湖南省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）湘高法民三终字第183号
上诉人（原审原告、反诉被告）湘西自治州新辉房地产开发有限责任公司。住所地：湖南省吉首市武陵西路**号。
法定代表人肖祥新，该公司董事长。
委托代理人彭昭干，湖南共盛律师事务所律师。
上诉人（原审被告、反诉原告）湖南省第三工程有限公司。住所地：湖南省湘潭市解放南路***号。
法定代表人谈毅，该公司董事长。
委托代理人汪晋喜，湖南湘晋律师事务所律师。
委托代理人刘志林，湖南湘晋律师事务所律师。
上诉人湘西自治州新辉房地产开发有限责任公司（以下简称新辉公司）、上诉人湖南省第三工程有限公司（以下简称三公司）因建设工程施工合同纠纷一案，不服湖南省湘西土家族苗族自治州中级人民法院（2012）州民三重字第1号民事判决，向本院提出上诉。本院受理后，依法组成合议庭，于2015年10月13日公开开庭审理了本案。上诉人新辉公司的委托代理人彭昭干、上诉人三公司的委托代理人刘志林到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
新辉公司一审时诉称，其基于与被告三公司之间的建设工程施�合同纠纷，因向三公司多支付了工程款，且三公司存在违约行为，因此，诉请人民法院判令：1.被告退还原告超付的工程款2004001.78元及其相应利息；2.被告依约承担延期完工的违约金500万元；3.被告赔偿因其行为给原告造成的经济损失（因损失持续，具体数额以审理时举证为准）；4.由被告承担本案诉讼费、保全费及其他实际支出。5.被告办理其施工的边城大厦B栋房屋竣工验收手续。
三公司一审提出反诉，请求人民法院判令：1.新辉公司立即支付工程欠款830万元；2.新辉公司支付三公司违约金180万元，各项损失300万元（延期付款利息仅截止于2010年8月31日，延期付款应赔偿至付清之日止）；3.确认三公司对新辉公司开发的边城大厦享有建设工程价款优先受偿权；4.新辉公司承担本案全部诉讼费用。
原审法院查明：2006年12月27日，新辉公司（甲方）与三公司（乙方）在花垣县花垣宾馆签订边城大厦的建设工程施工合同（A）栋。该合同从工程概况及项目管理、承包范围和内容、工程价格、施工准备、建设准备、建设工期、承包与设计变更、建筑卫生、工程保修、其它、违约责任、合同生效与终止、合同份数等十五个方面明确了双方的权利义务。2008年2月29日，新辉公司（甲方）又与三公司（乙方）签订了补充协议。该协议内容为：由于建设方的要求，需在16层的基础上再增加两层及炮楼和装饰屋架。因此，甲、乙双方就此增加部分的工程造价和结算方式签订如下协议：1.17、18两层及炮楼和装饰屋架按湘建价（1999）定额及有关地方文件和实际物价、人工调差按实结算给乙方；2.17、18两层及炮楼装饰屋架主体完成封顶后，甲方按总工程价的60%支付此工程款给乙方；以上补充协议与原合同具有同等法律效力，希双方共同遵守。2008年3月30日，新辉公司（甲方）与三公司（乙方）又签订了一份补充协议。该协议内容为：经双方协商同意边城大厦A栋未完成的部分（9-11轴交A-
J轴共六层附楼）达成如下协议：由于物价不断上涨，加上施工场地的困难，因此在A栋施工时必须预留施工通道和场地，由此造成二次施工困难，经双方协商同意就（9-11轴交A-
J轴共六层附楼）在原来合同上的结算方式作出变更。1.9-11轴交A-
