上海市静安区人民法院
民 事 判 决 书
（2014）静民一（民）初字第1020号
原告南通启益建设集团有限公司，住所地江苏省启东市。
法定代表人尹向东，董事长。
委托代理人姚澄，北京大成（上海）律师事务所律师。
被告上海市安装工程集团有限公司，住所地上海市。
法定代表人倪永明，董事长。
委托代理人朱菊妹。
被告上海市安装工程集团有限公司第一分公司，住所地上海市。
负责人谢骏，总经理。
两被告共同委托代理人汪世雄，上海市中天律师事务所律师。
原告南通启益建设集团有限公司诉被告上海市安装工程集团有限公司、上海市安装工程集团有限公司第一分公司建设工程分包合同纠纷一案，本院受理后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告南通启益建设集团有限公司的委托代理人姚澄，被告上海市安装工程集团有限公司的委托代理人朱菊妹，上海市安装工程集团有限公司及上海市安装工程集团有限公司第一分公司的共同委托代理人汪世雄到庭参加诉讼，本案现已审理终结。
原告诉称，2010年11月28日，原告与被告上海市安装工程集团有限公司第一分公司（以下简称“被告二”）签订《战略合作协议》，就机电安装工程进行合作，就项目中标后的分包以及管理费等内容进行约定，之后被告中标上海市静安寺交通枢纽及商业开发项目。被告二将上述工程中的暖通水管道、电气、给水系统的制造、供应、安装、调试、操作及维修工程分包给原告。2012年12月28日，上述工程经竣工验收合格。
其间，原告与被告二于2011年6月8日签订《上海市静安区15号地块商业办公地产开发项目机电安装工程、静安寺交通枢纽及商业开发项目（东块）机电安装工程补充协议》（以下简称“《补充协议》”），约定施工项目工程价款为人民币（以下币种均为人民币）9，300.0514万元（固定价），措施费910.9709万元，协议价款由完成该工程所需的人工、材料、设备、管理费、措施费及利润或亏损组成，原告向被告二上交3%的管理费，并按照《战略合作协议》约定的半参与型合作形式执行。对于原告分包范围内由第三方施工的项目，被告二应从第三方施工项目工程款中扣划8%作为配合管理费直接支付给原告。双方约定工程验收后支付至85%，业主、审价单位签署结算审价报告后支付至结算造价的95%，工程竣工验收合格满一年后30日内支付2.5%，工程竣工验收合格满两年后30日内支付2.5%。双方还约定，被告二与案外人南通启益建设工程劳务有限公司（以下简称“启益劳务公司”）签订《建设工程劳务分包合同》之目的仅为以劳务费形式向原告支付工程款，最终工程价款以工程结算总价为依据。
2012年6月29日，原告与被告上海市安装工程集团有限公司（以下简称“被告一”）项目部签署了《上海市安装工程有限公司与南通启益建设集团有限公司就静安寺交通枢纽项目民工稳定及资金安排的说明》（以下简称“《资金说明》”），被告一承诺在工程竣工验收合格后30天内，按照合同固定价9，300.0514万元的85%、措施费及工程签证单总价款的85%向原告支付工程款，同时应向原告支付配合管理费594.4423万元，工程验收合格后120天内付清全部工程款（除5%质保金和相应管理费外），若逾期支付工程款和质保金的，应按未付金额每日万分之八的标准支付逾期付款违约金。《资金说明》同时约定，被告、业主及审价单位的审价结果与原告无关，最终审价金额高于本说明总和的部分归被告方所有，最终审价金额低于本说明总和则不予调整。但此后，被告方未按上述约定支付工程款。
2012年11月2日，原告与被告一项目部完成工程决算，决算金额为130，047，021元，其中工程款（含签证）120，352，459元、措施费5，831，860元、配合管理费5，944，743元，扣除被告应当支付给供应商的材料、设备款69，539，874.67元及应上缴被告的管理费2，082，041元，被告应支付给原告的工程款（95%部分）、措施费及配合管理费共计57，966，517.11元，但被告实际仅支付过1，960万元，尚欠工程款等38，366，517.11元。此外，按照约定被告还应承担逾期付款违约金。
