山东省青岛市城阳区人民法院
民 事 判 决 书
（2013）城民初字第673号
原告青岛登科房地产开发有限公司。
法定代表人武宗科。
委托代理人李乐国，山东海乐普律师事务所律师。
委托代理人刘苗，山东海乐普律师事务所律师。
被告高丽精线合金（青岛）有限公司。
法定代表人刘涛。
委托代理人张作民，山东圣恩律师事务所律师。
委托代理人薛晶，山东圣恩律师事务所律师。
原告青岛登科房地产开发有限公司与被告高丽精线合金（青岛）有限公司房屋租赁合同纠纷一案，本院受理后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。原、被告委托代理人到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告青岛登科房地产开发有限公司诉称，2008年4月2日，原、被告签订《青岛出口加工区厂房、场地租赁合同》，约定由被告承租原告厂房及场地，前三季度租赁费为每年1126322元，义务租赁期限为6年。原告根据被告要求对厂房进行改造、装修并配套相关设施，依约全面履行了合同义务，但被告从2011年1月10日起一直拖欠租赁费，2011年3月又以自有厂房建好为由提前单方终止租赁合同，被告突然解约，严重违背双方签订租赁合同的初衷，至今未向原告交接房屋，损害了原告的合法权益，致使原告专为被告改建厂房的费用全部损失。另外，被告承租期间给原告厂房、场地、设施等造成严重破坏，其应承担恢复原状或损害赔偿的责任，被告拖延恢复原状导致原告无法使用出租厂房，造成厂房闲置，依法应承担恢复原状交接前的租赁费损失。因被告无视法律和有效合同的行为给原告造成上述损失，经原告多次敦促无果。为维护原告合法权益，特向贵院起诉，请求判令：1、被告支付原告租赁费、逾期付款违约金、提前终止合同违约金、厂房闲置期间的租赁费等损失共计4356256元；2、被告将租赁期间损坏的厂房、场地等恢复原状或赔偿损失（如需评估，以评估为准）；3、诉讼费用由被告承担。庭审中，原告明确第一项诉讼请求为被告支付原告租赁费488072.72元、逾期付款违约金998670.4元、提前终止合同违约金1126322元、拖延恢复原状的租赁费损失1707942.14元、水费32002.2元及利息3246.31元；明确第二项诉讼请求为被告赔偿原告损失暂定为1093000元（最终以评估数额为准）。
为支持其诉讼请求，原告向法庭提供如下证据：
一、《青岛出口加工区厂房、场地租赁合同》1份，证明：1、被告承租原告厂房、场地，双方约定了租赁期限、租金标准、支付时间、双方责任、违约责任等内容；2、原告按照被告提供的图纸对厂房、场地进行了改造装修，相应特别约定被告最低义务履行期限为六年。被告对该证据真实性无异议，但认为该证据可以证明被告于2008年来青投资，作为青岛市招商引资项目，由青岛出口加工区招商局负责被告在青投资建厂的相关事宜，被告在青岛出口加工区招商局介绍下租赁了原告处厂房，双方签订了该合同，约定租赁期限自2008年7月1日起至2018年6月30日止，第六条第3款约定被告以书面方式提出终止本合同30日之后，本合同自动解除……，青岛出口加工区招商局作为见证、监督方在本合同盖章。
