新疆维吾尔自治区吉木萨尔县人民法院
民 事 判 决 书
（2017）新2327民初753号
原告（反诉被告）：杨生全，男，汉族，1955年7月14日出生，住昌吉市。
原告（反诉被告）：杨云，男，汉族，1980年7月29日出生，住昌吉市。
以上原告的诉讼委托代理人：韩立春，新疆庭州律师事务所律师。
被告（反诉原告）：吉木萨尔县新地乡牧业村村民委员会。住所地：吉木萨尔县新地乡新地牧业村。
法定代表人：尼合买提·木沙，该村村民委员会主任。
诉讼委托代理人：周盛荣，新疆明笃律师事务所律师。
诉讼委托代理人：张燕荣，新疆明笃律师事务所律师。
原告杨生全、杨云与被告吉木萨尔县新地乡牧业村村民委员会（下面简称：新地乡牧业村民委员会）土地承包合同纠纷一案，本院于2015年7月7日受理后，于2016年11月9日作出（2015）吉民二初字第662号民事判决，原告杨生全、杨云不服上诉至昌吉州中级人民法院，昌吉州中级人民法院于2017年月日作出（2017）昌民终字第662号民事裁定，裁定发回重审。本院于同年3月31日立案受理后，被告新地乡牧业村民委员会提起反诉，本院依法合并审理，依法适用普通程序于同年5月19日、8月27日公开开庭进行了审理，原告杨生全、原告杨云和原告杨生全的共同诉讼代理人韩立春、被告新地乡牧业村民委员会的委托诉讼代理人周盛荣均到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告杨生全、杨云诉称：1996年，原告杨生全与被告新地乡牧业村民委员会签订了一份《土地承包合同》，被告位于在吉木萨尔县新地乡新地牧业村石场沟1000亩地承包给原告杨生全。双方约定：承包期限为11年，每亩土地的承包费15元。合同履行过程中，因原告杨生全投资开凿的二眼机井中的一眼机井于1997年塌方报废，为此于1998年10月原告杨生全与被告新地乡牧业村民委员会协商，将原告杨生全承包的1000亩土地更改为500亩，合同顺延一年。2006年3月，原告杨云与被告新地乡牧业村民委员会又签订了一份《土地承包合同》。被告将位于吉木萨尔县新地乡新地牧业村石场沟700亩地承包给原告，承包期限为35年。合同签订后原告杨云实际耕种500亩土地，于2011年被告未经原告杨云的同意，私自将原告耕种的500亩土地分配给本村村民，并强行占有原告投资的一眼机井。现请求：1、依法确认原告杨云与被告签订的第二份土地承包合同有效；2、被告向原告杨云立即返还500亩土地；3、被告向原告杨生全返还机井一眼。
被告吉木萨尔县新地乡牧业村村民委员会辩称：1、对双方于1996年签订的第一份土地承包合同没有异议，承包土地面积为1000亩，每亩承包费15亩，该合同约定承包期限届满后机井归被告所有，1998年机井塌方后，原告申请将承包土地变更为500亩，承包期限至2008年12月31日。该合同期限已经届满，原、被告之间的合同关系已结束；2、双方在履行1996年土地承包合同期间，由于双方认为侵占了原告承包的350亩土地，于2006年3月签订了一份土地承包合同，该协议是一份赔偿协议，用土地承包费抵偿赔偿款79.6万元，并没有向被告实际缴纳承包费用；3、2006年11月28日原告提起诉讼认为被告及农业局侵害了土地使用权，要求赔偿损失，经法院调查核实，没有侵害原告的土地承包经营权，原告的诉讼请求没有事实和法律依据，被依法驳回。4、于2006年3月签订了一份土地承包合同的土地承包合同系无效合同，也没有实际履行，请依法驳回原告的诉求请求。
