广东省大埔县人民法院
民 事 判 决 书
（2017）粤1422民初740号
原告（反诉被告）：林仕立，男，汉族，1965年10月1日出生，现住大埔县。
委托代理人：徐振西，大埔县茶阳镇法律服务所法律工作者。
被告（反诉原告）:李锡林，男，汉族，1967年3月16日出生，住址：深圳市罗湖区。
委托代理人：梁远强，广东客中梅律师事务所律师。
委托代理人：邓光新，广东宏泰律师事务所律师。
第三人：梅州粤佳房地产有限公司，社会统一信用代码：914414225701316193，住所：大埔县湖寮镇万川路103号三楼。
法定代表人：林志胜。
原告（反诉被告）林仕立诉被告（反诉原告）李锡林、第三人梅州粤佳房地产有限公司（以下简称粤佳公司）合资、合作开发房地产合同纠纷一案，本院于2017年7月31日立案受理，依法组成合议庭公开开庭进行了审理。原告（反诉被告）林仕立及其委托代理人徐振西，被告（反诉原告）李锡林的委托代理人梁远强、邓光新到庭参加诉讼，第三人梅州粤佳房地产有限公司经本院合法传唤无正当理由未到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告（反诉被告）林仕立向本院提出诉讼请求：1、确认原告和被告签订的《合作建房协议书》和《新村邑候第新兴大厦原业主新户补充协议》合法有效。被告向原告交付新兴大厦套房、店铺、车库房屋产权证；2、判令被告向原告支付新兴大厦合作建房面积不足差额补偿款269800元；逾期交套房、车库租房补贴和店铺出租收入损失共100800元；泥木旧房补偿款42000元；被告向原告支付违约金239522.4元，以上四项合计652122.4元。扣除押金300000元后，应赔偿原告各项损失352122.4元；3、被告承担本案的全部诉讼费。
事实和理由：2010年11月14日，被告李锡林代表大埔县京都房地产开发有限责任公司（2011年8月11日变更为大埔县京都实业发展有限公司）与原告及其兄林仕标签订了《合作建房协议书》。原告及其兄林仕标将座落在大埔××××新村邑候第约1800㎡的土地与被告李锡林合作，原告及其胞兄林仕标出土地，被告李锡林全额出资合作新建9层（后改建为17层）楼房，双方约定交新房时间为2012年5月13日。
被告李锡林到交房时，工程未竣工验收。2012年12月30日，原告又与被告李锡林协商，双方签订了《新村邑候第新兴大厦原业主新户补充协议》，大埔县新兴大厦售楼部（经工商部门核查大埔县新兴大厦售楼部未注册）对该补充协议进行了确认。原告分得房产调整为：新兴大厦A1101号套房一间，面积130㎡；4号店铺一间，面积75㎡；4号车库一间，面积25㎡、夹层25㎡；杂物间89号，面积10㎡。由于被告李锡林工程延期，直到2015年5月15日才交付以上房产，逾期36个月交房，因逾期交房，导致原告延长租房，套房、车库按每月400元计，店铺按每月出租收入2000元计，此项损失为100800元。
被告李锡林至今未将套房、店铺、车库房屋产权证交付给原告。经房管部门测量，套房、店铺、车库实际面积与双方协议约定的面积不符，套房面积116㎡，相差14㎡；店铺面积64.3㎡，相差10.7㎡；车库实际面积23㎡，相差2㎡。按照双方协议约定单价，套房、店铺、车库分别按4800元/㎡、18000元/㎡和5000元/㎡计，不足面积部分应补偿269800元。此外，原告前排泥木旧房35㎡也未作补偿，按1200元/平方计，应补偿原告42000元。
原告认为，原、被告签订的《合作建房协议书》和《新村邑候第新兴大厦原业主新户补充协议》合法有效，被告李锡林没有严格履行双方订立的协议条款，已经构成违约，给原告造成了严重的经济损失，除应当履行的给付义务外，还应当承担赔偿原告损失的违约责任。根据双方协议约定，违约金按照原告分配楼房面积折价的总房款1108900元，利率按6厘计，违约金为239522.4元。
经原告多次与被告李锡林协商，要求交付房屋产权证，结清账目，但被告李锡林一拖再拖，一直未得到妥善解决，为维护原告的合法权益，特此诉状，请求法院支持原告的诉讼请求。
被告（反诉原告）李锡林提出如下答辩意见：
一、关于本案的主体问题。被告与林氏兄弟签订协议之初，欲成立名为“大埔县京都房地产开发有限责任公司”的公司来开发涉案房产，后来未注册此公司，后被告将涉案房产交由梅州粤佳房地产有限公司开发。
二、关于原告要求交付新兴大厦套房、店铺、车库房屋产权证的诉求。根据《合作建房协议书》第六页之约定，原告应在工程竣工验收合格后退回押金给被告，工程竣工验收时间为2015年4月24日，至今已近两年半，原告仍未将保证金返回给被告，在原告返回保证金给被告后，被告自会交付相关产权证给原告。但其中的车库、杂间、夹层，根据协议约定，一律不办理房产地产权证。
