湖南省永州市冷水滩区人民法院
民 事 判 决 书
（2017）湘1103民初783号
原告:吕月明，女,1968年8月出生，汉族，现住永州市零陵区。
委托诉讼代理人:陈剑卿，男，1966年2月22日出生，汉族，现住永州市零陵区。
委托诉讼代理人:黄伟胜，湖南九子龙律师事务所律师，代理权限为一般授权。
被告：永州市中通速递有限公司，住所地永州市凤凰园珊瑚经济区158号。
法定代表人：唐艳丽，该公司经理。
委托诉讼代理人：杨长青，长沙市芙蓉区长清法律服务所法律工作者，代理权限为特别授权。
委托诉讼代理人：杨建英，湖南恒昌律师事务所律师，代理权限为一般授权。
原告吕月明与被告永州市中通速递有限公司（以下简称永州中通速递公司）合同纠纷一案，原告吕月明于2016年4月5日向本院提起诉讼。本院受理后，在诉讼过程中被告提出反诉，本院依法予以受理，经审查依法于2016年7月17日作出（2016）湘1103民初1050号民事判决，被告永州中通速递公司不服，向永州市中级人民法院提起上诉。2016年10月14日，永州市中级人民法院作出（2016）湘11民终1744号民事裁定，认为双方对于原告承包期间的零陵区域快递业务没有结算，且涉案财务结算专业性较强，较为复杂，应聘请专业司法鉴定机构进行鉴定，同时被告于2013年4月17日申请成立了永州市中通速递有限公司零陵营业部，原告的诉讼主体资格有待进一步审查确定为由，撤销了本院（2016）湘1103民初1050号民事判决，裁定发回本院重审。发回重审后，在第一次庭审前，被告撤回了反诉，并被依法准予。本院依法另行组成合议庭，适用普通程序,公开开庭进行了审理。原告吕月明及其委托诉讼代理人陈剑卿、黄伟胜、被告永州中通速递公司的委托诉讼代理人杨长青、杨建英均到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告吕月明向本院提出诉讼请求：1.判令被告立即偿还原告吕月明自2012年1月—2015年12月从事中通快递业务派送、收寄每月所产生的各类费用共计人民币1120066.31元；2.判令被告立即赔偿原告吕月明2012年2月至2017年3月3日的利息损失，具体数额以鉴定为准；3.本案的一切诉讼费用由被告承担。事实和理由：2010年上半年，原告吕月明以自然人身份在永州市××区××庄开设网点承包零陵区中通速递业务。原、被告双方签订了合同书。2011年12月以前，双方均全面履行了合同。自2012年1月开始，被告有意违约，不按中通快递信息管理系统（2015年9月更新为中通中天系统）确定的金额与原告结算，恶意拖欠。在原告的强烈要求下，被告只是在2013年的1、5、8、10月，2014年的1、3、4、5、7、8、10、11月，2015年的1、3、6月随意支付了一些款项，但与被告自2012年1月至2015年12月期间所欠款总额相差甚远。为维护自身的合法权益，请求判如所请。
原告吕月明为证实自己的诉讼主张，向法院提交了如下证据：
证据一、2010年7月6日《合同书》一份，拟证实：1.原告获得在零陵区经营中通业务的权利；2.原、被告双方通过中通中天系统进行结算；
证据二、2016年1月21日76页的《公证书》，拟证实原告与被告进行结算的费用；
证据三、《司法会计鉴定意见书》，拟证实2012年1月至2015年12月期间，被告每个月欠原告的欠款按同期银行贷款利率承担违约金的金额；
证据四、通话记录，拟证实原告曾向被告催要欠款，被告同意进行结算；
证据五、营业执照，拟证实自2013年以后吕月明是中通快递零陵区的负责人；
证据六、内资企业登记情况表，拟证实:1.永州市中通速递有限公司变更情况；2.证明其现法定代表人为唐艳丽；
证据七、规范末端收派网点所得有偿派费及结算周期通知书，拟证实上级网点对下级网点的派费支付应当在当月底结算；
