山东省济宁市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2016）鲁08民初32号
原告南通长城建筑安装工程有限公司。
法定代表人蒋根宝，董事长。
委托代理人（特别授权）吴建奇。
委托代理人（特别授权）韩晓峰，山东××律师事务所律师。
被告济宁创业房地产开发有限公司金乡分公司。
负责人齐伟，经理。
委托代理人(特别授权)王湘萍，山东××城律师事务所律师。
被告济宁创业房地产开发有限公司。
法定代表人常友斌，总经理。
委托代理人（特别授权）王湘萍，山东××城律师事务所律师。
被告山东省九星房地产开发有限公司。
法定代表人李志，总经理。
委托代理人(特别授权)刘代双，山东××××律师事务所律师。
原告南通长城建筑安装工程有限公司（以下简称长城公司）与被告济宁创业房地产开发有限公司金乡分公司（以下简称金乡分公司）、济宁创业房地产开发有限公司（以下简称创业公司）、山东省九星房地产开发有限公司（以下简称九星公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院受理后，依法组成合议庭公开开庭进行了审理。原告长城公司委托代理人吴建奇、韩晓峰，被告金某分公司及创业公司的委托代理人王湘萍，被告九星公司委托代理人刘代双到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告长城公司诉称，金某奎星湖花园D1区工程于2009年4月开工，此工程属先开工后办招标等手续的项目。此工程于2009年5月3日公开招标，原告中标。2009年6月10日，原告和被告金某分公司签订了关于金某奎星湖D1区工程的施工合同。后来，由于工程规模的调整，原告和被告金某分公司先后又调整了合同内容，最终，原告和被告金某分公司商定以2009年8月21日签订的《补充协议》作为工程实施合同，被告九星公司系被告金某分公司的担保方。在金某奎星湖花园D1区工程施工阶段，原告一方面组织人力物力精心施工，另一方面于2009年5月20日向被告金某分公司交纳了工程履约保证金100万元，被告九星公司出具了此款收据。根据2009年8月21日签订的《补充协议》第一条的约定“乙方交纳100万元作为工程履约保证金，待乙方机械设备进场后返还50%，基础完成甲方退还完毕。”现本工程早已竣工，但此款经多次催讨，至今仍未退还。金某奎星湖花园D1区工程于2010年11月竣工，原告于2010年12月9日将上述资料送给被告金某分公司。被告金某分公司收下竣工结算书后，安排双方于2011年1月份开始核对金某奎星湖花园D1区工程的竣工结算，工程总造价5320.241979万元，其中土建造价4407.593294万元，水电造价912.648685万元。审计单位是被告金某分公司指定的济宁富某工程造价咨询有限公司。后来，由于春节来临，被迫中止审计。2011年3月2日，被告金某分公司发《工作联系函》给原告，要求继续核对金某奎星湖花园D1区工作的竣工结算。原告派人继续核对竣工结算事宜。但在核对中，如实际施工是木模而被告金某分公司要求按钢模结算，像这样被告金某分公司无理扯皮的事有好几项，导致结算迟迟确定不下来。根据《财政部、建设部关于印发〈建设工程价款结算暂行办法〉的通知》（财建【2004】369号）第十四条第三款“工程竣工结算审查期限”的规定，“5000万元以上，从接到竣工结算报告和完整的竣工结算资料之日起60天为审查期限。”原告于2010年12月将上述资料交给被告金某分公司，被告金某分公司接受后于2011年1月安排本工程审计，但至今已有近400余天，超过了国家规定的审查期限60天。所以原告提出索要工程款也是符合国家规定的。截至目前原告共收到被告支付的工程款3622.053236万元。另外，甲供材392.333016万元。原告多次要求被告金某分公司结清工程欠款888.2167万元，但被告金某分公司以各种理由不予支付。