福建省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2016）闽民终1086号
上诉人（原审被告、反诉原告）：福建省随园旅游发展有限公司，住所地福建省泰宁县朱口镇音山村部办公楼204室。
法定代表人：林永红，该公司总经理。
委托诉讼代理人：黄重取，福建闽润律师事务所律师。
委托诉讼代理人：邱大琼，福建闽润律师事务所律师。
被上诉人（原审原告、反诉被告）：福建省惠五建设工程有限公司，住所地福建省惠安县螺城镇新霞社区世纪大道东侧危房改造安置工程C区15号楼302、303室。
法定代表人：张佳伟，该公司董事长。
委托诉讼代理人：黄丽明，福建翔轩律师事务所律师。
委托诉讼代理人：刘英明，福建翔轩律师事务所律师。
上诉人福建省随园旅游发展有限公司（以下简称随园公司）因与被上诉人福建省惠五建设工程有限公司（以下简称惠五建公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服福建省三明市中级人民法院（2015）三民初字第607号民事判决，向本院提起上诉。本院于2016年8月5日立案后，依法组成合议庭，开庭进行了审理。
上诉人随园公司的法定代表人林永红及其委托诉讼代理人黄重取、邱大琼，被上诉人惠五建公司的委托诉讼代理人黄丽明到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
随园公司上诉请求：撤销原审判决并依法改判或发回重审。事实和理由：（一）一审判决部分事实不清。一审判决只是对相关证据进行罗列，但对合同效力、工程质量是否合格、合同是否解除等问题没有查清，属事实不清。（二）一审判决认定讼争工程总造价为910万元错误。讼争工程虽然在招投标前签订过协议，招投标以后也签订过协议，但讼争工程是强制性招投标工程，因此，与经过中标备案建设工程施工合同不一致的合同或协议，均不得作为工程价款的结算依据。而应以中标备案的建设工程施工合同作为计算工程价款的依据。讼争工程固定总价款为1600万元，在工程未完工的情况下，应当由双方协商，协商不成的，应当进行鉴定。虽然双方于2014年6月25日签订了《随园山庄补充协议》，约定“随园公司应在2014年7月5日前按定额及专用条款中的要求完成乙方已完成工程量的审核并确认，否则，按乙方已报送的随园山庄结算书金额（含补贴共计910万元）同时结清乙方全部的工程款”。但随园公司已于2014年7月5日前按定额完成审核，审核结算价为3496880元，因此补充协议约定的按910万元作为结算价款的条件并不成就。（三）一审法院不进行造价鉴定，程序违法。讼争工程为未完工程，在双方协商不成的情况下，应当委托鉴定，随园公司在一审举证期限届满前已经提出造价鉴定申请，但一审法院未予答复，亦未委托鉴定，违反法定程序。（四）一审法院驳回随园公司要求交付工程质量合格资料的请求，显属错误。惠五建公司取得工程款的前提必须是工程质量合格，工程质量合格首先要使用的建筑材料质量合格，要有合格证、自检合格、检测合格的相关资料，还要通过建设、勘查、设计、施工、监理单位联合验收。一审判决只判令交付施工图纸及相关资料，没有判决交付质量合格的资料错误。（五）一审法院未在工程款中扣除代缴税款不当。（六）一审法院判决惠五建公司享有优先受偿权不当。首先优先受偿权必须以工程质量合格为前提，其次优先受偿权只能以承包施工的工程范围为限，对该工程占用的土地，不能行使优先受偿权。（八）一审判决存在漏项。一审判决对合同继续履行还是解除，没有明确意见，判决漏项。
