江苏省南京市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）苏01民终6114号
上诉人（原审原告、反诉被告）：江苏苏宁物流有限公司，住所地在江苏省南京市雨花台区龙藏大道2号。
法定代表人：金明，该公司总经理。
委托诉讼代理人：徐日佳，女，该公司员工。
被上诉人（原审被告、反诉原告）：北京酵真生物科技有限公司，住所地在北京市朝阳区朝阳北路99号大悦公寓北楼810室。
法定代表人：雷军，该公司执行董事。
委托诉讼代理人：卿森泉，北京市万商天勤律师事务所律师。
委托诉讼代理人：王禹，北京市万商天勤律师事务所律师。
上诉人江苏苏宁物流有限公司（以下简称苏宁物流公司）因与被上诉人北京酵真生物科技有限公司（以下简称北京酵真公司）合同纠纷一案，不服江苏省南京市雨花台区人民法院（2016）苏0114民初5827号民事判决，向本院提起上诉。本院于2017年7月10日立案后，依法组成合议庭，于2017年8月10日公开开庭进行了审理。上诉人苏宁物流公司的委托诉讼代理人徐日佳，被上诉人北京酵真公司的委托诉讼代理人卿森泉到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
苏宁物流公司上诉请求：撤销一审判决，依法改判支持苏宁物流公司的一审全部诉讼请求，驳回北京酵真公司一审反诉请求，一、二审案件受理费由北京酵真公司承担。事实和理由：（一）对一审法院已判决支持的2016年10月12日之前仓储服务费无异议，但一审未支持2016年10月12日后的仓储服务费错误。案涉合同虽于2016年7月28日到期，但此后双方仍继续履行，形成事实仓储关系，仍应遵循原合同进行业务操作、结算，北京酵真公司应支付合同到期直至其处理完全部货物前产生的仓储费用。微信记录系关于无锡订单的发货安排，且暂不发货的理由是合同到期，无法得出苏宁物流公司拒绝北京酵真公司提取全部货物及此后再不发货的结论。苏宁物流公司2016年9月仍有发货行为，故一审法院认定苏宁物流公司自2016年8月13日行使全部货物留置权，与事实不符。（二）北京酵真公司收到苏宁物流公司发送的对账单后未及时对账结算，严重违反合同约定，应按约承担违约责任。即使应对违约金进行调整，一审酌定的5万元与北京酵真公司的违约程度远不相符，应按年利率24%计算违约金或相应提高违约金标准。北京酵真公司的主要合同义务即为付款，即使苏宁物流公司未催告，亦不能否认迟延付款事实。另即使苏宁物流公司未按约在每月10日前提供对账单，相应后果仅是北京酵真公司对账及结算日期相应顺延，而非免除其付款责任，其以苏宁物流公司未按时发送对账单为由至今拒绝付款，缺乏合法性、合理性。（三）苏宁物流公司对于货物的提取、保管不存在过错，不应承担货物损失的50%。首先，北京酵真公司未能提供其向苏宁物流公司要求提取全部货物及苏宁物流公司拒绝其提货要求的证据，货物损失并非苏宁物流公司拒绝提取所致。苏宁物流公司一审已提交证据证明2016年3月8日其向北京酵真公司发送邮件提醒产品有效期，已尽善意提醒、注意义务。合同约定的履行期限届满后，为避免发生货物损失，苏宁物流公司又于2016年10月15日向北京酵真公司发函催款要求其尽快处理即将到期产品，亦于一审庭审中要求其自行提取处置货物，避免扩大损失。但北京酵真公司始终推卸其提货义务，反而要求苏宁物流公司进行处置。其次，货物损失的直接原因是超过有效期，并非苏宁物流公司存放条件不适导致。根据发货明细，案涉货物的发货量及发货频率整体呈下滑趋势，市场占有率和知名度极低，严重滞销，产品因此过期，相应损失与苏宁物流公司无关，根据《中华人民共和国合同法》第三百九十四条第二款的规定，应由北京酵真公司自行承担。另外，行使留置权并不表明苏宁物流公司负有处置货物的义务。再次，案涉合同于2016年7月28日到期，而苏宁物流公司2016年9月仍有发货，双方关于合作继续还是终止尚在磋商过程中，在新合同未签订前，且北京酵真公司拒不配合对账、苏宁物流公司多次催款未果的情况下，苏宁物流公司即使行使留置权，亦仅系针对发往无锡的订单作出的暂时安排，尚在合理时间与范围内，并无不当。综上，北京酵真公司拖欠仓储配送费和服务费，占用苏宁物流公司仓储资源，应按合同标准支付相关费用；北京酵真公司未及时对账结算，应承担延迟付款违约责任；一审判决苏宁物流公司承担损害赔偿责任于法无据。