J轴共六层附楼的结算按湘建价（1999）定额直接费（包括施工期间材料和人工费用的调差），并结合地方性文件按实结算。2.主体期间完成地上二层盖板9楼面砼浇灌完毕后）甲方支付乙方工程进度款20万元，六层封顶后付足乙方50万元，装饰按40万元／平方米按完成工程量的85%支付给乙方。3.工程竣工后连同A栋主楼一起结算。4.工程质量、材料及其他约定等都按签定的原A栋合同执行。2008年3月30日，新辉公司（甲方）与三公司（乙方）在花垣县花垣宾馆签订边城大厦（B栋）的建设工程施工合同。该合同同样从工程概况及项目管理、承包范围和内容、工程价格、施工准备、建设工期、承包和结算付款方式、工程质量、施工防护与安全要求、施工与设计变更、建筑卫生、工程保修、其它、违约责任、合同生效与终止、合同份数等十五个方面明确了双方的权利义务。2008年6月19日，新辉公司（甲方）与三公司（乙方）又签订了一份补充协议。该协议主要对A栋所有工程完成日期和进度、B栋的付款方式、违约责任进行了约定。A栋于2009年1月4日竣工验收，B栋房屋至今未验收。两栋房屋都没有进行结算，但两栋房屋新辉公司现已实际使用。2009年，因三公司所建房屋的阳台钢化玻璃出现自爆现象，新辉公司将三公司诉至花垣县人民法院，经该院组织调解�新辉公司与三公司自愿达成了如下协议：1.由原告（新辉公司）在2009年10月18日之前向被告（三公司）提交设计院改进的设计图；2.被告在原告提交图纸后的第二天起50日内按设计要求全部安装完毕，原告要积极配合被告的施工；3.若被告未按期限履行其义务，则给付原告违约金40万元，在质量保证金中扣除。后双方因工程结算问题发生纠纷诉至法院。
重审期间，原审法院根据三公司2013年3月1日提交的申请，于2013年3月12日委托张家界市中级人民法院组织原被告双方选定张家界方正公司（以下简称方正公司）对涉案的工程价格进行司法鉴定。2015年4月14日，张家界方正公司出具鉴定意见。该鉴定意见为：1.A栋15层以下建筑面积单价包干的造价为：20784260元；2.建筑面积单价包干以外（含设计变更、基础超深、加层、补充协议、签证及通知等）可确定的造价意见为8830529.04元。其中：A建筑面积单价包干以外的工程总价为3997930.91元；B栋新建及改造造价为4832598.13元。3.有争议的部分项目造价为2994427.41元。原审法院组织双方当事人对有争议部分的项目造价进行了质证，同时方正公司接受了双方当事人的咨询，因双方当事人的分歧较大，不能达成一致意见。
原审法院认为，本案争议的焦点是：一、如何确定工程造价；二、工程款是否已经付清或超付；三、原、被告双方是否存在违约。
关于如何确定工程造价问题。原审法院对方正公司《鉴定意见书》中15层以下（含15层）建筑面积单价包干的工程造价20784260元以及建筑面积包干价以外（含设计变更、基础超深、加层、补充协议、签证及通知等）的工程造价8830529.04元（其中A栋包干价以外造价3997930.91元，B栋工程造价4832598.13元），予以确认。对原告提出的临时措施费�B栋工程造价中扣除的意见，不予采纳。对于《鉴定意见书》有争议的部分项目的工程造价，作如下认定：1.A栋15层以下内墙石灰砂浆与混合砂浆抹灰差价67625.47元，因设计院有变更为混合砂浆的通知，故应认定为混合砂浆，此处不予扣减。2.A栋有争议的地下室、管道进主电源至各户配电箱和管道井主水管安装的工程造价357752.09元，供水安装部分48656.13元，原告新辉公司与花垣自来水公司签有安装合同应当予以确认。对于强电部分工程造价309095.96元，原告新辉公司提供的证据不能证明是其另行施工，故支持被告三公司的质证意见。3、A栋原设计屋面楼梯间及构架土建、装修、水电差价375062.44元，该部分工程不属于包干范围，应当按实际结算，不支持原告新辉公司的质证意见，故不予扣减。4.A栋9／A－J轴工程造价差价434757.31元，不属于合同包干价范围，应当按实际结算�不支持原告新辉公司的质证意见，故不予扣减。5.A栋桩基抽水班台超深部分工程造价19403.88元，因施工方提供了桩基超深的证据，故该处不予扣减。6.A栋1-5层花灯工程造价70299元，以施工图纸为准，属于合同包干部分，故不予确认。7.A栋及桩基深度不足11米（不含9-11／A-J轴）工程造价28968.99元。虽合同没有明确约定，但建设方和监理公司都实际认可，故应增加工程款28968.99元。8.A栋9／A-J轴桩基深度不足11米，根据施工合同第二条的约定，对整体桩基未超过11米深的26444.52元不予支持。