三、关于原告要求被告支付面积不足差额补偿款269800元的诉讼请求。1、按照双方签订的《合作建房协议书》《新村邑侯第新兴大厦原业主新户补充协议》的约定，面积的计算方式为投影面积，而非建筑面积或实用面积。原告提交的面积计算差均以建筑面积计算是错误的，原告需提交证据证明投影面积差额，才能获得补偿，否则应承担举证不能的后果。2、《合作建房协议书》第3页第九条更是明确约定补偿甲方所属的店铺、套房《房产证》面积和土地分摊面积以国土局、房管局颁发的证件为准。即，房产证记载面积即为原告应受补偿的面积。3、《新村邑候第新兴大厦原业主新户补充协议》第1条载明经双方协商一致，将原来的501房调整为A1101号房，表示双方同意“以套换套”的形式，将底层低价值房产置换为高层高价值房产，并不存在面积及差价补偿的问题，同时也在合同中特别注明“面积以房屋产权证为结算标准”，表示最终面积以房产证为准，合同第2条也载明，无需补偿差价。4、即使按照原告的要求补偿其差价，关于补偿的单价，双方签订的《合作建房协议书》第3页第六条已经明确记载套房及商铺候补夹层为2380元/㎡，店铺为7800元/㎡，车库及杂间为3300元/㎡。原告毫无根据漫天要价，请求法院予以驳回。
四、关于逾期交房的问题。1、合同约定为开工之后十二个月为建低层，后改期交房为建高层，需要更长的行政审批时间，需要更长的建筑时间，还应扣除雨季不能施工时间。2、《建设工程施工许可证》于2013年1月7日方才下发，即使按照原协议约定十二个月交房，开工起算点的日期为2013年1月7日。3、被告通知原告前来办理交房手续，原告未来。因此原告认为逾期交房时间是错误的。4.逾期交房补偿款的问题。即使被告存在逾期交房情形，按照双方《合作建房协议书》第十五条的约定，逾期交楼的，原告有权按分配的楼房面积折价的总房款向乙方追究违约责任，当原告的实际损失超过违约利息时，被告应据实赔偿差额。因此，原告不能既要求违约利息，又要求租赁损失。
五、关于泥木旧房补偿款42000元的问题。在《合作建房协议书》附件三《原土地业主房产补偿表》中，已载原告全部应享有的补偿，其所谓泥木旧房根本不存在，也无从测量，请求法院予以驳回。
综上所述，请求法院驳回原告的诉讼请求。
被告（反诉原告）李锡林反诉请求：1、判决反诉被告返还反诉原告押金300000元并支付利息（以300000元为本金，从2015年5月15日开始按中国人民银行同期同类贷款利率计付至所有押金还清为止）；2、本案的诉讼费由反诉被告承担。
事实与理由：反诉原告与反诉被告于2010年11月14日签订《合作建房协议书》，约定反诉被告用其位于大埔××××新村邑侯第地块与反诉原告出资共同合作建房。按该协议附件3的约定，反诉原告需支付300000元押金给反诉被告，反诉被告需在工程竣工验合格后退回。反诉原告如约支付了押金并履行了《合作建房协议书》约定的其他义务，但反诉被告未在工程竣工验收合格后将押金退回，反诉原告提起本次反诉，请法院判决支持反诉请求。
原告（反诉被告）林仕立反诉答辩意见如下：1、反诉原告的反诉请求没有任何依据，理由是双方签订的协议附件三里已经说明这300000元押金在新楼竣工验收后归还，但没有约定具体归还时间；2、反诉原告到目前为止都未曾把房产证交给反诉被告，所以什么时候验收我们不清楚，到目前为止对差价、面积差额、差价金额都一直未曾结算，所以我们没有理由将300000元押金退还；3、反诉原告所主张的权利，没有法律依据，所以请求法院驳回反诉原告的诉讼请求。
第三人粤佳公司述称：首先，本案源于原、被告之间于2010年11月14日签订《合作旧房改造协议》及2012年12月30日《新村邑候第新兴大厦原业主新户确认协议》。原、被告之间履行《合作旧房改造协议》发生的纠纷，第三人不是该《合作旧房改造协议》的当事方，根据合同相对性原则，第三人对《合作旧房改造协议》不具有权利义务关系，该合同如何履行、是否存在违约等均与第三人无关。其次，第三人只是李锡林在涉案的旧房改造项目（新兴大厦商住楼）挂靠的报建和施工单位。本案中被告李锡林在与原告合作开发新兴大厦均是自己全额投资资金，也是自己经营新兴大厦商品房的销售，只是借我公司的资质才能在住建局报建，我公司均不参与涉案的新兴大厦资金投入，建好后也未参与销售和利润的分配，只收取挂靠的管理费。本案系《合作旧房改造协议》的协议双方内部争议，而非第三人与原告或被告之间或双方在房屋建设活动中发生的纠纷，两者之间属于不同的法律关系。综上，第三人粤佳公司对本案不存在任何权利义务关系，原、被告之间的争议与第三人无关。