北京酵真公司辩称，1.过期变质的货物没有价值，且留置期满后的费用属于扩大损失，苏宁物流公司无权主张2016年10月12日后的服务费。案涉合同授权苏宁物流公司对变质货物进行处置，但该公司对已变质或即将变质的货物未予处理，不当行使留置权，导致货损持续发生，负有不可推卸的责任。2.北京酵真公司未收到告知函，且告知函出具主体并非苏宁物流公司。综上，请求驳回上诉，维持原判。
苏宁物流公司向一审法院提出诉讼请求：1.判令北京酵真公司立即支付自2016年3月起至2016年7月28日期间拖欠的运输费和仓储费894448.14元，自2016年7月份计算至2016年11月的占用服务费110538.53元，总计1004986.67元，并自2016年12月1日起至实际清偿之日止按每月服务费30109.68元（参照合同仓储服务标准）支付占用服务费；2.判令北京酵真公司支付截至2016年10月21日的延迟付款违约金71657.53元，并以1004986.67元为基数，按照年利率24%标准支付自2016年10月22日至实际支付之日止的延迟付款违约金；3.判令北京酵真公司承担诉讼费用。
北京酵真公司向一审法院提出反诉请求：1.判令苏宁物流公司赔偿货物损失1975456.5元；2.判令苏宁物流公司承担诉讼费用。
一审法院认定如下事实：2015年7月28日，苏宁物流公司与北京酵真公司签订《仓储配送服务合同》一份，约定由苏宁物流公司为北京酵真公司提供仓储配送服务，合同期限自2015年7月28日至2016年7月27日，按照合同附件规定的收费标准分类分项收费，费用按自然月结算，由苏宁物流公司通过电子邮箱于每月10日前向北京酵真公司提供上月服务费用结算账单，对账之后10日内北京酵真公司应支付服务费用。合同并就双方权利及义务、违约及赔偿责任、合同终止等事项进行了约定，其中，合同责任约定，如北京酵真公司未按时支付服务费用则每日应按所欠费用的千分之五支付违约金；苏宁物流公司在服务过程中造成北京酵真公司货物损失的，按照货物单价的80%作为赔偿标准，但北京酵真公司同意货物损耗在0.3%的范围内免除苏宁物流公司的赔偿责任；如北京酵真公司延迟支付款项，苏宁物流公司对处于其控制下的货物享有留置权，留置期二个月期限届满后，苏宁物流公司可以变卖货物并优先受偿。合同签订后，苏宁物流公司按约为北京酵真公司提供了仓储运输服务，北京酵真公司按约支付了2016年2月前的仓储运输服务费。后苏宁物流公司分别于2016年5月6日、6月20日、7月15日向北京酵真公司提交2016年3月份、3-5月份、6月份结算账单，但北京酵真公司未能及时支付相应仓储运输服务费用。
2016年8月13日，北京酵真公司员工曾要求苏宁物流公司发送其存储的货物，但苏宁物流公司以其未支付仓储服务费并要走法律程序为由，拒绝向北京酵真公司交付货物。
双方当事人一审确认，北京酵真公司应向苏宁物流公司支付2016年3月-6月份仓储运输服务费用752180.38元。截至2017年3月29日，北京酵真公司存储于苏宁物流公司的液体饮料中已过期504228瓶，未过期133308瓶。此外，苏宁物流公司提供结算单一组，以证明其向北京酵真公司主张的2016年7、8、9、10月份仓储服务费用分别为84437.79元、57829.97元、49315.50元、31113.34元，北京酵真公司认为因苏宁物流公司在8月份已行使留置权且未收到上述对账单，故不应支付上述费用。苏宁物流公司提供告知函及快递单各一份，以证明其关联公司北京苏宁物流有限公司曾向北京酵真公司催要仓储服务费并要求其提取货物，北京酵真公司称并未受到该份告知函。北京酵真公司提供电子邮件打印件一组以证明苏宁物流公司提供的仓储运输服务存在管理混乱、库存数据错误、重复出库、发货错误、延迟发货等情形，违反合同约定，苏宁物流公司认为该组证据所涉费用已在结算单中扣除；北京酵真公司提供网页打印件一份以证明案涉货物每瓶6.8元，苏宁物流公司认为每瓶市场价值应为3.4元，且双方曾协商价值为每瓶2.9元。
