北京市海淀区人民法院
民 事 判 决 书
2013年海民初字第16872号
原告（反诉被告）：北京市海淀区国有资产投资经营有限公司，住所地北京市海淀区西四环北路9号鑫泰大厦三层。
法定代表人：林屹，董事长。
委托诉讼代理人：李光辉，北京市浩盛律师事务所律师。
委托诉讼代理人：祝贺，男，北京市海淀区国有资产投资经营有限公司职员。
被告（反诉原告）：中科实业集团（控股）有限公司，住所地北京市海淀区苏州街3号南楼座1302室。
法定代表人：张国宏，董事长。
委托诉讼代理人：陶金，北京市中孚律师事务所律师。
原告（反诉被告）北京市海淀区国有资产投资经营有限公司（以下简称海国投公司）与被告（反诉原告）中科实业集团（控股）有限公司（以下简称中科集团公司）租赁合同纠纷一案，本院已于2013年1月4日作出一审判决。中科集团公司不服该判决，向北京市第一中级人民法院提起上诉。北京市第一中级人民法院于2013年5月27日作出（2013）一中民终字第3439号裁定，将本案发回本院重审。本院依法另行组成合议庭，适用普通程序，公开开庭进行了审理。原告（反诉被告）海国投公司之委托诉讼代理人李光辉、祝贺与被告（反诉原告）中科集团公司之委托诉讼代理人淘金到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
海国投公司向本院提出诉讼请求：1、判令被告向原告支付2005年1月1日至2008年12月31日的租金2989.75万元，并按照银行同期贷款利率以欠付金额为基数，从应付款之日起至实际支付之日止分段计算，赔偿原告利息损失（暂算至2009年1月10日止的利息损失为396.91万元。2、本案诉讼费由被告负担。事实和理由：海国投公司、中科集团公司曾分别经北京市海淀区人民政府（以下简称海淀区政府）和中国科学院（以下简称中科院）授权，就租赁海淀路80号中科大厦裙楼(南侧)事宜，经过友好协商达成一致。海国投公司作为甲方与乙方中科集团公司于1998年3月12日订立《租赁协议书》约定：“一、中科院根据有关规定，将中科大厦裙楼6000平方米(南侧)交海淀区用于商业配套。经海淀区政府授权，海国投公司享有该建筑的使用权。二、经双方商定，该建筑(建筑面积6000平方米)由甲方租赁给乙方使用，期限暂定三年(1998年1月1日-2000年12月31日)，租赁费每年400万元，每半年交纳一次(200万元)……。从1999年以后，每年在1月10日前和7月10日前两次交付。三、从双方长远考虑，乙方拟将在中科大厦北侧现海淀路加油站处新建一同等标准的建筑，届时将建筑中的6000平方米与现中科大厦裙楼南侧甲方的使用权置换，置换后，该租赁合同自然终止。……在三年内，由于乙方原因，该项目未动工，甲方有权从第四年开始，每年租金上浮10%。”上述租赁合同约定的租期届满时，双方达成续租协议，经海国投公司减免了部分租金后，中科集团公司付清了2004年以前的租金。续租期满，被告继续使用租赁物，原告没有提出异议，根据《合同法》第236条之规定，双方于1998年3月12日订立《租赁协议书》继续有效。为此，海国投公司多次书面、口头（当面和电话）向中科集团公司催收租金，对方却以“双方没有签订新的《中科大厦租赁协议》”为由拒付租金。造成中科集团公司拖欠海国投公司2005年1月1日至2008年12月31日的租金共计2989.75万元，严重损害了国有企业的合法权益。经查明，被告已由全民所有制企业改制为有限责任公司。为保护海淀区的国有资产不受损失，依据《民法通则》第111条、第112条和《合同法》第107条、第109条、第112条等法律规定，特具状向贵院提起诉讼，请求依法判如所请。
