福建省仙游县人民法院
民 事 判 决 书
（2015）仙民初字第3544号
原告仙游县天怡房地产有限公司，住所地仙游县鲤南镇仙安村泰东路777号，组织机构代码66929457-3。
法定代表人陈德银，董事长。
委托代理人陈国添，该公司总经理。特别代理。
委托代理人黄清国，福建朗天律师事务所律师。特别代理。
被告福建省莆田市焕发建筑工程有限公司，住所地仙游县鲤南镇海亭嘉苑大门平安药房楼上5层，组织机构代码77753110-X。
法定代表人连世民，执行董事。
委托代理人黄剑飞，福建理顺律师事务所律师，特别代理。
原告仙游县天怡房地产有限公司（以下简称天怡公司）与被告福建省莆田市焕发建筑工程有限公司（以下简称焕发公司）因建设工程施工合同纠纷一案，本院于2015年7月24日受理后，依法组成合议庭，于2015年9月9日和11月30日二次公开开庭进行了审理，原告天怡公司的委托代理人陈国添、黄清国，被告焕发公司的委托代理人黄剑飞到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告天怡公司诉称，2009年7月18日，原、被告签订二份《建筑工程施工合同》，约定：原告将开发的仙游县天怡财富城3#、5#－10#楼商住房建设工程承包给被告施工，工程的水电、土建，按施工图纸及发包附加条件内容实施，开工日期为2009年8月10日，各号楼工期260天至460天不等，若逾期未能完成的，按5000元／天向发包人支付逾期违约金等。2009年10月17日，原、被告又签订《3#、5#－10#楼工程发包附加条件协议书》，双方就上述工程的工期和计价、付款方式等作了部分调整，其中涉案工程即天怡财富城8#、9#、10#楼工期按380天，开工日期为2009年10月24日，必须于2010年11月15日前竣工，但经原告多次催促被告没有按期完工。2011年9月25日，原告向被告发出《关于按合同约定施工及交付房产的通知》，要求被告在2011年10月20日前务必使房屋通过验收交付原告公司及业主使用，否则给原告及业主造成的一切经济损失由被告承担，未按时交付的逾期违约金将严格按照双方签订的《建筑工程施工合同》第8页35-2条款执行。2012年1月20日，被告向原告出具《承诺书》，保证涉案工程在农历2012年1月30日前准时验收合格交付给原告使用，如不能及时交付，造成业主投诉赔偿及原告的一切损失由被告承担。但被告仍未兑现承诺，拖至于2012年5月25日和2012年9月24日才分别将土建部分和水电消防部分验收并交给原告。2013年8月23日，原告委托福建凌龙律师事务所向被告发送《律师函》，要求被告在收到律师函后十日内到原告处办理工程结算，并支付逾期完工的违约金等。被告于2013年8月30日签收了该《律师函》仍无动于衷。现因被告逾期完工，单就涉案工程即天怡财富城8#、9#、10#楼，被告已违约累计550天，每天按5000元计算，被告应承担违约金275万元。原告保留对被告承建天怡财富城3#、5#、6#、7#楼逾期完工的违约金的另案起诉权利。故请求判决：1、被告立即支付给原告涉案天怡财富城8#、9#、10#楼逾期完工的违约金人民币275万元。（违约金计算方法：自2010年11月25日起计至2012年5月25日止，计550天，按5000元／天，即5000元／天×550天=275万元）；2、本案的诉讼费用由被告承担。
被告焕发公司辩称，1、2009年7月28日，被告与原告签订的两份《建筑工程施工合同》，仅是用于原告办理建设工程质量监督备案和取得建筑工程施工许可证的依据，不作它用。2、2009年10月17日原告与被告签订的《3#、5#-10#楼工程发包附加条件协议书》是双方的真实意思表示，但工期延迟事出有因。3、原告主张的逾期完工违约金按5000元／天计算，缺乏事实依据。4、原告的诉求已经超过诉讼时效。综上，应驳回原告的诉讼请求。
在本院审理过程中，原告对其主张向本院提供如下证据：
