湖北省武汉市武昌区人民法院
民 事 判 决 书
（2013）鄂武昌民商初字第00350号
原告（反诉被告）：武汉泛亚投资有限公司。
法定代表人：刘必银，董事长。
委托代理人：朱汉明，广东金唐律师事务所律师。
委托代理人：谭杰，湖北中和信律师事务所律师。
被告（反诉原告）：武汉市金发置业有限责任公司。
法定代表人：范金山，董事长。
委托代理人：杜光安，湖北谦顺律师事务所律师。
原告暨反诉被告武汉泛亚投资有限公司（以下简称“泛亚公司”）与被告暨反诉原告武汉市金发置业有限责任公司（以下简称“金发置业公司”）合同纠纷一案，本院于2013年7月1日受理后，依法由审判员张冰独任审理，于2013年9月3日进行公开开庭审理。后本院依法由审判员张冰担任审判长，人民陪审员陈新国、潘海涛组成合议庭，于2013年11月7日公开开庭进行了审理。泛亚公司的委托代理人朱汉明、金发置业公司的委托代理人杜光安到庭参加了诉讼。经本院院长批准，本案审理期限延长五个月。本案现已审理终结。
泛亚公司诉称：2004年，黄石市中级人民法院（以下简称“黄石中院”）在执行中国信达资产管理公司深圳办事处与新力房地产开发（武汉）有限公司借款合同纠纷一案时，于2005年2月14日，将申请执行人由信达深圳办变更为泛亚公司。黄石中院委托拍卖公司公开拍卖新力房地产开发（武汉）有限公司所有的位于武汉市江岸区中山大道1541号土地的使用权。武汉市金发置业有限责任公司（以下简称“金发公司”）经过公开竞拍后以1.7亿元竞拍价成功取得该宗土地的使用权。黄石中院依据拍卖结果，将该宗土地的使用权过户至金发公司名下。2007年4月20日，泛亚公司与金发公司就竞买款项的付款事宜达成最终协议，由金发公司向泛亚公司分批直接支付2600万元人民币，但金发公司并未按照规定时间和金额向泛亚公司支付上述款项，迄今为止，金发公司仅向泛亚公司支付2400万元款项，仍有200万元款项及逾期支付违约金未予支付。金发公司的行为已严重损害了泛亚公司的合法权益，给泛亚公司造成了重大的经济损失和困难。泛亚公司为维护自身合法权益，特向人民法院起诉，请求判令：一、金发公司向泛亚公司支付欠款计人民币200万元；二、金发公司向泛亚公司支付逾期付款违约金计人民币497.5838万元（截止起诉日止，起诉日后另行计算）；三、金发公司承担本案全部诉讼费用。
被告暨反诉原告金发公司答辩及反诉称：
一、泛亚公司所述欠款200万元不实。2007年2月13日泛亚公司向我司出具《函告》；“同意由武汉博雍商贸有限公司代收工程款200万元”，我公司按其要求已于当日将150万元转账支票和50万元现金交付给博雍商贸有限公司法定代表人庞斌。庞斌是泛亚公司介绍给我司的拆迁负责人。因此，此200万元经代收后应作为已付款，不存在再付，泛亚公司由此本金及产生的利息诉求均应驳回。二、我司代泛亚公司向武汉工业锅炉总厂协议单位两笔付款共计324.79万元，作为已付款予以抵销。因此，自付款之日2007年2月6始由此本金及其所产生的利息诉求应予驳回。三、双方业务开始至今数年，双方从未结算过。依据《合同法》关于合同终止不影响清理结算的规定，双方应予清理结算。四、泛亚公司诉求中的利息既不存在，又没有合法依据。五、泛亚公司所发《函告》和《函》不是口头协议和书面协议，不受双方2007年4月20日所签协议约束。2007年4月20日所签协议所签协议已取代原所有口头协议和书面协议，但我们认为它不能取代泛亚公司单方函件内容中的委托付款事实，因他们已按泛亚公司要求实际履行且没有结算。这一付款因一直未结算，因此必须按泛亚公司的要求在结算中“从你司应付我司的相关费用中扣除”。只要泛亚公司不能证明自《函告》和《函》发出之日始，至2007年4月20日双方签订并履行该协议的整个过程中，已经扣除或已经结算，该代收款项和依嘱扣除的款项就应当作为已付款的事实和依据进行确认并予抵销。鉴此，泛亚公司的诉求隐瞒和遗漏了我方已付款的事实，该付款事实使其本息的诉讼请求丧失了事实和法律依据，应予驳回，并判令原告返还结算款。为维护自身合法权益，向法院提出反诉，请求判令：一、判决确认我司给付的200万元和324.79万元代付款应在金发置业公司应付款项中扣除，予以抵销；二、判令泛亚公司返还抵销结算款96465元；三、判决驳回泛亚公司的全部诉讼请求；四、判决泛亚公司承担诉讼费用。在诉讼过程中，金发置业公司放弃第二项诉讼请求。
