广西壮族自治区南宁市青秀区人民法院
民 事 判 决 书
（2012）青民一初字第1109号
原告：林海，个体户。
委托代理人：李济见，广西作一律师事务所律师。
委托代理人：何立武。
被告：北京建工大地建筑工程有限责任公司，住所地：北京市东城区。
法定代表人：王学智。
被告：北京建工大地建筑工程有限责任公司南宁分公司，住所地：南宁市建政东路。
负责人：王学智，经理。
委托代理人：陈剑，广西广合律师事务所律师。
委托代理人：黄斌，广西广合律师事务所律师助理。
被告：广西中缅房地产开发有限公司，住所地：南宁市青山路。
法定代表人：周宇浩，董事长。
委托代理人：黄耀彬，广西广合律师事务所律师。
原告林海诉被告北京建工大地建筑工程有限责任公司（以下简称建工大地公司）、北京建工大地建筑工程有限责任公司南宁分公司（以下简称建工大地南宁分公司）、广西中缅房地产开发有限公司（以下简称中缅公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院受理后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告林海及其委托代理人李济见、被告建工大地南宁分公司的委托代理人陈剑、中缅公司的委托代理人黄耀彬到庭参加了诉讼。被告建工大地公司经本院依法公告传唤，无故未到庭参加诉讼，本院依法缺席审理。本案现已审理终结。
原告林海诉称：德利·凤岭世家（缅甸园区）是中缅公司发包给建工大地公司的工程项目，原告与被告建工大地南宁分公司于2008年9月29日签订了一份《建筑工程项目承包协议书》，该协议书中双方约定，建工大地南宁分公司将位于南宁市中国
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东盟商务区内建筑面积为4601㎡的“缅甸联络处商务楼”交给原告组织施工。之后，原告与被告建工大地南宁分公司于2009年2月10日签订了第二份《建筑工程项目承包协议书》，在该协议书中双方约定被告建工大地南宁分公司将位于南宁市中国
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东盟商务区内建筑面积为16371.11㎡的德利·凤岭世家办公楼、1#、2#、3#楼给原告具体组织施工，协议还约定工程范围及内容：按设计图纸施工，包括土建、水电安装、防雷、消防工程，不含电梯工程，工程范围及内容详见《建筑工程项目承包协议书》。之后，就2009年2月10日签订的《建筑工程项目承包协议书》有关事项进行再次明确，原告与被告建工大地南宁分公司签订了第三份补充协议书，分别是2009年5月12日签订的《建设工程项目承包补充协议书》，2009年7月26日签订的《补充协议书二》，2009年9月7日签订的《补充协议书三》。原告依据合同的约定，组织人员、资金进场施工，全部工程已于2010年4月施工完毕，有关部门也进行了验收，并全部验收合格。现双方已确认的工程量共计16873027.28元，扣除被告建工大地南宁分公司已支付的13308844.46元，被告建工大地南宁分公司尚有3564183.22元未支付给原告。双方尚未确认但原告已经按协议完成的工程量有：1、签证部分1420000元；2、2010年3月以后所做的工程量为470000元。综上，被告建工大地南宁分公司尚有5454183.22元，工程款没有支付给原告。2009年5月15日，原告交给被告建工大地南宁分公司民工工资保障金押金250000元，被告建工大地南宁分公司需返还给原告。被告建工大地公司和被告建工大地南宁分公司是总公司和分公司的关系，根据公司法第十四条规定，分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。被告中缅公司是本案项目的发包人，因此，上述款项应当由三被告共同承担连带责任。为此，原告请求法院判令：1、被告建工大地公司向原告支付工程款5454183.22元；2、被告建工大地公司向原告返还民工工资保障金押金250000元；3、被告建工大地公司支付利息821402.38元给原告（利息计算从竣工验收之日至付清所欠款项之日止，暂计至2012年8月，以所欠款项为基数利率按银行同期同类贷款利率的四倍计算）；4、被告建工大地南宁分公司、被告中缅公司对上述诉讼请求承担连带清偿责任；5、本案诉讼费用、鉴定费用由三被告共同承担。
