清楚，以实际的为准。
对本院依法调取的二期工程结算总价5977750元，原告（反诉被告）四川兆仓建司对该证据有异议，认为：1.总价不合法：没有经造价机构审定认可；与中标备案合同的约定发生了实质的改变，是按照补充合同的约定进行的计算；2.造价内容不真实，不能反映出是二期工程的结算总价，总价应当包括承包的钢结构工程，该总价的内容是不真实的；3.这份结算的依据是在该工程已经报备案后，通过仲裁委员会进行仲裁，被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司承诺按照调解书在三个月内支付尾款的情况下，原告（反诉被告）四川兆仓建司才同意让利10%，按照该结算总价支付，而被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司没有按照仲裁裁决执行，因此该结算不产生效力。
被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司对该证据的质证意见为：对土建部分结算的金额有异议，认可该结算是按照实际合同计算的，实际合同是再下浮10%，所以对这个结算行为认可，但是金额应当再下浮7%；竣工结算总价是经过原告（反诉被告）四川兆仓建司与被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司盖章及双方的代理人或者是原告（反诉被告）四川兆仓建司的造价员盖章，说明结算的行为是真实的，同时对原告（反诉被告）四川兆仓建司认为竣工总价不予采信的观点是错误的，双方为了办理产权证，制作了虚假的竣工结算，且出具了说明的，竣工结算确认书双方认可只是暂定金额，此金额只是为了备案，实际金额按照双方实际结算的为准，原告（反诉被告）四川兆仓建司提出有仲裁调解书，但是该调解书已经被裁定不予执行，双方对土建部分是进行了结算的，对于钢结构部分，虽然签订的是固定包干，但是还是应当计算价格，所以原告（反诉被告）四川兆仓建司提供的按备案合同结算的结算书上的金额是虚假的。
本院对本诉部分，原告（反诉被告）四川兆仓建司与被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司举示的证明材料，作如下认定：
对原告（反诉被告）四川兆仓建司举示的证据1-7、9、11对证据三性被告无异议，本院予以认可；对证据8的结算，原告（反诉被告）四川兆仓建司向被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司出具了说明认可是暂定金额，本院不予确认；对证据10的利息系原告（反诉被告）四川兆仓建司单方计算，本院将依法进行处理。
对被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司举示的证据1-2、5，原告（反诉被告）四川兆仓建司对证据三性无异议，本院予以认可；对证据3、4，原告（反诉被告）四川兆仓建司无异议，确认已经收到共计1550万元的事实，本院予以确认。
对本院在被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司处调取的结算总价5977750元，本院认为双方均加盖有公司公章，且在庭审过程中双方均认可有该结算事实，本院予以确认。
被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司为支持自己的诉讼主张，向本院提交了以下证据：
1.营业执照、法定代表人身份证明，拟证明被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司的主体资格。
2.竣工验收备案书，拟证明原告（反诉被告）四川兆仓建司工期严重超期的事实。
原告（反诉被告）四川兆仓建司为支持自己的诉讼主张，向本院提交了以下证据：
1.建筑工程施工合同，拟证明根据第二条、四条的约定，完成工程造价568万元时，其施工日期为132天，根据专用条款7、5、1的约定，因发包人原因导致工期延误的工期按实顺延，专用条款中对工期延长的确定方法是以增加的工程造价确定，根据专用条款第12.4条约定，每月计量计算，次月支付工程进度款；
2.补充合同，拟证明根据补充合同12.1条约定，应付工程量进度款的60%，根据第8条约定，因承包人的原因工程工期延误时，则延误时间每天3000元计算，在工程结算中扣除；
3.第二期工程延长工期的报告证实，拟证明工期延长主要是因材料订货、施工图纸、自然天气恶劣、工程款未及时支付，春节放长假等原因造成；
4.二期工程已付工程款对账单，拟证明至2014年12月工程竣工验收时仅支付了工程进度款170万元。
（反诉部分），经庭审质证，原告（反诉被告）四川兆仓建司对被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司举示的证据对证据1无异议；对证据2真实性、合法性无异议，但是关联性有异议，不能证明工期的延长是被反诉人的责任。