本院经审理认定事实如下：林仕立、林仕标（甲方）与大埔县京都房地产开发有限公司（乙方）于2010年11月14日签订了《大埔县城青梅路<新村邑候第>旧房改造合作建房协议书》（以下简称《合作建房协议书》），约定：一、合作建房总则：甲方土地落座于大埔县青梅路新村邑候第，总占地面积约1800㎡，其中临青梅路前排泥木旧房；后排三幢钢筋水泥屋及空地菜地，经甲、乙双方现场勘察，预测可建一幢九层楼房，经初步设计方案：第一层为12间店铺，后部7间车库和5间杂间，第二层南半部4套房，北半部44间杂间，三至九层建套房，准确设计方案待规划部门放正规红线及正规图纸设计为准。二、合作方式：经甲、乙双方商议（以土地换新房原则），甲方出土地，乙方全额出资合作新建九层楼房。改建后的楼房，除甲方取得以地换房或店的面积以外，其余归乙方自主经营。三、土地补偿：1、（临青梅路）前排泥木旧房前至旁边新楼阳台滴水垂直横线至后15米按占地面积以新商铺面积补偿，原一平方补一平方面积，（泥木旧房以前后顶层滴水计算面积）。前排泥木旧房第二层楼按投影面积每平方补偿1200元计算。2、后排三幢楼房按每层建筑投影计算面积，原一平方补一平方新套房。3、其他空地、菜地除去前排至后15米之外，原一平方补一平方新套房。4、甲方补偿的面积根据甲、乙双方丈量原房产及空地面积经双方认可为准。六、补偿房产定价：1、套房每平方面积定为平均价2380元。（按投影面积含分摊面积计算）2、店铺每平方面积定为7800元。（按投影面积计算）3、商铺后部夹层每平方2380元（按实建面积计算）4、车库每平方定为3300元、杂间每平方定为3300元。（按建筑面积计算）七、结算方式：1、分配甲方房产时，出面面积差额，以上述价格为准进行相互补偿。2、结算时间在新楼房主体封顶后半个月内（即15天内）甲、乙双方把补偿差额相互结算支付清楚。八、新楼房分配时间：待建设局规划部门规划红线、设计正规图纸并审图合格后进行分配新房产并签订新房产确认书。九、办理产权证：②补偿甲方所属的店铺、套房《房产证》面积和土地分摊面积以国土局、房管局颁发的证件为准。⑤车库、杂间、夹层一律不办理《房地产权证》。十三、补偿面积：甲方土地补偿新店铺、新套房面积参照（附件三）原土地业主房产补偿表。十四、新楼交付期限及交接方式：工期从开工挖基础之日起至竣工为一年（十二个月），乙方须于年月日前，将经竣工验收合格并符合本合同《附件二》所规定的装饰和设备标准，将补偿的房产交付甲方使用。但如遇下列特殊原因，乙方可据实予以延期：1、人力不可抗拒的火灾、水灾、地震、战争等自然灾害。十五、违约责任：1、在建楼施工过程中，如周边邻居发生土地纠纷或其他异议由甲方负责协助调解。2、除本合同第十四条规定的特殊情况外，乙方如未按合同规定的期限将新楼房交付甲方使用，甲方有权按分配的楼房面积折价的总房款向乙方追究违约利息。3、甲方实际经济损失超过乙方支付的违约利息时，实际经济损失与违约利息的差额部分由乙方据实赔偿。
附件三：原土地业主房产补偿表：
原产权
名称
面积m2
|
应补偿
名称
|
面积
|
备注
|
业主签名
旧店铺
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146 m2
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新店铺
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146±4
|
由东向西第3号、4号
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店铺宽4米
一幢旧房3层
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360
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新套房
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360（3至5楼）
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临青梅路东向3套，每套±2
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原门坪
|
60
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车库两间
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2×25±2
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菜地
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16
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杂间一间