综上，原告认为，由于被告二不具有独立法人资格，其民事责任应由其设立者被告一承担，故诉至法院，要求判令：1、两被告共同支付原告工程款（不含5%质保金）、措施费及配合管理费共计38，366，517.11元；二、两被告支付原告上述未付工程款的逾期付款违约金（按照每日万分之八的标准，自2013年4月27日计算至判决生效之日止）。
原告提供了以下证据作为其起诉依据：
1、原告和被告二于2010年11月28日签订的《战略合作协议》，该证据盖章为原告的合同专用章及被告二的公章，证明双方就机电安装工程合作事宜达成协议，就项目中标后分包及管理费等内容进行约定；
2、原告和被告二于2011年6月8日签订的《补充协议》，该证据盖章为原告的公章、被告二的公章及被告一的“静安寺交通枢纽及商业开发项目部”章（以下简称“项目部章”），证明双方约定施工项目工程款为9，300.0514万元（固定价），措施费910.9709万元，原告向被告二上交3%的管理费，并约定合作形式、工程款支付时间等；
3、原告和被告一于2012年3月30日签订的《关于内部招投标之补充协议》（以下简称“《内部协议》”），该证据盖章为原告的公章、被告二的公章及被告一的项目部章，证明双方约定劳务分包合同不作为结算依据，按照《战略合作协议》、《补充协议》执行；
4、原告和被告一于2012年6月29日签订的《资金说明》，该证据盖章为原告的公章和被告一的项目部章，证明被告一承诺在工程竣工验收合格后30天内，按照合同固定价9，300.0514万元的85%、措施费及工程签证单总价款的85%向原告支付工程款，同时应向原告支付配合管理费594.4423万元，工程验收合格后120天内付清全部工程款（除5%质保金和相应管理费外），若逾期支付工程款和质保金的，应按未付金额每日万分之八的标准支付逾期付款违约金；
5、原告和被告一于2012年11月2日签署的《工程结算书》，该证据盖章为原告的公章和被告一的项目部章，证明双方已完成工程决算，决算金额为130，047，021元；
6、原告和被告一于2012年10月9日签署的《说明》，该证据盖章为原告公章和项目部章、被告一的项目部章，证明经双方确认，委托被告方签订材料、设备合同25份，总金额为66，872，928.55元；
7、原告和被告一于2012年10月9日签署的《说明》，该证据盖章为原告公章和项目部章、被告一的项目部章，证明经双方确认，供应商上海高桥电缆厂有限公司供货总金额为12，862，311.09元；
8、易而益（上海）贸易有限公司（以下简称“易而益公司”）出具的《说明》，证明经双方确认，易而益公司的供货总金额为55，079元；
9、支付凭证，证明被告一以劳务费的形式向启益劳务公司陆续付款1，960万元，该款实际是支付给原告的工程款；
10、建设工程竣工验收备案证书，证明原告施工工程所在的项目工程于2012年12月28日通过竣工验收备案。
两被告共同辩称，首先，本案合同的签订和履行均发生在原告与被告二之间，被告一和被告二系总公司和分公司的关系，被告二依法设立，有自己的营业场所和财产，具有独立的诉讼主体资格，被告一非本案适格被告。其次，双方并未办理过工程结算手续，被告与总包方的结算也尚未完成，在收到原告起诉状后，被告才知道有原告所谓结算书的存在，对于原告提供的结算书涉及金额无法认可，且原告提供的证据材料与事实不符，对加盖被告一项目部章的材料事先均不知情，故希望原告及时与被告完成工程结算，或通过法院委托工程审价以完成结算。因此，被告不同意原告的诉讼请求。
两被告对于原告提供的上述证据，质证意见如下：对于证据1真实性无异议，认为签约主体为被告二；对于证据2和证据3真实性有异议，认为被告手上的对应协议虽然内容与原告提供的协议一致，但被告手上的协议只盖有公章，没有被告一的项目部章；对证据4、5、6、7的真实性均不予认可，认为其未与原告签署过这些材料，且认为用项目部章对外签协议的做法不符合公司内部对于项目部章管理的规定，更不可能以盖项目部章的形式完成工程决算，对这些证据材料上盖的项目部章真实性有异议；对证据8，认为系案外人出具给原告的材料，真实性无从确认；对证据9真实性无异议，认为被告二对外是以被告一的名义开设银行账户，付款实际上是被告二支付的；对证据10真实性无异议。
