贵州省水城县人民法院
民 事 判 决 书
（2017）黔0221民初1031号
原告：贵州新世纪集团房地产开发有限公司，住所地六盘水市水城县双水新区世纪雅苑2号楼301室。统一社会信用代码：91520200709651556G。
法定代表人：赵杰，系该公司总经理。
特别授权委托诉讼代理人：李娟，女，1970年12月23日生，汉族，住钟山区，系该公司总经理助理。
被告：水城县农业局，住所地六盘水市水城县双水新区。统一社会信用代码：11520221009475432R。
法定代表人：戴顺龙，系该局局长。
特别授权委托诉讼代理人：李西安，男，1963年9月30日生，汉族，住六盘水市钟山区,系该局副局长。
一般授权委托诉讼代理人：蒋宏波，贵州崇实律师事务所律师。执业证号：15202201210156791。
原告贵州新世纪集团房地产开发有限公司（以下简称“新世纪房开”）与被告水城县农业局建设用地使用权转让合同纠纷一案，本院于2017年4月5日立案后，依法适用简易程序，公开开庭进行了审理。原告新世纪房开特别授权委托诉讼代理人李娟、被告水城县农业局特别授权委托诉讼代理人李西安、一般授权委托诉讼代理人蒋宏波到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
新世纪房开向本院提出诉讼请求：１、请求判令被告履行其与被告于2005年12月12日签订的《合作投资建房协议》，将位于水城县双水新区双水大道南侧的国有土地使用权，配合办理土地使用权变更登记至原告新世纪房开名下；２、判决被告向原告支付违约金1202073.6元（以550400为基数，自2007年1月16日起按月利率2%暂计算至2017年3月21日，并按此标准支付至判决生效止），向原告赔偿损失10万元（被告逾期履行合同造成原告增加劳务费），共计1302073.6元；3、案件受理费由被告承担。事实和理由：2005年12月12日，原告与被告签订《合作投资建房协议》，被告提供其位于水城县××水新区××大道南侧（现县国土资源局与煤炭管理局之间）的国有土地使用权3330㎡，与原告进行合作开发，土地过户至原告名下，由原告实施项目开发，按约定分配开发权益。随后，根据该协议约定以及被告两次召开会议要求，原告向被告支付人民币550400元，但被告至今未按协议约定办理土地使用权变更登记手续。原告一直未停止主张权利，要求水城县农业局履行合同，直至2016年11月被告才明确答复其不履行合同。涉案土地原为国有划拨土地，依据水城县政府水府发（2002）18号文件，水城县政府批准出让土地给被告作为商住或综合用地。被告将以其内设机构农推中心的名义，向国土部门申请颁发了《建设用地批准书》，符合商住建设用地条件，并非被告所称“农业建设用地”的用途。2016年11月7日，原告提交信访材料到水城县信访局请求帮助，但问题并未得到解决。特此提起诉讼，请求支持原告诉请。
水城县农业局辩称，原告不是本案的适格原告，《合作投资建房协议》签订的双方当事人是水城县农业局和六盘水新世纪房开，而本案原告是贵州新世纪集团房地产开发有限公司；该协议系无效协议，该合同属于土地使用权转让合同，本案中的土地是用作水城县农推中心综合用地，目前还没有开发，且该土地用途为综合用地而并非住宅用地，该土地使用权不能转让；本案已过诉讼时效，该协议签订时间为2005年12月12日，民事案件诉讼时效为2年，新世纪房开在签订合同后，应当在2年内向人民法院主张权利，现今已过11年，过了诉讼时效；合同中没有关于违约金的依据，依法应当驳回。
本院经审理认定事实如下：2002年1月19日，水城县人民政府下发水府发[2002]18号文件即水城县人民政府关于振华汽车修理厂等32家单位和个人申请用地的批复，将150.0585亩土地分别出让给振华汽车修理厂等32个单位和个人商住和综合用地，其中水城县农业局用地面积为5亩。