中科集团公司辩称，不同意原告的诉讼请求。我公司坚持原审答辩意见。一、海淀路80号中科大厦裙楼（南侧）的所有权应归我方享有。该大厦项目于1992年由中科院负责立项，1993年由中科院新成立的我公司投资建设，海淀区政府及原告并未向我方支付任何建设资金，我公司目前就中科大厦（含裙楼）持有房屋产权证，是合法的所有权人和使用权人。二、海淀区政府与中科院于1998年签订了《关于中科大厦裙楼使用的意见》（以下简称裙楼使用意见），约定将中科大厦裙楼中的6000平方米的使用权交归海淀区用于商业配套，海淀区政府同意将该面积交由我公司使用。上述约定实质是将原属于中央事业单位的国有资产无偿划转给海淀区政府。根据相关规定，进行无偿划转，应由国家国有资产管理局或财政部审批，而上述裙楼使用意见目前尚未取得相关审批，且中科院已于2004年致函海淀区政府中止了该裙楼使用意见。同时我公司一直以自己的名义对外经营管理和维护中科大厦裙楼（南侧），并缴纳相关费用。鉴于海国投公司取得使用权的依据文件属于无效且已被中科院中止，中科大厦裙楼（南侧）的所有权及使用权亦一直归我公司所有，因此海国投公司始终未能取得该裙楼的使用权，亦未向我公司交付使用权，由此也严重违反了《租赁协议书》的出租方义务。海国投公司就中科大厦裙楼（南侧）使用权提起的纠纷，属于因政府及其所属主管部门在对企业国有资产调整、划转过程中引起相关国有企业之间的纠纷，根据有关司法解释的规定，应由政府或所属国有资产管理部门处理。法院不应受理原告的起诉。就本案我方现提出如下反诉请求：1、判决双方于1998年3月12日签订的《租赁协议书》无效；2、判定反诉被告返还其已经收取的租金2800万元；3、判决反诉被告承担诉讼费用。
海国投公司针对中科集团公司反诉辩称，不同意中科集团公司的反诉请求。中科院在海淀区中关村地区因建设住宅小区，根据国务院国发[1981]103号文件及1991年9月5日北京市人民政府令25号《北京市住宅配套商业服务业用房规划建设使用管理办法》(以下简称25号令)第八条等规定，尚须规划、补建并向海淀区政府交付6000平方米商业用房。为此，中科院于1992年申请立项、规划，1993年出资设立中科集团公司在中关村加油站南侧商业及服务业预留地建设中科大厦。其中6000平方米即为规划、补建、移交给海淀区政府的配套商业用房。中科集团公司于1998年初按照海淀区政府与中科院于1993年达成的“产权分割协议”，向海淀区政府及我公司“移交商业用房”是履行法定义务，其性质属于国家征收，具有强制性、无偿性。本案涉诉房屋根本不适用中科集团公司提出的所谓《国有资产产权界定和产权纠纷处理暂行办法》中的“谁投资、谁所有”原则。本案中的《租赁协议书》依法成立、合法有效，是双方为实施“产权置换”而订立的民事债权债务关系协议。1995年底中科大厦竣工，1996年8月海淀区政府与中科院就中科院提出拟在三年内另建“创新大厦”，在“创新大厦”建成前，中科集团公司将中科大厦6000平方米房屋移交海淀区用于商业配套并返租给中科集团公司使用。“创新大厦”建成后将其中6000平方米置换中科大厦6000平方米商业用房。中科院与海淀区政府分别作为本案当事人的上级单位，于1998年1月4日签订裙楼使用意见，是为了实施产权置换而订立的指导性协议书。虽然中科集团公司于1996年底将整个中科大厦23856.3平方米房屋产权（中科集团公司只拥有9569.45平方米，其余面积的产权则属于海淀区政府等其他产权单位享有）暂时登记在其名下只是初始登记，至今尚未为海淀区政府及我公司办理中科大厦南裙楼6000平方米商业用房产权转移登记手续，但在法律上不能改变该商业用房的权属关系，不能改变海淀区政府、海国投公司对该商业用房所享有的产权。我公司与中科集团公司系1998年3月12日订立《租赁协议书》，此后在2001年、2002年、2003年又分别订立了三次续租协议，支付了7年租金。中科集团公司现就此前早已交纳的租金提出反诉，早已超过了诉讼时效，请求法院依法驳回中科集团公司的反诉请求。