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6±1
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补偿条款：一、押金人民300000元签协议后即2010年11月18日前付。押金要新楼工程竣工验收合格后退回。二、装修费人民币300000元签正式协议、搬迁前付清。三、租房费2套×400元/每月×18个月,搬迁前付清。四、搬迁费2套×3600元=7200元，搬迁前付清。五、二间店铺内夹层由甲方所有，如乙方设计图更改后无夹层时，乙方补回什物间二间共约20m2左右。六、乙方押金300000元如不能合作时，乙方自愿宣布退出合作后，甲方需在五天内退回乙方。林仕立和林仕标在“甲方全权代表：（签章）”处签名并捺印，李锡林在“乙方：大埔县京都房地产开发有限公司代表：（签章）”处签名并捺印，大埔县京都房地产开发有限公司没有在“乙方”处加盖印章。
《合作建房协议书》签订后，林仕立于2010年11月27日收取了李锡林建房押金人民币300000元，至今未将押金退回。
林仕立（甲方原业主）与李锡林（乙方投资方）又于2012年12月30日另行签订了《新村邑候第新兴大厦原业主新户补充协议》（以下简称《补充协议》），约定：大埔县青梅路邑候第原《合作建房协议书》计划新建九层新楼房，现改为新建17层电梯房，使该大厦升级增值，原甲方签订的《合作建房协议书》合同上所分得的新房产套房第一套为：501，4房2厅；店铺编号：4号，面积75㎡；车库编号为：4号，面积25㎡；杂物间编号为：未编号，面积10㎡。现原业主新套房需调整楼层及面积，经甲、乙双方充分商议同意，订立如下补充条款：1、甲方调整后的房号为A1101号，面积130㎡，店铺编号为4号，面积75㎡、夹层面积30㎡；车库编号为4号，面积25㎡、夹层25㎡；杂物间编号为89号，面积10㎡；面积以房屋产权证为结算标准；车库及杂物间以实用面积为准。2、乙方同意甲方调整后，无需补偿乙方调房差价。林仕立在“甲方”处签名并捺印，李锡林在“乙方”处签名并捺印并加盖“大埔县新兴大厦售楼部合同专用章”的印章。
粤佳公司（甲方）与李锡林（乙方）于2012年8月8日签订了《房地产合作开发协议书》，约定：县城青梅路新兴大厦的房地产开发，甲方负责同施工企业签订《建筑施工合同》并协助乙方签订商品房的买卖合同和售后服务协议书，在甲、乙双方的的房产权开发合作项目中，甲方不承担一切经济和法律责任。乙方负责对开发工程项目的全部投资，独立核算、自负盈亏并负责合作开发工程的所有税费、开发费用和有关报建的一切费用，甲方不参与利润分配，合作开发过程中及今所产生的经济和法律责任均由乙方承担。同日，双方又再行签订了《房地产合作开发补充协议书》，约定：甲方、乙方已于2012年8月8日签订了房地产合作开发协议书，根据此协议第11项规定，现就合作开发服务费等项订立补充协议：一、甲方按建筑总造价0.5%收取服务费。二、服务费交款时间：开工前交50%，工程竣工验收前交清。三、其他事项仍以2012年8月8日签订的协议执行。
关于涉案新兴大厦的开工日期，原告提供张来瑞、林国兴的《证明》，证明2011年5月19日是大埔县湖寮镇青梅路紫云楼旁边三栋两层半水泥房（业主林奕庆、林超汉、林仕立）及邑候第后楼两层老房开工拆建的日子，即是涉案新兴大厦的“开工挖基础之日”。被告对该《证明》不予认可，认为实际开工日期应为《建设工程规划许可证》上的颁证日期2013年1月7日。
被告提供大埔县住房和城乡规划建设局（以下简称大埔县住建局）对涉案的新兴大厦商住楼颁发《建设工程规划许可证》的时间是2011年11月19日，颁发《建筑工程施工许可证》的时间为2013年1月7日，颁发的《建设工程规划验收合格证》显示该工程竣工时间为2015年1月13日。
涉案新兴大厦竣工验收后，分配给林仕立的房产已于2015年5月15日交付、使用。已办理《房地产权证》登记的有：粤房地权大埔产字第00××38号《房地产权证》登记4号店（商铺）的建筑面积为64.80m2、粤房地权大埔产字第00××67号《房地产权证》登记1101房（即《补充协议》中的A1101房）的建筑面积为116.41㎡、粤房地权大埔产字第00××51号《房地产权证》登记2号车库（即《补充协议》中的4号车库）建筑面积为26.40㎡。上述《房地产权证》李锡林至今没有交付给林仕立。双方约定不办理《房地产权证》登记的杂间及夹层，本院于2017年10月12日组织原、被告双方到新兴大厦实地测量后一致确认：杂间实用面积为6.1㎡，夹层实用面积为42.12㎡（含店铺夹层和车库夹层）。原、被告双方确认对分配给原告的房产面积未进行结算和补偿。
