江苏省盐城市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2013）盐商初字第0306号
原告（反诉被告）德农种业有限公司，住所地在成都市高新西区双柏路15号。
法定代表人杨雅生，该公司总裁。
委托代理人黄涛，该公司员工。
委托代理人黄勇，四川琴台律师事务所律师。
被告（反诉原告）江苏兴建种业有限公司，住所地在江苏省建湖县城秀夫南路101号。
法定代表人吴志阳，该公司董事长。
委托代理人顾鲲，江苏瑞信律师事务所律师。
委托代理人顾加祥，建湖县双湖法律服务所法律工作者。
原告（反诉被告）德农种业有限公司（下称德农公司）与被告（反诉原告）江苏兴建种业有限公司（下称兴建公司）种植回收合同纠纷一案，本院于2013年10月14日受理后，依法组成合议庭于2013年11月26日、2014年2月25日公开开庭进行了审理，原告（反诉被告）德农公司的委托代理人黄涛、黄勇，被告（反诉原告）兴建公司的委托代理人顾鲲、顾加祥出庭参与诉讼，本案现已审理终结。
原告德农公司诉称，被告2011年为原告生产“两优6326”水稻种子14个批次共计494353公斤，原告于2011年5月30日、9月27日以及11月4日分三次向被告支付购钟预付款880万元。种子田间生产结束后，被告依照双方签订的《杂交水稻委托生产合同》的约定将所制“两优6326”水稻种子分批次运到原告在安徽指定的仓库（位于合肥市庐山区）。在安徽入库时双方对每批种子都有现场封存样品。原告将封存的样品送到海南进行纯度鉴定。2012年3月24日海南田间鉴定结果显示：2011年被告生产的种子共有4个批次种子纯度低于92%，批次号分别为1815815101、1815815102、1815815105、1815815106（以下对于种子批次简化为后三位数字，如1815815101简化为101批次），共计138385公斤。
原告在收到被告生产的种子后已将101、102、105三个不合格批次的“两优6326”水稻种子按照入库、生产、包装的正常程序全部投入市场，而且80%以上的不合格种子已被农户购买，部分农户甚至已经播种。为了尽可能降低损失，兴建公司与德农公司于2012年3月30日签订了《关于“两优6326”质量问题的备忘录》，双方一致同意，按照“谁的责任，谁赔偿”的原则处理后续种子回收和赔偿问题，并尽快共同委托权威机构对质量有问题批次种子样品进行正季鉴定。
根据原、被告双方签订的《杂交稻委托生产合同》第3条和第9条约定，由兴建公司将其生产种子运至德农公司在安徽指定仓库并封存样本，该样本作为质量纠纷的鉴定依据。2012年5月5日，兴建公司与德农公司共同委托浙江省种子质量监督检验站对上述4个批次的种子在安徽入库时的封存样品进行纯度鉴定。浙江省种子质量监督检验站出具的检验报告显示，在安徽封样的4个样本，纯度鉴定均不合格。
鉴定结果出来后，德农公司曾多次联系兴建公司希望按照上述《备忘录》的约定处理存在质量问题的种子事宜，但兴建公司却拒绝履行该备忘录约定的内容。
自2012年3月，德农公司即组织营销团队对问题批次种子进行召回，经过公司及经销商的努力，共召回问题种子98087公斤，另外3393公斤问题种子已流入不知名农户手中无法召回。德农公司同时被经销商索赔。因召回上述98087公斤不合格种子产生的费用以及相应的赔偿金共计256559.2元。因无法召回的种子德农公司赔偿农户93000元。上述种子德农公司与代理商结算价格为每公斤40元（价格计算标准按照德农公司与各经销商的结算价平均计算得出），市场零售价格为每公斤65元，由于兴建公司生产的不合格种子造成德农公司可得利益损失1826640元。
另外，由于德农公司曾支付给兴建公司种子预付款880万元，但兴建公司生产的上述批次种子存在严重质量问题，违反了双方关于种子质量条款的约定，所以德农公司额外多支付兴建公司购种款968704元。同时，兴建公司由于制种曾购买德农公司亲本种子10800公斤，按照双方约定价款计算共336800元，该款项兴建公司至今未支付给德农公司。