二、2011年3月5日解除租赁合同通知书1份及手机短信1条，证明：1、被告认可单方面解除租赁合同是违约行为，应承担违约责任；2、结合《青岛出口加工区厂房、场地租赁合同》约定，证明该租赁合同解除日期为2011年6月5日；3、被告自认于2011年1月1日开始不再继续承租原告处房屋、场地，但没有通知原告。被告对解除租赁合同通知书真实性无异议，但对证明事项有异议，认为根据原、被告双方租赁合同第六条第3款关于被告以书面方式提出终止本合同30日之后，本合同自动解除的约定，原告认定解除合同时间为2011年6月5日与约定不符，另该解除租赁合同通知书也可以证明被告非单方恶意违约，青岛出口加工区招商局曾居中协调，并保证被告顺利搬迁并与本案原告沟通解除合同并不需支付违约金，另本案原告自2011年1月起即实际控制厂房不允许被告进入，可见原告对此已经知晓，并非被告未通知原告；因手机短信是打印件，对此不予认可。
三、照片八张，证明被告租赁原告厂房、场地期间，造成厂房、场地及设施损毁，应承担恢复原状或赔偿损失的责任。被告对照片不认可，认为厂房现状应以现场确认为准。
四、恢复原状项目明细1份及手机短信1条，证明被告认可原告出具的恢复原状项目明细，但至今未进行恢复，给原告造成的损失应予以赔偿。被告对上述证据真实性不认可，认为恢复原状项目由原告单方确定，不能证明与实际损失相对应；因手机短信是打印件，对此不予认可。
五、2012年2月10日通知函、挂号信回执及回函各1份，证明原告不断要求被告支付租赁费、违约金以及要求被告对厂房、场地进行修复，但被告予以拒绝，致使租金损失继续扩大。被告对通知函真实性不认可，认为该通知函并不能证明系原告向被告寄送的，挂号信也不能证明与本通知函相对应，故对其证明事项不认可，但对回函真实性认可，证明被告已于2011年3月份向原告书面通知解除租赁关系。
六、被告欠付水费明细及利息计算明细各1份、水表照片4张、收条1份及水费缴纳凭证两宗，证明原告一直追要被告所造成的损失，被告自2008年7月至2011年3月共欠付原告水费32002.2元，被告曾承诺原告用加油费发票抵水费发票，但被告至今未支付拖欠的水费，该部分水费相应的利息也应作为损失赔偿。被告对收条真实性和证明事项有异议，认为收条所注明的是加油费发票，与本案无关联性；对水费缴纳通知单、付款申请单及水费发票真实性无异议，但对证明事项有异议，认为原告所提交的两宗单据明确记载了水费缴纳的原因系奥美与山特维克公司所用的水费，与被告无任何关系；对水表照片真实性不认可，认为原告在涉案厂房附近有三个工厂对外出租，包括奥美和山特维克，根据原告提交的水费单据看，实际缴纳人就是奥美和山特维克，被告没有拖欠水费。
七、2014年4月28日通知及回函各1份，证明鉴定机构2014年4月11日现场勘查后，为防止损失继续扩大，原告通知被告将厂房内遗留废弃物及厂房外配电室进行清理拆除，但被告拒不履行，故被告给原告造成的损失应由被告承担。被告对通知真实性无异议，但对证明事项有异议，认为原告非法扣留被告已经加工好的钢丝产品、防锈油、变压器以及行车、工字轮等并不是废弃物，并且导致被告不能将已完成品向客户按时交付，该损失在发出通知以前已实际发生，原告是为推卸赔偿责任而向被告发出的该通知；对回函真实性无异议，认为该回函进一步证实了原告非法扣留的物品并非所谓的废弃物，原告非法行使留置权，扣留包括成品钢丝绳在内的其他设施、设备已经给被告造成了重大损失。
八、鉴定费发票两份，证明原告两次鉴定共花费鉴定费65000元，应由被告承担。被告对该两份发票真实性无异议，但对证明事项有异议，认为因被告不同意原告通过评估鉴定的方式恢复原状，曾多次要求可以组织施工队进行恢复原状，故所产生的鉴定费不应由被告承担，另法庭尚未确定最终的恢复原状费用，也不应由被告承担全部鉴定费。
九、照片1张，证明被告在搬离时拆走涉案自行车棚，安置在其新建厂房中。被告对该证据真实性不认可，认为原告没有证据证明被告自建厂房的自行车棚就是其所诉的自行车棚。