1、原告的营业执照、组织机构代码证、法定代表人身份证明书复印件各一份。欲证明：原告的主体适格。
2、《建筑工程施工合同》二份。欲证明：2009年7月18日，原告分别将天怡财富城5#、6#、7#、8#、10#楼商住房5幢和3#、9#楼商住房2幢发包给被告承建，合同总价款分别为24366883.4元和12624886.8元，开工日期为2009年8月10日，竣工日期为2010年11月20日，其中，涉案工程8#、10#楼工期各460天，9#楼工期360天，若逾期未能完成的，按5000元／天向发包人支付违约金等。
3、《工程发包附加条件协议书》一份。欲证明：2009年10月17日，原、被告将上述建筑工程的工期等进行变更，其中涉案工程8＃-10#楼为380天。
4、《关于按合同约定施工及交付房产通知书》一份。欲证明：2011年9月25日，原告因被告未按期完工向被告发出通知，要求被告务必在2011年10月20日前将房屋验收合格后交付原告及业主使用，否则应承担原告及业主造成的一切损失，并对未按时交付的逾期违约金将按合同约定条款执行。
5、承诺书一份。欲证明：2012年1月20日，被告向原告承认承建原告5-10#楼工程尚未完工，延误工期一年多。并承诺在农历2012年1月30日前准时验收交付给原告使用。
6、律师函一份。欲证明：2013年8月7日，原告委托福建凌龙律师事务所律师向被告发送律师函，要求被告在收到律师函后十日内到原告处办理工程结算，并应承担逾期完工的违约金。
7、监理工程师通知单一份。欲证明：2012年6月20日，被告承建原告的建筑工程消防部分仍存在质量问题。
8、消防验收一份。欲证明：2012年9月24日，被告承建原告建筑工程消防验收合格。
9、工程质量监督报告一份。欲证明：2012年4月20日，被告承建原告建筑工程土建部分才在监督结论签章验收合格。
10、委托书一份。欲证明：2013年8月30日，原告委托律师发出的律师函，由被告授权其公司员工林禹振签收。
11、被退还未折开的律师函邮件文件及律师事务所说明各一份。欲证明：2013年8月7日，原告通过律师向被告主张逾期完工的违约金，从而说明本案未超过诉讼时效。该邮寄地址是被告公司原来营业执照上登记的地址（庭后补充提供被告原来工商营业执照），也是被告法定代表人住宅地址。
被告对原告提供的上述证据质证认为，对证据1、3的真实性、合法性、关联性均无异议。对证据2的真实性无异议，但该证据是用于原告办理建设工程质量监督备案和取得建筑工程施工许可证的依据，不作它用，正因如此，该两份施工合同都省略了“通用条款”。对证据4的真实性也无异议，但只能证明被告有收到该通知，从通知内容看，原告也同意将工期延至2011年10月20日，但通知内容第2条系原告单方面的意思表示，本案不涉及工程施工合同第8页第35条第2款的逾期违约。对证据5的真实性无异议，该证据仅证明被告未及时交付楼房造成业主投诉的赔偿事宜，并未涉逾期完工违约金的承诺，且还可证明工期迟延事出有因。对证据6的真实性无异议，但被告没有收到该律师函，在该律师函上签收签名的林禹振不是被告公司员工，且是否为林禹振本人所签名也无法确认，不能证明被告有签收该律师函，故该律师函不能作为本案诉讼时效中断的法定事由。对证据7的真实性无异议，该监理代表建筑单位的意见，监理工程师通知书的内容不实，即使真实，也不属于本案审查范围。对证据8的真实性、关联性、合法性均有异议，不能证实原告所要证明的主张。对证据9的真实性无异议，该证据反而可证实原、被告签订的两份工程施工合同是为了办理该报告所签订的。对证据10的真实性无异议，但该委托书只能证明2009年10月26日被告委托案外人林禹振与原告进行水电结算事宜，与原告提供的律师函之间没有关联。对证据11的真实性有异议，该邮件未到达被告公司，该邮件的邮寄地址也不是被告公司法定住所地，对被告不具有约束力，故不能证实被告的主张。
