广东省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2013）粤高法民一终字第59号
上诉人（一审原告）：深圳市规划和国土资源委员会。
法定代表人：王幼鹏，该委主任。
委托代理人：孟昭凌，系深圳市人民政府法律顾问室工作人员。
委托代理人：王程，系深圳市人民政府法律顾问室工作人员。
被上诉人（一审被告）：深圳龙岗土玉金实业有限公司。
法定代表人：冯尚萍。
上诉人深圳市规划和国土资源委员会（以下简称深圳市规土委）因与被上诉人深圳龙岗土玉金实业有限公司（以下简称土玉金公司）建设用地使用权出让合同纠纷一案，不服广东省深圳市中级人民法院（2010）深中法民五初字第11号民事判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭进行审理，现已审理终结。
当事人一审的意见
深圳市规土委于2009年12月16日向一审法院提起诉讼请求：1.土玉金公司向深圳市规土委支付地价款本金12500811元；2.土玉金公司向深圳市规土委支付拖欠地价款的利息16349569.1元及滞纳金22002232.4元（暂计至2009年6月30日，实际日期以执行还款之日为准），二项请求共计50852612.5元；3.土玉金公司承担诉讼费。主要理由：
1995年8月15日，深圳市规划国土局龙岗分局与土玉金公司签订了《深圳市土地使用权出让合同书》【深龙地合字（1995）200号】，将位于深圳市龙岗区宗地编号为G09307-6、面积约为18537平方米的土地使用权出让给土玉金公司，合同还约定，土玉金公司应支付地价款12740567元。
1999年6月15日，双方签订了《补充合同》，约定：土玉金公司分期计息付款，从1999年6月30日开始按月利率1％计息，1999年10月31日前付第一期3975057元；2000年6月30日前付第二期5707774元；2000年12月31日前付第三期4510161元。
1999年11月10日，双方又签订了第二份《补充合同》，约定：该地块因容积率调整，土玉金公司需在原合同的基础上另行补交地价款563268元。
上述合同签订后，土玉金公司仅于2001年4月5日缴纳了140723元地价款。之后，虽经多次催缴并经报纸公告，土玉金公司仍拖欠地价款至今未还。
2007年4月29日，湖南省株洲市中级法院以（2000）株中法执字第81-8号民事裁定，裁定涉案土地上的28套房产归张志伟所有，并于2007年11月12日发出协助执行通知书，要求张志伟补缴地价后办理过户手续，之后，张志伟补交了相应地价本金1906496元及利息和滞纳金432965.75元。至此，土玉金公司仍然拖欠地价款12500811元及相应利息和滞纳金。
土玉金公司未参加一审诉讼，亦未提交书面答辩状及证据材料。
一审法院查明的事实
一审法院经审理查明：1995年8月15日，深圳市规划国土局龙岗分局（以下简称龙岗分局）与土玉金公司签订了《深圳市土地使用权出让合同书》【深龙地合字（1995）200号】，约定龙岗分局将地块编号为G09307-6、面积约为18537平方米（全部为建设用地）的土地使用权出让给土玉金公司，使用年期50年，从1992年2月20日至2042年2月20日，土地用途为农贸批发市场、商品房，容积率为1.94，土玉金公司支付12740567元地价款，包括土地使用权出让金、土地开发费、市政配套设施费三种款项，但没有约定每种款项的具体金额。该合同第十条第一项、第二项分别约定了一次性付款及分期计息付款两种付款方式，双方没有进行选择。该合同第十一条约定，土玉金公司不能按照第十条规定时间付款的，龙岗分局按《深圳经济特区土地使用权出让条例》第十七条规定进行处理。该合同末尾约定，该地块为征用龙岗镇龙东村吓井一自然村220亩土地折返用地，前期投入（征地费）全部返还该地块，收回土地127991平方米。