被告高丽精线合金（青岛）有限公司辩称，1、被告不欠付原告租金，相应的逾期付款违约金无事实及法律依据；2、因出口加工区管委会招商需要，协调被告自建厂房并保证顺利搬迁，且保证不需支付违约金，被告才开始自建厂房，并于2011年1月起与原告协商解除合同事宜，被告不存在恶意违约，不应支付提前终止合同违约金，且该违约金约定过高；3、根据双方租赁合同约定，被告以书面方式提出终止本合同30日后自动解除，本案原告自2011年1月起即实际控制租赁房屋，并非法扣押被告钢丝成品等设备，原告实际控制厂房不允许被告进入，故该厂房闲置期间的租赁费与被告无关，属于原告恶意扩大并不应产生的损失，依法不应支持；4、被告对原告要求水费及利息有异议，原告主张的水费未经双方确认，也没有缴纳水费的凭证，不能证明原告所诉水费数额，利息也不应支持；5、原告第二项诉讼请求，根据法律规定，应以被告恢复原状为优先，且原、被告已就提前终止合同约定了违约金，不应再赔偿损失。
为支持其抗辩理由，被告向法庭提供如下证据：
一、《青岛出口加工区项目补充协议》1份，证明因青岛出口加工区招商局鼓励被告自己购买土地建设厂房，并承诺负责协调原告保证被告不支付违约金，被告于2009年11月29日与青岛出口加工区招商局签订《青岛出口加工区项目补充协议》，第七条约定“被告从现租厂房搬至自建厂房时，青岛出口加工区招商局负责协调房东（原告）保证被告不交任何违约金的前提下顺利搬迁”，被告作为外资企业来华投资，对中国政策法规不够熟悉，青岛出口加工区招商局作为政府部门，一直协助被告在青投资建厂的相关事宜，基于对政府部门的信任及配合政府部门工作，被告签订自建厂房合同，不是恶意违反与原告之间的租赁合同，并且青岛出口加工区招商局作为原、被告《青岛出口加工区厂房、场地租赁合同》的见证、监督方，鼓励被告自建厂房并做出让被告不支付违约金的情况下顺利搬迁的保证，被告有理由相信青岛出口加工区招商局能与原告协商好，不会恶意违约，提前终止合同违约金应由招商局负责处理，与被告无关。原告对该证据真实性无异议，但认为该证据与本案无关。
二、解除租赁合同说明书及EMS邮件详情单各1份，证明被告于2011年3月1日向青岛出口加工区招商局发函说明高丽公司与原告解除合同的事宜，并联系青岛出口加工区招商局按照合同约定协调原、被告双方违约金事宜并协助被告顺利搬迁事宜。原告对该证据真实性有异议，认为该证据与本案及原告无关。
三、2011年1月20日情况说明1份，证明被告2010年12月底自建厂房已完工，随后陆续将租赁厂房内的设备等搬迁至新厂房，并就搬迁事宜与原告及青岛出口加工区招商局进行了初步沟通，原告2011年1月18日派员驻扎在原厂房内，更换新锁，不允许被告对厂房内物品移动，实际控制厂房，因厂房内的产品系被告急需出口给海外客户的成品，船期已定，被告于2011年1月20日向出口加工区管委发函，请求协助，原告要求2011年1月起的租赁费及逾期付款违约金不应由被告承担。原告对该证据真实性有异议，认为该证据与本案及原告无关，如果原告存在该情况说明中的行为，被告应在2011年3月5日原告收到的通知书提出，被告向无关单位发送原告所谓扣押等情况，受送单位不会就此提出权利或义务，因此该发送不对原告产生任何法律效力。
四、2011年1月24日特别紧急求助函1份，证明因原告违法扣押的产品是被告急需供给国外客户的产品，为避免对国外客户违约，被告2011年1月24日再次向出口加工区管委求助协调。原告对该证据真实性有异议，认为该证据与本案及原告无关，被告从未向原告提出过该函载明的内容，也与被告向原告的发函内容不符，不对原告产生任何权利义务关系。