2005年12月12日，原被告双方签订《合作投资建房协议》，约定建房地点为水城县双水新区，建房土地面积约3330㎡，总建筑面积约4500㎡，全部为住宅用房，合作建房的土地证及相关手续由原告自行到相关部门办理，办理的全部费用由原告承担，被告协助办理。协议签订后，水城县农业局用位于双水新区的3330㎡的土地作为合作建房项目的投资股金，土地使用证变更为新世纪房开，土地的变更全部费用（土地新增的出让金及转让费、服务费）由新世纪房开承担，水城县农业局协助办理；新世纪房开负责该宗土地建设项目所需的全部资金，并负责办理完善开发建设所需的各种相关手续；该宗土地上的所有建设项目的勘测、设计、施工、房屋销售等事宜由新世纪房开负责，并承担所产生的一切费用；新世纪房开负责合作建房项目的平场工程、水、电、通信、煤气、有线电视等工程的安装及费用；由新世纪房开负责按规划要求进行工程施工，并按规定缴纳相关税费；新世纪房开负责建设范围内的附属工程的全部费用；合作建设项目在施工过程中所产生的一切费用及一切安全责任事故，均由新世纪房开自行承担；合作建设项目竣工验收合格后，新世纪放开负责办理全部证件，并承担办证的全部费用。合同还约定，在该建设项目中，水城县农业局获得总建筑面积800㎡的住宅用房，新世纪房开获得总建筑面积3700㎡的住宅用房；在施工过程中及合作建设项目所产生的全部税费，新世纪房开负责全部承担，并按规定缴纳到相应的部门。原被告双方的权利义务及违约责任为：水城县农业局违约，其土地使用权归新世纪房开所有，并承担相应的损失，若新世纪房开违约，则其投资的各种款项归水城县农业局所有，且水城县农业局有权立即收回土地使用权，新世纪房开所交纳给水城县农业局的保证金不予退还。并约定协议签订当日，新世纪房开向水城县农业局交纳合作建房保证金35万元，项目竣工验收合格后两个月退还给新世纪房开，合作建房时间为500天，从动工之日起计算工期，若新世纪房开不能按时交房停工，水城县农业局另选施工队伍，并不退还保证金。该合同于签订当日生效。
后水城县农业局由于职工要求退还他们各自的集资款，水城县农业局当时无退还职工集资款的资金来源，经2005年12月12日的水城县农业局班子会议研究决定，水城县农业局用与新世纪房开合作建房应得的800㎡建筑面积住宅用房出卖给新世纪房开。故于2006年6月30日，原被告双方签订《商品房买卖合同》，合同约定，水城县农业局用与新世纪房开合作建房应得的800㎡建筑面积住宅用房（实际上是合作建房中约定的，并未修建）以按建筑面积计算，单价为每平方688元，总价为550400元的价格出卖给新世纪房开。并约定新世纪房开在签订合同的当日支付水城县农业局35万元，剩下的20.04万元在三个月内一次性付给水城县农业局，超过三个月未付，水城县农业局收回土地使用权。新世纪房开于2006年3月8日向水城县农业局支付保证金260000元，同年3月14日支付保证金90000元。水城县农业局将所得产权的全部住宅用房出卖给新世纪房开后，该宗土地立即转让给新世纪房开，水城县农业局与该宗土地没有任何关系，土地的全部使用权属于新世纪房开。新世纪房开于2007年1月16日向水城县农业局交纳保证金200400元。2007年1月16日，水城县国土资源局针对上述5亩土地向水城县农业局颁发了用地单位名称为“水城县农推中心”的水城（县）[2007]国用字第1号《建设用地批准书》，有效期为2007年1月至2008年1月。2008年6月16日，水城县国土资源局再针对上述5亩土地向水城县农业局颁发了用地单位名称为“水城县农推中心”的水城（县）[2008]国用籍延字第01号《建设用地批准书》，有效期及建设工期均为2008年6月至2009年6月。在上述有效期及建设工期内，该土地未予开发建设，一直至今。
2016年11月7日，新世纪房开公司以2005-2006年与水城县农业局签订合作建房协议、已支付55.4万元合同协议资金，但至今未能办理相关手续而无法开发为由，向水城县信访局反映。2016年12月2日，水城县农业局针对该次信访，作出水农信处字（2016）第5号信访事项处理意见书，建议新世纪房开通过司法程序解决。
另查明，六盘水新世纪房地产开发有限公司名称已变更为贵州新世纪集团房地产开发有限公司即本案原告。
本院认为，对原告新世纪房开提交的下列证据：1、营业执照、法定代表人身份证明书、六盘水市工商行政管理局证明（复印件），被告虽因证明系复印件而提出异议，但结合原告提交的信访材料及被告制发的信访事项处理意见书，说明当时被告对原告名称变更事项的认可，故本院对该组证据的合法性、真实性及关联性予以认定；2、合作投资建房协议复印件、商品房买卖合同复印件，虽被告因系复印件而提出异议，但基于与上一组证据相同的认证理由，本院对该组证据的合法性、真实性及关联性予以认定；3、事业单位内部结算票据，虽上述合同主体及本票据付款人非本案原告的名称，但经六盘水市工商行政管理局证明证实，现原告名称系原合同主体一方即票据付款人变更而来，故对该票据的合法性、真实性及关联性予以认定；4、水府法（2002）18号文件（拍摄打印件），被告无异议，本院对其合法性、真实性及关联性予以认定，但不能达到“转让有效”的证明目的；5、建设用地批准书及收回建设用地批准书说明，从建设用地批准书内容来看，第一份填发时期为2007年1月16日，有效期为2007年1月至2008年1月，第二份填发时间为2008年6月16日，有效期及批准的建设工期均为2008年6月至2009年6月，也即建设用地批准书本身已经失效，故该组证据不能达到原告的证明目的；6、信访材料、信访受理告知书及水城县农业局信访事项处理意见书，内容相互印证，本院对其合法性、真实性及关联性予以认定。