9.A栋未施工天棚抹灰、消防楼梯地面砖与水泥砂浆差价、洗漱台工程造价502021.45元，不予支持。因为这部分工程属合同约定范围，而实际没有施工。10.A栋2-5层外墙漆、外墙面砖与外墙铝塑板差价问题，签订承包合同时，包干价是以当时的设计为基础。所以计算差价，就应该以当时的设计和�来的实际施工之间的差价为基础。施工方的观点能够成立。该部分应该减少19201.65元。11.A栋3-5层玻璃幕墙与外墙漆的差价350480.75元，应当予以扣减。因为A栋施工合同第七条（八）项明确约定为玻璃幕墙，且施工图纸上设计的也是玻璃幕墙，不应计算外墙漆与玻璃幕墙的差价。12.A栋2-18层铝合金窗与塑钢窗差价259000.58元，因开发商书面变更通知，是对原合同的变更，应以变更通知为基础，故该部分不增不减。13.A栋3-5层踢脚砖差价7290.94元，因系设计变更造成，变更设计后施工方按要求施工，所以不应扣除，该部分应增加工程款7290.94元。14.A栋15层材料调差1742398.82元，不予认定。根据A栋工程施工合同，A栋15层以下为包干价（每平方868元包干），且原被告双方的代理人于2011年4月28日在本院主持下签订了《工程造价双方校对及处理协议》，明确约定：A栋15层以下（含15层）�筑面积单价包干部分不进入鉴定范围。根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条的规定：当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。第二十二条规定：当事人约定按照固定价结算工程价款，一方当事人请求对建设工程造价进行鉴定的，不予支持。15.A栋地下室化粪池体积增加20m3，工程造价38058元，不予扣减。原告新辉公司认为多计工程造价52000元，没有提供相关依据，对原告意见不予支持。16.B栋室外附属化粪池、检查井工程造价87570.73元，不应扣减。原告新辉公司认为该部分工程是其所做的证据不足，其质证意见不予支持。17.B栋花宾改造未安装的铝金材料价款2636.70元，应当予以扣减。被告三公司认为铝合金窗已加工好，只是未安装，但未提交任何证据，且现场没有安装铝合金窗，其质证意见不予支持。18.B栋地下室至二层给排水工程造价21821.54元，不应扣减。这部分工程属被告三公司的施工范围，原告新辉公司没有提供其施工的依据，因此，对原告的质证意见不予支持。根据以上对《鉴定意见书》中争议部分工程造价的确认，应当列入工程总造价的工程款为人民币1273721.56元（2994427.46＋48656.13＋309095.96＋28968.99-19201.65-350480.75＋7290.94-1742398.82-2636.7=1273721.56）。再加上原已确认的A栋工程造价24782190.91元、B栋工程造价4832598.13元，被告施工的边城大厦A、B栋工程总造价为30888510.6元。
关于工程款是否已经付清或超付的问题。新辉公司认为已支付被告工程款人民币32022822.31元，包括直接支付给被告的工程款29097922元，代被告垫付的各种税费1215900.31元，原告受让该公司职工的债权172万元。原审法院确认原告在诉状认可的支付工程款27442322元。对于原告代被告垫付的各种税费，并未得到被告确认，且根据双方签订的《建设工程施工合同》约定，建筑营业税由原告承担，故对原告这部分垫付的税费不予支持。原告新辉公司受让该公司职工转让的债权172万元，属于债权转让合同关系，不属本案审理范围，原告可另行起诉。本案原告应支付被告工程总价款30888510.6元，认定原告已支付工程款27442322元，原告还应支付被告工程款3446188.6元（30888510.6-27442322）。
此外，原告诉请被告办理边城大厦B栋房屋竣工验收手续，于法有据，应予以支持。
关于原被告双方是否存在违约的问题。
