四川省巴中市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）巴中民初字第51号
原告：龚明，男，1968年12月7日出生，汉族，住四川省达州市通川区。
委托诉讼代理人：黄琼，四川明炬律师事务所律师。
委托诉讼代理人：王远，四川远创律师事务所律师。
被告：巴中市易科房地产开发有限责任公司，住所地：四川省巴中市江北望王路中段航都苑B3幢1楼。
法定代表人：张锡志，该公司董事长。
委托诉讼代理人：李健，四川法之缘律师事务所律师。
第三人：中核三鑫建设工程有限公司，住所地：四川省成都市高新区天府大道中段530号东方希望天祥广场1栋4402号。
法定代表人：王永辉，该公司董事长。
委托诉讼代理人：刘登峰，四川绥定律师事务所律师。
原告龚明诉被告巴中市易科房地产开发有限责任公司（以下简称易科公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2015年10月22日立案受理后组成合议庭公开开庭进行了审理，因工作调动，合议庭成员由侯斌、彭科、杨璐菥变更为黄晓东、袁梅、郭毅。根据双方当事人申请，为查清本案事实，依法追加中核三鑫建设工程有限公司（以下简称三鑫公司）作为有独立请求权的第三人参加诉讼。审理中，原告龚明提出财产保全申请，要求查封被告易科公司名下的江北电业局后面地块巴市国用（2013）第4908号5147㎡的土地使用权以及冻结被告易科公司账户60000000.00元额度内资金及查封易科公司开发的位于巴中市江北电业局后面“魅力航都”B7、B9、B10号楼（2014）房预售证006号，（2014）房预售证015号未售楼的房屋。并由中华联合财产保险股份有限公司成都中心支公司向本院出具保单提供保险责任担保，保险金额60000000.00元。后被告易科公司提出复议及解封申请，本院先后依法作出（2015）巴中民保字第51
--1号、51--2号、51--3号、51--4号、51--5号、51--6号、51--
7、51-8号民事裁定书，对被告易科公司的银行账户予以冻结，对被告易科公司开发的“魅力航都”B7、B9、B10号楼（2014）房预售证006号，（2014）房预售证015号未售楼的房屋中除车库及双方协商同意解封的67套房屋外的房屋进行查封，对被告易科公司名下的江北电业局后面地块巴市国用（2013）第4908号5147㎡的土地使用权予以查封，后本院作出（2015）巴中民保字第51号之一、51号之二民事裁定书，解除对被告易科公司开发的位于巴中市江北电业局后面“魅力航都”B7、B9、B10号楼（2014）房预售证006号、（2014）房预售证015号未售楼中125套房屋共计11703.84㎡的查封以及解除对被告易科公司开发的位于巴中市江北电业局后面“魅力航都”地块巴市国用（2013）第4908号中B7号楼B7-Z1-15-1、B7-Z1-13-1号房屋及所对应的土地使用权的查封。案件审理中，依据双方当事人的申请，从被查封的账户中，扣划2250000.00元由原告龚明领取，扣划2240000.00元由被告易科公司领取支付农民工工资。原告龚明及其委托诉讼代理人黄琼、王远，被告易科公司的委托诉讼代理人李健、第三人三鑫公司的委托诉讼代理人刘登峰到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告龚明诉称：2012年2月20日，原告与被告签订了《“魅力航都”项目工程施工合同》，约定由原告作为承包人承建被告发包的“魅力航都”工程项目，被告应按约定向原告支付工程款，否则按每月4％的标准支付利息。合同签订后，原告按被告的通知时间施工，垫资修建了“魅力航都”B6、B7、B8、B9、B10号楼的大部分工程，但被告却未按合同约定支付工程款，导致项目被迫停工。2014年11月24日，原被告双方就被告欠款达成《“魅力航都”项目工程施工补充协议书》，对截止2014年11月23日已完成的工程及被告应付的款项、支付时间进行了约定。对下欠款40000000.00元约定在4个月内付清本金及利息（利息按月息2％或3％计算），否则原告有权停工并免于承担责任。