江苏省南通经济技术开发区人民法院
民 事 判 决 书
（2014）开民初字第0166号
原告（反诉被告）南通亚太颜料有限公司，住所地南通市通州港区通洋工业园区。
法定代表人丁波，总经理。
委托代理人黄恒华，南通市通州区为民法律服务所法律工作者。
被告（反诉原告）南通市通州区政昌化工厂，住所地南通市通州港区通洋工业园区。
负责人李志兵，厂长。
委托代理人张坚刚、郑晓云，上海市树声律师事务所律师。
原告南通亚太颜料有限公司与被告南通市通州区政昌化工厂因土地租赁合同纠纷一案，本院于2014年2月24日立案受理后，依法组成合议庭进行了公开开庭审理。原告南通亚太颜料有限公司的委托代理人黄恒华，被告南通市通州区政昌化工厂的负责人李志兵及委托代理人郑晓云到庭参加了诉讼，在诉讼过程中，被告南通市通州区政昌化工厂提起反诉，本院进行了审理，本案现已审理终结。
原告诉称：被告因工厂的经营需要，需向原告租用土地15亩，双方于2008年12月31日签订了土地使用权租赁协议一份，使用期限自2009年1月1日起至2018年12月30日止。约定年租金12万元，分别于每年1月上旬交纳后12个月的租金，先交后用。并口头约定每平方米应由被告依法向国家交纳土地使用税2元。2012年之前，被告履行了交付租金的义务。但2013年拖欠的租金和2014年应预交的租金，被告分文未付。而且在2011年至2013年期间，被告没有按照规定向国家交纳土地使用税。原告经多次催索未果。故请求法院判令：1.被告支付原告租用土地使用费共计240000元（其中2013年拖欠的12万元，2014年应预交的12万元）；2.支付原告代缴纳的土地使用税90045元；3.诉讼费用由被告承担。
被告辩称：1.被告承租事实存在，被告拖欠租金的原因是原告未经被告同意，在被告承租的范围之内私自搭建了水池、房屋，违反了租赁合同的约定，侵犯了被告的权益；2.原告主张土地使用税没有事实和法律依据，该费用应由原告自行承担。此外，原告主张2013年租金已过诉讼时效。请求法院驳回原告的诉讼请求。同时，被告反诉称：2010年底，反诉被告未经其同意在租赁使用的土地上强行建起了蓄水池及房屋，严重影响了反诉原告的生产经营，反诉原告多次要求反诉被告拆除，反诉被告借故至今不肯拆除。故请求法院判令：1.反诉被告立即拆除其在反诉原告租赁的区域内建设的房屋及蓄水池，将土地清理填平交还给反诉原告；2.赔偿损失（暂定）10万元；3.诉讼费由反诉被告承担。
针对被告的反诉，原告辩称：1.反诉被告开挖水池时已征得反诉原告同意；2.反诉被告所挖的水池，并没有影响反诉原告的任何效益，不存在赔偿损失的问题。请求驳回反诉原告的诉讼请求。
经审理查明，2008年12月31日，原、被告签订一份协议书，约定被告向原告承租原告享有土地使用权的位于通州港区通洋工业园区的土地15亩，租期自2009年1月1日至2018年12月30日；租金每年12万元，分别于每年的一月上旬前交纳后12个月的租金。合同签订后，原告按约将土地交付给被告使用。2009年、2010年，被告均按约支付了每年12万元的租金。2011年春节前，原告在其出租给被告的土地的南侧修建了南北宽20米，东西长25米的污水处理池。此外，原告还利用出租给被告的土地东侧围墙作为西山墙向外搭建了房屋。自2011年起，原告每年扣减2万元租金作为对使用被告租赁土地的补偿，被告2011年和2012年均只支付了10万元租金。
本院另查明，原告就本案所涉的土地已缴纳了土地使用税。被告已于2012年停产至今。2013年1月15日，被告致函给原告，要求原告拆除临时水池及围墙上和围墙内的临时建筑。原告于2013年1月21日复函给被告，言明建蓄水池系征得被告的同意，且在收取租金时也予以了扣减，并要求被告仍按10万元支付租金。后原告索要租金未果，遂诉至本院，提出如前诉请。
上述事实，有原告提供的协议书、土地使用权证、缴税付款凭证，被告提供的函件、照片等书证，证人证言，本院的勘查笔录及双方当事人的陈述在卷佐证。