被告（反诉原告）吉木萨尔县新地乡牧业村村民委员会反诉请求：1、确认反诉原告与反诉被告于2006年3月21日签订土地承包合同无效；2、本案反诉费用由反诉被告承担。事实和理由：1996年11月6日，反诉被告杨生全作为承包方与反诉原告吉木萨尔县新地乡牧业村村民委员会签订一份土地承包合同，约定反诉原告将1000亩土地承包给反诉被告，承包期限为10年，自1996年10月1日起至2007年12月30日止，该合同于同年11月13日进行了公证。1998年10月18日，反诉被告以井水水源有限为由，向反诉原告申请变更承包土地为500亩。反诉原告同意将变更并将该合同顺延一年，至2008年12月30日止，该合同至2009年秋天到期终止。反诉被告缴清了全部承包费用。2006年3月21日，反诉被告以反诉原告违约给其造成巨大损失为由，以反诉被告杨云的名义与反诉原告签订一份土地承包合同，约定被告的损失为79.6万元，因反诉原告无法赔付，将700亩土地承包给反诉被告，承包期限为35年，自2006年3月21日至2041年3月20日止。该合同签订后，二反诉被告于2006年11月28日向昌吉州中级人民法院提起侵权赔偿诉讼，要求反诉原告赔偿损失截至2006年6月的损失共计875422.38元。2007年7月19日，昌吉州中级人民法院作出（2007）昌中民一初字第2号民事判决，驳回二反诉被告的诉讼请求。2015年7月7日，二反诉被告再次以该合同为由向吉木萨尔县人民法院提起诉讼，要求确认反诉被告杨云在2006年3月21日与反诉原告签订的合同有效，并返还500亩土地及机井一眼。该案经吉木萨尔县人民法院（2015）吉民二初字第662号民事判决，驳回二反诉被告的诉讼请求，二反诉被告不服，上诉至昌吉州中级人民法院，现该案发回重审。2006年3月26日签订的土地承包合同实为赔偿协议，昌吉州中级人民法院（2007）昌中民一初字第2号民事判决已对该侵权行为是否存在提出明确的审判意见，该承包合同并不能证明侵权事实存在，因为该土地承包合同应当为无效合同，且原村委会主任在签订合同时并为经村民代表大会或村民大会讨论，且明显侵害村集体经济及村民利益，系无效合同。
反诉被告（原告杨生全、杨云）辩称：1996年签订承包合同起杨生全在承包土地上投资，进行土地改良，修建高压线、机井，平整土地进行开荒，将荒凉的土地变成良田，反诉被告付出了很多。在承包期间将反诉被告耕种的350亩拿走给农业局耕种，在诉讼过程中，吉木萨尔县国土资源局进行了土地测绘，实际种植面积大于约定面积，反诉被告杨生全子1996年至2006年一直在耕种这片土地。2006年签订的土地承包合同有村委会主任签名，还有村委会的印章，不能以未经村民代表大会讨论为由推翻合同，2005年至2009年都收取了土地承包费用，履行了2006年3月签订的承包合同，请依法驳回反诉原告的诉讼请求。
原告杨生全、杨云向本院提供以下证据：
1、土地承包合同一份，证明：原告杨生全与被告于1996年签订一份土地承包合同，被告将位于吉木萨尔县新地乡新地牧业村石场沟1000亩地承包给原告杨生全。双方约定：承包期限为11年，每亩土地的承包费15元。
被告新地乡牧业村民委员会对证据没有异议，认为该合同已经履行完毕。
2、吉木萨尔县人民法院（2013）吉民二初字122号民事判决书一份，证明：原告杨生全承包的1000亩土地因缺水变更为500亩地，将承包期限延长一年。
被告新地乡牧业村民委员会没有异议。
3、土地承包合同一份，证明：原告杨云与被告于2006年3月21日签订土地承包合同，被告给原告承包700亩地，承包期限35年。
被告新地乡牧业村民委员会质证认为，该合同签订程序违法，应该是无效合同，对真实性、合法性、关联性没有不认可。
本院认证认为对该证据的真实性、合法性、关联性予以确认。