依照双方合同的约定，原告已完成工程价款为125000000.00元，但被告仅支付了64067500.00元，欠款达60932500.00元。故原告龚明诉至本院请求判令：1.解除原被告双方于2012年2月20日签订的《“魅力航都”项目工程施工合同》、被告与第三人三鑫公司签订的《“魅力航都”项目工程施工合同》，2013年8月6日签订的《“魅力航都”项目工程施工补充合同》及2014年11月24日签订的《“魅力航都”项目工程施工补充协议书》；2.判令被告立即支付工程欠款60932500.00元；3.请求确认原告对本案中应收取的工程款就原告承建的“魅力航都”项目工程折价或拍卖的价款优先受偿；4.请求被告向原告支付欠款的利息（该利息计至2015年10月21日为1890000.00元，从2015年10月22日起至债务清偿之日的利息按每月2％的标准计付）；5.请求被告向原告赔偿停工、窝工损失1025000.00万元；本案为实现保全的担保费、保全费及本案诉讼费、鉴定费由被告承担。
被告易科公司辩称：1.工程欠款是通过招投标备案的三鑫公司承建，因此本案原告主体应是三鑫公司而不是龚明；2.对于工程欠款，法律有明文规定，逾期利息不超过银行同期利率的四倍，且被告系与三鑫公司签订的合同，三鑫公司应全额垫资；3.案涉的B9、B10号楼未竣工验收，此时不应当进行结算；4.针对原告提出的解除合同与要求履行合同约定的义务是互相矛盾的；5.优先受偿权不适用本案，龚明非本案的合同方也非实际施工人，因为对实际施工的认定，应当以三鑫公司与被告所签的合同为无效合同为条件；6.原告主张的窝工损失不应支持，诉讼费等由法院确定。
第三人三鑫公司述称：三鑫公司与被告易科公司签订的协议，实质上是为了应付龚明与被告易科公司建修工程在行政主管部门备案所用，双方并未按该合同履行，与被告易科公司实际履行合同的是龚明个人，龚明系实际施工人，双方履行合同也是按龚明与易科公司签订的协议在进行。
经审理查明：2012年2月20日，原告龚明与被告易科公司签订了《“魅力航都”项目工程施工合同》，约定由原告龚明作为承包人承建被告易科公司发包的“魅力航都”工程项目B6、B7、B8、B9、B10号楼五幢，开工时间以被告易科公司出具通知为准，第五条约定：工程计价及材料等方式为“依实际竣工完成工程按《四川省2000年建设工程设计价定额》及相关配套文件执行，并据实结算。施工期若出现新出台的相关规定调增文件，应按相同口径调整……。”第六条约定：结算价格审定为“甲方收到或视为收到乙方竣工结算书后，最迟应于30日经有资质的造价事务所审核……如乙方不认可，共同选择中介机构评估价格”，第七条约定：“乙方向甲方交纳300万元履约保证金……退还保证金未按时则按每月4％的标准支付利息。”同时约定了甲方即被告易科公司积极协助完善招投标备案手续；双方在第八条的工程款支付中约定了由原告垫资并由被告易科公司按工程进度付款，否则按每月4％的标准支付利息。双方在第十五条中约定了“本合同为招标前甲乙双方签订的对双方均有约束力的合同。由于本项目非财政资金投资项目，本合同签订后，甲方应积极支持乙方作为建筑施工企业项目负责人，甲方完善招投标程序，……本项目工程结算与违约责任以本合同为准。……相抵触的以本合同为准”。合同签订后，原告龚明按被告易科公司的通知时间施工，2012年2月21日缴纳了履约保证金，垫资购买材料、组织人力、设备等修建了“魅力航都”B6、B7、B8、B9、B10号楼的大部分工程。2012年2月23日，被告易科公司向第三人三鑫公司发出《中标通知书》，确认三鑫公司当日递交的B6、B7、B8、B9、B10号楼工程标段施工投标文件已经通过，确定三鑫公司为中标人，并要求三鑫公司3日内签订合同。2012年2月24日，被告易科公司与第三人三鑫公司签订了《“魅力航都”工程施工合同》，并在建设主管部门予以备案，其中专用合同条款16.1.1条约定：“本工程按照四川省建设工程量清单计价定额（2009）及其现行配套文件计算的竣工结算总价下浮7%。”同日，被告易科公司向三鑫公司书写说明，双方签订的该合同仅作备案使用，不作其他任何依据。
