宁夏回族自治区中卫市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）宁05民初21号
原告：银川琼天园林工程有限公司。住所地：宁夏回族自治区银川市西夏区北京西路**号。
法定代表人：梁某某，该公司经理。
委托诉讼代理人：何某某，宁夏善知律师事务所律师。代理权限为特别授权代理。
被告：中宁县林业局（原中宁县林业和枸杞产业发展局）。住所地：宁夏回族自治区中宁县团结路与平安路交叉口东北150米。
法定代表人：刘某甲，该局局长。
委托诉讼代理人：李某某，该局副局长。代理权限为特别授权代理。
委托诉讼代理人：王某某，宁夏丰安律师事务所律师。代理权限为特别授权代理。
原告银川琼天园林工程有限公司（以下简称琼天公司）与被告中宁县林业局承揽合同纠纷一案，本院于2016年10月12日作出（2016）宁05民初50号民事判决。琼天公司不服，向宁夏回族自治区高级人民法院提出上诉。宁夏回族自治区高级人民法院于2016年12月19日作出（2016）宁民终282号民事裁定，裁定撤销原审判决，发回本院重审。本院于2017年3月13日受理后，依法另行组成合议庭，于2017年4月26日公开开庭进行了审理，原告琼天公司的委托诉讼代理人何某某，被告中宁县林业局的委托诉讼代理人李某某、王某某到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
琼天公司向本院提出诉讼请求：1.请求依法判令被告中宁县林业局支付原告工程款2208284.50元，利息872596.97元（自2012年1月1日起按同期银行贷款利率暂计算至2016年5月1日），本息合计3080881.47元，利息继续主张至款项实际付清之日；2.依法判令被告支付原告违约金91014.5元；3.依法判令被告赔偿因其违约给原告造成的其他各项损失1264546.50元；（上述三项诉请金额共计4436442.47元）；4.本案诉讼费用由被告承担。
事实和理由：2010年3月2日，琼天公司与中宁县林业局签订《中宁县生态林业节水灌溉项目造林绿化合同》一份，约定琼天公司向中宁县林业局提供合格枣树苗木74520株，地径5厘米以上每株93元，地径3-5厘米每株60元；新疆杨苗木4000株，每株40元。琼天公司负责苗木的栽植管护工作，确保成活率达到98%以上，保存率达到85%以上。中宁县林业局负责及时提供节水灌溉的基础设施。造林结束后，中宁县林业局应至迟于2011年10月会同监察、审计、财政、纪检等部门对造林的成活率、保存率进行验收，验收后苗木交中宁县林业局管理。中宁县林业局应于2010年6月30日按照琼天公司实际供应栽植数量预付工程款的30%；2010年10月30日验收合格后再按数量结算并支付工程款的30%，2011年5月30日，支付工程款的20%，2011年12月31日付清剩余工程款。双方如有任何一方违约，除赔偿对方实际经济损失外，还应支付对方合同总造价10‰的违约金。
合同签订后，琼天公司按照合同约定购置苗木并进行栽植，中宁县林业局却未按照约定及时提供灌溉设施，加上2010年中宁县气候干旱，降水稀少，琼天公司栽植的苗木面临大面积枯死的危险。后琼天公司投入大量人力、物力、财力组织抗旱，并对大量成活希望不大的苗木进行了换栽，保证了苗木总体成活率、保存率的达标。琼天公司于2011年11月25日将验收合格的成活苗木移交给中宁县林业局管理，但中宁县林业局却迟迟不给琼天公司结算，且不按照合同约定给琼天公司支付工程款，至今仍欠琼天公司部分工程款未支付。中宁县林业局应当向琼天公司支付全部工程款并支付逾期利息，并赔偿因中宁县林业局的原因给琼天公司造成的经济损失1264546.50元。