综上，兴建公司生产的上述批次的“两优6326”种子存在严重质量问题并使德农公司遭受重大损失。在此过程中，德农公司多次派出人员前往兴建公司协商，均未达成一致意见，为维护德农公司合法权益，请求法院判令：一、兴建公司赔偿因交付不合格种子造成德农公司损失2176199.2元；二、兴建公司退还德农公司多支付的种子预付款968704元；三、兴建公司支付购买德农公司亲本种子款336800元；四、兴建公司交付给德农公司的不合格种子共计128933公斤退还给兴建公司；五、诉讼费用由兴建公司承担。
为支持其诉讼主张，德农公司提供了如下证据：
1、杂交水稻委托生产合同，证明：原、被告曾经签订合同，由被告为原告制种，双方约定了质量、价格、数量等条款，同时约定了亲本款项应从之后的购种款中扣除，亲本价格为不育系每公斤40元，恢复系每公斤6元。
2、原告销售出库单，证明：原告曾向被告发出亲本种10800公斤，其中不育系8000公斤，恢复系2800公斤；
3、请款单及中国农业银行结算业务申请书；
4、签呈表、请款单及中国农业银行结算业务申请书；
5、请款及中国农业银行结算业务申请书；
证据三至五的证明目的：原告曾与2011年5月30日、9月27日以及11月4日分三次向被告支付购种款、共计880万元人民币。
第二组证据：
6、浙江省种子质量检验站出具的种子样品检验报告，证明目的：双方共同委托浙江省种子管理站对101、102、105、106四个批次的种子样品封存样进行鉴定，检验结果显示在安徽封存的上述四个批次的种子样品纯度均不合格。
7、2011年兴建公司发德农公司两优6326种子明细表；
8、2011-2012年度安徽中心新种入库汇总表；
证据七至八的证明目的：证明101、102、105、106四个有质量问题的种子批次的生产数量及来源。
第三组证据：
9、关于两优6326质量问题备忘录；证明：在种子质量问题出现后，双方协商解决并确定了“谁的问题，谁负责”的原则。根据本备忘录的内容，如果根据检验结果证明是种子质量本身问题，则由被告承担相应的赔偿责任。
10、原告与江苏嘉农种业科技有限公司、阜宁县陈良种业有限公司之间的结算协议，证明目的：根据双方合同及原告与江苏嘉农种业科技有限公司、阜宁县陈良种业有限公司之间的结算价格，证明被告所制种子的结算价格22元／公斤；
11、2012年度经营销售结算单，证明目的：证明原告销售两优6326种子与代理商的结算均价为40元／公斤；
12、原告因召回不合格种子所产生费用及赔偿经销商凭证，证明目的：证明原告因召回被告生产的不合格种子产生费用及赔偿经销商和农户共计损失349559.2元。
第四组证据：共12份，兴建公司出具的101、102、114、106、115、116、121、125、1815812303、1815812304、1815814326批次种子扦封委托书及此批次合肥扦封包外观图片。证明：兴建公司向德农公司发运种子时均向相关人员出具了授权其工作人员在合肥仓库共同扦封种子并代表兴建公司签字的委托书。此委托书人员与合肥扦封的各个样品包签字均能对应，此足以证明合肥扦封的种子样品系兴建公司与德农公司按照合同约定共同扦封的。
第五组证据：兴建公司出具的委托付铁贤、成勇与德农公司共同送检种子样品的委托书，对合肥扦封样品进行鉴定后重新封存的外观图片。证明双方共同向浙江省种子质检站送检了101、102、105、106批次合肥扦封样品。德农公司向法院提交的四批次合肥扦封样品的检验报告，是双方共同委托作出的，对双方均具有法律约束力。
兴建公司答辩称，一、德农公司蓄意歪曲事实。2011年5月9日，兴建公司为“两优6326”水稻良种同兴建公司签订了《杂交水稻委托生产合同》一份，兴建公司共向德农公司交付种子494353公斤。在交付前双方按照合同的约定对14个批次分别综合抽样封存，各自一份，作为种子质量的依据，而德农公司在兴建公司交付入库后，单方自取样品送海南进行田间种植鉴定，声称有4个批次种子纯度低于92%，兴建公司不服该结果，要求按照合同约定对双方封样共同选择鉴定机构进行鉴定，为此双方于2012年3月30日签订了《关于“两优6326”质量问题的备忘录》一份，约定由浙江省种子管理站进行鉴定，双方共同封样的鉴定结果为101批次种子纯度为99%、102批次种子纯度为97.5%、105批次种子纯度为97.8%、106批次种子纯度为87.9%。