案件审理过程中，为证明涉案新兴大厦原计划建9层后更改为17层，建筑面积增至16244㎡，变更设计方案工期也应相应顺延，被告于2017年12月1日向本院提出申请（附新兴大厦的平面施工图），请求我院向大埔县住建部门征询该建筑面积的法定工期。本院依据被告的申请内容向大埔县住建局下辖的大埔县建设工程造价管理站（以下简称大埔县造价站）发了《关于咨询大埔县湖寮镇青梅路新兴大厦相关工期的函》，后大埔县造价站于2018年1月9日向我院回复《关于咨询大埔县湖寮镇青梅路新兴大厦相关工期的复函》（以下简称《复函》）。《复函》答复如下，新兴大厦从开工挖基础之日至竣工验收的建筑工期为：1、“新兴大厦”商住楼从规划报建开始确定为17层（建筑面积为16244㎡，其中地下1148㎡、地上15096㎡）；不是从原来9层更改为17层；2、根据《广东省建设工程施工标准工期定额（2011）》相关规定的作如下解释：①此项目属民用建筑工程；②基础工程设计为钻孔灌注桩基础，根据A1.1.3规定计算工期（合计工期为49天，不包括试桩、验桩）；③地下室根据A1.1.4规定计算工期（建筑面积1148㎡工期77天）；④±0.00以上现浇钢筋混凝土框架结构工程，根据A1.2.1规定计算工期（建筑面积15096㎡工期340天）；⑤其他相关依据（顺延、索赔、竣工工期等）按总则及章节说明规定。对试桩、验桩的工期及竣工工期，我院又咨询了大埔县住建局下辖的大埔县建筑工程质量安全监督检测站（以下简称大埔县质监站），大埔县质监站于2018年1月12日向我院出具了《试桩验桩及竣工工期情况说明》（以下简称《情况说明》）：根据DBJ15-60-2008《建筑地基基础检测规定规范》3.3.2条规定：受检桩的龄期不得少于28天，建筑工程组织验收后15天内就出具工程验收备案表。对上述《复函》及《情况说明》，被告均无异议，原告认为与本案无关，因《合作建房协议书》中第十四条双方已约定交付期限期为一年，一年是被告应履行的交付期限。
另，被告向本院提交大埔县气象局于2017年9月7日出具的“2013年1月份至2015年1月份大埔县湖寮镇日降水量资料”，证明涉案新兴大厦建设施工中有降雨导致无法施工的若干天，应属法定工期外还应顺延的工期。被告还提供了其与涉案新兴大厦其他合作建房提供土地的林文庆等六户签订的《新村邑候新兴大厦原业主新户确认协议》重新约定的“交楼期限及交接方式：乙方取得施工许可证后开工挖基础至交付给甲方二次装修为期两年，即在2014年12月30或31日前交付甲方使用。如遇乙方责任外，不可抗拒的原因或自然灾害、政府行为造成的特殊原因，乙方可据实予以须延期限”的条款，证明被告是明知拟建9层后实际建17层，原约定一年的期限无法交付，才会与原住户重新协商延后新的交楼时间，原告是口头上同意延期交付时间的。原告认为上述两份证据均与本案无关，其并未与被告重新约定交付期限。
另林仕标向本院出具证明，证明涉案的《合作建房协议书》是其与胞弟林仕立共同与李锡林自愿签订，该协议书的附件三确认了合作建房应分配给兄弟二人的产权份额。后两兄弟对分配的产权份额已自行分割，并把分到各自名下的产权份额与李锡林均另行签订了《补充协议》。2012年12月30日林仕立与李锡林签订的《补充协议》与其无关，李锡林已将分配至他名下房产及相关房地产权证书均实际交付。现林仕立起诉的涉案产权与其无关，确属林仕立所有。
因涉案的《合作建房协议书》的乙方为“大埔县京都房地产开发有限公司”原告提起本案诉讼时把“大埔县京都房地产开发有限公司”列为共同被告，在第一次庭审的法庭调查阶段，又认为该协议书的乙方中实际签订和履行协议的只是李锡林，与“大埔县京都房地产开发有限公司”无关，当庭撤回对“大埔县京都实业发展有限公司”的起诉，本院亦当庭予以准许。原、被告双方还确认《补充协议》上的“大埔县新兴大厦售楼部合同专用章”的印章对《补偿协议》无实际意义，该印章只是在新兴大厦售楼时用的，在工商部门也无登记，补充合同的主体只是合作建房的实际投资方李锡林。
原、被告双方对第三人粤佳公司的述称及其提交的证据《房地产合作开发协议书》、《房地产合作开发补充协议书》均无异议。
庭审中，原告当庭变更诉讼请求为：1、确认原告和被告签订的《合作建房协议书》和《新村邑候第新兴大厦原业主新户补充协议》合法有效。被告向原告交付新兴大厦4号店、1101房、2车库房屋产权证；3、判令被告向原告支付新兴大厦合作建房面积不足差额补偿款316439元，泥木旧房补偿款42000元，支付违约金214452元（以年利率6%计算从2012年5月15日至2015年5月15日止计3年的利息。其中：店铺75㎡×7800元/㎡=585000元，套房130㎡×2380元/㎡=309400元，车库25㎡×3300元/㎡=82500元，杂间10㎡×3300元/㎡=33000元，夹层55㎡×3300元/㎡=181500元，合计1191400×6%（年利率）×3年=214452元）。以上合计572891元。扣除押金300000元后，被告李锡林应赔偿原告各项损失272891元。原告还当庭确认其诉讼请求中要求被告承担违约责任的违约金计算标准按《合作建房协议书》第十五条第2点“乙方如未按合同规定的期限将新楼房交付甲方使用，甲方有权按分配的楼房面积折价的总房款向乙方追究违约利息”的约定计算违约金，违约利息以年利率6%计算。
