湖北省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2014）鄂民一初字第00017号
原告：湖北长安建筑股份有限公司，住所地湖北省英山县温泉镇沿河西路七号。
法定代表人：段卫昌，该公司董事长。
委托代理人：陈宝桥，湖北华徽律师事务所律师。
委托代理人：叶宝，该公司员工。
被告：武汉康恒房地产开发有限公司，住所地湖北省武汉市洪山区关山街张村特1号。
法定代表人：李立春，该公司董事长。
委托代理人：杨春、胡晶晶，湖北谦顺律师事务所律师。
原告湖北长安建筑股份有限公司（以下简称长安公司）诉被告武汉康恒房地产开发有限公司（以下简称康恒公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院受理后，依法组成合议庭，公开开庭审理了本案。原告长安公司的委托代理人陈宝桥、叶宝，被告康恒公司的委托代理人杨春、胡晶晶，到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
长安公司向本院提起诉讼，请求判令：1、解除长安公司与康恒公司之间签订的《工程承包协议书》；2、康恒公司向长安公司支付工程款182529911.34元、停工损失1240万元及逾期付款违约金45601198元，共计240531109.34元。或按长安公司与康恒公司约定以涉讼工程折价抵偿上述款项（其中逾期付款违约金计算至起诉之日，起诉之后的逾期付款违约金计算至付清之日止）；3、依法确认长安公司对上述工程款、停工损失及逾期付款违约金具有优先受偿权；4、本案的诉讼费用均由康恒公司承担。本案审理过程中，经本院审查认为涉讼《工程承包协议书》无效，依法向长安公司予以释明，征询其意见是否变更诉讼请求。长安公司于2015年7月10日将诉讼请求变更为：1、确认长安公司与康恒公司之间签订的《工程承包协议书》无效；2、康恒公司向长安公司支付工程款182529911.34元、停工损失暂计算至起诉之日为4120万元（实际应按双方约定的损失计算标准计算至工程交接之日止）、逾期付款利息损失暂计算至起诉之日为45601198元（实际应按双方约定的计算标准计算至工程交接之日止），以上三项暂共计269331109.34元；3、康恒公司偿还长安公司借款2000万元，退还保证金600万元，并承担利息损失5808.6万元，借款利息及保证金利息暂计算至变更诉讼请求之日止，实际应计算至康恒公司付清之日止；4、确认长安公司对第二、三项诉讼请求所述款项享有优先受偿权；5、本案的诉讼费用、保全费均由康恒公司承担。
事实与理由：2010年2月8日，康恒公司（甲方）与长安公司（乙方）签订《工程承包协议书》，约定康恒公司将华中科技大学康园小区发包给长安公司承包施工，长安公司向康恒公司缴纳履约保证金1000万元及出借2000万元；工程造价按湖北省现行法规，按湖北省2008年工程消耗量定额及现行的有关政策结算，双方商定收取综合费率15点，材料价格以当地当月市场价取定；长安公司以直接费为基数标准，按15%的综合费率取费；工程款付款方式为：本工程进度款按以下节点（各节点的付款比例按照甲方给乙方的工程造价计算条件计取）：1、结构施工至地上四层时，支付已完工工程量的75%。2、结构平十六层楼面，支付已完工工程量的75%。3、结构封顶，支付已完工工程量的80%。4、结构封顶后的所有工程按月形象进度的80%支付进度款。5、工程竣工验收支付已完工工程量的90%。6、工程备案结算完成，按结算工程总价95%支付。协议同时还约定：长安公司上报康恒公司的结算资料两个月内应审计完成该工作，否则视同康恒公司认可长安公司上报的工程量价款。双方还就其他相关事项进行了约定。
合同签订后，长安公司依约定向康恒公司缴纳保证金1000万元及出借2000万元，并于2011年8月1日进场施工。但工程开工后不久由于康恒公司原因发生停工，双方为此进行协商，于2012年3月6日就相关事宜签订一份《华中科技大学康园小区项目补充协议》，约定原工程造价条款第六条第1款中的综合费率计算标准调整为按湖北省2008年费用定额中相关计算规定，以直接费为基数标准计取25%的综合费率；材料人工费调整等执行国家及湖北省现行的相关政策文件；付款方式调整为主体结构封顶后一周内付已完工工程量总价款的80%，后续工程款支付方式按原协议执行；如本协议约定工程款支付时间到期，长安公司未按时支付每逾期一日，按应付金额的千分之一支付违约金。双方还就其他事项进行了约定。