证据八、零陵汽车包仓实施方案，拟证实自2013年1月1日零陵区网点每天应承担的包仓费为95元；
证据九、公证费用发票，拟证实原告支出公证费2000元；
证据十、2012年1月至2015年12月零陵区中通快递每月的业务收支明细，拟证实被告每月欠原告的费用情况，截止2015年12月被告总计应付原告各项费用1120066.31元；
证据十一、湘永会鉴字（2017）第0001号审计鉴定报告及发票，拟证实2012年1月至2015年12月期间被告尚欠原告承包费1069662.78元、逾期利息130056.49元。为此次鉴定，原告缴纳鉴定费15000元。
被告永州中通速递公司辩称：一、双方从2012年2月至同年6月30日前的业务往来金额已全部结清；二、被答辩人以个体工商户名义经营期间的义务往来已全部结清，以答辩人的零陵营业部名义经营的部分，原告起诉没有诉讼主体资格；三、被答辩人主张1120066.31元的诉讼请求不是事实，没有合法的证据予以支持，是被答辩人单方以自用的系统申请的公证材料，且被答辩人的诉讼附表说明：1.被告向原告支付的其他费用包括或部分包括发出到付应收，网点费用转入、仲裁费用；2.原告向被告支付的其他费用包括或部分包括中转费、包仓费、班车分等等，对此类费用被答辩人均未提供任何证据证明。双方经营的快递业务和结算，均受上海总公司和湖南公司的政策、规定的约束和调整，被答辩人使用的系统只能证明其经营业务量的统计数据，不能作为双方结算的依据；四、根据谁主张谁举证原则，被答辩人对其主张的1120066.31诉讼请求负有举证义务，应申请司法会计鉴定；五、答辩人所举证据证明被答辩人的诉讼请求不能成立。综上，请求依法驳回被答辩人2012年2月至2013年7月期间的诉讼请求；驳回被答辩人以答辩人的营业部名义期间的起诉。
被告永州中通速递公司为证实自己的诉讼主张，向法院提交了如下证据：
证据一、零陵营业部营业执照、申请书、负责人任命书、合同，拟证实2013年8月之后原告吕月明没有诉讼主体资格；
证据二、吕月明于2015年12月4日提交的书面材料，拟证实原、被告双方于2015年5月18日之前的账目已经全部清算终结；
证据三、中通快递总公司《情况说明书》、网络《截留派费的通知书》，拟证实:1.原告应向被告支付各项费用；2.原告诉讼请求计算错误；3.证明被告应收原告相关费用有据；
证据四、被告欠款明细表、原告应付被告各项费用明细，拟证实的证明目的同证据三;
证据五、中通业务系统下载数据光盘，拟证实原告的开支明细；
证据六、湖南中汉快递服务有限公司的情况说明二份，拟证实原告的开支明细及结算方式；
证据七、班车费用分摊标准，拟证实中通快递湖南公司收取班车费用的情况，原告应分摊的班车费用；
证据八、中通湖南公司关于截留派费的通知，拟证实从2012年6月开始，中通快递湖南公司开始收取派费截留，永州零陵地区及原告的网点，应按派件票数0.25元/票扣除派费截留费用；
证据九、关于湖南中心收到操作费用的通知，拟证实从2014年3月20日开始，中通快递湖南公司开始收取操作费（发件扫描费），按寄件票数0.1元收取；
证据十、关于包仓方案正式实施的通知，拟证实从2012年8月开始，正式实施包仓方案，包括航空包仓及班车包仓，两项费用按天收取，期间的费用有所调整；
证据十一、关于收取操作费的通知（装车费），拟证实从2015年10月开始收取装车操作费，费用按派件和寄件每件0.02元收取；
证据十二、原告的中天系统财务中心页面截图及说明，拟证实截止2016年3月2日公证之日，原告欠被告241435.7元；
