广东省广州市黄埔区人民法院
民 事 判 决 书
（2014）穗萝法民三初字第407号
原告：广东恒辉建设有限公司，住所地：广州市天河区。
法定代表人：陈英文，执行董事。
委托代理人：李松涛，广东正大联合律师事务所律师。
委托代理人：张韶旭，广东正大联合律师事务所律师。
被告：索尼电子华南有限公司，住所地：广州高新技术产业开发区。
法定代表人：SUZUKIHIDEYUKI（铃木秀幸）。
委托代理人：程珂，北京市金杜（广州）律师事务所律师。
委托代理人：王锐，北京市金杜（广州）律师事务所律师。
原告广东恒辉建设有限公司（以下简称恒辉公司）诉被告索尼电子华南有限公司（以下简称索尼公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院立案受理后，依法组成合议庭适用普通程序公开开庭进行了审理，原告的委托代理人李松涛、张韶旭，被告索尼公司的委托代理人程珂、王锐到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告恒辉公司诉称：被告索尼公司为能获得索尼集团“影像传感器”海外最大生产基地的地位，必须在2014年03月31日前进行电力增容。2013年11月28日被告索尼公司向原告恒辉公司发出中标通知书，确定原告恒辉公司为其B区电力增容工程的中标单位，中标金额为人民币12,398,000.00元（壹仟贰佰叁拾玖万捌仟元整），原、被告双方于2013年12月10日签订了B区新机种电力增容工程服务协议（协议编号：131114x06）及项目说明书，约定：该工程的包干工程总价为人民币12,398,000.00，工程开始日期为2013年12月10日，终止日期（即：工程竣工及完成竣工验收日期）为2014年3月31日。合同签订后，原告恒辉公司依约进场施工，并克服了工期紧迫（期间包含2014年春节的7天长假期）、被告索尼公司新设备调试提前于3月17号开始，原告恒辉公司积极配合额外提供电源（原告恒辉公司及时提供了两台1250K**的发电机组供电）、在中心高压室新增高压柜拼接阶段，被告索尼公司未能安排停电施工（原告恒辉公司不得不增大费用，确保安全的情况下进行带电施工）等重重困难，最终严格按照供电部门的验收送电规范标准及双方合同文件的要求完成工程施工和竣工验收。该工程项目于2014年3月28日经广州供电局有限公司萝岗供电局验收合格，并于2014年4月1日经被告索尼公司验收合格，双方共同签署了《工程设备验收证明书》，原告恒辉公司将该项目即日移交给被告索尼公司进行管理使用，实现了该项目安全送电，且安全运行至今。
至此，原告恒辉公司已依约履行了义务，但被告索尼公司却未依约履行支付工程款的义务，根据合同文件关于工程总价支付的约定：第二阶段工程款：工程进度完成百分之五十时供应商提交工程进度报告，经索尼公司确认后供应商应向索尼公司开具相当于工程总价之30%的正式发票，索尼公司应在收到发票并确认无误后的次月起60天内支付发票金额。2014年3月14日原告恒辉公司向被告索尼公司提交了附有现场工程进度情况照片的请款函，并向被告索尼公司提交了相当于工程总价30%的3,719,400.00元工程款正式发票。按照上述合同条款约定，原告恒辉公司应于2014年6月1日前收到该笔款项。虽经原告恒辉公司多次敦促并发函追收该笔款项，但至今未果。
原告恒辉公司于2014年6月20日向被告索尼公司提交了《竣工结算报告》，同时根据税务部门异地开具工程款发票的要求和该项目前两期工程款发票开具的操作程序，第三期工程款4,959,200.00元发票的开具须由被告索尼公司先向原告恒辉公司出具税务证明，原告恒辉公司多次要求并于2014年6月24日发函催促被告索尼公司出具税务证明，但被告索尼公司至今未予任何答复，造成原告恒辉公司应于2014年7月1日前收到第三期工程款的时间延误,至今未能按时收取。