被告建工大地南宁分公司辩称，1、请求驳回原告的第一项诉讼请求，原告起诉被告要求支付工程款没有证据证实，根据我方的统计，原告实际领取工程款除了原告在起诉状中陈述的外，还有4910000元需要扣除，抵消尚欠原告工程款3564183.55元后，原告应当返还被告方1351214.53元；2、原告的第二项诉讼请求，原告的民工保障金尚在劳动监察保障部门，我方未领回，我方可以配合原告去领取；3、原告请求支付利息没有依据。4、原告主张的签证部分及2010年3月以后所做的工程没有依据。综上，请求法院驳回原告的各项诉请。
被告中缅公司辩称，我方仅与被告建工大地公司签订《建设工程施工合同》，工程竣工验收合格后，于2011年与被告建工大地南宁分公司结算完毕，并于2010年5月10日从被告建工大地南宁分公司处取得《建设工程施工合同》项下所有工程款均已由我方付清的确认；因此我方不应当承担任何责任。综上，我方不存在欠付工程款的情况，原告对我方的诉讼请求无事实和法律依据，请求法院驳回原告的全部诉讼请求。
被告建工大地公司未作答辩。
经审理查明：2009年2月25日，被告中缅公司（发包人）与被告建工大地公司（承包人）签订了一份《建设工程施工合同》（GF-1999-0201），约定由被告建工大地公司承建位于南宁市中国
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东盟商务区内德利·凤岭世家（缅甸园区）各单位工程（含缅甸联络处、商务楼）的土建、水电、安装、防雷、消防、中央空调、电梯、小区道路、排水、排污及园林绿化工程。开工日期为2009年3月1日，竣工日期为2010年8月15日，总工期561天，合同价款为3111.01万元。被告建工大地南宁分公司隶属于被告建工大地公司，已办理了工商登记手续。
2008年9月29日，被告建工大地南宁分公司（发包人、甲方）原告林海（承包人、乙方）签订一份《建设工程项目承包协议书》，合同1-3条约定：由原告包工包料承建位于南宁市中国——东盟商务区内缅甸联络处商务楼工程，工程范围包括土建、水电安装、防雷、消防工程，不含中央空调、电梯及精装修工程。建筑面积4601㎡，工程造价暂定6900000元，以实际完成工程量结算为准。合同第4条约定：“施工日期180日历天，其中基础工程25天，主体工程60天，装修工程95天。本工程实际开工时间以监理签发的开工令为准。”合同第5条约定：承包模式和条件5.1乙方出任甲方公司副总经理，按照南宁市建设主管部门要求组建“北京建工大地建筑工程有限责任公司南宁分公司德利·凤岭世家项目经理部”，项目经理部人员均由乙方组织安排，其执业证件原件在项目施工期间均应交甲方存管。5.2乙方负责北京建工大地建筑工程有限责任公司南宁分公司缅甸联络处项目有关的工商、税务、环保、消防及建设主管部门的有关事宜协调处理。5.3乙方负责组织项目经理部施工管理工作，实施独立核算、自负盈亏，三项税金由乙方承担。5.4乙方按结算总价向公司交75%的有效材料发票和25%人工费、管理费支出材料。合同第6条约定：……6.3施工签证及涉及变更部分按实际结算，套用定额及取费和材料调价办法按5.1和5.2条款执行，列入税内独立费计算并列入工程结算中。因工程量增加的价款作为增加合同价款与工程款同期支付。6.4基础工程、建筑、装饰、安装工程乙方按该部分工程结算总价（含税费、规费和大型机械土石方工程）向甲方综合让利5%。合同第7条工程进度款支付：7.1……全部工程款由甲方扣除税金和让利后转入乙方（项目经理部）指定的账户。……7.2工程竣工验收合格后，甲方应按竣工图纸及相关设计变更、签证等核定的工程量支付90%工程款。乙方则在28天内将工程结算书提交给甲方，甲方应在收到结算书后60天内完成工程结算的最终审定。甲方于审核完毕后30日内付清扣除工程质量保修金外的工程尾款（工程质量保修金按工程总造价的3%计算，其中土建工程保修金在工程验收合格满一年后10个工作日内退回乙方，屋面防水、水电安装工程保修金按国家有关规定期满10日内退回乙方。）合同第9条争议和违约：9.1承包人未能在本协议约定的工期要求完成施工，视为违约。工期限每延误一天，承包人按合同价款万分之四向发包人支付违约赔偿费，其限额为合同价的2%。