证据十三、银行卡明细、转账凭证，拟证实：1.被告法定代表人唐艳丽的卡号为62×××25；2.28页证明被告2013年4月26日向原告工行卡（卡号尾数为8139）转账10000元;29页被告于2013年12月9日用支付宝向原告工行卡（卡号尾数为8139）支付10000元；30页被告2014年1月15日用支付宝向原告工行卡（卡号尾数为8139）支付12000元；31页1月25用支付宝向原告工行卡（卡号尾数为8139）支付20000元，原告只在附表中列了20000元，少列12000元；32-33页被告于2014年12月29日向原告工行卡（卡号尾数为8139）转账25000元，原告在附表中只列了20000元，少列了5000元。上述共五笔转账共77000元。
证据十四、（2017）湘永潇证监保冷字第003、004号公证书及发票，该数据系公证处去上海中通总部收集，拟证实原告提供的数据与被告的数据有误差，应以被告方的为准，为此次公证被告支付公证费19100元。
经庭审质证，对原告吕月明提交的证据，被告永州中通速递公司的质证意见为：
对证据一真实性无异议，对关联性有异议，不能证明原告的诉讼目的。1.原告的诉讼请求应符合合同第四条约定“乙方必须服从甲方按网络运转所制的一切规章制度，自觉遵守甲方的统一管理”，原告自身经营成本和相关费用，不可能要被告来承担；2.2013年7月5日为合同届满日，双方于2012年5月18日之前的帐目已全部结清，2013年5月6日之后，双方不受本合同约束；3、从2013年4月17日至今，吕月明无诉讼主体资格。
对证据二《公证书》的来源真实性无异议，对合法性、关联性持异议。
第一、申请人主体不适格，从2013年4月17日之前，吕月明为个体工商户，其有权就个人经营的事项申请公证；从2013年4月17日之后，吕月明的个体工商户经营执照已被依法注销，由永州市中通速递有限公司零陵营业部取而代之。具体的讲，其由个体经营户主体，依法变成了公司法人的分支机构，申请公证的主体应以分支机构的名义，由此证明该公证申请的主体不合法；第二，公证内容并非双方结算依据，与本案没有关联性。
对证据三《司法会计鉴定书》的三性均有异议：
对证据四第87页短信的三性均有异议；
对证据五无异议，恰好证明原告从2013年4月17日至今的经营事项，吕月明无诉讼主体资格；
对证据六、七无异议；
对证据八的真实性、合法性没有异议，但每天95元的包仓费在2013年以后是有变动的；
对证据九的真实性没有异议，合法性及关联性有异议，该公证费不应由被告承担；
对证据十提出异议，认为该证据是原告自己制作，不能作为证据使用；
对证据十一提出异议，认为1.申请进行的是司法会计鉴定，而鉴定出具的却是审计鉴定报告，审计报告与司法会计鉴定不能混同；2.审计鉴定报告依据的均为原告提供的证据，包括《2012年2月-2015年12月永州市中通快递有限公司零陵营业部收支被告欠款明细表，该表系原告自己制作，不能作为鉴定依据；3.审计鉴定报告称被告提交的公证书后附光盘缺失2013年1月至10月份的数据，且被告提供的光盘数据内容类型与原告提供的不一致，仍以原告提供的数据为准，但被告提交的公证书并未缺失数据，该数据在光盘中可查询到，且被告提供的光盘结算数据比原告的公证数据更全面，应当作为鉴定依据；4.法院向司法鉴定的委托书载明的案由为民间借贷案件，而本案为合同纠纷，不能适用贷款利息计算；被告于2017年3月3日向一审法院提交司法会计鉴定，但法院委托书载明的申请人却是原告；双方签订的承包协议并未对欠款利息进行约定，亦未约定付款时间，故委托书以欠款为基数，按中国人民银行同期贷款利率计付逾期利息无事实依据。综上，该鉴定报告无效，鉴定费与被告无关。
对被告永州中通速递公司的证据，原告吕月明的质证意见为：
