云南省宜良县人民法院
民 事 判 决 书
（2014）宜民初字第1358号
原告（反诉被告）：云南云酒投资有限公司，组织机构代码证号：69307692-0。
住所地：昆明市文林街***号*号楼*楼。
法定代表人：邱峻，该公司总经理。
委托代理人：李康鸣�云大法律服务所法律工作者。特别授权代理。
委托代理人：冯骆，男，1955年2月21日出生，系云南云酒投资有限公司工程部专家。一般授权代理。
被告（反诉原告）：云南安宁建工集团建奎建筑工程有限公司。组织机构代码证号：56624383-7。
住所地：安宁市金方路23幢（建工集团内）。
法定代表人：杨建华，该公司总经理。
委托代理人：王泳，重庆恒泽（昆明）律师事务所律师。特别授权代理。
委托代理人：蒲菡萏，云南鼎易律师事务所律师。特别授权代理。
原告云南云酒投资有限公司（以下简称：云酒公司）诉被告云南安宁建工集团建奎建筑工程有限公司（以下简称：安宁建工建奎公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2014年12月9日受理后，被告安宁建工建奎公司于2015年1月16日提起反诉，本院依法组成合议庭，于2015年12月17日、2016年2月26日公开开庭进行了审理。原告（反诉被告）云酒公司的委托代理人李康鸣、冯骆，被告（反诉原告）安宁建工建奎公司的法定代表人杨建华及委托代理人王泳、蒲菡萏到庭参加诉讼。本案经审判委员会讨论决定，现已审理终结。
本诉原告云酒公司诉称：2014年2月24日、5月17日，原、被告双方先后共同签订《云南云酒投资有限公司宜良工程施工合同》及《云南云酒投资有限公司宜良工程施工合同补充协议》，约定由被告作为工程承包人，对原告的宜良生产项目基地工程进行改扩建；该工程主要涉及土石方工程、土建工程、钢结构工程，其中钢�构工程占工程总量约70%；约定工期为180天，自2014年2月26日至2014年8月26日，还约定了工程款的支付方式。上述合同及补充协议签订后，原告按约先后共计向被告支付了500万元工程款。但被告却在未出具相关建筑工程资质证明的情况下就进行工程设计、施工，且至今未进行正式的竣工验收和结算，一再延误原告正常的生产经营计划。同时更为严重的是，被告负责施工的钢结构工程及其他工程存在严重工程质量缺陷，经原告委托具有专业工程检测资质的单位进行检测后发现钢结构焊缝焊接质量、新老结构连接质量、钢筋锚固标准等均不符合国家现行规范，无法保证安全使用，必须进行拆除重建或者加固处理，否则均不能使用，所需重建及加固费用金额不菲。经与被告协商无果，为维护原告的合法权益，请求人民法院依法确认被告承建工程质量不合格，并判令被告支�原告工程修复费用3900000元；本案案件受理费、鉴定费由被告承担。
本诉被告安宁建工建奎公司辩称：原告隐瞒案件真相，诉状所述与事实严重不符，应当依法予以驳回。
一、涉案工程在合同工期内早已完工，并于2014年8月24日由原、被告和原告聘请的监理人员共同进行了验收、测量和结算,双方对测量和结算数据均已签字认可。此后，工程移交给原告管理，被告施工队伍退出了现场。而且原告已将涉案工程办理了房屋登记（房产证号：20142873、20142874、20142875、20142876、20142877、20142878、201428**），并用被告完工的房屋产权于2014年9月12日在交通银行云南省分行办理了抵押贷款。同时原告已将涉案部分工程（组培车间）出租给云南康泽生物科技有限公司使用而获得租金收益，据了解云南康泽生物科技有限公司�投资700万元进行生产经营。另外，涉案工程的设计图纸由原告聘请的设计人设计和提供并经原告方工程管理人员签字认可，被告也是在原告现场人员的监督下完成施工的。被告完工的工程造价为9703057.66元，原告已付工程款500万元，尚有4703057.66元未付，原告应当按约支付工程款。
