江苏省淮安市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）淮中商初字第00009号
原告（反诉被告）上海明通投资管理有限公司，住所地上海市嘉定区嘉朱公路1758号Z区。
法定代表人徐春明，该公司董事长。
委托代理人章炳骏，江苏冠誉律师事务所律师。
原告（反诉被告）董爱华，个体户。
委托代理人章炳骏，江苏冠誉律师事务所律师。
被告淮安市淮安区人民政府，住所地江苏省淮安市淮安区西长街101号。
法定代表人施恩佩，该区代区长。
委托代理人孔庆卫，江苏山阳律师事务所律师。
被告（反诉原告）淮安市淮安区化工集中区管理委员会，住所地江苏省淮安市淮安区山阳大道66号。
负责人孙剑，该管委会主任。
委托代理人孔庆卫，江苏山阳律师事务所律师。
被告（反诉原告）淮安市淮安区季桥镇人民政府，住所地江苏省淮安市淮安区季桥镇。
法定代表人朱炳虎，该镇镇长。
委托代理人孔庆卫，江苏山阳律师事务所律师。
原告（反诉被告）上海明通投资管理有限公司（以下至判决主文前简称上海明通公司）、原告（反诉被告）董爱华因与被告淮安市淮安区人民政府（以下至判决主文前简称淮安区政府）、被告（反诉原告）淮安市淮安区化工集中区管理委员会（以下至判决主文前简称管委会）、被告（反诉原告）淮安市淮安区季桥镇人民政府（以下至判决主文前简称季桥镇政府）投资合同纠纷一案，江苏省高级人民法院于2014年11月6日作出（2014）苏商终字第0308号民事裁定，裁定撤销（2013）淮中商初字第0231号民事判决，本案发回本院重审。本院重新立案受理后，于2015年6月25日公开开庭审理了本案，原告（反诉被告）的法定代表人徐春明及其委托代理人章炳骏，原告（反诉被告）董爱华的委托代理人章炳骏，被告淮安区政府、被告（反诉原告）管委会、被告（反诉原告）季桥镇政府的共同委托代理人孔庆卫到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告上海明通公司、董爱华共同诉称：2005年5月9日，上海明通公司与季桥镇政府、管委会签订楚州化工集中区污水处理厂项目合同书，双方对合作方式、合作年限、不足水量的计算及支付方式、违约责任等均作了约定，上海明通公司按照上述合同的约定于2006年10月31日建成污水处理厂，并于2007年1月26日通过验收。污水处理厂由上海明通公司、董爱华注册成立的淮安明通环保工程有限公司（以下简称淮安明通公司）运营，并取得了淮安区环保部门核发的临时排污许可证。污水处理厂自2007年经营以来，一直无法满足设计日处理能力的80%，淮安明通公司多次向被告反映并要求按照合同约定进行补贴。被告认可原告所反映的情况属实，并对2007年度、2008年度的不足水量进行了审计，按被告所确认的水量及不变成本价格给予原告部分补贴到位，尚有不足部分仍未到位。2009年度、2010年1-2月份的不足水量补贴款尚未补贴到位。
2010年2月12日，原告与被告管委会签订了淮安明通公司股权转让协议，约定被告将2007年至公司移交之日原告应当享受的不足水量补贴款按账另行结算，三被告结欠原告2007-2010年度不足水量污水补贴款合计3465479.75元。被告应当按照2010年适用的一年期贷款利率标准6.31%的3.45倍向原告支付违约金。综上，请求法院判令：1、三被告支付原告不足水量补贴费3465479.75元并赔偿损失（自2010年2月25日起以3465479.75元为本金按照年利率6.31%的3.45倍计算至实际给付之日）；2、三被告承担本案诉讼费用。
被告淮安区政府辩称：管委会、季桥镇政府是具有独立法人资格的单位，淮安区政府不是合同的相对方。综上，请求法院驳回原告对淮安区政府的起诉。
被告管委会、季桥镇政府辩称：1、项目合同书中约定给付不足水量补贴款的前提条件是污水处理工程通过验收，达到正常运营。现污水处理工程并未通过验收，原告无权主张不足水量补贴款。2、原季桥镇政府党委书记仇孙荣、镇长王国斌因违规决定给予原告不足水量补贴款，以玩忽职守罪被判刑。综上，请求法院判决驳回原告的诉讼请求。