此外，为证明其辩称意见，两被告提供了下列证据：
1、2011年6月8日签署的《补充协议》，该证据盖章为原告的公章、被告二的公章，较之于原告提供的《补充协议》缺少被告一的项目部章，故被告认为原告提供的《补充协议》中的项目部章不真实；
2、录音光盘，证明在2014年1月15日，陈兵至被告处催讨工程款，被告工作人员多次要求陈兵办理工程结算，陈兵也表示同意，被告认为双方并未完成结算；
3、2014年1月20日原告所作的《承诺》，证明双方在2014年1月15日就民工工资问题进行过协商，该次协商即证据2录音中的内容；
4、被告致原告函件三份，证明2013年7-12月期间，由于原告未向被告提供结算资料，被告多次催促原告尽快完成提供资料并完成决算；
5、《关于印发公司〈印章管理办法〉的通知》及《关于启用静安寺交通枢纽及商业开发项目印章的通知》，证明被告对公司印章的使用有着严格规定，明确规定工程结算应使用公章，本案涉及的项目部章启用时间为2011年5月26日；
6、《静安寺交通枢纽及商业开发项目（西区）机电分包工程决算书总结》，证明本案项目竣工验收后，业主方组织总包方、分包方等委托专业部门进行审价，目前西区决算已完成，其中涉及原告安装工程的金额为5，167万元，但原告提供的决算书中该部分金额约为8，000万元；
7、静安寺交通枢纽及商业开发项目东区、西区机电安装主承包施工合同各一份，证明被告与总包方签订的合同涉及到原告施工部分的金额，与原、被告签订合同的金额一致，原、被告之间合同约定由被告收3%的管理费，还要扣除税金，故原告的工程款应该少于被告与总包方签订的合同中涉及到原告部分的金额；
8、买卖合同及发货清单，证明2012年11月13日供货商还在送货，原、被告之间的结算不可能在此前的2012年11月2日完成。
原告对于被告提供的上述证据，质证意见如下：对于证据1认为双方提供的协议内容一致，证明该协议系双方真实意思表示；对于证据2和3的真实性无异议，但认为录音系原告委托陈兵至被告处催讨工程款时形成，由于在被告与业主结算过程中发生签证单大量遗失的情况导致无法结算，被告反复要求原告继续提交签证单，因此，该录音中出现被告要求陈兵办理工程结算的内容实际是指要求原告提供材料以配合被告与业主之间的结算，而原、被告之间的结算实际已经完成，且被告、业主之间的结算与原、被告之间的并无关联，被告未按约付款，应承担违约责任；对证据4真实性无异议，但认为该些函件系被告与业主结算过程中发现遗漏大量结算资料，要求原告提供而发，但原、被告之间的结算已完成，该些函件与本案无关；对证据5真实性无从确认，即使属实，该通知也属于被告公司内部文件，对外没有约束力；对证据6关联性不予认可，认为被告与业主之间的结算与原、被告之间的结算无关；对证据7关联性不予认可，认为根据原、被告之间的结算，相关的管理费已支付给被告；对证据8中的买卖合同真实性予以认可，但对送货单真实性不予认可，认为送货单上的时间是该单据制作的时间，而非送货的时间，且与本案无关。
审理中，鉴于两被告对原告提供的证据2-7中加盖的被告一项目部章真实性持异议，且向本院提出司法鉴定申请，故依其申请，本院依法委托司法鉴定科学技术研究所司法鉴定中心（以下简称“鉴定人”）就原告提供的证据2-7上“上海市安装工程有限公司静安寺交通枢纽及商业开发项目部”印文的真实性、形成时间进行鉴定。鉴定人于2015年1月6日出具鉴定意见书，在该鉴定意见书中，鉴定人把原告提供的证据2-7上涉及的23枚项目部章印文作为需鉴定材料（以下简称“检材”），把在上海市静安区人民法院案号为（2014）静民二（商）初字第587号一案（上海威利特空调通风设备有限公司诉上海市安装工程集团有限公司买卖合同纠纷）中盖有被告一项目部章的四份《签收单》作为供比对材料（以下简称“样本”）进行鉴定，其出具的鉴定意见为：1、23枚检材印文与样本印文均是同一枚印章盖印形成；2、根据现有样本，无法判断23枚检材印文的形成时间。
原告对鉴定意见无异议。