惠五建公司辩称，（一）讼争工程施工中因随园公司提出解除合同，后双方协商同意解除，为此先后于2014年5月29日及6月25日签订了两份补充协议，就讼争工程价款结算和终止合同等内容达成协议。根据2014年6月25日签订的补充协议，随园公司应当在2014年7月5日前完成惠五建公司已完成的工程量的结算审核，否则应当按照惠五建公司报送的结算书金额（含补贴）910万元结清全部工程款。但随园公司并未完成工程审核，本案应按910万元作为工程结算价款的依据。随园公司主张两份补充协议无效的理由不能成立，其申请对工程造价进行鉴定不能支持。（二）补充协议明确约定随园公司付清款项后合同终止并由惠五建公司移交工程资料，因此在随园公司未付清工程款及补贴损失的情况下要求交付工程资料，没有依据。（三）随园公司在协议书约定的工程量结算审核确认期内没有提出工程存在质量问题，一审中亦未举证证明工程存在质量问题。随园公司主张工程存在质量问题没有依据。（四）一审判决惠五建公司享有工程价款优先受偿权符合法律规定。综上，随园公司的上诉请求应予驳回。
惠五建公司向一审法院起诉请求：1.判令随园公司立即向惠五建公司支付工程款及损失合计659万元；2.判令随园公司向惠五建公司支付违约金暂计至起诉日为10万元（因拖延支付工程款项的违约金按5000元/日计算至工程款项全部付清之日止）；3.判令惠五建公司有权以本案工程拍卖或变卖所得价款优先受偿前述第1、2项诉求之款项。随园公司反诉请求：1.惠五建公司交付已施工部分全部施工资料及全部工程图纸；2.惠五建公司交付已施工部分工程质量合格证明资料。
一审法院认定事实：1.2013年1月8日，发包人随园公司（甲方）与承包人惠五建公司（乙方）签订《建设工程施工合同补充专用条款》，约定：工程地点福建泰宁，设计建筑面积约14000平方米，承包方式包工包料（按图纸设计内容和室外工程），该工程分两期，第一期（约12套别墅）主体工程封顶后14天内按已完工程85%支付进度款，其后按每月支付完成量的85%进度款。外装修工程完工拆架后14天内按90%支付进度款。单位工程通过竣工验收，14天内累计拨付至总价的97%，乙方将符合城建档案要求的竣工图纸及工程内页资料交付甲方后，双方办理工程竣工结算，甲方收到结算报告后于一个月内作出审核意见，竣工结算审定双方无异议后一个月内甲方按结算价98%支付工程款（含已付款）余2%留作保修金，保修期满结清。拨付工程款时，乙方必须提供工程属地建安税票。结算期从竣工之日起最迟不能超过三个月。否则按乙方上报的结算价作为终结价。甲方未按约定支付工程款，迟付款时间超过应付款日14天以上，从第15天起，甲方按欠付金额同期银行贷款利率的四倍赔偿乙方损失。必要时乙方就可能造成工程停工的损失向甲方进行追索并有权单方终止合同。乙方应严格按照经批准的进度计划实施，因乙方原因进度严重滞后，甲方有权终止合同责令乙方退场，乙方应无条件接受并于15天内移交施工现场，撤出工地，由此造成的损失概由乙方负责。工期每延期1天乙方应向甲方支付2000元/日的违约金。若乙方自行停工或发生严重（经监理工程师认定）质量事故，甲方将视影响的程度采取相应的措施直至终止合同责令乙方退场，由此所造成的经济损失由乙方承担。本补充专用条款如与《建设工程施工合同》中有关条款内容不一致的以本补充专用条款为准，本补充专用条款解释顺序优先。本补充专用条款以双方签字后，作为本工程《建设工程施工合同》的组成部分，并与之同时生效，至工程保修期满，结清保修金后失效。未尽事宜，经双方协商可签订补充条款，补充条款与本合同具有同等法律效力。后续工程可参照本补充专用条款签订补充协议。发包人随园公司的法定代表人于2013年1月8日在落款处签字并加盖公章，承包人惠五建公司的法定代表人在落款处签字并加盖公章。
2.2013年3月17日，惠五建公司向随园公司出具的《报告》载明：2013年3月14日至16日，此期间我单位在临时设施建设时，多名村民多次影响、阻扰我方施工，理由是土地纠纷，其行为已经严重影响我方工程进度，望贵公司尽快予以协调解决。