本院认为，原告作为土地使用权人，其与被告签订的租赁协议是双方真实意思的表示，内容不违反法律、法规的强制性规定，合法有效。双方应按照协议履行各自的义务。在合同履行过程中，双方协商一致可以变更合同。就本案而言，2009年、2010年原、被告双方按照协议履行了合同，在2011年春节前，原告在出租给被告的土地上挖建蓄水池，被告当时未提异议，且双方事后2011年和2012年的租金均系在原约定的12万元的基础上扣减2万元，即10万进行结算，被告亦认可系对其进行的补偿，故应认定双方对于原告在出租的土地上挖建蓄水池及扣减2万元租金达成了一致意见，是对原协议的变更。现原告要求被告继续依照12万元的标准支付租金与事实不符。根据双方的履行情况，本院支持按照10万元的标准支付租金。原告要求被告支付土地使用税，因双方对此并无约定，且原告作为土地出租方支付土地使用税亦无不当，故该请求本院不予支持。此外，关于被告抗辩的诉讼时效问题，本院认为，虽然法律规定拖欠租金的诉讼时效为一年，但由于原、被告双方签订的租赁合同期限至2018年12月30日止，该合同项下的租金应属同一债务，仅是对支付期限约定为每年支付一次，依照相关规定，同一债务分期履行的，诉讼时效期间从最后一期履行期限届满之日起计算。因此，双方租赁合同项下租金的诉讼时效应从2018年12月31日起算。故原告现向被告主张拖欠的租金并未超过诉讼时效。况且，在被告企业停厂后，原告亦数次到被告单位催要，依法也不应认定为超过诉讼时效。原告要求被告支付2013年度和2014年度租金的请求，本院予以支持。至于被告反诉要求原告拆除蓄水池，因与双方协商变更不符，本院不予支持。其要求赔偿10万元损失的请求，因无任何证据佐证，本院也不予支持。据此，依照《中华人民共和国合同法》第二百一十二条、第二百二十三条、第二百二十六条，《中华人民共和国民法通则》第一百三十六条，《最高人民法院〈关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定〉》第五条之规定，判决如下：
一、被告（反诉原告）南通市通州区政昌化工厂于本判决发生法律效力之日起10日内支付原告（反诉被告）南通亚太颜料有限公司2013年度和2014年度的土地租金共计20万元；
二、驳回原告（反诉被告）南通亚太颜料有限公司的其他本诉请求；
三、驳回被告（反诉原告）南通市通州区政昌化工厂的反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费6251元，由南通亚太颜料有限公司负担500元，南通市通州区政昌化工厂负担5751元；反诉案件受理费1190元，由南通市通州区政昌化工厂负担（本诉案件受理费原告已垫付，被告负担的部分，本院不予退还，待执行时由被告一并给付原告）。
如不服本判决，可在本判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提交副本，上诉于江苏省南通市中级人民法院，同时向该院预交上诉案件受理费7441元（户名：南通市财政局，开户行：中国银行南通市西被闸支行，账号：47×××82）。
审 判 长 钱 伟
代理审判员 张邢霖
人民陪审员 袁思美
二〇一四年七月二日
书 记 员 黄晓莉
附相关法律条文：
《中华人民共和国合同法》第二百一十二条：租赁合同是出租人将租赁物交付承租人使用、收益、承租人支付租金的合同。
第二百二十三条：承租人经出租人同意，可以对租赁物进行改善或者增设他物。
承租人未经出租人同意，对租赁物进行改善或者增设他物的，出租人可以要求承租人恢复原状或者赔偿损失。
第二百二十六条：承租人应当按照约定的期限支付租金。对支付期限没有约定或者约定不明确的，依照本法第六十一条的规定仍不能确定，租赁期间不满一年的，应当在租赁期间届满时支付；租赁期间一年以上的，应当在每届满一年时支付，剩余期间不满一年的，应当在租赁期间届满时支付。
《中华人民共和国民法通则》第一百三十六条：下列的诉讼时效期间为一年：
（三）延付或者拒付租金的；
《最高人民法院〈关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定〉》第五条：
当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间从最后一期履行期届满之日起计算。