反诉原告管委会、季桥镇政府反诉称：2005年5月9日，上海明通公司与管委会、季桥镇政府签订污水处理厂投资协议，协议约定由季桥镇政府无偿提供净地33.6亩，合作年限30年，期满后将正常运营的污水处理厂无偿给政府使用，污水处理厂验收合格后，如化工集中区提供的日排量达不到日处理能力的80%，则管委会对不足80%的部分予以补足处理费用，每吨均为2元／立方米。2006年10月30日，上海明通公司与董爱华成立淮安明通公司。污水处理厂建成后，污水不能达标排放，也未通过验收，2007年才勉强取得有效期5个月的临时排放许可证，后一直处于非法经营状态。依据2005年5月9日项目合同书，补贴费用应在通过验收、取得合法经营的前提下才能给予，原管委会主任仇孙荣、原季桥镇镇长王国斌疏忽大意，没有注意到合同的具体约定，2007年2月28日召开会议会办时提出错误意见，直接导致淮安区政府决定从2007年3月1日给予补贴。原告共领取补贴费395万元。后发现仇孙荣、王国斌错误支付税费补贴构成渎职犯罪行为。原告已领取的补贴费系他人刑事犯罪造成的，属不当得利，应予以返还。综上，请求法院判令：1、上海明通公司、董爱华返还已领取的污水处理补贴费395万元，赔偿损失（自2010年8月5日起至实际返还之日止以395万元为本金按中国人民银行同期贷款利息计算）。
反诉被告上海明通公司、董爱华共同答辩称：1、反诉原告提出的返还水量补贴款是一个不当得利的反诉请求，与本案不属同一法律关系，不应在本案中审理。2、污水处理厂的工艺、技术都是根据管委会和上海明通公司以及上海交大辛德环保有限公司（以下简称辛德公司）所签署的三方协议履行的，明确约定辛德公司负责污水处理厂的设备采购，工艺设计，安装调试，技术管理。上海明通公司、董爱华注册成立淮安明通公司，负责污水处理厂的经营管理，在此期间，都是由辛德公司派人管理的，根据淮安市环保局和淮安区环保局的检测，污水排放达到了标准。淮安明通公司一直在合法经营，有营业执照。没有取得排污许可证是因为一直没有达到日处理能量的75%的要求。3、2005年5月9日项目合同书约定日处理量不足80%的情况下应当给付补贴。有十多家部门参加政府会议纪要研究，会议纪要是有效的政府决定，也是履行投资合同的政府性文件。项目合同书、股权转让合同合法有效，应当履行，不存在不当得利。4、上海明通公司、董爱华没有参与刑事诉讼，因此刑事判决书与本案无关。管委会经营期间因非法排污被焦点访谈节目曝光，与上海明通公司无关，上海明通公司不应承担法律责任。5、淮安明通公司是否取得了排污许可证，不影响合同项下民事责任的履行。淮安明通公司偶尔排污不达标已被处罚，与本案没有关联性。综上，请求法院驳回反诉原告管委会、季桥镇政府的反诉请求。
被告淮安区政府同意反诉原告管委会、季桥镇政府提出的反诉请求。
本院经审理查明：2005年3月20日楚政发（2005）47号“区政府关于设立楚州化工集中区的批复”载明：经区政府研究，同意设立楚州化工集中区。2005年3月22日楚政发（2005）50号“区政府关于成立淮安市楚州区化工集中区管理委员会的通知”载明：经研究，决定成立淮安市楚州区化工集中区管理委员会。2006年6月6日，淮安明通公司经工商行政管理部门登记设立，股东为上海明通公司、董爱华。
2005年5月9日，上海明通公司与管委会、季桥镇政府签订污水处理厂项目合同书，该合同约定：1、季桥镇政府无偿提供不低于30亩净地，上海明通公司投资建立污水处理厂，合作年限30年，期满后，上海明通公司将正常运营的污水处理厂无偿移交地方政府使用。2、自污水处理厂建成验收后，管委会、季桥镇政府提供的日排量达不到日处理能力的80%，则管委会、季桥镇政府对不足80%的部分予以补足处理费用，价格按均价2元／立方米。每月结算一次，次年1月15日兑现一次。3、管委会、季桥镇政府在合同订立后一周内，制定园区规划的排污标准（指进园企业），同时落实进园企业的预处理或直排事项，以便上海明通公司制定污水处理工艺及方案。4、上海明通公司负责在2005年10月31日前建好日处理5000立方米的污水处理厂，处理后的污水排放标准应达到国家《污水综合排放标准》表四中的一级标准。5、管委会、季桥镇政府在本合同订立后3天内确定污水处理厂确切位置、管道位置、预留接口位置，以便上海明通公司加快施工进度。污水处理厂的排污管道直排污口在建设过程中凡涉及相关主管部门审批的由管委会、季桥镇政府负责协调。6、排污补贴费用和政府优惠政策部分管委会、季桥镇政府应在次年1月15日前兑现一次，如不能按时或无力兑现，则上海明通公司有权停止污水处理厂运营，同时管委会、季桥镇政府应承担所有的违约责任及上海明通公司的损失。