1999年6月15日，龙岗分局与土玉金公司签订《补充合同》，约定深龙地合字（1995）200号合同约定冲抵该合同地价款的土地不再收归国有，土地退回农村集体，深龙地合字（1995）200号合同的地价款由土玉金公司缴纳。经龙岗分局同意，土玉金公司可分期计息付款，从1999年6月30日开始按月利率1%计息，分期付款方式为：1999年10月31日前付第一期3975057元，2000年6月30日前付第二期5707774元，2000年12月31日前付第三期4510161元。土玉金公司不能按前述规定时间付款，龙岗分局根据有关规定进行处理，由此产生的一切后果由土玉金公司负责。本《补充合同》与深龙地合字（1995）200号合同有同等法律效力。
1999年11月10日，龙岗分局与土玉金公司签订《补充合同》，约定深龙地合字（1995）200号合同的G09307-6地块容积率调整为1.97，土玉金公司须在原合同的基础上向甲方补缴地价款563268元。原深龙地合字（1995）200号合同其他条款不变。本《补充合同》与原深龙地合字（1995）200号合同一起使用，具同等法律效力。
前述三份合同签订后，深圳市规土委主张其已依约交付涉案G09307-6号地块由土玉金公司建设商铺（一至四层）和商品房（五至七层），但土玉金公司仅在2001年4月5日缴纳了出让金140723元。
为证明多次催缴地价款并在报纸公告，深圳市规土委提交了2007年7月9日原深圳市国土资源和房产管理局在《深圳特区报》刊登的《关于催交地价款的公告》（深国房告（2007）20号）一份，内容为要求包括土玉金公司在内的用地单位必须于该公告发布之日起十五天内缴清拖欠的地价款及相应的利息、滞纳金，逾期未缴清的，将依法处理。
关于涉案G09307-6号地块的地价款其他缴纳情况，深圳市规土委确认如下：一、2005年3月22日，陈祝安缴纳了该地块的市政配套设施金110425元。2005年4月1日，陈祝安分两次分别缴纳了该地块的出让金31234.5元和市政配套设施金66570.5元。二、2000年1月19日，土玉金公司与株洲市商业银行借款合同纠纷一案【（2000）株中经初字第17号】，双方达成诉讼调解。2000年7月10日，株洲市商业银行向人民法院申请强制执行【（2000）株中法执字第81号】。2007年4月29日，湖南省株洲市中级人民法院裁定土玉金公司所有的深圳龙岗农贸综合批发市场28套房产归买受人张志伟所有，由张志伟到相关部门办理产权过户手续。2007年11月12日，湖南省株洲市中级人民法院向深圳市国土资源和房产管理局龙岗分局出具《协助执行通知书》，要求将前述28套房产过户至张志伟名下，由张志伟补缴地价款等。2008年9月8日，张志伟缴纳涉案G09307-6号地块的市政配套设施金1906496元。2009年2月12日，张志伟缴纳该地块的分期付款利息173616元及滞纳金259349.75元。
一审法院另查明，深圳市规土委诉请地价款本金总额12500811元系1999年6月15日《补充合同》中约定的三笔款项3975057元、5707774元、4510161元与1999年11月10日《补充合同》中约定的补交款项563268元之和，再扣除土玉金公司已经缴纳的140723元、张志伟缴纳的1906496元及陈祝安缴纳的110425元、31234.5元、66570.5元计算而来。
深圳市规土委称其诉请滞纳金的合同依据是《深圳市土地使用权出让合同书》【深龙地合字（1995）200号】第十一条，标准为日万分之五。
根据深圳市规土委提交的利息及滞纳金计算明细显示：一、其同意扣除的利息总额为1593665.28元（141098.26元＋107654.91元＋187472.11元＋173616元／15%），除需补缴的地价款563268元的利息从1999年11月10日起计算外，其余款项的利息从1999年6月30日起计算；二、其同意扣除的滞纳金总额为2383336.22元（211647.39元＋161482.37元＋281208.16元＋259349.75／15%）。
1994年7月，深圳市人大常委会公布施行《深圳经济特区土地使用权出让条例》，该条例第十七条第一款规定，土地使用者未按出让合同规定的期限付清地价款的，从滞纳之日起每日加收地价款应缴部分万分之五的滞纳金。1995年9月、1998年2月、2008年9月、2010年12月，该条例经过四次修正，前述第十七条变更为：土地使用者未按出让合同规定的期限付清土地使用权出让金的，从滞纳之日起每日加收土地使用权出让金应缴交部分万分之五的滞纳金。