综上，该工程项目于2014年4月1日经被告索尼公司验收合格并移交给被告索尼公司进行管理使用长达数月，但被告索尼公司仅支付了第一阶段工程款3,719,400.00元，无故违约拖欠工程款人民币8,058,700.00元，虽经原告恒辉公司多次致电、致函催收，被告索尼公司至今仍不履行付款义务，给原告恒辉公司造成严重的经济损失，根据项目说明书的第三条约定，被告索尼公司应当每日按照拖欠金额的0.2%向原告恒辉公司支付违约金。原告恒辉公司请求法院判令：1.被告索尼公司支付拖欠的工程款合计人民币8058700元（其中第二阶段工程款3719400元，第三阶段工程款4339300元）；2.被告索尼公司支付因拖欠上述款项中第二阶段工程款3719400元的违约金（自2014年6月1日起按7438.8元/天至付清该笔款项给原告恒辉公司之日止）和第三阶段工程款4339300元的违约金（自2014年7月1日起按8678.6元/天至付清该笔款项给原告恒辉公司之日止），暂计至2014年7月31日违约金为722803.4元（违约金计算标准为应付未付工程款之日起按每日0.2%计算）。3.本案诉讼费用由被告索尼公司方承担。
被告索尼公司辩称：一、双方就涉案工程所签订的《服务协议》及《项目说明书》无效。在涉案工程的招投标过程中，被告索尼公司的董事陆某及其他管理人员龙某、吴某等人（上述人员均已辞职）与原告恒辉公司负责投标及施工工作的容某、董某成、陈某甲恶意串通，抬高工程预算、标底及投标价格，将原造价仅为300多万元的电力增容工程哄抬到1200多万元。根据《招标投标法》第五十三条的规定，“投标人相互串通投标或者与招标人串通投标的，投标人以向招标人或者评标委员会成员行贿的手段谋取中标的，中标无效。”而《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条规定，“建设工程施工合同具有下列情形之一的，应当根据合同法第五十二条第（五）项的规定，认定无效：……（三）建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的。”因此，被告索尼公司与原告恒辉公司就涉案工程所签订的《服务协议》及《项目说明书》无效。
二、双方并未对涉案工程进行竣工验收。《项目说明书》约定：“索尼以国家、地方和行业颁发的验收规范、质量验收标准进行工程竣工验收。如验收合格，双方共同签署《工程设备验收证明书》”。而本案中，被告索尼公司员工陈某乙也确已签署《工程设备验收证明书》。但该签署行为并不能视为竣工验收合格。理由有三：（1）从所谓的《验收证明书》的内容来看，该证明书只是记载原告恒辉公司将与工程相关的设备移交给被告索尼公司，而没有包含对工程进行竣工验收的意思表示。事实上，随同该证明书一同交给陈某乙签收的，还有一份原告恒辉公司出具的《B区新机种电力增容工程验收申请》。也就是说，双方在此时并没有启动工程竣工验收程序。此外，工程竣工验收是一项非常复杂和专业的工作，涉及双方多部门和人员在施工现场的共同参与和确认，陈某乙在收到材料当天即签名确认工程“验收合格”根本不符合常理。（2）陈某乙只是负责工程联络，被告索尼公司并未授权其对工程进行验收，并签署相关验收材料。因此，陈某乙签署该文件的行为构成无权代理，对于被告索尼公司并不发生法律效力。（3）从被告索尼公司与原告恒辉公司此后的往来邮件来看，原告恒辉公司曾多次要求对涉案工程进行验收，并向被告索尼公司提交了书面的验收申请，还根据被告索尼公司的要求填写了《工程项目验收表（B区增容）》，自己也确认双方在4月9日还只是对工程进行了初步验收，由此也可以反证双方并没有对涉案工程进行竣工验收。
事实上，被告索尼公司一直积极邀请原告恒辉公司共同参与涉案工程的竣工验收，但由于双方对于工程量的变更及工程款的结算迟迟不能达成一致意见，因而导致该工程至今未能完成验收手续，原告恒辉公司也一直没有向被告索尼公司移交本工程设施设备的相关文件及图纸资料。
