内蒙古自治区高级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）内民再41号
上诉人（一审原告、反诉被告）:河南军安建工集团有限公司，住所地河南省濮阳市开发区昆吾路西绪环路南。
法定代表人：张红伟，该公司总经理。
委托诉讼代理人：夏维玉，男，河南军安建工集团有限公司项目部经理。
委托诉讼代理人：姜娜丽，内蒙古圣泉律师事务所律师。
上诉人（一审被告、反诉原告）：兴安盟龙达房地产开发有限责任公司，住所地内蒙古自治区乌兰浩特市和平街4-57丘88幢6号。
法定代表人：卢海波，该公司经理。
委托诉讼代理人：芦海忠，男，该公司副总经理。
委托诉讼代理人：孔祥玲，内蒙古松柏律师事务所律师。
上诉人河南军安建工集团有限公司（以下简称军安公司）与上诉人兴安盟龙达房地产开发有限责任公司（以下简称龙达公司）因建设工程施工合同纠纷一案，不服内蒙古自治区兴安盟中级人民法院（2015）兴中法民初字第00006号民事判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭，开庭进行了审理。军安公司的委托诉讼代理人夏维玉、姜娜丽，龙达公司的委托诉讼代理人孔祥玲到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
龙达公司上诉请求：1、依法撤销兴安盟中级人民法院（2015）兴中法民初字第00006号民事判决第一项；2、判令龙达公司给付军安公司的工程款数额应扣除税款及水费；3、鉴定费13万元及上诉费应由军安公司承担。事实和理由：（一）2010年8月6日，龙达公司代军安公司缴纳税款两笔共计1746280元，应从给付工程款中扣除，原审法院对该笔税款在本案中不予审理错误。双方对工程造价的计算方式约定明确，上述两笔税款是根据合同价格计算并无不当。军安公司缴纳税款标准是税务机关根据税法规定的税率计算，其是否应按外来务工企业，享受优惠，其至今未提供证据。如符合应享有的政策，应该是税务机关退还税款，故本案不予审理是错误的。（二）2009年11月20日，龙达公司向乌兰浩特市自来水公司缴纳14万元水费，原审法院认定是龙达公司占用楼房后交纳错误，该水费是龙达公司将楼房交付给回迁户、购房户入住前欠的水费，是施工期间用水的费用。军安公司在施工期间从未交过水费，也未提供过交水费的证据。（三）本案的鉴定费13万元应由军安公司承担，本案对未完成工程的鉴定是通过法院委托的，未完工程造价已从工程款中扣除，鉴定费系诉讼费用理应由其承担。综上，由于原审法院认定事实错误，导致税款、水费未从应给付工程款中扣除，鉴定费用也应由其承担。
军安公司辩称，龙达公司按照3000万缴纳税款与其主张的存在未完工程矛盾，一审确定另案起诉正确。水费不能确定发生在军安公司施工期间。针对未完工程的鉴定是龙达公司强行自己鉴定的，不予认可。龙达公司的上诉理由不能成立。
军安公司上诉请求：1、依法撤销兴安盟中级人民法院（2015）兴中法民初字第00006号民事判决第一项；2、依法改判第一项内容为由龙达公司在判决生效15日内给付军安公司工程款共计人民币：8781614.60元，并按中国人民银行同期同类贷款利率计算支付自2009年10月1日起至欠款付清之日止的利息；3、撤销兴安盟中级人民法院（2015）兴中法民初字第00006号民事判决书第二项，改判龙达公司在判决生效后15日内返还军安公司50万元合同定金，并按中国人民银行同期同类贷款利率计算支付自2008年8月14日起至该定金全部付清之日止的利息。事实和理由：（一）军安公司对原审判决关于涉案工程总造价认定的29941195.60元不予认可。原审法院认定涉案地上工程造价为26168544元正确，但对原审法院认定涉案工程地下室工程造价为3772651元不予认可。