2009年2月10日，被告建工大地南宁分公司（发包人、甲方）原告林海（承包人、乙方）另签订一份《建设工程项目承包协议书》，合同1-3条约定：由原告包工包料承建位于南宁市中国——东盟商务区内德利·凤岭世家办公楼、1#、2#、3#楼的土建、水电安装、防雷、消防工程，不含电梯工程。建筑面积16371.11㎡，其中地上建筑面积为10383.01㎡，地下建筑面积为5988.10㎡。工程造价暂定23500000元，以实际完成工程量结算为准。合同第4条约定施工日期为255日历天，其中基础及地下室工程45天，主体工程85天，装修工程125天。本工程实际开工时间以监理签发的开工令为准。合同第5条约定：承包模式和条件……5.3乙方负责组织项目经理部德利·凤岭世家办公楼、1#、2#、3#楼施工管理工作，实施独立核算、自负盈亏，三项税金由乙方承担。5.4乙方按结算总价向公司交70%的有效材料发票和30%人工费、管理费支出材料。……合同第6条工程结算方式约定：……6.4基础工程、建筑、装饰、安装工程、园区道路工程及排水、排污工程和签证的零星工程，均按该部分工程结算总价（含税）向甲方综合让利5%。合同第7条工程进度款支付约定：7.1全部工程款由甲方扣除税金和让利后转入乙方（项目经理部）指定的账户。其中钢筋、砼材料款由甲方按照乙方的委托直接转入供应商账户。……7.2工程竣工验收合格后，甲方应按竣工图纸及相关设计变更、签证等核定的工程量支付95%工程款。乙方则在28天内将工程结算书提交给甲方，甲方应在收到结算书后60天内完成工程结算的最终审定。甲方于审核完毕后30日内付清扣除工程质量保修金外的工程尾款（工程质量保修金按工程总造价的2%计算，其中土建工程保修金在工程验收合格满一年后10个工作日内退回乙方，屋面防水、水电安装工程保修金按国家有关规定期满10日内退回乙方。）合同第9条争议和违约：9.1承包人未能在本协议约定的工期要求完成施工，视为违约。工期限每延误一天，承包人按合同价款万分之四向发包人支付违约赔偿费，其限额为合同价的2%。
2009年5月12日，被告建工大地南宁分公司（发包人、甲方）与原告林海（承包人、乙方）签订了一份《补充协议书》，约定：……三、在协议期间，乙方同意在甲方第一次拨付工程款时向甲方预交本建设工程所需的民工工资劳动保障金250000元作为押金待本协议项目完工（拆完外架时）如无民工工资纠纷后由甲方退回乙方。四、甲、乙双方同意本着保证项目工程质量、诚信、合法经营的原则，在协议期间，本工程除结构主体外装饰、装修所用材料的品牌及单价均需报甲方确定或甲方指定并签证单价后，乙方方可采购，如果双方协商意见不统一，乙方有权放弃施工。另外，凡涉及园区道路工程及排水、排污工程和零星行工程，均需甲乙双方确定价格金额和签证后，方可进行该部分工程的施工和结算。
2009年7月26日，被告建工大地南宁分公司（发包人、甲方）与原告林海（承包人、乙方）签订一份《补充协议书二》，约定：一、屋面瓦主材（包括屋面瓦及收口油漆）由甲方提供，乙方负责施工，施工中所需的附材（贴瓦用的钉子、水泥砂浆）、人工、机械由甲方负责。屋面瓦主材按实际发生金额由甲方直接扣除，不再进入双方结算范围。此分项的附材、人工、机械费用每平方米按40元包干，按施工图纸结算，此分项内容的结算价乙方不再做出下浮让利。二、铝合金门窗由甲方负责提供铝合金原材和玻璃，乙方负责制作和安装（包括铝合金门窗框砂浆塞缝），施工中所需的附材（五金配件、玻璃胶等）、人工、机械由乙方负责。铝合金门窗原材和玻璃按实际发生金额由甲方直接扣除，不再进入双方结算范围。铝合金门窗制作和安装费用每平方米按90元包干，按实际完成工程量结算，此分项内容的结算价乙方不再做出下浮让利。铝合金门窗分项施工完成后经甲方、监理、乙方验收合格后，方可进行下一道工序施工。三、外墙装饰材料的涂料、瓷砖、文化石由甲方统一采购，乙方负责施工，施工时所需附材（腻子底灰、水泥砂浆、钉子、砂纸等）人工、机械由乙方负责，外墙涂料、瓷砖、文化石按实际发生金额由甲方直接扣除，不再进入双方结算范围。此分项的附材、人工、机械费用按下列单价包干：外墙油漆每平方米20元、瓷砖每平方米35元，文化石每平方米35元。按施工图纸结算，结算时此分项的工程结算款乙方不再作出下浮让利。大理石由甲方统一采购和安装，按实际发生量金额由甲方直接扣除，不再进入双方结算范围。四、栏杆及楼梯扶手的实际发生量金额由甲方直接扣除，不再进入双方结算范围。乙方砂浆封堵和收口每米按10元包干，按实际完成工程量结算，结算时此分项的工程结算款乙方不再做出下浮让利。