中宁县林业局辩称，按照中宁县政府的审计决算结果，中宁县林业局应付琼天公司工程款9101452元，现在已付7829936元，尚欠1271516元。琼天公司诉状中提出中宁县林业局未按约定提供灌溉基础设施导致其栽植的苗木不能及时浇水与事实不符，中宁县林业局及时提供了灌水基础设施，能够确保琼天公司进行绿化栽植的需要。而且对于灌水基础设施的情况和条件，在签订合同之前琼天公司已做了充分了解，所以双方在合同中没有提及灌水基础设施的事宜，合同中也没有约定灌水基础设施的具体要求和条件。另外，琼天公司栽植苗木达不到存活率标准是因其管理不到位造成的，与灌水基础设施没有关系。此外，根据合同约定保存率必须达到85%以上才视为合格，这也是合同付款方式中约定付款的前提条件，因为在施工中琼天公司管理不善，致使栽植苗木未能达到保存率85%以上的基本要求，所以中宁县林业局也不可能在2010年10月30日之前付款达到60%。
合同约定于2011年5月30日支付工程款达到80%不符合《中宁县政府投资建设项目审计办法》和《中宁县政府投资项目资金管理暂行办法》的规定。按照上述文件的规定，政府投资的项目，在竣工决算审计前建设单位支付工程价款不得超过70%。所以中宁县林业局认为合同中关于付款方式的约定违反政府投资项目的规定，应属无效约定，对双方不具有约束力。
中宁县林业局不存在违约，琼天公司诉讼请求中关于违约金的主张不能成立，利息的主张没有事实依据，利息和违约金中宁县林业局不同意支付。
关于琼天公司主张的中宁县林业局不能按约提供灌水基础设施致使其额外支出抗旱换栽损失高达1264546.50元的问题，首先不存在中宁县林业局未按约提供灌水基础设施的问题，抗旱换栽的费用属于琼天公司保存成活率应该支出的费用。另外，考虑到琼天公司在施工中存在的实际困难，中宁县林业局在审计决算时，对增加的工作量给予了照顾，已将原合同中标价7237318元增加到了9101452元。
原告提供以下证据支持其诉讼主张：
第一组证据：《中宁县生态林业节水灌溉项目造林绿化合同》及附件一份。证明：琼天公司承建中宁县林业局中宁县节水农业一期大青山节水造林项目（四）标段绿化工程，2010年3月2日，双方签订绿化合同，约定琼天公司向中宁县林业局提供合格枣树苗木74520株，地径5厘米以上每株93元，地径3-5厘米每株60元；新疆杨苗木4000株，每株40元。琼天公司确保成活率达到98%以上，保存率达到85%以上。中宁县林业局应于2010年6月30日预付工程款的30%；2010年10月30日验收合格后再支付工程款的30%，2011年5月30日支付20%，2011年12月31日付清剩余工程款。双方如有任何一方违约，应支付对方合同总造价10‰的违约金；
第二组证据：《2010年中宁县节水农业一期大青山项目区第四标段绿化工程竣工决算报告》一份。证明：琼天公司承建的中宁县大青山节水造林项目（四）标段绿化工程决算总金额为9101452元。同时证明琼天公司施工工程苗木保存率达到85.1%，系合格工程；
第三组证据：《证明》三份、《宁夏回族自治区地方税务局特种（代开）统一发票及完税证》两份、《中国农业银行进账单》一份、《财政资金直接支付凭证（收账通知）》两份、《关于2010年大青山节水农业示范项目工程第三、四、五标段夏季抗旱费用支付情况的说明》一份。证明：中宁县林业局将琼天公司四标段工程款332000元支付给中宁县轿子山林场（包含三、五标段）；
第四组证据：《证明》一份、《2011年农民工工资补栽枣树浇水明细发放表》一份、《领条》两份、《收条》六份。证明：为涉案工程提供供水设施是中宁县林业局的义务；因中宁县林业局提供的灌水设施存在问题导致琼天公司支出抗旱费共计317754.50元；