工程施工过程中，2013年8月6日，被告易科公司与第三人三鑫公司（龚明作为三鑫公司负责人）签订了《“魅力航都”项目工程施工补充合同》，对人工费进行调整，并约定该合同与2012年2月20日的合同具有同等效力。2013年9月8日，被告易科公司出具欠条，明确：已完工建筑面积46538平方米，暂按800元每平方米计算进度款共计37200000.00元。减去已拨付2600000.00元进度款，下欠34600000.00元工程进度款。并明确：下欠款资金利息按月息4%计息，每三个月支付利息一次。
2014年11月24日，龚明、易科公司双方就被告易科公司欠款达成《“魅力航都”项目工程施工补充协议书》。该补充协议约定因被告易科公司未按合同约定拨付工程进度款，原告龚明无力继续垫资导致工程停工。同时明确约定：“一、2012年2月24日，甲方与四川三鑫建筑工程有限公司签订的《魅力航都工程施工合同》，只作为备案合同使用，该备案合同不作为魅力航都工程的结算依据。本项目实际按照甲乙双方2012年2月20日签订的《“魅力航都”工程施工合同》以及2013年8月6日双方签订的《“魅力航都”项目工程补充协议》约定条款履行。二、2013年9月8日工程进度欠款概算确认为2900万元，按欠条上约定的利率计算资金利息，并经双方协商一致从欠款之日起至本补充协议签订之日止的资金利息为600万元包干。该笔资金利息甲方必需在本次复工前全额支付给乙方。三、截止2014年11月23日，乙方按合同约定提交已完工程进度款的申报资料约10060万元，甲方共支付乙方工程进度款3116万元（甲方给乙方的其他转款为甲方返还乙方交纳的保证金、借款及利息）。经甲乙双方商定，甲方下欠乙方工程进度款暂按4000万元计算，由于甲方在短期内不能拨付乙方工程款，双方约定按下述办法支付工程进度款：1.所下欠的4000万元工程进度款在本次复工一个月内支付50%（2000万元）。具体支付时间为：复工后7个工作日内支付600万元，下欠1400万元在复工后一个月内付清，若未付清，则未付清部分（以1400万为基数增减）工程进度款在一个月届满之日前5天甲方须主动向乙方沟通借款事宜，由乙方介绍出借人给甲方融资借款，利率按月利率3%计息。2.另外所欠的2000万元（即4000万元工程进度款的50%）工程进度款应在四个月内付清，支付约定如下：若甲方在四个月内支付工程进度款金额达到或超过75%即1500万元，则甲方所欠进度款未支付部分从实际复工之日2014年11月28日起第五个月月初开始按月利率3%每月支付资金利息给乙方，利息每月结付；若甲方在四个月内未能付至75%即1500万元，则甲方所欠进度款未支付部分从实际复工之日2014年11月28日起按月利率2%计算，支付时间为第五个月月初5个工作日内一次性支付资金利息给乙方；四个月后下差部分按3%月利率每月支付给乙方资金利息，利息结付时间在次月月初3个工作日之内，若甲方没有每月结付，乙方有权停工，由此造成延期交房等责任及损失由甲方承担，乙方不承担任何责任。”
另查明，因合同履行原因，2014年8月1日至2014年11月24日、2015年6月16日至2015年7月8日、2015年9月1日至2015年11月1日项目停工，2015年11月1日之后原告龚明撤出项目工地，完全停止施工，之后被告易科公司另外安排其他施工单位继续施工。
审理中双方因对工程量及工程款结算无法达成一致意见，双方均申请进行鉴定。2016年3月7日，本院委托四川山宁工程建设项目管理有限公司对诉争的“魅力航都”项目工程B6、B7、B8、B9、B10楼已完工程造价进行司法鉴定。鉴定过程中，根据原告龚明申请，2017年7月10日，本院向四川山宁工程建设项目管理有限公司出具《关于补充鉴定的函》，对鉴定内容进行补充调整。2017年7月28日和8月22日，四川山宁工程建设项目管理有限公司分别出具山宁司鉴巴（2017）01号司法鉴定报告和山宁司鉴巴（2017）02号司法鉴定补充报告。