2004年，深圳市国土资源和房产管理局成立，划入原深圳市规划国土局有关土地管理职能。2009年，深圳市规土委成立，划入原市规划局、原市国土资源和房产管理局的职能。
一审法院判决理由和结果
一审法院经审理认为，本案为建设用地使用权出让合同纠纷案件。1995年、1999年深圳市规划国土局龙岗分局与土玉金公司签订涉案《深圳市土地使用权出让合同书》及两份《补充合同》是双方当事人真实意思表示，内容未违反法律法规的强制性规定，为有效合同，双方均应切实依约履行。
在深圳市人民政府机构改革过程，深圳市规划国土局及龙岗分局被撤销，出让国有土地的职能划入深圳市国土资源和房产管理局；后该局亦被撤销，出让国有土地的职能划入深圳市规土委，故深圳市规土委作为原告提起本案诉讼，主体适格，符合法律规定。
本案的争议焦点是：一、土玉金公司拖欠涉案G09307-6号地块的地价款本金是多少；二、土玉金公司是否应当支付拖欠地价款的利息、滞纳金及计算方法。
关于第一个争议焦点。1995年8月15日的《深圳市土地使用权出让合同书》约定涉案G09307-6号地块的地价款为12740567元。1999年6月15日的《补充合同》约定该12740567元由土玉金公司缴纳，且经龙岗分局同意，土玉金公司可分期计息付款，从1999年6月30日开始按月利率1%计息，即1999年10月30日前付第一期3975057元，2000年6月30日前付第二期5707774元，2000年12月31日前付第三期4510161元。土玉金公司不能按前述规定时间付款，龙岗分局根据有关规定处理。一审认为，根据1999年6月15日的《补充合同》的内容可以看出，该合同中约定的三期款项，即3975057元、5707774元、4510161元，均包含利息在内，该三期款项之和为14192992元，比地价款12740567元多出1452425元，该多出部分为相应利息。深圳市规土委将该三期包含利息的款项均作为计算土玉金公司拖欠地价款本金的基数，不符合合同约定，该院不予支持。经计算，该三期款项的本金分别为3822170元（3975057元／（1＋1%×4个月）】、5096227元（5707774元／（1＋1%×12个月）】和3822170元（4510161元／（1＋1%×18个月）】。
根据涉案《深圳市土地使用权出让合同书》及二份《补充合同》的约定，土玉金公司应缴纳涉案G09307-6号地块的地价款总额为13303835元（12740567元＋563268元），但土玉金公司仅在2001年4月5日缴纳了出让金140723元。其后，2005年3月22日，陈祝安缴纳了该地块的市政配套设施金110425元。2005年4月1日，陈祝安分两次分别缴纳了该地块的出让金31234.5元和市政配套设施金66570.5元。2008年9月8日，张志伟缴纳该地块的市政配套设施金1906496元。一审认为，涉案《深圳市土地使用权出让合同书》第九条约定及《深圳经济特区土地使用权出让条例》第二条规定均显示，地价款包括出让金、市政配套设施金和土地开发费。且深圳市规土委同意将陈祝安、张志伟缴纳的出让金、市政配套设施金从土玉金公司应当缴纳的地价款中扣除，视为对自己权利的处分，予以确认。
由此，土玉金公司拖欠涉案G09307-6号地块的地价款本金为11048386元（13303835元-140723元-110425元-31234.5元-66570.5元-1906496元），应当予以支付。深圳市规土委诉请超出该款项的部分，不予支持。
关于第二个争议焦点。首先，关于涉案G09307-6号地块的原地价款12740567元产生的利息、滞纳金及计算方法。
1999年6月15日的《补充合同》约定土玉金公司应当支付涉案G09307-6号地块的地价款从1999年6月30日开始按月利率1%计息，即1999年10月30日前付第一期3975057元，2000年6月30日前付第二期5707774元，2000年12月31日前付第三期4510161元。土玉金公司不能按前述规定时间付款，深圳市规划国土局龙岗分局根据有关规定处理。
