宁夏回族自治区银川市中级人民法院
行 政 判 决 书
（2016）宁01行初48号
原告宁夏长恒农业科技综合开发有限公司，住所地宁夏回族自治区银川市兴庆区大新乡大新村一队。
法定代表人张磊，执行董事兼总经理。
委托代理人祁占虎，宁夏大远律师事务所律师（特别授权）。
委托代理人陆颖波，宁夏大远律师事务所律师（特别授权）。
被告贺兰县人民政府，住所地宁夏回族自治区贺兰县银河东路121号。
法定代表人刘甲锋，男，县长。
委托代理人冯和平，宁夏方和圆律师事务所律师（特别授权）。
被告贺兰县水务局，住所地宁夏回族自治区贺兰县银河东路5号。
法定代表人闻国涛，男，局长。
委托代理人黄立娥，宁夏清之清律师事务所律师（特别授权）。
原告宁夏长恒农业科技综合开发有限公司（以下简称长恒农业公司）诉被告贺兰县人民政府（以下简称贺兰县政府）、贺兰县水务局土地行政管理一案，于2016年3月17日向本院提起行政诉讼。本院于2016年3月21日立案后，于2016年3月26日向被告贺兰县人民政府送达了起诉状副本及应诉通知书，于2016年3月28日向贺兰县水务局送达了起诉状副本及应诉通知书，本院依法组成合议庭，于2016年12月14日公开开庭审理了本案。原告长恒农业公司的委托代理人祁占虎、陆颖波，被告贺兰县政府副县长邓一凌及其委托代理人冯和平，被告贺兰县水务局副书记李永红及其委托代理人黄立娥到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告长恒农业公司诉称，原告于2011年11月12日取得贺国用（2012）第60094号、第60095号《国有土地使用权证》，享有对贺兰县立岗镇通义乡71.07公顷国有河滩地的使用权，承包期限自2004年11月20日至2054年11月20日止共50年。原告及前身宁夏顺峰农牧业开发有限公司自2004年至2012年期间投入大量资金，将该河滩地开发建设和改造成为高产水稻科研种子基地，促进了贺兰县农业、种植业、养殖业的发展，因此而受到区、市、县党委和政府嘉奖。
被告贺兰县政府和被告贺兰县水务局因贺兰县第十六届人民代表大会第五次会议代表提案和政协贺兰县第八届委员会第五次会议委员提案，在2011年12月至2012年6月期间在立岗镇永兴村实施”永兴村尹家渠稍补水灌溉工程”。在建设水利工程过程中，被告在未依法征收土地、未告知原告、未与原告签订任何补偿协议的情况下，强行占用原告承包地修建扬水泵站、引水渠、扬水渠、道路等，被告在修建扬水渠和引水渠工程以及修建道路过程中，从原告的优良农田中取土垫土方，毁坏大量农田，被告占用和毁坏原告承包地约88.076亩（此数据为原告测量，请求法院委托专业测量机构测量结果为准），并在施工过程中毁坏原告修建的水渠、道路、桥梁等农业设施，被告实施的具体行政行为给原告造成了重大的经济损失4362327.4元，且至目前除修建水利设施占用土地外还有约40亩耕地被毁坏，至今未复垦。
2014年5月26日原告公司向贺兰县人民法院提起行政诉讼，2014年6月11日银川市中级人民法院指令银川市兴庆区人民法院审理该案，2014年9月11日银川市兴庆区人民法院作出（2014）兴行初字第20号行政赔偿裁定书，以原告不具有诉讼主体资格、被告不适格为由裁定驳回原告起诉。原告不服一审裁定提起上诉，银川市中级人民法院经审理后作出（2014）银行终字第80号行政裁定书，裁定撤销原裁定，指令银川市兴庆区人民法院审理本案。后银川市兴庆区人民法院经审理后于2015年5月14日作出（2015）兴行初字第59号行政裁定书，以原告未提起行政复议直接向人民法院起诉不符合法定条件为由裁定驳回原告起诉，原告不服提起上诉，银川市中级人民法院审理后作出（2015）银行终字第71号行政裁定书，裁定驳回上诉，维持原裁定。
