重庆市第一中级人民法院
民 事 判 决 书
（2014）渝一中法民终字第06447号
上诉人（原审原告）：肖贵华。
委托代理人：郭田，重庆德普律师事务所律师。
上诉人（原审原告）：刘恩麟。
法定代理人：肖贵华，刘恩麟之母，身份同前。
委托代理人：郭田，重庆德普律师事务所律师。
被上诉人（原审被告）：重庆金九房地产开发有限公司，住所地重庆市合川区苏家街31号，组织机构代码20364531-9。
法定代表人：荆安平，该公司董事长。
委托代理人：杜文国，重庆丽达律师事务所律师。
委托代理人：杜丽诗，重庆丽达律师事务所（实习）律师。
上诉人肖贵华、刘恩麟与被上诉人重庆金九房地产开发有限公司（以下简称金九公司）商品房预售合同纠纷一案，重庆市合川区人民法院于2014年8月8日作出（2013）合法民初字第04844号民事判决，肖贵华、刘恩麟对该判决不服，向本院提起上诉。本院依法由审判员陈孟琼担任审判长，审判员刘家秀主审，与代理审判员罗太平组成合议庭，于2014年9月28日公开进行了询问，上诉人肖贵华及其委托代理人郭田，被上诉人金九公司的委托代理人杜文国、杜丽诗均到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
一审法院审理查明：肖贵华、刘恩麟与金九公司于2010年5月2日签订商品房买卖合同，由肖贵华、刘恩麟购买金九公司开发位于重庆市合川区房屋一套，建筑面积82.93平方米，总成交价272689元。合同第七条第一款第（2）项约定，属预售商品房的，金九公司应当在2011年12月31日前，依照国家和地方的有关规定，将已进行建设工程竣工验收备案登记的商品房交付肖贵华、刘恩麟使用。合同第九条（关于逾期交房违约责任）约定，逾期在90日之内，自本合同第七条约定的最后交付期限第二天起至实际交付之日止，金九公司按日向肖贵华、刘恩麟支付已付房价款万分之零点三（备案合同约定万分之三）的违约金；逾期交房超过90日后，肖贵华、刘恩麟要求继续履行合同的，合同继续履行，自本合同第七条约定的最后交付期限第二天起至实际交付之日止，金九公司按日向肖贵华、刘恩麟支付已付房价款万分之零点三（备案合同约定万分之五）的违约金。第十二条（关于办理合同登记备案）约定，预售商品房的，自本合同签订10日起向房屋登记机构申请办理本商品房预购商品房合同登记备案，提交土地房屋登记机构规定的相关资料，并取得土地房屋登记机构出具的登记受理单。如因金九公司的责任，未能按期向房屋所在地房屋登记机构提交办理本商品房合同登记备案，取得土地房屋登记机构出具的登记受理单的，逾期在30日之内或逾期超过30日肖贵华、刘恩麟要求继续履行合同的，自约定向土地房屋登记机构并取得受理单之日起至金九公司实际提交资料并取得登记受理单之日止，金九公司按日向肖贵华、刘恩麟支付已付房价款万分之零点三（备案合同约定逾期在30日之内为万分之三，超过30日为万分之一）的违约金。合同第十三条（关于办理产权登记）约定，预售商品房的，在本商品房实际交付使用之日起60日内，由肖贵华、刘恩麟与金九公司双方向房屋所在地土地房屋登记机构提出办理本商品房《房地产权证》的申请，提交土地房屋登记机构规定的相关资料，并取得土地房屋登记机构出具的受理单。如因金九公司的责任，未能按期向土地房屋登记机构提交本来本商品房《房地产权证》的申请，取得土地房屋登记机构出具的受理单，逾期超过100日之内或逾期超过100日肖贵华、刘恩麟要求继续履行合同的，自约定向土地房屋登记机构并取得受理单之日起至金九公司实际提交资料并取得登记受理单之日止，金九公司按日向肖贵华、刘恩麟支付已付房价款万分之零点五（备案合同约定万分之一）的违约金。合同签订后，肖贵华、刘恩麟缴纳了购房款272689元，该套房屋于2010年6月22日取得预购合同登记备案证明。