1.关于原告新辉公司主张被告三公司承担延期竣工违约金500万元的理由是否成立。根据原被告双方签订的边城大厦A栋《建设施工合同》第五条（一）项的约定，被告施工的边城大厦A栋工程的竣工日期约定为2008年1月8日�合同第十二条（三）项约定延期竣工每天1000元滞纳金，超过30天，按工程总造价每日0.5%计算违约金；合同第十三条（一）项又约定一方违约按工程总造价的5%向另一方支付违约金。原被告双方签订的B栋《建设施工合同》第五条约定，B栋的竣工日期为2008年8月30日，合同第十二条（三）项约定，竣工延期超过10天，每天1万元违约金。合同第十三条（一）项，违约方另按工程总造价5%向另一方支付违约金。2008年6月19日，原被告双方签订了一份《补充协议》，约定：一、A栋所有工程必须于2008年7月底完成。二、A栋付款方式如下：第一期付款：自双方签订本补充协议之时起，甲方给付乙方人民币壹佰伍拾万元整；第二期付款：完成内外墙粉刷、水电安装（厕所和屋面防水除外），拆6层外架的全部工程量时，甲方给乙方人民币壹佰万元整；第三期付款全部标准层工程量时甲方给乙方付款人民币叁佰万元整；第四期付款：A栋工程全部竣工，交付初验时甲方给乙方付款人民币叁佰万元整。三、B栋工程进度：2008年8月底拆除外架，9月底交付。四、B栋付款方式按照原双方的主合同约定的付款方式执行。五、违约责任：乙方如工程进度达不到本补充协议的要求，则按：A栋按总工程款的5‰／日承担违约责任；B栋按20000元（贰万元）／日承担违约责任。如不按本补充协议规定给乙方支付工程进度款，所造成乙方违约，乙方则不承担违约责任，同时甲方承担同乙方一样的违约责任。原审法院认为《补充协议》对主合同的竣工日期、付款方式、违约责任进行了变更，应当根据原被告双方签订的《补充协议》确定原被告双方的违约责任。原被告双方在《补充协议》中约定，被告三公司施工的边城大厦A栋工程的实际竣工日期为2008年7月底，而边城大厦工程的竣工验收日期为2009年1月4日，延期竣工156天。根据《补充协议》的约定，按A栋总工程总价款（24782190.91元）计算被告应承担的违约金数额为：19330108.91元（24782190.91×0.5%×156天＝19330108.91元）。原告主张边城大厦A栋工程延期竣工交付，于法有据，予以支持。被告施工的边城大厦B栋工程至今仍未办理竣工验收，也已构成违约，应依据合同约定承担相应的违约责任。虽按合同约定计算违约金有1000多万元，但建设方只起诉违约金500万。施工方没有证据或者证据不足以证明其在符合合同约定的条件时及时提供相关资料，要求建设方支付进度款。对于工程尾款，因双方均不认可对方的结算方案，无法确定具体的工程尾款数额，不能认定为建设方违约。所以综合考虑本案的实际情况，施工方向建设方支付违约金应在500�元以下，考虑到建设方尚欠施工方工程款3446188.6元，为减少双方矛盾，综合考虑施工方应给建设方的违约金以建设方欠付的工程款为准，两相抵扣之后，互不相欠。
2．关于被告主张原告延期支付工程款180万元违约金的理由是否成立。对于边城大厦A、B栋工程的付款方式，依据原被告双方在主合同及《补充协议》中的约定，原告应按工程进度的时间节点支付被告工程款，由于被告没有提供工程进度时间节点的证据，无法证明原告延迟支付工程进度款。故对被告反诉主张原告延期支付工程款的诉讼请求不予支持。
依据《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百一十四条，最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条、第二十二条，中华人民共和国住房城乡建设部《房屋建筑和市政基础设施工程竣工验收规定�第六条的规定，判决如下：一、湖南省第三工程有限公司应于本判决生效后三十日内办理边城大厦B栋工程验收手续。二、驳回湘西自治州新辉房地产开发有限责任公司的其他诉讼请求。三、驳回湖南省第三工程有限公司的反诉请求。本诉案件受理费55303元，诉讼保全费5000元；反诉案件受理费50200元，保全费5000元，鉴定费179900元；合计295403元，由原告新辉公司承担147701.5元，被告三公司承担147701.5元。