泛亚公司针对金发置业公司提起的反诉辩称：金发置业公司提出的200万元及324.79万元，共计524.79万元属于应在金发置业公司应付款项中予以扣除的诉请，不应支持，理由概括如下：金发置业公司通过拍卖程序，取得2005年11月11日的土地使用权，依照11.11协议（即拍卖通知书），该土地使用权的拍卖款为1.7亿元，且该土地使用权上的拆迁等事项由金发置业公司负责；后双方于2005年11月15日签订了《协议书》，该11.15协议更改了11.11协议，金发置业公司除支付给泛亚公司1.7亿元的土地拍卖款以外还支付6988万元，将该土地使用权上的拆迁等事项转交给泛亚公司负责。双方在执行11.15协议的过程中，因泛亚公司在拆迁上遇阻，经双方一致同意，双方于2007年4月20日达成4.20协议，明确约定废止以前所签订的所有口头协议、书面协议；在该协议签订之前，金发置业公司已支付成交价款1.05亿元，还应向泛亚公司支付2600万元之后，双方的权利义务关系即终止。金发置业公司在11.15协议之后，4.20协议之前，支付的200万元及324.79万元属于金发置业公司自己应当承担的拆迁补偿义务，与应支付给泛亚公司2600万元无关，且4.20协议明确在该协议之前的所有口头协议和书面协议均作废。因此金发置业公司的反诉请求没有事实和法律依据，请求驳回金发置业公司的全部反诉请求。
泛亚公司为支持其诉讼请求及反驳金发公司的诉讼请求，向本院提交如下证据：
证据一、（2004）黄执字第53-1号民事裁定书，证明泛亚公司对新力公司享有债权并享有对新力公司申请执行的权利；
证据二、金发公司与拍卖公司于2005年11月11日签署的《国有土地使用权拍卖成交确认书》，证明金发公司取得拍卖土地，并应向拍卖公司支付1.7亿元受让费用，并且承担该宗拍卖土地的全部拆迁、安置、补偿责任；
证据三、泛亚公司与金发公司2005年11月15日签订的《协议书》，证明在该协议生效一直到双方于2007年4月20日签订新的协议之前，拆迁补偿工作是由泛亚把关和审批的；
证据四、协议书，证明泛亚公司与金发公司之间已经明确约定了付款时间、付款金额，被告应当按照约定履行付款义务；
证据五、收据，证明金发公司没有按照协议的约定按时、足额地向泛亚公司付款，在支付过程中不仅存在逾期支付的情况，而且至今尚欠200万元未支付；
证据六、逾期付款违约金计算表，证明金发公司逾期付款，应支付违约金；
证据七、金发负责人与泛亚负责人之间在2013年4月24日短信记录，证明金发公司的负责人同意在2013年4月26日支付泛亚200万元款项；
证据八、最高人民检察院网站上下载文章，证明庞斌与金发公司之间签有拆迁协议，是庞斌骗取了金发公司380万元，与原告泛亚公司无关。
金发置业公司质证如下：对证据一没有异议；对证据二真实性没有异议，但该确认书已被后面所签的协议书所纠正；对证据三真实性没有异议，但关于拆迁的事情应该由泛亚公司负责，不是委托泛亚进行拆迁，我们签这个协议是希望得到一块净地，费用是包干支付而不是包干使用；对证据四的真实性没有异议，但其中没有结算条款，付款期限没有异议，但对之前的协议的效力不容诋毁，对于已经履行了的部分该协议没有约定，该协议有些条款约定不明，也没有列明取代协议清单；对证据五的真实性没有异议，但4.20协议之前的我们已将500余万元进行抵销，对证据六认为是泛亚公司方单方面的计算；对证据七金发置业公司的负责人范总并没有答应什么时候付款，不能证明我公司答应付款200万；对证据八认为与本案无关。