2016年1月4日原告向银川市人民政府提交行政复议申请书，银川市人民政府未在作出行政复议决定的法定期限内作出行政复议决定。2016年1月6日，原告向被告提交《行政赔偿申请书》，被告贺兰县政府法制办钱瑞主任收下申请，但明确表示即不出具收件凭证也不作出行政赔偿决定，被告贺兰县水务局综合办公室岳主任收下申请。2016年1月18日原告通过EMS快递向被告再次邮寄《行政赔偿申请书》，被告贺兰县政府政府办和法制办分别拒收退回，被告贺兰县水务局收件。两被告即未向原告出具收件凭证，也未依法作出行政赔偿决定书。
原告认为，被告实施水利工程建设，应依法征收原告承包地并给予充分补偿，但被告未依法征收的情况下，强行占用、毁坏原告承包地，被告实施行政行为于法不符，性质当属行政侵权，且被告工作人员滥用职权严重毁坏大量国有土地，不仅给原告造成了巨大损失，也给国家造成了严重损失，被告作为实施具体行政行为的行政机关，应依法承担行政赔偿责任。被告作出行政行为后原告提起行政诉讼，法院以行政复议前置为由裁定驳回原告起诉后，原告向行政复议机关申请行政复议，行政复议机关未在法定期限内作出行政复议决定。原告向被告提交行政赔偿申请书，但被告未在法定期限内作出行政赔偿决定。故原告依据《中华人民共和国行政诉讼法》第二十六条第二款等法律法规之规定，向人民法院就被告作出的征收和占用、毁坏原告国有承包土地的原行政行为及未依法作出行政赔偿决定提起行政诉讼，并提起行政赔偿诉讼，请求法院依法判决：一、确认被告贺兰县政府、贺兰县水务局在建设”永兴村尹家渠稍补水灌溉工程”过程中征收和占用、毁坏原告国有承包土地339.04亩（以法院委托测量机构测量数据为准）的具体行政行为违法；二、确认被告贺兰县政府和贺兰县水务局在原告申请行政赔偿过程中未依法作出行政赔偿决定的行政行为违法；三、贺兰县政府、贺兰县水务局对征收和占用、毁坏原告承包国有土地补偿和赔偿各项费用及损失7616211.07元（部分损失金额请求法院委托有资质的测量和评估鉴定机构测量和评估为准），或判决被告对占用和毁坏原告国有承包土地作出行政补偿和赔偿决定；四、案件受理费、测量费、评估鉴定费等诉讼费用由被告负担。
原告长恒农业公司为证实自己的主张，向本院提交以下证据：
证据一：1-1宁夏长恒房地产开发有限公司营业执照一份、1-2宁夏长恒房地产开发有限公司组织机构代码证一份、1-3宁夏长恒房地产开发有限公司企业基本信息、企业变更信息各一份、1-4原告长恒农业公司营业执照一份、1-5原告长恒农业公司组织机构代码证一份、1-6原告长恒农业公司企业基本信息、企业变更信息各一份。证明：1、宁夏官湖实业有限公司设立于2002年7月29日，股东有张万宁、曹毓龄、张磊、张莹四人。2006年9月18日宁夏官湖实业有限公司更名为宁夏长恒房地产开发有限公司。2、长恒农业公司设立于2012年3月14日，股东有张磊、宁夏长恒房地产开发有限公司、张万宁。