上述补充协议签订后不久，因康恒公司原因，涉讼工程又发生停工。由于康恒公司的行为给长安公司造成重大经济损失，双方为此经协商又于2012年4月12日签订一份《协议书》，约定：康恒公司将另外单位施工的3号楼确定由长安公司承建作为部分损失补偿；康恒公司在上述补偿之外再给长安公司300万元的经济补偿；上述损失补偿属2012年3月31日以前的损失补偿，今后若再有类事，再作协商确定。
2012年4月12日的《协议书》签订后，因受武汉“9.13”安全事故影响及康恒公司工程建设手续、材料供应、资金困难等原因影响，工程于2012年9月28日起至2012年11月21日停工。长安公司与康恒公司于同年11月21日经协商后再次签订《补充协议书》，约定：康恒公司在本次复工前应付长安公司工程款500万元，分三次支付；在2012年底前康恒公司筹措资金首先归还长安公司借款，并支付全部借款和应付工程款及利息；康恒公司补偿长安公司停工期间损失100万元；复工前康恒公司应付而未付进度款按2%月息计息给长安公司；复工后按原合同约定康恒公司应付未付的款项均按月息2%支付给长安公司；本次复工后如因康恒公司原因再次停工，康恒公司同意按天补偿长安公司停工损失，即1号—3号楼每栋每天5万元、4号—5号每栋每天2.5万元，按实际停工的楼栋号、天数分别计算；工程全部封顶后康恒公司应按合同约定支付工程进度款、借款及利息，如果因资金困难不能按时支付，康恒公司同意按原合同约定，将施工的1号、2号楼1—3层商业门面按2万元每平方米作价抵押给长安公司或康恒公司将自主销售的住宅楼按6000元作价抵偿给长安公司并办理产权手续。
2012年11月21日之后，由于康恒公司建设资金不到位和不能及时供材，导致工程多次停工。双方协商后，康恒公司又于2013年11月28日书面确认从2012年11月21日开始，暂计算至2013年11月28日，康恒公司补偿长安公司停工损失200万元。
虽出现上述种种情况，长安公司仍将涉讼工程分别施工至：1号楼于2013年6月19日封顶，2号楼于2013年9月19日封顶，3号楼于2013年1月24日封顶，4号楼于2013年1月14日封顶，5号楼于2013年1月12日封顶。上述工程封顶后，长安公司继续施工直至完成承包范围内的绝大部分工程量。但康恒公司虽经长安公司多次催要，一直未按双方2012年3月6日达成的《华中科技大学康园小区项目补充协议》第三条的约定即主体结构封顶后一周内康恒公司应付已完工工程量总价款的80%来付款，致工程再次停工至今。
2014年3月17日，长安公司为维护其合法权益，向康恒公司提交《工程结算书》等资料，要求康恒公司依法对长安公司施工工程款进行结算，康恒公司法定代表人林如族于2014年3月21日予以签收。按双方约定，康恒公司应在收到长安公司报送的结算资料后两个月内完成审计工作，但康恒公司直至今日未对结算资料完成审计工作。按双方于2010年2月8日签订的《工程承包协议书》第八条的约定，应视为康恒公司认可长安公司报送的工程量价款200524973.32元。2014年3月26日，长安公司委托湖北华徽律师事务所向康恒公司致函，要求康恒公司在收到该函件后三日内支付工程款、退还保证金及赔偿损失等；否则，长安公司将解除双方签订的《工程承包协议书》，但康恒公司至今仍未对该函件予以回复。
按双方约定，康恒公司应支付工程款至长安公司已完工程量价款为200524973.32元，但直至长安公司起诉前，康恒公司仅支付工程款17995061.88元，康恒公司下欠长安公司工程款182529911.34元，且康恒公司应赔偿长安公司停工损失4120万元及承担逾期付款违约金45601198元，上述三项合计款项为26933110.34元。此外，康恒公司应立即偿还长安公司借款2000万元、退还保证金600万元，并承担利息损失5808.6万元。上述款项，经长安公司多次催收，康恒公司至今仍拒不支付。
长安公司为支持其诉讼主张，提交了如下证据：
证据一、企业信息咨询报告。拟证明康恒公司的主体资格；
证据二、2010年2月8日双方签订的《工程承包协议书》。主要内容为：长安公司与康恒公司对华中科技大学康园小区工程的建设、工程造价的取费、工程款支付、违约责任等进行了约定。拟证明：康恒公司将涉讼工程发包给长安公司施工；工程造价按湖北省2008年工程消耗量定额及现行有关政策结算，双方商定收取综合费率15点（直接费×15费率），材料价格以当地当月市场价取定。长安公司以直接费为基数标准，按15%的综合费率取费；长安公司上报康恒公司的结算资料两个月内应审计完成该工作，否则视同康恒公司认可长安公司报送的工程量价款；涉讼工程工期约定自开工之日起18个月（按自然天计算）完工。