二、德农公司同兴建公司是委托和受委托的民事法律关系，受托方不承担委托方过错行为造成的损失。2011年5月9日，德农公司委托兴建公司生产“两优6326”，水稻良种，双方签订了《杂交水稻委托生产合同》，德农公司作为委托方派专业技术人员文同平等人驻场跟踪监督、指导，受托方要绝对服从，不能有半点逾越。作为委托方的德农公司在种子没有经过鉴定后，就进行小包装分流经营，况且还没有证据能够证明小包装分流经营有质量问题给农民造成损失的种子就是兴建公司生产的，德农公司利用夸张的事实企图抵赖尚欠近200万元的种子款。
综上所述，德农公司的诉讼理由缺乏有效证据证明，相反兴建公司有证据证明兴建公司所交付的种子纯度是否合格。德农公司的诉讼请求中的1、2、4、5项不能成立。就第三项支付亲本种子款336800元，在尚欠种子款中扣除，对尚欠种子款兴建公司已提起反诉。
兴建公司提供了以下证据：
证据一、杂交水稻委托生产合同，证明原被告双方为委托关系，兴建公司受德农公司委托进行杂交水稻生产；
证据二、企业法人营业执照，证明兴建公司有独立的法人资格；
证据三、浙种检（委）字（2012）第9号、第12号、第15号、第16号检验报告，证明被告所提供的种子为合格种子；
证据四、安徽省合肥市庐阳区人民法院（2013）庐民二初字第00741号民事裁定书；
证据五、合肥市中级人民法院（2013）合管终字第00250号民事裁定书；
证据四至五证明：德农公司曾向庐阳区法院就本案提起诉讼，后因管辖权问题，被庐阳区人民法院和合肥市中级法院裁定驳回。
证据六、六份种子样包照片，该六份样包是双方封样的，四包经过检验，两包未经检验，是在浙江进行检验的。
兴建公司反诉称，2011年5月9日，德农公司为成产杂交水稻良种“两优6326”，特委托兴建公司进行生产，为此双方签订了《杂交水稻委托生产合同》一份，该合同就委托事项、生产面积、生产地域、生产数量、价格、交付方式等其他内容都作了较为详尽的约定，德农公司并派专业的技术人员驻场跟踪，监督、检查是否按照委托的操作规程进行才做，一并进行技术指导。在委托合同实际履行中，兴建公司完全按照德农公司的委托要求和驻场技术人员的指导进行规范操作，并于当年在首个晒场烘干先后交付种子494353公斤。按委托合同约定的价格20元／公斤，根据当年市场行情，双方协商价位22元／公斤，德农公司应当支付兴建公司委托生产的种子款10875766元，而实际累计支付种子款8800000元，兴建公司不断向德农公司追要剩余种子款1938966元（已扣除亲本种子款336800元），德农公司总以各种理由搪塞，德农公司利用单方取样稻种送海南田间种植鉴定称有4个批次种子纯度低于92%，为不合格种子，兴建公司是不能接受这一结论的。而双方均同意将封样的种子送中国杂交水稻研究所浙江鉴定机构鉴定，结论为合格种子，德农公司无故拒付种子款，为此双方发生纠纷，正当兴建公司准备向法院提起诉讼，要求德农公司立即支付种子款时，德农公司却反守为攻，向合肥市庐阳区人民法院起诉，后因管辖权争议，一、二审裁定庐阳区人民法院无管辖权。
综上，请求法院依法判令德农公司立即向兴建公司支付种子款1938966元，并承担反诉案件的全部诉讼费用。
德农公司答辩称，一、根据双方合同第三条、第九条约定，种子交付地位于合肥的仓库且由兴建公司运输，作为鉴定依据的封存样品应以双方在合肥仓库交接时共同扦封的种子为准。而兴建公司反诉中提交的检验报告是对江苏扦封样品作出，该样品是从兴建公司发货前种子中扦封的。兴建公司提交的检验结果缺乏证明力，无法证明兴建公司最终交付的是合格种子。