三、工程款应当按照实际工程量进行结算。双方签署的《服务协议》和《项目说明书》的附件包括《设备选型表》、《单位工程投标价汇总表》、《分部分项工程报价表》和《综合单价分析表》等资料，上述资料详细记载了工程量清单、单价及总价。但在具体施工过程中，由于供电部门批复的施工方案与原有设计图纸存在差异，实际的工程量发生了很大变更。最为明显的变更来自于一种规格为“ZRYJV/22-8.7/15kv-3×240mm2”的电力电缆，该电缆在原设计方案中系用于连接科城F24变电站和被告索尼公司的总高压室。据《分部分项工程报价表》记载，本次工程需要该规格的电缆2220米，单价为1671.62元/米（注：市场价仅为886.14元/米），总价为3,710,996.4元。但在实际施工时，由于供电局批复“由科城F24至索尼原总高压室接取电源不变”，该电缆仅用于连接被告索尼公司总高压室和新建的4号高压室。由于连接的两端均位于被告索尼公司厂区，因而实际使用的该种规格电缆仅为380米（原告恒辉公司统计为400米）。仅此一项，即使按照原告恒辉公司远高于市场价的单价来计算，工程款也调减了3,074,860.8元。而如果按照公允的市场价为计算标准的话，该下调金额则为3,374,263.2元（3,710,996.4元-380米×886.14元/米）。
从原告恒辉公司自己填写和确认的《工程项目验收表（B区增容）》来看，减少的工程还包括高压计量柜、电缆沟、地沟、接线转角工作井等工程。当然，该表格中也记载了增加的工程量，但据专业人员核算，该增加部分所产生的工程款非常少。
根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条的规定，“因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程款”。因此，一方面，作为法律事实，工程量的变更情况有待法院依据本案证据予以核定；另一方面，由于工程量变化所导致的具体价款调整，也有待法院委托专门机构予以鉴定和确认。
被告索尼公司作为一家享誉全球的世界500强公司，一直以来都遵守中国法律和商业道德，秉持诚实和信用原则从事商业交易行为。但在本次工程招标过程中，由于被告索尼公司内部风险控制出现疏漏，致使管理层的部分人员与原告恒辉公司恶意串通，抬高投标价格，严重损害了被告索尼公司的经济利益，也破坏了公平的商业竞争秩序。而原告恒辉公司在工程量发生重大变更的情况下，仍然要求按照原来的工程价款进行结算，不仅缺乏基本的合理性和商业伦理，对被告索尼公司更是明显不公。
被告索尼公司另在庭审中补充以下答辩意见：原告恒辉公司主张违约金缺乏事实依据，涉案工程至今未验收，双方对工程量及工程价款一直存在争议，故被告不构成违约；即使要支付违约金，根据项目说明书的约定，违约金价款不得超过工程总价款的5%。
经审理查明：
2013年11月28日，索尼公司向恒辉公司作出《中标通知书》，载明经索尼公司技术委员会与价格委员会的审查最终确定恒辉公司为B区电力增容工程的中标厂商，中标金额12398000元。恒辉公司向索尼公司提交《设备选型表》、《单位工程投标价汇总表》、《分部分项工程报价表》，列明设备型号的选用、单位工程投标价格及各分部分项目工程的报价。
2013年12月10日，索尼公司与恒辉公司签署《服务协议》，另签署《项目说明书》。《项目说明书》载明：本项目说明书是服务协议的一个附件，经双方签署后应作为该协议一部分。《项目说明书》另载明：“本服务描述”：索尼公司委托供应商对B区新机种电力增容工程进行工程项目（以下简称涉案工程）进行工程项目施工，并负责协议第6.2条第（iii）项规定的保证期后的维修工作，包括但不限于：本工程所需的所有材料费、机械使用费、设备成本、运费、应由供应商承担的各种应付税费、搬运费、人工费、安装费、利润、保险费、管理费以及就本工程所做的实验所需各项费用及其他履行本合同有关的各项成本与费用；惟本工程总价不包括索尼公司应按照有关规定向政府缴纳的一切相关税、费等。