本院审查认为，被告对原告的证据1、3的真实性、合法性、关联性及对证据2、4、5、6、7、9、10的真实性均无异议，本院予以确认。证据8系消防部门在网站发布，真实性可予确认。证据11可证明原告有通过邮政部门向被告发出《律师函》的事实，至于原、被告签订的两份建筑工程施工合同是否是用于原告办理建设工程质量监督备案和取得建筑工程施工许可证的依据，被告有无逾期完工，是否应承担逾期违约金，待双方在争议焦点中予以分析认定。
被告在本院指定举证期限内对其主张提供如下证据：
1、被告的营业执照、组织机构代码证、法定代表人身份证明书复印件各一份。欲证明：被告的主体适格。
2、3#、5#-10#楼工程发包附加条件协议书、内资企业登记基本情况表、PHC管桩基础工程施工合同、补充说明各一份。欲证明：⑴、2009年7月23日原告决定自行建筑，并与案外人福建巨岸建设工程有限公司签订了“PHC管桩基础工程施工合同”；⑵、2009年10月17日原告决定自行建筑，并进行内部股东招投标，结果股东彭白霜中标。从而进一步证明2009年7月18日原、被告签订的两份“建筑工程施工合同”的真实意思表示仅仅是用于原告办理建设工程质量监督备案和取得建筑工程施工许可证的依据，不作他用。
3、工程签证单1份、《关于基础施工方案变更请求顺延工期的报告》1份、工期延误请求补偿报告1份、承诺书1份、仙游县气象局的天气证明书1份。欲证明：涉案工程即天怡财富城8#、9#、10#楼工程工期延迟事出有因即⑴、地下室挖土降水：地下室持力层比原设计标高深，出现地下水，按设计要求进行井店降水，保持基础干燥，由此增加工期60天；⑵、约定工程在基础开挖地下室施工期间，因地质原因，基础开挖加深，由此增加工期60天；⑶、桩基复压，导致工期延迟；⑷、施工期间，多个台风和暴雨天影响施工，导致工期延迟；⑸、工程预验收时因内业资料部分盖章不齐全；⑹、约定工程完成初验后，恰逢春节临近，无法及时办理竣工验收。
4、开工报告单3份。欲证明：涉案工程即天怡财富城8#、9#、10#楼工程的开工时间为2009年11月30日。
5、工程竣工验收签到表1份。欲证明：涉案工程即天怡财富城8#、9#、10#楼工程的竣工时间为2012年2月28日。
6、福建省房屋基础建筑工程和市政基础设施工程竣工验收备案表3份。欲证明：涉案工程即天怡财富城8#、9#、10#楼工程的竣工验收时间为2012年3月25日。
7、中国工商银行客户存款对账单，银行业务回单各1份。欲证明：2014年5月8日，原告最后支付给被告工程款18万元后，又于同年7月10日，将合同保证金20万元退还给被告，以此证明原告以自己的默认行为对工期迟延问题表示无异议。
8、工程结算单1份。欲证明：2014年5月6日，原、被告就涉案工程天怡财富城8、9、10#楼已经结算清楚，本案不存在工期逾期问题。
原告对被告提供的上述证据质证认为，对证据1没有异议。
对证据2的被告内资企业登记基本情况表、PHC管桩基础工程施工合同、补充说明的真实性均无异议，但对证据2的附加条件协议书有异议，该协议书虽有原告股东彭白霜签字，但被告没有提交原件，真实性无法确认，该附加条件协议签订时间（2009年10月25日）也与原、被告签订《3#、5#-10#楼工程发包附加条件协议书》的时间（2009年10月17日）不符，不能证明是内部承包后再转包的事实，另PHC管桩基础工程仅是原告初期的部分工程，并不影响其他工程发包给被告的事实。对证据3证据的真实性没有异议，但对证明对象有异议，其中：工程签证单并没有确认要增加工期，被告出具的因基础施工方案变更请求顺延工期的报告及向原告请求补偿的报告，均没有得到监理部门或原告确认，气象部门出具的证明台风暴雨没有具体时间，2010年至2011年的暴雨次数无法剔除误工时间、不影响被告对砌墙进行施工，2012年的台风暴雨有可能发生在工程全部建成或竣工之后。对证据4的真实性、关联性、合法性均有异议，该证据的开工时间“2009年11月30日”系涂改，因此原告在该证据盖章时签署“以补充协议时间为准”。且该证据涉及的8#楼造价、工期有误，也与协议书不一致，故应以协议书为准。