（一）德农公司与兴建公司在《杂交水稻委托生产合同》第三条有关于种子交货地点的约定：“兴建公司送到德农公司指定安徽省内仓库”。第九条约定了种子扦封的方式：“双方每2万公斤种子作为一个种子批次，双方共同取存封样，由德农公司或双方共同鉴定”。另根据双方签订的《杂交水稻委托生产合同》及双方共同签字确认的《关于“两优6326”质量问题的备忘录》显示兴建公司负有种子的运输义务，双方约定由兴建公司将标的种子从江苏运至合肥仓库并进行交付。在兴建公司将种子交付德农公司合肥仓库之前，该批种子系兴建公司实际占有并进行管理，种子质量保证责任及相关风险均应由兴建公司承担。
《关于“两优6326”质量问题的备忘录》显示，“在安徽入库时双方对每批种子都有现场封存样品”。根据双方合同约定及实际履行情况，用于检验的种子样品应以合肥仓库扦封的样品为准。
（二）兴建公司向法院提起反诉时，仅向法院提交了根据江苏扦封种子样品所作出的检验报告。而根据双方约定及实际履行情况，作为质量纠纷鉴定依据的种子样品应当以合肥仓库扦封的种子为准。兴建公司提交的种子检验报告仅能一定程度上证明其向德农公司发运种子前的种子质量状况，但无法证明兴建公司最终交付的是合格种子。兴建公司提交的检验报告缺乏证明力，无法证明其诉讼主张。
二、双方共同委托浙江省种子质量监督检验站对在合肥扦封的种子样本进行纯度鉴定，检验报告显示101、102、105、106，四批次种子纯度不符合双方合同约定，为不合格种子。
《杂交水稻委托生产合同》第九条约定：“若双方对种子质量鉴定结果产生分歧，应以种子管理站鉴定结果为准。”在《关于“两优6326”质量问题的备忘录》中，双方达成一致意见：“双方一致同意尽快共同委托权威鉴定机构对质量有问题批次种子样品进行鉴定。”其中，浙江省种子管理站为双方均认可的检验部门。
2012年4月6日，德农公司与兴建公司双方共同委托浙江省种子质量监督检验站对合肥扦封种子样本进行纯度鉴定。根据种子样品检验报告显示101批次种子纯度为94.3%、102批次种子纯度为90.8%、105批次种子纯度为87.1%、106批次种子纯度为85.0%。该四批次种子的纯度均不符合《杂交水稻委托生产合同》第九条质量保证条款约定的“种子质量标准：纯度≥97.0%、净度≥98.0%、水分≥13.0%、发芽率≥80%”。故兴建公司最终交付的种子不符合双方合同约定的质量标准。
三、德农公司有权依合同约定对种子进行单方田间种植鉴定，且德农公司对双方于合肥仓库共同扦封的种子的样品田间种植鉴定结果为101、102、105、106四批次种子不合格。
根据《杂交水稻委托生产合同》第十条第三款的约定，“余款在海南鉴定合格后，即2012年4月30日前，甲方按乙方实际移交的合格种子数量结清所有款项”。依照此约定，德农公司对兴建公司所交付的种子在海南进行田间种植鉴定系依照合同约定享有的权利和义务，是履行合同的行为。
兴建公司向德农公司合肥仓库交付种子并由双方共同扦封种子样品后，德农公司依照合同约定在海南对双方在合肥共同扦封的种子样品作了单方田间种植鉴定，根据德农于2012年3月24日的海南田间鉴定结果显示，涉案的四批次种子纯度低于92%，不符合双方合同约定的种子纯度标准，为不合格种子。双方签字确认的《关于“两优6326”质量问题的备忘录》对海南鉴定结果予以确认，且双方约定：“德农公司已将4个不合格批次的‘两优6326’种子全部投入市场，且80%以上的不合格种子已被农户购买……为了尽可能降低损失，德农公司和兴建公司一致同意：立即采取一切措施，尽最大努力回收已售出的种子”。兴建公司对涉案的四批次种子质量不合格的事实已经进行了确认。
四、兴建公司交付的种子纯度不符合双方约定，德农公司有权拒付剩余种子款并要求其承担违约责任和赔偿损失。
双方签订的《杂交水稻委托生产合同》第十条约定了付款方式：“余款在海南鉴定合格后，即2012年4月30日前，甲方按乙方实际移交的合格种子数量结清所有款项。”根据德农公司海南田间鉴定结果显示，四批次种子纯度低于92%。而根据德农公司向法院提交的浙种检（委）字（2012）第9、10、11、13、14号种子样品检验报告显示，101、102、105、106四批次种子纯度均低于97%，为不合格种子。根据《中华人民共和国合同法》第一百一十一条、第一百一十三条、第二百六十二条的规定以及双方付款方式的约定，德农公司有权拒绝支付剩余种子款的同时，要求兴建公司承担违约责任并对因交付不合格种子造成德农公司的经济损失进行赔偿。