4、收条两张，证明：原告杨生全缴纳自2004年至2009年的承包费7500元。
被告新地乡牧业村民委员会对证据的真实性没有异议，上述承包费是1996年承包合同的承包费用，不是2006年承包合同的承包费用。
本院认证认为对该证据的真实性、合法性、关联性予以确认。
5、昌吉回族自治州中级人民法院（2007）昌中民一初字第2号判决书，证明：昌吉州中级法院认定吉木萨尔县农业局承包的土地没有包括原告杨云与被告第二次签订合同承包的500亩地，不包括农业局侵占的350亩土地，故驳回原告的诉讼请求。
被告新地乡牧业村民委员会对证据的真实性、合法性、关联性没有异议。
6、取水许可证、作井工程管理合同、水利局发票、行政违法行为通知书各一份，证明：原告对承包的500亩土地上取得了用水权。
被告新地乡牧业村民委员会质证认为，取水许可证已过期，发票、通知书与本案没有关联性，该证据的合法性、关联性不认可。
7、汇报材料、证言材料各一份，证明：原告自2011年起一直找有关部门要求解决该土地的纠纷。
被告新地乡牧业村民委员会该证据的真实性、合法性、关联性不认可。
8、土地被侵占证明一份、改良土地后状况图两份、调查笔录一份，证明：原告承包土地的实际面积及四个界线。
被告新地乡牧业村民委员会该证据的真实性、合法性、关联性不认可。
9、土地承包合同一份，证明：2013年村委会将土地收回发包给朱汝兴，承包期间至2017年10月31日。
被告新地乡牧业村民委员会质证认为：证据系复印件，不予认可。
本院认证认为：证据1、2、3、5具备真实性、合法性、关联性，本院予以采信。证据4的收据承包费与2006年合同约定的不符，不能认定为2006年土地承包合同的承包费用。证据6具备三性，本院予以采信。证据7与本案不具备关联性，本院不予采信。证据8的证明系打印后证人签名，证人如何确认侵占土地范围和面积，证人应当出庭接受质证，本院对证明不予采信。证据8中的改良土地后状况图系复印件，无法确认绘制图的客观性，本院不予采信。调查笔录系复印件，无法确认其真实性，本院不予采信。证据9系复印件，不予采信。
被告新地乡牧业村民委员就其辩解及反诉向本院提供以下证据：
1、公证书及土地承包合同，证明：1996年被告新地乡牧业村民委员与原告杨生全签订一份土地承包合同，将位于吉木萨尔县新地乡新地牧业村石场沟1000亩地承包给原告杨生全，每亩土地承包费15元，承包期满后机井和其他配套设施均对被告新地乡牧业村民委员所有。
原告质证认真：对证据没有异议，后来在履行合同中发生变更，另外顺延一年，已经履行完毕。
2、关于顺延土地承包期限的申请报告，证明：在合同履行期间因为停电停水，造成机井塌方，原告申请对原承包变更，土地面积变更为500亩，承包期限顺延一年。
原告质证认为：没有异议。
3、吉木萨尔县人民法院（2013）吉民二初字122号民事判决书一份，证明：原告杨生全承包的1000亩土地经生效法律文书确认应当给付的承包费用。
原告质证认为：没有异议。
4、土地承包合同一份，证明：2003年3月31日，被告与吉木萨尔县农业签订承包合同，约定农业局为村委会提供资金，村委会为农业具体提供土地使用。
原告质证认为：对证据的真实性没有异议，当时不知道该合同存在。
5、土地承包合同一份，证明：2006年3月31日，被告与杨云签订土地承包合同，该合同经法院认定不存在侵权行为，也未经村民大会或村民代表大会表决通过，系无效合同。
原告质证认为：吉木萨尔县农业签订承包合同，约定农业局为村委会提供资金，村委会为农业具体提供土地使用。
