重庆市第五中级人民法院
民 事 判 决 书
（2012）渝五中法民初字第00685号
原告重庆锦腾建筑安装工程有限公司，住所地重庆市永川区探花路136号附19号，组织机构代码20379377-6。
法定代表人雷净，总经理。
委托代理人陈龙，重庆睿渝律师事务所律师。
被告重庆睿安特盾构技术有限公司，住所地重庆市永川区星光大道999号1幢。
法定代表人彭维德，执行董事。
委托代理人周和建，重庆新源律师事务所律师。
委托代理人牟海亮，男，汉族，1986年8月24日生，该公司职工，住重庆市江北区。
原告重庆锦腾建筑安装工程有限公司（以下简称锦腾公司）因与被告重庆睿安特盾构技术有限公司（以下简称睿安特公司）建设工程施工合同纠纷，诉至本院。本院受理后，依法由审判员蒋科担任审判长，代理审判员于利、人民陪审员许培英组成合议庭，书记员张坤担任记录，于2013年2月20日、2013年4月26日、2013年5月29日、2014年1月22日、2014年4月14日、2014年5月19日、2014年6月18日、2014年8月7日、2014年12月5日、2014年12月15日对本案公开开庭进行了审理，原告的委托代理人陈龙，被告的委托代理人周和建、牟海亮参加诉讼。本案现已审理终结。
原告锦腾公司诉称，原、被告于2011年5月8日签订了关于睿安特公司永川盾构总装和技术研发基地的《建设工程施工合同》，该合同对工程承包内容、工程量、计价标准、付款期限等进行了约定。合同签订后，原告积极组织工程施工建设，而被告长时间未能按合同约定提供符合要求的施工图、政府建设相关许可等，致原告的施工作业受到影响，但原告仍应被告要求，克服各种困难进行施工作业。之后，双方形成一系列的补充协议。其中补充协议一、二主要约定了被告须在2011年10月30日前完善厂房施工手续及被告应如期付款等内容。补充协议三主要约定了因被告资金问题及相关手续等问题决定暂不建设A、B、C栋办公楼及车库等部分，原告继续对厂房、道路、管网等工程进行施工，被告须于2012年2月底前拿到施工许可证，否则每延期一天应向原告支付5000元/天的补偿等内容。补充协议四约定了被告须于3月20日内退还原告保证金50万元。
工程竣工后因被告建设法定手续仍不完备，一直无法取得工程竣工备案证明，但原告依法向被告提交了工程造价预（结）算书等资料，希望被告按约定审定后支付工程款。而被告对款项支付只字不提，且于2012年3月13日控制并使用了原告负责施工的全部工程设施。
2012年4月25日，双方形成《补充协议五》，约定被告在2012年5月10日前支付工程款150万元给原告，在2012年6月10日前支付工程款100万元给原告，在2012年7月10日前支付至工程款总额的75%给原告，若被告未能按前述约定向原告支付工程款，被告须就延期付款部分按银行同期贷款利率的四倍向原告支付利息等内容。
之后，被告仍未按约履行付款义务，为保护原告的合法权益，特向法院提起诉讼，请求：1、判令被告向原告支付其拖欠的工程款13914189.21元及利息（以同期银行贷款4倍利率计算，从应付之日起计到结清工程款之日止的利息）；2、判令被告按5000元/天向原告支付因未按约定办理施工许可证应给原告的补偿至施工许可证办理完成之日止；3、本案诉讼费由被告承担。
被告睿安特公司答辩称：1、原告请求的工程款金额系依据其单方制定的结算书确定的，而双方尚未完成结算，故原告请求的工程款欠款及利息不成立；2、5000元/天的补偿，双方虽有约定，但没有办理施工许可证的原因是原告未向建委汇入民工保证金所致，故责任在原告，被告不应承担责任。且该补偿金的约定过高，在原告没有损失的情况下，应该调低。综上，原告的请求均不成立，请求驳回。
经审理查明，2011年5月8日，睿安特公司与锦腾公司签订《建设工程施工合同》，约定：第一部分协议书，一、工程概况。工程名称为重庆睿安特盾构技术有限公司永川盾构总装和技术研发基地。工程内容：总工程量约50000平方米。二、工程承包范围为重庆市永川凤凰湖工业园区发包人购置的土地上修建的建筑物、构筑物、道路等，施工图设计范围内的全部施工内容为承包人总承包范围（不含外墙装修、室内精装、园林、电梯、中央空调等专用设备）。三、合同工期。开工日期：厂房、管网及道路部分2011年5月15日开工；A栋建筑初设方案通过后7日内开工，具体以发包方书面通知为准。专家楼及B栋建筑开工时间由发包方另行通知。竣工日期：厂房2011年8月15日前断水，厂房、管网及道路2011年9月31日前全部完工；A栋建筑工期为14个月（完成主体结构、水电安装、内隔墙施工）。