经质证，兴建公司对德农公司所举证据的质证意见为：对第一组证据（1-5）无异议；对于第二组当中的第6份证据不予认可，不具有合法性，相关种子封样，是单方面进行封样；对于7-8真实性无异议，但对证明目的有异议，这四个批号的种子是否来源于兴建公司所生产的种子有异议；对于第三组证据当中的第9份证据真实性无异议，但对证明目的有异议，备忘录是确定双方对共同封样的样品，共同选择相关有资质的鉴定机构进行鉴定，而并非德农公司所陈述的目的；对于证据10，与本案没有关联性。对于证据11的关联性有异议；对于证据12的真实性、关联性均提出异议；对第四、五组证据认为与本案无关联性，也缺乏真实性，经与驾驶员联系，驾驶员说这不是他们驾驶员的事，他们只负责重量，对于样包是否曾庆华和华勇签的，兴建公司需要去核实。兴建公司认可以运输之前抽样的样包为准，也是双方签订合同的约定。
德农公司对兴建公司所举证据的质证意见为：对于证据一、二都没有异议。对于证据三，对文件真实性无异议，但对证明事项有异议，因为这个检验仅仅能够证明兴建公司在发货前是合格的（其中106批次不合格），因为兴建公司承担运输的义务，只能证明发货前是合格的，有可能中途被调包，不能证明交货时是合格的。对于证据四、五没有异议。对于证据六，当时在江苏是文国平签字，一共只扦封了6车样品。当时在浙江送检完之后，送检完的样品有文国平和胡贵阳的签字，没有周庆的签字。德农公司认为扦封样品应以合肥的为准。
经审核，德农公司与兴建公司所举证据真实性均予以确认。
根据本院审核认定的证据及当事人的当庭陈述可以确认以下事实：2011年5月9日，德农公司（甲方）与兴建公司（乙方）签订杂交水稻委托生产合同一份，约定甲方委托乙方于2011年在江苏盐城辖区内生产杂交水稻组合“两优6326”有关事项，经双方共同协商达成一致。签订合同如下：一、生产面积为4000亩，预计生产种子60万公斤。二、由甲方提供制种需要的亲本种子，甲方保证所提供的亲本种子质量符合国家标准，因甲方提供的亲本质量不达标而造成损失由甲方负责，数量满足生产需求；亲本种子款由乙方承担，亲本价格：不育系每公斤40元，恢复系每公斤6元；亲本种子款作甲方付给乙方的部分种子预付款，在结算时扣回。三、交货地点：乙方送到甲方指定安徽省内仓库，运费由乙方承担，安徽省内仓库以外的运输费用由甲方承担；交货时间：2011年11月20日前。四、交货价格：初议20元／公斤，最终价格的确定参照乙方所在地区2011年两系品种收购价执行，种子价格包含目标种子运达甲方仓库前的所有费用。五、以上条款中所约定面积，乙方不得擅自减少和扩大。该品种合同双方约定所产出的种子无论是否转移至甲方，其物权归甲方所有，乙方不得自方处理。九、种子质量标准：纯度≥97.0%、净度≥98.0%、水分≤13.0%、发芽率≥80.0%。甲乙双方每2万公斤种子作为一个种子批次，双方共同取封存样品，由甲方或双方共同鉴定，如该批次种子质量达不到合同约定标准，甲方有权采取转商、降价、让乙方再加工等处理办法。封存样品作为质量纠纷的鉴定依据。十、付款方式：第一次：合同签订后，甲方按每亩400元标准向乙方支付生产定金；乙方开始收购后5开（2011年10月1日前），甲方按下面标准支付：田间测产数量＊合同约定单价＊50%-已支付资金。第二次：乙方按合同约定第三条收购结束并将种子运到甲方指定地点，经甲方初验，甲方按乙方实际供种入库数量（初验合格的）支付乙方收购种子总款至90%（扣除甲方提供的亲本款）。第三次：余款在海南鉴定合格后，即2012年4月30日前，甲方按乙方实际移交的合格种子数量结清所有款项。十一、双方一般责任，甲方：所提供亲本种子必须达到合同约定的质量标准；保证按时（2011年11月20日前）按量接收乙方交至甲方指定仓库的符合本合同约定标准的种子。乙方：按合同约定的种子品种、数量、质量安排生产；保证种子质量达到合同约定条款规定；按合同约定的数量、时间、地点交付给甲方；承担生产和质量责任。十二、违约责任甲方拒收或延期接收乙方合格种子或乙方擅自向第三方销售本合同所生产的种子，或因乙方管理不善，基地种子流失而给甲方造成损失，违约方按以下标准承担违约责任，违约金的执行标准为：基地测产总量＊30元／公斤，由违约方承担。