由此，一审认为，根据逻辑解释方法和诚实信用原则，可以看出，双方对于各期分期付款截止日（1999年10月30日、2000年6月30日、2000年12月31日）之前的利息数额已有明确约定，为1452425元（3975057元＋5707774元＋4510161元-12740567元）。但深圳市规土委对该部分利息没有提出主张，视为对于自己权利的处分，予以确认。对于各期分期付款的截止日之后的利息计算方法，一审认为，除逻辑解释方法和诚实信用原则外，根据公平原则，并参照《中华人民共和国合同法》第二百零七条、《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十四条第二款、《人民币利率管理规定》第二十条的规定，应当以各期拖欠的地价款（包含本金及利息在内，分别为3975057元、5707774元、4510161元）作为计算利息的基数。关于利息标准，一审认为，月利率1%的计息标准仅适用于起息日（1999年6月30日）至各期分期付款的截止日（1999年10月30日、2000年6月30日、2000年12月31日）。各期分期付款的截止日之后，土玉金公司仍未付清相应款项的，不再适用该月利率1%的计息标准，应当按照中国人民银行同期同类逾期贷款利率从迟延付款之日（1999年11月1日、2000年7月1日、2001年1月1日）起计算至判决确定的还款之日止。深圳市规土委的主张超出前述范围的部分，没有事实和法律依据，不予支持。
至于土玉金公司在2001年4月5日缴纳的出让金140723元、陈祝安在2005年3月22日缴纳的市政配套设施金110425元、2005年4月1日缴纳的出让金31234.5元和市政配套设施金66570.5元、张志伟在2008年9月8日缴纳的市政配套设施金1906496元，总和少于第一期款项（3975057元），根据公平原则，应将前述各笔款项在发生之日从第一期款项中扣除，分段计算违约金。即第一笔以3975057元为本金从1999年11月1日起计算至2001年4月4日止，第二笔以3834334元（3975057元-140723元）为本金从2001年4月5日计算至2005年3月21日止，第三笔以3723909元（3834334元-110425元）为本金从2005年3月22日计算至2005年3月31日止，第四笔以3626104元（3723909元-31234.5元-66570.5元）为本金从2005年4月1日起计算至2008年9月7日止，第五笔以1719608元（3626104元-1906496元）为本金从2008年9月8日计算至本判决确定的还款之日止，第六笔以5707774元为本金从2000年7月1日起计算至本判决确定的还款之日止，第七笔以4510161元为本金从2001年1月1日起计算至本判决确定的还款之日止。
深圳市规土委还主张在各期分期付款的截止日之后，根据涉案《深圳市土地使用权出让合同书》第十一条的约定，其可按照《深圳经济特区土地使用权出让条例》第十七条规定进行处理，即从滞纳之日起每日加收地价款应缴部分万分之五的滞纳金。一审认为，1994年版的《深圳经济特区土地使用权出让条例》第十七条规定可以加收滞纳金的款项为“地价款”，其后经过四次修正，可以加收滞纳金的款项变更为“出让金”。本案的审理应以修正后的《深圳经济特区土地使用权出让条例》作为依据。涉案《深圳市土地使用权出让合同书》及两份《补充合同》对于土玉金公司应缴纳的款项均约定为“地价款”，没有从中区分、列明“出让金”的具体数额，深圳市规土委也没有举证证明“出让金”的具体数额，应当承担举证不能的不利后果。且民法以补偿损失为基本原则，一审已经依法支持了相应的利息损失，深圳市规土委没有提交证据证明其有超过该利息的其他损失，故对于深圳市规土委主张滞纳金的诉讼请求，不予支持。
其次，对于涉案G09307-6号地块应补交的地价款563268元产生的利息、滞纳金及计算方法。