2009年9月7日，被告建工大地南宁分公司（发包人、甲方）还与原告林海（承包人、乙方）签订了一份《补充协议书三》，协议约定：1、《补充协议书二》第二条作如下变更：铝合金门窗由甲方另行分包，乙方提供配合。
合同签订后，原告林海依约进行施工，并于2009年5月15日向被告建工大地南宁分公司交纳民工工资保障金押金25万元。2010年5月28日建工大地南宁分公司向原告发出一份《关于终止﹤建设工程项目承包协议书﹥的通知》，内容为：“根据2009年2月10日我公司与你本人签订的《建设工程项目承包协议书》第4条及第9.1条关于工期和违约的约定，你施工队施工的德利·凤岭世家办公楼、1#、2#、3#楼工程的竣工时间分别为：办公楼2009年4月2日开工，工期255天，2009年12月12日竣工；1#、2#楼2009年6月2日开工，工期255天，2010年2月11日竣工；3号楼2009年6月5日开工，工期255天，2010年2月14日竣工。现已严重超期并构成严重违约，同时，给我公司带来重大社会负面影响和经济损失。经我公司研究决定于2010年5月28日起终止与林海（施工队）签订的《建设工程项目承包协议书》及相关的补充协议并解除林海在我公司的一切职务，同时按协议约定追究你本人的违约责任。限你本人接到本通知之日起3日到我公司办理相关手续。”
2012年1月5日，涉诉工程监理单位广西天柱建设管理有限公司出具一份证明，内容为：“根据北京建工大地建筑工程有限责任公司南宁分公司与承包人林海签订的《建设工程项目承包协议书》，我公司给承包人林海下达开工令，要求林海承包的德利·凤岭世家办公楼、1#、2#、3#楼的开、竣工日期为：办公楼2009年4月2日开工，工期255天，2009年12月12日竣工；1号、2号楼2009年6月2日开工，工期255天，2010年2月11日竣工；3号楼2009年6月5日开工，工期255天，2010年2月14日竣工，上述工程，林海按期开工，但工程未能按期完成，并在工程没有完工时即于2010年5月28日撤离工地，此后未再进场施工。”
2010年11月25日和2011年1月7日，林海与建工大地南宁分公司对工程进行结算，并形成25份《建筑工程结算书》，双方均签字盖章确认，主要为：
1、德利·凤岭世家办公楼建筑工程造价为：4867205.89元；
2、德利·凤岭世家办公楼装饰工程造价为：396900.26元；
3、德利·凤岭世家办公楼税外独立费工程造价为：194946.72元；
4、德利·凤岭世家1#楼装饰工程造价为：142167.41元；
5、德利·凤岭世家1#楼建筑工程造价为：1781048.98元；
6、德利·凤岭世家1#楼税外独立费工程造价为：68964.84元；
7、德利·凤岭世家2#楼建筑工程造价为：1534563.91元；
8、德利·凤岭世家2#楼装饰工程造价为：163211.7元；
9、德利·凤岭世家2#楼税外独立费工程造价为：70836.2元；
10、德利·凤岭世家1#、2#楼签证工程（定额部分）造价为：157619.16元；
11、德利·凤岭世家1#、2#楼签证工程（独立费部分）工程造价为：57571.34元；
12、德利·凤岭世家3#楼建筑工程造价为：1914973.8元；
13、德利·凤岭世家3#楼装饰工程造价为：203496.1元；
14、德利·凤岭世家3#楼签证工程（定额部分）造价为：51710.37元；
15、德利·凤岭世家3#楼签证工程（独立费部分）工程造价为：15999元；
16、德利·凤岭世家3#楼税外独立费工程造价为：97019.18元；
17、德利·凤岭世家2#楼水电安装工程造价为：68301.34元；
18、德利·凤岭世家1#楼水电安装工程造价为：68301.15元；
19、德利·凤岭世家3#楼水电安装工程造价为：69708元；