合同签订后，原告向被告提供亲本种子10800公斤，其中不育系8000公斤，恢复系2800公斤。原告于2011年5月30日、9月27日、11月4日分别向被告支付购种款160万元、520万元、200万元，计880万元。
2012年3月30日，原告德农公司与被告兴建公司达成关于“两优6326”质量问题的备忘录：一、双方认为在2011年制种过程中，双方人员在制种的田间跟踪管理过程中未发现明显的低温转育现象；二、田间结束后，兴建公司依照双方签订的《杂交水稻委托生产合同》的约定将所制“两优6326”水稻种子分批运到德农公司在安徽指定的仓库，在安徽入库时双方对每批种子都有现场封存样品，有部分批次种子在江苏发货前也进行了样品封存；三、德农公司按照多年习惯抽取样品到海南进行纯度鉴定，2012年3月24日海南田间鉴定结果显示：2011年兴建种业代为生产的种子共有4个批次种子纯度低于92%，批次号分别为：101、102、105、106，共计138385公斤。海南鉴定结果还显示，同为兴建公司在同一地点生产的其他批次的“两优6326”种子的纯度高达98%以上。四、在海南鉴定结果出来之前，德农公司已将4个不合格批次的“两优6326”种子全部投入市场，而且80%以上的不合格种子已被农户购买，部分农户甚至已经播种。五、为了尽可能降低损失，德农公司和兴建公司一致同意：立即采取一切措施，尽最大努力回收已售出的种子。六、双方一致同意，按照“谁的责任，谁赔偿”的原则处理后续种子回收和赔偿问题，责任方需承担的赔偿费用包括但不限于：种子回收过程中产生的种子费、运费、人工费、差旅费、农民及经销商的索赔、市场间接损失等。七、双方一致同意尽快共同委托权威鉴定机构对质量有问题批次种子样品进行正季鉴定，双方认可按照如下顺序委托鉴定机构：农业部下属的中国水稻所、浙江省种子管理站、湖南省种子管理站。双方同意在2012年4月5日前确定鉴定机构，在2012年4月10日前向鉴定机构共同出具委托书并提交鉴定样品。向鉴定机构提取鉴定样品的方法：双方共同拆开封样，取部分样品封存用于鉴定，剩余样品应当场封存双方人员签字，以便备查或重新鉴定。
2012年4月6日，经原告德农公司和被告兴建公司共同委托，双方共同将在盐城扦封和在合肥扦封的种子样品的纯度委托浙江省种子质量检验站进行了检验。2012年9月26日，浙江省种子质量检验站出具了种子检验报告。其中在合肥扦封存的结果为：106批号种子纯度为85%，105批号种子纯度为87.1%，102批号种子纯度为90.8%，101批号种子纯度为94.3%。在江苏扦封存的106批号种子纯度为87.9%，105号种子纯度为97.8%，102批号种子纯度为97.5%，101批号种子纯度为99%。
另查明，兴建公司实际向德农公司交付种子494353公斤。其中，101批号种子数量为33605公斤，102批号种子数量为34125公斤，105批号种子数量为36595公斤，106批号种子数量为34060公斤。双方对种子收购价格为22元／公斤并无异议。
兴建公司在培育种子期间，德农公司委托技术员文国平驻场指导。在江苏封样的种子是由德农公司的技术员文国平及兴建公司的技术员丁兴祥共同签字确认封样。合肥所封样品是由德农公司委托的人员签字，兴建公司一方签字的是兴建公司委托运输的驾驶员根据委托书所签。
本案的争议焦点是：1、兴建公司为德农公司培育的种子是否合格？