根据民法规定，被告创业公司作为被告金某分公司的总公司，应承担连带责任。被告九星公司是《补充协议》的担保方，理应承担责任。请求法院依法判决：1、三被告向原告支付欠款888.2167万元；2、三被告向原告退还履约保证金100万元；3、诉讼费用由三被告承担。后原告变更诉讼请求，认为2009年8月8日，原被告双方签订了建设合同施工合同，合同约定工程价款采用固定价格方式确定，合同约定的固定价款为5000万元。在合同履行中，被告又多次变更增加工程量，固定价款与增加工程量之和为本工程的总工程量，经核算该工程的总工程量为5320.241979万元，此外原告所缴纳的100万元保证金至今没有退还，请求法院判决：1、三被告偿还拖欠原告的工程款13058557.27元；2、三被告向原告退还履约金100万元；3、诉讼费用由三被告承担。
被告创业公司和被告金某分公司辩称：一、对原告诉讼的工程款数额应当依法审计。二、本案存在违法转包的事实，合同应属无效。原告要求被告创业公司与金某分公司承担连带责任没有事实与法律依据。根据权利义务相等的原则，创业公司及金某分公司在涉案工程施工合同中，没有实际上享有任何权利，也不应当承担义务。
被告九星公司辩称：该案所涉及的工程实际施工人是潘某，是潘某借用原告资质签订的合同，该合同应为无效合同。该案所涉及的工程至今未移交验收，原告至今未向被告提交完整的竣工结算报告，工程款数额无法确定，被告没有付款责任。参照该小区相同楼的已经结算完毕的结算材料，被告已经超付581.81万元，被告不仅不应向原告支付工程款，原告还应当向被告归还多收取的款项。根据原告诉状及证据材料的自认，该案所涉及的工程逾期达340天，根据合同约定原告应当罚款1700万元。2011年1月31日原告向某公司借款200万元，并承诺于2011年2月18日前还清，但至今未还，应抵销100万元保证金，原告还应返还100万元并承担利息。被告创业公司不仅不欠原告的工程款，而且超付580余万元的工程款，故被告九星公司无需承担保证责任。
原告向本院提交以下证据：
证据一、2009年6月3日和2009年6月5日二份中标通知书，证明原告通过招标程序中标涉案工程项目，中标价为6138.5万元。
证据二、2009年8月8日双方签订的《建设工程施工合同》一份，证明：1、本合同是正式的施工合同，且是在建设部门备案的施工合同。2、合同书第2页合同价款为5000万元；合同41页23.2条约定本合同价款采用固定价格合同方式确定，即结算造价为5000万元，承包范围内没有变更不调整。3、专用条款43页27.6条约定，发包人供应材料设备结算方法为无。合同45页47条第二项第二款约定的结算方式为：本工程结算方式为合同价款加经甲方及现场监理总工程师书面认可的设计变更、现场签证后进行结算。4、以上条款均说明5000万元为合同承包范围内的工程结算造价的固定价格。
证据三、关于金某奎星湖D1区甲供材有关事务的联系函及其回复，证明：甲供材已经作为工程款结算，包括在已付工程款范围内，被告应当承担甲供材数额相应税费。
证据四、签证单与签证结算，证明：1、大包干合同以外的签证工程量及结算数额为3202419.79元。2、签证结算造价加上5000万元为涉案工程的结算总金额，共计53202419.79元。
证据五、2010年3月29日对账结果，证明：1、被告收取原告履约保证金100万元。2、截止2010年3月29日被告付款26135132.36元。
证据六、关于将工程款汇入公司指定账户的函，证明已通知被告工程款支付直接汇入原告账户。
证据七、履约保证金收据，证明原告交纳保证金100万元，而被告没有按照合同退还。
被告创业公司、金某分公司对原告提交的证据发表以下质证意见：对证据一因是复印件，不是有效证据。对于证据二的真实性无异议，该合同是无效合同。对于证据三，原告的函件我公司没有收到，不能作为结算依据。对于证据四，均是原告单方制作，应由双方确认。对于证据五的真实性无异议，对数额有异议，应当是26135132.36元。对于证据六不能作为双方结算依据。对于证据七的真实性无异议，在工程款数额确定和工程没有质量问题的情况下，才能确定是否返还。