因对涉案地下室工程造价部分，原审审理期间已经由兴安盟宏程工程造价咨询事务所有限责任公司作出最终的完整的鉴定结论，即该地下室因设计变更导致工程量或工程质量发生变化，经鉴定地下室总工程造价为5503558元，但一审法院违法肢解该最终的完整的鉴定结论，首先违法将其中2＃楼基础排水工程造价6217元及3＃楼基础排水工程造价136681元两项鉴定内容共计142898元予以扣除，因设计变更基础加深会导致楼房基础的排水量加大，必然产生排水工程，一审法院却毫无缘由地将排水工程造价部分扣除，显然违背事实，损害了军安公司的合法权益。其次，一审法院无视地下室总造价为5503558元的最终鉴定结论，擅自肢解，擅自扣除某些分项，随意挑拣分项计算，违背了鉴定结论必须整体性、完整性采信的原则，违背了《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条的规定。此外，本案事实是，双方对地下室面积、高度、基础加深程度均始终存在争议，地下室基础加深、高度变更又必然导致地下室整体的工程量及质量标准发生变化，故不能仅凭面积计算地下室工程造价。要求你院依法采信兴安盟宏程工程造价咨询事务所有限责任公司对涉案地下室工程造价作出的鉴定结论，以维护军安公司合法权益。（二）龙达公司主张存在未完工程没有事实依据。首先，军安公司承建的楼房2009年9月就由龙达公司占有使用，并对外销售；其次，根据兴安盟质监站于2010年5月21日出具的整改告知书一份内容显示：该工程已经完工，居民大部分入住，仅存在少量的工程质量整改问题，建议质量整改并维修。可见，对工程的整改及维修是指对已完的工程的修缮，是工程质量维修问题，不能认定为存在未完工程；另外，龙达公司举证与建发公司于忆平签订未完工程施工合同并于2010年7月15日施工完工，而兴安盟质监站出具的监督意见书内容中有：入住居民在2010年7月25日对该工程质量反映问题，分析原因：存在未完工程。这完全与建发公司2010年7月15日前施工完成全部未完工程相矛盾。龙达公司与兴安盟建发建筑有限责任公司（以下简称建发公司）签订的未完工程施工合同是虚假合同，再审一审时，再审申请人要求调取建发公司与龙达公司施工往来结算账目，但一审法院未给调取。相反，原审法院只是庭下对于忆平、所谓实际未完工程施工人马晓东做了一份调查笔录，并没有组织庭审，让证人出庭接受双方当事人质证，违法采信该笔录作为定案依据。此外，法院已经就未完工程部分作出鉴定结论，但再审一审审理时，法院竟在军安公司坚决不予认同的情况下，同意龙达公司重新委托兴安盟丰信工程项目管理有限公司对所谓未完工程再次重新鉴定。对原审未完工程鉴定结论本身双方无异议，异议点在于该未完工程不存在，但何以对双方无争议的鉴定结论又进行重新鉴定，明显在判决前就有维护龙达公司该项请求的倾向性。（三）军安公司对原审法院认定工程存在变更部分，变更工程造价-985043元，应从给付军安公司的工程款中扣除，军安公司对这一判决不服。首先，军安公司认为该鉴定结论采用的是定额工程造价鉴定结论，与双方《协议书》的约定相悖，为何未完工程可以采用定额与合同价格比例而变更工程部分就完全认定定额造价结论，一案中适用两个鉴定标准。其次，关于此工程变更部分，军安公司认为不应从应付工程款中扣除，理由为：军安公司依据龙达公司提供的变更图纸施工，变更差价款应含在总工程造价中。据此，军安公司认为应改判由龙达公司给付军安公司工程总价款8781614.60元。（四）本案龙达公司收取军安公司的50万元保证金，双方约定在军安公司入场施工后就予以返还，但龙达公司违约至今未返还给军安公司，军安公司要求依法返还该定金并要求按双方合同约定的返还之日即2008年8月14日开始支付逾期给付至今的利息，合法有据。（五）本案原审在审理程序上存在错误，应该回避的审判委员会成员没有回避，影响本案公正判决。