证据二：2-1宁夏顺峰农牧业开发有限公司企业信息、企业变更信息各一份、2-2《黄河滩涂地使用权转让合同》一份、2-3宁夏计划委员会宁计（农经）发[1996]468号《关于银川市郊区宁夏顺峰综合养殖建设项目建议书的批复》一份、2-4《河滩荒地承包合同》一份、2-5宁夏计划经济委员会《关于宁夏顺峰餐饮娱乐公司开发河滩地的批复》一份。证明：1、1996年2月1日宁夏顺峰餐饮娱乐有限公司设立，公司法定代表人张万宁，该公司2006年6月12日注销。2、1996年12月6日，宁夏顺峰餐饮娱乐有限公司与贺兰县通义乡人民政府签订《河滩地承包合同》，合同约定宁夏顺峰餐饮娱乐有限公司承包位于贺兰县立岗镇星光村黄河沿岸国有河滩地壹仟亩，承包地四至为东起小沙沟，西至星沟东边，南从京星交界，北至护岸林，承包期50年，自1996年12月6日至2046年12月5日，承包费每亩每年25元，每年交一次，在当年11月底前交清。3、1996年12月12日贺兰县计划经济委员会作出贺计经发（1996）119号《关于宁夏顺峰餐饮娱乐公司开发河滩地的批复》，批准宁夏顺峰餐饮公司开发通义乡境内河滩地2200亩。4、宁夏顺峰农牧业开有限公司于1996年12月24日设立，股东有张万宁、张磊、张伦、吴祥四人，2002年11月28日吊销营业执照。5、1996年12月26日宁夏计划委员会作出宁计（农经）发[1996]468号《关于银川市郊区宁夏顺峰综合养殖建设项目建议书的批复》，批准宁夏顺峰农牧开发有限公司综合养殖场。6、1997年10月26日贺兰县通义乡人民政府与宁夏顺峰农牧业开发有限公司签订《黄河滩涂地使用权转让合同》，合同约定贺兰县通义乡人民政府将涉诉本案土地黄河滩涂地1000亩使用权转让给宁夏顺峰农牧业开发有限公司，使用权转让费每亩每年20元，期限1997年11月1日至2027年10月31日止共计30年。
证据三：3-1被告贺兰县政府贺政发[2004]131号《关于宁夏官湖实业有限公司开发国有河滩地的请示》一份、3-2宁夏回族自治区人民政府文件宁政土批字[2004]170号《关于宁夏官湖实业有限公司农业开发使用国有河滩地的批复》一份、3-3《国有土地使用权承包合同》一份。证明：经被告贺兰县政府申报，宁夏回族自治区人民政府批准，贺兰县国土资源局与宁夏官湖实业有限公司就贺兰县立岗镇黄河岸国有河滩地签订《国有土地使用权承包合同》，合同约定承包面积71.07公顷（1066亩），承包期限50年，自2004年11月20日至2054年11月20日止的事实。合同第二条、第三条约定原宁夏顺峰农牧业开发有限公司与贺兰县通义乡人民政府签订的合同继续履行，2027年前的承包费交乡镇，2028年开始交贺兰县国土资源局。
证据四：4-1《国有土地使用权证》复印件一份、4-2土地登记费、工本费票据两张。证明：贺兰县国土资源局于2005年3月29日给宁夏官湖实业有限公司颁发贺国用（2005）第114号《国有土地使用权证》，2006年9月18日宁夏官湖实业有限公司更名为宁夏长恒房地产开发有限公司后，贺兰县国土资源局批准《国有土地使用权证》变更为宁夏长恒房地产开发有限公司，宁夏长恒房地产开发有限公司2012年5月11日缴纳土地登记费及工本费的事实。
证据五：5-12012年2月26日《股东会决议》一份。证明：2012年2月26日，宁夏长恒房地产开发有限公司股东会作出决议，公司进行业务分流，新设宁夏长恒农业综合开发有限公司，经营农业项目，宁夏长恒房地产开发有限公司将涉诉本案的国有土地及承包经营权交由宁夏长恒农业综合开发有限公司经营管理。2012年5月为办理土地证过户至原告长恒农业公司名下，向贺兰县国土资源局提交《股东会决议》的事实。