1999年11月10日的《补充合同》约定土玉金公司应在原合同的基础上补缴地价款563268元，但未约定具体付款时间。根据《中华人民共和国合同法》第六十二条第（四）项的规定，在给土玉金公司必要的准备时间后，深圳市规土委有权要求随时支付。但在深圳市规土委要求支付之前，土玉金公司没有支付义务。至于深圳市规土委主张原深圳市国土资源和房产管理局于2007年7月9日以在《深圳特区报》公告的方式向土玉金公司催缴地价款，一审认为，在《深圳特区报》公告并非双方约定或法定的主张债权的方式，不能产生向土玉金公司主张债权的法律效果。深圳市规土委于2009年12月16日提起本案诉讼，故依法应从该日起按照中国人民银行同期同类逾期贷款利率支付补缴地价款563268元至判决确定的还款之日止的利息。
关于补缴地价款563268元产生的滞纳金，如前所述不予支持。
此外，深圳市规土委同意从前述土玉金公司应当支付的利息总和中扣除1593665.28元，视为对自己权利的处分，予以确认。
综上所述，深圳市规土委的诉讼请求部分成立，对成立部分，予以支持。一审法院依照《中华人民共和国合同法》第五条、第六条、第八条、第四十四条第一款、第六十条第一款、第六十二条第（四）项、第一百零七条、第一百二十五条第一款、《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第十一条、《关于深圳市人大及其常委会制定的法规适用于该市行政区域内问题的复函》（全国人大常委会办公厅常办（1995）秘字第233号）、《中华人民共和国民事诉讼法》第十三条、第六十四条、第一百零八条、第一百三十条、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条、参照《中华人民共和国合同法》第二百零七条、《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十四条第二款、《人民币利率管理规定》第二十条之规定，于2012年10月16日作出一审判决：一、深圳龙岗土玉金实业有限公司应在判决生效之日起十日内向深圳市规划和国土资源委员会支付拖欠编号为G09307-6号地块的地价款11048386元；二、深圳龙岗土玉金实业有限公司应在判决生效之日起十日内向深圳市规划和国土资源委员会支付上述拖欠地价款的利息（按照中国人民银行同期同类逾期贷款利率标准计算，分八笔，第一笔以3975057元为本金从1999年11月1日起计算至2001年4月4日止，第二笔以3834334元为本金从2001年4月5日计算至2005年3月21日止，第三笔以3723909元为本金从2005年3月22日计算至2005年3月31日止，第四笔以3626104元为本金从2005年4月1日起计算至2008年9月7日止，第五笔以1719608元为本金从2008年9月8日计算至判决确定的还款之日止，第六笔以5707774元为本金从2000年7月1日起计算至判决确定的还款之日止，第七笔以4510161元为本金从2001年1月1日起计算至判决确定的还款之日止，第八笔以563268元为本金从2009年12月16日起计算至判决确定的还款之日止，并从前述八笔利息总和中扣除1593665.28元）；三、驳回深圳市规划和国土资源委员会的其他诉讼请求。如未按判决指定的期间履行给付金钱义务的，应按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。本案案件受理费应为346563元，由深圳市规划和国土资源委员会负担195219元，深圳龙岗土玉金实业有限公司负担151344元。
当事人二审的意见
深圳市规土委提起上诉请求：1．撤销一审判决第二项、第三项；2．判令土玉金公司支付所欠地价款12500811元，利息16349569．1元以及滞纳金22002232．4元（暂计至2009年6月30日，实际金额应计至被上诉人还款之日），二项请求合计50852612．5元；3．被上诉人承担本案诉讼费用。主要事实和理由：
（一）分期付款利息在一审起诉时就提出，应当获得支持。双方于1999年6月15日签订的《补充合同》第三条约定土玉金公司分三期支付地价款，月利率为1％，该条列明的每期应支付的金额中除包含当期应付的地价款本金外，还包括应付的利息，这三笔分期付款利息总共1452425元，包含在地价本金中，深圳规土委在一审中第一项诉讼请求已提出该主张，一审判决认为土玉金公司未主张此三笔分期付款利息与事实不符。