“本服务要求”：1.供应商应根据索尼公司的要求完成工程设计，于下述本日程规定的工程开始日前作为本交付物提交给索尼公司并进行说明，得到索尼公司最终确认后才可以开始施工。如需根据施工现场进行设计修改，供应商应取得索尼公司的书面确认。3.供应商应根据供电部门验收送电的规范标准进行施工，并于工程竣工送电前取得供电部门验收机构的工程合格认证。供应商需确保工程在下述本日程规定的工程终止日全部竣工及完成竣工验收。如逾期竣工或竣工验收，则每延长一日，供应商需每日支付给索尼公司本费用的0.2%作为赔偿金，直至工程全部竣工及完成竣工验收（赔偿金额最高为工程总价的5%），但索尼公司违约的情形除外。索尼公司收取该赔偿金并不影响索尼公司根据协议及法律享有的权利。如因索尼公司的原因违约，则同样每日支付给供应商本费用的0.2%作为赔偿金，直至工程全部竣工及完成竣工验收（赔偿金最高为工程总价的5%）。5.如索尼公司变更对工程的要求（包括供应商或相关施工公司原因导致的变更要求）时，双方按照协议第2.6条应对。双方再次明确同意如供应商（或相关施工公司）原因导致的变更增加了费用，该费用应由供应商承担。“本日程”：本工程开始日期及终止日期（即，工程竣工及完成竣工验收日期）为2013年12月10日至2014年3月31日。“索尼公司对本交付物/本业务成果的验收”需要：1.供应商应在10日前以书面形式通知索尼公司进行竣工验收，工程未经验收前，所有工程以及于施工场地之材料机具，均由供应商负责保管维护；2.索尼公司以国家、地方和行业颁发的验收规范、质量验收标准进行工程竣工验收。如验收合格，双方共同签署《工程设备验收证明书》···。“本费用（参见第3条等）”：金额12398000元。工程总价按下列约定支付：第一阶段工程款：合同签订完毕后三天内，供应商应向索尼公司开具相当于工程总价30%的正式发票，索尼公司应在收到发票并确认无误后，于2013年12月31日前支付发票金额；第二阶段工程款：工程进度完成50%时供应商提交工程进度报告，经索尼公司确认后供应商应向索尼公司开具相当于工程总价30%的正式发票，索尼公司应在收到发票并确认无误后的次月起60天内支付发票金额；第三阶段工程款：工程全部完工，符合国家竣工验收规范，并经索尼公司验收合格，同时供应商办妥竣工结算报告后，供应商应向索尼公司开具相当于工程总价40%的正式发票，索尼公司应于收到发票并确认无误后的次月起60天内支付工程总价之35%的款项；第四阶段工程款：保证金：供应商同意保留工程总价的5%作为保证金。该保证金于保修期（自工程竣工验收完成之日起一年内）满且供应商完全履行了工程保修义务后7日内，供应商可凭索尼公司开具的保证金收据申请无息领回，索尼公司应在收到供应商凭保证金收据的书面支付请求后30天内将保证金支付给供应商。如在保修期内供应商不履行保修义务，经通知后在合理的期限内仍不履行维修义务，索尼公司可另行委托其他公司维修，所需费用从保证金中扣除。
2013年12月31日，索尼公司向恒辉公司支付第一期工程款3719400元。
涉案工程是电力工程，施工方案需经供电局审核。恒辉公司主张工程设计由索尼公司委托广州中网电力工程设计有限公司完成，并提交《客户受电工程设计文件审核意见书》，载明：客户名称为索尼公司，设计单位为广州中网电力工程设计有限公司，广州供电局有限公司萝岗供电局盖章确认：“符合设计资质、设计审核通过，须按此设计进行受电工程施工”，客户签字处有索尼公司盖章，未载明日期。索尼公司确认真实性、合法性，不确认关联性，认为该意见书没有出具时间及具体方案、图纸，而工程设计由恒辉公司办理，无法证明恒辉公司的主张。