证据三、2012年3月6日双方签订的《华中科技大学康园小区项目补充协议》。主要内容为：长安公司与康恒公司就工程造价的取费、付款方式等的约定。拟证明：康恒公司和长安公司将工程取费方式变更为按湖北省2008年费用定额中相关计算规定以直接费为基数标准，计取25%的综合费率；康恒公司的付款方式变更为主体结构封顶后一周内付已完工程量总价款的80%，后续工程款支付方式按原协议执行；如本协议约定工程款支付时间到期，康恒公司未按时支付每逾期一日，康恒公司按应付金额的千分之一向长安公司支付违约金。
证据四、2012年4月12日双方签订的《协议书》。拟证明康恒公司同意补偿长安公司在2012年3月31日以前的停工损失300万元。
证据五、2012年11月21双方签订的《补充协议书》。拟证明：康恒公司同意补偿长安公司在2012年9月28日至2012年11月21日期间的停工损失100万元；康恒公司应付而未付的工程进度款均按月息2%支付利息给长安公司；本次复工后，如因康恒公司原因再次停工，康恒公司同意按天补偿长安公司停工损失，即1-3号楼每栋每天5万元、4-5号楼每栋每天2.5万元；工程全部封顶后康恒公司应按原合同约定支付工程款、借款及利息，如因资金困难不能按时支付，则康恒公司同意将由长安公司施工的1号、2号楼1-3层商业门面按每平方米2万元的价格，或将康恒公司自主销售的住宅楼按每平米6000元的价格作价抵给长安公司。
证据六、2013年11月28日的《工程停工损失联系函》。拟证明康恒公司同意补偿长安公司从2012年11月1日至2013年11月28日期间的停工损失200万元。
证据七、2014年2月16日的《工程联系函》。拟证明涉讼工程因康恒公司不及时支付工程款及返还借款本息导致工人到长安公司及政府部门集体信访，工程从2014年2月16日起停工至今，从而产生停工损失，应由康恒公司承担。
证据八（组）、工程竣工结算书及华中科技大学康园教师住宅小区（B区）工程决算资料交接清单。拟证明长安公司向康恒公司提交了相关结算资料，而康恒公司对该资料未能在合同约定的期限内完成审计工作，应视为其认可工程量总价款。
证据九、律师函。拟证明康恒公司经长安公司催告，仍拒不履行双方签订的相关合同项下的付款义务。
康恒公司答辩称：1、涉案工程未经招投标程序，故长安公司与康恒公司之间签订的《工程承包协议书》无效。2、涉案工程并未竣工，故长安公司提交的工程竣工结算资料不能作为认定双方涉讼工程造价依据。3、基于双方签订的《工程承包协议书》无效，双方后续签订的相关协议均无效，长安公司作为一家一级建筑施工企业在签订合同时应当预见到相关停工的损失，其要求康恒公司支付停工损失、逾期付款利息损失不应予以支持。4、对于借款和退还保证金的数额不持异议，但借款及退还保证金与本案系不同的法律关系，本案中不应予以一并处理。5、涉讼工程未办理竣工验收，长安公司依法不应享有优先受偿权。针对长安公司变更的诉讼请求，康恒公司认为：长安公司在庭审结束后变更诉讼请求不符合法律规定，长安公司变更后的第三项请求是民间借贷法律关系，其以变更诉讼请求的方式在本案中进行主张违反法律规定不当。
康恒公司提交一份证据：《建设工程委托监理协议》，拟证明涉案项目康恒公司委托了监理公司对项目进行了监理，工程如要进行竣工验收，相关的资料也是要交给监理公司。
经组织双方质证，康恒公司对长安公司的证据质证意见为：证据一企业信息咨询报告，对该证据的真实性和证明内容均不持异议；证据二《工程承包协议书》，对该证据的真实性不持异议，但对其合法性及关联性有异议，因涉讼工程应经招投标而未进行招投标，故该合同无效，则双方的签订的合同自始就无效，不存在长安公司所诉称的解除合同，双方约定的取费方式不应予以支持；证据三《华中科技大学康园小区项目补充协议》，对该证据的真实性不持异议，但对其合法性及关联性有异议，因双方签订的主合同无效，故该协议也应无效，双方就取费方式进行调整不应予以保护；证据四《协议书》，对该证据的真实性不持异议，因双方签订的主合同无效，故该协议也应无效。长安公司作为一家一级建筑施工企业应当预见在施工过程中可能发生停工的风险，其应自行承担相关停工损失；证据五《补充协议书》，对该证据的真实性不持异议，但对合法性及证明内容有异议，该协议应为无效合同，长安公司应当预见停工损失，应自行承担相关损失；证据六《工程停工损失联系函》，对该证据的真实性不持异议，但其对合法性及证明内容有异议，该协议应为无效合同，长安公司应当预见停工损失，自行承担相关损失；证据七《工程联系函》，因该证据系复印件，对其真实性不予认可；证据八（组）《工程竣工结算书》及华中科技大学康园教师住宅小区（B区）工程决算资料交接清单。对该证据的真实性予以认可，因涉讼工程未办理竣工验收，竣工决算资料不能作为认定涉讼工程造价的依据；证据九律师函，真实性没有异议，但因双方签订的工程承包协议自始无效，故不存在解除合同。