（二）按月利率1％计算逾期付款利息有理有据。1％的月利率，系双方在《补充合同》中约定，按意思自治原则，深圳规土委以该利率计算土玉金公司逾期支付地价款利息的主张应当获得支持。
（三）双方签订的《深圳市土地使用权出让合同书》第十一条约定了滞纳金，《深圳经济特区土地使用权出让条例》自1994年公布实施，历次修改都保留了加收滞纳金的条款，深圳规土委诉请滞纳金既有法律依据，也有合同依据，理应得到支持。
（四）一审判决关于补交地价款563268元逾期支付利息的计算方法适用法律不当。涉案土地早已交付土玉金公司使用，而土玉金公司一直拖欠地价款。因此，就补交地价563268元这部分，即便一审判决不认可深圳规土委提出的计息时间，也应该按照合同法第一百六十一条的规定，以土玉金公司占有涉案地块的时间开始计息。况且，深圳市规土委提出的计息时间系按交易习惯，理应获得支持。
土金玉公司未参加二审诉讼，亦未提交书面答辩意见
本院查明的事实
二审期间，深圳市规土委对一审查明的事实无异议，本院予以确认。
二审期间，深圳市规土委将上诉请求第二项变更为：判令土玉金公司支付所欠地价款11048386元，利息16349569．1元以及滞纳金22002232．4元（暂计至2009年6月30日，实际金额计至土玉金公司还款之日），合计49400187.5元。
二审庭询中，深圳市规土委确认一审判决第一项判定土玉金公司所欠的地价款11048386元，并称其主张的三期分期付款利息1452425元包含在一审提出的第一项诉请“地价款本金12500811元”之内。
二审另查明，涉案《深圳市土地使用权出让合同书》第十一条约定：土玉金公司不能按本合同书第十条规定时间付款的，龙岗分局按《深圳经济特区土地使用权出让条例》第十七条规定进行处理。
1994年6月18日公布施行的《深圳经济特区土地使用权出让条例》第十七条规定：土地使用者未按出让合同规定的期限付清地价款的，从滞纳之日起每日加收地价款应缴交部分万分之五的滞纳金。滞纳六十日后仍未付清的，土地管理部门可以解除出让合同，收回土地使用权。土地使用者只支付定金或保证金的，不予退还。土地使用者已将定金或保证金抵充地价款的，土地管理部门扣除地价款10％的违约金，余额返还土地使用者，已兴建的建筑物、附着物无偿收归政府所有。
本院判决理由和结果
本院认为，深圳市规划国土局龙岗分局与土玉金公司于1995年、1999年签订的《深圳市土地使用权出让合同书》及两份《补充合同》是双方当事人的真实意思表示，内容未违反国家法律、行政法规的强制性规定，为有效合同，双方均应切实依约履行。
根据深圳市规土委的上诉请求和理由，本案二审争议的焦点问题是：第一份补充协议约定的三期期内利息应否支持，如何确定地价款滞纳金的计付标准及计算方法；地价款滞纳金与逾期利息能否并用。
关于深圳市规土委在一审中是否主张三期分期付款利息1452425元以及该款能否得到支持的问题。在一审中，深圳市规土委主张土玉金公司支付的地价款本金总额为12500811元，该款包含1999年6月15日《补充合同》约定分期付款的三笔款项3975057元、5707774元、4510161元，且这三笔款项的总额由涉案《深圳市土地使用权出让合同书》约定的地价款本金12740567元及利息1452425元构成。由此可见，深圳市规土委在一审中的诉讼请求包含该利息1452425元，该部分款项是涉案1999年6月15日《补充协议》明确约定由土玉金公司承担的地价款利息，故深圳市规土委诉请土玉金公司支付该部分款项有事实和法律依据，本院予以支持。深圳市规土委将该利息款当做地价款本金主张虽有不当，但不能以此就否定深圳市规土委一审就该部分款项确实提出了请求保护的诉请。一审判决在未就该部分款项实为利息向深圳市规土委进行释明的情况下，迳直以深圳市规土委没有在利息中提出该部分诉请为由，对该部分款项不予支持不当，本院予以纠正。