2011年9月29日，金九公司开发建设的金九.南屏广场工程经重庆市合川区质量监督站、设计公司、监理公司、建设公司及金九公司进行预验收，均同意竣工预验收，同时对工程出现的问题要求及时整改。2011年10月29日经整改已无工程遗留质量问题。2011年11月18日该工程取得环境保护预验收。2011年12月12日该工程取得防雷工程竣工验收。2011年2月10日，重庆市公安消防总队作出渝公消法（2011）39号文件规定，设有自动消防设施的工程竣工后，申报消防验收前，必须委托具有建设消防设施检测资质的检测机构，对建筑消防设施进行技术检测，取得检测合格报告后，方可向公安消防机构申报消防验收或竣工验收备案。2011年9月21日，金九公司委托东莞市广建消防工程有限公司重庆分公司向重庆慧通消防工程检测有限公司申请消防设施工程质量检测，重庆慧通消防工程检测有限公司于2011年9月21日受理后于2011年12月29日对该工程进行了初检，2012年1月17日复检合格。2012年5月11日，重庆市公安消防局对该工程地上部分验收合格，2012年6月27日重庆市市公安消防局对该工程地下部分验收合格。2012年5月25日该工程竣工验收，2012年6月18日取得建设工程竣工验收备案登记证。肖贵华、刘恩麟于2012年4月12日实际接房，经结算，肖贵华、刘恩麟向金九公司共缴纳房款277428.20元。
另查明，2011年11月14日，合川区规划局作出业务会议纪要，对金九公司金九南屏广场因该类原规划设计方案未封闭阳台，而在修建过程中因打造城市形象封闭阳台造成建筑面积增加，原则上同意予以认可，不予处罚。2012年10月12日重庆市合川区国土资源和房屋管理局发出合川地监告字（2012）31号公告，对金九公司应补缴土地出让金进行了公示，公告期间为10天。2012年10月18日，合川区国土房管局发出公告，按照重庆市国土局的统一部署，因上线前需导入数据、调试系统、清理在办业务，停用原系统，完成本项工作预计时间为2012年10月19日到2012年10月28日，在此期间，对除个人以外的权属登记暂停受理。2012年11月8日合川区国土局测绘队对涉案工程的土地进行了补录，2013年3月7日合川区房产测量所对涉案楼盘重新建盘完毕。2013年3月8日金九公司与合川区国土资源和房屋管理局签订土地使用权补充合同并补缴了土地出让金。2013年3月29日该建筑取得初始登记业务受理单，2013年4月15日取得争议房屋的转移登记业务受理单。2013年4月17日取得讼争房屋房地产权证。
还查明，肖贵华、刘恩麟与金九公司在合同补充协议第三条第三项约定：因肖贵华、刘恩麟原因或政府职能部门的原因导致迟延合同登记和办证的，金九公司不承担迟延办证的责任。
肖贵华、刘恩麟一审诉称：肖贵华、刘恩麟于2010年5月2日与金九公司签订商品房买卖合同，肖贵华、刘恩麟购买金九公司修建的重庆市合川区南办处房屋，总房款277428.2元，肖贵华、刘恩麟已按合同约定交清了全部购房款。由于肖贵华、刘恩麟与金九公司持有的合同约定违约赔偿标准不一致，不是双方真实意思，应以备案合同约定的违约金标准进行赔付。本商品房买卖合同第十二条约定，自本合同签订之日起10日内，金九公司应申请办理预购商品房合同登记备案，经查本商品房合同备案时间为2010年6月22日，逾期备案50天，金九公司应每日按肖贵华、刘恩麟已付房款的万分之一向肖贵华、刘恩麟支付违约金1387元。肖贵华、刘恩麟实际接房时间为2012年4月12日，但金九公司在本房屋竣工交付使用未向肖贵华、刘恩麟发放《重庆市新建商品房使用说明书及质量保证书》和《建设工程竣工验收意见书》。经查证此商品房的建设工程竣工验收时间为2012年5月25日，按规定所有商品房必须通过竣工验收合格后才能交付使用，金九公司2011年12月31日交房不合法，肖贵华、刘恩麟依法接房时间为2012年5月26日，金九公司应承担逾期交房的违约责任，违约时间共计145天，金九公司应按日向肖贵华、刘恩麟支付已付房款万分之五的违约金20113元。肖贵华、刘恩麟依法接房时间为2012年5月26日，肖贵华、刘恩麟于2013年6月4日领取房屋产权证，金九公司逾期375天办理，按合同第十三条约定，金九公司应承担逾期办理商品房产权登记的违约责任，金九公司应按日向肖贵华、刘恩麟支付已付房款万分之一的违约金10403元。综上，请求法院依法判决金九公司支付肖贵华、刘恩麟逾期办理合同登记备案违约金、逾期交房违约金、逾期办理房屋产权登记违约金共计31903元，诉讼费由金九公司负担。