对证据5的真实性、关联性、合法性均有异议，从签字看，1、2、3、4个的签字是同一个人的笔迹，不真实，第9个的茅新煜不是其本人所签，无法证明签字的人是否有到场并由其本人签字，即使有到场，也不能证明已经验收合格，签到表不等于验收合格。对证据6真实性、关联性、合法性均无异议，但对证明对象有异议，该证据明确开工日期为2009年10月24日，2012年3月25日是同意验收的时间，不是竣工验收的时间。对证据7的真实性无异议，但无法证明被告所主张的原告对被告行为的确认。证据8的真实性无异议，虽然结算单对部分工程8、9、10#楼进行了结算，但原告没有放弃追究被告主张违约责任。
本院审查认为，原告对证据1、6的真实性、合法性、关联性及对证据2、3、7、8的真实性均没有异议，本院予以确认。对证据4、5能否作为定案依据，待本院在双方争议焦点中予以分析认定。
根据双方诉辩情况，并征求到庭双方当事人意见，归纳本案争议焦点如下：1、原、被告签订的《建筑工程施工合同》有无履行，还是以双方签订的《3＃、5＃－10＃楼工程发包附加条件协议书》履行2、涉案工程天怡财富城8、9、10#楼逾期工期多少，是否应扣减顺延工期？3、违约金是否按照合同所约定计算？4、逾期有无超过诉讼时效？
围绕上述争议焦点，本院分析认定如下：
一、原、被告签订的《建筑工程施工合同》有无履行，或是以签订的《3＃、5＃－10＃楼工程发包附加条件协议书》履行。
原告认为，1、原、被告签订的《建筑工程施工合同》系双方真实意思表示，涉案天怡财富城工程建筑商只有被告一家没有第二家，且该合同也明确约定会存在工程发包附加条件协议书，故原、被告之后签订的《3＃、5＃－10楼工程发包附加条件协议书》是该合同的补充。2、原告将“PHC管桩基础工程”发包给第三方施工，不影响其他承包工程的承建，且被告也无法施工该项目。被告提供的原告股东内部彭白霜签订的《3#、5#-10#楼工程发包附加条件》也是在原、被告签订《3＃、5＃－10＃楼工程发包附加条件协议书》之后，且也没有原件，不能说明涉案工程由原告决定内部股东招投标。
被告认为，1、原、被告签订的《建筑工程施工合同》名义上原告将天怡财富城的3＃、5＃－10＃楼发包给被告施工，但并未实际履行，仅用于原告办理建设工程质量监督备案和取得建筑工程施工许可证的依据，不作它用。表现在该二份合同省略去通用条款，且签订后，原告将天怡财富城桩基工程发包案外人福建巨岸建设工程有限公司施工，并决定自建由原告内部股东招投标，被其股东彭白霜中标。2、原、被告真正履行的是双方于2009年10月17日签订的《3＃、5＃－10楼工程发包附加条件协议书》。
本院认为，1、原、被告于2009年7月18日签订的二份《建筑工程施工合同》中约定的工程内容明确载明：水电、土建按工程施工图纸并结合发包附加条件内容实施，而原、被告于2009年10月17日签订的《3＃、5＃－10＃楼工程发包附加条件协议书》中约定的工程内容变动正体现载明：套房层高调整为带板3米等。由此可见，原、被告是按双方签订的《建筑工程施工合同》履行的，《3＃、5＃－10＃楼工程发包附加条件协议书》仅是对《建筑工程施工合同》的部分内容变更而已。2、根据原告提供的《工程质量监督报告》也体现质量监督部门于2009年7月29日即是在原、被告签订《建筑工程施工合同》之后签订《3＃、5＃－10＃楼工程发包附加条件协议书》前即开始对被告施工涉案工程进行质量监督，并非是在签订《3＃、5＃－10＃楼工程发包附加条件协议书》后对被告施工涉案工程进行质量监督。3、被告抗辩原、被告签订《建筑工程施工合同》仅用于原告办理建设工程质量监督备案和取得建筑工程施工许可证的依据，不作它用，原、被告实际是按《3＃、5＃－10＃楼工程发包附加条件协议书》履行的意见，虽提供原告与第三方福建巨岸建设工程有限公司签订《PHC管桩基础工程施工合同》、原告内部股东彭白霜签订的《3＃、5＃－10＃楼工程发包附加条件》等证据予以证实，但《PHC管桩基础工程施工合同》仅限于PHC管桩工程施工，并没有列入涉案工程，而《3＃、5＃－10＃楼工程发包附加条件》由原告股东签订的时间为2009年10月25日，也是在原、被告于2009年10月17日签订《3＃、5＃－10＃楼工程发包附加条件协议书》的时间之后。故对该抗辩意见，本院不予采信。