新辉公司不服原审判决，向本院提出上诉，请求撤销原审判决第（二）项，支持其诉讼请求；案件受理费、保全费、鉴定费由三公司承担。事实和理由如下：（一）原审判决认定事实错误。1.工程是按定额直接费计算工程造价，而定额直接费中并不包含临时措施费，被上诉人也没有在施工中修建临时设施，其临时设施都是上诉人提供的，因此，临时措施费不应计入工程造价中。2.依据设计部门已被撤销的设计变更通知认定A栋15层以下内墙石灰砂浆与混合砂浆抹灰差价计入工程造价中没有事实依据。3.将上诉人自行施工的强电工程计入工程造价系认定事实错误。该部分工程，系上诉人另行请电力公司安装队施工。4.将A栋原设计屋面楼梯间及构架土建、装修、水电差价计入工程造价系认定事实错误。该部分工程是施工合同包干范围，不应另行计算。5.将A栋9／A-J轴工程造价计入工程总造价，系认定事实错误。该部分工程不属于2008年3月30日签订的《补充协议》约定的施工范围。6.不应将A栋桩基抽水台班超深部分以及桩基深度不足11米部分计入工程造价。被上诉人施工的整个桩基未超过11米，根据合同约定，超过11米的，才由上诉人负责。7.不应将A栋6层以下外墙氟碳漆与立邦漆差价计入工程总造价。设计图纸确定的外墙为铝塑板，后改成外墙漆，而铝板的价格远高于氟碳漆价格。8.不应将A栋化粪池差价计入工程造价，该部分工程系被上诉人的施工范围。9.不应将B栋室外附属化粪池、检查井工程造价以及地下室至二层给排水工程计入工程造价，设计图中并无化粪池、检查井工程，不属于被上诉人施工范围，被上诉人也没有证据证明此施工合同之外的工程系其施工。10.上诉人实际支付的工程款为29097922元，而非一审认定的27442322元；上诉人公司员工代上诉人支付的172万元工程款，上诉人也支付给员工，此部分就计入实际支付的工程款总额中；由上诉人垫付的应当由被上诉人承担的各种规费、税金及工程维修费用应当列入实际支付的工程款中。（二）原审判决认定被上诉人支付上诉人违约金3446188.6元违反了意思自治原则，与双方在合同中约定的违约责任计算方法不符。
三公司不服原审判决，向本院提出上诉，请求撤销原审判决第（一）、（三）项。改判新辉公司向其支付工程款830万元，并按银行同期贷款利率支付自2009年3月1日起至判决书生效之日期间的逾期利息；改判新辉公司支付违约金180万元，并赔偿上诉人其他各项损失300万元；确认三公司对涉案项目享有建设工程价款优先受偿权；案件受理费由新辉公司承担。事实和理由如下：（一）原审判决认定三公司迟延履行、违约没有事实依据，对工期的认定缺乏事实证据。（二）三公司对鉴定意见的异议应该采信。（三）新辉公司违约是客观事实，应依法承担违约责任。2008年6月19日双方达成《补充协议》后，新辉公司仅付了第一期款项，未及时支付后续款项，导致工期拖延。
二审中，双方当事人均未提交新的证据。
经当庭询问，双方对原审法院查明的事实均无异议。新辉公司提�了原审法院查明事实部分一处笔误，应更正为“装饰按400元／平方米按完成工程量的85%支付给乙方”，本院经审查对该笔误予以纠正。
本院另查明，2008年12月26日，三公司向新辉公司提交了A栋决算书；2009年6月24日，三公司向新辉公司提交了B栋及改造工程结算书。
还查明，双方在施工合同中约定，工程竣工验收合格后拨付工程款总额的80%；资料整理装订成册，并经建设职能部门备案盖章后30天内付足总工程款总额的97%（原已预付的工程款减出），留下工程款总额的3%为保修金，保修金在国家规定的保修期届满后予以结算返还。
再查明，三公司于2008年4月27日、2008年5月21日、2008年6月2日、2008年6月7日、2008年6月20日向新辉公司催讨过工程进度款，新辉公司的相关人员进行了签收或新辉公司作出过回复；在履行2008年6月19日签订的补充协议过程中，三公司多次催告新辉公司完成相关配套工程以便施工。
