山东省济南市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）鲁01民终3507号
上诉人（原审被告）：曲阜科技园区开发有限公司，住所地山东省曲阜市。
法定代表人：孙乃亮，董事长。
委托诉讼代理人：孙炜，男，该公司工作人员。
委托诉讼代理人：孙文涛，山东金华表律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）：山东省建设建工集团第九有限公司，住所地山东省济南市。
法定代表人：陈本奎，董事长。
委托诉讼代理人：杨正方，山东储誉律师事务所律师。
委托诉讼代理人：林吉兵，山东储誉律师事务所律师。
被上诉人（原审被告）：山东省建设建工（集团）有限责任公司，住所地山东省济南市。
法定代表人：王彦宏，董事长。
委托诉讼代理人：王立青，山东泉舜律师事务所律师。
上诉人曲阜科技园区开发有限公司（以下简称曲阜公司）因与被上诉人山东省建设建工集团第九有限公司（以下简称建工九公司）、被上诉人山东省建设建工（集团）有限责任公司（以下简称建工集团）建设工程施工合同纠纷一案，不服济南市历下区人民法院（2013）历民初字第2181号民事判决，向本院提起上诉，本院于2017年4月26日立案后，依法组成合议庭，不开庭进行了审理。本案现已审理终结。
曲阜公司上诉请求：1.撤销一审判决，依法改判或驳回建工九公司的诉讼请求或发回重审；2.一、二审诉讼费用由建工九公司、建工集团承担。事实和理由：1.该案已经超过诉讼时效，建工集团并未在诉讼时效期限内向曲阜公司主张权利，建工九公司是否向建工集团主张权利，不能导致其对曲阜公司诉讼时效的中断。建工集团并未提供证据证明其向曲阜公司主张过权利。建工集团在一审庭时同意将建工九公司的结算报告作为其向曲阜公司结算的最终结算资料，因此，2016年11月16日庭审时作为其向曲阜公司主张权利已经超过诉讼时效。2.曲阜公司不清楚建工集团与建工九公司之间签订的《建设工程分包合同》，在施工现场的人员均是建工集团的人员，鉴于建工九公司是建工集团实际控制的公司，人员混同，根本不可能区分两个公司的人员，因此现场就是建工集团在组织施工。即使现场有建工九公司的人员，也不应该认定其是实际施工人。建工九公司与建工集团串通利用虚假的实际施工人的身份，曲解建设工程施工合同司法解释第26条，建工九公司恶意突破合同相对性直接诉曲阜公司没有法律依据。3.建工九公司并不享有诉讼主体资格，其并未提供其实际施工的证据，其提供的（2004）曲民初字第1660号判决书可以证明施工方是建工集团，在该案审理中，建工集团也从未认可实际施工人是建工九公司，仅凭转款不能证明实际施工人是建工九公司，曲阜公司按照施工方建工集团的要求将款项转入其指定的收款人，曲阜公司完成了工程款的支付，履行了对建工集团的付款义务，不能以此证明曲阜公司知道建工九公司是实际施工人，曲阜公司也不可能因为建工九公司实际施工就直接向其支付工程款，这既不符合合同的约定，也不符合工程付款的惯例，因此，不能据此认定曲阜公司明知建工九公司是实际施工人。4.结算报告不能作为定案证据使用，首先，结算报告加盖的印章是建工九公司，其与曲阜公司没有合同关系，曲阜公司不可能接受其提交结算报告。其次，曲阜公司的驻工地代表不是建工九公司主张的签署结算报告的人。再次，建工九公司认可由建工集团以结算报告作为最终结算资料向曲阜公司进行结算，证明其自己也认可庭审中所称的2005年5月3日的结算报告不属实。再次，结算报告中进行结算的材料不真实、不完整，均没有附带有相应的结算资料，在建工九公司提出鉴定的时候，鉴定人尚且无法仅根据结算报告进行工程量的核实，曲阜公司更没有办法仅根据结算报告自身去核实结算报告确定的价格。其中食街部分提供的工程预算书，不是结算书。