第三部分专用条款。六、合同价款及调整。12.2（2）采用可调价格合同，合同价款调整方法：市政、道路按实际完成工程量以重庆市现行2008定额和相关配套文件及施工期重庆造价总站颁发的造价信息永川区指导价全额执行，总价下浮9%（人工价差、材料价差、签证费用和税金不下浮）。市政、道路工程按二类工程二级企业取费执行。土建和水电安装工程按重庆市现行2008定额和相关配套文件及施工期重庆造价总站颁发的造价信息永川区指导价全额执行，总装厂房、A栋大楼、B栋大楼、专家楼总价下浮9%（人工价差、材料价差、签证费用和税金不下浮），总装厂房、A栋大楼、B栋大楼土建和及安装结算按一类工程二级企业收费，专家楼收费按规定执行。钢结构厂房部分按实际完成工程量以重庆市现行2008定额和相关配套文件及施工期重庆造价总站颁发的造价信息永川指导价全额执行，总价下浮12%（人工价差、材料价差、签证费用和税金不下浮）。结算按一类工程二级企业取费。门窗、彩钢瓦、保温棉、油漆价格不参照同期重庆造价总站颁发的造价信息指导价，由双方认质认价。其他材料如同期重庆造价总站颁发的造价信息无明确对应项，则不按同期重庆造价总站颁发的造价信息指导价执行，由双方认质认价。对于双方认质认价部分对应基价部分下浮12%。15、工程款（进度款）支付。15.2工程完工验收合格后28天内，由承包人向发包人提交竣工结算报告和完整的工程竣工结算资料，并在提交后7日内，自行到发包人处与发包人共同对提交的竣工结算报告的工程竣工结算资料的有效性和完整性进行核对，双方核对完成后当即签署《竣工结算资料有效和完整移交确认书》。15.3工程竣工结算必须经过发包人审核或发包人委托的造价咨询单位审计，如承包人提交的竣工结算报告和工程竣工结算资料有漏算、少算以及由于定额套用错误等引起价款减少的，发包人均不予调整增加，该部分价款视为承包人自愿放弃，其损失由承包人自行承担。15.4发包人在收到承包人提交的竣工结算报告和完整的工程竣工结算资料后，发包人在两个月内委托中介机构完成审定工作。15.5工程支付方式和时间。（1）承包方完成厂房、道路及管网建设并通过验收后一个月内，发包方按照实际完成部分预算金额的75%进行支付。承包方取得竣工备案证后两个月内，发包方支付承包方至双方认可审定决算价款的97%,剩余3%作为质保金，质保期满后一个月内无息付清。（2）承包方完成A栋建筑主体结构封顶后15日内，发包方按照实际完成部分预算金额的75%进行支付。承包方合同内容完工并验收合格后，发包方支付承包方至实际完成部分预算金额的75%。承包方取得竣工备案证后两个月内，发包方支付承包方至双方认可审定决算价款的97%。剩余3%作为质保金，质保期满后一个月内无息付清。九、违约、索赔和争议。18.1本合同中关于发包人违约的具体责任如下，发包人不按约定支付工程进度款和结算款，应按银行同期利息支付应付款的利息。合同附件1《房屋建筑工程质量保修书》第二条质量保修期载明：1、地基基础工程和主体结构工程为设计文件规定的该工程合理使用年限；2、屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏为5年；3、装修工程为2年；4、电气管线、给排水管道、设备安装工程为2年；6、住宅小区内的给排水设施、道路等配套工程为2年。
2011年8月23日，睿安特公司（甲方）与锦腾公司（乙方）签订《补充协议》，一、甲、乙双方同意修改合同厂房竣工时间，原约定为2011年8月15日，现修改为2011年11月30日。乙方每提前一天完工，甲方奖励5000元；乙方每延误一天完工按照20000元每天向甲方支付违约金。二、甲、乙双方同意将原合同付款时间修改为厂房完工、道路管网完工通畅、电通，以上施工内容具备初验收条件一周内甲方预借工程款400万元给乙方，乙方必须按月支付2%月利息给甲方。承包方完成道路、厂房、及管网建设并通过验收后一个月内，甲方按照实际完成部分预算金额的75%支付给乙方工程款，取得备案证两个月内，甲方支付至厂房、道路、管网决算工程款的97%给乙方。三、甲方必须在2011年10月30日前完善厂房施工手续，如甲方在前述规定时间内无法完善各项手续（建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、施工许可证），致使乙方无法验收，按实际延误天数扣除向甲方预借工程款的利息（按天计算）。甲方完善了各项手续后，乙方须在40天内验收备案，并取得备案证，否则甲方有权延期支付工程余款。如甲方不按时支付工程款，甲方须按银行同期贷款利息的2倍支付乙方本金及利息。