本院认为，根据双方诉辩意见，本案二审争议焦点为：（一）涉案工程造价及实际支付工程款各是多少；（二）双方当事人是否各有违约行为及违约责任的承担。
（一）关于涉案工程造价及实际支付工程款各是多少的问题。首先是涉案工程造价。根据双方争议，本院对涉案工程造价的确定作如下分析：
第一，关于临时措施费。新辉公司称，因双方在合同中约定B栋工程是按定额直接费计算工程造价，而定额直接费中并不包含临时措施费。本院认为，因双方在合同中约定涉案工程按湘建价（1999）定额工程直接费结合地方性文件按实结算，因无“定额工程直接费”的项目，因此，应认定为双方约定按直接费结合地方性文件按实结算。而直接费包括工程直接费和临时措施费，因此，对鉴定意见中已计算的临时措施费不应再予扣除。
第二，关于A栋15层以下内墙石灰砂浆与混合砂浆抹灰差价。新辉公司认为设计单位于2011年11月24日出具说明更正了其2008年8月出具的设计变更通知单，即2008年8月设计单位出具的设计变更通知单应为无效的通知单。本院认为，设计单位系新辉公司聘请，其设计变更均应根据新辉公司的指令作出，现设计单位于2008年8月向三公司出具了设计变更通知单，应视为系基于新辉公司的指令，且三公司按设计变更进行了施工，其于2011年11月24日出具的说明并无相应证据佐证，因此，对于设计单位在几年后对自己出具的设计变更通知单位的否认不足以证明当时的设计变更未经新辉公司同意的事实。一审法院以设计变更通知单认定差价有事实依据，本院予以维�。
第三，关于强电工程是否计入工程造价。根据双方施工合同的约定，强电工程包含在施工范围之内，新辉公司提交的姚发海签字的银行转账支票存根只是写明了“安装边城大厦电缆电表等材料款”、“供电材料款”，无法判断是否将此工程交由第三人施工，亦没有工程变更资料或与第三方所签订的施工合同进行佐证，对于新辉公司的该项主张不予支持。
第四，关于A栋屋面楼梯间及构架土建、装修、水电差价，以及A栋9／A-J轴工程是否应计入工程造价。由于该两部分工程不属于合同包干范围，且双方补充协议约定“17、18层及炮楼和装饰屋架按湘建价（1999）定额及有关地方文件规定和实际物价、人工按实结算”，以及“A-11／A-J轴共6层附楼的结算方式按湘�价（1999）定额的直接费并结合地方性文件按实结算”，因此，一审法院对该两部分工程认定应按实结算有事实依据。
第五，关于A栋桩基抽水台班超深部分工程造价以及桩基深度不足11米部分的造价如何认定。新辉公司认为，所有桩基应以平均超过11米才予计算，三公司认为，单根桩基超过11米就应计算。本院认为，双方在合同中约定“乙方（即三公司）负责11米深整个工程桩基（不含地梁），超深部分由甲方负责”，根据行业一般理解，应为单根桩基超过11米即应由新辉公司负责超深部分。而本案中，三公司提交了确有295根桩基超深的证据，因此，一审法院对于此部分工程款的认定有事依据。关于桩基深度不足11米的情况是否应扣减造价。根据合同第二条的约定，本院认为，该条实际上约定的桩基均要达到11米，而根�经设计勘察、监理、施工方人员签字的单桩隐蔽记录，确有未达11米深的桩，因此，一审法院认为不予扣除系认定错误，此部分应从一审法院认定的工程总造价中扣除28968.99元。
第六，关于A栋6层以下外墙氟碳漆与立邦漆差价认定。由于施工合同第二条（三）中明确约定外墙改用立邦漆，且均包含在合同约定的包干价中，因此，应以合同中约定的立邦漆而非设计图中的铝塑板与实际施工中使用的外墙漆的差价来认定，一审法院的认定正确。
第七，关于A栋化粪池差价。由于2007年5月30日新辉公司对三公司的回复中认可了A栋化粪池的面积，因此，应增加20立方米的造价。一审法院对此部分工程造价的认定有事实依据。
第八，关于B栋室外附属化粪池、检查井工程造价以及地下室至二层给排水工程造价。此部分工程并未在双方约定的施工范围内，三公司也没有证据证明此部分工程系其施工，因此，此部分的工程应从工程造价中扣减，即扣减87570.73元。一审法院在未查明此部分工程是否在双方约定的施工范围之事实的情况下，将举证责任由建设方承担，系适用法律错误，本院予以纠正。