2005年6月16日，辛德公司（甲方）、明通公司（乙方）、管委会（丙方）三方共同签订协议书一份，约定为共同完成明通环保公司污水处理工程，该工程由乙方投资，甲方承担首期污水处理厂的设计、设备采购、安装、调试、指导、运营技术管理等。就项目总价及付款方式条款约定，对相关工程款的支付在政府补贴费用和污水处理厂收取的企业排污费用中优先直接扣划。上述协议签订后，辛德公司即对上述工程进行设计、设备采购。2007年1月26日，辛德公司、上海明通公司及监理单位淮安市神州建设项目管理咨询有限公司在《工程竣工单》上盖章确认：通过验收组专家对资料进行核实，现场实地查看，认为（一）工程质量符合设计文件，验收规范及合同的要求；（二）工程质量、管理资料完整；（三）工程结构完全、使用功能可靠；（四）各方履行合同、执行国家强制性验收标准情况良好；（五）工程观感评价良好；（六）消防、环保等验收合格；一致同意该工程合格，备案后交付使用。
2006年10月30日，淮安市楚州区环境保护局（以下简称楚州区环保局）向淮安明通公司发放江苏省排放污染物临时许可证，截止日期为2007年1月1日，后同意延期至2007年5月31日。2007年9月26日，楚州区环保局向淮安明通公司下发行政处罚决定书。以建设项目需要配套建设的环境保护设施未与主体工程同时投入试运行，逾期未改正为由处以罚款人民币5万元。2007年10月23日，楚州区环保局向淮安明通公司出具（2007）楚环监督（水）字第（144）号监测报告，结论为该单位废水超标排放。2008年4月28日，楚州区环保局向淮安明通公司出具（2008）楚环监督（水）字第（061）号监测报告，结论为该单位工业废水超标排放。2009年3月11日，楚州区环保局向淮安明通公司出具（2009）楚环监督（水）字第（019）号监测报告，结论为该单位工业废水超标排放。2009年3月22日，楚州区环保局向淮安明通公司出具（2009）楚环监督（水）字第（024）号监测报告，结论为该单位工业废水超标排放。2009年3月24日，楚州区环保局向淮安明通公司出具（2009）楚环监督（水）字第（032）号监测报告，结论为此次监测结果符合二级标准要求。2009年5月13日，楚州区环保局向淮安明通公司出具（2009）楚环监督（水）字第（042）号监测报告，结论为该单位工业废水超标排放。
2007年2月28日，管委会形成“关于入园企业与污水处理厂接管及污水处理费补贴的会议纪要”，该纪要载明：二、从2007年3月1日开始管道接通，污水费用按合同约定开始享受补贴，由化工集中区补贴。四、污水处理厂涉及到环保、安全等部门的相关手续和土地证、产权证，有关问题由管委会协调处理。五、企业的污水排放和有关排放标准，技术由污水厂负责把关。六、环保部门的试运行许可证、排放许可证，以及排污口设置的相关工作由管委会协调。
2008年1月22日，淮安区政府形成“关于淮安市明通污水处理厂运营有关问题的会议纪要”，该纪要载明：一、会议认为，淮安市明通污水处理厂自2007年3月1日试运营以来，为化工集中区企业污水处理提供了保障，为周边环境的改善作出了贡献。但由于化工区处于起步阶段，企业数量不多，所产生的污水和污水处理厂设计的日处理量相差较大，导致了污水处理厂目前严重亏本运营。按照化工集中区管委会与污水处理厂签订的协议，因对污水处理厂水量不足80%的部分的费用给付补贴。二、会议确定：（1）关于污水处理费补贴问题。由区政府办副主任孙剑牵头，组织审计局、财政局有关人员，以2005年5月9日化工集中区管委会与污水处理厂签订的协议为基础，充分考虑季桥镇政府和化工集中区利益，对污水处理厂污水处理量和处理的不变成本进行审核，如核定的不变成本在每吨2元以下，按核定数额补贴，如核定的不变成本高于每吨2元，按协议中确定的每吨2元补贴，此项工作10日内完成。