二、涉案工程天怡财富城8、9、10#楼逾期工期多少，是否应扣减顺延工期？
原告认为，原、被告签订的《建筑工程施工合同》原约定涉案工程8、9、10#楼在2009年8月10日开工，后经双方协商开工时间改为2009年10月24日，工期改为380天，除了双方约定的顺延条件时间外，被告必须在2010年11月15日前竣工，但被告拖到2012年5月25日才完工，且消防验收拖至2012年9月24日才验收合格，已构成违约，被告提出所谓迟延事出有因，除了不完全可以体现的应延期的所谓暴雨外，其他的均没有提供合法证据，且2012年暴雨或台风，是发生在涉案工程验收前，还是验收后，没有明确。
被告认为，根据自己提供的开工报告单及工程竣工验收签到表，可证明涉案工程开工时间为2009年11月30日，竣工时间为2012年2月28日，且约定的工程工期延迟事出有因，表现在：1、5＃、6＃楼地下室挖土降水，2、5＃－10楼在基础开挖地下室因地质原因开挖加深，3、基础桩基复压，4、施工期间多个台风和暴雨，5、工程预验收时因内业资料部分盖章不齐全，6、约定工程完成初验后恰逢春节临近，无法办理竣工验收等导致工期延迟。
本院认为，1、原、被告签订《建筑工程施工合同》虽约定工程开工日期为2009年8月10日，但根据被告提供的《福建省房屋基础建筑工程和市政基础设施工程竣工验收备案表》（以下简称验收备案表）明确载明开工日期为2009年10月24日，竣工验收日期为2012年3月25日，且该验收备案表系原、被告及勘察单位、设计单位、监理单位共同盖章确认，《最高人民法院关于建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条第一款第（一）项规定“当事人对建设工程实际竣工日期有争议的，按照以下情形分别处理：（一）建设工程经竣工验收合格的，以竣工验收合格之日为竣工日期；”故本院可认定涉案工程8、9、10#楼开工日期为2009年10月24日，竣工验收日期为2012年3月25日。所以，涉案工程8、9、10#楼全部工期应自2009年10月24日起计至2012年3月25日止，共计884天。根据原、被告签订《3＃、5＃－10＃楼工程发包附加条件协议书》约定涉案工程8、9、10#楼工期为380天，则涉案工程8、9、10#楼逾期天数为884天－380天＝504天。又根据原、被告签订《建筑工程施工合同》专用条款第13.1条“工期顺延的其他情况：⑵因发包人原因或其他原因造成停工和误工，经工程师确认，⑶不可抗力如发生地震、台风、洪水暴雨等自然造成停工，经工程师确认的，确认某事件是否为不可抗力应以当地政府有关发布为准。⑷、发、承包人双方另行协商工期顺延”的约定。结合被告提供的气象部门出具的台风暴雨证明，其中证明2010年暴雨9天、2011年暴雨10天，均发生在涉案工程施工期内，则可予折减工期，而其中证明2012年暴雨2天是否发生涉案工程验收前、还是验收后无法确认，则不予折减。据上，涉案工程实际逾期天数为504天－9天－10天＝485天。2、被告抗辩涉案工程开工时间为2009年11月30日，竣工时间为2012年2月28日，虽提供工程开工报告及竣工验收签到表予以证实，但原告对该二证据的真实性均提出异议，且开工时间有涂改，原告对该开工时间也予以注明“补充协议时间为准”，况且工程竣工验收签到表载明的内容也仅是相关人员签到之事实，无法证明涉案工程是否通过竣工验收，故对该抗辩意见，本院不予采信。3、原告主张涉案工程开工日期为2009年10月24日，与本院上述分析一致，可予采信，但其主张涉案工程竣工日期为2012年5月25日，虽提供《工程质量监督报告》及网上公布消防验收予以证实，但该证据不足以证明竣工时间，故对该主张的意见，本院不予采信。