双方当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。对本案事实，本院认定如下：
一、历史情况
海国投公司原名北京市海淀区国有资产投资经营公司，2011年8月18日经工商局核准变更为现用名称。中科集团公司原名中科实业集团（控股）公司，原系中国科学院国有资产经营有限责任公司全资控股公司，2008年5月30日改制。中国科学院国有资产经营有限责任公司保留35%股权，出让65%股权给其他两家公司，并将公司名称变更为现用名。
北京市规划委（原市规划局）于1979年12月14日批准中科院基建局在海淀区中关村建设用地，包括宿舍及商业服务约18600平方米；于1992年11月26日批准中科院基建管理处在海淀区中关村建设购物中心，建筑面积24000平方米。中科院基建管理处取得上述24000平方米建设项目的建设工程规划许可证。1993年5月15日，中科院基建局京区管理处住宅联合建设办公室（以下简称中科院联建办）、中国大恒公司、北京市海淀区中关村城市信用社共同签订协议书，其中约定内容有：以大恒公司为牵头单位的联建办承建“中关村技贸大厦”，裙楼约11000平方米……海淀区要求以一半面积作为海淀商业赔建（无偿提供），一半面积作为大市政（有偿提供）。1993年6月3日，中科院高技术企业局向海淀区政府发函，内容为：“中关村技贸大厦在区政府的关怀下已于93年4月奠基，其中裙楼共约11000平方米。按原与海淀区所订方案，此裙楼50%面积作为海淀区商业赔建，50%用于大市政商业赔建，垂直分割”。1993年6月14日，海淀区政府回函该局：“你局6月3日的来函收悉。经研究，原则同意你局意见，现对有关问题复函如下：1、按原定方案，请保证此裙楼50%面积（5500平方米）作为给海淀区商业赔建；2、同意大恒公司在大市政配套商业用房中购买1200平方米。与大恒公司联营事宜，待此楼建好后落实；3、如无意见，建议双方签订协议，正式生效”。该项目于1997年实际交付使用，大厦最终名称为“中科大厦”，1998年9月中科集团公司取得该大厦的所有权证书。
1998年1月4日，海淀区政府与中科院签订《关于中科大厦裙楼使用的意见》，约定：中科院与海淀区政府经友好协商，就海淀路80号中科大厦裙楼使用达成如下意见：一、根据有关文件规定和历史习惯做法，中科院应将中科大厦裙楼中6000平方米的使用权交归海淀区用于商业配套，为支持中科院的高新技术产业发展，海淀区政府同意将此面积交由中科实业集团公司使用。二、中科院感谢海淀区政府的一贯支持，并采取经济补偿的方式作为解决这一问题的过渡方案。三、中科院将开发海淀加油站，待建成后将其中6000平方米交海淀区政府，作为与中科大厦裙楼（南段）的交换。四、中科大厦裙楼北段（一至五层）将交北京市城市合作银行中关村支行使用。五、授权中科实业集团公司与海淀区国有资产投资经营公司按上述原则意见就具体事宜签订协议。
二、协议签订和后续履行情况
1998年3月12日，海国投公司与中科集团公司签订《租赁协议书》，约定：经海淀区政府和中科院分别授权海国投公司（甲方）与中科集团公司（乙方）经过友好协商，就海淀路80号中科大厦裙楼（南侧）租赁使用一事达成如下协议：一、中科院根据有关规定，将中科大厦裙楼中6000平方米（南侧）交海淀区用于商业配套，经区政府授权，海国投公司享有该建筑（建筑面积6000平方米）的使用权。二、经甲乙双方商定，该建筑（建筑面积6000平方米）由甲方租赁给乙方使用，使用期限暂定三年（1998年1月1日至2000年12月31日），租赁费每年400万元，每半年交纳一次（200万元），具体交纳时间为1998年6月30日前和12月31日前交付第一年租金。从1999年以后，每年在1月10日前和7月10日前分两次支付。三、从甲乙双方长远考虑，乙方拟将在中科大厦北侧现海淀路加油站处新建一同等标准的建筑，届时将该建筑中的6000平方米与现中科大厦裙楼南侧甲方的使用权置换，置换后租赁合同自然终止。筹建期约为三年，在筹建过程中，甲乙双方应及时沟通，相互配合，力争早日建成投入使用。在三年内，由于乙方原因，该项目未动工，甲方有权从第四年开始，每年租金上浮10%。四、上述协议甲乙双方应共同遵守，未尽事宜由双方另行商定。五、本协议一式六份，甲乙双方各执三份。