龙达公司辩称，（一）原审法院对工程造价的认定客观公正，有事实及法律依据。之前判决按兴安盟宏程工程造价咨询事务所做出的对整个地下室工程造价进行鉴定，是完全错误的。因地下室未有设计变更，地下面积、高度与图纸完全相同。关于基础超深部分，已经作出鉴定，原审判决已将该部分工程造价计算在总工程造价中。故军安公司认为原审法院擅自肢解的理由显然不能成立。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条规定，原审法院依此计算工程造价并无不当，军安公司将地下室及隐蔽工程的基础加深混为一谈，实属混淆是非。（二）关于未完工程，有兴安盟金星建筑工程有限责任公司出具的施工单位未按图纸施工的工程项目明细，未完成的项目及需要返修的工程项目明细，土建工程剩余工程量明细，兴安盟建设工程质量监督站的整改通知及监督意见书，龙达公司与兴安盟建发建筑有限责任公司签订的未完成工程《建设承包合同》，原审法院对该公司法定代表人于忆平、实际施工人马晓东已进行调查核实，及兴安盟丰信工程项目管理有限责任公司对未完成工程的鉴定结论为证。军安公司以没有双方确认的证据证明的理由显然不能成立。未完工程与是否占有交付使用没有关联。兴安盟建设工程质量监督站出具的监督意见书明确指出2009年工程建设后期，建设单位与施工单位发生纠纷，施工单位撤出现场，装饰装修及安装工程未完且存在较多影响使用功能及安全问题。兴安盟质监站出具的监督意见书内容存在未完工程，军安公司也并不否认，只是认为与建发公司签订的于2010年7月15日前完成施工相矛盾。两者并不矛盾，合同签订的完成时间并不意味着当然完工。关键是既然存在未完工程，未完工程是由谁来完成的，显然不是军安公司完成的，而是龙达公司完成。至于结算账目等与本案已无关系。原审法院并不是单纯采信两位证人证言定案，而是以完整的证据链为依据进行的认定。对未完工程进行重新鉴定，是为了对该部分应按合同价进行计算。因原宏程公司出具的鉴定228万多是按定额价计算的，若军安公司同意按原鉴定的228万计算，龙达公司也认可。（三）关于变更部分，军安公司也认可存在变更工程，有当时的鉴定结论为证，因本案是龙达公司再审启动的程序，再审请求中龙达公司要求确认的问题未包含该项，并且符合《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条的规定。（四）关于50万保证金，因为双方约定军安公司入场施工后就予以返还，为什么未返还，是抵顶开槽及临建费了。军安公司原审诉讼请求是返还保证金50万元，并未请求给付保证金利息。法院不能超出当事人的诉讼请求审理。军安公司的该项上诉请求显然不成立。（五）原审审理程序并不存在应回避的法定事由。综上，军安公司的上诉理由不能成立，请求二审法院依法驳回。
军安公司向一审法院起诉请求：1、龙达公司给付工程款2261万元，并承担自2008年10月起按照中国人民银行同期同类贷款利率计算的应付工程价款的利息至给付之日止；2、返还保证金50万元；3、案件受理费由龙达公司负担。
龙达公司向一审法院反诉请求：1、军安公司进行工程验收；2、军安公司给付未按图纸施工差价款604.80万元；3、军安公司给付未完工程价款478万元。
一审法院认定事实：2008年7月18日，军安公司与龙达公司签订《协议书》，主要约定：龙达公司为甲方，军安公司为乙方；甲方将梧桐花园商住楼承包给乙方施工；一、工程造价：一次性包死，住宅楼、商住楼每平方米930元，地下室每平方米550元；二、承包范围：施工图纸设计及图纸会审纪要的全部内容；四、工期：从2008年7月25日至2009年1月31日；五、甲方先垫付的开槽及建设临建设施费用由乙方开工前一次性现金支付；六、付款方式：1、主体封闭后甲方用现金给付乙方工程造价36%的工程款，同时以南侧门市房抵给乙方工程总造价24%的工程款（门市楼价格为每平方米4500元，地下室每平方米800元）；2、工程竣工验收合格后甲方以现金方式付给乙方工程总造价19%的工程款，以南侧门市房（价格同上）抵给乙方总造价16%的工程款，其余5%为回访费，回访完毕后一次付清；八、双方义务和违约责任：4、乙方在签订合同之日要向甲方交50万元的合同定金，该定金进场正式施工时退回；5、施工期间，乙方自行采取赶工措施，并垫资至主体封闭，主体封闭前因乙方资金不足不能按进度施工，连续停工10日以上甲方有权终止合同；6、招投标手续由乙方办理，费用由乙方承担。