四、甲、乙双方约定，因目前无法办理招投标手续，甲方同意施工，原签订的承包合同乙方继续履行，甲乙双方不得以各种理由否定原合同。五、由于原规划的A、B栋建筑由原来的25层改为现在的7层楼，建筑名称改为新A、B、C栋。乙方按原合同约定的内容，带资修建至新A、B、C栋建筑全部主体封顶后15日内甲方按照实际完成部分预算金额的75%进行支付，后续施工甲方按当月乙方实际完成量的75%支付月进度工程款，乙方取得竣工备案许可证后两个月内，甲方支付乙方至双方认可价格审定决算金额的97%。六、本补充协议签订后乙方需三天内恢复正常施工，新A、B、C栋开工时间以甲方书面通知为准（工期为360天）。七、本补充协议一式肆份，双方各执两份，与原合同具相同法律效力，如与原合同有冲突则按此补充协议执行，其他事宜按主合同执行。
2011年12月2日，睿安特公司（甲方）与锦腾公司（乙方）签订《补充协议二》，约定，一、甲方同意在2011年12月5日提前向乙方支付工程款200万元，该款项以现金和承况汇票的方式支付，现金100万元，承兑汇票100万元。二、乙方应每月按甲方提前支付的工程款总额的2%向甲方支付资金占用利息，该资金占用利息乙方于2011年12月6日前预先支付两个月给甲方。该利息计算至2011年8月23日签订的《补充协议》约定甲方应向乙方支付款项的时间为止，据实计算。三、乙方未按期支付利息的，每违约一次，应向甲方支付违约金5万元。四、本协议一式四份，双方各执两份，经双方盖章后生效。
2011年12月27日，锦腾公司向睿安特公司报送了重庆睿安特盾构钢结构厂房工程的预（结）算书。睿安特公司工作人员于2011年12月28日在该预结算书首页备注“此件已收，请补计算依据”。
2012年1月12日，睿安特公司（甲方）与锦腾公司（乙方）签订《补充协议三》，约定，一、甲、乙双方同意就原合同建设施工范围做如下调整：乙方继续对已开工的厂房、道路、管网建设完成，对未开工的A、B、C栋办公楼、车库及未开工的环境绿化和公用设施等乙方不再进行后期建设。乙方仅对已建设竣工部分质量负责。二、甲方在2012年1月20日前向乙方支付350万元，其中300万元作为进度款支付；50万元按照2011年12月5日签订的协议作为预支款，乙方应向甲方支付资金占用利息。甲方资金充裕情况下尽可能多支付乙方50万元作为进度款。其中甲方于2012年1月12日支付乙方100万元（这一额度包含在前述350万元总额内）用于支付本工程钢结构和土建工程的民工工资，乙方在2012年1月15日前将所有民工工资发放的依据报送甲方，否则甲方有权延期支付乙方后续工程进度款。乙方需在2012年2月28日前将已建成的厂房交付甲方使用，乙方在交付甲方使用的同时需退出施工现场。厂房交付使用前，甲方需设备安装及进行其它施工，乙方不得阻挠。三、乙方需在2012年1月15日前完成属于乙方应该完成的全部土建工程，如乙方未能完成，则视乙方未达到付款条件，甲方有权不支付300万元进度款；乙方须在2012年1月14日前完成一面山墙供甲方确认，然后按照甲方认可的做法进行后续施工，且最迟不得迟于2012年2月16日完成全部墙面板及其全部收边收口，如果乙方没有按时完成前述工作内容，甲方有权拒绝支付所有后续工程款。四、甲方需在2012年2月底前拿到施工许可证，如果甲方未能按时拿到施工许可证，每延期一天，甲方向乙方支付5000元作为对乙方的补偿，累计计算。五、本协议未约定的，仍按甲乙双方于2011年8月23日签订的《补充协议》执行；前述《补充协议》未约定的，按甲乙双方于2011年5月8日签订的《建设工程施工合同》执行。六、本协议一式四份，双方各执两份，经双方盖章后生效。
2012年3月9日，睿安特公司（甲方）与锦腾公司（乙方）签订《补充协议四》，约定：1、由甲方于2012年3月12日组织预验收，预验收未合格部分乙方必须在10日内整改完毕。2、甲方于3月20日支付乙方工程进度款40万元。3、甲方于3月20日内退还保证金50万元。4、乙方不再阻挠甲方其他施工单位进场施工。5、甲方按此协议约定付款，则视为该工程正式移交甲方。6、如果甲方不按此协议约定付款，则视为该工程未正式移交甲方，乙方有权拒绝其他施工单位进场施工，由甲方承担后果责任。7、此协议签订后，即视为此次阻工问题采取合理方式解决，双方均无权采取任何形式向对方主张任何关于此次阻工事件的索赔。8、本协议未约定的，按以前协议或合同执行。