其中山宁司鉴巴（2017）01号司法鉴定报告载明：一、按照原告龚明主张《四川省二000工程计价定额》及配套文件进行鉴定，该项目B6、B7、B8、B9、B10楼已完工程总造价为107593613.37元。二、按照被告易科公司主张《四川省建设工程工程量清单计价定额（2009）》及相关配套文件进行鉴定，该项目已完工程的总造价为93060367.42元。三、补充鉴定内容造价情况：1.在2000定额计价模式下，将人工费不再调整、材料费调整以及巴州区配套文件执行，经鉴定其已完工程量的造价为95074845.95元。2.涉案工程造价中的“直接费”分列：依据2012年2月20日签订的《“魅力航都”工程施工合同》及2013年8月6日签订的《“魅力航都”项目工程施工补充合同》2000定额计价模式，案涉工程造价中的“直接费”为98405554.13元；依据2012年2月20日签订的《“魅力航都”工程施工合同》，但不执行2013年8月6日签订《“魅力航都”项目工程施工补充合同》的2000定额计价模式（配套文件均执行巴中市相应文件，人工费调整执行川建价发（2008）38号巴中市费率，案涉工程造价“直接费”为88222936.74元；依据2012年2月24日签订《“魅力航都”工程施工合同》（备案合同）的2009定额计价模式，案涉工程造价中的“直接费”为86253186.57元。3.案涉工程中未经验收工程量造价按照2000定额计价为46532510.29元，按照2009定额计价为40417486.04元。
其中，山宁司鉴巴（2017）02号司法鉴定补充报告载明：1.在质量合格的前提下，已完工塑钢窗骨架造价为129040.00元，已完成的景观阳台栏杆镀锌方钢管骨架为148230.50元。2.华夏40型塔机租用费为114000.00元。3.安全文明施工措施费：该项目进入诉讼造价鉴定阶段时，原告龚明未能提供《建设工程安全文明施工措施评价及费率测定表》，根据《四川省建设工程安全文明施工费计价管理办法》（“2000定额”配套文件川建发[2006]107号、“2009定额”配套文件川建发[2011]6号）的规定，该工程未全面竣工验收，并且在施工合同中也没有约定安全文明施工措施费的计取办法，在《鉴定报告》（山宁司鉴巴[2017]01号）中未计算该项费用。经计算，“2000定额”涉及的安全文明施工措施费为2064262.00元，“2009定额”涉及的安全文明施工措施费为3459157.00元，供法院裁定参考。4.剩余施工材料价款无法鉴定。同时在该补充报告中明确载明，本次补充鉴定对象是在工程质量合格的前提下作出的，对本补充鉴定工程质量是否合格问题，鉴定不发表意见，且补充鉴定金额与前一次鉴定金额无重叠。
另查明，截止本案审理终结时，被告易科公司累计向原告龚明支付各类款项91860000.00元整，其中2014年11月24日前，被告易科公司向原告龚明共计支付款项47660000.00元；2014年11月24日后，被告易科公司向原告龚明支付款项44200000.00元，双方在审理中予以确认。
另查明，2013年1月1日至2014年7月31日，原告龚明B6号楼租用被告易科公司提供的华夏40塔机1台，共计19个月，但双方未约定租金标准，山宁司鉴巴（2017）02号司法鉴定补充报告鉴定认为华夏40型塔机租用费为6000.00元/月/台，总租用费用为114000.00元，但原告龚明对此有争议，认为租金费用应为4500.00元/月/台。
再查明，魅力航都项目B6号楼施工单位、监理单位、设计单位在主体结构分部工程质量验收报告中签字盖章，建设单位暨本案被告易科公司未签字盖章。魅力航都项目B7号楼施工单位、设计单位在主体结构分部工程质量验收报告中签字盖章，监理单位、建设单位暨本案被告易科公司未签字盖章。魅力航都项目B8号楼施工单位、设计单位在主体结构分部工程质量验收报告中签字盖章，监理单位、建设单位暨本案被告易科公司未签字盖章。魅力航都项目B9、B10号楼检测单位、施工单位、设计单位、勘察单位、监理单位、建设单位均在地基与基础分部工程质量验收报告以及桩基础工程质量验收报告中签字盖章，认可其质量合格。
再查明，本案审理中，原告龚明、被告易科公司在本院的主持下，对原告龚明已经采购并运至魅力航都工地的部分半成品构建（如矩形钢管栏杆、收缩缝用钢板改版等）和部分装饰、安装材料进行了清点，并办理了移交、接收，但双方均不能提供该部分材料单价的有效证据，且双方对该部分材料质量是否合格存在争议，鉴定机构对该部分材料价格无法鉴定。
还查明，四川三鑫建筑工程有限公司于2017年12月20日公司名称变更为中核三鑫建设工程有限公司。