4、被告抗辩涉案工程延迟事出有因，虽提供《基础施工方案变更请求顺延工期的报告》及因工期延误请求补偿报告和《工程签证单》等证据予以证实，但因《基础施工方案变更请求顺延工期的报告》中请求相应增加5＃、6＃、7＃、8＃、10＃号工期60天，《工期延误请求补偿报告》中叙述“由于基础施工时，基础桩基复压、基础加深变更及增加基础降水，导致该工程基础施工延误3个月”，均没有得到原告确认同意，而《工程签证单》仅证实5＃、6＃楼地下室持力室比原设计标高深出现地下水，并没有涉案工程8＃、9＃、10＃楼，故不予采信。被告还提出因内业资料不全及恰逢春节临近，并不是延迟涉案工程验收理由，故也不予采信。但被告提供气象部门出具的台风暴雨证明，如前所述，对其中2010年暴雨9天、2011年暴雨10天，均发生在涉案工程施工期内，可予采信，但对2012年暴雨2天是否发生涉案工程验收前、还是验收后无法确认，故不予采信。
综上，涉案工程8、9、10#楼实际逾期工期为485天。
三、原告对被告就涉案工程天怡财富城8＃、9＃、10＃楼逾期完工的违约责任是否不予追究？被告是否应承担违约金，违约金应如何计算。
原告认为，1、2011年9月25，原告向被告发出《关于按合同约定施工及交付房产的通知》，2013年8月7日，原告通过律师向被告发出律师函及原告提起本案诉讼，均可证明原告始终没有放弃自己的权利，故谈不上对被告逾期完工没有异议。2、原告于2014年8月4日退还给被告合同保证金20万元，属守约行为，不能以此否定原告提出被告逾期完工的权利主张。3、原告请求被告逾期完工每天按5000元支付违约金，有原、被告签订《建筑工程施工合同》约定为据。
被告认为，1、原告于2014年5月8日最后支付给被告工程款18万元后，又于2014年8月4日将合同保证金20万元退还给被告，显然原告对被告工期延迟无异议，2、原、被告签订的《3＃、5＃－10＃楼工程发包附加条件协议书》中对逾期完工违约金根据没有约定，被告向原告出具的承诺书也仅承诺未及时交付给业主投诉造成的赔偿事宜，并未涉及逾期完工的违约金的承诺，故原告主张的逾期完工违约金按按5000元／天计算缺乏事实依据。
本院认为，1、根据原告提供并由被告盖章确认的《关于按合同约定施工施工及交付房产的通知》，可证明原告对被告施工涉案工程逾期完工明确提出异议，并通知被告限时交房，逾期交付应按合同约定支付逾期违约金。而根据原、被告签订《建筑工程施工合同》专用条款第35.2条的约定承包人应承担的违约责任，若逾期未能完成的，按5000元／天向发包人支付误期违约金，如前所述，被告承建的涉案工程逾期485天，则应承担逾期违约金为485天×5000元／天＝242.5万元。需要说明的是，在法庭审理后，原告向本院提出愿意放弃今后就3#、5#、6#、7#楼再向被告提出逾期交房的违约责任。因为本案中原、被告签订有两份《建筑工程施工合同》，其中一份的工程项目为5#、6#、7#、8#、10#楼，另一份合同的项目为3#、9#楼，该两份合同均约定的逾期交房的违约责任。从本院的上述分析中可认定，被告对于两份合同项下的工程均逾期交付，应分别承担违约责任，现原告将两份合同的违约责任合二为一，只要求被告承担8#、9#、10#楼且是按照被告逾期交房的最短时间的违约责任，是原告处分自己的相关权利行为，该处分行为没有违反法律规定，没有损害国家、集体或他人的利益，且没有加重被告的负担反而是减轻了被告的负担（3#、5#、6#、7#楼因为建设时间更短，交房时间相应变短，而在竣工验收合格时间相同的情况下，被告逾期交房的天数明显更长，其承担的违约责任更重），故本院可予准许；2、原、被告签订《工程发包附加条件协议书》约定的涉案工程8#、9#、10#楼造价分别为2222114元、918829元、8711921元，合计人民币11852864元，原告依照合同约定请求的违约金，没有偏高，处于合理区间。因此，对该违约金的约定，可予支持。3、被告抗辩称涉案工程原、被告已结算，并退回保证金，应视为原告对工期迟延没有异议。但本院认为原告的上述行为（指工程原、被告已结算，并退回保证金的行为）显然是在履行自己应尽的义务，不能将原告履行义务行为视为其放弃主张相应权利的行为。故该行为并不影响原告要求被告承担涉案工程逾期完工的违约责任。