被告（反诉原告）金发置业公司为反驳原告（反诉被告）泛亚公司并支持其反诉请求，向本法院提交如下证据：
证据一、1、泛亚公司向鄂州金发置业有限公司发出的函告；2、房屋拆迁领款手续通知单；3、借支单；4、转账支票；5、工商资料，证明泛亚公司委托金发置业公司付款给博雍公司200万元万元，博雍公司是代收单位，金发置业公司受托支付款项应予抵销。
证据二、泛亚公司同意扣除的相关安置补偿费用的函和房屋拆迁货币安置协议书、补充协议各份及支付凭证两张。
证据内容：1、函，证明泛亚公司承认工业锅炉总厂协议，同意我司支付的费用“从你司应付我司的相关费用中扣除”。2、工业锅炉总厂等与金发置业公司的协议、补充协议四份（2007.2.2）证明应付金额为324.79万元。3、收款收据（2007.2.2），4、收款收据（2007.2.2），证明我司已受托支付324.79万元，应予扣除抵销。
证据三、湖北省鄂州市华容区人民法院通知书、清算组身份证明各一份、工商登记档案资料一份，证明鄂州市金发置业有限责任公司已经注销，鄂州市金发置业有限责任公司出具的函应该是武汉金发公司出具；
证据四、协议书一份，证明：拍卖地块拆迁由泛亚公司负责，纠正了拍卖成交确认书第三条关于拆迁及其费用由金发公司承担的约定；金发公司支付的4300万元是要求其用于拆迁项目，1.7亿元含拆迁款；双方约定付款方式中403.2万元出让金和1152万元配套费包括在总价款中并由金发公司直接支付；
证据五、泛亚公司与金发置业公司于2005年2月24日签订《补充协议书》一份，证明拍卖成交确认书第三条规定的拆迁及其费用由我司承担的约定，被纠正为由泛亚公司全部承担，因此，泛亚公司认为2007年4月20日前的拆迁及其费用承担属我方义务、认为524.79万元属我司应付款的理由不能成立。
证据六、2007年5月22日协议书，证明金发置业公司与武汉重阳房屋拆迁代理有限公司签订协议金发置业公司支付社会拆迁费用9980万元（不含在此之前支付的其它拆迁费），结合其它支出，已付金额3.04938亿元，已远超协议约定金额2.3988亿元。表明依泛亚公司委托对付款金额进行扣减抵销是有依据的。
证据七、金发置业公司与泛亚公司于2005年11月16日签订的《补充协议书》，证明双方约定2005年11月16日签订的协议仅作腾退拆迁所用，不作其它。含拆迁费在内的2005年11月15日协议所定2.3988亿元是双方约定的真实金额，表明泛亚公司2600万元不在其中，更应当扣减抵销。
证据八、财务账目及凭证，证明双方确认我司在2007年4月20日签约时已支付1.05亿元基础上，支付欧亚达公司3000万元、支付启先公司500万元、依约应当支付403.2万元出让金和1429.656万元配套费，加上应付泛亚公司2600万元，合计已达1.8179亿元。这证明：1、2007.4.20日协议前我司已付和应付款总额已达1.8179亿元，超过泛亚公司1.7亿元的计算总额。4.20协议针对的是1.7亿元，证明超出部分包括524.79万元不在4.20协议范围之内，而是在4.20协议之外，即524.79万元不在1.7亿元之内而是在1.7亿元之外，因此，4.20协议对超出部分包括524.79万元无约束力，泛亚公司应予扣减抵销.2、2007年4月20日协议后我司另付拆迁费14029万元、配套费1429.656万元、一费制198.173万元，所付款项达30493.80万元，远超2.3988亿元，也证明泛亚公司称2600万元在1.7亿元之中没有依据，也没有理由。
证据九、抵销后利息计算和计算对照表，证明泛亚公司还要支付96465元的计算方式。
证据十、2007年4月20日协议，证明1、金发公司存在先履行抗辩权，不存在逾期付款问题；2、是附条件支付；3、关于泛亚公司引用的逾期付款利息的问题，应当被驳回；4、依照国土部的规章，后期支付款项与协议相冲突；5、金发公司与泛亚公司签订的4.20协议因违反了拍卖协议而无效。