（2）污水处理费补贴时间按2007年2月28日化工集中区管委会纪要精神，从2007年3月1日起计算。（3）经审计局、财政局审核的污水处理费补贴报请区政府确定后，由季桥镇政府和化工集中区管委会在2008年元月1日前一次性拨付到位，如有困难，由区财政局通过往来解决。（4）在有关部门审核期间，明通污水处理厂必须保证正常运转。（5）化工集中区管委会要对各排污企业进行监督检查，确保企业所有污水必须进入污水处理厂进行处理。由化工集中区管委会牵头，会同环保局、安监局在一周内解决化工区企业的偷排问题。（6）明通污水处理厂可以在各企业接管前预收污水处理费1万元。
审计报告载明明通污水处理厂单位运行成本为1.75元／立方米。各方当事人均认可该1.75元／立方米就是2008年1月22日会议纪要中核定的不变成本。
2008年5月6日，上海明通公司、淮安明通公司、辛德公司向淮安区政府提交“关于请求区政府同意明通污水处理厂停（暂）运行的报告”一份，该报告载明：我厂系季桥镇招商引资企业，2006年底建成并通过建筑安装验收，于2007年月应化工区管委会要求进行试运行，由于化工区企业生产污水无组织排放已有6个月之久，一直未能得到有效控制与妥善解决，雨污并流现在非常严重，目前已造成对我厂设备及菌种产生一定损失、之前已有报告给区政府及管委会，至今仍未得到相应的答复。现由于水量流失严重，而且进水水质又不符纳管标准，企业所排污水严重超标（目前整个园区仅康乃馨一家做污水预处理），造成我厂无法正常运行，无法排期进行“三同时”环保验收，况且排污口相关批复目前仍未得到省级职能部门批复，此举更进一步造成我厂无法取得运行及排污资格。2007年底区环保局对我厂的排污口要求进行整改，由于未及时整改造成我厂受罚5万元，而未及时整改原因为化工区未将所需用地交给我厂，从而造成无法实施，至今仍然无法实施。受罚5万元现已由区法院行政庭进行强制执行，我厂已向区法院解释，此次处罚我厂无法接受。原因为：政府职能部门之间配合的不协调，不能让我们受过，我厂一直在积极要求管委会、季桥镇政府将所需用地尽快交给我厂实施，可遗憾的是一直未能如愿。综上所述，我厂已进入无力运行状态，请求区政府同意我厂暂停运行，待相关问题得到妥善解决后方可恢复运行，如我厂在5个工作日内未接到相关合理书面解决处理方案，则我厂视区政府默认同意我厂进入暂停运行状态。
2008年5月13日，淮安区政府出具函给淮安明通公司，该函载明：你单位送来的《关于请求区政府同意明通污水处理厂停（暂）运行的报告》已于本月12日收悉，现回复如下：一、污水处理厂是化工区正常运营的基础设施之一，为了保证化工区企业正常生产，必须保证污水处理厂的正常运营。二、化工区经过一段时间的运作，部分企业能够规范运营。但目前尚有一些企业手续不齐先行生产，污水排放未达标等，没按有关规定运行，这些都是政府坚决制止和不允许发生的事情，区政府将采取措施，责成化工区和相关部门逐厂检查，对违规的限期整改到位。三、污水处理厂在化工区刚刚运营期间确有很多难处，但为保证化工区企业的正常运行和合法经营，污水处理厂必须克服困难，保持正常运营。如污水处理厂正常运营有难度，可与化工区协商，由区政府收购污水处理厂。但在你公司经营期间，必须承担起污水处理厂的应尽责任，否则，造成的一切后果，由你单位承担。
2010年2月12日，原告上海明通公司、董爱华与被告管委会签订淮安明通公司股权转让协议一份，约定上海明通公司将合法拥有的淮安明通公司90%的股权份额，董爱华合法拥有剩余10%股份，全部转让给管委会，管委会同意受让前述股份。同时约定2007年至公司移交之日上海明通公司、董爱华在经营期间应享受的水费补贴按账另行结算。
诉讼中，各方当事人确认明通公司已经按照1.75元／立方米领取2007年、2008年污水处理补贴费395万元，各方当事人还确认如果支付2009年、2010年度污水处理补贴费，2009年、2010年应补贴污水量分别为1221082.5立方米，205912立方米。