2012年3月13日，睿安特公司（甲方）与锦腾公司（乙方）签订《工程移交清单》，载明：2012年3月13日由甲方组织设计单位、地勘单位、监理单位、园区管委会、建设单位、施工单位等参加了年产十台盾构机组装项目厂房的预验收会议。由于甲方急需安装设备进行生产，甲乙双方协商，同意提前验收厂房及其附属，验收后交付给甲方使用。从交付之日起，所有责任全部由甲方负责（质量和未完部分由乙方负责），与乙方无关。在移交人处盖有锦腾公司及“重庆锦腾建筑安装工程有限公司第三项目部”印章。
2012年3月22日，睿安特公司向锦腾公司送达了《关于睿安特盾构公司厂房整改函》，称：贵公司承建的我公司厂房工程在2012年3月13日预验收会议上提出存在如下问题，已经影响到使用安全，请立即整改：1、D轴线6.9米、11.45米行车梁处均设计有走道板，并且要加焊角钢，其他轴线没有走道板；2、行车梁与钢柱连接用的拉板用螺栓图纸要求用10.9级的高强螺栓，现场施工队用的普通螺栓，而且螺栓长度不符合规范；3、125吨行车制动桁架少做了二个立面；4、行车用的钢爬梯没做；5、车挡至今仍未安装，行车已经开始试车，很危险；6、高跨11.45米的行车梁制动桁架与行车梁连接处很多地方没有安装螺栓，而且搭接长度不够；7、行车梁下翼缘弹簧板与牛腿的焊接长度太短，与图纸要求差距较大，行车运行时产生的震动可能会导致行车梁脱落等比较严重的问题；8、行车梁安装螺栓很多没有拧紧，用手都可以拧动；9、屋面水平支撑的摩擦板未焊；10、D轴线多个雨水管漏水，至今没有整改；11、高跨11.45米的行车梁制动桁架与行车梁没有安装螺栓；12、墙面拉条、隅撑没有安装；13、E轴交4轴、9轴落水管漏水；14、天沟没有涂沥青漆，有些地方已经生锈；18、A轴线窗框檩条下垂；19、屋面水平支撑泛锈严重；20、A轴线所有的雨水管地面弯折处裸露地面，不符合规范；21、高跨11.45米的行车梁制动桁架与钢柱连接板搭接长度不够，与图纸要求差距较大；22、3月13日签订《工程移交清单》中竣工图为空白，已返回乙方应该尽快完善签字手续再行移交。以上问题在2012年3月13日的《睿安特盾构技术有限公司厂房中间验收会议记录》中有提及，但你方拒绝在会议记录上签字。请贵公司立即安排整改，如在接到此整改函后两天内未能进场开始整改，15天内未能整改完毕且符合要求，我司将安排其他施工单位进行整改，所发生费用将从厂房工程款中扣除。
锦腾公司收到该函后，其项目工作人员谢清玉批注“该厂房维修维护，原睿安特研究院已告之于我，我已经即日与王彬老总、谢宇厂长衔接，他们俩人已答应由大安钢厂派人进行整改，费用由我方负责，现不知你院何意？请明示。另，22条款中有关竣工图一事，我方在移交时已移交，又在四月二日又增交一份，不知你公司何意？”
2012年4月25日，睿安特公司（甲方）与锦腾公司（乙方）签订《补充协议五》，约定：一、甲方在2012年5月10日前支付工程款150万元人民币给乙方，在2012年6月10日前支付工程款100万元人民币给乙方，在2012年7月10日前支付至工程款总额的75%给乙方。（包括以前支付的所有款项）。二、甲方必须按照本补充协议第一条中所约定的时间、数额支付乙方工程款。如因甲方原因未能按时间、数额支付乙方工程款，甲方须支付延期付款部分的资金利息，利息按照银行同期贷款利率的四倍计算。三、如甲方按本补充协议数额支付乙方工程款，乙方不得以任何理由阻止甲方生产。四、本协议签订后，原合同和补充协议（一、二、三、四）与本协议相悖的条款，按本协议执行，其他未悖条款仍按原合同和以前签订的四个补充协议继续履行。五、本协议经双方签字盖章生效。本协议壹式四份，甲乙双方各执两份，具有同等法律效力。
2012年5月21日，睿安特公司与重庆大安重型钢结构工程有限公司（以下简称大安公司）签订《重庆睿安特盾构技术有限公司盾构厂房不合格项目整改工程“不合格项目钢结构制作及安装合同”》，约定由重庆大安重型钢结构工程有限公司对重庆睿安特盾构技术有限公司盾构厂房不合格项目进行整改。
2012年9月17日，睿安特公司向大安公司通过银行转款189133元；2012年10月31日，睿安特公司向大安公司通过银行再次转款10万元。
因双方就工程结算发生争议，锦腾公司于2012年10月15日向本院提起诉讼。