3.2013年3月，《福建省房屋建筑和市政基础设施工程标准招标施工招标文件》（招标编号：SMJL〔2013〕泰字第004号）中招标人随园公司发出的招标公告载明，招标条件：本招标项目随园旅游山庄土建工程已由闽发改备〔2012〕G07035号的文件批准建设，项目业主为随园公司，建设资金来自企业自筹，招标人为随园公司，委托的招标代理单位为三明市工程建设监理有限公司。项目已具备招标条件，现对该项目的施工进行要求招标。项目建设地点泰宁县朱口镇音山，建筑面积月14523平方米，造价约1600万元；招标范围和内容为随园旅游山庄土建工程（详见施工图纸及说明）；总工期240日历天，工程质量符合《工程施工质量验收规范》合格标准。本招标项目要求投标人具备合格有效的房屋建筑工程施工总承包三级及以上资质和《施工企业安全生产许可证》，投标人拟担任本招标项目的建造师或临时建造师应具备有效的不低于二级建筑工程注册建造师（或临时建造师）职业资格，并持有安全生产考核合格证书B证（园林绿化工程按有关规定）。本招标项目招标人对投标人的资格审查采用的方式是资格后审。
4.2013年3月22日，投标人惠五建公司向招标人随园公司出具的《投标书（商务标）》载明：（1）现根据已收到“随园旅游山庄土建”工程的招标文件。我单位经考察和研究上述工程招标文件及其它有关文件之后，我方愿以下浮率6.99%，按招标文件承包上述工程的施工、竣工和保修。（2）以总造价优惠率（下浮率）作为报价。包含一切费用（规费、税金、环境保护费、文明施工费、安全施工费、临时设施均包含在内按规定计取）。（3）一旦我方中标，我方保证该工程240日历天内竣工并移交整个工程，工程质量达到符合《工程施工质量验收规范》合格标准。（4）我方同意所递交的投标文件在招标文件规定的投标有效期内有效，在此期间内我方的投标若有可能中标，我方将受此约束。（5）你方的中标通知书和本投标文件将构成约束我们双方的合同。惠五建公司的法定代表人张佳伟在落款处签字并加盖单位公章。同日，投标人惠五建公司致随园公司《资格审查申请函》载明：经研究并充分理解招标文件投标须知中关于资格审查文件的各项条款及要求后，我方愿根据该文件的要求提交所需的资格审查申请材料（见附表），对招标编号为SMJL〔2013〕泰字第004号的随园旅游山庄土建工程的投标提出申请，并接受招标人对我方进行的资格审查。我方将派出建造师陈健鸿，执业证书编号闽235000805622为本项目的项目经理。该申请函后附表内容包括投标人基本情况、拟派出项目经理、技术负责人简历表等。2013年3月27日的《评标报告》载明：随园旅游山庄土建工程于2013年3月27日上午9:00在泰宁县公共资源交易中心开标，福建联发建设工程有限公司、惠五建公司、泰宁县金湖建设有限公司等三家企业参投，在有关部门监督下开标。进行了资格、资质审查及标函密封情况检查，均符合要求，经评审：评标基准值为7%，第一中标候选人惠五建公司，得分99.98份、报价（下浮率）6.99%，工期240天、质量等级合格。
5.2013年4月9日，招标人随园公司主送惠五建公司的《随园旅游山庄土建工程中标通知书》（招标编号：SMJL〔2013〕泰字第004号）载明：中标单位惠五建公司，项目经理陈健鸿，招标单位随园公司，中标工程项目随园旅游山庄土建工程，建设地点泰宁县朱口镇音山，中标工程内容随园旅游山庄土建工程，承包方式包工包料。备注栏载明主送惠五建公司。招标人随园公司和招标代理人三明市工程建设监理有限公司的法定代表人均在落款处签字并加盖单位公章。