索尼公司主张施工期间，供电局批复的方案与索尼公司原定设计方案存在较大差异。双方当事人均提交索尼公司（甲方）与广州供电局有限公司（乙方）之间的《供用电方案协议》签署日期为2014年3月17日，协议约定：三、用电设备容量：原有10965kw，新增5600kw，合计16565kw。五、供电方式：1.供电方式采用10kv单回路供电。由科城站F24供电，由科城F24至甲方原总高压室接取电源不变；原总高压室至各高压室接线方式不变。由原总高压室新敷10kv电缆至新建#4高压室，再从新建#4高压室新敷10kv电缆至新建各专变房。2.配电房设置：改造总高压室，新建高压室1间，专变房、低压配电房。4.计量及计价方式：高供高计，需计收线损，换高压计量表1套，行大宗工业电价，安装符合管理终端，甲方需确保信号通畅，甲方应为乙方受电装置预留接线和安装位置。6.业扩投资界面划分：以上相关10kv及以下工程由甲方投资建设（计量装置除外）。七、其他、11.业主对受电工程可自主选择有资质的设计、施工及设备材料供应单位。
恒辉公司提交《客户受电工程竣工检验意见书》，载明：兹受电工程已委托有承装（修）电力设施许可证单位安装，变配电施工完毕，经过自检，工程质量符合国家及电力行业验收标准、技术规范的要求，现向供电部门报请竣工检验。“施工单位”处盖有恒辉公司印章，客户签名处盖有索尼公司印章。受理意见处载明“同意”并盖有广州供电局有限公司萝岗供电局用电业务专用章，受理日期为2014年3月27日；竣工检验意见处盖有广州供电局有限公司萝岗供电局用电检查专用章，检查日期为2014年3月28日；“客户确认检查意见”处空白。索尼公司确认真实性、合法性，但认为供电局的验收不能视为索尼公司对整体工程的验收。
2014年4月1日，恒辉公司向索尼公司提交《B区新机种电力增容工程验收申请》、《工程设备验收证明书》及B区电力增容项目电房门钥匙，由索尼公司工作人员签收。其中恒辉公司致索尼公司的《工程设备验收证明书》载明：“我司承建的索尼电子华南有限公司B区新机种电力增容工程已按甲方的项目说明书内容和供电部门批复的《供用电方案协议》要求完成并于2014年4月1日安全顺利送电。我司在施工过程中能履行国家质量和安全相关要求，其质量符合设计要求和国家标准等规程规范，无发生任何安全事故，工程质量合格。现将该项目的所有设备按照项目说明书的要求自运行之日（2014年4月1日）起移交给贵公司进行管理。请贵公司自移交之日起安排好相关专业人员保管好设备，并由有资质的专业电工操作设备，确保设备安全运行。本工程的质保期自设备送电运行之日2014年4月1日至2015年3月31日止。质保期内非人为及不可抗力因素所产生的保修责任由我司负责”。接收单位的经办人处有索尼公司总务人事课课长陈某乙签字，日期为2014年4月1日。索尼公司否认陈某乙有验收权限，但确认工程于2014年4月1日交付索尼公司使用。
索尼公司主张其部分管理人员与恒辉公司的人员在涉案工程招投标过程中恶意串通，并提交案外人广东东南输变电工程有限公司的《举报信》、《与东南公司的会议记录》及索尼公司前工作人员解除合同的相关材料等证据，索尼公司据此认为《服务协议》及《项目说明书》无效。恒辉公司对此不予确认。
2014年6月20日，恒辉公司向索尼公司邮寄《竣工结算报告》。索尼公司确认真实性，但认为涉案工程工程量发生变更，而且单价过高，恒辉公司无权以原来约定的价格主张工程款。
涉案工程实际施工过程中，因施工方案变更，实际施工的工程量与招投标期间确定的工程量有较大差异。索尼公司向本院申请对涉案工程的变更工程量及相应工程造价进行鉴定。本院经摇珠，确定委托广东华审造价工程师事务所有限公司（以下简称华审公司）进行鉴定。经资料审核、现场勘查、初稿质证及鉴定人员接受庭询等程序，2015年8月12日，华审公司作出广华审鉴字【2015】4-021号《索尼电子华南有限公司B区新机种电力增容工程的变更工程量及相应的工程造价鉴定意见书》，鉴定意见为：“1.原报价工程量减少的项目工程造价为2876.66元。2.方案变更后确定工程量增加的项目工程造价为1054671.22元；另中心高压房可能有新增电房某（绝缘手套、绝缘鞋、验电棒）1套，投标工程造价为25000元，按原合同下浮8.367%后为22908.25元（是否计算新增造价由法院确定）。3.方案变更后工程量减少的项目工程造价为3281325.21元。”鉴定费共计48618元。