证据六：6-3原告长恒农业公司缴纳2012-1014承包费票据一张。证明：2012年7月11日，经贺兰县国土资源局批准，涉诉本案的国有土地使用权变更登记至原告长恒农业公司名下，2012年11月12日被告贺兰县政府向长恒农业公司颁发《国有土地使用权证》，长恒农业公司向贺兰县立岗镇农村合作经济经营管理站缴纳2012年至2014年河滩地承包费的事实。
证据七：7-1照片一组、7-2永兴村尹家渠稍补水灌溉工程占用耕地示意图一份。证明：被告实施”永兴村尹家渠稍补水灌溉工程”占用原告长恒农业公司国有承包土地、毁坏耕地的现状及原告长恒农业公司对占用、毁坏耕地面积的测量情况以及赔偿请求计算明细。说明：占用毁坏耕地面积为原告测量，原告长恒农业公司已向人民法院提交测量评估申请书，请求法院委托有资质的测量部门进行测量的数据为准。
证据八：《贺兰县立岗镇永兴村尹家渠稍补水灌溉工程实施方案》。证明：1、涉案水利工程的主办实施单位是被告贺兰县水务局；2、《方案》第3页明确建议工程建设工期安排在2012年春季，计划工期为4个月；3、《方案》第3页测量统计该工程永久占地面积为40亩，均为耕地，方案中有征地工程投资的预算。4、《方案》第29页道路设计中有铺设宽度为4米砂石路面的设计内容。5、《方案》第35页”8.1.3”中明确地方三材均外运，其中对杨水渠所需的土方的设计是外运土方3.2万立方米。【注：实际施工中土方没有按方案外运，而是直接从耕地取土，导致破坏耕地】6、《方案》第40页明确了征地补偿文件依据及补偿标准和征地亩数。
证据九：证明一份、收条三张、收据四张。证明：2012年3至5月期间，原告长恒农业公司为配合政府实施水利工程建设拓宽改造滨河大道至施工地点道路，但拓宽改造道路设计占用农户土地，农户阻挡施工的情况下，原告长恒农业公司垫付政府应付的土地补偿款37.8万余元，并为政府拓宽改造道路供其施工的事实。
证据十：文件四份。证明：2012年至2014年期间，原告向被告贺兰县水务局、贺兰县政府及县委书记等部门反映被告在实施水利工程过程中占用和毁坏国有承包土地，但有关部门一直未给予处理的事实。
证据十一：行政答辩状两份、行政赔偿裁定书、行政裁定书各一份。证明：本案在一审中被告答辩状中认可报告贺兰县政府和报告贺兰县水务局实施水利工程作出收回国有土地的具体行政行为，但其抗辩称其为公共利益实施水利工程有权收回国有土地，其具体行政行为合法的事实。本案有关的第一次诉讼中，一审法院以原告主体资格不适格为由裁定驳回起诉，原告上诉后二审法院裁定发回一审法院重审。
证据十二：行政裁定书两份。证明：本案有关的第二次诉讼中，一审法院以行政复议前置为由裁定驳回起诉，二审法院维持原裁定。
证据十三：行政复议申请书一份、行政赔偿申请书一份、关于提交行政赔偿申请书的说明一份、EMS快递底联及查询单各三份。证明：原告于2016年1月4日向银川市人民政府申请行政复议，但银川市人民政府未作出处理决定。原告长恒农业公司于2016年1月6日向报告贺兰县政府、贺兰县水务局申请补偿和赔偿，但被告贺兰县政府收到申请不出具收件证明，又将EMS拒收退回。被告贺兰县水务局收取申请和EMS，但未作出补偿和赔偿决定的事实。
证据十四：被告贺兰县政府文件、水利工程方案、中标通知书、贺兰县人大政协两会代表议案意见提案涉水工程合同文件、涉水工程简介文件等文件一组。证明：前两次诉讼中被告提供的涉案水利工程有关文件显示，涉案水利工程项目系贺兰县人大政协会议确定的涉水工程。被告贺兰县政府是土地征收主体，被告贺兰县水务局是水利工程实施单位，政府方案中确定的征地补偿标准为18915元/亩，并有垫土方、修建1600米引水渠等项目安排，在预算中有征地补偿、外购土方铺垫等诉讼项目。建设工程由贺兰县水利工程建设管理中心招标发包。