综上，被告应支付给原告涉案工程8、9、10#楼实际逾期工期的违约金为242.5万元。
四、本案是否超过诉讼时效。
原告认为，原告断续向被告主张自己的诉讼权利，期间原告还委托律师向被告邮寄《律师函》被拒收后，也由被告委托代理人林禹振签收，故原告于2015年7月提起本案诉讼，并没有超过诉讼时效二年。
被告认为，1、涉案工程于2012年02月28日验收合格，原告主张工期延迟的违约责任，最迟应于2014年02月28日之前提出，但原告于2015年07月23日才提出主张，其诉求明显超过了诉讼时效2年。2、被告并没有签收原告的《律师函》，在《律师函》上签收人林禹振不是被告员工，且签收人是否系林禹振无法确认，被告的《委托书》仅委托林禹振代表被告与原告进行水电工程结算，与林禹振签收《律师函》的行为之间没有必然的关联，故该《律师函》不能作为本案诉讼时效中断的法定事由。
本院认为，1、2011年9月25日，原告向被告发出的《关于按合同约定施工施工及交付房产的通知》即开始主张被告未按合同约定期限交房验收应承担逾期的违约金，如前所述，涉案工程于2012年3月25日竣工验收合格后，原告也于2013年08月7日委托律师通过邮寄形式向被告出具的《律师函》，要求被告承担逾期交房的违约责任，因为原告邮件寄送的地址是被告公司当时的注册地址，因此虽然被告对该邮件拒绝签收（邮递员在退回邮件上签注的退回原因），但仍可证明原告有向被告主张违约责任的意思表示或有向被告主张权利之行为发生，故本案诉讼时效在2013年8月7日发生中断，则原告在2015年7月24日向法院提起诉讼，没有超过法律规定的诉讼时效。2、关于《律师函》上林禹振签名的真实性问题。因原告提供的该证据即《律师函》仅用以证明本案诉讼时效中断事由，但据上述第一点，原告通过律师事务所邮寄《律师函》行为足以证明本案诉讼时效中断，故林禹振在2013年8月30是否签收《律师函》并在《律师函》上签名确认，与本案关联不大，而且因为双方均未提出就“林禹振”签名是否系其亲笔进行司法鉴定，故本院对该证据可不作审查认定。
经庭审举证、质证、认证，可对本案主要事实作如下认定：
2009年7月18日，原、被告签订二份《建筑工程施工合同》，约定：原告将开发的仙游县天怡财富城3#、5#－10#楼商住房建设工程承包给被告施工，被告应按工程图纸及发包附加条件内容施工水电、土建工程，开工日期为2009年8月10日，工期为260天至460天不等，如因不可抗力如发生地震、台风、洪水暴雨等自然灾害造成停工，以当地政府有关部门发布为准，或因其它原告造成误工停工经工程师确认，或经原、被告双方另行商协，可以顺延工期，若逾期未完式，被告应按5000元／天向原告支付逾期违约金等。2009年10月17日，原、被告又签订《3#、5#－10#楼工程发包附加条件协议书》，约定：对怡财富城3#、5#－10#楼的工期、单价进行变更，其中涉案8#、9#、10#楼工期按380天，付款方式按各号楼工程进度分段付款，且各留5%作质量保修金，按政府规定的保修期满后付清，并由被告交付给原告保证金20万元，待工程全部验收合格后返回等。上述合同及协议签订后，被告于2009年10月24日开始对上述工程进行施工，至2012年3月25日才竣工验收。2011年9月25日，原告向被告发出《关于按合同约定施工及交付房产的通知》，要求被告在2011年10月20日前将涉案工程验收合格交付给原告及业主使用，逾期交付应承担给原告及业主造成的一切经济损失，并按合同约定支付逾期的违约金。2012年1月20日，被告向原告出具《承诺书》，保证涉案工程在农历2012年1月30日前准时验收合格交付给原告使用，如不能及时交付，造成业主投诉赔偿及原告的一切损失由被告承担。但被告未兑现承诺，涉案工程在2012年3月25日才通过竣工验收。2013年8月7日，原告委托福建凌龙律师事务所向被告发送《律师函》，要求被告在收到律师函后十日内到原告处办理工程结算，并支付逾期完工的违约金等。2015年7月24日，原告向本院起诉提出上述诉讼请求。被告则作出上述答辩。