金九公司一审辩称：肖贵华、刘恩麟计算违约金是按商品房备案合同的标准计算的，备案合同中违约金的计算标准是金九公司应房管部门的要求做出的单方修改，不是双方当事人的真实意思，没有经过双方协商，不是双方当事人的合意。即使金九公司违约，也只能按双方所持有的最初签订的合同约定的标准计算违约金，金九公司对肖贵华、刘恩麟持有的合同约定的违约金标准予以认可。关于逾期备案违约责任，根据肖贵华、刘恩麟与金九公司签订的合同十二条约定，该备案登记系双方共同申请，超期备案系肖贵华、刘恩麟提交资料滞后所致，同时肖贵华、刘恩麟要求支付逾期办理合同备案违约金已超过了诉讼时效。关于迟延交房违约责任，金九公司按照合同约定的时间交付了房屋，在交付房屋前除消防验收外均取得分项验收合格意见。2012年6月18日才取得建设工程备案登记证是因为重庆市公安局在2011年2月10日作出渝公消法（2011）39号文件，在申报消防验收前必须委托具备消防验收资质的检测机构，对消防设施进行检测取得合格报告后，方可申请竣工验收备案，根据该要求，金九公司金九南屏广场项目在2011年9月21日申请消防安全技术检测，惠通公司2012年1月17日作出检测报告，增加消防技术检测花费时间4个月。以上原因导致该项目在2012年5月11日取得消防验收。工程迟延取得备案登记证系政策变化属不可抗力，金九公司不应承担责任。关于迟延办理房产证的违约责任，2011年因五城连创，合川区政府为了提升城市形象，合川区规划局于2011年11月23日作出（2011）17期会议纪要，对金九南屏广场将未封闭阳台改为封闭阳台造成面积增加原则予以认可，不予处罚。由于建筑面积增加是否需要补交土地出让金需要政府部门确定和经过一定程序才能办理，合川区国土局2012年10月12日才发布增加面积的土地使用权公告，公告期限为10天。2012年10月18日因国土房管局系统升级，合川区国土房管局发出公告不受理单位的权属登记，系统升级过程中需对涉案项目重新建盘，该项目于2013年3月7日完成建盘，2013年3月8日国土局才通知金九公司签订土地出让补充合同，金九公司不应承担逾期办证违约责任。综上，请求驳回肖贵华、刘恩麟的诉讼请求。
一审法院认为，依法成立的合同，受法律保护。当事人一方不履行合同义务或履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
关于本案违约金的计算标准。肖贵华、刘恩麟要求按照商品房买卖合同备案合同的标准计算违约金，但由于备案合同是金九公司在备案时金九公司单方修改，没有与肖贵华、刘恩麟协商、达成合意，不是双方协商一致的结果。金九公司对肖贵华、刘恩麟持有合同予以认可，故应该按照肖贵华、刘恩麟持有合同约定的违约金标准计算违约金。
关于金九公司在合同登记备案中金九公司是否违约，是否应支付肖贵华、刘恩麟违约金1387元的问题。肖贵华、刘恩麟与金九公司于2010年5月2日签订商品房买卖合同，按合同约定，自合同签订之日起10日内，应申请办理合同登记备案，提交土地房屋登记机构规定的相关资料，并取得登记受理单。肖贵华、刘恩麟所购房屋于2010年6月22日才取得预售合同备案登记证明，审理中，金九公司也未举示证据证明其在合同约定的时间内办理合同登记备案，并取得登记受理单，故金九公司在合同登记备案中存在违约行为，应承担违约责任，但肖贵华、刘恩麟在2013年8月9日才向法院起诉，已超过了诉讼时效，对肖贵华、刘恩麟的该诉讼请求一审法院依法不予支持。