被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司对原告（反诉被告）四川兆仓建司举示的证据对证据1无异议，对证明目的有异议，不能证明双方是按实际工期进行结算的；对证据2无异议，但是对证明目的有异议；对证据3三性有异议，没有被告的盖章，无法确认真实性，对春节放假是原告（反诉被告）四川兆仓建司在签订合同时应当考虑的，不应当作为推卸责任的理由，其他理由没有证据证明；对证据4未发表质证意见。
本院对反诉部分，原告（反诉被告）四川兆仓建司与被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司举示的证据，做如下认定：
被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司对原告（反诉被告）四川兆仓建司的证据均无异议，本院予以确认。
原告（反诉原告）四川兆仓建司对被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司举示的证据1、2无异议，本院予以确认；对证据3系原告（反诉被告）四川兆仓建司自行出具，并无被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司盖章确认，本院不予确认；对证据4被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司虽未发表质证意见，但是经本院核实，被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司确实没有按照合同约定按时足额支付工程款，截止2014年12月仅支付170万元，对该证据本院予以确认。
经审理查明：2013年11月8日，原告（反诉被告）四川兆仓建司与四川丹罗斯机械制造有限公司（后变更为被告（反诉原告）四川丹罗斯公司）签订一份《建设工程施工合同》，约定了原告（反诉被告）四川兆仓建司为被告四川丹罗斯公司承建名称为四川丹罗斯机械制造产业基地二期3#车间、2#门房建设工程（以下简称二期工程），工程内容包括3#车间2#门房，开工日期为2013年12月8日，竣工日期为2014年4月20日，总工期为132个日历天，合同价款为568万元。该合同进行了招投标备案登记。同日，原告（反诉被告）四川兆仓建司与被告（反诉原告）丹罗斯公司就同一工程内容再次签订了一份《建设工程施工合同》（施行本），该施行本合同约定，原告（反诉被告）四川兆仓建司承建被告（反诉原告）丹罗斯公司产业基地二期3#车间、2#门房工程，合同价款为土建部分2000000元（以竣工计算金额为准），钢结构工程部分为包干价3968000元；工程款的支付方式为工程竣工验收合格后一个月内付到总额的80%，六个月时付到85%，九个月时付到90%，一年时付到97%，其余3%作为质量保修金，质量保修金在两年时全部付清（其中留1万元在保修期满五年时支付，保修金无息），若付款金额低于约定数量的未付款部分，在约定应该付款时间的一个月后开始计算资金利息，第一月的资金利息按照1%计算，第二月起的资金利息按照2%计算。合同签订后，原告（反诉被告）四川兆仓建司进行了施工，该工程于2014年12月29日进行了竣工验收，并进行了竣工结算，结算金额为10872630元。结算后，原告（反诉被告）四川兆仓建司出具了的说明一份，载明原告（反诉被告）四川兆仓建司认可按照备案合同结算的金额只是作为备案用，该工程的实际结算由双方协商约定。后双方按照签订的施行本合同再次对土建部分的价格进行了结算，结算金额为5977750元。2013年11月8日，原告（反诉被告）四川兆仓建司与被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司就该工程项目的一期工程签订有一份施工合同，合同结算总价为9587536元。在一、二期工程施工过程中，被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司一共向原告（反诉被告）四川兆仓建司支付了工程款1550万元。原告（反诉被告）四川兆仓建司认为在二期工程竣工验收后，被告（反诉原告）四川丹罗斯公司尚欠工程款未支付，被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司认为原告（反诉被告）四川兆仓建司迟延竣工，应该按合同约定承担违约金，故双方诉至法院。
上述事实，有原告（反诉被告）四川兆仓建司与被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司提供的证据及庭审笔录予以佐证。
本院认为：本案中，原告（反诉被告）四川兆仓建司与被告（反诉原告）四川丹罗斯公司、蓝天之星公司争议的有如下焦点：
一、如何认定双方履行的合同。