20、德利·凤岭世家缅甸联络处商务楼签证2工程造价为：273009.45元；
21、德利·凤岭世家办公楼水电安装工程造价为：75695.15元；
22、德利·凤岭世家缅甸联络处商务楼签证1工程造价为：85716.2元；
23、德利·凤岭世家缅甸联络处商务楼水电安装工程造价为：226438.61元；
24、德利·凤岭世家缅甸联络处商务楼（装饰）工程造价为：948680.58元；
25、德利·凤岭世家缅甸联络处商务楼（建筑）工程造价为：3338942.34元。
以上合计16873027.68元。
2009年5月2日，林海签字确认联络处付款总计4161473.84元；2010年2月5日，林海签字确认办公楼、1#、2#、3#楼付款总计8482370.62元；2011年1月13日，确认建工公司付款总计665000元，合计13308844.46元。庭审中，原告林海确认已收到13308844.46元工程款，并同意将以下四笔款项在本案工程款中抵扣：1、被告建工大地南宁分公司代原告向万春华抹灰施工队支付90613.84元；2、被告建工大地南宁分公司代原告向吴国防防水施工队支付30000元；3、被告建工大地南宁分公司代原告向南宁市永邦建筑劳务有限责任公司支付211343.88元；4、（2011）青民二初字第165号民事判决书判决建工大地南宁分公司向广西混凝土有限公司支付混凝土货款488439.5元。
本案在审理中，原告申请对德利·凤岭世家办公楼、1#、2#、3#楼及联络处签证单工程造价进行鉴定。经本院委托广西五衡建设咨询有限公司进行鉴定，意见为：上述工程造价779269.28元。庭审当中，原告放弃对2010年3月以后所做的工程量工程款的主张。以上剩余工程款原告追索未果，遂向本院起诉，并提出上述诉讼请求。
另查明，2011年5月10日，被告中缅公司（甲方）与被告建工大地南宁分公司（乙方）签订一份《确认书》，内容为：“甲方与乙方总公司于2009年2月25日签订的《建设工程施工合同》（合同编号2009年068号）项下的工程建设已由乙方全部建设完成，并全部通过竣工验收。双方于2011年4月20日结算完毕。现双方确认该合同项下所有工程款已由甲方全部付清给乙方。”
本院认为，依照《中华人民共和国民事诉讼法》的有关规定，当事人有答辩及对对方当事人提交的证据进行质证的权利，本案被告建工大地公司经本院合法传唤，无正当理由拒不到庭参加诉讼，视为其已放弃答辩和质证的权利。被告中缅公司将德利·凤岭世家各单位工程（含缅甸联络处商务楼）发包给被告建工大地公司，由被告建工大地南宁分公司承建，被告建工大地南宁分公司又将德利·凤岭世家1#、2#、3#楼、办公楼、联络处土建、水电安装、防雷、消防工程等工程转包给原告施工，原告作为个人没有建设工程的施工资质，双方签订的两份《建设工程项目承包协议书》以及三份《补充协议书》应当认定无效。但德利·凤岭世家1#、2#、3#楼、办公楼、联络处工程已通过竣工验收，原告承接的工程质量合格，被告建工大地南宁分公司应当按照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条的规定向原告支付工程价款。被告建工大地南宁分公司与被告中缅公司已确认《建设工程施工合同》约定的德利·凤岭世家各单位工程全部通过竣工验收及结算，被告建工大地南宁分公司确认被告中缅公司已付清所有工程款。因此，被告中缅公司没有欠付工程价款，不应对原告承担责任。
经结算，原告林海与被告建工大地南宁分公司之间的上述各项工程款总额为16873027.68元。另外，对原、被告双方尚未结算的签证部分，经广西五衡建设咨询有限公司做出的《工程造价鉴定报告》，报告意见为德利·凤岭世家1#、2#、3#楼、办公楼、联络处签证单工程总造价为779269.28元。故原告完成工程造价总计为17652296.96元。
关于被告主张的延误工期损失问题。根据双方签订的合同第9条约定：9.1承包人未能在本协议约定的工期要求完成施工，视为违约。工期限每延误一天，承包人按合同价款万分之四向发包人支付违约赔偿费，其限额为合同价的2%。本案涉诉工程经工程监理单位广西天柱建设管理有限公司2012年1月5日出具的证明可知，原告林海承包工程未能按期完成，并且在工程没有完工时即于2010年5月28日撤离工地，此后未再进场施工。因此，原告应承担工期延误的违约责任，即按合同约定的合同价的2%承担：（23500000＋6900000）×2%=608000元。