一审法院认为，当事人应按约全面履行自己的义务。本案中，苏宁物流公司与北京酵真公司签订的《仓储配送服务合同》系当事人真实意思表示，内容不违反法律规定，应属合法有效。苏宁物流公司向北京酵真公司提供仓储配送服务，北京酵真公司应及时支付相应服务费用，但其未能按期支付相应费用，应承担本案纠纷责任。关于北京酵真公司应支付苏宁物流公司的仓储服务费数额，北京酵真公司自2016年7月份之后实际接受苏宁物流公司的仓储运输服务，虽未对账也应参照合同标准支付相应费用，但苏宁物流公司自2016年8月13日行使留置权，且从仓储货物性质考虑，按合同约定其应在两月内对相应货物进行处置，超出该期限的费用应属苏宁物流公司自行扩大损失，应由其自行承担，故参照苏宁物流公司提供的结算单据，其主张的截至2016年10月12日前的仓储服务费955807.51元，具有事实依据，符合法律规定，一审法院予以支持。
关于苏宁物流公司主张的违约金，双方合同对违约金计算标准进行了约定，北京酵真公司未能按时支付仓储服务费应承担违约责任，但苏宁物流公司在合同履行过程中存在管理混乱、库存数据错误、重复出库、发货错误、延迟发货等情形，且发送对账单存在迟延，参照双方约定，综合考量合同履行事实，一审法院酌定北京酵真公司支付苏宁物流公司违约金5万元。
关于北京酵真公司反诉要求苏宁物流公司赔偿货物损失，根据双方提供的证据，苏宁物流公司在对北京酵真公司的仓储货物行使留置权时，明知货物存在灭损风险，未能及时处置，致使货物过期致损，苏宁物流公司应承担赔偿责任。但北京酵真公司对货物损失亦存在过错，也应承担相应责任。参照过期货物数量（504228瓶）及苏宁物流公司认可的货物价值（每瓶3.4元），并考虑货物处置成本，一审法院酌定苏宁物流公司赔偿北京酵真公司货物损失85万元。对于未过期货物（133308瓶），苏宁物流公司一审庭审中明确要求北京酵真公司进行处置，但北京酵真公司消极处置，对该货物灭损风险应由北京酵真公司承担。
综上所述，一审法院认为北京酵真公司应支付苏宁物流公司仓储服务费955807.51元及违约金5万元，苏宁物流公司应赔偿北京酵真公司货物损失85万元，北京酵真公司可行使抵销权后支付剩余仓储费用及违约金。依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百零九条、第一百一十四条、第一百二十条、第三百八十一条、第三百九十四条规定，判决：一、北京酵真生物科技有限公司于判决生效之日起十日内支付江苏苏宁物流有限公司仓储服务费955807.51元及违约金5万元，合计1005807.51元；二、江苏苏宁物流有限公司于判决生效之日起十日内赔偿北京酵真生物科技有限公司货物损失85万元。如未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。一审本诉案件受理费13939元，由北京酵真公司负担；反诉案件受理费11400元，由苏宁物流公司负担。
本院二审期间，当事人均未提交证据。对一审法院查明的事实，苏宁物流公司认为遗漏案涉合同履行期限届满后双方仍继续履行的事实。对一审法院查明事实中双方当事人均无异议的部分，除苏宁物流公司上诉意见所涉事实外，本院依法予以确认。
二审另查明：《仓储配送服务合同》第14条约定，苏宁物流公司发现货物变质或有其他损坏的，应及时通知北京酵真公司，如变质或损坏的货物危及其他货物安全或正常保管的，北京酵真公司授权苏宁物流公司先行对货物进行必要和适当处置，并于事后告知北京酵真公司具体情况。第34条约定，北京酵真公司认可货物在运输配送期间存在诸多较大的、不确定的风险，而苏宁物流公司并非根据货物价值为依据收取服务费用。第44条约定，本合同到期终止前已发生的业务，在本合同到期终止时未履行完毕的，双方应继续按照本合同的约定予以履行；服务期限届满后，北京酵真公司如需苏宁物流公司继续提供仓储配送服务，应于服务期限届满两个月前向苏宁物流公司书面提出，如苏宁物流公司同意继续提供仓储配送服务，双方应于服务期限届满三十日前就有关服务条件协商一致后另行签订书面合同，否则双方仓储配送服务关系自服务期满后自动终止。附件二《仓储服务收费标准》约定，6万瓶以内0.29元/件/月，其余货物0.58元/件/月。附件三、四分别对配送服务费、快递服务费、运输服务费收费标准进行了约定。