第五组证据：《苗木订购协议书》一份、《证明》五份、《收条》十二份、《中国农业银行银行卡交易明细清单》一份。证明：因中宁县林业局提供的供水设施存在问题导致树苗枯死，琼天公司补栽23670棵枣树，支付购苗款646060元，运费105000元和栽树、供水等损失共计946800元；
第六组证据：证人刘某乙、续某某原审出庭证言。证明：1.中宁县林业局将琼天公司四标段工程款332000元支付给中宁县轿子山林场（包含三、五标段费用）；2.因中宁县林业局提供的灌水设施存在问题导致琼天公司支出大青山四标段抗旱费，造成损失共计317754.50元；3、因中宁县林业局提供的供水设施存在问题，导致树苗枯死，琼天公司补栽23670棵枣树，造成运费、栽树、供水等损失共计946800元；
第七组证据：《报告》两份。证明目的：因被告灌水设施存在问题，苗木无法及时灌水，导致大青山造林工程发生大面积苗木枯死问题。原告在合同履行过程中，多次就该问题向被告反映，才最终促使政府重视，于2010年9月份组织全县抗旱的事实。
被告中宁县林业局对琼天公司的证据质证认为，第一组证据合同的真实性及关联性没有异议，对合同约定的付款方式有异议，该约定违背了政府投资工程资金管理办法及政府投资项目审计办法的相关规定，属于无效约定；第二组证据决算报告中中宁县林业局只认可决算总金额9101452元，其余数据是琼天公司单方所做，不予认可；对第三组证据中的发票及完税证的真实性、合法性和关联性没有异议，对其他证明材料以及中宁县轿子山林场说明的真实性有异议，该证据不能证明中宁县林业局将332000元支付给中宁县轿子山林场，中宁县林业局没有给中宁县轿子山林场支付过任何费用，琼天公司和中宁县轿子山林场之间就相关劳务费用如何计算与中宁县林业局无关；对第四组证据的真实性、合法性和关联性均不予认可，该证据无法确认证明和领款条的真实性，如果属于证人所写的证明材料，证人应出庭。另施工过程中用工及劳务工资支出是琼天公司的事务，与中宁县林业局无关；对第五组证据中苗木订购协议的真实性无异议，其余证明材料的真实性、合法性和关联性均有异议，该证据不能证明中宁县林业局提供的供水基础设施存在问题；第六组证据证人证言中刘某乙所陈述的中宁县针对干旱的气候条件组织抗旱是事实，但根据刘某乙的证言，中宁县组织抗旱产生的费用是县财政另外出资，该33万多元与琼天公司的工程款没有任何关系，且该33万多元并没有占用中宁县林业局应付给琼天公司的工程款，中宁县林业局也从来没有扣除过应付琼天公司的工程款。证人续某某证言中所陈述滴灌设施喷头堵塞，有些设施没有水，与琼天公司所诉未及时按约提供灌水基础设施是两码事，而且存在的问题与天气条件有关系，琼天公司为保存成活率采取补植措施是分内之事，证人所述调苗费用126万元与事实相差悬殊，不应采信。第七组证据《报告》两份，达不到证明目的，此组证据三性均不认可，该报告是原告自己所造，内容不真实。
被告中宁县林业局提供以下证据支持其抗辩：
第一组证据：中宁县林业局支付琼天公司工程款的明细表及付款凭证。证明：中宁县林业局已支付琼天公司工程款总计7829936元，在付款明细中并没有琼天公司所述的将30多万元付给中宁县轿子山林场；
第二组证据：造林绿化竣工验收汇总表一份。证明：琼天公司所施工的四标段工程验收保存率达不到80%，不符合合同约定的付款条件；
第三组证据：中宁县林业局就琼天公司绿化工程超合同价10%以上有关问题的汇报材料一份。证明：琼天公司所施工工程由于天气条件变化、工期紧、施工难度大等问题，的确存在工程量增加的问题，对于超过合同标的49%的款项由中宁县林业局申请中宁县政府已经给予了定案决算，所以总工程款才从最初合同价723万多元增加到910多万元；