被告对第1点鉴定意见无异议，但对第2点鉴定意见提出异议，认为鉴定意见对于其申请的鉴定内容有所遗漏，其申请鉴定内容包括原告提供的证据2-7上项目部章印文的真实性及形成时间，对于形成时间的鉴定申请包含两层意思，一是每枚项目部章印文的各自形成时间，二是如果不能鉴定出每枚项目部章印文各自的形成时间，则要求鉴定项目部章和其它印章是否同一时间形成，但鉴定意见未对此予以说明。
针对被告对鉴定意见提出的异议，本院通知鉴定人出庭作证。鉴定人委派其工作人员徐彻出庭，其在庭审中陈述：对于检材的形成时间，检材涉及的23枚印文时间跨度近2年，而样本仅有4枚印文，且时间相对集中，样本数量太少反映不出印文阶段性的变化，导致无法判断检材印文的盖印时间。关于检材涉及的23枚印文是存在连续或一次盖印的可能性，在检验过程中发现23枚印文规格是有变化的，所以排除了23枚印文是连续盖印形成的可能性。此外，关于如何判断规格没有发生明显变化的印文是否连续盖印形成的问题，在鉴定过程中鉴定人无法找到连续盖印的特征，因此无法下结论是否在同一时间形成。故鉴定人没有遗漏申请人的鉴定内容。
鉴于委托鉴定人进行司法鉴定程序符合法律规定，鉴定人按照法律规定出庭作证，而被告未能提交可以推翻该鉴定意见的证据，本院对鉴定人的鉴定意见予以确认。
原告为了进一步证明其主张，于2015年2月2日补充提供了以下证据（证据编号接上文原告证据编号）：
11、原告送审的《工程结算书》及《关于静安寺交通枢纽工程决算文件送审稿》，证明2012年10月9日，原告向被告交付了该两份材料，由被告盖章签收，该结算书的金额为152，914，248元，与2012年11月2日的《工程结算书》相比，被告将金额核减了3，000万元左右；
12、2013年1月25日被告发给原告的工程联系单，证明工程已通过竣工验收后，被告于同月23日邮寄机电安装工程分包补充协议给原告，该协议的内容为劳务分包，被告称若不签该份协议则无法付款；
13、劳务分包合同备案表等，证明被告要求启益劳务公司盖章并办理备案，但原告认为可能存在陷阱，故只盖了章而未实际提交备案；
14、《机电安装工程分包补充协议》及快递凭证，证明被告欲以劳务分包协议来代替已完成的工程结算，该协议金额为9，000万元，但协议未实际签署；
15、2013年6月7日被告一发给原告的《工作发函》，证明被告在该函中言及工程决算已经双方确认，备案表不影响双方的决算结果；
16、2013年6月10日原告发给被告一的《公函》，证明原告不信任被告的说法，明确表示暂不作配合签署劳务分包协议；
17、被告二发给启益劳务公司的函件，证明2013年12月25日，被告二直接通知启益劳务公司参加结算专题会议；
18、启益劳务公司的回函及快递凭证，证明启益劳务公司在收到上述函件后，回函表态其并非分包单位，不参与结算会议；
19、原告针对被告发函的回函两份及其寄送凭证，证明原告明确表态双方已完成结算，被告与业主方的结算与原告无关；
20、工程验收记录，证明原告施工的工程是分部、分项进行验收的，至2012年9月已全部通过验收。
对于原告补充提供的证据，被告质证意见如下：对证据11的真实性不予认可，证据上仅有被告一的项目部章，且该些文件被告未实际收到过；对证据12真实性不予以认可，认为该证据仅有被告一项目部章，但被告未发过该函；对证据13真实性无异议，但认为该备案表证明被告与启益劳务公司的备案注销了；对证据14、15的真实性均不认可，认为在2012年年底项目竣工后，项目部章已不再使用；对证据16真实性不认可，认为被告未收到过该公函，签收用的项目部章在该时间已不再使用；对证据17、18真实性无异议；对证据19真实性不认可，认为被告未收到过该两份回函，2014年1月8日收到的函件并非原告举证的函件；对证据20的真实性无异议，但认为原告提供的材料不完整，仅能证明在2012年9月份刚做完隐蔽工程，而不能证明原告在此时已完成全部施工。
此外，两被告也补充提供了以下证据（证据编号接上文被告证据编号）：
9、《准予变更登记通知书》，证明2013年5月15日，被告一名称由“上海市安装工程有限公司”变更为现名；
10、劳务分包合同备案表一份及《上海市安装工程有限公司工程分包合同》四份，证明被告将其承接的部分安装工程再次分包给原告的行为违法，无法办理合同备案手续，原告指定启益劳务公司与被告签订劳务分包合同并办理了备案手续，故被告在与业主的结算过程中通知启益劳务公司出席会议；
