福建省平潭县人民法院
民 事 判 决 书
（2017）闽0128民初872号
原告：吴善，男，1977年9月4日出生，汉族，住福建省平潭县。
委托诉讼代理人：丁宏学，北京广渠律师事务所律师。
委托诉讼代理人：贺欢，北京市德达律师事务所律师。
被告：平潭西航实业集团有限公司，住所地福建省平潭县城关西航路北段。
法定代表人：周廷艳，董事长。
委托诉讼代理人：蔡晨思，男，1981年4月25日出生，汉族，住上海市徐汇区（系公司员工）。
委托诉讼代理人：薛晓琴，女，1993年5月7日出生，汉族，福建省平潭县号（系公司员工）。
原告吴善与被告平潭西航实业集团有限公司（下称西航公司）商品房预售合同纠纷一案，本院于2017年2月27日立案后，依法适用简易程序，公开开庭进行了审理。原告吴善的委托诉讼代理人丁宏学、贺欢、被告西航公司的委托诉讼代理人蔡晨思、薛晓琴到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
吴善向本院提出诉讼请求：1.1.依法判令西航公司向房屋权属登记机构办理吴善所购房屋所有权初始预登记并交付吴善；2.判令西航公司协助吴善办理房屋权属登记：3.判令西航公司自2014年6月28日起，按已付购房款的0.01％向吴善支付逾期违约金（至2016年12月31日止违约金为19.4129万元），至实际取得不动产所有权证之日止。事实与理由：2013年2月25日，吴善与西航公司签订了《商品房买卖合同》，出资211.7010万元购买西航公司开发住宅性用房，房屋面积168.07平方米。虽然房屋已交付，但西航公司至今仍未能依约为吴善办理房屋所有权初始预登记，吴善无法取得房屋所有权证书，西航公司已构成违约，请求法院依法判如所请。
西航公司辩称，本案不存在逾期办证问题。根据合同补充条款第五条约定，该条款是对合同中约定办证时间的修改。未办理小区总登非西航公司原因，系部分业主擅自变更房屋设计结构封包阳台所致，在物业数次通知其整改的情况下，拒不整改导致规划验收无法通过，无法办证。因荷花变电站改址，也造成无法验收。由于国家政策要求房产证、土地证两证合一，办证机关暂停办理，根据补充协议第五条的约定，非西航公司原因造成无法办证的，逾期办证时间应予以扣除，本案已超过诉讼时效，请求驳回吴善的诉讼请求。
本案当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证，双方对对方证据的真实性均无异议，本院予以确认并在卷佐证。
本院经审理认定事实如下：
2013年2月25日，吴善与西航公司签订了位于西航海滨城二期CD区**幢**号商品房事宜，签订了《合同》、《合同补充协议》、前期物业协议、业主临时公约，总价款为211.7010万元。《合同》第十四条约定，买受人不能在商品房交付使用后90日内取得房屋权属证书的，合同继续履行的，出卖人按日向买受人支付已付款0.01％的违约金。《合同补充协议》，对《商品房买卖合同》第十四条进行变更，约定本项目总登后，由出卖人通知买受人办理产权证…。产权登记过程中，如因政府相关部门办理工作耽误，产权登记和房屋权属证书可合理顺延。合同签订后，吴善依约交纳了全部购房款。吴善向西航公司交纳了代办证费及契税、公共维修基金费。
2014年11月4日双方办理了房屋交付手续。吴善对所购买房屋的北面阳台封包改为厨房及私自将入户门（防盗门）更改拆除，西航公司曾于2015年4月18日发出整改通知书，为此，吴善妻子高仁娟于2015年5月15日、6月22日和6月30日代吴善分别签订了四份承诺书，若因此改动而引起的消防验收不过关、产权出证等一切责任问题由本人承担，与开发商和物业公司无关。