长安公司对康恒公司提交的《建设工程委托监理协议》，认为其不是合同签订的当事人，对真实性不发表意见，其合法性由法院审查。对其证明目的有异议，因涉案工程的相关结算资料长安公司已提交给康恒公司，由其时任的法定代表人林如族签收，是否将结算资料送给监理方不影响康恒公司已经收到结算资料并承担不再进行审计的法律后果。
对于双方提交的证据，本院经审查认为，长安公司提交的证据一、二、三、四、五、六、八、九均系原件，康恒公司对其真实性予以认可，故上述证据可作为有效证据使用，对其证明的事实本院予以确认。对于长安公司提交的证据七，虽该《联系函》长安公司提交的是复印件，康恒公司对真实性不予认可，但该证据所记载的事实与所发生的事实相吻合，可作为有效证据使用。对康恒公司提交的《建设工程委托监理协议》，因长安公司未对真实性提出异议，故亦作为有效证据使用。
经审理查明，2010年2月8日，康恒公司（甲方）与长安公司（乙方）签订《工程承包协议书》，合同主要约定内容为：第三条工程名称及范围，由长安公司承接康恒公司开发的华中科技大学康园小区工程，工程范围包括小区内约14万平方米的建筑工程，包括地基与土建（不含桩基）、土建装饰工程，按施工图施工，以实际发生量据实结算；第四条“甲方供应钢材、混凝土，其它材料由乙方自行采购”；第六条对工程造价：“1、依据湖北省现行法规，按湖北省2008年工程消耗量定额及现行的有关政策结算，双方商定收取综合费率15点，材料价格以当地当月市场价取定。长安公司以直接费为基数标准，按15%的综合费率取费。”第七条履约保证金和借款：“履约保证金共1000万元，履约保证金退还时间为：施工至地上四层框架时退还500万元；施工至地上十六层框架时退还500万元。除履约保证金外，甲方向乙方借款2000万元，借期一年，借期利率按2%月息计算，到期本息一次性还清。履约保证金1000万元和借款2000万元共计3000万元，签订协议当天乙方以支票划转方式一次性支付给甲方。保证金和借款到账后合同生效”；第八条付款方式：“1、结构施工至地上四层时，支付已完工工程量的75%；2、结构平十六层楼面，支付已完工工程量的75%；3、结构封顶，支付已完工工程量的80%；4、结构封顶后的所有工程按月形象进度的80%支付进度款；5、工程竣工验收支付已完工工程量的90%；6、工程备案结算完成，按结算工程总价95%支付”、“如因甲方原因不能办理竣工验收及备案手续，则视同备案完成；……乙方上报甲方的结算资料两个月内应审计完成该工作，否则视同甲方认可乙方报送的工程量价款”。第九条：“开工日期为2010年6月1日，工期18个月”；第十四条约定“甲方未按约定日期提供乙方进场施工条件的，工程保证金在延期时段按月息2%计息；甲方未按约定支付工程款，乙方可以停工，且甲方将乙方已建工程的商铺按市场价的半价抵偿乙方”。此外，该协议还对工程质量、保修、竣工验收等内容进行了约定。
上述《工程承包协议书》签订的当日，长安公司依约将保证金1000万元及借款2000万元汇入康恒公司帐户。
《工程承包协议书》签订后，长安公司于2011年8月1日正式进场施工。施工过程中，因康恒公司资金困难，不能及时支付工程款及供应建筑材料等原因，导致工程多次停工。为此，双方负责人及法定代表人多次就停工损失、工程款的支付、相关款项利息的计算等问题进行协商，并签订了多份补充协议：
1、2012年3月6日，双方签订《华中科技大学康园小区项目补充协议》，主要内容：因康恒公司原因致使工程未按时开工及开工后停工，康恒公司同意将3号楼交由长安公司施工作为部分停工损失赔偿，其他损失康恒公司另行办理补偿手续；原工程造价条款第六条第1款中的综合费率计算标准调整为按湖北省2008年费用定额中相关计算规定，以直接费为基数标准计取25%的综合费率；材料人工费调整等执行国家及湖北省现行的相关政策文件；付款方式调整为主体结构封顶后一周内付已完工工程量总价款的80%，后续工程款支付方式按原协议执行；如本协议约定工程款支付时间到期，康恒公司未按时支付每逾期一日，康恒公司按应付金额的千分之一向长安公司支付违约金。双方还就其他事项进行了约定。
2、2012年4月12日，双方签订《协议书》，主要内容：因康恒公司方面原因，导致长安公司承建的工程推迟十五个月开工，此后又因康恒公司供材、土方挖运不及时等不能满足施工要求导致工程全部停工，造成长安公司工程机械设备、钢管、配件、模板、人工费等损失巨大，康恒公司除将准备发包给其它单位的3号楼确定由长安公司承建作为部分损失补偿外，康恒公司给长安公司300万元的经济补偿，此款随康恒公司偿还向长安公司的借款时一并支付；本次损失补偿属2012年3月31日以前的损失补偿，日后再有类事，再作协商确定。