农民工工资保证金和劳动保险费、文明施工保证金，由乙方交纳，施工期内的水、电费用由乙方承担；10、乙方要做好施工进度安排，保证工程如期交付使用，不得延误工期，否则每推迟交工一天罚款人民币5000元，若因甲方原因不能按时开工，则工期顺延。2008年8月14日双方又签订一份《建设工程施工合同》，该合同为中标备案合同。合同签订后，军安公司按约定承建了梧桐花园1、2、3号商住楼，现该项工程未进行验收，龙达公司于2009年9月占有该楼房，并对外出售。另查明，双方当事人对以下事实无争议：梧桐花园1、2、3号商住楼地上面积为28138.22平方米，地下面积为5717平方米，涉案楼房总面积为33855.22平方米；军安公司认可龙达公司已给付工程款12440046元；以房抵款881万元；军安公司认可龙达公司付款5笔，共计1142267元（其中砖款80000元，包征月付款195000元，砂石款97000元，木材款182637元，付工程款587630元）；军安公司认可龙达公司垫付了临时建设费30000元；军安公司认可龙达公司垫付了水费10003元。上述合计龙达公司已给付军安公司工程款22432316元。上述事实，有军安公司与龙达公司签订的《协议书》及《建设工程施工合同》、军安公司与龙达公司提供的缴纳各类款项票据、证人证言及当事人陈述在卷佐证。一审法院认为，本案的争议焦点为：（一）涉案工程工程造价；（二）龙达公司已付工程款数额；（三）龙达公司收取的50万元合同定金应否退还军安公司；（四）龙达公司反诉要求军安公司进行工程验收、给付未按图纸施工差价款以及给付未完工程造价款的请求是否成立。关于涉案工程的造价问题。军安公司与龙达公司就涉案工程签订了两份施工合同，一份是2008年7月18日的《协议书》，另一份是2008年8月14日的《建设工程施工合同》。签订《协议书》后，军安公司即进场施工，开始履行合同约定的义务，2008年8月14日双方补签《建设工程施工合同》，应为备案而签，与《协议书》实质性内容并无冲突，故在涉案工程价款结算上，应以体现双方真实意思表示并实际履行的《协议书》为结算依据。根据该《协议书》约定的价格，涉案工程地上工程造价为26168544.60元（28138.22平方米×930元/平方米）。关于地下室工程造价，因地下室基础发生了设计变更，地下室工程量增加。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条规定”当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。”故在涉案地下室基础发生变更、工程量增加的情况下，根据上述法律规定，对于地下室设计变更部分造价应以鉴定结论为计算依据，对于设计未变更部分应以《协议书》约定价格计算，因就涉案工程地下室变更部分经兴安盟宏程工程造价咨询事务所有限责任公司作出鉴定结论为：1#楼基础超深工程造价36411元；2#楼基础超深工程造价393605元；3#楼基础超深工程造价198285元，则涉案工程地下室造价应为5717平方米×550元/平方米＋36411元＋393605元＋198285元＝3772651元。依据上述计算，涉案工程总造价应为29941195.60元（地上工程造价26168544.60元+地下室工程造价3772651元）。（二）关于龙达公司已付工程款数额问题。双方认可龙达公司已付工程款22432316元。现就下列款项存在争议：1、龙达公司交纳的社会保障费两笔共计418172元，因双方《协议书》第八条第6项约定，劳动保障费由军安公司交纳，故该费用应抵顶龙达公司应付工程款。2、龙达公司于2010年8月6日缴纳税款2笔共计1746280元，主张应从工程总造价中扣除。