被告九星公司对原告提交的证据发表以下质证意见：对于证据一，因是复印件，不予质证；对于证据二因实际施工人潘某和被告未履行5000万元垫资所签订的虚假合同，不应作为定案的依据；对于证据三不能作为结算依据，原告自己签订的函，被告方没有收到；对于证据四是原告方单方制作，被告并没有确认；对于证据五，按原审庭审中对清的已付款4000多万元为准；对于证据六原告单方制作，不能作为结算依据；对于证据七真实性无异议，但是根据被告现在核对计算，付款很可能已经超付，在对清已付款和未付款之前，这个保证金不应退还。原告实际施工人潘某在被告方借款200万元，原告方也认可，即使退还保证金也应当在借款中抵销。
被告九星公司向本院提供以下证据：证据一、2009年5月，《补充协议》一份，共4页。
证据二、《项目承包协议书》一份、《传票》一份、《应诉通知书》一份、《起诉状》一份、《工程款结算清单》一份，证据1、2证明：奎星湖花园D区为创业公司负责开发的政府拆迁回迁工程，潘某作为没有资质的实际施工人借用通州市长城建筑安装工程有限公司的名义，与创业公司签订了建设工程施工合同即《补充协议》，承诺垫资5000万元，承揽奎星湖花园D区工程全部工程。随后，潘某又与出借给其施工资质的长城公司签订了《项目承包协议书》，约定潘某对工程施工、管理全面负责，独立承担工程产生的债权债务，长城公司只向实际施工人潘某收取1.6的承包费，其他一概不管。潘某于2012年1月16日以实际施工人的身份，将长城公司、创业公司及九星公司告上法庭，要求四被告支付拖欠工程款170万元。通过以上两份合同和潘某的起诉材料可以证明，潘某作为没有资质的实际施工人借用长城公司的名义，与创业公司签订的2009年5月《补充协议》以及以后签订所有合同、协议，都是无效合同。
证据三、《通知》二份；《保证书》一份，证明：因潘某不能兑现其垫资施工的承诺，拖欠材料款，致使工程进度达不到合同及政府要求，构成违约。2009年7月8日，金某县城建改造会战指挥部下发《关于加快奎星湖花园工程进度的紧急通知》。2009年7月28日，潘某因拖欠70万元钢材款造成工期延误出具《保证书》。
证据四、2009年8月21日《补充协议》一份，证明：因长城公司的实际施工人没有能力履行2009年5月《补充协议》，长城公司的实际施工人又已进入工地实际进行了部分施工，创业公司无奈，又与借用长城公司资质的实际施工人潘某于2009年8月21日签订了《补充协议》，对2009年5月《补充协议》的内容进行了变更。
证据五、实际施工人潘某致创业公司的《函》一张，证明：2010年1月23日，潘某致函创业公司，解释其与分包人产生的矛盾。该证据可以证明，长城公司的实际施工人承包奎星湖花园D区工程后，因其无力施工，又进行了分包。因工程款问题，又与分包人产生矛盾，影响了工程进度。至发函日，约定工期已经届满，长城公司的实际施工人已不能在约定的240天完工。按照长城公司诉状中自认，工程于2009年4月开工，2010年11月竣工，逾期304天。给被告造成巨大损失。
证据六、《对账单》一份，证明：至2010年3月28日，创业公司已付工程款26135132.36元。创业公司在长城公司的实际施工人一再违约的情况下，仍然按照合同约定支付进度款，已达到总工程款的74.83%。
证据七、《关于解除奎星湖花园D区3﹟、10﹟楼施工合同的通知》一份、《剩余工程量签证单》二份、《处理意见》一份、《奎星湖花园D区3﹟、10﹟楼劳务结算证明单》一份，证明：因长城公司的实际施工人施工进度缓慢，且历次出现工人上访事件，各工程均逾期，2010年5月5日，金乡分公司向长城公司的实际施工人送达《关于解除奎星湖花园D区3﹟、10﹟楼施工合同的通知》，实际施工人的工地代表签收。2010年5月9日，发包方、监理方、承包方三方代表签订剩余工程量奎星湖花园D1区3﹟、10﹟楼签证单。2010年5月12日，长城公司的实际施工人潘某、四川昊祥劳务公司代表叶某、土建三队代表李某乙签署《处理意见》。载明：“由长城公司总承包、四川昊祥公司劳务分包的奎星湖花园D1区3﹟、10﹟楼，因种种原因，未能及时按业主要求的进度施工，由业主经三方确认未完工程量后，由业主直接安排施工队进行未完成的工程并进行施工及管理，其费用由业主从工程款中直接扣除”。潘某单方认可的3﹟、10﹟楼剩余工程量为426888.50元。