原告（反诉被告）四川兆仓建司与被告（反诉原告）丹罗斯公司就同一工程内容签订了两份建设工程施工合同，其中一份用于招投标备案（以下简称备案合同），一份用于实际履行（以下简称实行合同），双方对两份合同的真实性并无异议。原告（反诉被告）四川兆仓建司在庭审中认为双方履行的是备案合同，而被告（反诉原告）丹罗斯公司、蓝天之星公司认为双方是履行的实行合同。原告（反诉被告）四川兆仓建司举示的竣工结算单的结算金额系以备案合同为准进行的结算，结算金额为10872630元。但同时被告（反诉原告）丹罗斯公司、蓝天之星公司举示了一份原告（反诉被告）四川兆仓建司出具的说明一份，载明原告（反诉被告）四川兆仓建司认可按照备案合同结算的金额只是作为备案用，该工程的实际结算由双方协商约定，以双方签订的补充合同即实行合同共同确认的实际结算金额为准。虽然《最高人民法院关于审理建设施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定“应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”，此规定主要是防止低价中标，确保工程质量，但合同当事人都有变更合同的权利，既然本案原、被告对于工程价款结算都明确表示以实行合同来履行并结算，故本案双方履行的合同应以实行合同为准，双方应该按照实行合同计算工程价款和履行约定义务。
二、本案的合同主体问题。
原告（反诉被告）四川兆仓建司在起诉中要求被告（反诉原告）丹罗斯公司、蓝天之星公司连带支付工程款，理由是合同的主体变更为了蓝天之星公司，而合同是原告（反诉被告）四川兆仓建司与被告（反诉原告）丹罗斯公司签订，因此应当由合同签订人和合同变更后的主体共同承担责任，即被告（反诉原告）丹罗斯公司应该对债权债务承担连带清偿责任。本院认为被告（反诉原告）丹罗斯公司与被告（反诉原告）蓝天之星公司系两个独立存在的法人，虽然合同签订的主体为被告（反诉原告）丹罗斯公司，但被告（反诉原告）丹罗斯公司并未参加到合同的履行过程中，工程的施工款项均是由被告（反诉原告）蓝天之星公司支付，原告（反诉被告）四川兆仓建司对合同主体变更为被告（反诉原告）蓝天之星公司的事实也予以了认可，被告（反诉原告）丹罗斯公司不应作为本案合同的相对方，被告（反诉原告）蓝天之星公司才是本案合同的实际履行者以及工程的发包方，合同的权利义务应当由被告（反诉原告）蓝天之星公司承担和履行，故对原告（反诉被告）四川兆仓建司要求被告（反诉原告）丹罗斯公司、蓝天之星公司连带支付工程款的诉求，本院不予以支持。
三、已支付款项和应付款项的确定。
原告（反诉被告）四川兆仓建司完成了工程施工，并进行了竣工验收结算，被告（反诉原告）蓝天之星公司应该按照合同约定支付原告（反诉被告）四川兆仓建司工程款。但工程结算金额是按照备案合同进行的结算，被告（反诉原告）丹罗斯公司、蓝天之星公司在本案工程以及一期工程中，一共支付了原告（反诉被告）四川兆仓建司1550万元，被告（反诉原告）丹罗斯公司、蓝天之星公司称两个工程是混同付款，无法提供一、二期工程分别支付的款项。但根据双方举示的证据，二期工程的签订时间为2013年11月8日，则该日期之前的付款均应是支付的一期工程款项，且被告（反诉原告）丹罗斯公司、蓝天之星公司对原告（反诉被告）四川兆仓建司举示的付款清单并无异议，故该付款清单载明的截止日期2015年12月30日，以被告（反诉原告）丹罗斯公司名义共计支付款项为872万元，其余款项均为被告（反诉原告）丹罗斯公司代被告（反诉原告）蓝天之星公司或被告（反诉原告）蓝天之星公司直接向原告（反诉被告）四川兆仓建司支付本案二期工程款。除此之外，被告（反诉原告）丹罗斯公司、蓝天之星公司又向原告（反诉被告）四川兆仓建司支付了40万元，其中20万元双方均认可为支付的二期工程钢结构款项，三者相加正好是被告（反诉原告）丹罗斯公司、蓝天之星公司支付的总款项1550万元。在一期工程另案的处理过程中，本院查明被告（反诉原告）丹罗斯公司向原告（反诉被告）四川兆仓建司已支付工程款8920000元，故本案二期工程中被告（反诉原告）蓝天之星公司已支付的工程款金额应为6580000元。
四、结算金额及逾期付款利息如何确定。
本案中双方均应以实行合同的约定来履行，包括土建和钢结构部分，钢结构部分按照实行合同以包干价3968000元为准，对于土建部分的结算本院调取了一份原告（反诉被告）四川兆仓建司与被告（反诉原告）丹罗斯公司就实行合同进行过结算的计算总价，合计为5977750元，该份证据在审理过程中双方认可实行合同的土建部分结算总价为5977750元，但原告（反诉被告）四川兆仓建司认为该结算总价是在被告（反诉原告）丹罗斯公司、蓝天之星公司履行仲裁调解书的前提下才认可，否则应该按照备案合同的结算总价付款。本院认为，本案实际履行的合同为实行合同，且实行合同的计算总价5977750元双方均盖章确认，则结算总价也应该按照实行合同来进行结算和支付，故原告（反诉被告）四川兆仓建司认为应按备案合同结算总价支付以及被告（反诉原告）蓝天之星公司认为应在实行合同结算总价下再下浮7%的主张，理由均不充分，本院均不予支持。二期工程总价款应为实行合同结算总价5977750元加上钢结构工程包干价3968000元，合计总价款共计为9945750元，扣除被告（反诉原告）蓝天之星公司已经支付的6580000元，尚余3365750元应支付，因质保期未满，质保金298372.5元应在质保期满且无质量问题后支付，故本案中被告（反诉原告）蓝天之星公司应付款项为3067377.5元。