6.承包人惠五建公司中标后与发包人随园公司签订《建设工程施工合同》，合同第一部分协议书约定：工程名称随园旅游山庄，工程地点泰宁县朱口镇音山村，工程内容土建、装饰、给排水、屋面以及附属配套工程等，工程立项批准文号闽发改备〔2012〕G07035号，资金来源自筹。承包范围为土建以及附属配套工程等，开工日期2013年5月1日，竣工日期2013年12月31日，合同工期总日历天数245天。工程质量标准合格。合同价款1600万元，其中工程劳动保险费423074元。合同订立地点随园公司，本合同双方签字盖章后生效。合同生效后，应报所在地工程造价管理部门和工商行政管理部门备案。合同第三部分专用条款约定：合同文件组成及解释顺序为合同协议及标准规范。本合同价款采取固定总价方式确定，工程款（进度款）按月进度85%支付，工程完工决算后支付至97%，余下3%带保修期满后支付。工程变更以设计单位的变更文件，经发包人认可为准。随园公司和惠五建公司在合同中加盖公章和法定代表人印章。
7.2014年2月28日，惠五建公司致随园公司的《函》载明：贵我双方于2013年元8日签订关于“随园旅游山庄补充协议”，我司认真执行该协议的相关约定，并积极配合贵司的各项工作，但在合同（协议）履行过程中，贵司由于以下各种原因使工程无法顺利进行。（1）我司从2013年3月份进场至今，贵司施工许可证仍未办理，在施工时虽然有建设局审批的“容缺预审”，但是早已过期，现在时隔一年请尽快办理，由此引起的后果全由贵司承担；（2）现在施工的总平面图及工程施工中的设计变更未加盖设计院公章及签字，由此引起的后果由贵司承担；施工过程中的联系单10份、报告4份、签证单暂时3份（见附页），请贵司及时签章；（3）在2014年春节来临之际，贵司以未达到合同规定（封顶12套别墅）为由，拒支付我司工程进度款。我司于2013年3月11日进场，至2014年2月中旬（春节前）仍未达到合同规定支付工程款进度具体原因有前期土地纠纷引发的村民多次工地闹事、施工总平面图纸变更、二级钢筋市场无法购买等。综上所述，造成春节前我司未封顶原因不在我司责任，而在贵司。由此在春节贵司未付款造成我司巨大损失，要求贵司给予赔偿，请贵司综合考虑以上因素，并尽快支付我司工程进度款，以保证后续工程的顺利进行。
8、2014年5月29日，甲方随园公司与乙方惠五建公司签订《随园旅游山庄补充协议书》，约定：（1）甲方应在2014年5月31日前支付乙方已完成工程100万元进度款，2014年6月10日前再次支付乙方100万元进度款。（2）甲方应在2014年6月15日前按定额及2013年1月8日签订的“建设工程施工合同补充专用条款”（以下简称专用条款）中的要求，完成乙方已完工程量的结算审核，并结清乙方剩余工程款。双方同意税收按结算价的3.445%暂留，待以后工程队完税。（3）甲方同意在按合同及专用条款结算基础上补贴乙方损失：①春节后停工补贴：756880元（含设备租赁、管理人员工资、班组误工详见附件），双方同意按50万元整数补贴；②封顶应付工程款未付造成的乙方资金损失500万元×85%×3%×4月=51万元整。（4）双方同意甲方支付完成结算款及乙方损失后终止合同及补充协议规定的双方权利、义务。（5）合同解除后乙方应将前期工程的相关资料移送甲方，同时协助甲方办理相关政府部门变更手续（若继续沿用乙方总承包单位，则另行签订补充协议）。（6）甲方应按上述（1）、（2）条约定支付时间支付乙方工程款项，若有拖延，甲方每天赔偿乙方5000元违约金，最迟不得超过15天。（7）若任何一方违约，可提出起诉，双方约定由泉州市中级人民法院审理。本协议书附件《随园旅游山庄春节后停工补贴》载明：停工4个月每月所需费用：（1）管理人员工资34400元；（2）后勤人员工资5200元；（3）塔吊租金24500元（TC5613）和22500元（TC5610）；（4）模板：A型3栋两层：571m2×3栋×2.5×8元/月=34260元、B型5栋一层：33m2×5栋×2.2×8元/月=2904元、工人误工：6×1800元/月=10800元；（5）内架:A型3栋两层：571m2×3栋×3m×3.5元/月=17986元、B型5栋一层：33m2×5栋×2.2m×3.5元/月=1270元、工人误工：2×1800元/月=3600元；（6）砼班组：工人误工：2×1800元/月=3600元、机械2×600元/月=1200元；（7）泥水班组：工人误工：3×1800元/月=5400元、机械1×600元/月=600元；（8）钢筋班组：工人误工：7×1800元/月=12600元、机械5×600元/月=3000元；（9）水电班组：工人误工：2×1800元/月=3600元。以上项目合计189220元，停工4个月总计：189220元×4个月=756880元。