对证据一营业执照、任命书无异议，对《合同书》的真实性、合法有异议，申请书与本案无关；对证据二的真实性、合法性有异议；对证据三没有异议；对证据四无异议；对证据五提出异议，认为该光盘系被告自行刻制，内容可删减，并没有经过公证，且与原告公证的系统内容不一致，不具备客观真实性，不能作为证据使用；对证据六认为系被告的上级，有利害关系，不能作为被告的证据使用；对证据七认为该方案只能说明截止2013年4月26日，永州市各中通网点应分摊的班车费共为300元，并不是零陵网点应分摊的班车费，另该证据中永州一栏后的“天“是后来人为手写添加，是伪造的证据，不应被采信，且该证据与本案无关联，该证据标注的6-9页表明的是班车费用补贴情况，而非费用的分摊，与本案无关联；10-15页仅表明长沙中通至全省多个地方的分摊费用中，永州中通及本案被告应分摊的数额，并非零陵网点应分摊的数额，当时在永州市××区这样的网点有很多，让零陵网点一家承担该费用显失公平，且对该证据的真实性亦提出异议；对证据八的真实性无异议，但认为网点承担截留派费的前提是派件与出件比例低于30%，现被告无证据证实原告每月的派件与出件的比例低于30%，所以原告并没有截留费的产生；对证据九无异议，但该费用已经在系统中自动扣除，与原告无关，被告不能再向原告收取；对证据十的真实性表示不清楚，但按照原告提交的证据八可证实，原告承包的零陵网点每天应当承担的包仓费为95元，且反映的也是永州市整个地区的包仓费；对证据十一的真实性无异议，但认为在系统中已自动扣除；对证据十二认为中汉快递公司与被告是上下级关系，该说明不能作为被告的证据，不具备真实性；对证据十三无异议，原告共收到被告支付的款项7.7万元是实；对证据十三认为原告方对该证据内容并不清楚，该证据与原告无关，原告与被告是依据原告承包区系统中体现的数据（74611）进行结算，超越该系统之外的原告无法进入，原告只能依据总公司给原告的数据进行结算。
经庭审质证，根据被告的质证意见和法律规定，对原告的证据认证如下：
被告对证据一、二、五、六、七、八、九的真实性无异议，本院依法予以采信。原告吕月明提交的证据三已为本院依法委托鉴定的证据十一所替代，对其效力依法不予采信；证据四可证实双方在起诉前，为结算之事进行协商处理的事实，对此部分证明效力，本院依法予以采信；证据十系来源于证据二，其内容与证据二公证的内容一致，对其效力，依法予以确认；证据十一系本院依法委托进行的作出的鉴定结论，对其效力，程序合法，对其效力，依法予以确认。经庭审质证，根据原告的质证意见和法律规定，对被告的证据认证如下：
原告对被告提交的证据一、三、四、十一、十三的真实性无异议，本院依法予以采信。被告提交的证据二系在起诉前原告为主张权利向被告提交，对其效力依法予以确认；证据五的来源不明，对其效力，不予确认；证据六系中通内部的规定，与原、被告之间的结算无直接关系，对其效力不予确认；证据七、八、九、十、十一，反映的包仓费、截留派费、扫描操作费用、装车操作费，根据双方的约定应以原告使用的系统内的数据为结算依据，其中派费截留、扫描操作费用、装车操作费已包含在系统内，不应另行额外计算；包仓费在本院委托鉴定的审计报告中已予认定，故对上述证据与审计报告一致的部分，确认为有效证据；否则对其效力依法不予确认；证据十二尚不足以原、被告之间结算的整个状况，对其效力，不予认定；证据十三根据原、被告双方合同的约定，应以原告方承包区使用的系统为结算依据，故该公证内容与本案无实际关联，对其效力，依法不予确认。
根据原、被告的陈述及本院依法采信的证据，查明本案如下基本事实：