本院认为，2011年5月9日，德农公司与兴建公司签订的杂交水稻委托生产合同是双方当事人的真实意思表示，且不违反相关法律法规的规定，应认定合法有效。合同签订后，德农公司根据合同的要求向兴建公司提供了亲本种子10800公斤，其中不育系8000公斤，恢复系2800公斤，并按合同约定支付了生产定金及预付款项。在培育结束后，兴建公司也按合同约定向德农公司交付了种子494353公斤，对此，双方均无异议。
在兴建公司将种子交付给德农公司后，德农公司将种子抽样送到海南进行纯度鉴定，但该抽样并不是双方认可抽取的样品，该鉴定结论不能作为双方确定种子质量的依据。德农公司与兴建公司于2012年3月30日签订的关于“两优6326”质量问题的备忘录是双方当事人的真实意思表示。从此备忘录中，双方认可了在制种的田间跟踪管理过程中未发现明显的抵温转育现象，并认可了双方在安徽入库时双方对每批种子都有现场封存样品及有部分批次种子在江苏发货前也进行了样品封存的事实。由于双方一致同意对种子的质量进行鉴定，并实际上双方均同意共同将在合肥封存的样品及在江苏封存的样品一并送到浙江省种子管理站进行鉴定，从而造成了两份样品鉴定结论出现不一致的情况。对此，本院认为，德农公司在与兴建公司签订过杂交水稻委托生产合同之后，德农公司即向兴建公司提供了亲本种子进行培育加工，并委派技术人员进场进行技术指导。在德农公司认为部分种子存在质量问题后于2012年3月30日与兴建公司达成关于“两优6326”质量问题的备忘录时，也一致认同在2011年制种田间跟踪管理过程中未发现明显的低温转育现象，因此，应认定兴建公司在种子培育过程中并不存在影响种子质量的现象。对于两次封样的过程，德农公司对在江苏封样的过程予以认可，但认为该样品虽然经过检验是合格的，但这仅能证明该批种子在发货前是合格的（其中106批次不合格），因为兴建公司需承担运输的义务，有可能中途被调包，并不能证明在交货时是合格的。兴建公司虽对在合肥封存的样品不予认可，认为代表兴建公司签封的人员是送货的驾驶员，其签名即使是真实的，驾驶员代表签字也只是对重量的认可，并不是代表对封存样品的认可。本院认为，兴建公司在委托运输时均附有委托书，其中认可驾驶员代表公司进行共同扦取种子样品，所以对该样品封存的事实应予认定。
对于该两份样品，形成不同鉴定结论该如何认定的问题。本院认为，扦样是从大量的种子中，随机取得一个重量适当、有代表性的供检样品，其目的是从一个种子批中扦取适量有代表性的送验样品供检验用。扦样是种子检验的重要环节，扦样一般应由具有专业技术的合格种子检验员负责。本案中，在江苏的封样是由德农公司的技术员文国平，兴建公司的技术员丁兴祥共同扦取封存的样品。而在合肥的样品是由德农公司委派的人员及兴建公司委托运输的驾驶人员进行的扦封，虽然兴建公司给驾驶员出具了委托书，但很明显兴建公司委托运输的驾驶人员并不具有专业的技术知识，与双方当事人在江苏的由技术人员共同封存的样品相比较，该批样品并不具有代表性。德农公司对在江苏封存的样品也是认可的，也认可该批种子在发货前是合格的，但由于兴建公司需承担运输的义务，有可能中途被调包，但对此德农公司只是一种猜测，并未提供证据予以佐证，且德农公司在收到种子后实际进行了签收，并未提出异议，故对德农公司的该辩称理由本院不予采纳。综上，对于德农公司和兴建公司在江苏和合肥共同扦样封存的两批种子，从其扦样的程序来看，将在江苏扦样封存的样品作为送检的样本更为合理。德农公司以双方在合肥封存的样品经检验主张兴建公司代为培育的四批种子不合格的理由不充分，根据双方共同认可的在江苏封存的样品检验结论，兴建公司代为培育的106批号种子纯度为87.9%，未达到双方约定的97%的纯度标准，故应认定该106批号34060公斤种子不合格。