5.本案不存在适用证据优势的前提条件，证据优势是在双方均提供了证据，对双方证据证明力的大小进行判决时的原则。本案中，建工九公司诉请支付欠付工程款，其应该证明欠款的事实和金额，其首先应证明建工集团未向其支付工程款的事实及曲阜公司拖欠建工集团工程款及数额的事实，建工九公司向法庭提出的工程结算作为其证明上述欠款的事实不成立，工程价款的结算审核，需提供结算报告和完整的结算资料，曲阜公司已经向一审法院提出，仅根据结算报告如果没有结算资料，曲阜公司根本无法对结算报告进行审核，专业的鉴定部门尚无法仅根据结算报告完成价款的核实，一审法院却要求曲阜公司根据结算报告审核价款，并以此采信结算报告的价款，没有合理分配举证责任，应予以纠正。6.建工集团施工工程存在质量问题，已经生效的法律文书（2004）曲民初字第1660号和（2014）济民终字第2639号判决书所确认，根据承揽合同的规定即使建工集团未能修复至施工工程达到质量合格，曲阜公司亦可以质量相抗辩其付款请求，如果实际施工人是建工九公司也需要对施工工程的质量问题承担连带责任，一审法院在已经查明建工集团施工工程存在渗漏水，却判决曲阜公司对工程付款承担连带责任，系适用法律错误。7.曲阜公司支付的工程款的金额远大于庭审中建工九公司自认的数额，因此一审法院以建工九公司自认的金额，而不是查清由建工集团收到的曲阜公司支付的工程款的金额，而做出认定曲阜公司对4246672.94元范围内承担连带付款责任错误。曲阜公司与建工集团签订的施工合同约定未达省优标准罚4%，该工程存在严重质量问题，也未施工完毕，一审法院没有依据该约定扣减工程款。8.案件审理程序违法，首先，庭审结束后建工九公司提出鉴定申请没有法律依据，本案在2014年11月6日第一次庭审结束后，建工九公司没有权利再提出鉴定申请，该案庭审已经结束。其次，该案于2016年11月16日再次开庭，由于原主审法官离职更换法官再次开庭审理违法。再次，建工九公司诉讼费逾期缴纳长达3年，立案后7日内不缴纳诉讼费，应按撤诉处理，2016年11月16日开庭中，曲阜公司当庭提出要求对建工九公司按撤诉处理，应当庭核实后按撤诉处理。该案系建设工程合同纠纷属专署管辖，应由建设工程所在地曲阜市，本案集团公司违法将涉案工程全部转包给建工九公司，法院应当对其违法所得予以没收。综上所述，一审法院认定事实和适用法律错误，请求支持曲阜公司的上诉请求。
建工九公司辩称，一审判决认定事实清楚，适用法律正确，依法应驳回曲阜公司的上诉请求，维持原判。1.曲阜公司认为本案超过诉讼时效，没有事实及法律依据。首先，曲阜公司在一审期间并未提出诉讼时效的抗辩，且没有新证据能够证明建工九公司的请求已过诉讼时效，根据《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第四条之规定，法院不应支持其上诉理由。其次，本案不存在超过诉讼时效的问题。建工九公司与建工集团之间，建工集团既认可不超过诉讼时效，而且建工九公司经常向建工集团催要工程款；建工集团与曲阜公司之间更不存在超过诉讼时效的问题，因曲阜公司自2004年6月17日就以涉案工程存在质量问题将建工集团、设计单位、监理公司等一并起诉到曲阜市人民法院（2004）曲民初字第1660号一案，建工集团及建工九公司一直向曲阜公司催要工程款，同时在诉讼过程中向其主张支付工程款；法院亦认定各方的诉讼时效并未超过。2.建工九公司享有诉讼主体资格，且是涉案工程的实际施工人，建工九公司已向曲阜公司履行了建设工程的施工义务，依法应当享有向曲阜公司及建工集团主张支付工程款的相应权利及享有诉讼主体资格。建工九公司在一审中提交了《建设工程施工合同》、曲阜公司与建工九公司直接结算的银行进账单、建工九公司向曲阜公司提交并由曲阜公司驻工地代表邓炳臣签收的“要求下一步施工方案”的报告、《分包合同》等证据均充分证明了建工九公司是涉案工程的实际施工人，并证明了曲阜公司对建工九公司系该工程实际施工人是明知，并予以认可。