证据十五：15-1《解决毁坏我公司农田和水利设施给予补偿及相关问题的请示报告》、15-2《关于宁夏长恒农业科技综合开发有限公司要求解决农田和水利设施给予补偿及相关问题调查的报告》。证明：被告贺兰县政府及被告贺兰县水务局没有妥善处理涉案土地征收补偿问题。
被告贺兰县政府辩称，1、原告主体不适格；2、原告本次起诉与生效的银川市兴庆区人民法院（2015）兴行初字第59号行政裁定书中的一案属于重复诉讼；3、原告无有效证据证实其提起了有效的行政复议，本案并未经过行政复议的前置程序，依法应当驳回起诉。
被告贺兰县政府向法院提交以下证据：证据一、银川市兴庆区人民法院（2014）兴行初字第20号行政赔偿裁定书一份；证据二、银川市中级人民法院（2014）银行终字第80号行政裁定书一份；证据三、银川市兴庆区人民法院（2015）兴行初字第59号行政裁定书一份；证据四、银川市中级人民法院（2015）银行终字第71号行政裁定书一份。以上证据均可证明：1、原告起诉属于重复起诉，应当驳回；2、该案件属于复议前置案件，原告的起诉违反法律规定，应当驳回；3、原告主体不适格。
被告贺兰县水务局辩称，一、原告不具有诉讼主体资格；二、被告贺兰县水务局并非行政赔偿的主体；三、本案原告属于重复起诉，依法应当驳回；四、原告应当先申请行政复议。原告违反了相关法律规定，属于程序错误。
被告贺兰县水务局向法院提交以下证据：证据一、银川市兴庆区人民法院（2014）兴行初字第20号行政赔偿裁定书一份；证据二、银川市中级人民法院（2014）银行终字第80号行政裁定书一份；证据三、银川市兴庆区人民法院（2015）兴行初字第59号行政裁定书一份；证据四、银川市中级人民法院（2015）银行终字第71号行政裁定书一份。证明：1、原告起诉属于重复起诉，应当驳回；2、该案件属于复议前置案件，原告的起诉违反法律规定，应当驳回；3、原告主体不适格。
经庭审质证，被告贺兰县政府针对原告提交的证据的质证意见：对一、二、三组的真实性、合法性及关联性均无异议，对四、五、六组证据认为与本案没有关联性。对证据二的证明目的不予认可。认为证据2-1、2-2、2-3、2-5均为复印件，对其真实性、合法性、关联性及证明目的均不予认可。对证据2-4：虽为原件，但上有手写添加内容，对其真实性亦不予认可。对证据三的真实性认可，但对其合法性、关联性及证明目的均不认可。对证据四4-1两份《国有土地使用权证》的真实性予以认可，但对其合法性不予认可。从办证时间看灌溉工程已经完成，因此，不存在办证所需标的物。对证据四4-2的真实性予以认可，但对其合法性、关联性、证明目的均不予认可。对证据五的真实性、合法性、关联性及证明目的均不予认可。认为该份证据是原告内部自行制作。对证据六的真实性予以认可，但对其证明目的不认可。对证据七的真实性、合法性、关联性及证明目的均不予认可。认为属于原告单方制作。对证据八认为与本案无关，只是设计院的预案。对证据九的真实性、合法性、关联性及证明目的均不予认可，认为该份证据为证人证言，证人未到庭作证。对证据十认为系原告单方制作，对其真实性、合法性、关联性及证明目的均不予认可。对证据十一的真实性予以认可，但对其证明目的不予认可。二审法院发回并未明确原告所证明的目的。对证据十二的真实性、合法性、关联性无异议。认为本案属于行政复议前置程序。对证据十三的真实性、合法性、关联性及证明目的均不予认可。认为属于原告单方制作，并无银川市人民政府不予受理的决定、政府收到复议申请书的证明材料。对证据十四的真实性、合法性予以认可。认为本组证据与原告没有关联性，对证明目的亦不予认可。对证据十五的真实性、合法性、关联性及证明目的均不予认可。