以上事实，有《“魅力航都”工程施工合同》、《“魅力航都”项目工程补充协议》、《领单》、《欠条》、《银行转款凭证》、《司法鉴定报告》《司法鉴定补充报告》、《照片》、《质量验收报告》、原被告及第三人往来函件、《评估报告》、《质证笔录》、《询问笔录》及庭审记录等附卷为据。
本院认为，本案主要争议焦点有六点：一是龚明是否具有本案诉讼主体资格；二是两份《“魅力航都”项目工程施工合同》的效力；三是应以何种定额计算工程造价；四是未经竣工验收部分工程是否应当支付工程款；五是已经支付款项的性质及构成；六是补充鉴定结论是否应当采纳。
关于龚明是否具有本案诉讼主体资格的问题。本院认为，龚明具有诉讼主体资格。首先，龚明和易科公司于2012年2月20日签订有《“魅力航都”项目工程施工合同》，签约甲乙双方分别是易科公司与龚明，该份《“魅力航都”项目工程施工合同》中第九条载明“本项目招投标工作由甲方负责组织并完善备案手续，期间乙方应承担相应的费用。若承建该项目的施工单位资质由甲方指定提供，乙方只是承担向该施工单位缴纳3元/㎡的企业管理费用……。同时甲方指定的施工企业只负责监管工程，不参与乙方的利益分配，乙方全权负责该项目并自负盈亏。”第十五条载明：“甲方应积极支持乙方作为建筑施工企业项目负责人完善招投标程序，待本工程招投标工作结束后本合同作为备案施工合同的附件，本项目工程结算与违约责任以本合同为准。”其次，易科公司于2012年2月24日向本案第三人也即魅力航都工程中标单位三鑫公司出具的《关于“魅力航都”工程签订〈建设工程施工合同〉的说明》中载明：我公司于2012年2月24日与贵公司双方签订的《“魅力航都”B6、B7、B8、B9、B10幢建设工程施工合同》（2011标准版），该合同所有条款仅供招投标备案适用，不做其他任何依据。”第三，2013年8月6日易科公司和三鑫公司签订的《“魅力航都”项目工程施工补充合同》中龚明以项目工程负责人身份在合同上签字，且该合同第二条载明“本补充合同与原甲乙双方2012年2月20日签订的施工合同具有同等的法律效力”。第四，2013年9月8日，易科公司法定代表人张锡志出具的《欠条》中明确载明：“今欠到“魅力航都”B6＃～B10＃楼项目承建方龚明工程进度款3460.00万元。”第五，2014年11月24日，易科公司与龚明签订的《“魅力航都”项目工程施工补充协议书》中载明的工程款结算对象为易科公司与龚明。第六，2012年2月21日，易科公司出具的履约保证金《收据》中载明：“今收到四川三鑫建筑工程有限公司魅力航都B6、B7、B8、B9、B10幢工程履约保证金（龚明）”。可看出履约保证金实际缴纳人为龚明。第七，审理中三鑫公司亦明确该项目的实际施工人为龚明，三鑫公司对该工程项目不享有权利或承担义务。以上事实与证据充分证明龚明借用资质施工是易科公司和龚明协商一致的结果，在实际施工中系龚明承担实际施工责任，易科公司也一直将龚明认定为实际施工人并与之发生工程款上的支付关系，依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十六条第二款：“实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院可以追加转包人或者违法分包人为本案当事人。发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。”之规定，龚明系本案诉争标的的实际施工人，故具有本案诉讼主体资格。
关于《“魅力航都”项目工程施工合同》的效力问题。本院认为，2012年2月20日龚明和易科公司签订的《“魅力航都”项目工程施工合同》以及2012年2月24日龚明借用三鑫公司名义与易科公司签订的《“魅力航都”工程施工合同》违反了法律法规强制性规定，以合法形式掩盖非法目的，均系无效合同。首先，易科公司和龚明于2012年2月20日签订的《“魅力航都”项目工程施工合同》，龚明作为自然人，不具有建筑施工资质，依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条：“建设工程施工合同具有下列情形之一的，应当根据合同法第五十二条第（五）项的规定，认定无效：（一）承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的；（二）没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的。”