3、2012年11月21日，双方签订《补充协议书》，主要内容：因武汉“9.13”安全事故及康恒公司工程建设手续影响、材料供应等原因，导致工程于2012年9月28日至2012年11月21再次停工。经协商，双方达成一致协议：一、本次复工前甲方应付工程款500万元，因甲方暂时困难分三次支付，2012年11月21日付100万元，11月30日之前付200万元，12月10之前付200万元；2013年1月15日前再付700万元；2012年底前甲方土地摘牌后筹措资金首先归还乙方借款，并支付全部借款和应付工程款及利息；二、甲方补偿乙方停工期间损失100万元；三、复工前及复工后的甲方应付未付进度款按月息2%支付给乙方；四、本次复工后如因甲方原因再次停工，甲方同意按天补偿停工损失，即1-3号楼每栋每天5万元、4-5号楼每栋每天2.5万元；五、工程全部封顶后，康恒公司应按原合同约定支付工程款、借款及利息，如因资金困难不能按时支付，康恒公司同意按原合同约定，将长安公司施工的1号、2号楼1-3层商业门面按每平方米2万元作价抵押给长安公司，或将康恒公司自主销售的住宅楼按每平方米6000元的价格作价抵押给长安公司并办理产权手续。
4、2013年11月28日，长安公司发给康恒公司的《工程停工损失联系函》，主要内容为：因康恒公司原因造成工程在2012年11月1日至2013年11月28日期间停工，要求康恒公司赔偿部分损失580万元，并附各项损失明细。康恒公司法定代表人林如族收到该函件后，经与长安公司负责人协商，最终在函件上签署同意补偿长安公司200万元的意见，并加盖公司印章。
涉案工程现已基本完工，长安公司所施工楼房的具体封顶时间分别为：1号楼于2013年6月19日封顶、2号楼于2013年9月19日封顶、3号楼于2013年1月24日封顶、4号楼于2013年1月14日封顶、5号楼于2013年1月12日封顶。
2014年2月16日，长安公司向康恒公司发出《工程联系函》：我公司施工的华中科技大学康园小区项目已完成产值约1.5亿元，康恒公司约计支付工程款壹千多万元，我公司已垫付大量资金，依据合同康恒公司已严重违约……康恒公司若不及时支付工程款和归回借款及利息，长安公司将拆除所有机械设备、临时设施，只留少数人员留守，所有停工损失及责任由康恒公司承担。康恒公司的员工于同月24日签收该函。
2014年3月17日，长安公司向康恒公司提交了《工程竣工结算书》等工程明细资料，长安公司报送的涉案工程总价款为200524973.32元，要求康恒公司对工程款进行结算。但直至长安公司2014年9月16日提起本案诉讼，康恒公司亦未给予回复。
2014年3月24日，湖北华徽律师事务所受长安公司委托，向康恒公司发出律师函，要求康恒公司在收到本函件三日内按合同约定支付工程款、退还保证金并赔偿相关经济损失，否则长安公司将解除《工程承包协议书》，并要求康恒公司支付工程款、退还保证金及赔偿损失，康恒公司将承担由此引起的一切后果。同月26日，康恒公司签收该律师函。
另查明，长安公司自认收到康恒公司给付的工程款17995061.88元。具体为：2012年4月1日长安公司收到945061.88元，2012年6月26日长安公司收到100万元，2012年11月22日长安公司收到100万元，2012年12月4日长安公司收到50万元，2012年12月29日长安公司收到50万元，2013年2月1日长安公司收到400万元，2013年3月15日长安公司收到125万元，2013年10月28日长安公司收到30万元，2013年11月7日长安公司收到50万元，2013年11月19日长安公司收到100万元，2013年11月25日长安公司收到200万元，2014年7月7日长安公司收到500万元。
再查明，因诉讼中康恒公司对长安公司提交的《工程竣工结算书》所载明的已完工工程造价提出异议，并向本院提出对涉讼由长安公司所施工完成工程量的造价申请司法鉴定。本院经审查准许康恒公司的鉴定申请，并依法委托本院司法鉴定处对涉案工程的造价对外委托鉴定。经公开摇号选取，本院委托湖北中诚工程造价咨询有限公司（以下简称中诚公司）对涉案工程造价进行司法鉴定。在本院组织鉴定过程中，长安公司、康恒公司于2015年7月15日达成一份《会议纪要》，双方确认了长安公司已完成的工程范围，康恒公司并确认长安公司所完工工程已经相关质检部门验收，工程不存在质量问题，不要求对工程质量进行鉴定，仅要求鉴定工程造价。2015年9月25日，长安公司按本院要求提交了工程鉴定所需资料，后长安公司、康恒公司以及中诚公司在本院司法鉴定处主持下勘验了工程现场。2015年10月20日，本院司法鉴定处组织康恒公司与中诚公司协商确定了本案的鉴定费用并确定了缴费期限，但康恒公司未按期缴费。后本院司法鉴定处多次通知康恒公司缴纳鉴定费，但康恒公司一直未缴。2015年11月9日，本院司法鉴定处再次向康恒公司送达了《限期缴费通知书》，指定了缴费期限，但康恒公司仍逾期未缴纳鉴定费用。为此，本院司法鉴定处于2015年12月7日根据《最高人民法院关于对外委托、评估、拍卖等工作管理规定》第四十条之规定，作出了鄂高法鉴委工字第（2015）第2-12号《终结司法鉴定通知书》，依法决定终结本案的鉴定工作。