经庭审质证，贺兰县水务局对原告提交的证据的质证意见：对证据一、二、三的真实性、合法性及关联性均无异议。对证据四、五、六组证据认为与本案没有关联性。对证据二的证明目的不予认可。对证据二2-1、2-2、2-3、2-5认为均为复印件，对其真实性、合法性、关联性及证明目的均不认可。对证据二2-4：虽为原件，但上有手写添加内容，对其真实性亦不认可。认为涉案土地面积达1000亩，贺兰县通义乡人民政府无权对外发包。对证据三的真实性予以认可，但对其合法性、关联性及证明目的均不认可。认为涉案土地77.07公顷被告贺兰县政府无权对外发包，该行为违反法律规定。对证据四4-1两份《国有土地使用权证》的真实性予以认可，但对其合法性不予认可。认为从办证时间看灌溉工程已经完成，因此，不存在办证所需标的物。对证据四4-2的真实性予以认可，但对其合法性、关联性证明目的均不予认可。对证据五的真实性、合法性、关联性及证明目的均不予认可。认为该份证据是原告内部自行制作。对证据六的真实性予以认可，但对其证明目的不予认可。对证据七的真实性、合法性、关联性及证明目的均不予认可。认为属于原告单方制作。对证据八认为与本案无关，只是设计院的预案。通过该实施方案可知，涉案工程占用的是农村集体土地，本案原告提供的证据亦可佐证，涉案工程占用土地和原告的土地性质不符。对证据九的真实性、合法性、关联性及证明目的均不予认可，因该份证据为证人证言，但证人未到庭作证。对证据十认为系原告单方制作，对其真实性、合法性、关联性及证明目的均不予认可。对证据十一的真实性认可，但对其证明目的不予认可。认为二审法院发回并未明确原告所证明的目的。发回的原因是一审法院程序违法，不涉及原告所述被告的具体行政行为的实体问题。对证据十二的真实性、合法性、关联性无异议，本案属于行政复议前置程序。对证据十三的真实性、合法性、关联性及证明目的均不予认可。认为属于原告单方制作，并无银川市人民政府不予受理的决定、政府收到复议申请书的证明材料。该份证据不能看到政府收到该行政赔偿申请书，且被告贺兰县水务局不是行政赔偿的主体。对证据十四的真实性、合法性予以认可。认为本组证据与原告没有关联性，证明目的亦不予认可。认为可以确认涉案工程的合法性，且涉案工程的具体实施单位为兴盛水利工程有限公司，不能够证明原告的各项证明目的。对证据十五的真实性、合法性、关联性及证明目的均不予认可。
经庭审质证，原告长恒农业公司对被告贺兰县政府提交的证据的质证意见：对四份证据的真实性、合法性、关联性均无异议，但对其证明目的有异议。一、涉案土地使用权证办理在原告名下，原告具有诉讼主体资格；二、前两次起诉，法院驳回起诉是裁定驳回起诉，并非判决驳回诉请。原告向银川市人民政府申请行政复议，银川市人民政府未依法处理的情况下，原告提起本案诉讼不属于重复起诉，也已经经过了行政复议程序。
经庭审质证，被告贺兰县水务局对被告贺兰县政府提交的证据的质证意见：对四份证据的真实性、合法性、关联性及证明目的均无异议。证明涉案承包地在2012年的使用权人为宁夏长恒房地产开发有限公司，而非本案原告，原告主体不适格。同时，该组证据可以证实合同的主体应为贺兰县通义乡人民政府与宁夏顺峰餐饮娱乐有限公司，并且涉案工程建设项目系公益项目，由宁夏回族自治区水利厅进行立项，该水利工程具有合法性，原告是该水利工程的最大受益方。