以上事实，有经过庭审质证的《大埔县城青梅路<新村邑候第>旧房改造合作建房协议书》、《新村邑候第新兴大厦原业主新户补充协议》、《建设工程规划许可证》、《建设工程规划红线图》、《建筑工程施工许可证》、《建设工程规划验收合格证》、涉案店铺、套房、车库的房地产权证书、《收据》、林仕标出具的证明、张来瑞、林国兴联合出具的证明、2013年1月份至2015年1月份大埔县湖寮镇日降水量资料、李锡林与林文庆等六户签订的《新村邑候新兴大厦原业主新户确认协议》、梅州粤佳房地产公司的营业执照、《房地产合作开发协议书》、《房地产合作开发补充协议书》等证据及当事人在庭审中的陈述予以佐证，本院予以确认。
本院认为，本案属合资、合作开发房地产合同纠纷。从原、被告双方签订的《合作建房协议书》、《补充协议》及双方提交的证据看，双方合作开发房地产项目是原告方提供土地，被告方全额出资，双方合作兴建新兴大厦商住楼项目，项目竣工后原告分得部分房产，其余归被告自主经营的合作模式。根据我国的相关法律规定，房地产开发应由符合一定资质的房地产企业进行，被告属自然人，虽然没有开发经营房地产的资质，但其通过有开发房地产资质的第三人粤佳公司对涉案新兴大厦商住楼项目在住建部门完善报批报建等行政审批手续，涉案工程也已竣工验收，整个商住楼项目开发完成并且交付使用，故应认定原、被之间签订合同是双方真实意思表示，并且合资、合作开发房地产已完成，合同目的已实现，属有效的合同。
从被告与第三人签订的《房地产合作开发协议书》、《房地产合作开发补充协议书》及整个新兴大厦的开发经营中，原、被告及第三人均确认粤佳公司没有投入资金、也没有参与整个开发项目的经营管理、利润分配及风险承担，被告与粤佳公司之间纯属挂靠与收取管理费的关系。本院认为，涉案的纠纷只是原、被告之间的纠纷，与粤佳公司无关。粤佳公司在本案中的诉讼地位属无独立请求权的第三人，本案纠纷的处理结果与其没有直接利害关系。
本案原、被告双方争执的焦点是：原告要求被告交付涉案已分配房产的产权证是否合理、分配给原告的房产面积按何标准结算及出现面积差时如何补偿、被告逾期交房违约责任的认定、被告要求原告返还押金及支付利息应否支持。本院综合当事人的诉讼请求、答辩意见以及庭审质证的情况，认定如下：
一、关于原告要求被告交付涉案《房地产权证》的问题。本院认为，涉案新兴大厦商住楼已竣工验收且应分配给原告的房产也已实际交付，但一直没有将已办好的相关《房地产权证》一并交付给原告。而涉案合同中没有特别约定交付房地产权证的特别条件，被告应在分配给原告的房产实际交付后的合理期限内将相关《房地产权证》交付给原告，现被告却以原告的押金没有退回为由将已办理好登记的《房地产权证》置留在自己手中不予交付，于法无据，不予支持。原告要求被告交付相关房产的《房地产权证》的请求，应予准许。
二、对涉案分配给原告的房产面积如何结算及出现面积差补偿的认定问题。根据双方签订的《合作建房协议书》及《补充协议》约定，新兴大厦竣工验收后应分配给原告的房产为：1101号套房130㎡，4号店铺75㎡、夹层30㎡，4号车库25㎡、夹层25㎡，89号杂物间10㎡；面积以房屋产权证为结算标准，车库及杂物间以实用面积为准。而实际已交付给原告的房产中《房地产权证》登记的面积为：1101号套房只有116.41㎡，相差13.59㎡（130㎡-116.41㎡=13.59㎡）；4号店铺只有64.8㎡，相差10.2㎡（75㎡-64.8㎡=10.2㎡）。双方约定不办理《房地产权证》的夹层及杂间实际交付给原告的实用面积为：夹层只有42.12㎡，相差12.88㎡（30㎡+25㎡-42.12㎡=12.88㎡）；杂间只有6.1㎡，相差3.9㎡（10㎡-6.1㎡=3.9㎡）。对车库面积，《补充协议》约定按实用面积结算，但双方无法共同确认实用面积，而在《合作建房协议书》中约定车库也无需办理《房地产权证》，但被告实际上已办理《房地产权证》，原告也请求要交付该《房地产权证》，该车库的房产证登记的面积26.10㎡可参考作实用面积计算，多1.1㎡（26.10㎡-25㎡=1.1㎡）。