根据双方当事人的诉辩请求及理由，本案争议的焦点问题是：1、涉案合同的效力应如何认定；2、长安公司主张的相关工程款、停工损失、逾期付款利息是否具有事实依据；3、长安公司主张的履约保证金、借款及利息是否应予返还；4、长安公司是否对涉讼工程享有优先受偿权；5、长安公司主张的以房抵款的约定应否在本案中一并处理。本院评判如下：
（一）关于双方2010年2月8日签订的《工程承包协议书》的效力问题。
本院认为，因涉案的工程项目为商住房屋，涉及公众安全，而双方在签订《工程承包协议书》时，康恒公司未取得涉案项目的建设工程施工许可证，且亦未对涉案工程进行招投标，根据《中华人民共和国建筑法》第七条“建筑工程开工前，建设单位应当按照国家有关规定向工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门申请领取施工许可证”和《中华人民共和国招标投标法》第三条“在中华人民共和国境内进行下列工程建设项目包括项目的勘察、设计、施工、监理以及与工程建设有关的重要设备、材料等的采购，必须进行招标：（一）大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的项目；（二）全部或者部分使用国有资金投资或者国家融资的项目；（三）使用国际组织或者外国政府贷款、援助资金的项目。前款所列项目的具体范围和规模标准，由国务院发展计划部门会同国务院有关部门制订，报国务院批准”的规定，依照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条“建设工程具有下列情形之一的，应当根据合同法第五十二条第（五）项的规定认定无效……（三）建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的”规定，因涉案工程项目属于必须进行招标的项目，双方签订的《工程承包协议书》违反了法律的强制性规定，故应认定为无效。
（二）关于长安公司主张的相关工程款、停工损失、逾期付款利息是否具有事实依据问题。
本院认为，虽涉案的施工合同无效，但长安公司、康恒公司在诉讼期间于2015年7月15日达成《会议纪要》，康恒公司确认长安公司所完工工程已经相关质检部门验收，工程不存在质量问题，且康恒公司在诉讼中亦不要求对工程质量进行鉴定，故本案中由长安公司所完成的工程应视为验收合格。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持”的规定，长安公司可依据双方相关合同的约定，确定本案的工程款项和停工损失。
1、关于涉案工程造价问题。因长安公司于2014年3月17日向康恒公司报送了《工程竣工结算书》等明细资料，报送的涉案工程总价款为200524973.32元，长安公司要求康恒公司对工程款进行结算，康恒公司依《工程承包协议书》的约定，应在两个月内对结算书进行审计，否则视为认可结算书的数额，而康恒公司至本案诉讼仍未提出审计意见。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十条“当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持”的规定，可视为康恒公司认可了长安公司报送的结算数额。虽康恒公司在诉讼中对长安公司提交的《工程竣工结算书》所载明的已完工工程造价提出异议，并向本院提出对由长安公司所施工完成的工程量造价进行鉴定的申请，但在本院委托中诚公司对涉案工程造价进行司法鉴定后，康恒公司拒绝缴纳鉴定费用，故康恒公司该行为系对工程造价异议的放弃。对涉案的由长安公司施工完成的工程造价，应以长安公司制作的《工程竣工结算书》所报送的200524973.32元为据。扣减康恒公司已付的17995061.88元，康恒公司仍下欠长安公司工程款为182529911.44元。