6、昌吉回族自治州中级人民法院（2007）昌中民一初字第2号判决书，证明：昌吉州中级法院认定吉木萨尔县农业局承包的土地没有包括原告杨云与被告第二次签订合同承包的500亩地，不包括农业局侵占的350亩土地，故驳回原告的诉讼请求，2006年3月21日签订的承包合同系无效合同。
原告质证认为：对证据的真实性没有异议，被告主张合同无效不予认可。
本院认证认为：以上证据均具备真实性、关联性和合法性，本院予以采信。
本院经审理认定事实如下：
1996年11月6日，原告杨生全作为承包方与被告新地乡牧业村民委员会签订了一份《土地承包合同》，被告将位于吉木萨尔县新地乡新地牧业村石场沟1000亩地承包给原告杨生全。双方约定：承包期限为11年，自1996年10月1日至2007年12月30日；承包土地为1000亩，每亩土地每年的承包费15元，每年承包15000元，前三年免交承包费，从第四年开始交承包费，后八年承包费共计120000元，承包费缴纳必须提起一年缴清，不按时缴清合同终止，被告有权收回土地；合同签署时原告向被告缴纳1万元承包费，此承包费抵第四年的承包费；被告不提供水源，由原告自行投资打井两眼和配套实施，用于浇灌农作物，承包期满后两眼机井配套设施归被告所有；农业税、土地使用费、农林特产税及其他一切费用由被告承担；承包期内，若遇到国家土地政策调整，致使合同无法履行，被告应当退还原告的机井投资款，该合同可提前终止或变更，双方都不承担违约责任；承包期内，任何一方都不得提前终止合同或变更合同，若被告违约，除向原告支付违约金5万元，还须赔偿原告在承包土地上的投资设备款；若原告违约，除向被告支付违约金5万元，承包土地上的一切投资设备归被告无偿所有；承包期内，若遇到不可抗力的自然灾害，经农业主管部门证实后，视灾害可减交或免交原告当年所上交的承包费。同年11月13日双方到吉木萨尔县公证处对该承包合同进行公证。
被告新地乡牧业村民委员会向原告杨生全交付了承包土地，也未测量土地亩数，原告杨生全为耕种承包土地，进行平整土地，架设高压线路，开挖两眼机井，其中一口井于1997年5月13日塌方报废，原告杨生全于同年7月16日重新开挖一口机井，2008年10月6日办理取水许可证，取水权人系原告杨生全。
1998年10月18日，因水源限制，承包土地只有一口机井，原告杨生全向被告申请将承包土地变更为500亩，将承包合同期限和免交承包费的期限均顺延一年。即2008年12月30日。
2003年被告新地乡牧业村民委员会以原告杨生全承包1000亩土地，自2000年起每年向被告缴纳承包费15000元，到2002年年底应当缴纳承包45000元，只缴纳了5000元，拖欠40000元的承包费未缴纳，起诉至吉木萨尔县人民法院，要求解除承包合同，并支付拖欠的承包费4万元及违约金5万元。吉木萨尔县人民法院经审理认定：1998年10月18日原告向被告申请变更土地承包面积，被告经研究后同意变更申请，承包面积为500亩，其余500亩荒地已退还给被告，于2003年4月25日作出（2003）吉民二初字第122号民事判决：一、杨生全给新地牧业村支付2003年剩余部分的承包费2082.7元；二、驳回牧业村的其他诉讼请求”。
2003年3月31日，吉木萨尔县新地乡政府与县农业局签订了《关于使用新地乡石场沟土地的合同书》，约定由吉木萨尔县农业局无偿使用石场沟牧业村定居点的1200亩土地，东至新地乡牧业村牧民定居点西干渠，南至乌奇公路以北，西至庆阳湖乡交界处，北至电网高压电杆北道路南沿为止，期限为30年。