在审理过程中，锦腾公司于2013年2月20日向本院提出申请，要求对“重庆睿安特盾构技术有限公司永川盾构总装和技术研发基地工程”进行造价鉴定。本院依照鉴定程序，于2013年2月21日依法委托重庆海特工程造价咨询有限责任公司进行鉴定。重庆海特工程造价咨询有限责任公司分别于2013年11月18日、2014年7月31日、2014年10月31日、2014年12月1日作出渝海特鉴字（2013）第07-83号《司法鉴定报告书》、《司法鉴定报告书（补）》《司法鉴定报告补充说明二》及《司法鉴定报告补充说明三》，最终鉴定结论为：一、基础按人工开挖方式计算总工程造价为12906645.42元，具体包括以下部分，（一）、土建3699613.38元；（二）、钢结构工程（不含AL-1、AL-2）部分7748825.32元；（三）、AL-1、AL-2部分160029.42元；（四）、道路及排水工程1244743.6元；（五）、增加门窗包件53433.7元。二、基础按机械开挖方式计算总工程造价为12451506.19元，具体包括以下部分，（一）、土建3244474.15元；（二）、钢结构工程（不含AL-1、AL-2）部分7748825.32元；（三）、AL-1、AL-2部分160029.42元；（四）、道路及排水工程1244743.6元；（五）、增加门窗包件53433.7元。其他说明：1、根据基坑开挖收方图（实为大开挖部分，有建设单位江德民签字），该部分图示为人工开挖，是否该工程所有的土石方均为人工开挖，我司无法根据鉴定资料考证，请法院核实。根据被告提供的《重庆睿安特盾构技术有限公司年产10台盾构机组装项目基坑开挖施工方案》，基础施工为挖掘机开挖，自卸汽车运土方式，该施工方案仅建设单位盖章，未加盖监理单位印章。因原、被告双方均不能提供更进一步的资料佐证各自的主张，由法院裁定。2、基础施工发电机台班费用为678.18元/台班，因缺少发电机台班的签证资料，由法院裁定。
锦腾公司认为应按鉴定结论一作为工程造价，并增加基础施工发电机台班费用。
睿安特公司认为应按鉴定结论二作为工程造价，同时提出如下异议：1、钢结构AL-1、AL-2部分，锦腾公司未做，应从鉴定结论中扣除；2、管网部分不是合同约定的施工范围，锦腾公司亦未提供施工的依据，应从鉴定结论中扣除该部分造价；3、基础隐蔽工程部分计算的依据不足，缺乏基础数据；4、基础施工发电机台班费用没有签证，不应计算。
另查明：1、庭审中，双方对工程已付款进行了核对，睿安特公司提出共计已付款为10740155.27元，锦腾公司认为，其中2011年12月6日的付款8万元不属实，系睿安特公司支付工程款时开具了100万元的承兑汇票，而该汇票未到期，锦腾公司提现时实际收到仅92万元。
2、双方于2012年4月25日签订《补充协议五》后，睿安特公司累计支付工程款明细如下：①、2012年5月10日支付50万元；②、2012年8月21日支付15万元；③、2012年8月30日支付40000元；④、2012年9月10日支付10万元；⑤、2012年9月17日，睿安特公司向大安公司通过银行转款189133元，支付整改费；⑥、2012年9月25日支付43921元；⑦、2012年10月31日，睿安特公司向大安公司通过银行再次转款10万元支付整改费。⑧、2013年7月2日支付500万元。
3、2012年12月4日，涉案工程取得《建筑工程施工许可证》。
4、2013年5月30日，重庆市永川区城乡建设委员会出具《关于重庆睿安特盾构技术有限公司永川盾构总装和技术研发基地工程办理施工许可证的情况说明》，载明“按照办理施工许可证的有关规定，为了确保民工工资的兑付，办理施工许可证时应提供劳动保险统筹金缴纳凭证原件，由于该工程施工单位迟迟未缴纳劳动保险统筹金，影响了施工许可证的办理，直到2012年11月6日劳动保险统筹金全部缴齐后，我委于2012年12月4日依法为该工程办理了施工许可证”。
5、2011年8月，锦腾公司就《基（础）坑土方开挖及支护施工方案》向睿安特公司报送了《安全技术专项方案审批表》，在该《施工方案》第二项中明确“由于本工程基础采用大开挖，采用KOBELCO型挖掘机2台开挖，运输采用自卸式汽车2台运土”。《安全技术专项方案审批表》上，“重庆锦腾建筑安装工程有限公司第三项目部”在施工单位审批意见栏处盖章，并由“熊雄”批注“同意按此方案进行施工”。
6、2011年7月3日，锦腾公司报送了《基坑开挖收方图》，在该图右下角打印文字注明“系人工开挖土石方，外运10M”。监理单位审核批注“请严格按开挖方案实施计量”。睿安特公司代表批注“请领导决定，情况属实”。
以上事实有《建设工程施工合同》、五份《补充协议》、《工程移交清单》、《工程款支付明细及付款凭证》、《整改函》、《整改合同》、付款凭证、《情况说明》、《鉴定报告》及原被告双方陈述等证据载卷为凭，并经庭审质证，足以认定。