综上所述，被告实际交付给原告的房产面积除车库面积外，均没有足额交付《补充协议》约定的房产面积，又根据双方签订的《合作建房协议书》第七条“结算方式”的约定，分配甲方房产时，出现面积差额，按第六条的补偿定价进行相互补偿。本院认为，按照合同约定，被告没有足额交付的面积，应予原告相应价款的补偿，对多交付的面积原告也按相应价款给予被告补偿。被告抗辩房地产权证的面积就是应交付给原告的房产面积，不存在补面积差价款的抗辩意见与双方签订的合同约定不符，于法无据，本院不予采信。《合作建房协议书》第六条“补偿房产定价”约定，面积差额的补偿单价为：套房2380元/㎡，店铺7800元/㎡，车库和杂间3300元/㎡、店铺后部夹层2380元/㎡。没有约定的杂间夹层，被告在庭审中确认如要补偿，同意按店铺夹层的单价补偿。原告主张套房、店铺、车库的面积差补偿标准按市场价格计算，而杂间和夹层的补偿定价又按《合作建房协议书》第六条的价格约定，其要求的双重补偿标准没有事实和法律依据，本院不予采纳。综上，根据《合作建房协议书》第六条的约定，被告应补偿给原告的房产面积差的补偿款为：套房32344元（13.59㎡×2380元/㎡）、店铺79560元（10.2㎡×7800元/㎡=79560元）、夹层30654元（12.88㎡×2380/㎡=30654元）、杂间12870元（3.9㎡×3300/㎡=12870元），合计155428元，原告应补偿给被告的面积差补偿款为3630元（1.1㎡×3300/㎡=3630元），两者相抵，被告还应补偿给原告的房产面积差补偿款为151798元（155428元-3630元=151798元）。故原告请求被告支付合作建房面积差的补偿金额只支持其中的151798元，其余部分不予支持。
三、对泥木旧房补偿款的认定问题。根据《合作建房协议》第三条“土地补偿1、……，前排泥木旧房第二层楼按投影面积每平方补偿1200元计算”。本院认为，涉案的新兴大厦原改建前属原告所有的老房屋“前排泥木旧房”均已拆除，虽原告认为与被告口头确认拆除面积为35㎡，应补偿42000元，但被告予以否认，并认为该项补偿在分配给原告的房产面积就已含了这部分补偿，如双方没有协商好的话不可能顺利拆除。而原告又法提供其他证据佐证已被拆除的泥木旧房的实际面积，也确认专业机构已无法评估被拆除的泥木旧房面积，故该请求没有事实和法律依据，无法支持。
四、对原告请求被告支付逾期交房违约金的认定问题。首先，关于涉案工程的开工日期的认定。本院认为，原告主张张来瑞、林国兴证明拆除原老屋邑侯第的2011年5月19日为开工挖基础之日，理解错误，因原告等其他原老屋邑侯第16户老住户需拆除原老屋邑侯第后才可以规划兴建涉案新兴大厦的红线图，然后到住建部门报建新兴大厦的商住楼项目，报建手续完备后达到可以施工条作时住建部门才颁发建筑工程施工许可证，建设单位需在取得建设工程施工许可证后才可对报建项目开工挖基础。即“开工挖基础之日”定是建设项目取得施工许可证之日或之后的日期。因此，本院认定大埔县住建部局批准颁发建筑工程施工许可证的日期2013年1月7日应为开工挖基础之日。
其次，关于涉案工程工期的认定。《合作建房协议》约定拟建一幢9层的楼房，并约定新楼的交付期限从开工挖基础之日起至竣工为一年，被告需将竣工验收合格的房产交付原告使用。后双方签订的《补充协议》确认原《合作建房协议书》计划从原拟建9层楼房后实际报建17层电梯房，但没有重新约定交付期限。本院认为，涉案的新兴大厦从拟建9层时约定一年的交付期限至后来实际报建17层，实际工程增大，工期肯定比原来长。按常理，交付期限应予适当延长。双方没有对交付期限重新约定的情况下，本应适用原交付期限一年的约定，但本院根据大埔县造价站对新兴大厦核定的定额工期为466天（包括桩基础49天、地下室建筑面积1148㎡的工期77天、地上建筑面积15096㎡的工期340天，不包括试桩、验桩及顺延、索赔、竣工工期等）及大埔县质监站认为试桩、验桩不得少于28天及建筑工程组织验收后需15天出具验收备案表的时间，涉案新兴大厦的定额工期须为509天（466天+28天+15天=509天），还不含顺延、索赔等时间。如仍适用原合同一年的交付期限，明显违背客观事实，对被告显失公平。故本院认定涉案的新兴大厦商住楼（17层）除相关部门核定的定额的工期509天外，根据《广东省建设工程施工标准工期定额》“3一般规定3.3.3施工过程中，遇不可抗力或异常恶劣的自然天气影响施工进度或暂停施工的，按照实际耽搁的日期予以顺延”规定及大埔县气象局出具“2013年1月份至2015年1月份大埔县湖寮镇日降水量资料”，还应酌情给予无法核定的但实际中因自然天气（如降雨）等其他无法施工必须给予顺延的日期91天，故被告应从开工挖基础之日2013年1月7日计算20个月，即至2014年9月7日前将楼房交付原告使用较为合理。而涉案房产实际竣工验收时间为2015年1月13日，被告于2015年5月15日才将房产交付给原告，已逾期交付250天，被告应承担逾期交房的违约责任。