2011年7月6日，原告吕月明（乙方）与被告永州中通速递公司（甲方）签订了《合同书》。合同的主要内容为：1.甲方将永州市零陵区的地方快递业务承包给乙方，在承包期间，乙方不经过甲方同意，不得跨区；2.本协议生效后，经营期为三年，三年后如需继续承包，需要重新签订协议；3.合同期未满，承包人不得擅自转包。乙方有独立的系统账户，费用由系统结算；4.乙方应合法经营，乙方人员必须服从甲方网络运转要求所制定的一切规章制度，自觉遵守甲方的统一管理。如乙方未按照甲方规章制度操作，甲方可以主动中止承包给乙方。乙方不遵守合同协议条款，甲方有权中止协议。另合同还对其他事项作了明确规定。该合同由甲方原法定代表人杨小艳签名，并加盖中通公司公章。乙方由吕月明签名。合同签订后，原告按合同约定经营至2016年7月4日。被告在开庭中认可，2014年7月合同期满后，双方未重新签订合同，而是口头约定按2011年的原合同继续履行。在此过程中，被告没有提出中止合同，被告除向原告支付了至2012年5月18日止的承包费用外，其余的费用没有与原告结算。原、被告双方协议未果，原告吕月明于2016年3月2日向永州市潇湘公证处缴纳公证费2000元，申请保全证据，该公证处于2016年1月21日作出了（2016）湘永潇证监保字第0019号公证书。对中通快递信息管理系统和中通中天系统中的部分信息（调取过程）进行了保全证据，即对零陵网店从2012年1月1日至2015年12月31日的信息数据逐月提出并打印。2016年3月20日，原告吕月明以零陵营业部负责人的名义，委托永州天元会计师事务所有限责任公司，对被告欠原告业务往来的欠款利息计算进行司法会计鉴定。鉴定意见为：2012年1月至2015年12月，永州市中通速递有限公司因业务往来，共拖欠其零陵营业部负责人吕月明逐月累计生成应付款人民币1120066.31元，截止2015年12月底，按银行同期贷款的利息为90628.15元。据此，原告向本院提起诉讼，要求被告支付2012年元月至2015年12月的各项业务费用及利息损失，本院受理后，经依法审查于2016年7月17日作出（2016）湘1103民初1050号民事判决，判决被告给付原告自2012年1月-2015年12月从事中通快递零陵区业务派送、收寄等业务每月累计所产生的各类费用共计1120066.31元，并赔偿利息损失90628.15元。该判决下发后，被告不服，提起上诉。2016年10月14日，永州市中级人民法院作出（2016）湘11民终1744号民事裁定，认为双方对于原告承包期间的零陵区域快递业务没有结算，且涉案财务结算专业性较强，较为复杂，应聘请专业司法鉴定机构进行鉴定，同时被告于2013年4月17日申请成立了永州市中通速递有限公司零陵营业部，原告的诉讼主体资格有待进一步审查确定，撤销了本院（2016）湘1103民初1050号民事判决，裁定发回本院重审。在重审过程中，原、被告双方均提出鉴定申请，本院依据举证规则的规定，确认原告负有举证责任，遂由原告作为鉴定申请人，后本院依法委托湖南永一会计师事务所对2012年1月至2015年12月期间原告承包的零陵网点的快递业务的各项费用情况及逾期付款的利息进行司法会计鉴定。2017年5月20日，该公司出具湘永会鉴字【2017】第0001号《审计鉴定报告》，认定2012年1月至2015年12月期间原告向被告承包的快递业务，被告尚欠原告承包费用1069662.78元、逾期利息为130056.49元，两者合计1199719.27元。为此次鉴定，原告缴纳鉴定费15000元。
该鉴定报告出具后，被告方提出湖南永一会计师事务所未经湖南省司法厅批准，无司法鉴定资质；且存在载明的案由错误；鉴定申请人错误；委托司法会计鉴定，而进行的是审计鉴定等理由，主张该鉴定无效。因涉及专业性较强，本院致函湖南永一会计师事务所要求予以说明。2017年6月19日，该所回函称：1.会计鉴定与审计都是以会计资料为基础，均是由专业人员运用专业的审计理论和方法，对会计资料的真实性进行审计鉴定，并获取对结果有用的证据，二者没有根本区别；2.《全国人大常务委员会关于司法鉴定管理问题的规定》第二条及司法部颁发的《司法鉴定人员登记管理办法》，均并没有将司法会计鉴定机构及人员列入登记管理范围；同时，根据《会计法》、《注册会计师法》及高检院等司法部门的规定，具有司法会计登记人员资格为公检法内部设立的，已取得司法会计鉴定权的专职司法会计；会计师事务所等中介机构的注册会计师。除上述两种人员外，其他机关、企业、事业单位的财会人员不应具有司法会计鉴定人员的资格。
