济南市历城区人民法院
民 事 判 决 书
（2013）历城民初字第1989号
原告山东省金坤城工程建设有限公司，住所地济南市。
法定代表人苏健，董事长。
委托代理人李孝刚（特别授权代理），山东平正大律师事务所律师。
委托代理人李小龙（特别授权代理），男，生于1988年6月5日，汉族，山东省金坤城工程建设有限公司员工，住济南市。
被告山东农业工程学院，住所地济南市。
法定代表人李允祥，院长。
委托代理人贾学福（特别授权代理），山东德义君达律师事务所律师。
委托代理人徐征年（特别授权代理），山东德义君达律师事务所律师。
原告山东省金坤城工程建设有限公司（以下简称金坤城公司）与被告山东农业工程学院（以下简称农业学院）装饰装修合同纠纷一案，本院于2013年7月23日受理后，依法组成合议庭于2013年9月2日公开开庭进行了审理。原告的委托代理人李孝刚、李小龙，被告的委托代理人贾学福、徐征年到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告诉称，原、被告签订两份《建筑装饰工程施工合同》，约定原告为被告的图书馆外装幕墙、室内隔断、大厅及接待室等工程进行装饰装修。工程全部竣工，被告已经投入使用。被告支付230万元工程款后，余款至今未付。请求判令被告支付工程款4536428.14元并支付滞纳金（以4536428.14元为基数自2012年9月1日起按应付款额的万分之五每天计算至2013年7月1日的滞纳金为680464.22元；至判决生效之日止的滞纳金按上述标准继续计算）和欠款利息（以4536428.14元为基数，自2012年9月1日起按中国人民银行同期贷款利率计算至判决生效之日止）；判令诉讼费由被告负担。
被告辩称，认可两份《建筑装饰工程施工合同》，但原告应当分别起诉；两份投标总价由原告单方盖章，投标总价亦不是预算报价清单，不予认可，我方亦不能提交预算报价单；不认可照片，不清楚工程是否使用；结算书由原告单方制作，不予认可；不清楚两工程的工程量；不清楚已付款项数额和付款时间；原告施工工程存在质量问题，监理单位已通知其整改，且原告逾期完工，在原告整改和赔付违约金及损失前，被告有权拒绝付款；双方没有达成一致结算，且被告有权扣除5%质保金，故原告要求支付工程款没有依据；不同意支付滞纳金和利息。
经审理本院认定，2012年6月25日，原告金坤城公司（承包方，乙方）与山东省农业管理干部学院（以下简称农干院，发包方，甲方）签订《建筑装饰工程施工合同》（以下简称外装合同）一份，约定：“工程名称为山东省农业管理干部学院图书馆外装幕墙及室内隔断工程；工程地点为山东省齐河县；承包范围为玻璃幕墙、铝塑板及铝单板收边、铝单板吊顶、玻璃采光顶室内玻璃隔断（详见工程量清单）；承包方式为包工包料；工期为2012年7月31日之前完工；合同预算价款为4329831.09元，届时以双方认可的结算为准；甲方指派徐永平为驻工地代表，负责合同履行，对工程质量、进度进行监督检查，办理验收、变更、登记手续和其他事宜；因甲方未按约定完成工作，影响工期，工期顺延；工程竣工后乙方应通知甲方验收，甲方自接到验收通知二日内组织验收，并办理验收、移交手续，如甲方在规定时间内未能组织验收，需及时通知乙方，另定验收日期，但甲方应承认竣工日期，并承担乙方的看管费用和相关费用；关于合同价款采用可调价格，工程结算时，根据预算报价清单按实际发生的工程量进行结算，工程量清单内未含有的施工方法类似项目，置换主材价格，重新生成综合单价，工程量清单内未含有的项目，经甲乙双方协商确认后办理相应签证计入结算；合同生效后，甲方分五次支付工程款，分别为预埋件完成后三日内付合同价款的10%即432983.11元，铝型材到场后三日内付合同价款的30%即1298949.33元，玻璃到场后三日内付合同价款的30%即1298949.33元，工程竣工后三日内付至合同价款的95%即1082457.77元，工程结算审定后三日内付至最终结算额的95%；工程竣工验收后，乙方提出工程结算并将有关资料送交甲方，甲方自接到上述资料三十日内审查完毕，到期未提出异议，视为同意（质保金为结算价款的5%，在一年质保期满且无质量问题后七日内一次性无息结清）；甲方不按合同的约定拨付款，每拖期一天，按应付款额的万分之五支付滞纳金；未办理验收手续，甲方提前使用或擅自动用，造成损失由甲方负责；合同附件为工程预算书……”
该合同附图书馆外装工程投标总价（3528191.68元）和图书馆成品隔断工程投标总价（801639.41元），两份投标总价包含单位工程费汇总表、单项工程费汇总表、分部分项工程量清单计价表、主要清单项目工料机单价分析表、主要材料价格表等。
2012年8月，原告金坤城公司（承包方，乙方）与农干院（发包方，甲方）另签订《建筑装饰工程施工合同》（以下简称内装合同）一份，约定：“工程名称为山东省农业管理干部学院图书馆大厅及接待室装修工程；总工期30天，以甲方下达的开工令为准；合同价款暂定为120万元，届时以双方认可的结算为准；关于合同价款采用可调价格，工程结算时，按实际发生的工程量进行结算，工程结算执行2003年《山东省建筑工程消耗量定额》、《山东省安装工程消耗量定额》及现行2011年山东省价目表、2011年山东省建设工程费用项目组成及计算规则，工程类别按二类标准执行，主材价格执行后附主材表，人工工资单价按照济建标字（2010）7号文，装饰人工62元／工日、安装人工55元／工日；合同生效后，甲方分四次支付工程款，分别为合同签订后三日内付合同价款的30%即36万元，工程施工完成90%后三日内付合同价款的50%即60万元，工程竣工后三日内付合同价款的10%即12万元，工程结算审定后三日内付至最终结算额的95%……”关于结算审查时间、后果、违约条款、质保金支付期限、擅自使用责任等内容同外装合同。