证据十一、国有土地使用权证一份，证明办证日期是2009年11月5日，对方逾期办证，金发公司享有先履行抗辩权；
证据十二、2009年7月31日拆迁补偿安置协议书，证明社会拆迁完毕之日为2009年7月31日，晚于余款支付日期（2008年1月15日）一年零六个月又十五天，应以社会拆迁完毕之日为准，后款支付日期应予顺延，金发公司享有先履行抗辩权；
证据十三、2005年11月16日协议书，证明我司依约已支付和应支付已达1.6554亿元，含2600万元则已付1.8654亿元，表明我司多付1654万元，其中泛亚承诺的金额应予以扣减抵销；
证据十四、黄石中院对外委托书、土地估价报告、委托拍卖协议、拍卖成交协议书，证明金发公司在1.7亿元之外没有义务另行出资迁出，出卖人应当交付的是场地平整的净地。那种认为拆迁由金发公司负责、费用归金发公司承担，因此1.7亿元中不含拆迁费用的观点是错误的，超过1.7亿元部分应由泛亚公司承担，只要是泛亚公司为交付净地而由金发公司支付的一切费用，都应作为1.7亿元的组成部分；
证据十五、2007年4月20日协议书，证明4.1条并未约定协议内容包含已履行的行为如何处理，也没有约定泛亚公司函告和函因此而作废，可见协议指的仅为狭义上的协议，即上方签字盖章的协议；该协议虽对原协议进行了取代性变更，但也只是约定不在具有约束力，且没有约定该款如何处理，至少对已经实际发生且承诺扣减但一直未予抵销或清洁的费用524万元如何处理没有约定或约定不明，更未约定此款不再扣减，因此对此款扣减依法“推定为未变更”（合同法第七十八条），因此，应依承诺扣减抵销；
证据十六、2006年7月4日，湖北省黄石市中级人民法院的通知，证明我司代泛亚公司支付给欧亚达的补偿费3000万元，此款系欧亚达申请法院强拆过程中由金发公司从1.7亿元中代付，黄石中院通知确认该补偿款系欧亚达与泛亚之间的争议标的物；
证据十七、2005年6月9日的湖北省黄石市中级人民法院的通知，证明403.2万元土地出让金应由泛亚公司支付，而实际是由金发置业公司支付；
证据十八、市国土资源管理局【2004】226号文件-
报告，证明转让费中，泛亚要履行对光达皮革厂的安置补偿，需清退目前欧亚达家电广场的出租户，含欧亚达和中商集团，需交清403.2万元土地出让金；
证据十九、湖北省黄石市中级人民法院的函，证明5600万元职工安置补偿费应在拍卖款中优先支付；
证据二十、湖北省黄石市中级人民法院关于执行案件的报告，证明黄石中院执行中对欧亚达的清退补偿费用一直在与欧亚达和泛亚协调，故我司支付3000万元给欧亚达是为泛亚支付，应为1.7亿元的必然组成部分；
证据二十一、2007年2月12日，金发置业公司给泛亚公司的函，证明我司函告泛亚公司，我司对拆迁公司拆迁费用将予以支持，“并据此依约抵扣应付给付公司的款项”，泛亚签收并无异议，表明截止至2007年4月20日之前的拆迁费用在1.7亿之中，应为1.7亿元的组成部分。
泛亚公司对上述证据质证如下：对证据一真实性没有异议，但与本案没有关联性，我们请求的是土地拍卖款项，而这两项证据恰好证明这些款项不是土地拍卖的款项，而是拆迁安置的款项，是金发公司给博雍公司的200万的拆迁款，而不是给我们公司的拍卖款；对证据二真实性没有异议，对关联性有异议，所涉的款项是金发公司应给其他公司的拆迁款项，与应支付我公司的2600万元没有关联性，从拆迁安置协议书来看，拆迁人是金发公司，而不是泛亚公司，拆迁款也是由金发公司直接支付，我们公司进行审查，而且这些协议是4.20协议之前签订的，对4.20协议没有约束力；对证据三真实性没有异议，认为该证据与本案无关，我们认为鄂州金发与武汉金发是一致的；对证据四真实性、合法性、关联性没有异议，对证明目的有异议，根据协议，如果是支付2.4个亿，拆迁由我们负责