军安公司对龙达公司缴纳事实不认可，不同意从工程总造价中扣除。经审查，工程施工税按工程造价数额比照国家规定税率计算缴纳，本案中因双方对工程造价存在争议，且军安公司为外来务工企业，其缴税标准与本地标准是否一致尚不能确定，故该笔税款本案中不予审理。3、龙达公司于2009年11月20日向乌兰浩特市自来水公司交纳14万元水费，并主张按照合同约定，以上2笔水费应从工程总造价中扣除。军安公司称龙达公司交纳水费时间为龙达公司占用楼房后，不同意承担以上2笔水费。根据双方《协议书》第八条6项约定，施工期间内的水、电费用由军安公司承担。而龙达公司交纳水费时间为其占用楼房后，故该笔水费不应从应付工程款中扣除。4、龙达公司于2008年7月30日交纳电费4万元，2009年11月30日交纳电费8231.80元，2010年1月21日交纳电费12367元，共计60598.80元，主张以上3笔电费系军安公司施工期间用电，应从工程总造价中扣除。军安公司不同意承担以上3笔电费。根据双方《协议书》约定，施工期间电费应由军安公司负担，因2008年7月30日为军安公司施工期间，故该笔电费应从工程款中扣除；另外2笔电费因均在龙达公司占有使用楼房后发生，不应从应付工程款中扣除。5、关于回访费问题，双方《协议书》第六条2项约定回访费在回访完毕后一次性付清。因龙达公司已于2009年9月占有使用涉案工程，依据合同约定，回访费应予付清。根据上述争议款项应否冲抵工程款的认定，确认龙达公司已给付军安公司工程款合计22890488元（22432316元＋418172元+4万元）。（三）关于龙达公司收取的50万元合同定金应否退还军安公司的问题。龙达公司主张其垫付了开槽及临建费用48万元，应抵顶保证金50万元。军安公司主张双方开槽及临建费用已经结算完毕，不应抵顶。因双方《协议书》约定50万元定金进场施工时退回，并未约定用以抵顶开槽及临建费用，故龙达公司应将保证金50万元退回。（四）关于龙达公司反诉要求军安公司进行工程验收、给付未按图纸施工差价款以及给付未完工程造价款的问题。依据《中华人民共和国建筑法》、《建设工程质量管理条例》等法律规定，交付竣工验收的建筑工程，必须有完整的工程技术经济资料和工程保修书等，承包人有提交竣工验收报告和竣工验收资料的义务，发包人有组织竣工验收的义务。现军安公司同意在工程款结算完毕后提交验收材料，根据法律规定和合同约定，军安公司应承担协助龙达公司就涉案工程进行验收的义务。军安公司认可存在工程变更，有增加有减少，但认为即使存在变更，也是依据龙达公司提供的变更图纸施工，变更差价应包括在工程总造价中。为此龙达公司申请鉴定，经该院委托兴安盟宏程工程造价咨询事务所有限公司对涉案工程变更部分工程造价作出鉴定，结论为：梧桐花园1、2、3号商住楼变更部分工程造价：-985043元。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条规定”在工程发生变更情况下，双方不能达成一致意见的，可以依据定额鉴定。”故变更差价款应从工程款中扣除。龙达公司主张军安公司在撤离施工现场时存在未完工程，并提供兴安盟金星建筑工程有限责任公司出具的施工单位未按图纸施工的工程项目明细、未完成的项目及需要返修的工程项目明细、土建工程剩余工程量明细、兴安盟建设工程质量监测站的整改通知书及监督意见书、龙达公司与兴安盟建发建筑有限责任公司法定代表人于亿平关于未完工程签订的《建设承包合同》、维修完工证等证据予以证实，同时该院依法对时任兴安盟建发建筑有限责任公司的法定代表人于亿平、实际施工人马晓东进行调查核实，二人均证实就涉案工程中未完工程与龙达公司签订合同并组织施工结算完毕。诉讼中，经龙达公司申请对未完工程价格进行鉴定，该院委托兴安盟丰信工程项目管理有限责任公司进行鉴定，该鉴定结论通过对涉案工程定额工程单价与合同约定价格从而确定了未完工程比例，同时计算出未完工程合同价格为1989479.07元。