关于金九公司是否存在逾期交房，是否应向肖贵华、刘恩麟支付逾期交房违约金20113元的问题。肖贵华、刘恩麟与金九公司约定2011年12月31日将房屋交付给肖贵华、刘恩麟，肖贵华、刘恩麟实际接房时间为2012年4月12日，但当时该房屋所涉的建设工程尚未通过竣工验收，不符合法定的交房条件。2012年5月11日，重庆市公安消防局对该工程地上部分验收合格，该工程于2012年5月25日通过竣工验收，因此，本案讼争房屋的合法交付时间应为2012年5月25日，金九公司交房已逾期145天，应承担逾期交房违约责任。2011年2月10日，重庆市公安消防总队作出渝公消法（2011）39号文件规定，设有自动消防设施的工程竣工后，申报消防验收前，必须委托具有建设消防设施检测资质的检测机构，对建筑消防设施进行技术检测，取得检测合格报告后，方可向公安消防机构申报消防验收或竣工验收备案。2011年9月21日该工程的消防设施技术检测申请被受理，2012年1月17日经检测合格，共119天。因肖贵华、刘恩麟与金九公司签订商品房买卖合同时，渝公消法（2011）39号文件尚未出台，消防设施技术检测属政策变化，导致交房逾期责任不在金九公司，检测期间（119天）应当扣除，故金九公司应支付肖贵华、刘恩麟逾期交房违约金216.39元（277428.20元×0.00003×（145-119）天】，肖贵华、刘恩麟过高要求部分一审法院不予主张。
关于金九公司在办理产权登记过程中是否违约，是否应当向肖贵华、刘恩麟支付违约金10403元的问题。金九公司在施工过程中因合川区政府立面公建化的要求，合川区规划局要求金九公司开发项目将设计的未封闭阳台封闭，以简洁建筑立面，打造城市形象。由于封闭阳台造成建筑面积增加，需要补交土地出让金，2011年11月14日合川区规划局作出会议纪要，对金九公司封闭阳台造成建筑面积增加作出处理意见。此后，经过有关程序，2012年10月12日重庆市合川区国土资源和房屋管理局发出合川地监告字（2012）31号公告，对金九公司应补缴土地出让金进行了公示，公告期间为10天。2012年10月18日合川区国土房管局系统升级，金九公司开发楼盘需要在系统中重新补录、建盘，2013年3月7日涉案楼盘重新建盘完毕。对于规划调整和国土房管局系统升级导致金九公司逾期取得房屋权属登记受理单，不是金九公司的原因，同时，肖贵华、刘恩麟与金九公司在补充合同约定因肖贵华、刘恩麟原因或政府职能部门的原因导致迟延合同登记和办证的，金九公司不承担迟延办证的责任。金九公司不应承担由此原因造成的违约责任。金九公司的违约责任按已付房款277428.20元以日万分之零点五从2013年3月8日计算至2013年4月15日取得转移登记受理单之日止支付违约金，即540.98元（277428.20元×0.00005×39天），肖贵华、刘恩麟过高要求部分一审法院不予主张。
综上，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十二条，《中华人民共和国合同法》第八条、第六十条第一款、第一百零七条、第一百一十四条第一款之规定，判决如下：一、由重庆金九房地产开发有限公司在本判决生效后十日内支付肖贵华、刘恩麟逾期交房违约金216.39元，逾期办理房屋产权登记违约金540.98元，合计757.37元。二、驳回肖贵华、刘恩麟的其他诉讼请求。如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。本案受理费299元，由肖贵华、刘恩麟负担249元，金九公司负担50元，金九公司应负担部分肖贵华、刘恩麟已垫支，金九公司在本判决生效后十日内迳付肖贵华、刘恩麟。
肖贵华、刘恩麟不服一审判决，向本院提起上诉。请求：撤销原判，将案件发回重审或依法改判金九公司支付肖贵华、刘恩麟：1、逾期办理合同登记备案违约金1387元（从2010年5月4日起至2010年6月22日止，以277428.2元为基数，按日万分之一计算）；2、逾期交房违约金20113元（从2012年1月1日起至2012年5月25日止，以277428.2元为基数，按日万分之五计算）；3、逾期办证违约金10403元（从2012年5月26日起至2013年6月4日止，以277428.2元为基数，按日万分之一计算）。主要事实及理由：1、一审判决关于逾期办理合同登记备案、逾期交房、逾期办证三项违约金计算标准认定错误。