综上所述，本院认为，原、被告签订的《建筑工程施工合同》及《3#、5#-10#楼工程发包附加条件协议书》系双方当事人的真实意思表示，内容没有违反法律强制性规定，应认定合法有效。被告未按合同约定的工期交付涉案工程8-10#楼，已构成违约，依本院上述认定应支付给原告逾期交房的违约金人民币242.5万元。被告抗辩工期逾期事出有因，其合理部分，本院予以采信。据此，依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第二百六十九条、第二百七十九条、第二百八十一条的规定，判决如下：
一、被告福建省莆田市焕发建筑工程有限公司应在本判决生效后十日内支付给原告仙游县天怡房地产有限公司违约金人民币242.5万元。
二、驳回原告仙游县天怡房地产有限公司的其他诉讼请求。
如果被告福建省莆田市焕发建筑工程有限公司按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费人民币28800元，由被告福建省莆田市焕发建筑工程有限公司人民币负担26200元，原告仙游县天怡房地产有限公司负担人民币2600元
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于福建省莆田市中级人民法院。
审 判 长 林建秋
审 判 员 杨国地
人民陪审员 潘 黎
二〇一六年八月九日
书 记 员 林宇鹏
附：1、引用的主要法律条文内容：
《中华人民共和国民事诉讼法》
第二百五十三条被执行人未按判决、裁定和其他法律文书指定的期间履行给付金钱义务的，应当加倍支付迟延履行期间的债务利息。被执行人未按判决、裁定和其他法律文书指定的期间履行其他义务的，应当支付迟延履行金。
《中华人民共和国合同法》
第六十条当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
当事人应当遵循诚实信用原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。
第一百零七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
第二百六十九条建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。
建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同。
第二百七十九条建设工程竣工后，发包人应当根据施工图纸及说明书、国家颁发的施工验收规范和质量检验标准及时进行验收。验收合格的，发包人应当按照约定支付价款，并接收该建设工程。建设工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。
第二百八十一条因施工人的原因致使建设工程质量不符合约定的，发包人有权要求施工人在合理期限内无偿修理或者返工、改建。经过修理或者返工、改建后，造成逾期交付的，施工人应当承担违约责任。
2、执行申请提示
《中国人民共和国民事诉讼法》
第二百三十九条申请执行的期间为二年。申请执行时效的中止、中断，适用法律有关诉讼时效中止、中断的规定。
前款规定的期间，从法律文书规定履行期间的最后一日起计算；法律文书规定分期履行的，从规定的每次履行期间的最后一日起计算；法律文书未规定履行期间的，从法律文书生效之日起计算。