3.一审认定涉案工程总造价，事实清楚、适用法律正确。首先，曲阜公司在一审中不予认可建工九公司提交的结算报告，但曲阜公司在法庭的明确告知后，并未向法庭提供任何证据或说明及异议等相关的证据予以推翻结算报告中的工程总造价。一审法院根据证据优势原则，认定建工九公司提交的结算报告，有事实及法律依据。其次，建工九公司向曲阜公司提交了涉案工程的结算报告，对此建工集团无异议，且同意以该结算报告作为建工集团与曲阜公司的最终结算。再次，曲阜公司在2005年5月18日就收到建工九公司提交的结算报告，并由曲阜公司的工程负责人邓炳臣接受，至今未提出任何异议；最后，曲阜公司为了拖欠不支付工程款，遂于2004年6月17日将设计、监理、施工等相关单位一并提起质量责任纠纷诉讼，且久拖至2015年12月，共计12年的诉讼历程才作出生效的判决，足以证明曲阜公司为拖延支付工程款及掩盖其无资金能力继续建设涉案工程的事实。4.曲阜公司以质量问题、付款证明的举证责任、程序违法、管辖错误等作为上诉理由，实属理屈词穷之说，无事实及法律依据。首先，工程交付后，工程维修不能作为阻止请求工程款的理由，因此，质量纠纷案不能作为本案的抗辩理由。其次，曲阜公司对已付工程款金额有异议，但又没有提供任何证据予以证明。仅认为已付工程款的举证责任义务及不利后果应由建工九公司及建工集团承担；曲阜公司在一审中也以此作为抗辩理由，现在又作为上诉理由，没有任何事实及法律依据。再次，本案不存在程序违法，只存在曲阜公司滥用诉讼权利，故意拖延诉讼期间，其依法应承担滥诉的损害赔偿责任。本案诉讼期限延长，主要是曲阜公司充分利用了任何一个细微的诉讼环节，拖延诉讼时效，最为明显的是以质量纠纷一案为由书面提出申请，要求对本案中止审理；但在漫长的三年一审阶段中，曲阜公司未向一审法院提交任何证据证明其主张或抗辩的理由。最后，本案不存在管辖错误的问题，本案是在2013年立案受理，而新的民事诉讼法的司法解释是在2015年2月4日生效，因此，本案不存在所谓管辖错误的问题。综上所述，一审认定事实清楚，适用法律正确，程序合法，依法应驳回曲阜公司的上诉请求，维持一审判决。
建工集团辩称，同意建工九公司的答辩意见。1.曲阜公司向实际施工人建工九公司支付工程款并无证据证明是按照我公司要求向其付款。2.我公司是总包单位，实际施工人是建工九公司，实际收付款情况是曲阜公司与建工九公司之间的往来，曲阜公司未向我公司支付任何款项，本案中曲阜公司支付多少工程款，应向法庭提供支付证据，承担举证责任，我公司没有向法庭提供建工九公司收取工程款的义务。3.一审中曲阜公司对建工九公司收到工程款数额有异议，一审法院询问时曲阜公司并不清楚，其实际支付多少工程款，当时回答是回去核实，法庭给予曲阜公司15天期限要求给予答复或提供相反证据，其没有答复也未提供证据，应该承担举证不能的责任，曲阜公司对已完成的工程量有异议，法庭同样给予15天期限，其答复并举证，其仍未在期限内答复举证。4.对于建工九公司提交的结算书，曲阜公司不认可结算数额，法庭同样给予15天期限，其提交书面意见，作出书面说明，对结算书中不予认可的部分提交反证予以证明，至今曲阜公司均未提交任何证据，其理应承担举证不能的后果，一审判决正确，应予以维持。
建工九公司向一审法院起诉请求：1.依法判令建工集团向建工九公司支付工程款4771292.12元；2.曲阜公司在未向建工集团支付工程款范围内向建工九公司承担付款责任3.本案诉讼费、保全费用均由建工集团、曲阜公司负担。