11、企业信息两份，证明原告系启益劳务公司的大股东，实际持有该公司51%股份；
12、2014年1月8日原告发函，证明在双方未结算的情况下，原告于2014年春节前夕致函被告，希望被告能预付部分工程款以解决民工工资问题；
13、上海市公安局静安分局受案回执，证明被告认为本案涉及诈骗，已向公安机关报案并获受理。
对于被告补充提供的证据，原告质证意见如下：对证据9无异议；对证据10，认为备案表及劳务合同均是为了以劳务费形式支付工程款而虚构的合同，双方并未实际履行；对证据11无异议；对证据12真实性无异议，但认为原告在1月8日向被告方发过两封函件，被告提供的该份函件是原告直接给到项目部的，无需邮寄，而原告提供的证据19中落款时间为1月8日的函件是由原告公司盖了公章从启东快递过来的；对证据13真实性无异议，但认为无法证明原告违法，被告报案未获公安机关正式立案。
对于双方提供的证据，本院作如下认定：
鉴定意见已经确认原告提供的证据2-7上“上海市安装工程有限公司静安寺交通枢纽及商业开发项目部”印文的真实性，且被告对真实性的鉴定意见不持异议，故本院对原告提供的证据2-7的真实性予以确认，且该些证据与本案相关联，能证明本案的事实，本院对该部分证据予以采信；原告提供的证据1、9、10，被告对其真实性无异议，且该些证据与本案相关联，能证明本案的事实，本院亦予采信；原告提供的证据8真实性无从确认，本院不予以采纳。原告提供的证据11、12、15、16，均盖有被告一的项目部章，虽然被告对其真实性不予认可，但是考虑到该些证据系原告在司法鉴定意见书出具之后所提供，再通过司法鉴定以确定其真实性将使当事人身陷诉累，故本院认为该些证据虽然无法单独证明案件事实，但可结合其它证据来印证案件事实，作为认定案件事实的参考；原告提供的证据13，被告对其真实性无异议，故其可以证明在原、被告履行合同过程中通过被告与启益劳务公司签订劳务分包合同办理相关备案登记及支付工程款之事实，本院对此予以确认；原告提供的证据14，因真实性无法确认，本院不予采信；原告提供的证据17、18，被告未持异议，本院予以确认；原告提供的证据19，原告提供了快递寄送凭证等以证明相关函件送达情况，被告虽称未收到，但未提供相反的证据来证明，故本院对该证据予以确认；原告提供的证据20，被告对其真实性无异议，故本院认为其有一定的证明力，可结合其它证据共同来认定案件事实。
对于被告提供的证据1，较之于原告提供的证据2缺少被告一的项目部章盖章，但两者内容一致，能与原告提供的证据2相互印证案件事实，本院对该份协议的内容予以确认；被告提供的证据2、3、4，因原告对其真实性无异议，但双方对证明内容各执一词，本院认为该些证据可结合其它证据来证明案件事实；被告提供的证据5，原告对其真实性不认可，且与本案事实无关联，故本院对其证明力不予确认；被告提供的证据6、7，仅能证明被告与总包方或业主方的工程结算事实，与本案原、被告间工程结算的事实无关联，故本院对其证明力不予确认；被告提供的证据8，能证明由被告向供货商采购设备的事实，但无法直接证明原、被告间工程未结算的事实，与本案事实无关联，本院对其证明力不予确认；被告提供的证据9、11，因原告对此无异议，本院予以确认；被告提供的证据10，本院意见同对原告证据13之认定；被告提供的证据12，被告欲以此证据来推翻原告证据19，原告对该证据真实性无异议，但对为何有两份落款日期为1月8日函件作出合理解释，本院认为两者并不矛盾，可共同证明案件事实；被告提供的证据13，仅能证明公安机关受理了报案，但无法证明公安机关对此已正式立案，故该证据与本案不具有关联性，本院不予确认。
根据上述经本院确认的证据，以及双方当事人的当庭陈述，本院对案件事实作如下认定：
一、2010年11月28日，原告与被告二签订了《战略合作协议》，约定双方就机电安装工程的信息跟踪、招投标及中标后如何开展各项工作等事宜进行协商，对合作形式及其他内容确定了框架协议，其中合作形式包括不参与型、半参与型和全参与型三种，并约定对具体比例或费用根据具体项目的实际情况在补充协议中一并明确。