9.2014年6月25日，甲方随园公司与乙方惠五建公司签订《随园旅游山庄补充协议书》，约定：（1）甲方应在2014年5月31日前支付乙方已完成工程100万元进度款，2014年6月10日前再次支付乙方100万元进度款。（2）甲方应在2014年7月5日前按定额及2013年1月8日签订的“建设工程施工合同补充专用条款”（以下简称专用条款）中的要求，完成乙方已完工程量的结算审核并确认，否则按乙方报送的随园旅游山庄结算书金额（含补贴共计910万元），同时结清乙方全部的工程款。（3）甲方同意在按合同及专用条款结算基础上补贴乙方损失：①春节后停工补贴：756880元（含设备租赁、管理人员工资、班组误工详见附件），双方同意按50万元整数补贴；②封顶应付工程款未付造成的乙方资金损失500万元×85%×3%×4月=51万元整。（4）双方同意甲方支付完成结算款及乙方损失后终止合同及补充协议规定的双方权利、义务。（5）合同解除后乙方应将前期工程的相关资料移送甲方，同时协助甲方办理相关政府部门变更手续（若继续沿用乙方总承包单位，则另行签订补充协议）。（6）甲方应按上述（1）、（2）条约定支付时间支付乙方工程款项，若有拖延，甲方每天赔偿乙方伍千元违约金，最迟不得超过15天。（7）若任何一方违约，可提出起诉，双方约定由泉州市中级人民法院审理。本协议附件《随园旅游山庄春节后停工补贴》载明的内容与前述2014年5月29日《随园旅游山庄补充协议》的附件相同。
10.2014年6月25日，惠五建公司编制的《随园旅游山庄别墅工程竣工结算报送总价》载明：随园旅游山庄别墅工程结算价8117840元，并送交随园公司签收。
11.2014年5月7日至7月11日期间，随园公司代表席玉明通过6226097801770513账户分11笔向惠五建公司代表叶伟6210801930002617账户合计转账51万元，2014年7月30日至2015年2月13日期间，随园公司通过人社局代付工人工资207万元。以上款项共计258万元均为随园公司已支付工程款。
12.2014年7月31日，随园公司出具的《承诺书》载明：2014年7月31日于音山随园山庄工地，由惠五建公司代表陈修文、各施工班组长、随园公司代表席玉明共同协商，并经相关政府部门协调，就惠五建公司随园山庄工地农民工工资问题，我司承诺如下：（1）2014年8月1日将50万元转入县人社局。（2）2014年8月8日将50万元转入县人社局。（3）2014年8月15日将100万元转入县人社局。（4）2014年9月30日将100万元转入县人社局。以上款项由县人社局发放农民工工资，发放余款由县人社局退回本司。所发放的款项计入随园公司支付惠五建公司随园山庄工程款。随园公司代表席玉明、惠五建公司代表陈修文在承诺书中签字确认。
一审法院认为，随园公司与惠五建公司签订的《建设工程施工合同补充专用条款》表明，在涉案随园旅游山庄工程项目招投标前，双方就涉案工程承发包达成合意。随后在惠五建公司中标后，双方另行签订《建设工程施工合同》并进行了备案。两份合同约定的内容虽然不一致，但在合同履行过程中，双方签订2份《随园旅游山庄补充协议书》，就涉案工程价款的结算和终止合同等内容达成协议。根据补充协议书的约定，随园公司应在2014年7月5日完成惠五建公司已完工程量的结算审核确认，否则按惠五建公司报送的结算书金额（含补贴）910万元结清全部工程款。