一审法院认定事实：2001年8月25日，曲阜公司（发包人）与建工集团（承包人）签订《建设工程施工合同》一份，约定曲阜公司将清华科技园曲阜技术创新中心13轴以东工程、地下展厅、会展中心扩建工程发包给建工集团，工程款暂按每平方米600元计算。合同第24条、26条约定，合同签订后预付20万元工程款，完成混凝土基础付±0.000以下的30%，完成±0.00付至±0.00以下总工程量的70%，以后每二层主体拨核定已完工程量的70%，主体完工后，每月拨核定已完工程量的70%，至竣工后拨总造价的70%，审计后留5%质保金，其余全部结清。合同第25条“工程量确认”约定，每月15日、30日两次分别提交。合同第32条约定，竣工后20天内承包人提供竣工图三份，中间交工工程的范围和竣工时间视工程情况协商。
2002年5月18日，曲阜公司（甲方）与建工集团（乙方）签订《补充协议》一份，约定：原合同中地下展厅经双方协商，不再由乙方施工，原合同中会展中心扩建工程更名为食街；因食街面积无法评省优，现约定达到市优标准不奖不罚，达不到市优罚4%总包价；结算价执行乙级企业Ⅱ类工程取费后让利10%，拨款按已完成工程量结算价的70%。
2001年8月28日，建工集团与建工九公司签订《建设工程分包合同》一份，约定建工集团将清华科技园曲阜技术创新中心东楼、地下展厅、会展中心扩建工程发包给建工九公司，工程总造价暂按每平方米600元计算，以最终结算为准。该合同第八条约定，甲方对乙方施工期间的债权债务不享有任何权利，也不承担任何责任；该工程所获得的所有利益均由建工九公司享有，建工九公司自负盈亏，建工九公司按照工程总结算价值的千分之二向建工集团缴纳管理费。
建工九公司承包涉案工程后，即组织了施工，已完成的工程量已向曲阜公司交付。建工九公司为证实其施工工程的总造价，提交“工程结算汇总”一份，该结算汇总载明涉案工程的总造价为10222931元。对该份证据，曲阜公司不予认可，并称其从未收到过该资料。庭审中，建工九公司自认曲阜公司已付工程款4953964.96元，且该工程款均是由曲阜公司直接支付给建工九公司的，建工集团从未向建工九公司支付过涉案工程的工程款。对于已付的工程款数额，庭审中曲阜公司的代理人称不清楚。
另查明，与建工九公司同期施工的清华科技园曲阜技术创新中心1-12轴工程、南楼工程、地下展厅工程系由案外人山东省对外建设工程总公司承包，因曲阜公司欠付山东省对外建设工程总公司工程款，山东省对外建设工程总公司向曲阜市人民法院提起诉讼。曲阜市人民法院经审理，于2007年4月26日作出（2006）曲民初字第1671号民事判决书，认定在山东省对外建设工程总公司施工过程中，由于曲阜公司不能按工程进度及时拨付工程款等原因造成施工人员误工、闲置，并造成拖延工期，致使山东省对外建设工程总公司与曲阜公司签订的施工合同不能全面履行，并认定山东省对外建设工程总公司于2003年8月作出了结算报告和结算资料，并送交曲阜公司在工地的代表邓丙臣。曲阜市人民法院依据山东省对外建设工程总公司作出的结算报告和结算资料，认定山东省对外建设工程总公司完成的工程总造价为20824230.98元，据此判令曲阜公司向山东省对外建设工程总公司支付未付工程款6707942.54元。
另，2004年6月17日，因建工九公司施工的食街地下室及山东省对外建设工程总公司施工的地下展厅出现渗漏水，曲阜公司以建工集团、山东省对外建设工程总公司以及工程设计单位山西省建筑设计研究院、工程监理单位济宁市东方建设工程监理公司作为共同被告，向曲阜市人民法院提起诉讼。曲阜市人民法院经审理，于2014年6月16日作出（2004）曲民初字第1660号民事判决书，认定建工集团、山东省对外建设工程总公司应分别对其施工的工程出现的渗漏水向曲阜公司承担40%的赔偿责任。