2016年8月13日，北京酵真公司员工通过微信联系苏宁物流公司员工称：“我刚发了个安排发货的邮件，你看下，建超这几天我一直联系不上，我就想问他，9号提走4月批次产品的准确数量有了吗？”苏宁物流公司员工回复：“我们公司已经明确走法律程序了。”北京酵真公司员工回复：“那就走吧，我也没有办法，今天的货能安排发吗……不管公对公怎么处理，在一切都没有明确实施和通知之前，我们的日常工作还是得继续的……今天下午邮件到无锡的货确认能发了吗？”苏宁物流公司员工回复：“合同到期暂时不能发货。”
2016年3月8日，“北京苏宁物流订单管理部周凤阳”通过电子邮件向北京酵真公司及苏宁物流公司员工发送在库酵真饮料保质期明细表，该表列明了存放于北京、南京等8地仓库的酵真饮料自2016年11月6日至2016年12月30日的保质期到期时间及数量。
2016年10月15日，北京苏宁物流有限公司李建超通过宅急送邮寄告知函一份，载明：“贵我两司于2015年7月28日签订为期一年的仓配一体服务合同，合同期限是2015年7月28日至2016年7月27日，该业务由我司八仓覆盖全国，现合同已经到期，新合同双方尚未订立，为了保证双方的权利和义务，便于工作开展，特通知贵司：1、自2016年3月贵司就开始拖欠仓配服务费，请贵司尽快给予支付。2、截止到今日贵司大量商品即将到期，其中今年11月份到期11173箱，12月份到期30542箱，明年4月份到期11109箱。综上，希望贵司尽快完成费用支付及到期商品处理。”上述邮件收件人填写为向敬，收件单位填写为酵真公司，收件地址填写为北京市朝阳区曙光西里甲6号院1号楼时间国际A座1206室。北京酵真公司一审陈述，经查询上述邮件由前台代收，但该公司在上述邮寄地址的办公场所并未设置前台，故该公司并未收到上述告知函，且该函件邮寄人为北京苏宁物流有限公司，并非苏宁物流公司。
又查明，双方当事人一审提交的往来邮件显示，双方往来人员包括北京酵真公司佟心及北京苏宁物流有限公司富有博、李建超等。
北京酵真公司一审对苏宁物流公司主张的2016年3月至10月的仓配服务费金额（分别为126216.68元、285452.91元、150078.24元、190432.55元、84437.79元、57829.97元、49315.50元、31113.34元）共计974876.98元无异议，但认为因苏宁物流公司不当行使留置权，且2016年10月开始货物大部分过期，故其不应承担2016年7月以后的费用。苏宁物流公司一审主张因不存在新的发货，故2016年11月及以后每月的仓储费均为30109.68元。北京酵真公司一审陈述2016年11月以后过期货物仓储费，按每月仓储费30109.68元为基数、每瓶货物0.58元计算。
苏宁物流公司一审针对北京酵真公司的反诉提交的书面答辩状载明，北京酵真公司未能提交其向苏宁物流公司要求提取货物的证据，在北京酵真公司拒不配合对账、多次催要款项未果的情况下，苏宁物流公司行使留置权并无不当。
北京酵真公司二审陈述，1.因其不可能一次消耗13万多箱货物，而苏宁物流公司具有销售平台优势，故在货物即将过期时，苏宁物流公司表示帮助处理货物，双方就此多次协商，北京酵真公司要求在苏宁云商销售平台进行销售，但苏宁物流公司未同意；2.2016年8月13日后苏宁物流公司仍有发货，故仓储费金额有所下降；3.北京酵真公司目前无处置条件及能力，且案涉货物已无价值，而苏宁物流公司应尽快处置过期货物，故北京酵真公司不予处置；4.苏宁物流公司提供的结算中仅扣除了该公司部分违约行为所应扣款，但因该公司未提供扣款明细，故目前无法区分哪些款项未予扣除；5.因苏宁物流公司2015年1月至7月的服务不符合约定，故北京酵真公司有权行使先履行抗辩权；6.北京酵真公司并无证据证明2016年8月13日后因苏宁物流公司扣留货物导致滞销。苏宁物流公司二审陈述，1.双方确曾就货物处置进行过协商，但苏宁物流公司经评估，认为产品销售不好，知名度低，且协商时有效期已近届满，销售平台不一定有能力消化，案涉货物属于高风险产品，故苏宁物流公司并未接手，双方协商未成；2.苏宁物流公司并未行使过留置权。