五、2011年1月26日律师函1份，证明原告2011年1月18日派员驻扎在原厂房内，更换新锁，不允许被告对厂房内物品移动，实际控制厂房，因厂房内的产品系被告急需出口给海外客户的成品，船期已定，为避免对国外客户违约，被告2011年1月26日委托律师再次向出口加工区管委求助协调。原告对该证据真实性不认可，认为被告无法证明该证据以及上述证据三、四已经送达及送达时间，且该证据本身不是向原告送达，不对原告产生任何法律效力，且与被告向原告发函内容不符。
六、2011年1月26日情况说明1份，证明被告就搬迁前已结清租赁费问题向管委会进行了说明。原告对该证据真实性不认可，认为被告无法证明该证据已经送达及送达时间，另该证据本身不是向原告送达，不对原告产生任何法律效力，且与被告向原告发函内容不符。
七、2011年2月8日情况说明1份，证明原告2011年1月18日派员驻扎在原厂房内，更换新锁，不允许被告对厂房内物品移动，实际控制厂房，因厂房内的产品系被告急需出口给海外客户的成品，船期已定，为避免对国外客户违约，被告2011年2月8日向青岛市政府领导请求帮助协商解决。原告对该证据真实性不认可，认为被告无法证明该证据已经送达及送达时间，另该证据本身不是向原告送达，不对原告产生任何法律效力，且与被告向原告发函内容不符。
八、2011年8月9日通知书及快递单据各1份，证明被告多次要求原告返还扣押的产品，并积极协商搬迁相关事宜，但原告置之不理，原告非法扣押被告出口给国外客户的钢丝成品、机器设备等资产至今，导致产品早已报废，应由原告赔偿，另原告自2011年1月18日实际控制厂房，不允许被告进入，被告也无法恢复原状，故原告主张的厂房闲置费用、场地恢复费用等应由其自行承担。原告对该通知书、快递单据及收件人需要回去落实，认为该通知书中的内容只是被告的观点，并非事实，原告从未扣押其货物，如果有货物，也是被告自行搬离后的遗留或废弃物，被告应自行清理。
经审理查明，一、2008年4月2日，原、被告签订《青岛出口加工区厂房、场地租赁合同》（以下简称“《租赁合同》”），主要约定：被告租赁原告位于青岛出口加工区内的厂房、场地，租赁期限自2008年7月1日至2018年6月30日共计10年，第1年度至第3年度租赁费为1126322元，租赁费每三年按3%递增，从第2年度起，租赁费按季度支付（每季度第一个月的前10日），原告根据被告要求对厂房、场地进行改造、装修，其中，为停水时保证水的供应在工厂外合适位置建设一处40吨的蓄水池（土建部分），在厂房东侧合适位置设置自行车棚，被告承担租赁期内所发生的电费、水费、卫生费，双方应严格遵守、执行本合同，任何一方违约应赔偿由此给对方造成的经济损失，被告应按本合同规定按时付给甲方租金，如逾期不交，从逾期一个月算起，每逾期一个月向原告交纳按年租金2%的违约金（不超过一个月时不计违约金），本合同执行的义务期限为6年，租赁期限内如被告要终止本合同，应提前3个月以书面形式通知原告，第1年度至第3年度内被告提出终止本合同，应支付原告一年的租赁费作为违约金，第4年度至第6年度内被告提出终止本合同则要支付甲方半年的租赁费作为违约金，（被告以书面形式正式提出终止本合同30日内，本合同自动解除，被告根据本条规定向原告支付违约金）。2009年11月29日，被告（乙方）与青岛出口加工区管理委员会招商局（甲方）签订《青岛出口加工区项目补充协议》，主要内容为被告与青岛出口加工区管理委员会招商局关于购地及自建厂房事宜的约定，其中第七条约定“乙方从现租赁厂房搬至自建厂房时，甲方负责协调房东保证乙方不交任何违约金的前提下顺利搬迁”。被告称其自建厂房于2010年12月底完工，随后陆续将租赁厂房内的设备等搬迁至新厂房，原告于2011年1月18日派人实际控制厂房。原告称其在2011年春节后约2月中旬发现被告搬走的。