二、2011年6月8日，原告与被告二签订《补充协议》，约定被告二将上海市静安区15号地块商业办公地产开发项目机电安装工程、静安寺交通枢纽及商业开发项目（东块）机电安装工程分包给原告施工，工程具体清单工作内容为：东块（区）暖通水管道部分（空调水）10，208，964元，东块（区）电气部分（强电）29，198，748元，东块（区）给水部分（给排水）3，166，914元，15号地块［西块（区）］暖通水管道部分（空调水）12，481，285元，15号地块［西块（区）］电气部分（强电）34，345，015元，15号地块［西块（区）］给水部分（给排水）3，599，588元，清单工作量价款合计为93，000，514元，措施费为9，109，709元［其中东块（区）措施费3，945，341元，西块（区）措施费5，164，368元］。根据以上内容，协议价款包括原告施工项目工程工作量价款93，000，514元（固定价）和措施费为9，109，709元，该协议价款由完成该工程所需的人工、材料、设备、管理费、措施费及利润或亏损组成。原告向被告上交3%管理费，具体按照双方签订的《战略合作协议》约定的半参与型合作形式条件执行，对于被告分包范围内由第三方施工的项目，被告应从第三方施工项目工程价款中扣划8%作为配合管理费直接支付给原告。工程价款为固定总价，如发生因业主、设计院设计变更、图纸变更或业主认可的现场签证增加工作量的，被告应在固定总价基础上予以调增价款，并按月按实结算支付。协议价款的付款方式为：被告在本协议签订后10日内向原告支付原告施工工程总价的10%作为预付款，原告每月23日前向被告提交已完成工程量报告，被告应在每月27日前支付上月已完成工程量价款的75%，全部工程价款累计支付到施工工程价款的75%时停止支付，工程验收后支付到85%，业主、审价单位签署结算审价报告后支付至结算造价的95%，在工程竣工验收合格起满一年，若无质量问题，30个日历天内支付结算造价的2.5%，在工程竣工验收合格起满两年，若无质量问题，30个日历天内支付结算造价的2.5%。本工程材料设备由原告自行采购，部分材料设备采购合同由原告委托被告代为签订，合同条款须事先得到原告确认，原告承诺材料设备价款由被告凭原告书面通知从原告工程款中扣除。双方按照总包合同及本补充协议约定进行最终工程价款决算，因被告要求原告委托启益劳务公司签订的《建设工程劳务工程分包合同》及有关资料仅作上报本工程竣工资料之用，被告以劳务工程分包合同名义已支付的劳务费作为其已付工程款。履行过程中，被告以其与启益劳务公司签订的《建设工程劳务分包合同》为依据向原告支付劳务费，最终工程价款及工作要求以本工程结算总价及本补充协议约定为总的依据进行双方的结算工作。若被告不按约定支付工程款，应向原告支付违约金，每逾期一日，被告应向原告支付工程合同价之万分之三，还应赔偿因其违约给原告造成的停、窝工等经济损失。
三、2012年3月30日，被告一与原告签订了《内部协议》，约定鉴于双方的《战略合作协议》及《补充协议》，管理费（3%）按照原协议执行，材料、设备由原告委托被告采购，2011年5月至12月被告与启益劳务公司签订的《劳务分包合同》仅作备案、检查之用，不作为双方结算依据，现因被告内部管理需要，双方签订以下协议：1、对上海市静安区15号地块商业办公地产开发项目机电安装工程、静安寺交通枢纽及商业开发项目（东块）机电安装工程进行内部招投标，招标对象为原告及其它第三方，原、被告确认本次内部招投标仅为被告内部检查之用，被告确认原告为唯一中标单位，双方按原《战略合作协议》及《补充协议》履行不变；2、被告确认，其它第三方对上述项目无权施工，被告不采取内部招投方式切割原告工程范围，全部工程仍由原告完成，被告应按照《战略合作协议》及《补充协议》的约定向原告足额支付工程款。