此后，海国投公司与中科集团公司又分别签订了三份补充协议，租期自2001年1月1日至2004年12月31日。其中2001年、2002年，年租金均为400万元；2003年、2004年，年租金均为500万元。在上述租赁协议及补充协议签订期限内，就租金减免问题，中科集团公司经与海国投公司多次函件沟通，最终累计向海国投公司支付2004年12月31日前的租金2800万元。2005年1月之后，双方未再续签书面租赁协议。
2004年3月31日，中科集团公司向海国投公司发出《关于办理中科大厦土地证的函》，内容为：中科大厦自1995年底竣工并交付使用以来，已取得中科大厦房产证，但由于种种原因，一直未能办理土地使用权证，给中科大厦的相关产权人带来了诸多经营或使用上的限制。最近，我们了解到，中科院主管部门正在为院内的一些改制研究所办理国有划拨土地的产权证事宜，经过我公司积极做工作争取，办理中科大厦土地证一事出现一线机会，中科院主管局的负责人已表示可以考虑此事，并要求我公司尽快提交申请文件及相关资料。鉴于中科大厦涉及贵公司6000平米面积，特请贵公司能出示证明，同意以中科实业集团（控股）公司名义先行办理土地证事宜。我公司承诺，涉及贵公司在中科大厦6000平米面积权属一事，将继续按照中科院与海淀区政府1996年签订的协议执行。
2004年5月24日，中科院向海淀区政府发出《关于终止执行<关于中科大厦裙楼使用的意见>，废止有关<租赁协议书>的函》。在该函中，中科院提出，从政策规定、现实情况、经营状况等因素考虑，提议根据北京市政府现行规定，终止执行《关于中科大厦裙楼使用的意见》，同时废止中科集团公司与海国投公司签订的《租赁协议书》。
2004年10月11日，海国投公司向中科集团公司发出《关于中科大厦6000平方米商业用房的函》，要求收回中科大厦6000平方米商业用房自行管理和经营，包括南侧裙楼即B座地下一层到地上五层的5500平方米，剩余500平方米由双方协商从中科大厦其他部分调剂。中科集团公司于2004年10月18日回函，答复称对于海国投公司提出的收回中科大厦商业配套用房使用权的要求，中科集团公司认为可以接受考虑，但需要将最终方案上报中科院主管部门批准，并作出说明：中科大厦裙楼面积共约11000平方米，现整体分为中科大厦中段和中科大厦B座两部分。在1993年，经中科院与海淀区政府协商，同意对中科大厦裙楼整体按照50%垂直分割，其中50%面积作为海淀区商业赔建（即现在的中科大厦B座），另50%面积用于大市政商业配套有偿出售（即现在的中科大厦中段）。因此，我公司认为，中科院用中科大厦裙楼交还海淀区的商业配套用房面积应为5500平方米。由于历史原因，中科大厦B座一层的使用权现已归属中国大恒所有。据介绍，中国大恒1993年参加大厦集资联建，经区政府同意，在中科大厦的中段购买了1200平方米。在北京市商业银行入驻中段时，该行以确保银行业务安全为由，强烈要求中国大恒必须让出中段2层。此事经当时中科院与区政府领导出面协调，并做了大量工作后，中国大恒作出让步，以牺牲使用面积为交换条件，由中段2层搬至B座1层。中国大恒目前在中科大厦裙楼一层拥有的建筑面积大约在1000平方米左右。关于解决B座一层问题的方案，我公司同意用中科大厦A座楼层的面积予以补偿，具体补偿方案由双方协商决定。