本院认为，原告锦腾公司与被告睿安特公司签订的关于睿安特公司永川盾构总装和技术研发基地的《建设工程施工合同》及相关五份《补充协议》是双方当事人的真实意思表示，内容也不违反法律法规的禁止性规定，合法有效，双方当事人应按约履行。现双方就工程结算发生争议，根据原告锦腾公司起诉的理由、被告睿安特公司的答辩意见及双方在庭审中的质证意见，本院归纳双方争议焦点为：一、争议工程的结算造价；二、锦腾公司的请求是否成立。针对原、被告的争议焦点，结合庭审查明的事实，本院分别评判如下：
一、争议工程的结算造价
就工程造价，重庆海特工程造价咨询有限责任公司最终鉴定结论为：一、基础按人工开挖方式计算总工程造价为12906645.42元，具体包括以下部分，（一）、土建3699613.38元；（二）、钢结构工程（不含AL-1、AL-2）部分7748825.32元；（三）、AL-1、AL-2部分160029.42元；（四）、道路及排水工程1244743.6元；（五）、增加门窗包件53433.7元。二、基础按机械开挖方式计算总工程造价为12451506.19元，具体包括以下部分，（一）、土建3244474.15元；（二）、钢结构工程（不含AL-1、AL-2）部分7748825.32元；（三）、AL-1、AL-2部分160029.42元；（四）、道路及排水工程1244743.6元；（五）、增加门窗包件53433.7元。双方均提出了异议，针对异议，本院认为：
（一）、基础按人工开挖还是机械开挖取费。
根据鉴定机构2013年11月18日作出的第一次鉴定报告，涉案工程基础全部按机械开挖方式确定的工程造价，在庭审质证时，锦腾公司并无异议。在鉴定机构就其他争议事项进行补充鉴定时，锦腾公司向鉴定机构提交了2011年9月的《基坑开挖收方图》，以此证明基础系人工开挖，并形成了签证单。经庭审质证，该《基坑开挖收方图》属实，但监理在收方图上批注“严格按开挖方案实施计量”，睿安特公司批注意见为“情况属实，请领导决定”，故睿安特公司仅对收方事实予以确定，但对人工开挖或机械开挖方式未审批意见，因此，锦腾公司以此要求按人工开挖方式计价，证据不充分。相反，锦腾公司以“第三项目部”的名义于2011年7月3日向睿安特公司报送的《开挖方案》中明确开挖方式为机械开挖，结合监理在《基坑开挖收方图》中批注的意见，即“严格按开挖方案实施计量”，本院确定基础按机械开挖取费。
锦腾公司辩称，其并未成立“第三项目部”，公司亦无“熊雄”的工作人员，否定《开挖方案》系其公司报送，但对印章真实性不申请鉴定。对此，根据锦腾公司向本院提交的证据《工程移交清单》以及向鉴定机构提交的原始施工签证单中，施工方大量资料均是以“第三项目部”的名义向睿安特公司进行的报送，因此，锦腾公司的辩称理由与其提交的证据不符，不予采纳。
（二）、钢结构AL-1、AL-2部分是否应纳入工程总造价。
睿安特公司辩称，该部分工程系其发包给重庆大安重型钢结构工程有限公司进行的施工，锦腾公司并未施工，故应扣除该部分造价。经查，厂房属双方合同约定的施工范围，而钢结构AL-1、AL-2属厂房的组成部分，锦腾公司实际完成厂房施工义务后于2012年3月13日交付给睿安特公司，睿安特公司接收厂房后，因质量问题曾于2012年3月22日向锦腾公司发出整改函，在该《整改函》中睿安特公司并未提出锦腾公司未施工钢结构AL-1、AL-2部分，相反，还就该部分存在的质量问题要求锦腾公司予以整改，且睿安特公司与重庆大安重型钢结构工程有限公司签订的亦是整改合同，足以印证锦腾公司实施了钢结构AL-1、AL-2部分的施工作业，因此，该部分工程造价应计入总造价，睿安特公司的辩称意见，与查明的事实不符，不予支持。
（三）、管网部分是否应纳入工程总造价。
睿安特公司辩称管网部分不是合同约定的施工范围，不应计入工程总造价。经查，双方于2011年8月23日签订的《补充协议》第二条明确约定，付款时间修改为厂房完工、道路管网完工通畅，因此，该事实足以认定管网属于锦腾公司的施工范围。且睿安特公司就管网部分工程进行了签证，鉴定机构亦是以此计算的造价。现睿安特公司提出不应计算管网工程费用，与事实不符，不予支持。
（四）、基础隐蔽工程部分造价的计算依据是否充分。
睿安特公司辩称基础隐蔽工程部分的造价缺乏依据。经查，因双方没有提供基础隐蔽工程部分的相关资料，鉴定机构结合施工图纸和收方单予以确定，符合工程造价原则。且睿安特公司虽提出异议，但亦未提供证据予以否定，故对其辩称意见，不予支持。
（五）、基础施工发电机台班费用是否应纳入工程总造价。
锦腾公司要求将基础施工发电机台班费用纳入工程总造价，但其未提供签证依据，对此，本院不予支持。
综上，讼争工程总造价应为12451506.19元。
二、大安公司的整改费用289133元是否应在工程款中予以扣除。