本院另查明：上海市宝山区人民法院（2008）宝民二（商）初字第848号民事判决以涉案污水工程通过工程竣工验收为由判决上海明通公司向辛德公司支付工程款、运营管理费、利息损失，管委会对上海明通公司不能清偿部分的50%承担补充清偿责任。上海明通公司不服该判决，向上海市第二中级人民法院提起上诉，上海市第二中级人民法院作出（2009）沪二中民四（商）终字第737号民事判决，判决驳回上诉，维持原判。该二审判决本院认为部分载明“此外，本案系争污水处理系统工程项目所涉国家环保许可的相关验收手续，应当由作为设备项目的建设单位以及实际运营单位的上海明通公司自行向有关部门申请办理，系争协议书中没有约定辛德公司对此负有相应的义务”。
（2012）淮法刑初字第0533号刑事判决书认定污水处理厂建成后试运营期间，尚未通过环保部门“三同时”验收，未达标排放，不具备污水处理费补贴的条件，仇孙荣于2007年2月28日主持会办会，决定污水处理费用按合同约定享受补贴。2008年1月，楚州区政府为此召集有关部门就污水处理厂问题进行会办，会议确定给予污水补贴。仇孙荣身为管委会主任，不认真履行职责，构成玩忽职守罪，判决仇孙荣犯玩忽职守罪，免予刑事处罚。
（2012）淮法刑初字第122号刑事判决书认定王国斌作为管委会主任，不认真履行职责，不认真行使监管权，××目追求经济效益和工作任务，知道污水处理厂未经过验收、排放未达标，没有依法办事，没有严格执行有关规定，既未采取关停措施，亦未提出解决问题的根本方法，而是抱着维持现状的态度，导致污水处理厂始终不达标运行。2008年1月，楚州区政府为此召集有关部门就污水处理厂问题进行会办，王国斌没有向会议通报污水处理厂具体情况，该次会议纪要给予明通公司2007年度、2008年度污水补贴费428万元。王国斌作为国家机关工作人员，不认真履行职责，致使公共财产、国家利益遭受重大损失，其行为构成玩忽职守罪。
以上事实，有原、被告提供的项目合同书、股权转让协议书、往来函件、协议书、会议纪要、审计报告、进园企业排污量确认单、临时排污许可证、监测报告、处罚决定书、民事判决书、刑事判决书以及各方当事人陈述等证据予以证实，本院予以确认。
经当事人确认，本院归纳本案争议焦点为：1、被告管委会、季桥镇政府提起的反诉是否应当在本案中合并审理。2、淮安区政府、上海明通公司是否为本案适格当事人。3、项目合同书约定的建成验收是否为环境保护验收。4、被告淮安区政府、管委会、季桥镇政府是否应当继续给付原告上海明通公司、董爱华污水处理补贴费并赔偿逾期付款损失。5、原告上海明通公司、董爱华是否应当返还已经收取的污水处理补贴费并赔偿资金占用损失。
本院认为：原告上海明通公司、董爱华基于项目合同书、股权转让协议书、会议纪要等证据起诉要求被告淮安区政府、管委会、季桥镇政府继续给付污水处理补贴费，被告管委会、季桥镇政府基于相同法律关系、相同案件事实反诉要求原告上海明通公司、董爱华返还已经收取的污水处理补贴费，根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二百三十三条规定，本院应当对本案本诉和反诉合并审理，原告上海明通公司、董爱华主张本院不应合并审理反诉无法律依据，本院不予支持。
被告淮安区政府批准设立化工集中区，成立管委会，但被告未提供证据证明管委会经机构编制委员会审核设置，故管委会作为淮安区政府设立的派出机构，不具有独立法人资格，其民事责任应当由管委会与淮安区政府共同承担，被告淮安区政府主张其不是本案适格当事人无事实依据，本院不予支持。被告淮安区政府、管委会、季桥镇政府主张上海明通公司与淮安明通公司人格混同，但并未提供初步证据证明两公司在人员、资产、财务、经营业务等方面存在混同，且各方当事人在本案诉讼中对上海明通公司、淮安明通公司主体作出明确区分，故淮安区政府、管委会、季桥镇政府主张上海明通公司与淮安明通公司人格混同无事实依据，本院不予支持。