原告依约对工程进行施工，农干院未对两项工程进行验收。2012年9月1日，农干院开学对工程进行使用。
2012年7月24日、8月6日、10月12日、11月26日、2013年1月29日、6月24日，农干院分别支付原告工程款20万元、50万元、50万元、10万元、80万元、20万元，共计230万元。
2013年4月26日，原告对上述两项工程分别作出结算书，外装合同项下工程价款为5540211.36元，内装合同项下工程价款为1296216.78元，合计6836428.14元。2013年5月2日，原告将上述两份结算书、外装修竣工图、内装饰竣工图、电气竣工图交付农干院驻工地代表徐永平。
庭审中，被告提交时间分别为2012年7月13日、7月14日、7月15日和8月24日齐河县工程建设监理有限公司向原告出具的监理工程师通知单四份，载明原告在施工过程中未提交有效图纸、使用材料合格证明、未落实后置埋件拉拔试验等，要求原告尽快落实，拟证明原告施工工程存在质量问题。
庭审中，被告提起反诉，要求原告支付违约金及损失暂计600万元，但未提交证据。
另查明，原告具备建筑装饰装修工程设计与施工二级、建筑幕墙工程专业承包三级、建筑智能化工程专业承包三级、钢结构工程专业承包三级资质。2013年7月4日，农干院更名为山东农业工程学院。
原告称，投标总价即为预算报价清单；被告未依约支付进度款，造成工期顺延；监理工程师通知单只能证明曾经通知过原告，不能证明存在通知单上载明的相关问题，被告接待教育部考察和开学已经使用施工工程，工程质量应视为合格；多次要求被告验收和付款，被告均予拒绝；被告已经使用施工工程，占有工程之日即为竣工之日；原告交付结算材料后，被告在约定时间内未提异议，视为认可结算价款；截至2013年9月1日质保期已经届满；被告未在举证期限届满前提起反诉，法院不应合并审理，被告应当另行起诉主张。
上述事实，有《建筑装饰工程施工合同》两份、投标总价两份、照片、结算书两份、签收单、已付工程款明细、监理工程师通知单四份、工程设计资质证书、事业单位法人证书、组织机构代码证及原、被告的陈述为证，足以认定。
本院认为，原告与农干院签订的两份《建筑装饰工程施工合同》，是当事人的真实意思表示，不违反法律行政法规的强制性规定，且原告具备相应施工资质，该两份合同合法有效。
外装合同与内装合同签订主体相同、施工标的物同一、基础关系相似、农干院亦不能明确已付款项所对应的工程，故本院可以对两合同纠纷合并审理。
两合同均约定“未办理验收手续，甲方提前使用或擅自动用，造成损失由甲方负责”。原告依约履行了施工义务，工程未经验收，农干院予以使用，应当认定其占有工程之日为竣工日期和其认可施工工程质量，农干院应当向原告支付工程款。监理工程师通知单载明的事项发生在施工过程中，现原告已经施工完毕，且农干院已经对施工工程进行使用，应视为施工工程合格。
两合同均约定“工程竣工验收后，乙方提出工程结算并将有关资料送交甲方，甲方自接到上述资料三十日内审查完毕，到期未提出异议，视为同意”。原告于2013年5月2日将结算书和相关图纸交付农干院，农干院未在约定期限内提出异议，视为认可该结算金额。
两合同均约定“质保金为结算价款的5%，在一年质保期满且无质量问题后七日内一次性无息结清”。自农干院使用施工工程至今，质保期已经届满，故农干院应当支付质保金。
农干院已经支付原告工程款230万元，余款4536428.14元（6836428.14元-230万元）至今未付，构成违约，其应当承担相应违约责任。
两份合同均约定了滞纳金，被告答辩不同意支付。本院认为，双方约定的滞纳金标准过高，且原告提交结算文件的时间为2013年5月2日，故本院确定以4194606.73元（4536428.14元-6836428.14元×5%）为基数自2013年5月2日起按中国人民银行同期贷款利率的1.3倍计付滞纳金。滞纳金足以弥补原告的损失，对原告主张的利息，不予支持。
农干院更名为农业学院，故被告农业学院应当承担支付上述工程款和滞纳金的责任。
被告农业学院未在举证期限届满前提起反诉，本院对反诉部分不予合并审理，被告农业学院可另行起诉主张权利。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第一百零七条、第一百一十四条、第二百八十六条，最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条、第十四条、第十八条、第二十条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款，最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第三十四条第三款之规定，判决如下：
一、被告山东农业工程学院支付原告山东省金坤城工程建设有限公司工程款4536428.14元。
二、被告山东农业工程学院支付原告山东省金坤城工程建设有限公司滞纳金（以4194606.73元为基数，自2013年5月2日起按中国人民银行同期贷款利率的1.3倍计算至判决生效之日止）。
上述所判两项，均限被告山东农业工程学院于本判决生效之日起十日内付清。
三、驳回原告山东省金坤城工程建设有限公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费48317元，由原告负担4000元，由被告负担44317元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于山东省济南市中级人民法院。
审 判 长 刘传领
人民陪审员 蔡笑琳
人民陪审员 李 晓
二〇一三年九月二十九日
书 记 员 李 娜