睿安特公司提出，因锦腾公司施工的工程部分存在质量问题需要整改，为此，睿安特公司委托大安公司进行整改，产生费用289133元，应予扣除。
本院认为，睿安特公司接收讼争工程后，因出现质量问题，于2012年3月22日向锦腾公司送达了《关于睿安特盾构公司厂房整改函》，提出22项需整改的内容。锦腾公司工作人员谢清玉签收该整改函后，锦腾公司对需整改的内容未提出异议，亦未表示自行整改，在此情形下，睿安特公司委托大安公司进行整改，由此产生的费用应从工程款中予以扣除，睿安特公司的该抗辩意见，符合法律规定，本院予以支持。
三、锦腾公司的请求是否成立。
（一）、欠付工程款具体金额。
如上，本院确定的讼争工程结算造价为12451506.19元。对于已付款，经双方当庭核对，睿安特公司提出共计已付款为10740155.27元，锦腾公司仅对其中2011年12月6日的一笔付款8万元不认可，认为系承兑汇票提前兑现导致的利息损失，应由出具承兑汇票的睿安特公司承担。本院认为，该笔付款已由锦腾公司向睿安特公司出具了收条，明确收到工程款现金8万元，因此，应作为睿安特公司已付工程款确认。锦腾公司现提出异议，又无其他证据予以否定该事实，对其辩称理由，不予支持。故，本院认定讼争工程已付款为10740155.27元，结合工程结算造价为12451506.19元，睿安特公司应欠工程款1711350.92元，同时扣除睿安特公司已支付的整改费用289133元，睿安特公司尚欠工程款1422217.92元。
同时，根据双方合同第15.5第⑴项之约定，工程质保金为3%，质保期满后一个月内无息付清。而合同附件《房屋建筑质量保修书》第二条既有屋面防水工程等保修期为5年的约定，又有电气管线、给排水管道等保修期为2年的约定，现双方在合同中仅约定质保期满后一个月内无息付清，却未明确以2年还是5年质保期满为准，在此情形下，本院确定以5年期满为退还质保金起计时间。讼争工程于2012年3月13日交付使用，至今未满5年，故工程质保金还应留存373545.19元（工程造价金额12451506.19元*3%），扣除该费用后，睿安特公司尚欠付工程款1048672.73元。锦腾公司的该请求部份成立，本院依法予以支持。
（二）、欠付工程款的利息。
根据双方于2012年4月25日签订的《补充协议五》之约定，睿安特公司应于2012年5月10日前支付工程款150万元；于2012年6月10日前支付工程款100万元；于2012年7月10日前支付至工程款总额的75%。如睿安特公司逾期支付，则按银行同期贷款利率的4倍支付延期付款部分的资金利息。
经查，睿安特公司在2012年5月10日前仅支付50万元，之后分别于2012年8月21日支付15万元、2012年8月30日支付4万元、2012年9月10日支付10万元、2012年9月17日支付大安公司整改费189133元、2012年9月25日支付43921元、2012年10月31日支付大安公司整改费10万元、2013年7月2日支付500万元。因此，睿安特公司直到2013年7月2日才按《补充协议五》约定的期限和金额履行完毕付款义务，应以同期银行贷款利率的4倍承担欠付工程款的资金利息，结合睿安特公司后续陆续付款的金额和时间，其应付的利息为：2012年5月11日至2012年6月10日期间，以欠付工程款100万元为基数计算；2012年6月11日至2012年7月10日期间，以欠付工程款200万元为基数计算；2012年7月11日至2012年8月21日期间，以欠付工程款3438630元（应付至工程款总额12451506元的75%-已付款590万元）为基数计算；2012年8月22日至2012年8月30日期间，以欠付工程款3288630元为基数计算；2012年8月31日至2012年9月10日期间，以欠付工程款3248630元为基数计算；2012年9月11日至2012年9月17日期间，以欠付工程款3148630元为基数计算；2012年9月18日至2012年9月25日期间，以欠付工程款2959497元为基数计算；2012年9月26日至2012年10月31日期间，以欠付工程款2915576元为基数计算；2012年11月1日至2013年7月2日期间，以欠付工程款2815576元为基数计算。