证据八、《代江苏南通长城建安公司付3﹟、10﹟工程款明细表》一份、《付款凭证》十五份，证明：金乡分公司因3﹟、10﹟号楼剩余工程共支付工程款496275.40元。此款应从长城公司及其实际施工人的承包工程的总造价中扣除。
证据九、《承诺》一份，证明：2010年6月17日，实际施工人潘某再次以长城公司山东分公司的名义向金某分公司出具《承诺》，承认工程未完工，创业公司不欠进度款，并要求提前支付150万元。然后保证主楼在2010年6月30日前完工，外围附属工程在2010年7月20日前完工。并保证在完工之前不再申请工程款，如出现农民工上访事件，长城公司承担一切责任。创业公司提前支付了150万元，但长城公司并未按照承诺时间完工。
证据十、《关于审计报告说明》二份，证明：2010年11月10日，长城公司向创业公司提交奎星湖花园D1区10、11、12号楼的《工程概预算书》，创业公司让长城公司直接提交给了济宁信义工程建设项目管理有限公司。2012年2月28日，济宁信义工程建设项目管理有限公司就不能出具审计报告的原因做了说明。2010年12月22日，长城公司向创业公司提交奎星湖花园D1区6、7、8、9号楼的《工程概预算书》，创业公司让长城公司直接提交给了济宁富某工程造价咨询有限公司。由于长城公司不配合审计，至今不能出具审计报告。2012年2月24日，济宁富某工程造价咨询有限公司就不能出具审计报告的原因做了说明。
证据十一、《工作联系函》一份，证明：2011年3月2日，金某分公司向长城公司发《工作联系函》，要求长城公司抓紧移交工程资料，办理竣工验收及决算。但因长城公司已超额支取了工程款，拒不履行合同义务，致使长城公司所承包的工程至今未能办理竣工验收及决算。
证据十二、《工程造价咨询核定总表》二份，证明：通过已经审定并经三方确认的工程决算审计报告可以证明，奎星湖花园D区工程的平均造价715元／㎡左右，根据长城公司主张的工程量，长城公司承包工程的总造价应为：建筑面积51359.5㎡×715元／㎡＝36722042.5元－496275.40元（扣除证据七、八因3﹟、10﹟楼剩余工程量创业公司所支付工程款）＝36225767.10元，创业公司实际付款加上材料款42043862.52元，已超额付款5818095.42元。
证据十三、《借据》一份，证明：2011年1月31日，长城公司山东分公司向某公司借款200万元，用于支付奎星湖花园D1区工程农民工工资，并承诺在2011年2月18日之前还清。该款至今未还，所以九星公司不仅不应退还100万元保证金，长城公司还应偿还九星公司100万元。
原告对被告九星公司提供的证据发表以下质证意见：对于证据一补充协议的真实性无异议，该协议与2008年备案的合同不一致。对于证据二工程结算书真实性无异议，对其他材料有异议，项目承包合同、项目承包协议书并不能证明九星公司的质证意见。在此需要说明的是九星公司认为2009年5月份的补充协议是无效合同，对这一结论我方没有其它异议，但该协议无效，并不是因为潘某的问题，而是因与备案合同不一致。对于证据三的真实性有异议，对于保证书，九星公司提供的是2009年7月28日所谓的潘某的保证书的复印件，保证书时间是2009年7月28日，是在2009年8月8日备案合同之前所作出的，对于2009年8月8日的合同没有任何异议。九星公司提交的证据三不能证实其所证明的目的。对于证据四真实性无异议，根据最高人民法院的司法解释，应以备案合同为准，同时该补充协议也不能证实是否有资质的问题，九星公司提到是因为潘某的问题，我们认为潘某的问题不能影响原被告之间的合同。