二、关于修复费用的承担问题，鉴定人对被告施工工程作出了部分不合格的结论，并制定了修复方案，评定了修复费用为797848元。对于质量责任和修复费用承担，答辩人认为，应区分不同情况，视原因力大小，进行与过错相当的责任分担，修复费用不应全部由建奎公司承担。首先，出现部分工程质量不合格的首要原因是“1.设计图纸问题该设计图纸属非正规设计，设计图无出图章、设计人员及审核等人员签字。图纸设计深度不够，部分节点大样图不全。钢筋混凝土部分设计有误，钢筋配置不当。所提供的图纸不全。”根据建筑法规定，设计由建设方委托和送审，且双方合同中约定涉案工程的设计不属于承包方的承包范围。实际施工图纸由原告法定代表人签字确认，交予施工方施工，现鉴定人评定的加固设计费70000元支出不应当由施工方承担；其次，原告自称对钢结构工程质量有争议，却在工程交付后将组培车间出租给他人使用，根据相关规定，对于擅自使用的工程无权主张质量异议，故组培车间的修复费用80510.70元也不应当由施工方承担。最后，从本案合同的磋商、订立直至履行阶段，施工方始终是以自己的名义进行施工活动，建设方有义务对施工方施工资质进行审核，有义务组织招投标和审核，有责任委托监理单位进行现场施工监督，但原告都没有做这些工作。原告失职也是导致工程质量部分�合格的主要原因，故对剩余的修改费用647336.94元，应当由原被告双方各承担一半。
三、原告方系恶意诉讼，意在拖延付款。涉案工程已完工交付使用一年有余，整个工程总造价为9703057.66元，原告才累计向被告支付了500万元的工程款，刚刚一半多一点，大量的资金是被告垫资建设。按照双方补充协议的约定，原告在取得工程房产证获得银行贷款发放后立即向被告支付所欠付的工程结算尾款。原告已经于2014年9月12日取得了交通银行的贷款，却不是按合同约定来支付欠款，反而提起诉讼，妄想利用诉讼拖延时间拒不付款。综上所述，原告诉求无事实和法律依据，请求人民法院驳回原告的诉讼请求。
被告安宁建工建奎公司同时反诉称：反诉被告于2014年2月24日与反诉原告签订《云南云酒投资有限公司宜良工程�工合同》，同年5月17日又签订一份《补充协议》，约定反诉原告承建反诉被告位于宜良县工业园区农产品加工片区（狗街）的厂房改造和房屋建设和厂区道路、地面平整等工程内容（无地基工程）。合同价格是单价包干。合同工期是2014年2月26日至8月26日，反诉原告为了确保合同工期内完工，自行垫资施工，工程于7月20日完工，后由反诉原告、反诉被告和反诉被告聘请的监理人员共同进行了验收、测量和结算。8月24日在监理人员的主持下，双方对测量和结算数据均已签字认可，完工的全部工程造价为9703057.66元。反诉被告已付工程款500万元，尚有4703057.66元未付。反诉被告在2014年5月17日与反诉原告签订的补充协议中承诺三个月内付工程进度款200万元，实际上却是8月28日付30万，9月19日付170万元，均已超过三个月。按双方约定，反诉被告应当按照200万元总额的5%每月�反诉原告支付一个月的滞纳金。根据反诉被告的承诺，超过2014年12月31日，反诉被告不能按约定向反诉原告支付100%的工程决算尾款，反诉被告应当向反诉原告支付每月工程决算欠款的5%滞纳金。现反诉被告以工程质量和工程量存在争议为由拒不支付工程欠款，已构成严重违约，严重损害反诉原告方的合法权益。为维护反诉原告的合法权益，请人民法院依法判令：1、反诉被告立即向反诉原告支付欠付的工程尾款4703057.66元；2、反诉被告向反诉原告支付200万元工程进度款超期支付的滞纳金100000元。3、反诉被告向反诉原告支付欠付工程尾款的滞纳金（自2014年9月13日起按欠付工程款总额×每月5%计算至全部款项支付完毕。4、反诉原告对本案已完工的建设工程有优先受偿权。5、反诉的诉讼费用、鉴定费用由反诉被告承担。
反诉被告云酒公司针对反诉辩称：一、反诉原告没有建设施工的专业资质，欺骗反诉被告与其签订施工合同，本案的施工合同应无效。因反诉原告对合同无效存在重大过错，根据相关法律的规定，反诉被告不应当支付反诉原告任何款项，也不应当承担滞纳金。二、涉案工程未经双方竣工验收，经鉴定施工质量不合格，根据该工程的目前情况，反诉被告不应该支付任何款项。三、本案工程造价鉴定报告取价违法，鉴定报告不能作为反诉原告起诉工程款的依据。综上，请求驳回反诉原告的诉讼请求，相关费用由反诉原告承担。