2005年5月9日项目合同书中约定自污水处理厂建成验收后对日处理量不足部分补足处理费用，该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，为有效约定。该约定中对建成验收是指工程设备竣工验收还是指建设项目竣工环境保护验收并不明确，但从双方订立项目合同书的目的分析，建设污水处理厂是为处理化工区生产污水，使化工区生产污水能够实现达标排放，故合同项目书中约定的建成验收应当是指建设项目竣工环境保护验收，原告上海明通公司、董爱华以辛德公司提供的设备经过工程竣工验收为由主张涉案工程经过环境保护验收无事实依据，本院不予支持。因涉案工程并未通过环境保护验收，项目合同书中约定的给付污水处理补贴款的条件尚未成就，故原告上海明通公司、董爱华根据项目合同书主张污水处理补贴费无事实依据，本院不予支持。
在涉案工程通过环境保护验收前，管委会、淮安区政府分别于2007年2月28日、2008年1月22日作出会议纪要，同意对污水处理水量不足80%部分费用给予补贴，应视为原、被告在涉案工程通过环境保护验收前就污水处理补贴费达成新的约定，该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，为有效约定。在形成两次会议纪要过程中，虽然仇孙荣、王国斌因玩忽职守未如实报告淮安明通公司污水处理具体情况，但管委会为项目投资合同的一方当事人，负有协调办理主管部门审批事项义务，淮安区环保局对排放污水状况进行过监测，对淮安明通公司进行过处罚，可以推定管委会、淮安区政府在应当知晓淮安明通公司未通过环境保护验收、排放污水不达标情况下同意给予补贴，故虽然仇孙荣、王国斌因玩忽职守未如实报告淮安明通公司污水处理具体情况，但被告淮安区政府、管委会、季桥镇政府据此不足以否定两份会议纪要效力。
会议纪要中对涉案工程通过环境保护验收前，淮安明通公司根据会议纪要领取污水处理补贴款应当履行的义务没有作出具体详尽规定，但淮安明通公司在生产经营过程中应当做到处理过的污水达到达标排放标准，确保处理过的污水达标排放应当是原告上海明通公司、董爱华全额领取污水处理补贴款的前提条件。根据淮安区环保局多份监测报告，经淮安明通公司处理过的污水排放标准并未达到国家《污水综合排放标准》表四中的一级标准。淮安明通公司明知涉案工程未能通过环境保护验收，仍然继续组织生产经营，原告上海明通公司、董爱华在本案中亦未举证证明淮安明通公司严格按照污水处理工艺流程处理化工生产污水，原告上海明通公司、董爱华在本案中主张污水处理补贴款，淮安明通公司在污水处理中过错责任应当由原告上海明通公司、董爱华承担相应的法律后果，故原告上海明通公司、董爱华对污水排放不达标负有责任。被告应当知晓涉案工程未通过环境保护验收仍要求淮安明通公司保持正常经营，未能提供超过淮安明通公司日处理量80%的污水供淮安明通公司处理，未能制止部分进园企业手续不齐先行生产、未能制止部分进园企业污水不达标排放，其对污水排放不达标亦负有责任。本院认为，原、被告的共同行为造成了淮安明通公司处理过的污水排放不达标，双方应对淮安明通公司污水排放不达标承担同等责任。从2008年1月22日会议纪要内容分析，接受污水处理补贴款的主体应当是污水处理厂即淮安明通公司，2010年2月12日股权转让协议签订后，淮安明通公司在经营过程中形成的资产价值已经以股权转让款的形式由原告上海明通公司、董爱华享有，故原告上海明通公司、董爱华作为淮安明通公司的原股东，应当对淮安明通公司在股权转让之前收取的污水处理补贴款承担返还责任。淮安明通公司已经收取的2007年、2008年污水处理补贴费395万元应当由原告上海明通公司、董爱华退还一半给被告淮安区政府、管委会、季桥镇政府，原告上海明通公司、董爱华尚未收取的污水处理补贴费应当减半收取。
2008年1月22日会议纪要明确污水处理补贴费应当由季桥镇政府、管委会给付，根据2008年1月22日会议纪要核定的不变成本为1.75元／立方米，故原告上海明通公司、董爱华主张2007年、2008年污水处理补贴费应当按照项目合同书约定的2元／立方米计算，并要求补齐差额部分无事实依据，本院不予支持。双方一致认可2009年、2010年应补贴污水量分别为1221082.5立方米，205912立方米，2009年、2010年污水处理补贴款合计应为2497240.38元，被告淮安区政府、管委会、季桥镇政府应当给付原告上海明通公司、董爱华2009年、2010年污水处理补贴款的一半1248620.19元。被告淮安区政府、管委会、季桥镇政府未能及时支付污水处理补贴款，应当赔偿原告逾期付款损失，原告主张按照年利率6.31%的3.45倍计算逾期付款损失无事实依据，本院酌定被告淮安区政府、管委会、季桥镇政府自2010年2月25日起至实际给付之日止，按照中国人民银行同期贷款基准利率赔偿原告上海明通公司、董爱华逾期付款损失。原告上海明通公司、董爱华应当返还被告淮安区政府、管委会、季桥镇政府污水处理补贴款197.5万元并赔偿资金占用损失（自2010年8月5日起至实际给付之日止，按照中国人民银行同期贷款基准利率计算）。