关于让利问题。根据双方签订的缅甸联络处商务楼工程《建设工程项目承包协议书》6.4条约定：“基础工程、建筑、装饰、安装工程乙方按该部分工程结算总价（含税费、规费和大型机械土石方工程）向甲方综合让利5%。”以及双方签订的德利·凤岭世家办公楼、1#、2#、3#楼《建设工程项目承包协议书》6.4条约定：“基础工程、建筑、装饰、安装工程、园区道路工程及排水、排污工程和签证的零星工程，均按该部分工程结算总价（含税）向甲方综合让利5%。”该让利金额为：17652296.96元×5%=882614.85元。
故扣除工期延误损失608000元、及5%的让利882614.85元，被告应付工程款为16161682.11元（17652296.96元-608000元-882614.85元）。
关于税金问题。双方在合同7.1条约定“全部工程款由甲方扣除税金和让利后转入乙方（项目经理部）指定的账户。”本院认为，税款是由税务机关依照法定税率计算并依法向纳税义务人征收的，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十四条规定：“税务机关征收税款时，必须给纳税人开具完税凭证。扣缴义务人代扣、代收税款时，纳税人要求扣缴义务人开具代扣、代收税款凭证的，扣缴义务人应当开具。”被告建工大地南宁分公司没有证据证实其已向相关部门缴纳了税金，未能提交完税凭证，且合同中亦未对税金的计算金额作出约定，故被告建工大地南宁分公司主张从工程款中扣除税金依据不足，本院不予支持。建工大地南宁分公司可在实际缴纳后，凭完税凭证再向原告主张。
关于质保费用问题。根据双方签订的合同7.2条约定，工程质量保修金在“工程验收合格满一年后10个工作日内退回乙方”。现工程已验收合格期满超过一年，故工程质量保修金被告应当支付给原告。
被告建工大地南宁分公司应付工程款为16161682.11元，已付款13308844.46元，尚欠原告工程款2852837.65元。庭审中，原告已同意扣除被告建工大地南宁分公司已垫付的施工费、材料费等共计820397.22元（90613.84元＋30000元＋211343.88元＋488439.5元），故被告建工大地南宁分公司实际应向原告支付工程款2852837.65元-820397.22元=2032440.43元。至于被告建工大地南宁分公司主张因原告的工程存在质量问题支付了整改费用2024920.36元，但未能提交充分的证据证实该支出是为整改原告承建的工程而导致的必要的支出，故对被告建工大地南宁分公司的此项主张，本院不予支持。
关于原告主张工程款利息问题。根据合同法第五十八条规定，合同无效双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。本案因被告建工大地公司将工程转包给没有施工资质的个人原告林海施工，违反法律禁止性规定，双方签订的两份《建设工程项目承包协议书》以及三份《补充协议书》为无效合同，对于合同无效原告本身具有过错，故该部分利息本院不予支持。
关于民工工资保障押金25万元问题。在双方签订的《补充协议书》第三条约定：“三、在协议期间，乙方同意在甲方第一次拨付工程款时向甲方预交本建设工程所需的民工工资劳动保障金250000元作为押金待本协议项目完工（拆完外架时）如无民工工资纠纷后由甲方退回乙方。”现双方已终止合同，被告建工大地南宁分公司应将该款退回给原告。因北京建工大地建筑工程有限责任公司系北京建工大地南宁分公司的总公司，应在被告北京建工大地南宁分公司的财产不足以清偿上述债务时，向原告承担补充清偿责任。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第五十二条、第五十八条，第二百七十二条第三款，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条、第二条、第十九条，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百三十条之规定，判决如下：