原告（反诉被告）云酒公司针对本诉和反诉，一并向本院提交如下证据：
一、被告（反诉原告）工商登记卡片，证实被告（反诉原告）诉讼主体资格；
二、《云南�酒投资有限公司宜良工程施工合同》及《补充协议》，证实原告（反诉被告）与被告（反诉原告）签订过建设工程合同；
三、银行转账凭证，证实原告（反诉被告）支付了工程款500元；
四、检测报告及现场查勘情况说明，证实被告（反诉原告）负责施工的工程焊缝焊接质量、新老结构连接质量、钢筋植锚质量等均不符合国家现行规范，不能安全使用，必须进行拆除重建或者加固处理；
经质证，被告（反诉原告）安宁建工建奎公司对原告（反诉被告）云酒公司提交的证据一、二、三无异议，对证据四，认为首先云南金广建筑科学研究院不具备质量鉴定资质，检测人员身份资质也不明确；其次该检测系单方委托，检测过程不公开、公平、公正，报告不具有客观真实性；再次�测报告的委托单位是云酒集团有限公司，该公司不存在，故对证据四的真实性、合法性、关联性及证明内容均不认可。
本院认为，被告（反诉原告）对原告（反诉被告）提交的证据一、二、三无异议，本院予以采信；原告（反诉被告）提交的证据四系单方委托制作，检测机构、人员是否具备相应资质，检测、查勘程序是否合法均不能确定，因被告（反诉原告）不予认可，本院不予采信。
被告（反诉原告）安宁建工建奎公司为证实其主张，向本院提交以下证据：
第一组：1、工商登记卡片，证实原告（反诉被告）工商登记情况。2、企业法人营业执照，证实被告（反诉原告）主体资格。3、建筑业企业资质证书，证实被告（反诉原告）施工资质等级为房屋建筑工程施工总承包贰级。4、《云南云酒投资有限公司宜良工程施工合同》，5、《补充协议》，证实原告（反诉被告）与被告（反诉原告）签订建设施工合同及补充协议，约定了施工范围、工程单价、工期等内容，其中工程设计不在合同承包范围内，被告（反诉原告）为本工程垫资施工；
第二组：6、结算书，7、验收结算现场照片三张，8、涉案工程设计大图纸23张，9、涉案工程设计小图纸18张，10、第1-47号、79至83号工程量现场确认单，11、第48-78号工程量现场确认单，12、材料产品质量证明书，证实：涉案工程的设计图纸由原告（反诉被告）确认和提供，被告（反诉原告）严格按图纸施工；图纸外的工程均有相关工程量现场确认单签认；施工所使用的建筑材料均为合格产品；涉案工程于2014年7月底完工，由双方和原告（反诉被告）聘请的监理人员共同进行了验收、测量和结算，2014年8月24日，在监理人员的主持下，双方对测量和结算数据进行了签字认可，工程结算价9703057.66元。13、《接出警证明》、《丢失物品清单》，证实被告（反诉原告）持有的、有对方签认的部分图纸、验收资料、结算资料、部分签证单等资料存放于涉案工程工地办公室被盗，被告（反诉原告）向公安机关报案；
第三组：14、宜良县住建局房产管理所档案摘抄表，15、涉案工程现场照片32张，证实涉案工程已完工验收交付给原告（反诉被告）使用，其已取得涉案工程房产证并获得银行贷款，却不按约支付工程款，并且其已将部分涉案工程房屋出租给他人正常使用；
第四组：16、付款凭证，证实补充协议约定工程验收前提下再支付200万元，2014年8月24日后原告（反诉被告）实际支付工程200万元，印证被告（反诉原告）所施工的工程于2014年8月24日前已竣工验收，原告（反诉被告）未按约支付工程尾款。
经质证，原告（反诉被告）云酒公司的质证意见为：对被告（反诉原告）提交的第一组证据中证据1、2的真实性、合法性认可，对关联性和证明内容不认可；对证据3的真实性、合法性、关联性均不认可；对证据4、5的真实性认可，对合法性、关联性和证明内容不认可，认为本案工程实际并非垫资工程，且设计已经包含在承包范围中。对第二组证据中证据6、7、9、10、11、12的真实性、合法性、关联性及证明内容均不认可；对证据8的真实性认可，但对关联性和证明内容不认可；对证据13《接处警证明》形式上的真实性认可，对证据内容及《物品丢失清单》的真实性、合法性、关联性及证明内容不认可，该证据显示的报警时间是2014年12月11日，与被告（反诉原告）自述的2014年8月就已退场相互矛盾。对第三组证据中证据14的真实性、合法性认可，对关联性和证明内容不认可；对证据15的真实性、合法性、关联性及证明内容均不认可。对第四组证据中证据16的真实性、合法性认可，对关联性和证明内容不认可。