对于证据五是复印件不予质证。对于证据六，对账单的真实性无异议，对其所证明的问题有异议。对于证据七，通知书原告没有收到，对于其余几份复印件原告也没有见到过，因被告提供的是复印件，原告不予质证。对于证据八，该明细表没有原告一方的任何签字或盖章，只是金某分公司自行制作的，缺乏证据形式要件，且为复印件，不能作为本案的定案依据。对于证据九的真实性无异议，但承诺书内容中并没有记载被告刚才的质证意见，被告对此的质证意见是脱离承诺书本身之外所作出的言词，所以被告的质证意见没有任何事实依据。对于证据十有异议，该报告内容不符合事实。对于证据十一的真实性无异议，同时证明该工程已经完工。对于证据十二有异议，该工程总表中没有原告方的签字或盖章。该工程总表中所涉工程是否为原告施工的，无法确认。对于证据十三，对借据本身没有异议。该借据的借款人为长城公司，不能冲抵，因我方要求九星公司承担的是担保责任。另外补充三点质证意见。首先对证据四，即补充协议的来源，该份补充协议是根据2009年8月8日双方签订的合同23.2条“风险范围以外合同价款调整方法：见补充协议”的约定这一条作出的。很明显2009年8月21日的补充协议是对主合同风险范围以外工程价款调整的约定，同时需要说明的是在2009年8月21日的补充协议中第七条约定，变更部分的内容除另有规定外均执行以上各项条款。补充协议纯粹是对变更内容或风险范围以外内容的约定，这就符合了2009年8月8日主合同第47条约定的本工程结算方式为合同价款加经甲方即现场监理总工程师书面认可的设计变更，现场签证后进行结算。二、对于证据六2010年3月29日对账单第四项，长城公司金某奎星湖D1区项目部向金某分公司交纳保证金100万元。根据被告提交的2009年8月21日补充协议，被告九星公司属于开发项目的担保人，并且亲自收取了100万元的保证金。对于证据十三，我方认为被告所要证明的问题是不符合事实的，被告九星公司作为共同履行的担保人有义务替被告创业公司支付工程款。原告原向其借款已经抵顶了应当支付的工程款，而且至今三被告仍欠我方1300余万元，所以被告无权提出主张抵销的权利。对于被告主张的其已经支付4000余万元工程款的观点我方不予认可，请求被告向法庭提交证据证实这一观点。
被告创业公司、金某分公司未向本院提供证据。
经审理查明，2009年9月3日，通州市长城建筑安装工程公司名称变更为南通长城建筑安装工程有限公司。
2009年6月10日，创业公司作为甲方，通州市长城建筑安装工程公司作为乙方，九星公司作为丙方，三方共同签订一份《补充协议》，协议约定：一、甲方将金乡奎星湖花园D区1#--12#楼，16#--18#楼工程发包给乙方，乙方愿将工程结算造价3%作为工程承包优惠价。乙方愿垫资5000万元的工程量。乙方应交纳金某城建指挥部农民工保证金100万与交纳工程履约保证金100万元，待乙方机械设备进场后返还50%，基础完成后甲方返还完毕。二、工程价款结算执行2003年《山东省建筑工程消耗量定额》，其费率、规税金及法律、法规等政策性调整执行合同签订时政府发布的相关文件，定额人工费按43元／工日计取。三、工程材料：主材及部分装饰材料参照当地市场价，辅材价格执行合同签订时济宁市市场指导价，施工期间价格浮动±5%时结算时不再调整。四、弱电部分主材由甲方提供，在付款时扣除。五、工程发包范围：1、土方、桩基、电梯、消防等由甲方另行组织施工，其费用不计入工程结算。乙方不再向分包施工方、建设单位收取任何其他费用，若对乙方造成费用则由甲方现场签证。2、进户门、窗、保温等由甲方另行组织施工，其费用不计入工程结算，乙方收取造价的2%的管理配合费。六、付款方式：1、乙方施工工程量完成5000万元时，甲方7日内支付已完5000万元工程量的75%。2、乙方每月25日报已完工量。3、工程付至85%时达到分户验收，验收合格。4、竣工后3个月内结算完毕。七、变更部分的内容除另有规定外均执行以上各项条款。双方还约定其他内容。