原告杨生全认为县农业局承包的1200亩土地中占用其承包的300亩土地，违反了双方于1996年11月6日签订的土地承包合同，2006年3月21日原告杨生全的儿子原告杨云与被告新地乡牧业村民委员会签订一份土地承包合同，约定：因被告新地乡牧业村民委员会未经原告同意，将原告承包的300亩土地发包给吉木萨尔县农业局，被告新地乡牧业村民委员会违约，应当赔偿高压线1.8公里，价值7.2万元，打井一眼价值13万元，平整土地9.7万元，3年直接收入损失16万元，违约金5万元，银行本息28.5万元，共计79.6万元，按法院判决书确定合同有效，经法院调解村委会无法偿还此款，应当赔偿损失79.6万元，被告吉木萨尔县新地乡牧业村民委员会将700亩土地（其中包括农业局侵占的350亩土地）无偿交给原告杨云，承包期限为35年（自2006年3月21日至2041年3月20日止），在合同签订三个月内将农业局侵占的350亩追回交付给原告杨云；原告杨云自备机井、变压器、高压线由其使用35年，承包期满后归被告吉木萨尔县新地乡牧业村民委员会所有。原告杨云耕种土地的农业税、土地使用费、农业特产税及一切损失由被告负担，每年每亩交承包费15元；原告杨云按有关法律规定完全行使承包期内的经营权、自主权，有继承权、转包权、租赁权等，被告不得干涉；被告吉木萨尔县新地乡牧业村民委员会有帮助原告杨云行使承包权的义务，还有土地使用权受到第三人的侵权和设备及农作物遭受他人的侵权，被告吉木萨尔县新地乡牧业村民委员会应当协助解决。在承包期限内，双方发生矛盾可协商解决，协商不成，应向人民法院提起诉讼；承包期内任何一方都不得提前终止合同，如何任何一方违约应向对方支付违约金15万元，合同继续履行；承包期满后，土地上的所有林木都应当按林业法的有关规定给原告给予补偿。
合同签订后，被告吉木萨尔县新地乡牧业村民委员会未向原告杨云交付土地，原告杨生全、杨云以吉木萨尔县新地乡人民政府、吉木萨尔县新地乡牧业村民委员会、吉木萨尔县农业局为被告提起侵权赔偿之诉，认为被告新地乡牧业村民委员会未经原告同意，将其承包的300亩土地发包给吉木萨尔县农业局，造成损失79.6万元，截至2006年6月损失扩大到875422.38元。双方约定被告新地乡牧业村民委员会将700亩（包括吉木萨尔县农业局占用了350亩土地）土地无偿给杨云承包35年，被告新地乡牧业村民委员会未交付350亩承包土地，也未予以赔偿，要求：1、吉木萨尔县新地乡牧业村民委员会赔偿经济损失875422.38元；2、吉木萨尔县新地乡政府和县农业局对经济损失875422.38元承担连带赔偿责任；3、被告新地乡牧业村民委员会交付承包土地350亩地；4、新地乡牧业村民委员会赔偿违约金150000元。
昌吉回族自治州中级人民法院于2007年7月19日作出（2007）昌中民一初字第2号民事判决，认为：原告现在耕种的土地在450亩至500亩之间，并且双方在合同变更为500亩，承包土地的四界一直未予标清和明确，虽然原告对被告提供的吉木萨尔县国土资源测量面积的证明不予认可，但实测面积512.6亩与原告陈述基本吻合，在原告不能提供反驳证据时，对被告提供的测量面积予以确认，即确认原告现耕种的承包地面积与合同约定亩数相符，原告又称被告侵权的事实可由2006年3月21日签订的土地承包合同确认，但合同关系本质是交易关系，而损害赔偿乃是一种责任关系，是一种责任形式，它并不基于当事人的意思产生和意愿所设定，它是法律强制规定的结果，是否存在侵权仍需要主张者证明侵权行为的客观存在，例如本案中四界清晰的土地被侵占或现耕种的土地亩数已实际减少等。原告提供的土地承包合同不能证明上述事实，本院对该证据不予采信，不存在侵权事实，驳回杨生全、杨云的诉讼请求。该判决作出后双方当事人均未提出上诉。