一审法院认为，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第四条的规定，建工集团从曲阜公司处承包涉案工程后，将工程整体转包给建工九公司，故其与建工九公司签订的《建设工程分包合同》无效。根据建工九公司提交的曲阜公司向其支付工程款的银行进账单，可以证实曲阜公司对建工九公司系涉案工程的实际施工人的事实是明知的。同时，根据曲阜公司向曲阜市人民法院提起（2004）曲民初字第1660号案件诉讼的事实，可以认定建工九公司已将完成的工程交付曲阜公司，曲阜公司已经实际接收，故建工集团应当就建工九公司已完成的工程履行支付工程款的义务，曲阜公司作为工程发包人，应当在未付工程款的范围内承担付款责任。
关于涉案工程总造价，因建工九公司未与建工集团、曲阜公司进行最终结算，庭审中建工九公司提交了涉案工程的结算报告，对此建工集团无异议，并同意将建工九公司提交的该结算报告作为其与曲阜公司最终结算的资料。虽然曲阜公司对建工九公司提交的该结算报告不予认可，但在一审法院限定的时间内，其未提交反证推翻建工九公司结算报告中的工程总造价，因此，根据证据优势原则，一审法院对建工九公司提交的结算报告予以认定，据此认定涉案工程总造价为10222931元，扣除建工九公司在本次诉讼中未主张的清华楼砼掺加剂428766.75元、食街砼掺加剂68907.42元，应付工程款为9725256.83元。对于已付工程款数额，建工九公司自认曲阜公司已付工程款4953964.96元，对此，建工集团、曲阜公司均未提交反证，故一审法院予以认定。据此计算，未付工程款为4771291.87元，该工程款建工集团应当承担继续支付的责任。
对于曲阜公司的未付工程款数额，根据曲阜公司与建工集团于2002年5月18日签订的《补充协议》的约定，结算价应让利10%。因涉案工程的总造价为10222931元，扣除10%的让利，曲阜公司应支付给建工九公司建工集团的工程款应为9200637.9元，扣除曲阜公司已付工程款4953964.96元，曲阜公司未向建工集团支付的工程款数额为4246672.94元。据此，判决：一、山东省建设建工（集团）有限责任公司于判决生效之日起十日内向山东省建设建工集团第九有限公司支付工程款4771291.87元；二、曲阜科技园区开发有限公司在未付工程款4246672.94元范围内对山东省建设建工集团第九有限公司承担付款责任；三、驳回山东省建设建工集团第九有限公司的其他诉讼请求。案件受理费46690元，财产保全费5000元，由山东省建设建工（集团）有限责任公司、曲阜科技园区开发有限公司负担。
本院二审期间，当事人围绕上诉请求依法提交了证据。本院组织当事人进行了证据交换和质证。对当事人二审争议的事实，本院认定如下：
二审期间，曲阜公司提交如下证据：证据1、付款及垫付材料款凭证一宗，欲证明曲阜公司向建工集团支付工程款数额为5417168.14元。证据2、2005年1月11日催款函一份，欲证明建工九公司向曲阜公司催款已经按照合同约定63%比例拨付工程进度款，由于曲阜公司与建工九公司无合同关系，故曲阜公司对该催款函没有进行处理，可以证明曲阜公司按合同约定付款。建工九公司对上述证据1、2的真实性无异议，证据1中5417168.14元有三笔款共计118140元（建工集团出具的三份收据分别为：2010年11月2日的5万元、2010年12月29日的18140元、2011年1月20日的5万元）是建工集团收取，并未支付给建工九公司，2002年8月27日（收料单为2002年6月11日）代付给案外人的添加剂款93820元不应在本案中予以扣除，因该款系清华楼砼掺加剂、食街砼掺加剂的工程款，本案对该砼掺加剂并无主张。对证据2的证明目的有异议，该证据是进度款而不是结算款，不能以催款函作为结算款的划分比例，该催款函进一步证明建工九公司是涉案工程的实际施工人，曲阜公司是明知的，应予以确认。建工九公司在2005年5月18日已向曲阜公司递交结算报告，并由其项目负责人签收。建工集团同意建工九公司的质证意见，并认可其从曲阜公司收取118140元工程款，其他工程款由建工九公司收取。