随园公司主张该2份协议书无效，但未举示证据予以证明，故惠五建公司报送的结算书金额（含补贴）910万元可以作为本案定案依据，随园公司关于工程造价鉴定的申请理由不能成立。据此，随园公司应于2014年7月5日前支付惠五建公司工程款（含补贴）910万元，扣除已支付的258万元，尚需支付工程款652万元，逾期未支付则构成违约。现惠五建公司按照《随园旅游山庄补充协议书》的约定，要求随园公司按5000元/天的标准支付迟延付款违约金，惠五建公司提出违约金过高应适当减少的抗辩，惠五建公司因随园公司违约造成的损失实际为逾期付款的利息损失，根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释（二）》第二十九条“当事人主张约定的违约金过高请求予以适当减少的，人民法院应当以实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等综合因素，根据公平原则和诚实信用原则予以衡量，并作出裁决”和《中国人民银行关于人民币贷款利率有关问题的通知》有关“罚息利率由现行按日万分之二点一计收利息，改为在借款合同载明的贷款利率水平上加收30%～50%”的规定，本院酌情将违约金的标准调整为中国人民银行同期同类贷款基准利率的130%，利息从应付工程款之次日即2014年7月6日起计算。
根据最高人民法院《关于建设工程价款优先受偿权问题的批复》（法释〔2002〕16号）第一条、第三条和第四条的规定，建设工程价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿，建设工程承包人行使优先权的期限为六个月，自建设工程竣工之日或者建设工程合同约定的竣工之日起计算。本案中，随园公司应在2014年7月5日前支付惠五建公司剩余工程款（含补贴）652万元，其中春节停工补贴50万元，逾期付款资金损失51万元。随园公司逾期未支付，惠五建公司于2014年8月19日诉请确认对其承建工程折价或者拍卖所得价款享有优先受偿权，符合法律规定，但享有优先受偿权的建筑工程款不应包括违约金、停工补贴和逾期付款资金损失，故惠五建公司对承建工程折价或者拍卖所得价款仅在尚欠工程款551万元（652万元-50万元-51万元=551万元）范围内享有优先受偿权。
关于随园公司要求惠五建公司交付涉讼工程已施工部分的施工资料、全部工程图纸和工程质量合格证明资料的反诉请求，根据《随园旅游山庄补充协议书》的约定，双方同意惠五建公司支付完结算款及损失后终止合同及补充协议规定的权利义务，合同解除后惠五建公司应将前期工程的相关资料移送随园公司。本案惠五建公司于2014年6月25日与随园公司签订《随园旅游山庄补充协议书》后，实际上已经没有继续履行施工义务，惠五建公司应按合同的约定在随园公司支付工程款（含补贴）后将前期工程相关资料移交随园公司。由于随园公司要求惠五建公司交付施工资料和工程质量合格证明资料部分的反诉请求不明确，结合本案实际情况，本院酌情确定惠五建公司应在随园公司支付工程款（含补贴）后将其持有的涉案工程图纸和相关资料交付给随园公司。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第一百一十三条、第一百一十四条、第二百六十九条、第二百八十六条，最高人民法院《关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释(二)》第二十九条、最高人民法院《关于建设工程价款优先受偿权问题的批复》第一条、第三条、第四条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条、第二百五十三条规定，判决：一、随园公司应于判决生效后十日内支付惠五建公司工程款(含补贴)652万元；二、随园公司应于判决生效后十日内支付惠五建公司逾期付款违约金（该违约金以652万元为基数，从2014年7月6日起至判决确定的履行期限内支付工程款之日止，按中国人民银行同期同类人民币贷款基准利率的130%计算）；三、惠五建公司对所承建的随园旅游山庄工程项目折价或者拍卖所得价款在随园公司欠付工程款551万元范围内享有优先受偿权；四、惠五建公司应于判决生效后十五日内将其持有的随园旅游山庄工程项目施工图纸和相关资料交付给随园公司；五、驳回惠五建公司的其他诉讼请求；六、驳回随园公司的其他反诉请求。