龙达公司对该鉴定结论认可，军安公司对上述证据及鉴定结论均不予认可，认为不存在未完工程，但就该主张未提供证据予以证实。结合上述证据，该院认为军安公司在撤离施工现场时存在未完工程，该工程龙达公司虽未经验收即占有使用，但该行为与是否存在未完工程无必然联系，故未完工程款应从龙达公司应付工程款中予以扣除。综上，军安公司与龙达公司的本诉及反诉请求均部分成立。判决：一、兴安盟龙达房地产开发有限责任公司于本判决生效后十五日内给付河南军安建工集团有限公司工程款4076185.53元（29941195.60元-22890488元-985043元-1989479.07元），并按中国人民银行同期同类贷款利率计算支付自2009年10月1日起至欠款付清之日止的利息；二、兴安盟龙达房地产开发有限责任公司于本判决生效后十五日内返还河南军安建工集团有限公司500000元合同定金；三、河南军安建工集团有限公司就其所施工部分的工程协助兴安盟龙达房地产开发有限责任公司进行验收；四、驳回河南军安建工集团有限公司的其他诉讼请求；五、驳回兴安盟龙达房地产开发有限责任公司的其他反诉请求。本诉案件受理费181070元，由河南军安建工集团有限公司负担8000元，由兴安盟龙达房地产开发有限责任公司负担101070元；反诉案件受理费90535元，由河南军安建工集团有限公司负担50000元，由兴安盟龙达房地产开发有限责任公司负担40535元；财产保全费5000元，由兴安盟龙达房地产开发有限责任公司负担。
本院二审期间，当事人没有提交新证据。本院二审查明事实与一审查明的事实一致，本院予以确认。
本院认为，军安公司与龙达公司对涉案地上建筑工程造价26168544.60及已付工程款22890488元的事实无争议。本院予以确认。本案的争议焦点如下：
关于地下室工程造价问题。首先，军安公司作为施工人未提供证据证明涉案地下室高度发生变更、工程量增加的事实。故军安公司关于地下室高度发生变更的主张不能成立。其次，因地下室设计变更基础加深会导致楼房基础的排水量加大，必然产生排水工程造价。故地下室的工程造价应以《协议书》约定的550元/平方米×5717平方米计算，加上基础加深部分的造价628301万元、基础排水工程造价142898元，总计3915549元，应计入军安公司的工程实际施工总造价中。一审判决仅认定存在基础加深部分工程不当。
关于未完工程的问题。首先，军安公司作为施工方就其完成工程量未提供证据证明。其次，龙达公司提供的《施工单位未按图纸施工的工程项目》、《土建工程剩余工程量》、《塑钢门窗施工合同》、《塑钢门窗施工补充合同》、《整改通知书》、《监督意见书》，特别是军安公司出具的《梧桐花园审计结算书意见说明》，印证了诉争工程未完、存在较多影响使用功能的事实存在。第三，关于未完工程的造价问题，双方在《协议书》约定以固定价结算，所以不应以定额造价的鉴定结论认定未完工程造价。兴安盟丰信工程项目管理有限责任公司出具的鉴定结论是对涉案工程通过确定合同单价与定额单价的比例，进而计算得出未完工程合同价，符合合同的约定。军安公司对存在未完工程及鉴定结论均不予认可，但未提供证据予以证实，故对其主张不予支持。一审判决对该事实的认定正确。关于军安公司申请查封建发公司账户，以进一步查明建发公司与龙达公司是否实际发生过未完工程往来关系的问题。第一，军安公司的申请不属于人民法院调取证据的范围。第二、一审对未完工程造价的认定不是依据龙达公司与建发公司实际结算的工程款认定，而是依据鉴定结论认定未完工程造价，符合合同约定和公平原则。故对军安公司的该申请不予准许。
关于变更工程的工程造价的问题。军安公司认可存在工程变更。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条规定”在工程发生变更情况下，双方不能达成一致意见的，可以依据定额鉴定”，原审采信兴安盟宏程工程造价咨询事务所有限公司对涉案工程变更部分工程造价作出的鉴定结论有事实及法律依据，该变更差价款-985043元从应付工程款中扣除正确。故军安公司的该项上诉理由不能成立。