故易科公司和龚明于2012年2月20日签订的《“魅力航都”项目工程施工合同》及其附件应属无效合同。其次，易科公司与三鑫公司又于2012年2月24日签订的《“魅力航都”工程施工合同》，从查明事实来看，易科公司与三鑫公司并无履行该合同的真实意思表示，其目的是为了应付建设行政管理部门的备案需要和掩盖易科公司与龚明之间非法发包承包关系的需要，属于以合法形式掩盖非法目的，依据《中华人民共和国合同法》第五十二条第一款第（三）项：“有下列情形之一的，合同无效：（三）以合法形式掩盖非法目的。”的规定，易科公司与三鑫公司于2012年2月24日签订的《“魅力航都”工程施工合同》及其附件无效。
关于以何种定额确定工程价款的问题。本院认为，应当按照2012年2月24日签订的《“魅力航都”工程施工合同》进行结算。首先，依据《中华人民共和国招标投标法》第三条：“在中华人民共和国境内进行下列工程建设项目包括项目的勘察、设计、施工、监理以及与工程建设有关的重要设备、材料等的采购，必须进行招标：（一）大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的项目；……前款所列项目的具体范围和规模标准，由国务院发展计划部门会同国务院有关部门制订，报国务院批准。”和国务院《工程建设项目招标范围和规模标准规定》第三条第(五)款：“关系社会公共利益、公众安全的公用事业项目的范围包括：……五）商品住宅，包括经济适用住房；……”的规定，本案诉争的魅力航都工程项目系商品住宅，属于必须经过招投标的公用事业项目。其次，又依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”的规定，本案工程价款结算应当依据易科公司与三鑫公司于2012年2月24日签订的《“魅力航都”工程施工合同》，暨按照四川省建设工程量清单计价定额（2009）及其现行配套文件计算的竣工结算总价下浮7%进行结算，但因其约定下浮7%的约定不符合四川省建设工程量清单计价定额（2009）及其现行配套文件规定，故本院对易科公司请求将工程价款再下浮7%的主张不予采纳。
关于已经支付款项的性质及构成问题。本院认为，虽然2014年11月24日龚明与易科公司双方就欠款达成《“魅力航都”项目工程施工补充协议书》中载明：“二、2013年9月8日工程进度欠款双方概算确认为2900万元，按欠条上约定的利率计算资金利息，并经双方协商一致从欠款之日起至本补充协议签订之日止的资金利息为600万元包干。该笔资金利息甲方必须在本次复工前全额支付给乙方。三、截止2014年11月23日，乙方按合同约定提交已完工程进度款的申报资料约10060万元，甲方共支付乙方工程进度款3116万元（甲方给乙方的其他转款为甲方返还乙方交纳的保证金、借款及利息）。”但龚明既无法提供13500000.00元借款本息借条借据，也无法合理说明13500000.00元中本金及利息的具体数额和利率。同时龚明作为个人，主张与易科公司之间发生金额如此巨大的借款，却无法证明借款形成时间、地点、款项来源、交付方式、款项流向以及借贷双方的关系、经济状况等事实，依据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第二条：“出借人向人民法院起诉时，应当提供借据、收据、欠条等债权凭证以及其他能够证明借贷法律关系存在的证据。”的规定，龚明主张易科公司已经支付款项中有13500000.00元为借款本息缺乏事实依据，应不予采纳，其有新证据时可另行主张。同时因易科公司自认其中2910000.00元为借款本金，500000.00元为利息，故应予以确认。对6000000.00元包干利息和1592500.00元进度款利息问题，因龚明无法提供证据证明该两笔款项系借款、利息，故应当确认该两笔款项为易科公司支付的工程款。综上，本院认为，在易科公司已经支付的91860000.00元中，有3410000.00元系借款本金及利息而非工程款，已经支付的工程款款项为88450000.00元。