第四组证据：中宁县人民政府中宁政发2009（7）号和中宁县人民政府中宁政发2011（36）号文件。证明：政府投资工程在竣工决算审计前支付工程款不得超过70%，进而证明双方合同中关于付款方式的约定违反政府文件规定，属于无效条款；
第五组证据：付款明细及付款凭证一组。证明：中宁县林业局已经支付工程款7829936元；
第六组证据：1.《节水一期大青山造林绿化工程四标段付款明细表》；2.《高效节水项目一期大青山项目第四标段》；3.《项目资金支付确认书》；4.《建筑业统一发票》；5.《财务说明》；6.《记账凭证》；7.《宁夏建设工程招标代理中心（有限公司）文件》；8.《中宁县高效节水农业项目（生态林）一期工程大青山项目区四标段》。证明：中宁县林业局已向琼天公司支付工程款7829936元。
原告琼天公司对中宁县林业局的证据质证认为，对第一组证据的真实性、关联性无异议，对付款明细表中所显示的2010年3-8、11-16号凭证及其所附原始材料，2011年3、4、5号及所附材料的合法性均不认可，该组证据不能证实中宁县林业局已向琼天公司支付7829936元工程款的事实。2010年3、4、8号凭证所反映的34.2万元的工程款，中宁县林业局提交的发票票号与琼天公司所提交的第三组证据中支付给中宁县轿子山林场的发票票号完全一致，充分证实该30余万元琼天公司向中宁县林业局开具了发票，但中宁县林业局并未向琼天公司支付，而是付给了中宁县轿子山林场。2010年5、6、7、11-16及2011年3、4、5号凭证合计金额605925.50元，中宁县林业局未向琼天公司支付其中的任何款项，而是单方做了扣款手续，该扣款未经琼天公司确认同意，不能认同为已支付琼天公司的工程款。双方关于已付工程款数额的争议就是以上两笔金额的差距；第二组证据虽系复印件，但对真实性、合法性和关联性认可，证明目的不予认可，该验收汇总表显示的数据不能证实琼天公司造林工程的实际保存率，因该汇总表右侧说明栏中明确说明本表的成活株数有多个项目没有包含，琼天公司最终保存率应当以琼天公司提交的第二组证据为准，该份证据也能证明2011年涉案工程已经进行了验收，中宁县林业局应该支付完工程款；对第三组证据的真实性、合法性、关联性、证明目的均不予认可，该证据并非中宁县林业局的正式文件，也未加盖中宁县林业局的公章；对第四组证据的真实性认可，合法性、关联性、证明目的均不予认可，该文件并非法律法规和部门规章，不能对抗平等民事主体之间的约定及合同法的规定，不能证实涉案合同的有关约定无效；第五组证据，对三性及证明目的均不认可，该组证据都是复印件，不符合证据的形式要件。证据中没有被告方向原告支付款项的银行转账凭证、收据等原始付款凭据。对第六组证据的真实性予以认可，但不能证实在2016年5月16日之前，中宁县林业局已向琼天公司支付工程款6229926元，同时该组证据7.《宁夏建设工程招标代理中心（有限公司）文件》附件中的《工程造价审定汇总表》就是琼天公司第二组证据中《2010年中宁县节水农业一期大青山项目区第四标段绿化工程竣工决算表》，足以证实琼天公司承揽的大青山项目区第四标段苗木存活率达到双方合同中约定的85%。
本院对各方提交的证据认证如下：