关于土玉金公司应否支付拖欠地价款滞纳金的问题。根据1999年6月15日《补充合同》的约定，土玉金公司未能按约在三期付款期限内付清地价款本金及利息的，龙岗分局根据有关规定处理，结合《深圳市土地使用权出让合同书》第十一条关于土玉金公司不能按照第十条规定时间付款的，龙岗分局按《深圳经济特区土地使用权出让条例》第十七条规定进行处理的约定可知，该《补充合同》的“有关规定”是指1994年6月18日公布施行的《深圳经济特区土地使用权出让条例》第十七条的规定。涉案《深圳市土地使用权出让合同书》第十一条的内容，是双方对土玉金公司逾期支付地价款所需支付违约金标准的约定，即土玉金公司逾期支付地价款，按拖欠地价款以每日万分之五计付滞纳金。《深圳经济特区土地使用权出让条例》第十七条是否修改，均不影响双方当事人约定按每日万分之五计算拖欠滞纳金的真实意思表示。一审法院认为双方应按该条例修改后的有关规定执行为由，驳回其该项诉请不当，本院予以纠正。深圳市规土委主张土玉金公司从滞纳之日起每日支付地价款应缴交部分万分之五的滞纳金有事实和法律依据，本院予以支持。由于土玉金公司应付的地价款，包括《深圳市土地使用权出让合同书》约定的12740567元和1999年11月10日《补充合同》约定的补缴地价款563268元。因对12740567元款项如何支付以及各期的付款期限，双方在1999年6月15日《补充合同》已作出明确约定，而对补缴地价款563268元的付款期限，双方并无约定，故本院就两部分款项的滞纳金分别予以阐述。
关于12740567元的滞纳金的计算方法。根据一审认定的事实，1999年6月15日《补充合同》约定的土玉金公司分三期应付地价款本金分别为3822170元、5096227元、3822170元，一审法院将1452425元利息分别计入三期应付款本金作为计算滞纳金的基数有误，本院予以纠正。鉴于土玉金公司、陈祝安、张志伟支付的款项总和少于第一期款项（3822170元），根据公平原则，应将已付的各笔款项在支付之日从第一期款项中扣除，分段计算滞纳金。分别为：第一笔以3822170元为本金从1999年11月1日起计算至2001年4月4日止，第二笔以3681447元（3822170元-140723元）为本金从2001年4月5日计算至2005年3月21日止，第三笔以3571022元（3681447元-110425元）为本金从2005年3月22日计算至2005年3月31日止，第四笔以3473217元（3571022元-31234.5元-66570.5元）为本金从2005年4月1日起计算至2008年9月7日止，第五笔以1566721元（3473217元-1906496元）为本金从2008年9月8日计算至本判决确定的还款之日止，第六笔以5096227元为本金从2000年7月1日起计算至本判决确定的还款之日止，第七笔以3822170元为本金从2001年1月1日起计算至本判决确定的还款之日止。
关于补交地价款563268元的滞纳金的计算方法。双方在1999年11月10日《补充合同》仅约定因涉案地块调整容积率，土玉金公司需补交地价款563268元，并未约定该款的具体支付时间。根据《中华人民共和国合同法》第六十二条第（四）项的规定，土玉金公司可以随时支付该款，深圳市规土委也可随时要求土玉金公司付款，但应当给土玉金公司必要的准备时间。本案中，深圳市规土委未能提供证据证明其于2009年12月16日提起本案诉讼之前，曾经以双方约定或法定的方式向土玉金公司主张过该款项，故土玉金公司依法应从深圳市规土委起诉之日起至本判决确定的还款之日止，按每日万分之五的标准计付滞纳金。深圳市规土委主张该笔款项从土玉金公司占有涉案地块之日开始计算滞纳金缺乏依据，本院不予支持。
另外，根据深圳市规土委提供的滞纳金计算明细显示：其同意扣除滞纳金2383336.22元，深圳市规土委自行处分其实体权利并无不当，本院予以准许，该款可在土玉金公司应付的滞纳金中扣除。
关于深圳市规土委主张土玉金公司再按月利率1％支付逾期付款利息能否得到支持的问题。根据上述可知，土玉金公司应按每日万分之五的标准计付逾期付款滞纳金，至今其支付的滞纳金已远远超过其所拖欠的地价款本金。在此情况下，根据公平原则，本院对深圳市规土委主张土玉金公司再以月利率1％计算逾期付款利息的诉请不予支持。
综上所述，一审判决认定事实基本清楚，但处理部分欠妥。深圳市规土委上诉部分有理，本院予以支持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（二）项之规定，判决如下：