兴建公司为德农公司代为培育的494353公斤种子，除了34060公斤106批种子纯度不符合合同约定应认定不合格、德农公司不应支付种子款外，其余种子应认定为合格种子，德农公司应按双方认可的22元／公斤向兴建公司支付价款。德农公司已付的种子款880万元及兴建公司的应付亲本种子款应从总货款中予以扣减，德农公司尚应向兴建公司支付种子款989646元（（494353-34060）公斤＊22元／公斤-（8800000元＋8000公斤＊40元／公斤＋2800公斤＊6元／公斤］）。对于兴建公司培育的106批种子不合格部分，根据双方2012年3月30日达成的关于“两优6326”质量问题的备忘录，双方一致同意，按照“谁的责任，谁赔偿”的原则处理后续种子回收和赔偿问题，所以兴建公司应当对因106批种子不合格所造成的损失向德农公司进行赔偿。根据双方签订的杂交水稻委托生产合同违约责任条款，双方共同取封存样品，如该批次种子质量达不到合同约定标准，德农公司有权采取转商、降价、让兴建公司再加工等处理办法，所以该106批次种子由德农公司转为商用或降价处理，相应款项作为其所受损失的赔偿。此外，对于德农公司因106批号种子不合格所形成的损失，德农公司所提供的证据尚不充分，且其主张的不合格种子数量与本院实际认定的数量不符，故本院酌情予以支持5万元。德农公司作为专门从事销售种子的单位，其应当在种子经鉴定合格后方可流入市场进行销售，对该批不合格种子在处理过程中所形成的其他损失由德农公司自行承担。
综上，兴建公司为德农公司培育的106批号种子的纯度应认定不符合双方合同的约定，兴建公司构成违约，因此给德农公司造成的损失应予赔偿。对于其余的种子德农公司认为不合格的证据不充分，本院不予采纳，德农公司应支付相应的种子款。据此，依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百零九条、第一百一十一条、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十二条之规定，判决如下：
一、被告江苏兴建种业有限公司赔偿原告德农种业有限公司
损失5万元；
二、反诉被告德农种业有限公司支付给反诉原告江苏兴建种
业有限公司种子款989646元。
上述两项冲抵后，德农种业有限公司应支付给江苏兴建种业
有限公司种子款939646元，限于本判决生效后十日内履行完毕。
三、驳回德农种业有限公司的其他诉讼请求。
四、驳回江苏兴建种业有限公司的其他反诉请求。
如果未按本判决指定的期限履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费56028元，由德农种业有限公司负担55228元，江苏兴建种业有限公司负担800元；反诉费11125元，由江苏兴建种业有限公司负担5733元，德农种业有限公司负担5392元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并提交副本一式三份，上诉于江苏省高级人民法院。同时根据《诉讼费用交纳办法》的规定，应向江苏省高级人民法院预交上诉案件受理费。江苏省高级人民法院开户行：中国农业银行南京市分行山西路支行，帐号10×××75。
审 判 长 李晓平
审 判 员 张晨阳
代理审判员 陈 娴
二〇一五年六月十日
书 记 员 吉元昌
附录法律条文
1、《中华人民共和国合同法》
第六十条当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
当事人应当遵循诚实信用原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。
第一百零七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
第一百零九条当事人一方未支付价款或者报酬的，对方可以要求其支付价款或者报酬。
第一百一十一条质量不符合约定的，应当按照当事人的约定承担违约责任。对违约责任没有约定或者约定不明确，依照本法第六十一条的规定仍不能确定的，受损害方根据标的的性质以及损失的大小，可以合理选择要求对方承担修理、更换、重作、退货、减少价款或者报酬等违约责任。
2、《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百四十二条法庭辩论终结，应当依法作出判决。判决前能够调解的，还可以进行调解，调解不成的，应当及时判决。