二审中，双方当事人对一审查明的事实，除随园公司认为一审判决认定2013年3月17日和2014年2月28日惠五建公司向随园公司出具的《报告》、函件的时间不正确，系事后补的；认定《随园山庄补充协议》签订时间为2014年6月25日没有依据。其余事实双方当事人没有异议，本院对双方当事人没有异议的事实，予以确认。本案二审期间，随园公司提交了证据，本院组织双方当事人进行了质证。现针对本案争议焦点，根据双方当事人一、二审举证质证及陈述，分别作以下的分析与认定：
（一）关于本案讼争工程造价应当如何确定及尚欠款项的具体数额和违约金的计算
本院认为，本案双方当事人就讼争工程先后签订了四份合同，分别为：2013年1月8日《建设工程施工合同补充专用条款》、2013年5月中标后签订的《建设工程施工合同》、2014年5月29日、6月25日签订两份《随园旅游山庄补充协议书》。该四份合同均系双方当事人真实意思表示，没有违反法律和行政法规规定，属合法有效。合同前后内容不一致的，应以时间签订在后的合同内容作为确定双方的权利和义务。2013年1月8日的《补充专用条款》和2013年5月的《建设工程施工合同》的主要区别在于《补充专用条款》没有约定工程总造价，仅约定要进行竣工结算，而《建设工程施工合同》约定了讼争工程为包干价1600万元。但由于《建设工程施工合同》并没有履行完毕，双方在合同履行过程中对合同解除并终止达成一致，先后签订了两份《补充协议》，讼争的建设工程施工合同已实际解除并终止，故该两份《补充协议》应作为本案确定双方权利和义务的依据。
2014年5月29日的《补充协议》约定：甲方应在2014年6月15日前按定额及2013年1月8日签订的“建设工程施工合同补充专用条款”中的要求，完成乙方已完工程量的结算审核，并结清乙方剩余工程款。双方同意税收按结算价的3.445%暂留，待以后工程队完税。2014年6月25日的《补充协议》约定：甲方应在2014年7月5日前按定额及2013年1月8日签订的“建设工程施工合同补充专用条款”中的要求，完成乙方已完工程量的结算审核并确认，否则按乙方报送的随园旅游山庄结算书金额（含补贴共计910万元），同时结清乙方全部的工程款。该两份《补充协议》均约定按照定额及2013年1月8日《补充专用条款》中的结算方式进行结算。2014年6月25日的《补充协议》并约定，如随园公司未在2014年7月5日前完成工程结算审核，应当按照惠五建公司的结算造价910万元（含补贴）作为结清工程款的依据。惠五建公司系按照《补充协议》的约定按照定额及《补充专用条款》的约定编制工程结算报送报随园公司审核，符合《补充协议》的约定，随园公司未按《补充协议》的约定进行审核，系其对民事权利的放弃。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十条：“当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持”的规定，故本案讼争工程造价应当按照惠五建公司报送的工程结算价款作为结算依据，随园公司主张该结算报告不能作为结算依据，应当进行工程造价鉴定，与法律规定不符，本院不予采信。随园公司主张其已于2014年7月5日前按定额完成审核，审核结算价为3496880元，惠五建公司对此并不认可，故本院对其主张的结算价款，不予确认。随园公司主张因本案讼争工程未经竣工验收合格，故补充协议约定的按910万元作为结算价款的条件并不成就，因本案讼争合同已经协商解除，且随园公司并未提供证据证明讼争工程存在质量问题，本院对其该主张亦不予采信。