2009年8月8日，金某分公司作为发包人，通州市长城建筑安装工程公司作为承包人，双方共同签订一份建设工程施工合同，合同约定由通州市长城建筑安装工程公司承建金某奎星湖花园D1区工程，内容为承建1#、2#、3#、5#、6#、7#商住楼（金司路以西）8#、9#、10#、11#、12#、16#、17#、18#住宅楼。工程承包范围：除塑钢门窗、塑钢推拉门、防盗门、楼宇对讲门、内门、车库门、储藏室门、墙体保温、楼板保温、护棂及采暖部分以外的土建、装饰及安装等全部工程。质量标准：合格。合同价款5000万元。合同专用条款第23.2条约定：本合同价款采用固定价格合同方式确定。风险范围以外合同价款调整方法见补充协议。合同专用条款第26条约定，工程款（进度款）支付的方式和时间见补充合同。合同第47条为补充条款，约定：“一、承包人向发包人签订合同之日起交纳工程工期履约保证金和工程质量履约保证金。二、双方约定的工程款支付方式和时间：工程进度款的支付按各栋楼各自进度款拨付，乙方按施工形象进度控制点完成工程施工且质量合格，经业主和监理有关人员签字确认后支付工程进度款。本工程结算方式为合同价款加经甲方及现场监理总工程师书面认可的设计变更、现场签证后进行结算。三、本工程甩项部分，乙方负有总包责任并负责质量验收及专项工程交验。总包管理费进户门、窗、外墙保温、地暖等由甲方另行组织施工，其费用不计入工程结算，实际施工过程中，乙方只收取该部分门窗、保温实际面积计算后其造价的2%的管理配合费，乙方不再计取其他费用，并给予积极配合。四、本工程除甲方供应的材料外均由乙方进行采购。补充条款第十五条约定：本合同与补充协议不一致之处，以补充协议为准”。
2009年8月21日，被告创业公司作为甲方，通州市长城建筑安装工程公司作为乙方，被告九星公司作为丙方（担保方），三方共同签订一份《补充协议》，协议约定：一、甲方将金乡奎星湖花园D区1#--12#楼，16#--18#楼工程发包给乙方，乙方愿将工程结算造价3%作为工程承包优惠价。乙方交纳100万元作为工程履约保证金，待乙方机械设备进场后返还50%，基础完成后甲方返还完毕。二、工程价款结算执行2003年《山东省建筑工程消耗量定额》，其费率、规税金及法律、法规等政策性调整执行合同签订时政府发布的相关文件，定额人工费按38元／工日计取。三、工程材料：主材及部分装饰材料参照当地市场价，由甲方发布价格或由甲乙双方共同考察，共同签证后进入结算，辅材价格执行合同签订时济宁市市场指导价，除另有规定外结算进不再调整。四、弱电部分主材由甲方提供，不进入工程结算，施工单位只计取人工费用及辅材费用。五、工程发包范围：1、土方、桩基、电梯、消防等由甲方另行组织施工，其费用不计入工程结算。乙方不再向分包施工方、建设单位收取任何其他费用。2、进户门、窗、保温等由甲方另行组织施工，其费用不计入工程结算，实际施工过程中，乙方除收取该部分门窗、保温实际面积计算后其造价的2%的管理配合费。六、付款方式：（暂按680元／㎡）。1、主体三层完成付总造价的20%。2、主体五层完成付总造价的15%……，工程款付至80%时达到分户验收合格。质监站验收合格之日起3个月内结算完毕后15日内付至工程量总造价的95%，余款5%作为质保金，质保期满14日内返还乙方。七、变更部分的内容除另有规定外均执行以上各项条款。八、其它条款。1、所有单幢工程均应达到合格。多层及商业工程按240天。2、施工中应符合工程验收相关的文明施工等。3、工程进度款的支付：乙方按付款进度提交工程量，经业主和监理有关人员签字确认后5天内支付工程进度款。4、乙方若因自身原因未能按合同工期完工，按每拖延一天给予1‰罚款的违约责任。5、相关说明：（1）工程竣工时，工程范围内的建筑垃圾应清运出场。（2）需要变更做法的另行签证。（3）原2009年6月6日签订合同及2009年6月10日签订的补充协议失效，均以该补充协议为结算依据。