经庭审质证，原告长恒农业公司对被告贺兰县书水务局提交的证据质证意见：证据真实性、合法性、关联性均无异议，证明目的由有异议。一、涉案土地使用权证办理在原告名下，原告具有诉讼主体资格；二、前两次起诉，法院驳回起诉是裁定驳回起诉，并非判决驳回诉请，原告向市政府申请行政复议，市政府未依法处理的情况下，原告提起本案诉讼不属于重复起诉，也已经经过了行政复议程序。若法院认为涉案土地在土地征收和建设水利工程时，使用权人为宁夏长恒房地产开发有限公司，该公司与本案有利害关系，请法院依职权追加宁夏长恒房地产开发有限公司为第三人。
经庭审质证，被告贺兰县政府对贺兰县水务局提交的证据质证意见：均无异议。
本院对上述认证如下：原告提交的证据一至证据六，证据八至证据十五及二被告提交的证据具有真实性、合法性及关联性，本院予以采信。
经审理查明，1996年12月6日，宁夏顺峰餐饮娱乐有限公司与贺兰县通义乡人民政府签订了《河滩地承包合同》，承包位于贺兰县立岗镇星光村黄河岸国有河滩地壹仟亩，承包地四至为东起小沙沟，西至星沟东边，南从京星交界，北至护岸林，承包期限50年，自1996年12月6日至2046年12月5日，承包费每亩每年25元，每年交一次，在当年11月底前交清。1997年10月26日，宁夏顺峰农牧业开发有限公司与贺兰县通义乡人民政府就该位置1066亩河滩地签订《黄河滩涂地使用权转让合同书》，承包地四至为东起小沙沟，西至星义沟东边，南从村民肖汉英承包地交界处，北至护岸林，承包期限30年，自1997年11月1日至2027年10月31日，转让费每亩每年20元，并约定此前签订的河滩地合同作废。每年交一次，在当年11月底前交清。在该合同履行期间，2004年，宁夏官湖实业有限公司与贺兰县国土资源局就该1066亩（71.07公顷）河滩地签订《国有土地使用权承包合同》，约定承包期限为50年，自2004年11月20日至2054年11月20日止。1997年10月30日宁夏顺峰农牧业开发有限公司与贺兰县通义乡人民政府签订的合同于2027年10月30日结束，剩余年限与贺兰县国土资源局签订，承包费每亩每年20元，每年1000亩承包费为2万元，每年11月底前交清，至2027年交土地所属乡镇，2028年开始交贺兰县国土资源局（承包期限内承包费用将根据国家政策变动甲方有权做适当调整），并约定”乙方在土地使用期间，如遇国家建设占用以上土地时，甲方将同乙方协商收回土地使用权，地上附着物由甲、乙双方协商解决”。2012年7月11日，宁夏长恒房地产开发有限公司与原告就该1066亩河滩地签订《河滩地承包经营权流转（转包）合同书》，将该1066亩河滩地经营权转让给原告，流转期限为42年，自2012年7月11日至2054年11月20日，转包租金每亩每年20元，每年租金在当年7月20日前支付给宁夏长恒房地产开发有限公司。2012年11月12日，被告贺兰县政府将该国有河滩地给原告颁发了贺国用（2012）第60094号（面积420000平米）、60095（面积290666平米）国有土地使用权证。
另查明，1996年2月1日，宁夏顺峰餐饮娱乐有限公司成立，法定代表人为张万宁，该公司于2000年6月12日注销。1996年12月24日，宁夏顺峰农牧开发有限公司成立，法定代表人为张万宁，该公司于2002年11月28日注销。2002年7月29日，宁夏官湖实业有限公司成立，法定代表人为张万宁。2006年9月18日，宁夏官湖实业有限公司名称变更为宁夏长恒房地产开发有限公司。2012年2月26日，宁夏长恒房地产开发有限公司决定成立子公司宁夏长恒农业科技综合开发有限公司，注册资本500万（其中张磊出资280万，宁夏长恒房地产开发有限公司出资120万，张万宁出资100万）。2012年3月14日，宁夏长恒农业科技综合开发有限公司成立，法定代表人张磊，经营期限至2022年3月13日。