以上事实有《仓储配送服务合同》、电子邮件、告知函、邮寄单及一、二审笔录等为证。
经双方当事人确认，本案二审争议焦点为：1.苏宁物流公司主张的各项费用及违约金应如何计算；2.北京酵真公司主张的损失应如何认定。
本院认为，《仓储配送服务合同》系双方当事人真实意思表示，内容不违反法律、行政法规禁止性规定，应属合法有效，双方均应依约履行各自义务。虽然苏宁物流公司一审称其行使留置权合法有据，但该陈述系针对北京酵真公司主张苏宁物流公司多次拒绝其提货要求、行使留置权的反诉理由作出的答辩意见，且苏宁物流公司同时亦辩称北京酵真公司无证据证明曾要求提货而被拒绝，二审亦明确表示其并未行使留置权，故就苏宁物流公司是否根据案涉合同约定实际留置案涉货物，应根据在案证据综合分析认定。《仓储配送服务合同》约定在北京酵真公司延迟付款情况下，苏宁物流公司对其控制下的货物享有留置权，该约定系对苏宁物流公司可采取的救济权利进行的约定，不能得出该公司必须采取留置货物的救济措施之意。根据双方员工2016年8月13日微信聊天记录，苏宁物流公司表示“走法律程序”系在北京酵真公司询问“9号提走4月批次产品的准确数量”后，且在北京酵真公司询问能否向无锡发货时，答复“合同到期暂时不能发货”，无法反映出苏宁物流公司以北京酵真公司未支付仓储服务费、要走法律程序为由拒绝发货。结合双方当事人均认可的2016年8月13日后仍存在发货行为，且苏宁物流公司通过北京苏宁物流有限公司于2016年10月15日发函北京酵真公司要求其处理即将过期货物的事实，以及北京酵真公司未提交证据证明苏宁物流公司拒绝其提货请求，可以认定苏宁物流公司并未留置案涉货物，且并未要求行使留置权，故一审法院认定苏宁物流公司自2016年8月13日开始行使留置权，无事实依据，苏宁物流公司的此项上诉理由成立，本院予以采纳。北京酵真公司否认其收到告知函，因邮寄函件的为参与案涉合同履行的北京苏宁物流有限公司员工李建超，且物流查询显示邮件已妥投，故在无相反证据的情况下，应认定北京酵真公司已收到该告知函，对该公司的该项抗辩意见本院不予采纳。
因苏宁物流公司并未选择行使《仓储配送服务合同》赋予其的留置权利，故一审法院基于《仓储配送服务合同》关于留置的约定及留置不当的责任划分认定双方当事人相应权利义务，于法无据，应予纠正。虽然《仓储配送服务合同》约定如双方未在服务期限届满前三十日前续订书面合同则仓配服务关系自服务期届满后自动终止，但《仓储配送服务合同》约定的服务期限届满后，北京酵真公司未提取仓储货物，并仍要求苏宁物流公司提供配送服务，苏宁物流公司亦实际提供了配送服务，且2016年10月15日亦函告北京酵真公司尽快处置即将到期货物，并未催告北京酵真公司在合理期限内提取全部货物，且应北京酵真公司要求与其协商即将到期货物的处置方案，故应认定双方当事人在合同期限届满后，就继续由苏宁物流公司为北京酵真公司提供仓配服务达成一致合意。双方未就新的服务条件形成一致意思表示，应按照《仓储配送服务合同》条款确定。
根据《仓储配送服务合同》第14条的约定，苏宁物流公司负有在发现货物变质或有其他损坏时及时通知北京酵真公司，及在紧急情况下进行必要和适当处置的义务。根据已查明事实，苏宁物流公司已于2016年3月8日通过电子邮件形式告知北京酵真公司货物有效期届至情况及相应货物数量，并于2016年10月15日函告北京酵真公司货物有效期情况，且要求该公司尽快处置即将过期货物，已经履行了案涉合同约定的保管人通知义务。货物超过保质期并不属于危及其他货物安全或正常保管的情形，故北京酵真公司主张苏宁物流公司应在货物过期时采取处置措施，缺乏合同及法律依据，本院不予支持。因此，在苏宁物流公司已就货物有效期问题履行保管人通知义务，且苏宁物流公司并未留置案涉货物的情况下，北京酵真公司主张其不应支付2016年10月12日以后的仓配服务费，于法无据，本院不予支持。