原告称其于2011年3月5日收到被告落款时间为2011年3月1日的解除租赁合同通知书，该通知书载明：“我公司（被告）与贵公司（原告）于2008年4月2日签订《青岛出口加工区厂房、场地租赁合同》，约定租用贵公司的厂房。后来，我司决定增加投资计划，在出口加工区管委会招商局的协调下，我司决定自行购买土地，自建厂房运营。我司和出口加工区招商局于2009年11月29日订立了《青岛出口加工区项目协议》和《青岛出口加工区项目补充协议》，约定双方的相关权利和义务，合同约定招商局负责处理我公司和青岛登科房地产开发有限公司解除合同所发生的违约金。基于上述协议的规定，招商局应该已经与贵公司进行了提前的沟通，并通报我司将来不再租赁其厂房的事实。因此，我司在厂房建设和搬迁过程中，没有再另行通知贵司。现因为我公司自有厂房建设完毕，从2011年1月1号开始不再继续承租贵公司的房产，特提出终止签订的《青岛出口加工区厂房、场地租赁合同》。对于不能和贵公司继续合作深表遗憾，并对给贵司造成的不便表示歉意，同时就解除合同后的法律事项我公司将积极地和贵公司保持沟通和协商。”2012年2月10日，原告向被告发出通知函，要求被告尽快支付2011年度租赁费1126322元、2012年度第一季度租赁费290027.92元、逾期支付租赁费违约金630740.32元，并将损坏的厂房恢复原貌。2012年2月13日，被告向原告发出回函，认为根据双方签署的《青岛出口加工区厂房、场地租赁合同》约定，该租赁合同已随着2011年3月份向原告发出的解除租赁合同通知书而自动解除，不应该继续发生原告通知中要求的费用。
二、经原告书面申请，本院依法委托青岛理工大学建筑设计研究院（以下简称“理工大学设计院”）对涉案被损坏的厂房、场地的修复方案进行鉴定，原告垫付司法鉴定费50000元，理工大学设计院为此出具了QDLGSJYJD-2414号鉴定意见书，鉴定意见及处理建议为：5.1涉案建筑外立面玻璃黏贴反光膜及遮阳膜，不符合原有竣工图纸要求；外立面玻璃存在破损现象，影响建筑使用能；外墙顶部饰面局部存在损坏，影响建筑美观；外墙局部存在孔洞及螺栓，影响建筑使用。处理建议：建议清除涉案建筑外立面玻璃黏贴反光膜及遮阳膜，恢复至原竣工标准；将破损玻璃进行更换；将外墙饰面损坏及相关部位面层打磨、找补，并按重新粉刷；建议将孔洞采用C20细石混凝土封堵，并将该部位及相关部位进行粉刷处理；将出墙面螺栓切除。5.2涉案建筑物一层卷帘门破损、变形以及铝合金门变形等，影响建筑使用要求。处理建议：建议对破损的卷帘门进行更换处理；建议对变形的铝合金门进行修复处理。5.3涉案建筑物一层西门位置影壁墙及二层、三层间隔墙，不符合竣工图纸要求。处理建议：将间隔墙拆除恢复至原竣工图纸要求，由此引起的地面损坏需要修复处理，由此引起的顶棚需要进行重新调整处理。5.4涉案建筑物一层地面存在混凝土设备基础底座和管沟、地槽、二层地面刷漆处理及三层地面铺设瓷砖，不符合竣工图纸要求；一层地面存在严重油污污染、二层地面部分存在破损、楼梯间花岗岩台阶存在破损及室内墙面局部存在污染，影响建筑使用要求及建筑美观要求。处理建议：1）拆除一层混凝土设备基础，2）将混凝土地面下凿40mm，3）将地面清理干净，并洒水湿润72小时以上，刷环氧树脂高强粘结剂一道并撒砂粘结，4）将一层地面重新浇筑C25细石混凝土，地沟、地槽位置地面150mm以下位置采用C15小毛石混凝土找平，地沟、地槽位置地面及地沟、地槽两侧各500mm范围内地面配φ6@200钢筋网片，5）地面随打随抹平。6）将二层地面破损位置及刷漆位置向下凿毛20mm处理，清理干净洒水湿润后，刷素水泥浆一道，抹1：2.5水泥地面，随打随抹平。