对被告水城县农业局提交的营业执照、合作投资建房协议、建设用地批准书，原告无异议，本院对其合法性、真实性及关联性予以认定。
关于原告是否是本案适格主体的问题，因原告新世纪房开系原六盘水新世纪房地产开发有限责任公司经工商变更登记而来，故新世纪房开对原六盘水新世纪房地产开发有限责任公司的权利义务自然继受，其基于原六盘水新世纪房地产开发有限责任公司与水城县农业局的合同关系及合同履行问题，完全具有原告主体资格提起本案诉讼。但对新世纪房开提出的诉讼请求，其与水城县农业局于2006年6月30日签订的商品房买卖合同，不仅是对双方此前于2015年12月12日签订的合作投资建房协议的变更，而且从实质上看，是以550400元为价款的土地使用权转让合同。双方从合作投资建房协议到变更为所谓的商品房买卖合同，再到2007年1月16日有效期为2007年1月至2008年1月的水城（县）[2007]国用字第1号《建设用地批准书》、2008年6月16日有效期及建设工期均为2008年6月至2009年6月水城（县）[2008]国用籍延字第01号《建设用地批准书》，如果说新世纪房开在水城（县）[2007]国用字第1号《建设用地批准书》2007年1月至2008年1月的有效期内未能真正获得土地从事开发建设而仍满怀希望的话，那么在2008年6月16日水城（县）[2008]国用籍延字第01号《建设用地批准书》2008年6月至2009年6月的有效期内仍再次未能获得土地开发建设的时候，就已经并且应当明确知道了自身权利受到了侵害，并且应当具有合同不能履行的警醒，故对本案的诉讼时效期间，应从2009年6起算，显然原告新世纪房开的起诉已经超过了诉讼时效。此外，从前后两次颁发的《建设用地批准书》来看，本案之土地是批准用于修建“水城县农推中心”，而不是可以转让作商品房建设或者其他商用。再者，水城县农业局针对本案5亩土地的用地申请虽获得了水城县人民政府的批复同意，但至今均未办理建设用地使用权登记，未获得建设用地使用权证书。对原告主张的依据《最高人法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十一条“土地使用权人未经有批准权的人民政府批准，与受让方订立合同转让划拨土地使用权的，应当认定合同无效。但起诉前经有批准权的人民政府批准办理土地使用权出让手续的，应当认定合同有效。”之规定，认为本案之商品房买卖合同属合法有效，应当履行的问题，本院认为，该条指的是未经批准将划拨土地使用权转让，在办理出让手续后使之由划拨性质转变为出让性质后的转让效力问题，与本案无关，相反，该司法解释第九条规定：“转让方未取得出让土地使用权证书与受让方订立合同转让土地使用权，起诉前转让方已经取得出让土地使用权证书或者有批准权的人民政府同意转让的，应当认定合同有效。”而时至本案起诉直至法庭辩论终结，转让方水城县农业局并未取得本案争议土地的使用权证书，也未获有批准权的人民政府同意转让。
综上所述，原、被告双方签订的合作投资建房协议已经被双方后来签订的商品房买卖合同所替代，而该商品房买卖合同因涉及无权处分行为而无效，故对原告新世纪房开提出的诉讼请求，本院依法不予支持。
依照《中华人民共和国民法通则》第一百三十五条、第一百三十七条，《中华人民共和国物权法》第一百三十九条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款、《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条之规定，判决如下：
驳回贵州新世纪集团房地产开发有限公司的诉讼请求。
案件受理费16518元，减半收取计8259元，由贵州新世纪集团房地产开发有限公司负担。
如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于贵州省六盘水市中级人民法院。
审判员 邓仕刚
二〇一七年七月三日
书记员 陈 树