被告新地乡牧业村民委员会于2009年收回原告杨生全耕种的500亩承包土地，于2010年底被告将原告杨生全承包的500亩土地以本村部分村民没有责任田地为由分配给本村的40多户村民。2010年县农业局将承包地返还给被告新地乡牧业村民委员会。被告新地乡牧业村民委员会又将850亩土地承包给朱舍兴。
2016年5月6日，被告新地乡牧业村民委员会对在本案争议的一眼机井办理（2016）第639号取水许可证，取水权人为被告新地乡牧业村民委员会。
本案在审理过程中，根据被告新地乡牧业村民委员会明确不交付承包的抗辩意见，向原告释明是否变更为要求赔偿损失的诉求，原告表示坚持不变更诉讼请求。
本案争议焦点：2006年3月21日原告杨云与被告新地乡牧业村民委员会签订土地承包合同的效力。
本院认为：2006年3月21日原告杨云与被告新地乡牧业村民委员会签订了土地承包合同，该承包合同的内容虽然涉及土地承包权利和义务，但实际是一份违反合同约定的赔偿协议，即1996年11月6日双方签订的土地承包协议，将部分承包土地发包给第三人，由被告新地乡牧业村民委员会向原告杨云赔偿损失79.6万元，由被告新地乡牧业村民委员会向原告杨云给付承包土地的方式支付约定的赔偿款项。
1996年11月6日双方签订的土地承包协议约定了承包土地面积为1000亩，承包费也按承包亩数缴纳，每亩15元，双方在承包合同中既没有明确约定四至界限，也没有实际丈量耕种的亩数，在承包期间由原告杨生权申请，并通过法院诉讼的方式，于2003年4月25日由生效判决确认原告杨生全承包土地的亩数为500亩。无论原告申请，还是最终法院判决，只是确认原告杨生全承包土地亩数变更为500亩，承包期限延长至2008年12月30日。均未确定实际种植的亩数和承包土地的四至界限。原告杨生全按照500亩承包土地履行义务，缴纳承包费用。
2003年3月间被告新地乡牧业村民委员会将原告杨生全承包土地中的350亩土地，又给吉木萨尔县农业局耕种。在三年之后，即2006年3月21日，就350亩承包土地给吉木萨尔县农业局耕种事宜，双方确认被告新地乡牧业村民委员会违反1996年11月6日签订的土地承包合同，并约定了79.6万元的损失，以给原告杨云交付700亩土地支付赔偿款，合同约定三个月向原告杨云交付350木亩土地，同意该协议也未约定土地的范围及四至界限。因被告新地乡牧业村民委员会未履行2006年3月21日的承包合同，原告又向昌吉州中级人民法院提起赔偿之诉，昌吉州中级人民法院经审理确认侵权事实不存在，双方约定承包土地为500亩，虽然在合同履行期间将部分土地发包给他人，但原告杨生全实际根据土地仍然为500亩，并未侵害原告杨生全的土地承包经营权，故驳回原告的诉讼请求。
2006年3月21日签订的承包合同系无效合同，理由为：1、该合同并非为承包合同，而是双方确认违约赔偿责任，确认被告新地乡牧业村民委员会承担赔偿79.6万元的损失，该协议严重损害村民集体组织的利益，通过协议内容可以确认是恶意串通损害集体利益的协议，损失当中的高压线1.8公里，价值7.2万元，双方随意确认高压线投入7.2万元，是原告投入350亩土地高压线价值，还是其承包500亩承包土地的高压线投入，同时1996年11月6日的土地承包合同于2008年12月30日到期，合同约定期满后两眼机井和配套设施归被告新地乡牧业村民委员会所有，高压线是为机井的配套实施。赔偿一眼机井价值13万元，合同约定合同期满后机井归被告新地乡牧业村民委员会所有，同时农业局承包土地是否侵占了原告的机井，没有证据证实。平整土地9.7万元，是否为350亩土地，还是500亩承包土地的费用。