本院认为：被告（反诉原告）提交的第一组证据中的证据1、2真实、合法，能够证明待证事实，故本院予以采信。证据3系云南安宁建工集团有限公司的资质，因被告（反诉原告）为独立法人，且其没有提交证据证明与云南安宁建工集团有限公司的关系，故对该证据的关联性及证明内容本院不予采信。证据4、5与原告（反诉被告）提交的一致，对真实性、合法性及关联性本院予以采信；因施工合同中对工程设计没有约定，仅在补充协议中约定主体车间二层楼与五�楼链接钢结构楼梯由安宁建工建奎公司设计建造，结合庭审中被告（反诉原告）法定代表人杨建华关于“展厅及行政办公大楼加层、组培车间、生产车间加层设计图由我方提供，其他均由原告（反诉被告）提供”的陈述,对展厅及行政办公大楼加层、组培车间、生产车间加层、钢结构楼梯由被告（反诉原告）设计的事实本院予以采信；因双方施工合同中明确约定“本工程双方协商同意，由乙方部分垫资”，故对该工程为部分垫资工程的事实本院予以采信。对第二组证据中的证据6、7、9、10，因只有被告（反诉原告）的单方签字，原告（反诉被告）不予认可，本院不予采信。对证据8，因原告（反诉被告）对真实性没有异议，本院予以采信，由于该设计图纸均由原告（反诉被告）法定代表人邱峻签字同意施工，故对设计图纸中展厅（行政办公楼）、仓库（组培车间）、生产车间经过原告（反诉被告）同意施工的事实本院予以采信。对证据11，因在鉴定过程中，原告（反诉被告）指派的工作人员对签证的内容均签字认可，故本院予以采信。对证据12，因无法确认真实性，且无相关证据印证与本案的关联性，本院不予采信。对证据13中的《接处警证明》的真实性本院予以采信，但《物品丢失清单》系被告（反诉原告）单方陈述，无公安机关的侦破或证明为依据，本院不予采信。对第三组证据中的证据14，因原告（反诉被告）对真实性、合法性没有异议，且在庭审中认可涉案工程已经办理过房产证，故对该事实本院予以采信。对证据15，不能证实被告（反诉原告）主张的事实，本院不予采信。对第四组证据的证据16，原告（反诉被告）予以认可，且与原告（反诉被告）提交的银行转账凭证�互印证，本院予以采信。
根据当事人申请，本院依法委托云南鼎丰司法鉴定中心对安宁建工建奎公司承建的位于宜良县狗街镇生产项目基地的改扩建工程的工程造价和改扩建工程中的行政办公大楼、生产车间、品鉴楼（会所）、组培车间的钢结构工程施工质量及屋面防水进行鉴定，同时评估修复费用。云南鼎丰司法鉴定中心到现场进行勘验后，于2015年12月出具（2015）云鼎鉴司字第1126号、1127号司法鉴定意见书并指派鉴定人崔传江、丁华出庭接受质询。第1126号鉴定意见书证实改扩建工程中的行政办公大楼、生产车间、品鉴楼（会所）、组培车间的钢结构工程施工质量及屋面防水皆存在部分工程质量不合格的情况；修复费用评估为797848元。第1127号鉴定意见书证实宜良县狗街镇生产项目基地的改扩建工程的工程造价为9695514.08元，其中工�量无法核实部分为72222.87元。鉴定人出庭证实：1、探伤检测是发现有裂缝才采取，因鉴定人员通过外观质量检查没有发现裂缝，所以没有做探伤检测，只是在焊缝内部质量检测上引用了云南金广建筑科学院2014年11月25日的检测报告。2、鉴定对象都存在不安全因素，通过修复、常规加固可以达到安全。3、因鉴定机构没有设计资质，本次质量鉴定意见书没有载明修复设计方案，只在鉴定报告中提供了建议修复方式，但没有修复设计方案不影响鉴定报告的完整性。4、对修复费用的计算没有国家标准，本次评估的修复费是根据各个车间、构造的情况，按常规加固方案计算的。