根据《补充协议》约定，惠五建公司在报送的910万元结算金额中包含了停工补贴50万元，逾期付款资金损失赔偿51万元，该两笔费用系作为随园公司违约的赔偿，不应当再重复计算违约金，一审判决随园公司应自2014年7月6日起以652万元为基数按中国人民银行同期同类贷款基准利率的130%计算违约金不当，本院予以纠正。同时，2014年5月29日的《补充协议》还约定：双方同意税收按结算价的3.445%暂留，待以后工程队完税。故该工程造价款中还应预留190164元，作为随园公司应当缴交的税金。随园公司的该项上诉理由成立，本院予以支持。故本案随园公司应当支付的尚欠款项及违约金和优先受偿价款中还应扣减该190164元，本院一并予以纠正。
（二）关于随园公司主张交付工程质量合格资料的请求问题
本院认为，本案讼争工程属于未完工程，尚不具备竣工验收的条件，故随园公司主张惠五建公司应当交付建设、施工、监理、设计、勘查单位竣工验收合格的资料，不符合事实和法律，本院不予采信。随园公司二审提供的《随园山庄土建工程施工组织设计》及监理月报，并不能证明工程存在严重质量问题，故随园公司以讼争工程存在质量问题为由，主张其有权拒付工程款，以及惠五建公司无权主张工程价款优先受偿权，缺乏事实和法律依据，本院亦不予采信。一审法院根据本案施工的实际状况，判令惠五建公司交付其持有的随园旅游山庄工程项目施工图纸和相关资料，并无不当。一审判决已经认定双方的合同已协商解除，故无需再另行判决解除合同，随园公司认为一审判决存在漏判的理由不能成立。
综上所述，随园公司的上诉请求部分成立。依照《中华人民共和国合同法》第八条、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第二款规定，判决如下：
一、维持福建省三明市中级人民法院（2015）三民初字第607号民事判决第四项、第五项；
二、撤销福建省三明市中级人民法院（2015）三民初字第607号民事判决第六项；
三、变更福建省三明市中级人民法院（2015）三民初字第607号民事判决第一项为，福建省随园旅游发展有限公司应于本判决生效后十日内支付福建省惠五建设工程有限公司工程款（含补贴）6329836元；
四、变更福建省三明市中级人民法院（2015）三民初字第607号民事判决第二项为，福建省随园旅游发展有限公司应于本判决生效后十日内支付福建省惠五建设工程有限公司逾期付款违约金（该违约金以5319836元为基数，自2014年7月6日起至本判决确定的履行期限之日止，按中国人民银行同期同类贷款基准利率的130%计算）；
五、变更福建省三明市中级人民法院（2015）三民初字第607号民事判决第三项为，福建省惠五建设工程有限公司对所承建的随园旅游山庄工程项目折价或者拍卖所得款在福建省随园旅游发展有限公司欠付工程款5319836元范围内享有优先受偿权；
六、驳回福建省随园旅游发展有限公司的其他上诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条的规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本案一审案件受理费58730元，减半收取为29365元，由福建省随园旅游发展有限公司负担26091元，由福建省惠五建设工程有限公司负担3274元。二审案件受理费58730元，由福建省随园旅游发展有限公司负担51876元，由福建省惠五建设工程有限公司负担6854元。
本判决为终审判决。
审 判 长 李为民
审 判 员 黄卉靓
代理审判员 刘洁君
二〇一六年十一月三十日
书 记 员 何必林