2、关于停工损失问题。因长安公司在施工过程中由于康恒公司的原因多次停工，由此给长安公司造成停工的损失，应由康恒公司承担。对停工损失数额的确定，可依据双方先后签订的补充协议约定予以确定。一是依2012年4月12日签订的《协议书》约定，康恒公司补偿给长安公司2012年3月31日以前的损失300万元。二是依2012年11月21日签订的《补充协议书》约定，康恒公司补偿长安公司停工期间损失100万元。三是依2013年11月28日的书面确认，从2012年11月21日开始，暂计算至2013年11月28日，康恒公司补偿长安公司停工损失200万元。按上述三项约定，截止至2013年11月28日之前双方所确定的停工损失数额为600万元。此后发生的再次停工损失，虽双方约定按1号—3号楼每栋每天5万元、4号—5号每栋每天2.5万元，按实际停工的楼栋号、天数分别计算。因长安公司未提交证实之后发生实际停工损失的证据，未对停工时间的天数和栋号向康恒公司发函要求确认，亦未提交由监理部门确认停工的签证单据，故对长安公司在本案中所主张此后的停工损失，本院依法不予支持。
3、关于逾期支付工程款的利息问题。因长安公司在施工过程中由于康恒公司的原因多次停工，康恒公司也未按约及时支付长安公司工程进度款，由此给长安公司造成了损失，应由康恒公司承担。对于康恒公司下欠长安公司工程款的利息损失，依照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条“当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息”的规定，可依据双方签订的合同和相关补充协议约定进行确定。即以双方签订的《工程承包协议书》第八条付款方式：“……长安公司上报康恒公司的结算资料两个月内应审计完成该工作，否则视同康恒公司认可长安公司报送的工程量价款”的约定，以及双方在2012年11月21日签订《补充协议书》第三条“复工前及复工后的康恒公司应付未付进度款按月息2%支付给长安公司”的约定，为计算逾期支付工程款的利息时间和计息标准。因康恒公司接收长安公司提交的《工程竣工结算书》的时间为2014年3月21日，而康恒公司未在两个月内对长安公司提交的结算书作出审计结论，故康恒公司应从2014年5月21日起承担逾期支付工程款的利息损失。具体标准按长安公司报送的涉案工程总价款为200524973.32元扣减已付款17995061.88元下欠182529911.44元为基数，按月息2%为标准计算，从2014年5月21日起至该款项付清之日止。长安公司诉请要求从康恒公司收到该结算书的次日起计算逾期付款的利息，与双方合同约定的计付时间不符，本院不予支持。
（三）关于长安公司主张的履约保证金、借款及利息问题。
本案诉讼过程中，康恒公司在答辩中对于借款和应退还保证金的数额不持异议，但认为借款和退还保证金与本案系不同的法律关系，在本案中不应予以一并处理。对此，本院认为，因长安公司向康恒公司交纳保证金和出借款项均是依据涉案的《工程承包协议书》约定内容所实施的行为，后双方在达成的多份补充协议中也将保证金和借款与工程款等一并作出约定，该保证金和借款与本案建设工程协议的签订与履行等密切相关。故本院在审理《工程承包协议书》时，对该合同中所涉的相关法律关系一并进行处理，有合同约定和事实依据。同时，从有效利用司法资源，减轻当事人讼累的原则考虑，一并处理保证金和借款有利尽早解决双方当事人之间的纷争。故在康恒公司已认可长安公司交纳的1000万元保证金已由康恒公司退还400万元下欠600万元，康恒公司应退还长安公司的保证金600万元，并按照中国人民银行颁布的同期同类贷款利率标准计算支付长安公司向康恒公司提交决算资料之日起二个月后（2014年5月21日）起至实际退还之日止的利息损失。对长安公司就保证金利息的诉请超出标准的部分，本院不予支持。
对于长安公司和康恒公司的借款2000万元，因在双方签订的《工程承包协议书》中约定该借款的期限从2010年2月8日起为一年，利率为月息2%，故在康恒公司至今未偿还该借款时，其理应承担向长安公司返还借款本金2000万元并按月利率2%的标准支付该借款本金自2010年2月8日至实际还清之日止利息的责任。
（四）关于长安公司是否对涉讼工程享有优先受偿权的问题。