至于结算完成后工程欠款利息的起计时间，锦腾公司认为其于2011年12月27日向睿安特公司报送了涉案工程的预（结）算书，因睿安特公司原因拒绝进行结算，应以锦腾公司报送的时间作为工程欠款利息的起计时间。本院认为，双方合同第15.5条约定的工程款支付方式和时间为在承包方取得竣工备案证后两个月内，发包方支付承包方至双方认可审定决算价款的97%，因此，双方完成结算是付款的前提。在结算问题上，锦腾公司虽然报送了预结算书，但睿安特公司要求锦腾公司补交计算依据，而锦腾公司未提供补交计算依据的证据，且根据之后双方于2012年1月12日签订的《补充协议三》之内容反映，锦腾公司仍然在继续施工，直至2012年3月13日才施工完毕移交工程，因此，在锦腾公司2011年12月27日提交预结算书时，双方尚未达到结算条件，而此后双方未就结算达成一致意见，锦腾公司也未提交证据证明睿安特公司有拖延结算或拒绝结算的违约行为，现双方工程结算在本案中才予以确定，故利息起计时间应从判决主张之日起计算。至于结算后欠付的工程款利息标准，双方在合同第18.1条约定，应按银行同期利息支付应付款的利息。但双方未明确该银行同期利息是贷款利息还是存款利息，约定不明，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条规定，本院按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。锦腾公司要求按银行同期贷款利率的四倍主张，缺乏合同依据，对其该请求，本院予以部分支持。
（三）、要求睿安特公司按5000元/天的标准支付未按约定办理施工许可证至办理完成之日止的补偿请求。
本院认为，双方在《补充协议三》第四条约定，睿安特公司需在2012年2月底前拿到施工许可证，否则每延期一天，向锦腾公司支付5000元补偿，累计计算。对于未取得施工许可证的原因，根据重庆永川区城乡建设委员会于2013年5月30日出具的《说明》，证实由于该工程施工单位迟迟未缴纳劳动保险统筹金，影响了施工许可证的办理，直到2012年11月6日劳动保险统筹金全部缴齐后，永川建委于2012年12月4日才依法为该工程办理了施工许可证。庭审中亦查明，锦腾公司确实未缴纳该费用，系睿安特公司于2012年11月6日代为缴纳。根据双方合同第25.3条第5项之约定，锦腾公司应配合睿安特公司办理施工许可证，现因锦腾公司未履行应由其缴纳的劳动保险统筹金义务而导致施工许可证滞后办理，睿安特公司并无过错，锦腾公司以此要求睿安特公司按《补充协议》约定承担补偿责任，于法无据，本院不予支持。
综上，根据《中华人民共和国合同法》第八条、第四十四条、第六十条、第一百零七条、第一百一十四条、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条及《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款之规定，判决如下：
一、被告重庆睿安特盾构技术有限公司于本判决生效之日起十日内支付原告重庆锦腾建筑安装工程有限公司工程款1048672.73元，逾期按中国人民银行同期同类贷款利率支付利息，利随本清。
二、被告重庆睿安特盾构技术有限公司于本判决生效之日起十日内按中国人民银行同期同类贷款利率的四倍支付原告重庆锦腾建筑安装工程有限公司2012年5月11日至2012年6月10日期间，以100万元为基数计算的利息；2012年6月11日至2012年7月10日期间，以200万元为基数计算的利息；2012年7月11日至2012年8月21日期间，以3438630元为基数计算的利息；2012年8月22日至2012年8月30日期间，以3288630元为基数计算的利息；2012年8月31日至2012年9月10日期间，以3248630元为基数计算的利息；2012年9月11日至2012年9月17日期间，以3148630元为基数计算的利息；2012年9月18日至2012年9月25日期间，以2959497元为基数计算的利息；2012年9月26日至2012年10月31日期间，以2915576元为基数计算的利息；2012年11月1日至2013年7月2日期间，以2815576元为基数计算的利息。
三、驳回原告重庆锦腾建筑安装工程有限公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费124965元，诉讼保全费5000元，鉴定费150000元，合计279965元，由被告重庆睿安特盾构技术有限公司承担167979元，由原告重庆锦腾建筑安装工程有限公司承担111986元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于重庆市高级人民法院。
审 判 长 蒋 科
代理审判员 于 利
人民陪审员 许培英
二〇一四年十二月十八日
书 记 员 张 坤