经质证，原告（反诉被告）云酒公司的质证意见为：对第1126号鉴定意见书的真实性、合法性予以认可，对关联性部分认可。因该鉴定意见书没有对安全性及大的结构问题作出评价，也没有修复设计方案，修复费用采用百分比不能满足安全性的要求，故对评估的修复费用不予认可，并要求补充鉴定。鉴定人出庭证明了涉案工程整体上是质量不合格工程，且鉴定人员只是采取目测方式，没有做专业检测，没有对应的设计方案，印证了我方对质量鉴定意见书的意见。对第1127号鉴定意见书的真实性、合法性、关联性均不认可，认为施工合同无效，工程造价不应按合同约定的单价计算，同时认为该鉴定意见书也没有考虑工程质量不合格的情况。被告（反诉原告）安宁建工建奎公司的质证意见为：第1126、1127号鉴定意见书均是通过现场勘验得出的结论，鉴定机构及人员具备相应资质，鉴定程序合法，对其真实性、合法性、关联性均认可。但对第1126号鉴定意见书第4页最后一行“由于双方合同纠纷，至今尚未进行竣工验收”的表述有异议。对鉴定人员的陈述没有异议。
本院认为：两份鉴定意见书均系双方协商并由法院委托有资质的鉴定机构出具，鉴定人员具备相应鉴定资格、鉴定程序合法，原告（反诉被告）虽提出异议并要求补充鉴定，但经释明后未能在规定的时间里提交相应的证据证明符合补充鉴定的情形，结合鉴定人员出庭所作的陈述，对两份鉴定意见书本院予以采信。
为查明案件事实，本院依职权向宜良县住房与城乡建设局房产管理所调取了会议纪要一份、证明一份、情况说明二份、领取房产证证明一份、测绘成果表一份，经质证，原告（反诉被告）与被告（反诉原告）对上述证据的真实性、合法性均无异议。本院认为上述证据能够证实涉案工程未办理工程建设规划和施工许可手续，云南华润麦芽有限公司在�有提供工程竣工验收备案的相关手续，仅由宜良县工业园区管理委员会出具符合规划、施工和竣工条件的证明材料后，于2014年7月30日在宜良县住房与城乡建设局房产管理所为包含涉案工程在内的房屋办理了房产证的事实。
根据庭审及采信的证据，本院确认以下事实：
2014年2月24日，原告（反诉被告）云酒公司作为甲方与乙方被告（反诉原告）安宁建工建奎公司签订《云南云酒投资有限公司宜良工程施工合同》，约定甲方将位于宜良县狗街镇生产项目基地的旧厂房发包给乙方进行改扩建。合同约定了工程承包的具体范围及单价，合同工期从2014年2月26日至2014年8月26日，总计180天，工程质量标准按国家GB50300-2001质量评定标准达到“合格及备案”要求及预算书内所有工程及技术文件相�要求，并约定合同价款及支付方式为承包方部分垫资，完成职工宿舍整体建设、成品仓库整体建设、云酒会所（锅炉房）整体建设、主体车间顶层加层等四项主体工程15个工作日内，发包方支付工程进度款300万元，承包的工程任务全部完工30日内，发包方支付到合同工程总决算价款的70%，尾款在发包方以该工程建筑向银行抵押贷款获批放款后一个月内支付完毕，最迟须在2014年12月30日之前支付等权利义务。合同中对工程设计、监理、验收未进行约定。施工合同签订的次日，被告（反诉原告）安宁建工建奎公司开始进场施工，庭审中被告（反诉原告）安宁建工建奎公司自认承包工程中的展厅及行政办公大楼加层、组培车间、生产车间加层设计图由其提供，并主张工程于2014年7月底完工，8月24日完成验收。原告（反诉被告）云酒公司认为工程于2014年9月才完工，未进�验收。2014年5月7日，原告（反诉被告）云酒公司按约支付了工程进度款300万元。5月17日，双方签订《施工合同补充协议》，约定由被告（反诉原告）安宁建工建奎公司继续垫资完成收尾阶段工程，并约定了工程收尾阶段的施工范围、单价及工程款的支付方式，其中第五条约定，原合同及本补充协议约定的施工收尾工程完成后，双方共同组织工程验收的前提下，在补充协议签订生效之日起三个月内，甲方须向乙方支付200万元工程进度款。若甲方不能按约定支付200万元工程款，乙方有权每月按人民币200万元总额的5%收取工程款滞纳金。超过2014年12月31日，甲方若不能按约支付工程决算尾款，乙方除有权按约定每月收取代垫工程决算欠款的5%的滞纳金外，有权向人民法院主张合法权益。