2014年7月1日，福州市勘测院平潭分院出具了《关于西航海滨城二期CD区海坛金城项目规划建筑竣工测量的说明函》，指明原C区1＃-3＃、5＃、D区1＃-3＃、5＃-7＃楼原规划审批均为敞开阳台，经实地勘测，发现CD区所有楼栋部分楼层南北两侧阳台现状围合成封闭阳台，与审批的建筑施工图不一致。对此，本院发函致福建省平潭综合实验区规划局和平潭综合实验区不动产登记中心，该两个单位复函认为，建设单位向福建省平潭综合实验区规划局申请建设工程竣工规划条件核实需提交《建设工程竣工测量报告》，该报告由申请单位自行委托具有相关资质的勘测单位出具，福州市勘测院平潭分院具有该资质。房地产开发项目，用户要办理《不动产权证书》，首先开发商要办理国有建设用地使用权及房屋所有权首次登记，根据《不动产登记暂行条例实施细则》第三十五条规定，该首次登记必须提供建设工程符合规划的材料，包括建设工程规划许可证和建设工程规划条件核实意见书。若规划局在规划核实时发现建筑实地勘测与审批的建筑施工图不一致，未予通过规划核实的，就无法予以办理权属登记。
本院认为，《商品房买卖合同》及《合同补充协议》未违反法律、行政法规的禁止性规定，合法有效，双方当事人均应按照合同约定履行各自的义务。吴善依约交纳了全部购房款所购及相关代办证费用，按双方合同约定，西航公司应履行向当地房屋权属登记机构办理房屋所有权初始预登记并协助吴善办理房屋权属登记的义务。现因吴善所购买的房屋所在小区存在部分业主（包括吴善本人）将南北两侧阳台进行封包及违章搭建行为，导致该小区的建设工程规划条件核实意见书无法出具，亦无法办理相关权属登记手续。但西航公司并不能因此免除合同约定的相关权属登记义务，吴善在拆除违章搭建物后仍可要求西航公司办理相关权属登记。因此，西航公司应于吴善拆除违章搭建物之日起90日内代为办理房屋所有权初始预登记并协助吴善办理房屋权属登记。
关于逾期办证违约金，因吴善在内的部分业主违法封包导致案涉小区的建设工程规划条件核实意见书无法出具。根据平潭综合实验区不动产登记中心复函，首次登记必须提供建设工程符合规划的材料，包括建设工程规划许可证和建设工程规划条件核实意见书。若规划局在规划核实时发现建筑实地勘测与审批的建筑施工图不一致，未予通过规划核实的，就无法予以办理权属登记，故吴善对案涉房屋无法办理相关权属登记存在一定过错。另，吴善的妻子高仁娟作为完全民事行为能力人，其自愿代吴善签订四份《承诺书》承诺“若因此改动而引起的消防验收不过关、产权出证等一切责任问题由本人承担，与开发商和物业公司无关”，故吴善主张西航公司支付逾期办证违约金缺乏事实及法律依据，本院不予支持。
综上所述，西航公司应于吴善拆除违章搭建物之日起90日内代为吴善办理房屋所有权初始预登记并协助吴善办理房屋权属登记，对吴善主张的逾期办证违约金本院不予支持。依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条规定，判决如下：
一、平潭西航实业集团有限公司应于吴善拆除违章搭建物之日起90日内代吴善办妥坐落于西航海滨城二期CD区**幢**号商品房的所有权初始预登记并协助吴善办理上述房产的不动产权属登记手续；
二、驳回吴善其他诉讼请求。
案件受理费4182元，减半收取计2091元，由吴善负担。
如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于福州市中级人民法院。
审判员 吴岚芳
二〇一七年八月二十四日
书记员 林子能
附：1、本案适用的主要法律条文
《中华人民共和国合同法》
第六十条当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
当事人应当遵循诚实信用原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。
第一百零七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
2、申请执行提示
《中华人民共和国民事诉讼法》
第二百三十九条申请执行的期间为二年。申请执行时效的中止、中断，适用法律有关诉讼时效中止、中断的规定。
前款规定的期间，从法律文书规定履行期间的最后一日起计算；法律文书规定分期履行的，从规定的每次履行期间的最后一日起计算；法律文书未规定履行期间的，从法律文书生效之日起计算。