四、2012年6月29日，原告与被告一签订《资金说明》，约定由于工程已近尾声，为确保工程进度，保证工程质量，以及弥补前期工程款支付不足，被告一承诺如下：1、工程竣工合格后30天内，被告一按照合同固定价93，000，514元的85%，措施费（5，831，860元）及被告一项目部对原告签认的工程签证单总价款的85%向原告支付工程款，被告一同时向原告支付配合管理费（前期费、现场配合费、利润补偿）（通风部分52，765，759元＋消防部分21，539，530元）×8%＝5，944，423元；2、被告一应在工程竣工验收合格后120天内向原告付清全部工程款（除5%质保金和相应管理费外），质保金应当扣除供应商材料设备等部分的质保金，质保金退还方式按照原《补充协议》履行，逾期支付工程款、质保金的，按未付金额的每日万分之八支付逾期付款违约金；3、根据目前工程实际情况，被告一与原告在2010年11月28日签订的《战略合作协议》及2011年6月8日签订的《补充协议》中，其中2011年6月8日签订的《补充协议》作部分调整，调整内容为被告一、业主、审价单位对本工程的审价结果与原告无关，最终审价高于本说明第1项总和的，归被告一所有，最终审价低于本说明第1项总和的，原告的结算价款不予调整。
五、2012年10月9日，原告与被告一确认，被告一关于分包材料（设备）合同签订委托合同共计25份，合同总金额为66，872，928.55元。同日，双方确认在上述25份合同中涉及案外人上海高桥电缆厂有限公司的合同金额为10，131，324.97元，但该公司实际供货金额为12，862，311.09元。故已经双方确认，由原告委托被告采购材料（设备）的合同总金额为69，603，914.67元。
六、2012年11月2日，原告与被告一通过《工程结算书》对原告施工的机电安装工程进行了结算。根据该结算书，由原告施工的机电安装工程造价包括：1、东区、西区单位工程清单价款（合同固定价）93，000，514元；2、东区、西区措施项目清单价款（合同固定价）5，831，860元；3、东区增加签证工程价款（合同外增加签证部分）9，190，217元；4、西区增加签证工程价款（合同外增加签证部分）17，622，869元；5、五层观摩工程签证价款（合同外增加签证）538，859元；6、由第三方施工的消防工程配合管理费（前期费、现场配合费、利润补偿）1，723，162元；7、由第三方施工的通风空调工程配合管理费（前期费、现场配合费、利润补偿）4，221，581元。上述价款扣除原告应上缴给被告一的管理费2，082，041元，被告一应支付给原告工程款金额为130，047，021元。
七、出于付款方式等因素考虑，被告一与原告关联企业启益劳务公司办理建设工程劳务分包合同备案，通过启益劳务公司向原告支付了工程款1，960万元，其中1，780万元于2013年1月27日前支付，最后一笔180万元于2014年1月23日支付。
八、上海市静安区15号地块商业办公地产开发项目、静安寺交通枢纽及商业开发项目（东块）工程于2012年12月28日通过竣工验收备案。
九、审理中，被告声称其项目部章曾失窃，但未曾报案，项目部章现在被告处保管。关于被告向公安机关报案称本案涉及诈骗一事，公安机关未予立案。
审理中，原告坚持己诉，并确认所主张之工程款计算方式为：依据双方在《资金说明》中约定之付款方式（固定总价93，000，514元＋东区增加签证工程价款9，190，217元＋西区增加签证工程价款17，622，869元＋五层观摩工程签证价款538，859元-材料设备款69，539，874.67元）×95%＋东区、西区措施项目清单价款5，831，860元＋配合管理费5，944，743元-原告应上缴给被告一的管理费2，082，041元-已付工程款19，600，000元＝应付工程款38，366，517.11元。此外，原告认为之所以发生本案争议，在于原告向被告催要工程款时，被告提出按照原合同无法付款，需要通过签订虚假劳务分包合同才能付款，但原告担心被告想借劳务分包合同推翻双方已完成的结算，遂予以拒绝。虽然在被告提供的录音材料中也提及结算，该结算实际是指被告与业主之间的结算，被告要求原告提供材料予以配合，但被告与业主之间的结算和原、被告之间的结算无关。现原、被告之间的结算已经完成，然而被告未按约全额支付工程款，应承担相应的违约责任，遂诉至法院，要求判如所请。