2014年8月28日、9月19日原告（反诉被告）云酒公司分别又向被告（反诉原告）安宁建工建奎公司支付工程款30万元、170万元，共计200万元。2014年12月9日，云酒公司起诉至本院，要求确认安宁建工建奎公司承建的工程质量不合格，并由安宁建工建奎公司支付工程修复费用390万元，诉讼过程中安宁建工建奎公司反诉要求云酒公司支付工程尾款4703057.66元及相应的滞纳金，并主张对完工的建设工程享有优先受偿权。因双方对工程质量、工程造价分歧较大，且无充分证据证实，根据当事人的申请，经双方协商同意，本院依法委托云南鼎丰司法鉴定中心对安宁建工建奎公司承建的改扩建工程的工程造价和改扩建工程中的行政办公大楼、生产车间、品鉴楼（会所）、组培车间的钢结构工程施工质量、屋面防水及修复费用进行评估鉴定。云南鼎丰司法鉴定中心出具的鉴定意见为：宜良县狗街镇生产项目基地的改扩建工程的工程造价为9695514.08元，其中工程量无法�实部分为72222.87元。改扩建工程中的行政办公大楼、生产车间、品鉴楼（会所）、组培车间的钢结构工程施工质量及屋面防水皆存在部分工程质量不合格的情况；修复费用评估为797848元。为此，原告（反诉被告）云酒公司预支鉴定费用100000元，被告（反诉原告）安宁建工建奎公司预支鉴定费用80000元。
另查明，被告（反诉原告）安宁建工建奎公司的经营范围为土木工程建筑、房屋装饰装修工程、水利工程、水电安装工程、土石方工程，其不具备房屋建筑工程施工和钢结构施工企业资质。
再查明，涉案工程未办理工程建设规划和施工许可手续。根据宜良县人民政府办公室2013年6月17日第44期会议纪要的决定，云南华润麦芽有限公司在没有提供工程竣工验收备案的相关手续，仅由宜良县工业园区管理委员会出�符合规划、施工和竣工条件的证明材料后，于2014年7月30日在宜良县住房与城乡建设局房产管理所为包含涉案工程在内的房屋办理了房产证，并于9月12日将该房产抵押在交通银行云南省分行。
本案的争议焦点是：1、建设工程合同及补充协议的效力?2、本诉原告云酒公司要求确认被告承建工程质量不合格，并由被告支付工程修复费用390万元的诉讼请求是否成立？3、反诉原告安宁建工建奎公司的反诉请求应否予以支持？
对争议焦点1，本院认为：《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案适用法律问题的解释》第一条规定，承包人未取得建筑施工企业资质或超越资质等级的，应当根据合同法第五十二条第（五）项的规定，认定无效。经庭审查明，本案被告（反诉原告）安宁建工建奎公司不具备房屋建筑工程施工和钢结构施工企业资质，故双方签订的《云南云酒投资有限公司宜良工程施工合同》及《补充协议》无效。
对争议焦点2，本院认为：根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》的相关规定，已经完成的建设工程质量不合格的，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持。本案经鉴定确认双方争议的工程存在部分工程质量不合格的情况，且双方对该事实无异议，原告据此要求被告承担修复费用的诉讼请求于法有据，应予支持。因工程质量不合格是被告承担修复费用的前提，该事实已经在认定被告承担修复费用时作出了裁判，故对原告单独要求确认工程质量不合格的诉讼请求不应予支持。对应支付的修复费用的数额，本院认为，根据采信的鉴定意见及鉴定分析，行政办公大楼、生产车间、品鉴楼、组培车间工程质量不合格的主要原因是设计图纸问题及施工不规范的问题，因被告庭审陈述展厅及行政办公大楼加层、组培车间、生产车间加层设计图均由其提供，故涉案工程质量不合格的主要责任在被告，鉴定的修复费用应全部由被告承担。被告关于应由双方合理分担修复费用的辩解理由无事实和法律依据，不应采纳。原告主张390万元的修复费用没有依据，本院不予支持。