另外，一审法院在确认《鉴定意见书》中争议部分工程造价中，将本应不增加的供水安装部分48656.13元造价进行了计算，本院予以纠正。
据此，根据对《鉴定意见书》中争议部分工程造价的审查，此部分工程造价应为人民币1108525.71元（2994427.46＋309095.96-19201.65-350480.75＋7290.94-1742398.82-2636.7-87570.73=1108525.71）。
由此，加上鉴定意见书确定的工程造价即A栋24782190.91元，B栋4832598.13元，两栋工程总造价为30723314.75元。
关于新辉公司实际支付多少工程款的问题。新辉公司认为，其实际支付的工程款为29097922元，而非一审认定的27442322元，即上诉人公司员工代上诉人支付的172万元工程款，上诉人也已支付给员工，此部分应计入实际支付的工程款总额中；由上诉人垫付的应当由被上诉人承担的各种规费、税金及工程维修费用应当列入实际支付的工程款中。本院认为，根据双方施工合同的约定，建筑营业税由建设方即新辉公司负担，因此，新辉公司提出此部分应计入已付工程款没有事实依据，其垫付的其他费用因未经三公司认可，也无证据证明该部分工程由三公司完成，因此，对税费之外的其他垫付款应计入工程款的主张不予支付。关于172万元是否应作为工程支付款的问题。经本院查明，该172万元系肖迪文等人将对旷红文签字之债权转让给新辉公司，系债权转让的法律关系，并非实际支付的工程款，一审法院不予审理有事实和法律依据。因此，新辉公司关于前述两笔款项应计入已付工程款中的主张没有事实依据，本院不予支持。
根据涉案工程造价及工程款支付数额，新辉公司尚欠三公司工程款3280992.75元。因此，新辉公司认为三公司应向其退还多支付工程款的主张没有事实依据，三公司认为新辉公司尚欠其工程款830万元的主张亦没有事实依据，本院均不予支持。
（二）双方当事人是否各有违约行为及是否应支付违约金、赔偿款的问题。双方均上诉称对方有违约行为，应承担违约责任。三公司提出，新辉公司因未按进度支付工程款项，应向其支付违约金180万元，并赔偿其各项损失300万元；新辉公司认为三公司迟延竣工验收，应依约向新辉公司支付违约金500万元。本院认为，根据《中华人民共和国民法通则》第四条“民事活动应当遵循自愿、公平、等价有偿、诚实信用的原则”、《�华人民共和国合同法》第六十条“当事人应当按照约定全面履行自己的义务”的规定，合同当事人在签订合同后，应严格按照约定诚信履行合同义务；《中华人民共和国合同法》第一百一十四条也规定，“当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。”本案中，新辉公司和三公司在A栋、B栋施工合同的第十二条（三）、第十三条（一）中均约定了违约金的计算方法和支付数额，后双方在补充协议第五条又变更了违约金的计算方法，上述违约条款均是双方当事人的真实意思表示，人民法院应在确保不显失公平的情况下对当事人的合同约定和意思表示给予充分尊重，这不仅是遵循民事活动自愿、平等的基本原则，也有利于督促市场主体依�、诚信经营，引导诚实信用的市场经济秩序的建立。本案中，根据双方在补充协议中的约定，涉案工程应于2008年7月底竣工验收，但涉案工程A栋实际竣工验收时间为2009年1月4日，迟延156天；且B栋至今仍未办理竣工验收手续。根据双方在补充协议第五条中对于违约责任的约定，仅就A栋工程，三公司即应支付违约金约1900万元。三公司在本案中未提出违约金过高的问题，且新辉公司在本案中只主张500万元的违约金，远远低于按双方合同计算的违约金数额，因此，对于新辉公司提出的500万元的违约金本院予以支持。