一、维持广东省深圳市中级人民法院（2010）深中法民五初字第11号民事判决第一项；
二、变更广东省深圳市中级人民法院（2010）深中法民五初字第11号民事判决第二项为：深圳龙岗土玉金实业有限公司应在本判决生效之日起十日内向深圳市规划和国土资源委员会支付拖欠地价款的滞纳金【按照每日万分之五的标准计算。第一期从1999年11月1日起计算至2001年4月4日止，以3822170元为本金，从2001年4月5日计算至2005年3月21日止，以3681447元（3822170元-140723元）为本金，从2005年3月22日计算至2005年3月31日止，以3571022元（3681447元-110425元）为本金，从2005年4月1日起计算至2008年9月7日止，以3473217元（3571022元-31234.5元-66570.5元）为本金，从2008年9月8日计算至深圳龙岗土玉金实业有限公司还请款项之日止，以1566721元（3473217元-1906496元）为本金；第二期从2000年7月1日起计算至深圳龙岗土玉金实业有限公司还清款项之日止，以5096227元为本金；第三期从2001年1月1日起计算至深圳龙岗土玉金实业有限公司还清款项之日止，以3822170元为本金；补缴地价款从2009年12月16日起计算至深圳龙岗土玉金实业有限公司还清款项之日止，以563268元为本金。从前述滞纳金总和中扣除2383336.22元。滞纳金总额不超过所欠地价款本金11048386元】；
三、撤销广东省深圳市中级人民法院（2010）深中法民五初字第11号民事判决第三项；
四、深圳龙岗土玉金实业有限公司在本判决生效之日起十日内向深圳市规划和国土资源委员会支付逾期付款利息1452425元；
五、驳回深圳市规划和国土资源委员会的其他诉讼请求。
如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务的，应按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本案一审案件受理费296063元，由深圳市规划和国土资源委员会负担158986元，深圳龙岗土玉金实业有限公司负担137077元。二审案件受理费240821元，由深圳市规划和国土资源委员会负担129321元，深圳龙岗土玉金实业有限公司负担111500元。
深圳龙岗土玉金实业有限公司负担的一、二审受理费已由深圳市规划和国土资源委员会预交，深圳龙岗土玉金实业有限公司将应负担部分迳付给深圳市规划和国土资源委员会。深圳市规划和国土资源委员会多预交的二审案件受理费117746.12元，由本院退回。
本判决为终审判决。
审 判 长 田 剑
代理审判员 洪望强
代理审判员 王红英
二〇一四年八月二十七日
书 记 员 范怡倩
附相关法律条文：
《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百七十条第二审人民法院对上诉案件，经过审理，按照下列情形，分别处理：
（一）原判决、裁定认定事实清楚，适用法律正确的，以判决、裁定方式驳回上诉，维持原判决、裁定；
（二）原判决、裁定认定事实错误或者适用法律错误的，以判决、裁定方式依法改判、撤销或者变更；
（三）原判决认定基本事实不清的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审，或者查清事实后改判；
（四）原判决遗漏当事人或者违法缺席判决等严重违反法定程序的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审。
原审人民法院对发回重审的案件作出判决后，当事人提起上诉的，第二审人民法院不得再次发回重审。
《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》
第二条当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实有责任提供证据加以证明。没有证据或者证据不足以证明当事人的事实主张的，有负有举证责任的当事人承担不利后果。