综上所述，原告的部分诉讼请求成立，本院予以支持；被告的部分反诉请求成立，本院予以支持。依照《中华人民共和国合同法》第一百零七条、第一百二十条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款、第一百四十二条、《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二百三十三条之规定，判决如下：
一、被告淮安市淮安区人民政府、淮安市淮安区化工集中区管理委员会、淮安市淮安区季桥镇人民政府于本判决生效之日起十日内给付原告上海明通投资管理有限公司、董爱华污水处理补贴款1248620.19元并赔偿逾期付款损失（自2010年2月25日起至实际给付之日止，按照中国人民银行同期贷款基准利率计算）；
二、原告上海明通投资管理有限公司、董爱华于本判决生效之日起十日内返还被告淮安市淮安区人民政府、淮安市淮安区化工集中区管理委员会、淮安市淮安区季桥镇人民政府污水处理补贴款197.5万元并赔偿资金占用损失（自2010年8月5日起至实际给付之日止，按照中国人民银行同期贷款基准利率计算）；
三、驳回原告上海明通投资管理有限公司、董爱华的其他诉讼请求；
四、驳回被告淮安市淮安区化工集中区管理委员会、淮安市淮安区季桥镇人民政府的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费54498元，由原告上海明通投资管理有限公司、董爱华负担27249元，由被告淮安市淮安区人民政府、淮安市淮安区化工集中区管理委员会、淮安市淮安区季桥镇人民政府负担27249元；反诉案件受理费19200元，由原告上海明通投资管理有限公司、董爱华负担9600元，由被告淮安市淮安区化工集中区管理委员会、淮安市淮安区季桥镇人民政府负担9600元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状及副本八份，上诉于江苏省高级人民法院，同时向该院预交上诉案件受理费。（收款单位：江苏省高级人民法院；开户行：中国农业银行南京市分行江苏路分理处；账号：03×××75）。
审 判 长 陈加雷
审 判 员 吴书萍
代理审判员 邹艳萍
二〇一五年十二月二日
书 记 员 吴志伟
附法律法规：
1、《中华人民共和国合同法》第一百零七条：
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
2、《中华人民共和国合同法》第一百二十条：
当事人双方都违反合同的，应当各自承担相应的责任。
3、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款：
当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。
4、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十二条：
法庭辩论终结，应当依法作出判决。判决前能够调解的，还可以进行调解，调解不成的，应当及时判决。
5、《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二百三十三条：
反诉的当事人应当限于本诉的当事人的范围。
反诉与本诉的诉讼请求基于相同法律关系、诉讼请求之间具有因果关系，或者反诉与本诉的诉讼请求基于相同事实的，人民法院应当合并审理。
反诉应由其他人民法院专属管辖，或者与本诉的诉讼标的及诉讼请求所依据的事实、理由无关联的，裁定不予受理，告知另行起诉。