原告琼天公司提交的第一组证据来源合法，内容客观真实，能够证明琼天公司与中宁县林业局签订合同约定相关权利义务的事实，对其证明效力予以采信；第二组证据因中宁县林业局认可涉案工程的审计决算价款总金额为9101452元，故对该证据证明效力予以采信；第三组证据结合证人刘某乙的当庭证言，能够证明中宁县林业局支付中宁县轿子山林场332000元，用于第三、四、五标段抗旱费用的事实，对该部分证据的证明效力予以采信；第四、五组证据只能证明琼天公司支付了该笔费用，但不能证明该费用的支出是因为中宁县林业局的原因造成的，故对其证明效力均不予采信；第六组证据中刘某乙的证言结合第三组证据能够证明中宁县林业局支付中宁县轿子山林场332000元，用于第三、四、五标段抗旱费用的事实，对该部分证据的证明效力予以采信；续某某的证言结合第五组证据中的《苗木订购协议书》，只能证明琼天公司向续某某订购了苗木用于补植而支出了费用，对该部分证言的证明效力予以采信。第七组证据因系琼天公司单方制作，亦无证据证明该两份报告送达给中宁县林业局，故对其证明目的不予采信。
被告中宁县林业局提交的第一、五、六组证据证明目的相同，因琼天公司对中宁县林业局提供的《高效节水项目一期大青山项目第四标段和《项目资金支付确认书》真实性无异议，作为琼天公司第四标段负责人的曹之治也在上述文件中签字确认，应视为琼天公司对中宁县林业局代扣936868.5元抗旱费用的认可，故该三组证据可以证实中宁县林业局已向琼天公司支付工程款7829936元，对其证明目的予以采信。第二组证据仅能证明中宁县林业局会同其他部门对涉案工程进行验收的事实，对该部分证据的证明效力予以采信；第三组证据能够证明涉案工程的决算定案价款为9101452元，对该部分证据的证明效力予以采信；第四组证据与本案不具有关联性，对其证明效力不予采信。
经审理查明，2010年3月2日，琼天公司与中宁县林业局签订《中宁县生态林业节水灌溉项目造林绿化合同》一份，合同约定：乙方（琼天公司）在合同规定的期限内向甲方（中宁县林业局）提供合格枣树苗木74520株，苗木规格要求以地径为准，其中：地径5厘米以上苗木44710株，地径3-5厘米苗木29810株；新疆杨苗木（胸径5厘米以上）4000株。枣树苗木品种以中宁圆枣、同心圆枣为主，以景泰大枣、骏枣、灰枣、梨枣、团枣、油枣、木枣等品种为替代品种。枣树苗木及造林的综合价格为：地径5厘米以上每株93元，地径3-5厘米每株60元；绿化苗木采用胸径5厘米以上的大规格新疆杨苗木，每株综合造价40元。乙方必须负责栽植管护工作，确保苗木成活率达到98%（滚泉坡山地达到95%）以上，保存率达到85%以上。栽植期限为新疆杨栽植于3月25日开始，4月10日前结束；枣树栽植于4月11日开始，5月10日前全部结束。乙方必须确保苗木”两率”达到标准，保存率达到85%以上的，按照实际栽植株数计算；保存率达不到85%以上者，按照实际保存株数付款，所造成的损失由乙方自己承担。造林结束后，甲方会同监察、审计、财政、纪检等部门对本合同中乙方的造林成活率、保存率按照《中宁县生态林业节水灌溉项目造林绿化技术要求及验收细则》分别进行验收，甲方向乙方提供的技术要求及验收细则为本合同的组成部分。乙方负责苗木管护期限为两年，2011年10月经验收后移交甲方管理。此外，合同还约定参加竞标时，乙方要向甲方交纳合同履约保证金，合同履约保证金缴纳的标准为合同总造价的6%。合同履约完成后，如果乙方能在合同规定的时间内保质保量完成所中标段全部苗木供应栽植任务且验收合格后，由甲方负责将合同履约保证金全部无息退还给乙方；如果乙方不能在合同规定的时间内保质保量完成所中标段全部苗木供应栽植任务或验收不合格，则甲方不予退还乙方履约保证金。双方约定的付款方式为：前期先由乙方垫付工程款，2010年6月30日由甲方按照实际供应栽植数量为乙方预付工程款的30%；2010年10月30日经甲方组织人员验收，保存率达到85%以上视为合格，再按实际栽植数量结算并支付乙方工程款的30%；2011年5月30日，支付乙方工程款的20%；2011年12月31日付清剩余工程款。若保存率在85%以下，视为不合格，将按照实际保存株数付款。双方的职责为：甲方负责为乙方划定区划区域范围；工程结束后，甲方对乙方的造林工程进行验收；甲方所用苗木数量级规格发生变化，需要调整时应提前5天通知乙方进行变更。乙方的主要职责为必须确保苗木”两率”达标，否则，所造成的损失乙方自己承担。双方约定的违约责任为：甲、乙双方任何一方违约，除赔偿对方实际经济损失外，还应支付对方合同总造价10‰的违约金。