3年直接收入损失16万元是如何确定的，违约金5万元是否合适，同时银行本息28.5万元，如何确认巨额的利息损失与承包土地纠纷之间关系，根据1996年11月6日的土地承包合同第七条约定任何一方变更合同，即被告新地乡牧业村民委员会违约，向原告杨生全支付5万元违约金和赔偿原告杨生全在土地上设备投资款，因此双方确认约定79.6万元损失，严重超出合同约定的范围，明显没有法律依据和合同依据，严重损害了被告新地乡牧业村民委员会集体利益。其次，该合同没有经过村民代表大会或村民大会讨论，作为赔偿协议，是由村民集体组织承担赔偿责任，并非村委会主任个人承担赔偿责任，涉及该集体全体村民的利益，由村民集体的财产支付相应赔偿款项，同时该赔偿协议明显具有恶意串通，故意损害集体利益的情形，既未经村民代表大会或村民大会讨论后签订，也未通过司法途径，确认是否违约，违约造成合理损失范围，随意确认高额的损失。最后，原告于2006年11月向昌吉州中级人民法院提起的赔偿之诉，主张赔偿损失875422.38元，其中79.6万元的损失就是2006年3月21日签订的承包合同确认的损失，该纠纷经昌吉州中级人民法院审理，最终根据合同约定承包面积500亩和原告实际耕种的面积，认为没有侵害原告的承包经营权，由此驳回原告的诉讼请求，通过司法途径确认79.6万元不属于损失。综上，2006年3月21日签订的承包合同是恶意串通损害集体利益的合同，应当认定为无效合同。原告要求确认合同有效并返还500亩土地的诉讼请求本院不予支持。原告要求返还机井一眼，机井在1996年11月6日土地承包合同约定合同期满后归被告所有，该合同应当在2008年12月30日届满，同时机井作为用益物权，吉木萨尔县水利局于2016年已经确认为被告所有，故原告要求被告返还机井一眼于法无据，本院不予支持。反诉原告要求确认2006年3月21日签订的承包合同系无效合同，本院予以支持。
原、被告纠纷产生的根源合同中仅约定了承包面积，以承包土地面积确认权利和义务，而承包面积双方并没有测量，也没有约定承包土地的四至界限，由此在合同履行中就会产生纠纷，当然实际面积大于约定面积，合同纠纷应当按约定确定权利义务，实际种植面积大于约定面积的，双方可以进行协商变更合同，增加承包面积及相应的承包费用，否则，原告按约定应当退出多耕种的土地。本案中被告在合同履行中单方收回部分承包土地，承包给第三人，因实际种植面积大于合同约定面积，并违反约定的种植面积。除双方明知实际面积大于合同约定面积，故意约定较少的实际面积，以减少缴纳的承包费用，损害集体利益的情形下，应当查明承包人在收回的部分承包土地上投入的合理损失的情形下，依据法律规定和1996年11月6日土地承包合同约定、过错确定被告是否应当予以合理赔偿。本案在审理过程中，向原告释明是否变更诉讼请求，要求赔偿承包土地变更中的具体损失，原告坚持不予以变更，故本院本案中不进行赔偿损失的审理。
综上所述，根据《中华人民共和国合同法》第五十二条第二项，《中华人民共和国农村土地承包法》第四十七条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条之规定，判决如下：
一、确认反诉原告（被告）吉木萨尔县新地乡牧业村村民委员会与反诉被告（原告杨云）在2006年3月21日签订的承包合同无效；
二、驳回原告（反诉被告）杨生全、杨云的诉讼请求；
三、邮寄送达费60元，由原告杨生全、杨云负担。
本案受理费50元，反诉费50元，共计100元，由原告杨生全、杨云承担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于昌吉回族自治州中级人民法院。
审 判 长 杨光辉
代理审判员 唐慧春
人民陪审员 刘 林
二〇一七年九月六日
书 记 员 王 茹