，如果少支付6000多万元，只给1.7亿，则拆迁安置是由金发置业公司负责；对证据五没有异议；对证据六认为与本案无关；对证据七认为与证据五相同；对证据八认为与本案无关；对证据九认为计算方式有异议，524.79万元不能放在金发已支付的款项当中；对证据十一至证据十三，我们认为4.20协议效力应由法院认定，土地权证不是泛亚的，是皮革公司的，办证是原被告双方努力的结果，不应认为是我方办事不力；对拆迁协议认为拆迁是金发公司的责任范围，拆迁与泛亚公司无关，其责任不应归为泛亚公司；对证据十四，第一次开庭时对方已经说了是作废的协议，这个协议的效力双方之间也签了专门的补充协议，应以补充协议为准，该协议仅仅是为了办证而用，不存在多支付的情况；对证据十五的真实性、关联性没有异议；对证据十六，对于4.20协议，坚持我方观点；对证据十七至证据二十一，按照拆迁协议书，拆迁费用应由金发公司承担，欧亚达的费用按照拍卖协议也应该由金发承担，反诉的证据不能证明524.79万元的诉请。
经审理查明：2005年2月24日，经湖北省黄石市中级人民法院［2004］黄执字第53-1号民事裁定书裁定，泛亚公司通过收购债权的合法程序，取得中国信达资产管理公司深圳办事处对新力房地产开发（武汉）有限公司享有的债权权利及取得对新力公司执行申请人的地位，泛亚公司通过湖北省黄石市中级人民法院，委托黄石嘉隆国际商品拍卖有限公司对新力公司名下的位于武汉市江岸区中山大道1541号19900平方米的国有土地使用权进行拍卖。
2005年11月11日，金发置业公司通过黄石嘉隆国际商品拍卖有限公司，经过拍卖程序，金发置业公司与黄石嘉隆国际商品拍卖有限公司签订了《国有土地使用权拍卖成交确认书》。确认买受人金发置业公司以人民币1.7亿元竞得位于武汉市江岸区中山大道1541号19900平方米的国有土地使用权。并约定买受人承担拍卖地块内的全部拆迁、安置、补偿义务及全部相关费用。
2005年11月15日金发公司与泛亚公司签订《协议书》，协议中与本案有关的内容如下：1、除上述拍卖取得的土地外，泛亚公司另转六亩土地给金发公司。2、上述土地共计36亩，转让价格为2.3988亿元。3、拆迁工作由泛亚公司负责并由金发公司向泛亚公司依约按期支付2.3988亿元，包括土地的价格1.7亿元、向黄石市中级人民法院支付的4300万元、拆迁费、规费等，均包括在上列总价中。协议还对相关竞买手续的办理、税费的交纳、拆迁的期限及以及违约费等作了安排。
2007年2月1日，武汉市工逸经贸发展有限公司的税务发票上记载：“收到武汉市金发置业有限责任公司房屋拆迁补偿金（武锅）叁佰壹拾肆万七千九百元整。”税务费发票上有金发置业公司的法定代表人范金山的签名。还有一张十万元的税务发票，内容同上。上述金额共计324.79万元。2007年2月2日，泛亚公司向金发置业公司函告“关于江岸区中山大道1541号土地上建筑物的拆迁范围中，武汉工业锅炉总厂的自有房产和租赁房产的货币安置补偿，你司已与工业锅炉总厂签署相关协议，对上述协议我司不持异议，你司支付的上述费用我司同意从你司应付我司的相关费用中扣除”。
另查，2007年2月13日，泛亚公司向“鄂州金发置业公司有限公司”发出函告，“该公司同意由武汉博雍商贸有限公司代收工程款200万元整。武汉博雍商贸有限公司在房屋拆迁领款手续通知单上盖章并写明“收到武汉泛亚投资有限公司委托代收工程款贰佰万元整（含转账和现金）”。
2007年2月1日，金发置业公司致函泛亚公司，称泛亚公司正违约逾期达9个月未完成拆迁，给金发公司造成巨大损失且竞买地块存在重大安全隐患。故要求泛亚公司二日内妥善处理好与拆迁公司关系并进场拆迁，否则金发公司将自行组织拆迁公司进场拆迁，拆迁公司提出的任何附加条件金发公司将予以支持。