合同签订后，琼天公司按照合同约定购置苗木栽植。后琼天公司对完成工程作出竣工决算表，其中栽植红枣84051株，验收保存71820株，栽植杨树4582株，验收保存3607株，平均保存率85.1%。2011年，中宁县发改局、财政局、审计局、监察局会同中宁县林业局对琼天公司完成的工程进行了验收，其中红枣上报栽植株数为87479株，验收成活株数为69215株，杨树上报栽植株数为4582株，验收成活株数为3607株，在竣工验收汇总表中说明本表成活株数不含每穴双苗株数和天然气工程、蓄水池开挖、管道开挖等征占林地挖毁的枣树和杨树。2011年11月25日，涉案工程交付中宁县林业局管理。2016年4月26日，中宁县人民政府召开第82次常务会议，其中《关于提请研究中宁县绿化工程造价超合同价10%有关问题的汇报》材料的附表中记载琼天公司完成的涉案工程核审价款为9101452元。宁夏建设工程招标代理中心（有限公司）接受中宁县审计局的委托，于2016年1月15日作出中宁县高效节水农业项目（生态林）一期工程大青山项目区四标段竣工结算审核报告，载明核审值：9101452元。中宁县林业局支付7829936元工程款后对于下剩的工程款经琼天公司催要至今未付，故琼天公司诉至本院提出前述诉讼请求。
另查明，2010年夏季，因高温导致天气干旱，为了确保造林绿化工程的顺利实施，中宁县人民政府整体牵头组织了抗旱，其中安排中宁县轿子山林场负责大青山节水农业示范项目工程第三、四、五标段的抗旱工作，并拨付抗旱费用332000元。
本院认为，琼天公司与中宁县林业局签订的《中宁县生态林业节水灌溉项目造林绿化合同》系双方当事人真实意思表示，内容客观真实，不违反法律、行政法规规定，合法有效，应受法律保护。合同签订后，琼天公司即组织人员购置并栽植苗木，后中宁县林业局对琼天公司栽植的苗木会同其他部门进行验收后接收管理。现双方均认可涉案项目最终的审计决算价为9101452元。琼天公司主张中宁县林业局已向其支付工程款6893067.50元，下欠2208284.50元，中宁县林业局辩称已支付7829936元，欠付琼天公司1271516元。双方争议的工程款差额集中反映在中宁县林业局提交的付款凭证中2010年3、4、5、6、7、8、11-16及2011年3、4、5号凭证记载的款项，经核总金额为936868.5元。中宁县林业局陈述上述款项为第四标段抗旱浇水及购买枣树苗支出费用，因抗旱浇水及对死亡苗木补载是琼天公司保证苗木成活率必须进行的工作，也是为了履行合同应尽义务，且琼天公司对中宁县林业局提供的《高效节水项目一期大青山项目第四标段和《项目资金支付确认书》真实性无异议，作为琼天公司第四标段负责人的曹之治也在上述文件中签字确认，应视为琼天公司对中宁县林业局委托第三方代为履行抗旱浇水义务的认可，故中宁县林业局向第三方支付的936868.5元抗旱费用应由琼天公司负担。但中宁县林业局拨付中宁县轿子山林场的332000元用于琼天公司承揽工程之外的第三、五标段64457元，该款项不应由琼天公司负担。经核，中宁县林业局尚欠付琼天公司工程款1335973元，中宁县林业局应予支付琼天公司，对琼天公司要求中宁县林业局支付工程款的诉讼请求部分予以支持。对中宁县林业局辩称合同约定的付款条件不符合《中宁县政府投资建设项目审计办法》和《中宁县政府投资项目资金管理暂行办法》规定，应属无效约定的意见没有事实及法律依据，对该辩解不予采纳。