对争议焦点3，本院认为：《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条规定：建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。从该条规定来看，工程经竣工验收合格的，发包方就应按合同约定支付工程款。本案双方对诉争工程完工的具体时间虽有异议，但均认可诉争工程已于2014年9月完工交付，结合本院调取的宜良县人民政府办公室会议纪要、宜良县工业园区出具的证明及诉争工程已办理了房产证并以包含被告承建工程在内的房产向银行抵押贷款的事实，应视为诉争工程经竣工验收合格，故反诉被告依法应支付相应的工程款。同时根据对立法的理解，发包人可以不支付工程款是因为验收不合格工程没有使用价值，而诉争工程已经办理房产证且用于抵押贷款，表明该工程有了使用价值，故反诉被告据此也应支付相应的工程款。本案经鉴定的工程款为9695514.08元，其中工程量无法核实部分为72222.87元，因反诉原告未举证证实工程量无法核实部分系其所做，故对该部分工程款本院不予支持，扣除反诉被告已经支付的工程款500万元，反诉被告还需支付的工程款应为4623291.21元。对反诉被告主张的滞纳金或利息，因双方所签订的合同及�充协议无效，且反诉原告对合同无效存在一定的过错，故对反诉原告的该请求本院不予支持。对反诉原告主张的优先受偿权，根据合同法第二百八十六条及《最高人民法院关于建设工程价款优先受偿权问题的批复》的规定，发包人逾期不支付工程款的，承包人有权在建设工程竣工之日或者建设工程合同约定的竣工之日起6个月内对建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。本案诉争工程约定的竣工之日是2014年8月26日，双方认可的完工日期是9月，反诉原告于2015年1月16日起诉要求行使优先受偿权未超出法定的期限，故对该请求应予以支持。但因本案诉争工程系改扩建工程，反诉原告行使的优先受偿权应仅及于自己所施工的部分工程。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第二百六十九条、第二百八十六条、《最高人民�院关于审理建设工程施工合同纠纷案适用法律问题的解释》第一条、第二条，《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条之规定，判决如下：
一、本诉被告云南安宁建工集团建奎建筑工程有限公司于判决生效之日起十内支付本诉原告云南云酒投资有限公司工程修复费用797848元；
二、反诉被告云南云酒投资有限公司于判决生效之日起十内支付反诉原告云南安宁建工集团建奎建筑工程有限公司尚欠工程款4623291.21元；
三、上述一、二项相抵，反诉被告云南云酒投资有限公司应于判决生效之日起十内支付反诉原告云南安宁建工集团建奎建筑工程有限公司工程款3825443.21元；
四、反诉原告云南安宁建工集团建奎建筑工程有限公司对工程款3825443.21元就其承建的部分工程折价或拍卖的价款享有优先受偿权；
五、驳回本诉原告云南云酒投资有限公司的其他本诉请求；
六、驳回反诉原告云南安宁建工集团建奎建筑工程有限公司的其他反诉请求。
本诉案件受理费38000元，由本诉被告云南安宁建工集团建奎建筑工程有限公司负担7800元，本诉原告云南云酒投资有限公司负担30200元；反诉案件受理费52006元，减半收取计26003元，由反诉被告云南云酒投资有限公司负担17300元，反诉原告云南安宁建工集团建奎建筑工程有限公司负担8703元；工程质量鉴定费105000元，工程造价鉴定费80000元，由原告（反诉被告）云南云酒投资有限公司、被告（反诉原告）云南安宁建工集团建奎建筑工程有限公司各负担一半。
如果负有义务当事人未按本判决指定的期间履行给付金钱义务,应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于昆明市中级人民法院。
双方当事人均服判的，本判决即发生法律效力，若负有义务的当事人不自动履行本判决，享有权利的当事人可在本判决规定的履行期限届满后二年内向本院申请强制执行。
审判长 赵自富
审判员 刘小峰
审判员 王 琦
二〇一六年四月一日
书记员 宋春红