恒辉公司主张多次发函至索尼公司催收款项及申请开具税务证明，并提交相关函件等证据。索尼公司确认真实性，但认为涉案工程的工程量发生变更，而且单价过高，恒辉公司无权以原来约定的价格主张工程款。
索尼公司主张涉案工程未经竣工验收，工程量发生了变更，双方一直对工程量变更情况及工程款调减进行协商，并提交双方往来的邮件、恒辉公司的验收申请等证据。恒辉公司确认真实性，否认关联性，认为恒辉公司提交的证据可以证明工程已于2014年4月1日竣工验收后移交给索尼公司使用。索尼公司另主张陈某乙无验收权并提交《沟通记录表》、《SHE工程施工管理规定》，恒辉公司对此不予确认。索尼公司单方委托广州龙达工程管理有限公司对涉案工程造价审定，广州龙达工程管理有限公司审核工程造价为3755459.96元。恒辉公司不予确认。
以上事实，有《中标通知书》、《设备选型表》、《单位工程投标价汇总表》、《分部分项工程报价表》、《服务协议》、《项目说明书》、《供用电方案协议》、《客户受电工程竣工检验意见书》、《竣工结算报告》、《索尼电子华南有限公司B区新机种电力增容工程的变更工程量及相应的工程造价鉴定意见书》、双方来往邮函件及原、被告的陈述等证据予以佐证。
本院认为，涉案工程合同经招投标后签订，原、被告双方签订的《服务协议》及《项目说明书》是双方的真实意思表示，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，合法有效，双方均应恪守履行。索尼公司虽主张《服务协议》及《项目说明书》因恒辉公司在投标过程中与索尼公司工作人员串通投标而无效，但未提交充分证据予以证实，本院不予采信。
涉案工程竣工后已通过萝岗供电局竣工检验并通电，虽然恒辉公司提交的《工程设备验收证明书》并无索尼公司的盖章确认验收，但该证据可以证明涉案工程已经于2014年4月1日交付索尼公司使用，索尼公司理应支付工程款。关于工程总价款及应付工程款的确定问题。恒辉公司主张约定工程价款为“包干价”（固定总价），应按约定总价12398000元确定工程总价。对此，本院认为，双方签署的《服务协议》及《项目说明书》均未约定工程总价固定而不可调整，而工程施工过程中，因施工方案发生变更，工程的实际工程量产生较大的变化，因此，根据公平原则，本案应当根据实际工程量确定工程价款。工程设计及工程量变更后，恒辉公司主张按照原合同约定总价确定工程价款缺乏合理性，本院不予采纳。经索尼公司申请，本院依法摇珠确定华审公司对涉案工程的变更工程量进行鉴定，《鉴定意见书》是华审公司通过资料审核、现场勘查、庭审质询等程序作出，本院依法予以采信，并根据鉴定意见对工程价款进行核定。根据华审公司的鉴定意见，涉案工程工程量变更后：原报价工程量减少的项目工程造价为2876.66元；方案变更后确定工程量增加的项目工程造价为1054671.22元；方案变更后工程量减少的项目工程造价为3281325.21元。双方原合同约定的工程价款为12398000元，故涉案工程的总工程造价应当计算为：12398000元-2876.66元+1054671.22元-3281325.21元=10168469.35元。《项目说明书》约定工程保证金为工程总价的5%为508423.47元（10168469.35元×5%），恒辉公司在本案中主张第二、三阶段工程款，并未主张保证金，本院在本案中对保证金不予调处，故索尼公司在本案中应当支付除保证金以外的工程款共计9660045.88元（10168469.35元-508423.47元），扣减索尼公司已付之工程款3719400元后，索尼公司还应付工程款为5940645.88元（9660045.88元-3719400元）。