2004年12月15日，中科集团公司向海国投公司发函：在今年10月18日，我公司曾致函贵公司，第一，就贵公司提出收回中科大厦商业配套用房使用权一事给出了明确的交房方案建议。对2005年以后中科大厦商配楼解决方案，我公司同意向贵公司移交房屋，移交方案为：B座1-7层面积总计4182.62平方米（不含中国大恒已拥有的B座1层697.28平方米）、B座地下室面积。第二，就贵公司提出收取中科大厦租金一事，我公司提出2003年由于“非典”因素、2004年由于中关村周边新建大批写字楼以及中科大厦自身设施老化等因素，造成中科大厦近两年租金收入和出租率均大幅下跌，希望贵公司能考虑中科大厦的经营困难，减少收取中科大厦2003年租赁费100万元，2004年租赁费100万元，共计200万元。在此请贵公司对上述两个问题能给予明确的回复意见。我公司需将贵公司回复意见上报中科院国有资产投资经营管理公司批准后方能执行，请予以理解。
2004年12月17日，海国投公司回函中科集团公司：贵公司12月15日给我公司的《关于中科大厦商业配套用房问题的函》已收悉。经我公司研究，现回复如下：一、考虑到贵公司实际情况和双方长期合作关系，我公司同意贵公司提出的免除200万元租金的请求，但以贵公司能够在2004年12月25日前缴清其余400万元租金为前提。二、对贵公司提出的房屋移交方案，因中科大厦商配楼为海淀区政府委托我公司经营，我公司需将方案上报海淀区政府批准后方能最终确定。
2005年8月18日，海国投公司致函中科集团公司提出解决方案：1、终止租赁协议，由贵方回购该部分房屋产权……2、按垂直分割线归还中科大厦B座整体，不足6000平方米部分面积由双方协商从中科大厦其他部分调剂，但应相对便于我方统一管理……我方向贵方郑重提出：（1）2005年8月31日前支付欠缴的上半年租金250万元；（2）2005年8月31日前对我方提出的解决方案给予回复；（3）在双方就该部分房产解决方案签署协议正式生效前按期支付租金。否则，我方将通过法律途径维护我方合法权益。
2008年9月5日，中科集团公司向海国投公司发出《关于解决中科大厦裙楼使用权问题的复函》，内容为：贵公司2008年7月2日《关于收取中科大厦租金的函》收悉。2008年7月17日，中科集团公司崔副总裁、钟某某与贵公司李副总经理、贺某某等有关人员进行了专门会谈。中科集团公司表达如下几点意见：一、中科集团公司领导班子对于妥善解决中科大厦裙楼使用权问题是有诚意的，中科集团公司愿与贵公司本着彼此尊重、相互信任的原则，在平等协商的基础上，共同解决中科大厦裙楼的使用权问题。二、中科大厦裙楼使用权问题是一个非常复杂的历史遗留问题……三、中科院已于2004年5月24日致函海淀区政府，明确建议“区院双方按照北京市政府现行有关规定，终止执行《关于中科大厦裙楼使用的意见》，同时废止中科集团公司与海国投公司签订的《租赁协议书》。”中科集团公司遵照中科院的意见，在执行完毕双方2003年签订的《中科大厦租赁协议》后，自2005年起至今，未与贵公司签订新的《中科大厦租赁协议》。四、中科集团公司提议双方继续按照2006年初达成的移交中科大厦裙楼使用权的方案执行……对于贵公司此次来函提出支付中科大厦租金的问题，鉴于贵我双方没有签订新的《中科大厦租赁协议》，我公司不能履行向贵公司支付中科大厦租金的经济行为，并在此重申我公司对于解决该问题的上述几点意见。
2009年2月17日，海淀区政府国有资产监督管理委员会向海国投公司作出海国资发[2009]26号《关于划转“中科大厦”南裙楼6000平方米商业用房房屋产权的批复》，内容为：你公司《关于申请划归“中科大厦”南裙楼产权的请示》（海国投[2008]69号）收悉，根据区政府有关批示精神，现将“中科大厦”南裙楼6000平方米商业用房的房屋产权划转至你公司，请你公司按有关规定办理资产入账等工作。特此批复。
三、后续双方当事人涉诉情况
（一）行政诉讼