本院经审查认为，曲阜公司在二审期间提交了证据1已付款凭证共计5417168.14元，其中2010年11月2日的5万元收据、2010年12月29日的18140元收据、2011年1月20日的5万元收据均是建工集团所出具，建工集团也认可该118140元并未支付给建工九公司。2002年6月11日收料单中载明曲阜公司代付给案外人的添加剂款93820元，建工集团及建工九公司对此均无异议，应认定曲阜公司代建工集团向案外人代付的全部工程的已付款，但因该款系清华楼砼掺加剂、食街砼掺加剂的工程款，建工九公司在本案中对该砼掺加剂并未主张，因此该93820元不能认定建工集团向建工九公司支付的涉案工程款。综上，本院认定曲阜公司向建工集团支付的全部工程已付款为5417168.14元，建工集团向建工九公司支付的涉案工程款为5205208.14元。证据2催款函中载明的主要内容为：曲阜公司已按63%拨付进度款，要求尽快支付剩余37%的工程款，并非是双方对涉案工程进行的最终结算，故曲阜公司要求按此作为最终结算的证据不足，本院不予采信。
以上事实由曲阜公司在二审提交的证据、建工九公司及建工集团提交的书面质证材料、二审调查笔录等在案为凭。本院对一审查明的其他事实予以确认。
本院认为，本案的焦点问题：一、建工九公司是否享有主张涉案工程款的主体资格；二、曲阜公司尚欠建工集团工程款的数额；三、建工集团尚欠建工九公司的涉案工程的工程款数额；四、本案是否已超过诉讼时效；五、一审程序是否合法。
关于焦点一，建工九公司是否享有主张涉案工程款的主体资格问题。本院认为，2001年8月25日，曲阜公司与建工集团签订《建设工程施工合同》一份，曲阜公司将清华科技园曲阜技术创新中心13轴以东工程、地下展厅、会展中心扩建工程发包给建工集团进行施工。2001年8月28日，建工集团与建工九公司签订《建设工程分包合同》一份，建工集团将其承包的清华科技园曲阜技术创新中心东楼、地下展厅、会展中心扩建工程转包给建工九公司进行施工，建工九公司对涉案工程进行了施工，在施工过程中，曲阜公司也向建工九公司及建工集团分别付款，故曲阜公司对建工九公司实际施工涉案工程的事实是明知且认可。综上，一审法院认定建工九公司系涉案工程的实际施工人，并无不当，本院予以确认。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十六条规定：“实际施工人以转包人、违法分包人为被告起诉的，人民法院应当依法受理。实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院可以追加转包人或者违法分包人为本案当事人。发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。”本案中，建工九公司作为实际施工人向总包单位建工集团及发包人曲阜公司主张工程欠款于法有据，故建工九公司享有主张涉案工程款的主体资格。
关于焦点二，曲阜公司尚欠建工集团工程款的数额。本院认为，建工九公司在2005年5月份已将涉案工程进行了单方结算，建工九公司称已将该结算报告送交了曲阜公司的现场工地代表邓炳臣，曲阜公司对此不予认可。建工九公司在一审中提交了该结算报告，建工集团认可该结算报告作为其与曲阜公司的最终结算。曲阜公司虽对该结算报告不予认可，但曲阜公司既不申请对涉案工程价款进行司法鉴定，又不提交曲阜公司对涉案工程所作的结算报告，更未提交相关证据证实建工九公司提交的结算报告存在不当之处，故一审法院对建工九公司提交的结算报告予以采信，并以此认定建工集团所施工的工程总造价并无不当，本院予以确认。