再查明，2012年2月，根据被告贺兰县政府下发《关于认真办理贺兰县第十六届人民代表大会第五次会议代表议案、建议的通知》和《政协贺兰县第八届委员会第五次会议委员提案、意见建议的通知》，被告贺兰县水务局负责落实涉水工程项目，其中包括贺兰县立岗镇永兴村尹家渠稍补水灌溉工程，工程规模为砌护渠道2.1km,配套建筑物37座。2012年2月28日，被告贺兰县水务局就涉案工程施工单位进行招投标，贺兰县兴盛水利工程有限责任公司中标。该工程2012年3月15日开工，6月份结束，涉案工程占用宁夏长恒房地产开发有限公司承包的国有河滩地，从宁夏长恒房地产开发有限公司承包地内取土修路。工程结束后，原告向被告贺兰县政府、贺兰县水务局要求赔偿未果。2014年5月26日，原告向宁夏回族自治区银川市兴庆区人民法院提起行政诉讼，宁夏回族自治区银川市兴庆区人民法院以原告不具有诉讼主体资格裁定驳回起诉，原告提起上诉，银川市中级人民法院以一审裁定违反法定程序且适用法律错误为由，指令宁夏回族自治区银川市兴庆区人民法院继续审理。宁夏回族自治区银川市兴庆区人民法院继续审理后以原告未提起行政复议直接向法院起诉不符合法定条件为由，裁定驳回原告起诉。原告提起上诉，宁夏回族自治区银川市中级人民法院裁定驳回上诉，维持原裁定，现原告再次起诉至本院，请求判如所请。
本院认为，贺兰县永兴村尹家渠补水灌溉工程施工期间，涉案承包地的使用权人为宁夏长恒房地产开发有限公司，2014年7月11日，宁夏长恒农业房地产开发公司与原告签订合同，将该承包地使用权转让给原告。2012年11月12日贺兰县人民政府将该国有河滩地给原告颁发了贺国用（2012）第60094、60095号国有土地使用权证，因该补水灌溉工程占用涉案土地未予补偿，因此，原告系适格的主体，”补水工程”属于公共利益的建设项目。根据《中华人民共和国土地管理法》第五十八条之规定，为公共利益需要使用国有土地的，可以收归国有土地使用权，对土地使用权人应当给予适当补偿。根据原告提交的证据十三行政复议申请书一份、行政赔偿申请书一份、关于提交行政赔偿申请书的说明一份、EMS快递底联及查询单各三份，可以认定原告已经履行了行政申请复议程序，原告要求确认被告贺兰县政府、贺兰县水务局在建设”永兴村尹家渠稍补水灌溉工程”过程中征收和占用、毁坏原告国有承包土地339.04亩（以法院委托测量机构测量数据为准）的具体行政行为违法的主张不能成立，但应对占用土地使用权人的土地作出补偿决定。综上，依照《中华人民共和国行政诉讼法》第七十二条，《中华人民共和国土地管理法》第五十八条第一款第（一）项、第二款之规定判决如下：
一、被告贺兰县人民政府于本判决生效之日起三十日内对占用原告宁夏长恒农业科技综合开发有限公司的土地作出补偿决定；
二、驳回原告宁夏长恒农业科技综合开发有限公司的其他诉讼请求。
案件受理费50元，由被告贺兰县人民政府负担。
如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于宁夏回族自治区高级人民法院。
审 判 长 王 斐
审 判 员 张 鑫
代理审判员 宁 丽
二〇一七年一月二十二日
书 记 员 韩丽萍