一、被告北京建工大地建筑工程有限责任公司南宁分公司向原告林海支付工程款2032440.43元；
二、被告北京建工大地建筑工程有限责任公司南宁分公司退回原告林海民工工资保障金押金250000元；
三、被告北京建工大地建筑工程有限责任公司在被告北京建工大地建筑工程有限责任公司南宁分公司的财产不足以清偿上述债务时，向原告林海承担补充付款责任；
四、驳回原告林海对被告广西中缅房地产开发有限公司的诉讼请求。
五、驳回原告林海其他诉讼请求。
案件受理费57479元，由原告林海承担37375元，被告北京建工大地建筑工程有限责任公司、被告北京建工大地建筑工程有限责任公司南宁分公司共同负担20104元。此款原告林海已预交，由被告北京建工大地建筑工程有限责任公司、被告北京建工大地建筑工程有限责任公司南宁分公司应承担部分随同上述应付款项一并支付给原告林海。公告费350元由被告北京建工大地建筑工程有限责任公司、北京建工大地建筑工程有限责任公司南宁分公司共同承担。
上述应付款项，义务人应在本案判决生效之日起十日内履行完毕，如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二十九条的规定加倍支付迟延履行期间的债务利息。权利人可在本案生效判决规定的履行期限最后一日起二年内向本院或与本院同级的被执行的财产所在地人民法院申请执行。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院或南宁市中级人民法院递交上诉状，并按对方当事人的人数提供副本，上诉于南宁市中级人民法院，并在上诉期限届满后七日内预交上诉案件受理费，款汇：南宁市中级人民法院诉讼费专户；开户行：中国农业银行古城支行南宁市竹溪分理处；帐号：01×××17。逾期不交纳也不提出缓交、减交和免交申请的，则按自动撤回上诉处理。
审 判 长 王 强
代理审判员 黄婵娟
人民陪审员 贾颜祯
二〇一三年九月二日
书 记 员 陈晓丹
附法律条文：
《中华人民共和国合同法》
第五十二条有下列情形之一的，合同无效：
（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；
（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；
（三）以合法形式掩盖非法目的；
（四）损害社会公共利益；
（五）违反法律、行政法规的强制性规定。
第五十八条合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
第二百七十二条第三款禁止承包人将工程分包给不具备相应资质条件的单位。禁止分包单位将其承包的工程再分包。建设工程主体结构的施工必须由承包人自行完成。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》
第一条：建设工程施工合同具有下列情形之一的，应当根据合同法第五十二条第（五）项的规定，认定无效：
（一）承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的；
（二）没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的；
（三）建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的。
第二条建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。
第十九条当事人对工程量有争议的，按照施工过程中形成的签证等书面文件确认。承包人能够证明发包人同意其施工，但未能提供签证文件证明工程量发生的，可以按照当事人提供的其他证据确认实际发生的工程量。
《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百三十条：被告经传票传唤，无正当理由拒不到庭的，或者未经法庭许可中途退庭的，可以缺席判决。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》