曲阜公司在二审中主张按进度款的支付比例来确定工程总造价没有事实依据，本院不予支持。曲阜公司在二审中提交的付款证据证明其已向建工集团支付或垫付工程（材料）款5417168.14元，曲阜公司至今尚欠建工集团工程款3783469.76元（10222931元－10222931元×让利10%－5417168.14元）。涉案工程虽然存在质量问题，但该质量问题已经曲阜市人民法院（2004）曲民初字第1660号、山东省济宁市中级人民法院（2014）济民终字第2639号民事判决作出处理，故曲阜公司应当向建工集团支付涉案工程价款。
关于焦点三，建工集团尚欠建工九公司的涉案工程的工程款数额。本院认为，因建工集团认可建工九公司提交的结算报告，一审法院认定建工九公司的施工的涉案工程总造价为10222931元，扣除建工九公司在本次诉讼中未主张的清华楼砼掺加剂428766.75元、食街砼掺加剂68907.42元，建工集团应付建工九公司工程款为9725256.83元，建工集团并未上诉，本院予以确认。扣除建工集团向建工九公司支付的涉案工程款为5205208.14元。建工集团至今尚欠建工九公司工程款4520048.69元。
关于焦点四，本案是否已超过诉讼时效。本院认为，虽然建工九公司于2005年5月份就涉案工程作出了结算报告，但曲阜公司自2001年至2011年1月20日陆续向建工集团支付工程款，曲阜公司也并未向建工集团或建工九公司明确其不再欠付其工程款的意思表示，建工九公司也一直向建工集团主张工程欠款的权利，且建工集团与曲阜公司就涉案工程价款尚未结算，建工九公司向一审法院提起本案诉讼之时，涉案工程的质量问题尚在曲阜市人民法院进行审理之中，故本案尚未超过诉讼时效。
关于焦点五，一审程序是否合法。本院认为，本案于2013年12月13日立案受理，建工九公司于2013年12月13日按简易程序向一审法院交纳案件受理费23350元，曲阜公司曾以涉案工程质量纠纷案件正在审理之中为由申请本案中止审理，后因案件主审法官离职，更换了主审法官，本案因案情复杂适用普通程序后，建工九公司补交了案件受理费23340元，新组成的合议庭对本案进行开庭审理并依法作出判决，符合法律规定，曲阜公司主张一审法院程序违法证据不足，本院不予支持。
《诉讼费用交纳办法》第四十条规定：“当事人因自身原因未能在举证期限内举证，在二审或者再审期间提出新的证据致使诉讼费用增加的，增加的诉讼费用由该当事人负担。”本案中，曲阜公司在二审诉讼中提交了已付款证据，致使本案工程欠款的数额予以变更，但依据上述规定，本院对一审的诉讼费用予以维持，二审案件受理费由曲阜公司负担。
综上所述，曲阜公司的上诉请求部分成立，予以支持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第二项规定，判决如下：
一、维持济南市历下区人民法院（2013）历民初字第2181号民事判决第三项及案件受理费、财产保全费的负担；
二、变更济南市历下区人民法院（2013）历民初字第2181号民事判决第一项为：一、山东省建设建工（集团）有限责任公司于本判决生效之日起十日内向山东省建设建工集团第九有限公司支付工程款4520048.69元；
三、变更济南市历下区人民法院（2013）历民初字第2181号民事判决第二项为：二、曲阜科技园区开发有限公司在欠付工程款3783469.76元范围内对山东省建设建工集团第九有限公司承担付款责任。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
二审案件受理费40773元，由曲阜科技园区开发有限公司负担。
本判决为终审判决。
审判长 闫振华
审判员 黄宏伟
审判员 李 静
二〇一七年七月七日
书记员 李在利