备案合同对三项违约金标准的变更，系备案时双方临时协商形成的一致意思表示，只是肖贵华、刘恩麟持有的合同未进行修改；即使备案合同约定的违约金标准系金九公司单方变更，但金九公司在2013年7月12日另案庭审中承认双方持有的合同对违约金标准约定不一致，可调取备案合同核实，金九公司的该陈述可以认定为双方对违约金标准进行了协商变更。2、逾期办理合同登记备案违约金没有超过诉讼时效。涉案合同登记备案时间虽是2010年6月22日，但肖贵华、刘恩麟在2013年7月12日另案庭审中未提及合同登记备案违约，证明其不知道涉案合同已备案，而是2013年8月8日到主管部门复印备案合同时才知道金九公司合同登记备案逾期。民法通则规定诉讼时效2年，从2013年8月8日起算，本案没有超过诉讼时效。3、一审判决关于逾期交房属于政策原因导致不可抗力予以免责认定错误。渝公消法（2011）39号文件于2011年2月10日作出，金九公司于2011年9月21日才申请消防检测，主观上存在过错，该政策变化与逾期交房没有直接因果关系，不属不可抗力；即使该文件的颁布属于不可抗力，金九公司亦未按合同约定于不可抗力发生之日起30日内以书面形式告知肖贵华、刘恩麟，因此，金九公司亦不应免责。4、涉案房屋设计、施工均是内阳台，不存在外阳台变更为内阳台问题；即使存在变更，金九公司未按合同约定在变更规划后10日内履行变更内容书面通知义务；合川区规划局2011年11月14日会议纪要与本案无关，金九公司无证据证明重庆市合川区国土资源和房屋管理局发出合川地监告字（2012）31号公告载明的补交土地出让金与外阳台封闭有关；金九公司逾期办证，不属于政府原因，涉案房屋合法交付时间为2012年5月25日，即使存在阳台封闭，因阳台封闭增加的工程早已完工并符合办证条件，不属于政府原因影响办证。系统升级发生在金九公司迟延履行期间，不属于不可抗力，不应予以免责。
金九公司答辩称，1、关于违约金标准问题，肖贵华、刘恩麟在本案一审第一次庭审时陈述备案合同对违约金标准的修改，未经双方协商同意，双方陈述一致，现其上诉认为应当以备案合同约定的标准计算违约金，根据禁止反言的民事诉讼诚信原则，备案合同约定不能作为本案计算违约金的标准。2、合同于2010年5月2日签订，该合同明确约定登记备案期限为合同签订后10日内，履行期限届满，权利人就应当知道其权利被侵害，因此，本案的诉讼时效应当从2010年5月13日起计算2年，肖贵华、刘恩麟2013年8月9日起诉，已超过诉讼时效。3、消防检测文件的颁布，双方均不能预见，属于情势变更，金九公司没有通知的义务，应当予以免责。4、2011年11月14日会议纪要证明，金九南屏广场根据合川区规划局的要求将外阳台封闭，以简洁建筑立面，打造城市形象。该会议纪要作出后，规划、国土管理部门需按照程序完成勘查，以最终确定每套房屋的建筑面积、分摊面积、土地使用权面积，无论涉案房屋是否存在阳台封闭，在增加土地面积确定前，无法计算单套房屋的建筑面积、分摊面积、土地使用权面积，金九公司不具备提交办证申请的前提条件，房屋管理部门也无法办理产权登记。合川区国土资源与房屋管理局于2012年10月12日发出公告后，公告期内遇系统升级又涉及重新补录、建盘，建盘完成后于2013年3月7日缴纳了土地出让金。同年3月8日补签了土地使用权出让合同。金九公司并未拖延办证。合同约定60日内办证，包括了金九公司需要先行申请产权初始登记，再进行转移登记，金九公司于2013年3月8日申请初始登记，只要金九公司在2013年5月7日前取得产权转移登记均符合合同约定，因此，一审判决要求金九公司承担2013年3月8日之后的逾期办证违约金有失公允。