根据《中华人民共和国合同法》第二百八十六条：“发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除按照建设工程的性质不宜折价、拍卖的以外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以申请人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿”的规定，长安公司作为涉案工程的施工单位，就其应得的工程款，依法在其施工的建设工程部分享有优先受偿权。康恒公司以涉讼《工程承包协议》无效为由，主张长安公司对工程款不享有优先权的主张，依法不能成立，本院不予支持。但根据最高人民法院法释（2001）16号《关于建设工程价款优先受偿权问题的批复》第三条“建筑工程价款包括承包人为建设工程应当支付的工作人员报酬、材料款等实际支出的费用，不包括承包人因发包人违约所造成的损失”的规定，长安公司在本案中所享有的优先受偿权范围应仅限于其已完工的工程款182529911.44元，其在本案中所主张的停工损失、逾期付款、借款和保证金及利息等，并非上述司法解释中规定的工程款，该部分款项依法不享有优先受偿权。故对长安公司的此部分超出法律规定的诉讼请求，本院不予支持。
另对于长安公司提出按双方协商意见以房折抵款项的问题。本案中，长安公司提出应按双方在2012年11月21日的《补充协议》中“工程全部封顶后，康恒公司应按原合同约定支付工程款、借款及利息，如因资金困难不能按时支付，则康恒公司同意将由长安公司施工的1号、2号楼1-3层商业门面按每平方米2万元的价格，或将康恒公司自主销售的住宅楼按每平米6000元的价格作价抵给长安公司”的约定，以房抵款。对此，本院认为，因本案中《工程承包协议书》为无效，而在履行该无效合同中达成的协议条款亦为无效，且由于涉案的房屋至今未办理相关的行政审批手续，亦不能进行转让，故长安公司的该项请求，与法相悖，本院不予支持。
综上，本案事实清楚，证据确实充分。经合议庭评议，依照《中华人民共和国合同法》第五十二条、第五十八条、第二百八十六条，《中华人民共和国合同法招标投标法》第三条，《最高人民法院关于建设工程价款优先受偿权问题的批复》第三条，《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第一条、第十一条、第二十六条、第三十三条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条、第二条、第十七条、第二十条和《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十二条之规定，判决如下：
一、湖北长安建筑股份有限公司与武汉康恒房地产开发有限公司签订的《工程承包协议书》无效。
二、武汉康恒房地产开发有限公司于本判决生效后十日内向湖北长安建筑股份有限公司支付工程款182529911.44元及利息（以182529911.44元为基数，从2014年5月21日起至实际付清之日止按月息2%标准计付）。
三、武汉康恒房地产开发有限公司于本判决生效后十日内赔偿湖北长安建筑股份有限公司停工损失600万元。
四、武汉康恒房地产开发有限公司于本判决生效后十日内向湖北长安建筑股份有限公司退还履约保证金600万元及利息（以600万元为基数，自2014年5月21日起至实际还清之日止按中国人民银行同期同类贷款利率计付）。
五、武汉康恒房地产开发有限公司于本判决生效后十日内返还湖北长安建筑股份有限公司借款2000万元及利息（以2000万元为基数，自2010年2月8日起至实际还清之日止按月息2%的标准计付）。
六、湖北长安建筑股份有限公司对涉讼工程在工程款182529911.44元范围内享有优先受偿权。
七、驳回湖北长安建筑股份有限公司的其他诉讼请求。
若武汉康恒房地产开发有限公司未按本判决所确定的期间履行金钱给付义务，应依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍给付迟延履行期间的利息。
本案案件受理费1244456元，由武汉康恒房地产开发有限公司负担1182456元，湖北长安建筑股份有限公司负担62000元。保全费5000元，由武汉康恒房地产开发有限公司负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起15日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于中华人民共和国最高人民法院。上诉人应在提交上诉状时，根据不服本判决的上诉请求数额及《诉讼费用交纳办法》第十三条第一款的规定，预交上诉案件受理费，款汇中华人民共和国最高人民法院，开户银行：中国农业银行北京市崇文区支行前门分理处，户名：最高人民法院（中央财政汇缴专户），账号：11×××07。上诉人在上诉期届满后七日内仍未预交诉讼费用的，按自动撤回上诉处理。
审 判 长 樊 锐
代理审判员 邵震宇
代理审判员 郭振华
二〇一六年二月二十三日
书 记 员 向 珂