2007年4月20日金发置业公司与泛亚公司再次签订《协议书》，与本案有关的内容如下：1、双方确认金发公司是拍卖的竞买人，并支付了成交款1.05亿元。2、鉴于双方在成交价款的支付及拍卖标的物土地使用权的取得等事宜曾达成口头协议、谅解和书面协议，据此双方为使各自合法权益尽快尽早实现，达成本协议。3、金发公司向泛亚公司直接支付2600万元人民币，时间分别为：①第一次，本协议签字之日3日内付款400万元；泛亚公司即申请黄石市中级人民法院为甲方办理过户手续。②第二次，在2007年9月30日前支付400万元。余款在金发公司社会拆迁完毕之日支付，但最迟不超过2008年1月15日。上述款项付清后，即完成拍卖支付成交价款的义务，不再向拍卖人、法院或泛亚公司承担任何付款义务。4、本协议生效后既取代双方此前所有口头协议和书面协议；双方此前所有口头协议和书面协议不再具有约束力，任何一方都不得以此前所有口头协议和书面协议作为己方主张权利、承担义务的理由、依据。本协议履行完毕后，双方所有权利义务关系终止。该协议签订后，金发置业公司于2007年4月23日、2010年2月8日、2011年1月26日、2011年12月31日、2012年8月3日、2013年1月14日，分六次向泛亚公司支付400万元、500万元、500万元、500万元、300万元、200万元，共计2400万元。其间金发置业公司于2009年11月5日取得武汉市江岸区三阳路中山大道1541号国有土地使用权证。
2013年7月1日，泛亚公司以金发置业公司拖欠两百万元为由，向本院提起诉讼，其诉请为金发置业公司支付泛亚公司拖欠的款项200万元及利息497.5838万元，泛亚公司向法庭提供《逾期支付违约金计算表》，该表详细列出自2007年10月1日起至2013年1月15日止的逾期利息（即称的“违约金”），共计497.5838万元。
本院认为，围绕着本案所涉司法拍卖地块，泛亚公司与金发公司通过数次协议，权利义务不断发生变化。按照拍卖成立确认书，金发公司须支付1.7亿元竞买款项并负责该地块上附属建筑物的拆迁安置补偿工作；后双方通过11.15协议，在增加六亩土地后，将金发公司应支付的成交价增加到2.3988亿元，拆迁工作也转由泛亚公司承担并由金发公司支付泛亚公司拆迁款。为履行上述协议，金发置业公司先后向泛亚公司支付竞买款1.05亿元，向武汉市国土资源局支付土地出让金403.2万元，向博雍商贸有限公司支付200万元，向武汉工逸经贸有限公司（武锅）支付324.79万元以及其他相关费用。这些费用是金发公司支付还是系金发公司代泛亚公司垫付，在11.15协议的框架下，确实值得考量，但上述所有费用的支付行为均系在2007年4与20日以前。也就是说双方在签订4.20协议时，都应当知道在此之前自己所付出的项目和金额。4.20协议是在金发公司认为泛亚公司迟延履行11.15协议的拆迁义务并导致该公司重大损失的情况下为解除11.15协议终结泛亚公司的拆迁工作，重新确定自己与泛亚公司的权利义务关系而签订，并且双方在协议中确认在土地成交款的支付及相关标的物土地使用权的取得等事宜曾达成口头协议，谅解和书面协议，此份协议正是在以前这些协议的基础上达成，达成以后“此前所有的口头协议，书面协议不再具有约束力，任何一方都不得以此前所有口头协议和书面协议作为己方主张权利、承担义务的理由依据“。故金发置业公司以2007年4月20日协议之前发生的与11.15协议约定的泛亚公司拆迁义务履行有关的两笔款项的垫付不在4.20协议的范围内，不受该协议约束的主张本院不予采信。依照《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条：当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实有责任提供证据加以证明。没有证据或者证据不足以证明当事人的事实主张的，由负有举证责任的当事人承担不利后果。本院对于泛亚公司的辩称予以认可，金发置业公司提供的证据不足以支持其反诉的请求，故金发置业公司的反诉请求应予全部驳回。