对琼天公司要求中宁县林业局支付自2012年1月1日至2016年5月1日的利息872596.97元的请求。涉案项目竣工后双方分别对栽植株数、成活株数及保存率进行了清点统计，其中琼天公司统计结果为栽植红枣84051株，验收保存71820株，栽植杨树4582株，验收保存3607株，平均保存率85.1%。中宁县林业局验收结果为红枣上报栽植株数为87479株，验收成活株数为69215株，杨树上报栽植株数为4582株，验收成活株数为3607株，平均保存率79%。双方统计数据不尽一致。但在中宁县林业局竣工验收汇总表中说明本表成活株数不含每穴双苗株数和天然气工程、蓄水池开挖、管道开挖等征占林地挖毁的枣树和杨树，上述情况表明，中宁县林业局统计的数据未将损毁的苗木数量统计在内，显然不具有客观性。二者的统计数据相比较，琼天公司的证据对本案待证事实的存在具有高度可能性，应当认定其栽植苗木的保存率达到了85%。琼天公司与中宁县林业局均未提交证据证明涉案工程的结算时间，双方对逾期付款利息又没有约定，但双方均认可中宁县政府于2016年4月26日审定涉案工程总价款为9101452元，对下欠工程款1335973元应当按照中国人民银行同期贷款利率4.35%的标准，自2016年4月27日计算至2017年6月27日为67800元（1335973元×4.35%＋1335973元×4.35%÷12月×2月），对琼天公司的该诉讼请求部分予以支持。之后的利息按照中国人民银行同期同类贷款基准利率计算至欠款付清之日。
对琼天公司要求因中宁县林业局承担因未及时提供灌溉设施，存在违约行为，应支付违约金91014.5元及给琼天公司造成其他各项损失1264546.5元的意见，因合同中对中宁县林业局是否提供灌溉设施及具体要求未作约定，琼天公司提交的其他证据亦不能证明中宁县林业局在履行合同过程中存在违约行为，且补栽补植苗木及组织抗旱是琼天公司为了保证栽植苗木保存率达到85%，也是琼天公司为履行合同义务而实施的行为。故其请求中宁县林业局承担违约责任及赔偿损失1264546.5元得理由不能成立，不予支持。
综上，依据《中华人民共和国合同法》第八条、第六十条、第一百零七条、第一百零九条、第一百一十四条，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百三十四条，《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条之规定，判决如下：
一、被告中宁县林业局于本判决生效后十五日内支付原告银川琼天园林工程有限公司工程款1335973元；
二、被告中宁县林业局于本判决生效后十五日内支付原告银川琼天园林工程有限公司拖欠工程款利息67800元（2017年6月27日之后的利息按照中国人民银行同期贷款利率标准计算至上述款项付清之日）；
三、驳回原告银川琼天园林工程有限公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务的，应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费52781元，由原告银川琼天园林工程有限公司负担35892元，被告中宁县林业局负担16889元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数递交副本，上诉于宁夏回族自治区高级人民法院。
审判长 万生虎
审判员 李 娟
审判员 郭群杰
二〇一七年七月十三日
书记员 刘尚虎