另查明，在原告承包期间，2013年4月17日被告成立了永州市中通速递有限公司零陵营业部（以下简称零陵营业部），该营业部无独立法人资格，原告为负责人，该营业部所有的办公场地、人员的聘用等运营成本均由原告承担，并独立核算，自负盈亏。
本院认为：原、被告双方于2011年7月6日签订的《合同书》是双方的真实意思表示，且不违反法律禁止性规定，是依法成立之有效合同，应受法律保护，原、被告双方应遵照执行。根据合同约定，原告吕月明是被告永州中通速递公司在零陵区的快递业务承包经营者，合同规定承包期为三年。三年期满后，双方没有重新签订合同，但仍按原合同履行，对此，被告在庭审中亦予认可。在此期间的2013年4月17日，就原告承包经营的零陵区域网点，被告虽然成立了零陵营业部，但该营业部实际由原告自筹资金，承担一切经营成本，独立核算，自负盈亏，被告未承担任何出资义务。所以，在2011年7月6日至2016年7月4日期间原告吕月明实际为零陵区快递业务的承包经营者，依法具有诉讼主体资格。现原告并非该营业部的负责人，如认定在零陵营业部成立后，原告丧失诉讼主体资格，这将直接导致原告对其2013年4月17日至2016年7月4日承包期间的实体权利无法处分，显失公平，也与本案查明的原告为实际承包经营者的事实不符，故对被告提出的在零陵营业部成立后，原告即丧失主体资格的抗辩观点，本院依法不予采纳。
原告吕月明的实际经营期限为2011年7月至2016年7月。根据双方合同中的约定“乙方（原告）有独立的系统账户，费用由系统结算”，由该约定可以确认，原、被告之间系依据原告承包的零陵区域使用的中通快递信息管理系统数据进行结算。而被告对原告提交的公证书的来源及真实性并无异议，认可该公证的数据是来源于原告方的中通快递信息系统，故对被告提出的原告的公证数据不全面，应以其提供的来源于中通总部的公证数据为鉴定依据的抗辩观点，本院依法不予采信。即被告提供的公证数据虽然也来源于中通快递系统，但在该数据与原告方使用的系统数据不一致时，根据双方合同的约定应采信原告方提供的系统数据为结算依据。另对于原告方系统之外的费用，在双方无书面约定的情况下，根据证据规则的规定，应以原告的自认为结算依据。而湘永会鉴字【2017】第0001号《审计鉴定报告》系依据原告方的系统数据，并结合原告自认的系统之外应由其承担的费用而作出，是本院依法委托，虽然鉴定报告中载明的案由出现错误，但并不对鉴定结果造成实质影响。至于是原告作为鉴定申请人，还是被告作为鉴定申请人，同样也不影响鉴定结果。在双方均提出鉴定申请的情况下，本院依据举证规则确定举证义务方，确认由原告作为申请人，预交相关鉴定费用，并无不妥。对于被告就该鉴定报告提出的湖南永一会计师事务所未经省司法厅批准而无鉴定资质，及委托会计鉴定，而出具的为审计鉴定报告，故鉴定报告应无效的观点。本院在庭审后，致函湖南永一会计师事务所，该所对上述二点予以了说明。经核实，《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》第二条已明确规定，国家仅对从事法医类鉴定、物证类鉴定、声像资料鉴定、及根据诉讼需要由国务院司法行政部门、最高人民法院、中国人民检察院确定的其他应当对鉴定人和鉴定机构实行登记管理的鉴定事项的鉴定人和鉴定机构实行登记管理制度，本案进行的司法会计鉴定不属必须进行管理登记的范畴，且会计鉴定与审计鉴定没有本质区别，对被告方就此提出的观点，本院依法不予采信。