2009年，中科院国有资产经营有限责任公司（以下简称中科院国资公司）、中科集团公司不服海淀区政府国有资产监督管理委员会（以下简称海淀国资委）作出的海国资发[2009]26号《关于划转“中科大厦”南裙楼6000平方米商业用房房屋产权的批复》，向本院提起行政诉讼。本院在该行政案件中将海国投公司追加为第三人参加诉讼。中科院国资公司、中科集团公司在行政诉讼中，请求法院撤销海淀国资委于2009年2月作出的26号批复。该案经本院审理，作出（2010）海行初字第189号行政裁定书，认为中科院国资公司、中科集团公司与被诉的26号批复之间并无法律上的利害关系，故裁定驳回中科院国资公司、中科集团公司的起诉。一审裁定作出后，中科院国资公司、中科集团公司不服，提出上诉。北京市第一中级人民法院（以下简称北京市一中院），于2017年3月24日作出（2017）京01行终28号终审裁定，驳回上诉，维持一审裁定。
（二）民事诉讼
2014年，海国投公司以所有权确认纠纷为由，将中科集团公司诉至北京市一中院，请求法院确认海国投公司享有位于北京市海淀区中关村大街22号的中科大厦南裙楼6000平方米商业用房（以下简称涉诉房屋）的房屋所有权，并判令被告协助将涉诉房屋产权过户至海国投公司名下。北京市一中院审理后，于2015年12月3日作出（2014）一中民初字第2944号一审判决，驳回了海国投公司的诉讼请求。一审判决做出后，海国投公司不服提出上诉，北京市高级人民法院（以下简称北京市高院）经审理，于2016年8月1日作出于（2016）京民终28号终审判决，判决：一、撤销北京市一中院（2014）一中民初字第2944号民事判决书；二、驳回海国投公司要求确认对涉诉房屋享有所有权的诉讼请求；三、中科集团公司于判决生效之日起九十日内，协助将“位于北京市海淀区中关村大街22号的中科大厦裙楼南侧房屋（具体面积以房屋登记部门最终核准的测绘数据为准）的所有权转移登记至海国投公司名下。”上述终审判决做出后，中科集团公司向最高人民法院申请再审，最高人民法院于2016年12月21日作出（2016）最高法民申3088号民事裁定书，驳回了中科集团公司的再审申请。至2017年9月底，（2016）京民终28号民事判决已经强制执行完毕。
在（2016）京民终28号民事判决中，法院在本院认为中，就有关房屋移交协议是否达成，房屋确权与房屋变更过户登记手续的区别，曾做如下表述：1、“虽然25号令现已废止，但中科大厦开工建设、竣工、获得产权证书的时间以及海国投公司主张的双方达成产权移交协议的时间均在25号令的施行期限内（1991年10月1日至1996年12月31日），故而，在25号令不违反上位法的情况下，应能够作为海国投公司就涉案房屋主张权利的规范性依据。”2、“就合同或协议的基本构成要素来说，双方（指海国投公司与中科集团公司）通过往来函件的形式已就移交涉案房屋（即本案涉诉房屋）达成了合意，且并不存在因缺失法定形式要件而应否定其效力的情形。”3、“海国投公司一方与中科实业公司（即中科集团公司）一方在25号令的实施期限内就移交涉案房屋产权达成了合意。”4、“虽然海国投公司通过与中科实业公司签订租赁协议的方式，实现了对中科大厦裙楼南侧（B座）的占有，但不动产物权的变动除了交付外，尚需办理登记手续，现中科大厦整体登记在中科实业公司名下，故海国投公司要求直接确认其对中科大厦裙楼南侧（B）座房屋享有所有权的上诉请求，缺乏法律依据，本院不予支持。海国投公司要求判令中科实业公司将中科大厦裙楼南侧（B座）房屋所有权转移登记至其名下的上诉请求，具有事实和法律根据，本院应予支持。”