2009年5月20日,通州市长城建筑安装工程公司向被告九星公司交纳合同履约保证金100万元。2011年1月31日，南通长城建筑安装工程有限公司山东分公司向某公司借款200万元，并出具借据一份，承诺于2011年2月18日前偿还清。
关于已付工程款数额，原告认可已收到36220532.36元，包括甲方供材和200万元的借款。被告则主张其已支付42043862.52元，其中支付现金38120532.36元（含200万元借款）、甲供材3923330.16元。另，被告主张因本案所涉3号楼、4号楼剩余工程另行发包他人，支付给其他承包人485867.97元，该款也应从工程总造价中扣除。
对于原告施工完成的工程价款，需要通过鉴定结论予以认定。本院于2016年3月11日向原告邮寄送达《提交鉴定申请通知》，通知原告提交鉴定申请书，并告知其鉴定范围和不提交鉴定申请的法律后果。原告于2016年3月18日向本院提交了鉴定申请书，申请对涉案工程的签证和变更部分共计320241979元进行鉴定。本院于2016年4月18日再次通知原告提交对涉案全部工程量进行鉴定的申请。原告于2016年4月22日，向本院再次提交鉴定申请，申请对涉案工程的签证和变更部分共计320241979元进行鉴定。
本院认为，本案各方当事人争议的焦点问题有：一是原、被告签订的合同是否有效。二是工程款的结算方式方法问题。
关于焦点一，因原告与被告均系具有民事行为能力的法人，双方签订的合同、补充协议系其真实意思表示，不违反法律、法规的禁止性规定，故原告与被告之间签订的合同和补充协议有效，对于被告九星公司提出的合同、补充协议无效的主张，本院不予采信。
关于焦点二，本案系建设工程施工合同纠纷，对于被告是否欠原告工程款，应该在查明原告施工的工程总价款和被告已支付原告工程款数额等事实的基础上加以认定。原告主张其施工的工程价款包括2009年8月8日合同固定总价5000万元和设计变更与签证部分320.241979万元。对于原告的主张，被告九星公司不予认可，被告九星公司认为本案工程价款应按照2009年8月21日双方签订的补充协议决算。本院认为，原告与被告于2009年8月8日签订合同约定：“本工程结算方式为合同价款加经甲方及现场监理总工程师书面认可的设计变更、现场签证后进行结算。本合同与补充协议不一致之处，以补充协议为准”，原告在诉状中自认双方履行的是2009年8月21日的补充协议，在庭审中自认2009年8月8日的合同中所涉补充协议为2009年8月21日的补充协议，而原被告双方于2009年8月21日签订的补充协议第二至七条，对工程结算方式进行了变更，故对原告施工的工程应进行全部鉴定，以确认原告施工的工程总造价。在本案审理过程中，本院两次通知原告，要求其提交鉴定申请书，并告知其鉴定范围和不提交鉴定申请的法律后果。但原告未提交对其施工的工程进行全部鉴定的申请。在本案第二次庭审过程中，原告亦坚持认为合同是固定价款，不申请对整个工程进行鉴定。因对于双方争议的工程总造价，原告不提出鉴定申请，致使对案件争议的事实无法通过鉴定意见予认定的，应对该事实承担举证不能的法律后果。故对原告要求被告支付工程款的诉讼请求，本院不予支持。另，对于原告主张的保证金，与本案履行合同有关，因本案不能确认被告是否欠原告工程款，且保证金系被告九星公司收取的，被告提出原告借其款项未还，应予抵销，符合法律规定，故对原告提出的要求退还保证金的主张，本院不予支持。依照《中华人民共和国合同法》第九十一条第一款第（三）项、《中华人民共和国民事诉讼法》第三十九条、第六十五条、第一百三十四条、第一百四十二条之规定，判决如下：
驳回原告南通长城建筑安装工程有限公司的诉讼请求。
案件受理费111151元由原告南通长城建筑安装工程有限公司负担。
如不服本判决，可在本判决书送达之日起十五日内向本院提交上诉状，并按对方当事人的人数提交副本，上诉于山东省高级人民法院。
审 判 长 孔剑勋
代理审判员 李汉平
人民陪审员 刘 波
二〇一六年五月十七日
书 记 员 王 晨