关于50万元保证金应否支付利息的问题。因双方《协议书》约定50万元定金进场施工时退回，并未约定逾期支付利息，且与军安公司一审诉讼请求返还50万元保证金不符，故对军安公司的该项上诉请求不予支持。
关于龙达公司代缴的1746280元税款应否扣除的问题。工程施工税按工程造价数额比照国家规定税率计算缴纳，原审查明依法应由军安公司承担。但因本案中双方对工程造价存在争议，且军安公司为外来务工企业，其缴税标准与本地标准是否一致尚不能确定，龙达公司待本判决生效后，按照最终认定的工程造价和税款另行主张权利，一审对该笔税款在本案中不予审理并无不当。
关于龙达公司主张的14万元水费应否从工程总造价中扣除的问题。根据双方《协议书》第八条6项约定，施工期间内的水、电费用由军安公司承担。龙达公司未能提供证据证明其主张的水费发生在军安公司施工期间，对其该项上诉请求不予支持。
关于鉴定费承担的问题。依照《诉讼费用交纳办法》第六条规定，当事人应向人民法院交纳的诉讼费用包括申请费，第二十九条第二款规定，部分胜诉、部分败诉的，人民法院根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额。但因龙达公司提供非正规的收据，无发行单位及监制单位，不能认定为最终结算的鉴定费数额。对龙达公司的该项上诉请求不予支持。
综上，涉案工程总造价应为30084093.60元（地上工程造价26168544.60元+地下室工程造价3915549元），龙达公司已付工程款22890488元，核减变更工程款985043元、未完工程款1989479.07元，龙达公司尚欠军安公司工程款4219083.53元。一审判决未予认定排水工程造价错误，应予纠正。军安公司主张一审程序违法缺乏事实依据，本院不予支持。依照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条、《中华人民共和国民事诉讼法》第二百零七条第一款、第一百七十条第一款第（二）、（三）项的规定，判决如下：
一、维持兴安盟中级人民法院（2015）兴中法民初字第00006号判决第二、三、五项，即：（二）兴安盟龙达房地产开发有限责任公司于本判决生效后十五日内返还河南军安建工集团有限公司500000元合同定金；（三）河南军安建工集团有限公司就其所施工部分的工程协助兴安盟龙达房地产开发有限责任公司进行验收；（五）驳回兴安盟龙达房地产开发有限责任公司的其他反诉请求；
二、撤销兴安盟中级人民法院（2015）兴中法民初字第00006号判决第四项，即：（四）驳回河南军安建工集团有限公司的其他诉讼请求；
三、变更兴安盟中级人民法院（2015）兴中法民初字第00006号判决第一项为兴安盟龙达房地产开发有限责任公司于本判决生效后十五日内给付河南军安建工集团有限公司工程款4219083.53元，并按中国人民银行同期同类贷款利率计算支付自2009年10月1日起至欠款付清之日止的利息;
四、驳回河南军安建工集团有限公司的其他诉讼请求；
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱的义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审案件受理费181070元，由河南军安建工集团有限公司负担143643元，由兴安盟龙达房地产开发有限责任公司负担37427元。反诉案件受理费90535元，由河南军安建工集团有限公司负担24888元，由兴安盟龙达房地产开发有限责任公司负担65647元。二审案件受理费85906.30元，由兴安盟龙达房地产开发有限责任公司负担44875元，由河南军安建工集团有限公司负担41031.3元。财产保全费5000元，由兴安盟龙达房地产开发有限责任公司负担。
本判决为终审判决。
审判长 闫少波
审判员 付建斌
审判员 张国婷
二〇一七年十一月二十一日
书记员 杨智勇