关于补充鉴定是否应当采纳的问题。本院认为，首先，山宁司鉴巴（2017）02号司法鉴定补充报告是应龚明申请，在假设工程均合格的前提下对已安装的塑钢窗窗框、景观阳台夹胶玻璃方钢栏杆以及安全文明施工费所作出的报告，但本案中龚明并未提供已安装的塑钢窗窗框、景观阳台夹胶玻璃方钢栏杆验收合格的证据；其次，龚明未提供《建设工程安全文明施工措施评价及费率测定表》，且易科公司与龚明未约定安全文明施工费的计取办法，故龚明主张将补充鉴定报告中已安装的塑钢窗窗框、景观阳台夹胶玻璃方钢栏杆费用以及安全文明施工费计入工程总造价中缺乏法律和事实依据，本院不予支持。
关于未经竣工验收部分工程是否应当支付工程款的问题。本院认为，依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条：“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。”的规定，未经验收工程工程价款应在工程验收合格之后才应支付。而依据四川山宁工程建设项目管理有限公司出具的山宁司鉴巴（2017）01号司法鉴定报告中明确载明，按照易科公司主张《四川省建设工程工程量清单计价定额（2009）》及相关配套文件进行鉴定，该项目已完工程的总造价为93060367.42元（未下浮7%），未经验收工程量造价为40417486.04元，故易科公司应当按照约定支付的工程价款为52642881.38元，但通过审理查明，易科公司已经支付工程款为88450000.00元，已超额支付了已验收部分工程款。故本院对龚明要求易科公司支付未经验收部分工程款、本案中应收取的工程款优先受偿权、逾期支付工程款利息的主张不予支持，其可在工程验收合格后另行主张。
关于龚明主张未经验收部分已经入住属于擅自使用，应当适用《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条规定的问题。本院认为，易科公司使用未经验收的工程只能视为其无权就质量问题主张权利，但易科公司并未主张未经竣工验收部分工程质量不合格，其主张验收合格后支付工程价款的抗辩理由成立，故本院对龚明该主张不予支持。
对于停工、窝工损失的问题，因龚明未提供证据证明停工原因以及停工造成的实际损失额，故本院对龚明该主张不予支持。
对于保全担保费的问题。本院认为，因缺乏法律依据，故本院对龚明要求易科公司负担诉讼中保全的担保费的主张不予支持。
综上所述，龚明的诉讼请求缺乏事实和法律依据，应予驳回。依照《中华人民共和国合同法》第五十二条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条、第二条、第二十六条，最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第二条以及《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十二条之规定，判决如下：
一、原告龚明与被告巴中市易科房地产开发有限责任公司于2012年2月20日签订的《“魅力航都”项目工程施工合同》、被告巴中市易科房地产开发有限责任公司与第三人中核三鑫建设工程有限公司于2012年2月24日签订的《“魅力航都”项目工程施工合同》，2013年8月6日签订的《“魅力航都”项目工程施工补充合同》以及2014年11月24日签订的《“魅力航都”项目工程施工补充协议书》无效；
二、本案鉴定费1200000.00元，原告龚明负担600000.00元，被告巴中市易科房地产开发有限责任公司负担600000.00元；
三、驳回原告龚明的其他诉讼请求。
本案案件受理费356800.00元，财产保全费5000.00元，由原告龚明负担。
如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按照对方当事人或者代表人的人数提出副本，上诉于四川省高级人民法院。
审 判 长 黄晓东
审 判 员 袁 梅
审 判 员 郭 毅
二〇一八年三月八日
法官助理 苟绍阳
书 记 员 邓雨欣