两被告认为，原告提供用以证明双方已完成结算的证据疑点颇多，且结算金额远超过被告与业主结算涉及到原告施工部分的金额，显然不合常理，故应按被告与业主之间的结算来确定原、被告之间的工程款，不同意按照原告的诉讼请求付款。此外，若法院认定被告应支付相应的工程款，被告认为协议中约定计算逾期付款违约金的标准过高，请求法院按照银行同期贷款利率予以调低。
本院认为，结合鉴定意见，原告相关证据上的被告一项目部章印文的真实性已予确认，虽然被告抗辩称项目部章不能用于工程结算等重大事项，但该内容系被告公司内部规定，其约束力不及于原告，被告一项目部行为的效力应视同为被告一之行为，故本院对被告该点抗辩意见不予采信。被告还提出项目部章曾遭窃的抗辩意见，意在指出可能存在项目部章被盗用的可能，但对该点抗辩意见被告未提供相应的证据予以证明，本院对被告该点抗辩意见亦不予采信。故本院根据在案证据，认定原、被告签订的《战略合作协议》、《补充协议》、《内部协议》、《资金说明》、《工程结算书》均系当事人真实意思表示，合法有效。双方已对机电安装工程的分包、付款、委托采购材料设备及结算等进行了相应约定，被告应按约支付工程款。关于未付工程款的金额，双方对付款方式已在《资金说明》有详细约定，现涉案工程已通过竣工验收备案超过120天，被告应按照“向原告付清全部工程款（除5%质保金和相应管理费外），质保金应当扣除供应商材料设备等部分的质保金，质保金退还方式按照原《补充协议》履行，逾期支付工程款、质保金的，按未付金额的每日万分之八支付逾期付款违约金”之约定付款，故原告所主张工程款计算方式有相应依据，但是其中涉及到材料设备款69，539，874.67元，因涉及易而益公司的供货金额变更的证据未经采纳，所涉金额无法确认，故经核算材料设备款应为69，603，914.67元，故被告应支付给原告的工程款金额为38，305，679.11元。被告除应立即向原告支付剩余未付工程款外，还应支付逾期付款违约金。关于原告所主张的逾期付款违约金，双方虽有约定计算标准为每日万分之八，但被告认为该约定过高，请求法院予以调低，故本院将其调整为按照未付金额每日万分之五的标准予以计算，根据双方约定，从2013年4月27日（即工程通过竣工验收合格后的120天）起计算至本判决生效之日止。原告要求两被告共同承担上述付款义务，因被告二系被告一的分公司，不具有独立法人资格，根据法律规定应与被告一共同承担民事责任，故本院对原告之请求予以支持。
综上所述，原告按约履行了机电安装分包合同的相应义务，两被告应按约向原告支付相应工程款，两被告未按约定金额及时间支付，应承担逾期付款的违约责任。根据《中华人民共和国合同法》第六十条第一款、第一百一十四条第一、二款之规定，判决如下：
一、被告上海市安装工程集团有限公司、上海市安装工程集团有限公司第一分公司应于本判决生效之日起十日内共同支付原告南通启益建设集团有限公司未付工程款38，305，679.11元；
二、被告上海市安装工程集团有限公司、上海市安装工程集团有限公司第一分公司应于本判决生效之日起十日内共同支付原告南通启益建设集团有限公司逾期支付工程款38，305，679.11元的违约金（按照每日万分之五的标准，自2013年4月27日起计算至本判决生效之日止）。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费300，780.40元、财产保全费5，000元，鉴定费98，500元，均由被告上海市安装工程集团有限公司、上海市安装工程集团有限公司第一分公司共同承担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数或代表人的人数提出副本，上诉于上海市第二中级人民法院。
审 判 长 姚 峥
代理审判员 巫建强
人民陪审员 王 克
二〇一五年四月二十四日
书 记 员 黄青兰
附：相关法律条文
《中华人民共和国合同法》
第六十条当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
……
第一百一十四条当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
……