4.20协议是双方的最后一份协议，该协议明确了金发置业公司除已支付的1.05亿元外，还应向泛亚公司支付2600万元，这个数字的由来应该是经过双方计算和谈判而来的，且4.20协议明确了2600万元支付后以及金发公司取得土地过户后双方所有权利义务关系终止。本院据此有理由相信2600万元是双方清算后的最终结算。金发置业公司仅依约支付了2400万元，差欠200万元应予支付。考虑到4.20协议的签订背景中有泛亚公司的违约行为，且金发置业公司迟至2009年11月才取得土地使用权，且从4.20协议看，该协议没有约定逾期付款的问题，故对泛亚公司逾期付款违约金的主张不予支持。《中华人民共和国合同法》第六十条第一款的规定：“当事人应当按照约定全面履行自己的义务”；《中华人民共和国合同法》第一百零七条的规定：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任”。依据上述法律规定，4.20协议书是双方签订的有效合同，金发置业公司尚欠泛亚公司200万元的欠款应当支付，但泛亚公司主张应当支付逾期付款违约金4975838元，没有合同的约定，也没有法律的规定，本院认为逾期付款的违约金应当从泛亚公司向金发置业公司主张付款之日起计算，即从泛亚公司起诉之日（2013年7月1日）起计算，按同期银行贷款利率计算利息，其截止日期为判决生效确定之日止。
综上所述，依据《中华人民共和国合同法》第四十四条第一款、第六十条第一款、第一百零七条、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条以及《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十二条的规定，判决如下：
一、被告（反诉原告）武汉市金发置业有限责任公司于本判决生效之日起十五日内一次性支付给原告（反诉被告）武汉泛亚投资有限公司欠款人民币200万元；
二、被告（反诉原告）武汉市金发置业有限责任公司于本判决生效之日起十五日内一次性支付给原告（反诉被告）武汉泛亚投资有限公司利息损失（从2013年7月1日起至判决生效确认之日止）；
三、驳回原告（反诉被告）武汉泛亚投资有限公司的其他诉讼请求；
四、驳回被告（反诉原告）武汉市金发置业有限责任公司的诉讼请求。
本案本诉的受理费60631元、原告（反诉被告）武汉泛亚投资有限公司负担30000元，被告（反诉原告）武汉市金发置业有限责任公司负担30631元；反诉的受理费30316元由被告（反诉原告）武汉市金发置业有限责任公司负担。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付延迟履行期间的债权利息。
如不服本判决，由可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于湖北省武汉市中级人民法院。上诉人在提交上诉状时，根据不服本判决的上诉请求数额及《诉讼费用交纳办法》第十三条第一项的规定，预交案件受理费，款汇武汉市中级人民法院，收款单位名称：武汉市财政局非税收入款缴专户
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市中院诉讼费分户；账号：079501040000393；开户行：农行武汉市民航东路分理处832886。上诉人在上诉期满后七日内仍未预交诉讼费的，按自动撤回上诉处理。
发生法律效力的民事判决、裁定、调解书，当事人必须履行，一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行。申请执行的期限为二年，申请执行时效的中止、中断，适用法律有关诉讼时效中止、中断的规定。
审 判 员 张 冰
人民陪审员 陈新国
人民陪审员 潘海涛
二〇一四年三月二十日
书 记 员 周逸杰