除应付的工程款外，按照合同约定，被告（反诉原告）蓝天之星公司还应该就逾期付款的违约行为承担违约责任。双方在合同中约定，在约定应付时间的一个月后开始计算资金利息，第一月的利息按1%计算，第二个月开始按照2%计算，本院认为该逾期付款利息系双方当事人真实意思表示，应为有效，其中第一月的利息按1%计算资金占用损失符合建设施工合同的客观情况，本院予以确认；第二个月开始按照2%计算，即月息为2分，显然该利息约定过高，应依法进行调整，本院根据原、被告履行合同的实际情况以及被告（反诉原告）蓝天之星公司违约的过错程度及建筑市场行情，酌情调整为按照中国人民银行同期贷款基准利率的四倍支付利息至付清为止较为适宜。因合同约定的付款时间为工程竣工验收合格后一年付到97%，其余的3%作为质保金，而案涉工程竣工时间为2014年12月29日，则上述应付工程价款时间应为2015年12月29日，故利息的计算时间应从2015年12月30日开始计算。
五、工程优先受偿权确认问题及仲裁费的承担问题。
根据《最高人民法院关于建设工程价款优先受偿权问题的批复》第四条“建设工程承包人行使优先权的期限为六个月，自建设工程竣工之日或者建设工程合同约定的竣工之日起计算。”的规定，本案涉案工程的竣工之日为2014年12月29日，已经超过上述规定的六个月期限，故原告（反诉被告）四川兆仓建司要求享有工程款优先受偿权的主张，本院不予支持。关于本案仲裁费用的承担问题，原告（反诉被告）四川兆仓建司与被告（反诉原告）丹罗斯公司在起诉前曾申请仲裁，但仲裁决定已经由人民法院裁定撤销，该仲裁的仲裁费用应该由申请方负担，原告（反诉被告）四川兆仓建司要求被告（反诉原告）蓝天之星公司承担仲裁费用的请求，于法无据，本院不予支持。
六、反诉部分的处理。
根据双方举示的证据，二期工程的竣工时间为2014年12月29日，与合同约定的竣工日期相差253天，存在工程逾期情况，双方对逾期事实均无异议。根据合同约定，因承包人原因逾期竣工的，每天的违约金为3000元；发包人未按约定预付款及进度款的，承包人也有权停工。原告（反诉被告）四川兆仓建司举示的被告（反诉原告）蓝天之星公司的付款清单表明，截止2014年12月29日竣工时，被告（反诉原告）蓝天之星公司仅仅向原告（反诉被告）四川兆仓建司支付了170万元，违反了付款进度的约定，原告（反诉被告）四川兆仓建司的逾期竣工行为不构成违约，故被告（反诉原告）蓝天之星公司要求原告（反诉被告）四川兆仓建司承担逾期竣工的违约责任的主张，于法无据，本院不予支持。
综上，根据《中华人民共和国合同法》第八条、第六十条、第一百零七条、第一百一十三条、第二百六十九条、第二百七十九条、《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释（二）》第二十九条、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条、第十八条之规定，判决如下：
一、被告（反诉原告）四川蓝天之星环保科技有限公司于本判决生效之日起十日内支付原告（反诉被告）四川省兆仓建筑有限公司工程款3067377.5元及利息（利息从2015年12月30日开始计付，其中2015年12月30日至2016年1月30日期间的利息按照月息1%给付，2016年1月30日后的利息按照中国人民银行同期贷款基准利率的四倍计付至款项付清为止）；
二、驳回原告（反诉被告）四川省兆仓建筑有限公司的其他诉讼请求；
三、驳回被告（反诉原告）四川丹罗斯环保科技有限公司、四川蓝天之星环保科技有限公司的反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费31336元，保全费5000元，合计36336元，由被告四川蓝天之星环保科技有限公司负担；反诉案件受理费5800元，由被告（反诉原告）四川丹罗斯环保科技有限公司、四川蓝天之星环保科技有限公司负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于四川省自贡市中级人民法院。并向四川省自贡市中级人民法院预交上诉案件受理费31336元，对财产案件提起上诉的，案件受理费按照不服一审判决部分的上诉请求预交。在上诉期满后7日内仍未交纳的，按自动撤回上诉处理（收款单位：四川省共享非税收入户，开户行：建行自贡分行营业部，账号：10151061860824103500900003）。
审 判 长 喻 婷
人民陪审员 曾友智
人民陪审员 江声友
二〇一六年七月十八日
书 记 员 勾廷凤