7）将三层瓷砖地面拆除，清理干净洒水湿润后，刷素水泥浆一道，抹40厚1：2.5水泥砂浆，抹平处理。8）将室内污染的墙面饰面铲除，重新施工。9）因室内隔断拆除造成的室内地面、内墙面污染、损坏进行修复，将由此引起的吊顶重新调整处理。10）将楼梯间花岗岩台阶破损处进行更换处理。5.5涉案建筑物部分灯具损坏、部分消防设施损坏、配电箱、配电柜丢失、顶棚存在吊挂设施，影响建筑使用要求。处理建议：建议将损坏的灯具、消防设施、配电箱、配电柜按原装恢复安装；将顶棚吊挂设施拆除。5.6涉案建筑物卫生间洁具、洁具配件、隔断、墙面瓷砖等损坏，影响建筑使用要求。处理建议：建议将卫生间所有损坏的洁具、洁具配件以及隔断等重新更换、修复处理；将卫生间墙面瓷砖存在损坏的部位及相关部位一同更换处理。5.7涉案建筑物室外新建2处建筑物及拆除1处自行车雨棚。（此条需要鉴定申请人提供相应证据至法院，由法院裁定。）处理建议：如属实，则：拆除2处新建建筑物及基坑、基础，回填种植土恢复原有植被；将原有自行车雨棚恢复原状。原、被告均未在本院指定期限内针对该鉴定意见书提交书面异议。原告质证意见为对该鉴定意见书真实性无异议，但认为租赁合同明确约定原告应被告要求在厂房外建设一处蓄水池（土建部分）及设置自行车棚，故该鉴定意见及处理建议第5.7项应予支持。被告质证意见为对该鉴定意见书真实性无异议，但被告不同意鉴定，一直主张要求自行委托恢复原状，对建筑外立面玻璃黏贴反光膜及遮阳膜，因为不影响实际使用，故不同意鉴定机构进行清除的意见；因被告从厂房撤出后由原告实际控制并管理涉案厂房，门的损坏不能证明是由被告造成的，故不应由被告修复；对建筑厂房一、二、三层隔断被告不同意拆除，双方签订租赁合同后，被告经原告同意将通用厂房按被告实际需要以隔断的方式分别设置了生产区域和办公区域，如果没有隔断被告无法正常生产经营，被告为安装隔断花费大量费用，拆除有违公平原则；被告经过原告准许在三层地面铺设瓷砖，花费大量费用，并其他需要区域花费巨资涂刷了环氧树脂漆，没有必要再进行清理，原告自己使用或另行出租该厂房也要加铺瓷砖或对地面进行相应处理，不需要对瓷砖及环氧树脂清除；因厂房由原告实际控制，不能证明灯具及消防设施缺失或损坏是由被告造成的，应由原告自己承担；鉴定机构照片显示卫生间墙面瓷砖发生粉化，属于自然粉化，该费用不应由被告承担；对其他项目没有意见。经原告书面申请，本院依法委托青岛汇德工程造价咨询有限公司（以下简称“汇德造价公司”）对涉案厂房、场地的修复费用进行鉴定，原告垫付司法鉴定费15000元，汇德造价公司为此出具了汇所司鉴字（2014）第2-1号工程造价鉴定报告，鉴定结论为涉案厂房工程修复费用的总造价为902178.16元（其中包括理工大学设计院修复方案第5.7条所涉及的费用76732.42元）。原告未在本院指定期限内针对该报告提交书面异议。被告在本院指定期限内针对该报告提交了书面异议，汇德造价公司对其所提异议出具了书面回复函，被告对该回复函无异议。原告质证意见为对该报告真实性无异议，认为该报告第七项的费用应予支持。被告质证意见为对该报告真实性无异议，但对该报告中鉴定结论第六项有异议，认为鉴定价格太高。
上述事实，由原、被告提交的证据，QDLGSJYJD-2414号鉴定意见书，汇所司鉴字（2014）第2-1号工程造价鉴定报告及异议回复函，询问笔录及庭审笔录在卷佐证，并经当庭质证，足以认定。
本院认为，原、被告2008年4月2日所签订的《租赁合同》系双方自愿、平等协商签订，等价有偿，意思表示真实，当事人应当按照合同约定履行各自的义务。
综合原、被告诉辩主张和本案查明事实，本院对原告诉讼请求依次评判如下：