对逾期交房违约金的计算，原告主张按《合作建房协议书》第十五条第2点“乙方如未按合同规定的期限将新楼房交付使用，甲方有权按分配的楼房面积折价的总房款向乙方追究违约利息”的约定计算。对“按分配的楼房面积折价总房款”的理解，原告认为“分配的楼房面积”应包括《补充协议》确认的套房、车库、杂间及夹层的总面积；“折价总房款”应根据《合作建房协议书》第六条的单价各自折算出的房款的总和为1140800元（其中：店铺75㎡×7800元/㎡=585000元，套房130㎡×2380元/㎡=309400元，车库25㎡×3300元/㎡=82500元，杂间10㎡×3300元/㎡=33000元，夹层55㎡×2380元/㎡=130900元，以上合计1140800元）。被告认为“分配的楼房面积”只能算补偿给原告的套房面积，“折价的总房款”应按《合作建房协议书》第六条的套房单价得出的房款。本院认为，“分配的楼房面积”应是涉案合同分配给原告的所有房产面积均属楼房面积，而不能狭义理解为套房面积。双方均确认“折价总房款”均按《合作建房协议书》第六条的单价折算，本院认为原告根据该条款折算得出总房款为1140800元合理。
关于违约金的计算标准，原告参照《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第二十九条的规定主张按年利率6%计算违约利息，但本案非民间借贷纠纷，原告该主张理据不足，本院不予采纳。被告认为只能按中国人民银行同期贷款利率计算的抗辩，较为合理，予以采纳。综上，本院认定被告应支付原告自2014年9月8日至2015年5月15日的逾期交房违约金（以1140800元为基数，按中国人民银行同期同类贷款利率计付利息）。原告对违约金的请求，本院予以部分支持。
五、对被告（反诉原告）要求原告（反诉被告）还返押金及支付利息的认定问题。涉案《合作建房协议书》附件三“补充条款”中约定“押金要在新楼竣工验收合格后退回”，原告于2010年11月27日收取被告合作建房的押金人民币300000元，至今未退回。原告陈述其不知道涉案的新兴大厦何时竣工验收，被告则认为商品房只有竣工验收合格后才可交付使用，故将涉案房产交付给原告时，就应该将押金退回。双方均确认从涉案房产交付给原告时就有结算意愿，但因分歧较大至今结算未果，原告也确认被告将涉案房产交付时开始向其催收押金。现被告请求原告返还押金，理由正当，应予支持。对被告要求原告支付从2015年5月15日起至押金还清时止以押金300000元为本金数按中国人民银行同期同类贷款利率计付利息，本院认为，可参照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十七条的规定处理，该利息请求属合理范畴，应予支持。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第八条、第六十条第一款、第一百零七条、第一百一十四条第一款、第一百二十条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十七条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条之规定，判决如下：
一、确认原告（反诉被告）林仕立与被告（反诉原告）李锡林签订的《大埔县城青梅路<新村邑候第>旧房改造合作建房协议书》和《新村邑候第新兴大厦原业主新户补充协议》有效；
二、被告（反诉原告）李锡林应在本判决发生法律效力后十日内向原告（反诉被告）林仕立交付新兴大厦1101房、4号店铺、2号车库的《房地产权证》；
三、被告（反诉原告）李锡林应在本判决发生法律效力后十日内向原告（反诉被告）林仕立支付房产面积差额补偿款151798元；
四、被告（反诉原告）李锡林应在本判决发生法律效力后十日内向原告（反诉被告）林仕立支付逾期交房违约金（自2014年9月8日起至2015年5月15日止，以1140800元为本金数，按中国人民银行同期同类贷款利率计付利息）；
五、原告（反诉被告）林仕立应在本判决发生法律效力后十日内向被告（反诉原告）李锡林退押押金人民币300000元及利息（从2015年5月15日起至押金还清时止以300000元本金数按中国人民银行同期同类贷款利率计付利息）；
六、驳回原告（反诉被告）林仕立的其他诉讼请求。
如原、被告任何一方未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费7281.83元，由原告（反诉被告）林仕立负担1924.83元，被告（反诉原告）李锡林负担5357元；反诉案件受理费5800元，由原告（反诉被告）林仕立负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于广东省梅州市中级人民法院。
审 判 员 范庆红
人民陪审员 何云鹏
人民陪审员 罗德坤
二〇一八年一月三十一日
书 记 员 邹文芳