对于三公司主张的工程款利息和新辉公司违约责任的问题。从二审查明的事实看，新辉公司尚欠三公司工程款3280992.75元，在本案中，三公司主张了工程款利息，根据查明的事实，工程一直未予结算，但在2008年12月26日至2009年6月24日，三公司向新辉公�提交了A栋决算书、B栋及改造工程结算书，也就是说，最迟在2009年6月24日，三公司向新辉公司提交了A、B两栋的结算资料。根据双方合同的约定，资料整理装订成册，经建设职能部门备案盖章后30日内付足总工程款的97%，留下工程款总额的3%为保修金，在国家规定的保修期满后予以结算返还。由于新辉公司没有证据证明其在收到结算书后对三公司进行过结算反馈，且结合新辉公司已实际使用和销售涉案工程之事实，本院认为，新辉公司于2009年7月24日之前即应向三公司支付97%的工程款。根据本院认定的工程造价30723314.75元，即应支付29801615.31元，但新辉公司实际支付了27442322元，尚有2359293.31元工程款未支付；该笔工程款应从2009年7月25日起以中国人民银行发布的同期同类银行贷款利率计算利息，计算至本判决作出时止。结合2009年7月25日至2015年中国人民银行发�的同期同类贷款利率，本院酌定本案工程款按6%的年利率计算，共计1132460.79元。根据合同的约定以及《建设工程质量管理条例》的规定，另3%的保修金921699.44元按5年的保修期计算，从2012年7月25日计算利息，计算到本判决作出时止，按6%的年利率计算，共计165905.89元。两项利息合计1298366.68元。即新辉公司应向三公司支付工程款及利息4579359.43元。该笔款项充抵三公司应向新辉公司支付的500万元的违约金，三公司还应向新辉公司支付420640.57元违约金。但是，由于三公司于2008年4月27日、2008年5月21日、2008年6月2日、2008年6月7日、2008年6月20日均向新辉公司催讨过工程进度款，说明新辉公司确有进度款未按合同及时支付的情形；另者，在双方签订补充协议后，三公司亦多次催告新辉公司完成相关配套事项的情形，由此，可以认定新辉公司在合同履行过程中亦存在一定过错。本院认为，从公平原则出发，新辉公司应承担的违约责任可与三公司应向其支付的420640.57元违约金相互抵扣。三公司还主张新辉公司应向其支付300万元的赔偿款，但三公司未提交证据证明损失的存在，因此，对该主张不予支持。再者，在新辉公司欠付之工程款已与三公司应向新辉公司支付的违约金抵扣的情况下，三公司关于优先受偿权的主张再无事实依据。
综上所述，上诉人新辉公司关于三公司应向其支付违约金的上诉请求有事实和法律依据，应依法予以支持；其关于三公司应向其退还多付的工程款的上诉请求没有事实和法律依据，应依法予以驳回。上诉人三公司关于新辉公司违约，应承担一定的违约责任的主张部分成立，应予以部分支持；其关于新辉公司还应向其支付工程款830万元、赔偿款300万元、就涉案工程优先受偿的上诉请求没有事实和�律依据，应依法予以驳回。原审判决认定事实基本清楚，适用法律确有不当，但不影响最终裁判结果，本院依法予以维持。依照《中华人民共和国民法通则》第四条，《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百一十四条，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项之规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
本案一审案件受理费55303元，诉讼保全费5000元，反诉案件受理费50200元，保全费5000元，鉴定费179900元，合计295403元，由湘西自治州新辉房地产开发有限责任公司和湖南省第三工程有限公司各承担147701.5元；二审案件受理费125203元，由湘西自治州新辉房地产开发有限责任公司承担55303元，由湖南省第三工程有限公司承担69900元。
本判决为终审判决。
审 判 长 陈小珍
代理审判员 徐 康
代理审判员 曾志燕
二〇一五年十二月六日
书 记 员 石思敏