一、关于原告要求被告支付租赁费488072.72元。被告向原告发出落款时间为2011年3月1日的解除租赁合同通知书，原告称其于2011年3月5日收到，在被告没有提交证据证实原告收到日期的情况下，本院对该收到日期予以采信。原、被告双方对合同正文“租赁期限内如被告要终止本合同，应提前3个月以书面形式通知原告”条款及合同括号内“被告以书面形式正式提出终止本合同30日内，本合同自动解除，被告根据本条规定向原告支付违约金”条款有争议，因双方《租赁合同》约定的合同执行义务期限为6年，根据《中华人民共和国合同法》第一百二十五条第一款关于合同的解释方法规定，本院认为应当根据该《租赁合同》所使用的词句、合同的有关条款进行整体解释，即在合同执行义务期限为6年的前提下，被告终止本合同应提前3个月以书面形式通知原告，在被告未提前3个月书面通知的情况下，被告抗辩以书面形式正式提出终止本合同30日内，本合同自动解除，本院对此意见不予采纳。原告认为双方《租赁合同》解除日期应为2011年6月5日，被告应支付相应的租赁费，理由正当，本院予以部分支持482158.15元，其租赁费计算方式为：2011年1月1日至2011年3月31日期间租赁费281580.5元（1126322元÷4个季度）＋2011年4月1日至2011年6月4日期间租赁费200577.65元（1126322元÷365天×65天）。
二、关于原告要求被告支付逾期付款违约金998670.4元。原告基于被告欠付租赁费，根据《租赁合同》约定计算的违约金共计998670.4元，被告辩称不欠付租赁费，不产生逾期付款违约金，本院认为，因已认定被告应付原告租赁费482158.15元，被告不支付租赁费会给原告造成利息损失，但双方约定的违约金确系过分高于给原告造成的损失，且原、被告对应否支付租赁费及合同解除时间有争议，故本院酌情以欠付租赁费为基数的银行同期贷款利率130％予以调整，经本院依法核算，以被告支付原告逾期付款违约金74312.53元为宜。
三、关于原告要求被告支付提前终止合同违约金1126322元。被告提前终止《租赁合同》，违反合同约定，其虽抗辩青岛出口加工区管理委员会招商局负责协调原告保证被告不交任何违约金的前提下顺利搬迁，但该双方所签订的《青岛出口加工区项目补充协议》未经原告确认，不产生对抗原、被告《租赁合同》约定的效力，故原告基于合同约定要求被告支付提前终止合同违约金1126322元，理由正当，于法有据，本院予以支持。
四、关于原告要求被告偿付拖延恢复原状的租赁费损失1707942.14元。《中华人民共和国合同法》第二百二十二条规定：“承租人应当妥善保管租赁物，因保管不善造成租赁物毁损、灭失的，应当承担损害赔偿责任。”被告在租赁期间因使用不当造成部分租赁物损坏，应承担损害赔偿责任，鉴于被告表态同意为原告恢复原状，双方对此进行过协商但未达成一致意见，而本院所支持的提前终止合同违约金1126322元已具有弥补原告租赁费损失的作用，且原告在该租赁费损失扩大上未采取适当措施，对此亦有过错，根据《中华人民共和国合同法》第一百一十九条规定，本院综合当事人的过错程度以及减损义务等综合因素，根据诚实信用原则，对原告主张的该租赁费损失1707942.14元不予支持。
五、关于原告要求被告支付水费32002.2元及利息3246.31元。原、被告双方《租赁合同》约定由被告承担租赁期内所发生的水费，原告在本案中要求被告支付水费32002.2元，但所提交的证据不足以证明其事实主张，应对此承担不利后果，故本院对原告要求被告支付水费32002.2元及利息3246.31元的诉讼请求不予支持。