另对于华审公司未确定是否属于方案变更后工程量增加项目的电房某22908.25元。本院认为，当事人对自己提出的主张所依据的事实有责任提供证据加以证明，没有证据或者证据不足以证明当事人的事实主张的，由负有举证责任的当事人承担不利后果。恒辉公司对中心高压房的施工的工程属于改造工程，而电房某属原高压房应当配备的材料，恒辉公司虽主张电房某是其施工的范围并由其提供，但经释明，恒辉公司并未提交索尼公司的签收记录或辅材移交的相关证明文件等证据予以证明，应当承担举证不能的法律后果，因此，恒辉公司主张该批电房某是其提供缺乏证据支持，本院不予采纳。此外，索尼公司主张根据《项目说明书》，工程款总价中已经包含调试费等费用，因此，《鉴定意见书》中“方案变更后工程量增加的项目”中的相关调试费用已经在原报价中包含，不应计算入增加的工程量并计算工程价款。对此，本院认为，涉案工程施工过程中，工程量发生了较大变更，本院根据工程量的变化对工程造价进行调增及核减，施工方案变更后，增加的工程调试工作亦属于增加工程量的范围，华审公司将该部分调试费用计算至工程量增加的项目并计算相应价款合理，故对索尼公司该主张，本院不予采纳。
关于恒辉公司主张的违约金问题。本院认为，虽然，涉案工程因为工程量的变更导致工程价款发生变化，双方因此对工程价款产生较大争议，但工程已经于2014年3月28日经萝岗供电局进行竣工检验，并于2014年4月1日交付索尼公司使用，且根据鉴定意见书，设计及工程量变更后索尼公司仍需支付剩余两阶段工程款共计5940645.88元。恒辉公司根据《项目说明书》的约定已于2014年6月20日向索尼公司提交竣工结算报告，索尼公司理应积极支付工程款，其逾期付款的行为已经构成违约，应当根据合同约定支付违约金。惟恒辉公司主张之违约金金额过高（恒辉公司主张计算标准为每日按未付工程款的0.2%支付，暂计至2014年7月1日止的违约金已达722803.4元），《项目说明书》中“本服务要求”载明：“如因索尼的原因违约，则同样每日支付给供应商本费用的0.2%作为赔偿金，直至工程全部竣工及完成竣工验收（赔偿金最高为工程总价的5%）。”根据该约定，索尼公司应付违约金金额已经超出了工程总价的5%，故索尼公司应当支付的违约金金额为10168469.35元×5%=508423.47元。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第六条、第一百一十四条、第二百八十六条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款、第七十六条之规定，判决如下：
一、被告索尼电子华南有限公司于本判决发生法律效力之日起十日内向原告广东恒辉建设有限公司支付工程款5940645.88元；
二、被告索尼电子华南有限公司于本判决发生法律效力之日起十日内向原告广东恒辉建设有限公司支付违约金508423.47元；
三、驳回原告广东恒辉建设有限公司的其他诉讼请求。
案件受理费73271元，由原告广东恒辉建设有限公司负担19461元，被告索尼电子华南有限公司负担53810元，承担缴费义务的当事人在本判决书生效之日起七日内向本院缴纳。鉴定费48618元，由原告广东恒辉建设有限公司负担12913元，被告索尼电子华南有限公司负担35705元，被告索尼电子华南有限公司已经预缴该之鉴定费不予退还，由原告广东恒辉建设有限公司迳付被告索尼电子华南有限公司。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于广东省广州市中级人民法院。
审 判 长 麦景昌
代理审判员 邓毅君
人民陪审员 周 明
二〇一五年十月九日
书 记 员 杨小娜
倪淑如