双方当事人对2016年3月至10月的仓配服务费金额为974876.98元均不持异议，本院予以确认，北京酵真公司应予支付。关于2016年11月及以后的仓配服务费，苏宁物流公司主张按每月30109.68元计算，北京酵真公司对该金额未提出异议，且在一审庭审中陈述过期货物仓储费时亦以该金额为基础进行计算，故本院对苏宁物流公司主张2016年11月及以后每月仓储费为30109.68元的意见予以采纳，北京酵真公司应按30109.68元/月标准支付自2016年11月起至案涉货物处置完毕之日止的仓储费（如当月存在实际处置行为，则按案涉合同约定的0.58元/件/月计算实际仓储费）。北京酵真公司主张过期货物无价值，故不应支付仓储费，本院认为，根据《仓储配送服务合同》第34条的约定，苏宁物流公司并非根据货物价值为依据收取服务费用，且案涉合同约定的苏宁物流公司的主要义务系为北京酵真公司提供货物仓储及配送服务，与货物是否过期、是否有价值无关，故北京酵真公司的该项抗辩意见不能成立，本院不予采纳。
就苏宁物流公司主张的违约金，《中华人民共和国合同法》第一百二十条规定：“当事人双方都违反合同的，应当各自承担相应的责任。”本案中，《仓储配送服务合同》对北京酵真公司逾期付款行为应支付的违约金进行了约定，但未对苏宁物流公司未按约提供仓配服务应支付的违约金进行约定，故合同对双方当事人违约行为应承担的违约责任约定并不对等。在合同实际履行中，北京酵真公司存在未按约支付仓配服务费的违约行为，苏宁物流公司亦存在重复出库、发货错误、延迟发货等违约行为，在双方均存在违约行为的情况下，一审法院酌定北京酵真公司支付苏宁物流公司违约金5万元，可予维持。北京酵真公司主张因苏宁物流公司存在重复出库、延迟发送对账单等违约行为，故其未支付相应仓配服务费系行使先履行抗辩权，本院认为，北京酵真公司的主合同义务即按约支付仓配服务费与苏宁物流公司的重复出库等履行瑕疵并非对待给付关系，且案涉合同并未约定在此情况下，北京酵真公司可以中止付款，故其该项理由不成立，本院不予采纳。
关于北京酵真公司一审反诉主张的货物损失，本院认为，北京酵真公司作为存货人，在与保管人苏宁物流公司协商货物处置方案未果的情况下，应及时采取措施处置储存的货物，因其未能采取措施导致货物过期产生的损失，应由北京酵真公司自行承担。苏宁物流公司上诉主张其不应对案涉货物损失承担赔偿责任，于法有据，本院予以支持。
综上所述，苏宁物流公司的上诉请求部分成立，本院予以支持；一审判决部分事实认定依据不充分，实体处理有误，应予纠正。依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百一十四条、第一百二十条、第三百八十九条、第三百九十条、第三百九十四条第二款，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第二项，《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十条规定，判决如下：
一、撤销江苏省南京市雨花台区人民法院（2016）苏0114民初5827号民事判决；
二、北京酵真生物科技有限公司于判决生效之日起十日内支付江苏苏宁物流有限公司2016年3月至2016年10月的仓配服务费974876.98元及自2016年11月起至案涉货物处置完毕之日止按30109.68元/月标准计算的仓储费（如当月存在实际处置行为，则按案涉合同约定的0.58元/件/月计算实际仓储费）；
三、北京酵真生物科技有限公司于判决生效之日起十日内支付江苏苏宁物流有限公司违约金50000元；
四、驳回江苏苏宁物流有限公司的其他诉讼请求；
五、驳回北京酵真生物科技有限公司的反诉请求。
如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审本诉案件受理费13939元，反诉案件受理费11400元，二审案件受理费13939元，合计39278元，均由北京酵真公司负担。
本判决为终审判决。
审判长 夏 雷
审判员 卞国栋
审判员 王方方
二〇一七年九月十五日
书记员 胡 戎