据此，本院依法确认湘永会鉴字【2017】第0001号《审计鉴定报告》具有法律效力，但根据原告于2015年12月14日向被告出具的信函（被告证据二），可认定原告已认可2012年5月18日之前的费用双方已结算清楚，故对2012年1月至2012年5月期间被告的欠款25580.92元、相应的逾期付款利息7349.53元，及庭审中原告认可的未在鉴定报告认定的被告于2013年12月9日通过支付宝支付的1万元，均应从鉴定确认的2012年1月至2015年12月期间被告的总欠款1069662.78元及应付总逾期利息130056.49元中予以剔除。据此，本院依法确认被告应付原告的欠款为1034081.86元（1069662.78元-25580.92元-10000元）、应付利息为122706.96元（130056.49元-7349.53元）。综上，被告截留原告吕月明的快递业务承包经营费及逾期支付所产生的利息依法应由被告承担给付义务，因本案所产生的公证费及鉴定费亦依法应由被告承担。
另被告在本次重审诉讼过程中，于2017年3月3日第一次庭审前主动撤回了原一审中提出的反诉，在湘永会鉴字【2017】第0001号《审计鉴定报告》出具后，在2017年6月19日第二次庭审中被告方认为该报告无效，提出重新鉴定申请，并要求在新的鉴定结果出来后再行提起反诉。因本案已无重新鉴定之必要，且在法庭辩论终结前，被告未明确提出反诉申请，故被告的一系列行为已视为放弃反诉。且本案原告是就双方2012年元月至2015年12月的业务进行结算，如被告认为2016年元月至7月期间原告还应给付其应付款，可另行提起诉讼。另被告于2017年7月31日向本院主张其在2016年2月2日支付给原告的3万元，也应在2016年元月至7月期间的义务往来中进行结算。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第六十条第一款、第一百零七条、第一百零九条、第一百一十二条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款、第一百四十条，《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第二百三十二条、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条之规定，判决如下：
一、限被告永州市中通速递有限公司在本判决生效之日起七日内给付原告吕月明自2012年5月18日—2015年12月期间从事中通快递零陵区业务派送、收寄等业务每月累计所产生的各类费用共计人民币1034081.86元；
二、限被告永州市中通速递有限公司在本判决生效之日起七日内赔偿原告吕月明逾期付款的利息损失人民币122706.96元；
三、限被告永州市中通速递有限公司在本判决生效之日起七日内给付原告吕月明公证费2000元、鉴定费15000元；
四、驳回原告吕月明的其他诉讼请求。
如果被告未按本判决指定的期间履行给付金钱义务的，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本案受理费15696元，由被告永州市中通速递有限公司负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于湖南省永州市中级人民法院。
本判决生效后，当事人必须履行，一方拒绝履行的，对方当事人应当向本院书面申请执行，申请执行的期限为二年，该期限自法律文书规定履行期间的最后一日起计算，法律文书规定分期履行的，从规定的每次履行期间的最后一日起计算，逾期不申请执行的，视为放弃权利。
审 判 长 王 枫
审 判 员 匡 琼
人民陪审员 于根生
二〇一七年八月十六日
代理书记员 李 雯