六、关于原告要求被告偿付损失1093000元（最终以评估数额为准）。如上述第四部分所述，被告应对在租赁期间因使用不当造成部分租赁物损坏承担损害赔偿责任，经本院依法委托理工大学设计院和汇德造价公司鉴定评估，认为涉案房屋设施应予修复处理，对于理工大学设计院鉴定意见及处理建议中第5.7条涉案建筑物室外新建2处建筑物及拆除1处自行车雨棚问题，双方《租赁合同》明确约定由原告为停水时保证水的供应在工厂外合适位置建设一处40吨的蓄水池（土建部分），在厂房东侧合适位置设置自行车棚，结合涉案室外建筑物现状及原自行车雨棚处可见钢管痕迹等情况，本院认为应对理工大学设计院“拆除2处新建建筑物及基坑、基础，回填种植土恢复原有植被；将原有自行车雨棚恢复原状”的处理建议予以采纳，故鉴定机构结合现场勘测情况，所作出的鉴定意见结论程序、范围合法，符合本案实际情况，应作为本案的定案依据。原告以最终以评估数额902178.16元为准要求被告偿付损失，理由正当，于法有据，本院予以支持。
七、关于原告垫付司法鉴定费65000元。该费用根据鉴定结论判决结果依法应由被告承担。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第六条、第一百一十九条、第一百二十五条第一款、第二百二十二条，《最高人民法院关于诉讼证据的若干规定》第二条之规定，判决如下：
一、被告高丽精线合金（青岛）有限公司于本判决生效后十日内支付原告青岛登科房地产开发有限公司房屋租赁费人民币482158.15元。
二、被告高丽精线合金（青岛）有限公司于本判决生效后十日内支付原告青岛登科房地产开发有限公司逾期付款违约金人民币74312.53元。
三、被告高丽精线合金（青岛）有限公司于本判决生效后十日内支付原告青岛登科房地产开发有限公司提前终止合同违约金人民币1126322元。
四、被告高丽精线合金（青岛）有限公司于本判决生效后十日内偿付原告青岛登科房地产开发有限公司损失人民币902178.16元。
五、被告高丽精线合金（青岛）有限公司于本判决生效后十日内支付原告青岛登科房地产开发有限公司司法鉴定费人民币65000元。
六、驳回原告青岛登科房地产开发有限公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费49945元，由原告负担26471元，被告负担23474元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于山东省青岛市中级人民法院。
审判长 纪仁峰
审判员 李 珂
审判员 黄瑛玲
二〇一四年十二月三十一日
书记员 张 磊
附相关法律条文：
一、《中华人民共和国合同法》
第六条当事人行使权利、履行义务应当遵循诚实信用原则。
第一百一十九条当事人一方违约后，对方应当采取适当措施防止损失的扩大；没有采取适当措施致使损失扩大的，不得就扩大的损失要求赔偿。
当事人因防止损失扩大而支出的合理费用，由违约方承担。
第一百二十五条第一款当事人对合同条款的理解有争议的，应当按照合同所使用的词句、合同的有关条款、合同的目的、交易习惯以及诚实信用原则，确定该条款的真实意思。
第二百二十二条承租人应当妥善保管租赁物，因保管不善造成租赁物毁损、灭失的，应当承担损害赔偿责任。
二、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》
第二条当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实有责任提供证据加以证明。
没有证据或者证据不足以证明当事人的事实主张的，由负有举证责任的当事人承担不利后果。