在（2016）最高法民申3088号民事裁定书中，法院明确认定：“在本案中，根据海淀区政府与中国科学院就涉案房屋的交接形成的多份往来函件的内容，以及双方在1998年达成的《使用意见》中关于中国科学院将案涉房屋使用权交归海淀区政府；海淀区政府同意再将此面积交由再审申请人（即中科集团公司）使用；经中国科学院和海淀区政府的授权，再审申请人与被申请人（即海国投公司）签订了关于案涉房屋的《租赁协议书》，由被申请人将案涉房屋出租给再审申请人使用等约定，结合其时有效的市政府25号令的规定内容，可以认定案涉当事人就案涉房屋的交接、使用等往来行为，是基于执行市政府25号令之规定。又依据海淀区国资委于2009年2月17日作出的海国资发[2009]26号《关于划转‘中科大厦’南裙楼6000平方米商业用房房屋产权的批复》，海淀区国资委已将案涉房屋产权划转至被申请人。”
本院认为，根据现有书证以及生效裁判所认定的事实，中科集团公司与海国投公司于1998年3月12日签订《租赁协议书》不仅系双方真实意思表示，未违法法律、行政法规的强制性规定，属合法有效，而且双方在《租赁协议书》签订后的一段时期内，还依照约定履行了各自的义务。现中科集团公司在反诉中主张该《租赁协议书》无效，缺乏事实和法律依据，本院不予采信。由此，中科集团公司基于《租赁协议书》无效提出的要求返还已交纳租金的反诉请求，本院不予支持。
对于海国投公司作为出租方，要求承租方中科集团公司支付欠付租金的诉讼请求。根据双方签订的一系列租赁协议所确立的租赁关系中的权利义务情况，在2004年12月31日双方最后一份书面租赁协议到期后，双方未再续签书面租赁协议。但中科集团公司亦未向海国投公司返还租赁房屋，相反，中科集团公司在与海国投公司就有关交接手续问题多次协议未果的情形下，仍继续使用涉诉房屋至今。上述事实已形成了事实上的租赁关系。进一步基于生效裁判对涉诉房屋权属归属的确认，海国投公司作为涉诉房屋权利人，有权要求中科集团公司就事实租赁关系承担支付房屋租金的义务。现海国投公司主张中科集团公司给付2005年1月1日至2008年12月31日期间的租金，本院予以支持。有关租金标准，参照双方最后一次签订书面租赁协议约定的租金标准每年500万元，2005年1月1日至2008年12月31日期间的租金应为2000万元。海国投公司就上述租金主张支付利息损失，考虑到双方之间，在形成事实租赁关系的过程中，确实就涉诉房屋使用权交付问题以及相关权利义务关系产生争议并一直处于沟通协商乃至诉讼过程中，且双方之间亦并无对延期支付租金应如何给付利息的约定，故对于海国投公司的该项诉讼请求，本院不予支持。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第五十二条第一款第一项、第五项，《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释（一）》第四条之规定，判决如下：
一、中科实业集团（控股）有限公司于本判决生效之日起十日内给付北京市海淀区国有资产投资经营有限公司二〇〇五年一月一日至二〇〇八年十二月三十一日中科大厦南裙楼配套商业用房使用费二千万元。
二、驳回北京市海淀区国有资产投资经营有限公司的其他诉讼请求。
三、驳回中科实业集团（控股）有限公司的全部反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费二十一万一千一百三十三元，已由北京市海淀区国有资产投资经营有限公司预交十万五千五百六十七元；由北京市海淀区国有资产投资经营有限公司负担六万九千三百三十三元；由中科实业集团（控股）有限公司负担十四万一千八百元，于本判决生效后七日内交纳。
反诉案件受理费九万零九百元，由中科实业集团（控股）有限公司负担，已交纳。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于北京市第一中级人民法院。
审 判 长 王继延
人民陪审员 董福利
人民陪审员 吴 健
二〇一七年十二月二十日
书 记 员 王 芳