二审诉讼中，肖贵华、刘恩麟举示以下证据，1、落款时间为2011年12月26日的合川区房产测量所出具的重庆市房产面积测算报告书（竣工），载明涉案房屋套内面积为71.70平方米，建筑面积为87.89平方米，该测算报告是2011年11月10日作出，与涉案房屋产权证记载的面积一致，而合川区规划局会议纪要于2011年11月23日作出，证明金九公司收到合川区规划局会议纪要之前直至产权登记，涉案房屋实际建筑施工面积没有发生任何变化，涉案房屋并没有因为外阳台封闭增加建筑面积，因此，前述会议纪要与本案无关。2、金九.南屏广场建筑设计方案关于涉案楼栋的标准层平面（2-D户型），拟证明涉案房屋设计时已是封闭阳台，不存在后来由外阳台变更为封闭阳台问题。3、（2013）合法民初字第3838号案庭审笔录，拟证明金九公司认可双方之间的合同以备案合同为准。
金九公司质证认为，证据1的真实性无异议，但不认可其证明目的，该面积测算仅仅是建筑面积的汇总，办理产权登记时还需要确定土地使用权面积，在每个业主的土地使用权面积未确定之前，无法办理个案业主的产权证。证据2的真实性、合法性无异议，但不认可其证明目的，证据2载明肖贵华、刘恩麟所购2-D户型建筑面积为81.14平方米，与证据1中载明的涉案房屋建筑面积87.89平方米有差距，证明涉案房屋存在设计变更。证据3，真实性无异议，但不是新证据，并不能证实金九公司已认可合同不一致的以备案合同为准，相反，肖贵华、刘恩麟认可以其向法院提供的合同约定的违约金标准计算违约金。
本院认为，肖贵华、刘恩麟举示的三份证据，因金九公司对真实性均无异议，本院对前述证据的真实性予以采信。
本院二审查明：合同补充协议第三条第三款约定：因乙方原因或政府职能部门的原因导致迟延合同登记和办证的，甲方不承担迟延办证的责任。
另查明，肖贵华、刘恩麟购买的金九公司开发位于重庆市合川区南办处南屏路256号（金九.南屏广场）1幢2号楼5层D号（4号）规划设计的套内建筑面积为66.33平方米，建筑面积81.14；竣工验收测算的套内建筑面积为71.70平方米，建筑面积为87.89平方米，与房产证登记面积一致。肖贵华、刘恩麟在（2013）合法民初字第3838号案庭审时陈述违约金标准应当以其持有的合同约定计算，金九公司并未承认合同约定内容以备案登记合同为准。本案一审第一次审理中，肖贵华、刘恩麟陈述备案合同系金九公司在双方签订合同基础上单方修改，没有经双方协商一致；金九公司对此予以确认。
二审查明的其他事实与一审查明的事实一致。
本院认为，肖贵华、刘恩麟与金九公司签订的《重庆市商品房买卖合同》及《补充协议》是双方当事人的真实意思表示，内容不违反法律法规的规定，合法有效，双方应当按照合同约定履行义务。本案的争议焦点为：1、合同约定的违约金标准如何认定。2、合同登记备案违约金是否超过诉讼时效。3、逾期交房违约金金额如何认定。4、逾期办证违约金金额如何认定。
一、关于合同约定的违约金标准如何认定问题。肖贵华、刘恩麟在（2013）合法民初字第3838号案庭审中陈述违约金标准应当以其持有的合同约定计算，本案一审审理中肖贵华、刘恩麟也确认备案合同的修改系金九公司单方意思表示，未经双方协商一致，肖贵华、刘恩麟二审中主张备案合同的修改系双方临时协商一致，但未提供充分的证据予以证明，本院不予采信。因此，合同约定的违约金标准应当以体现双方真实意思表示的合同，即肖贵华、刘恩麟持有且金九公司无异议的合同约定为准。肖贵华、刘恩麟关于违约金标准的上诉理由不成立，本院不予采纳。
二、关于合同登记备案违约金是否超过诉讼时效问题。
《中华人民共和国民法通则》第一百三十五条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外。第一百三十七条诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。本案中，合同于2010年5月2日签订，约定登记备案期限为合同签订后10日内，即金九公司应当在2010年5月12日内履行合同登记备案义务，金九公司逾期未履行义务，肖贵华、刘恩麟就应当知道其权利遭受侵害，本案的诉讼时效应当从2010年7月23日起计算2年，肖贵华、刘恩麟2013年8月9日才起诉，已超过诉讼时效。肖贵华、刘恩麟关于合同逾期登记备案违约金未超过诉讼时效的上诉理由不成立，本院不予采纳。
三、关于逾期交房违约金金额如何认定问题。
《中华人民共和国合同法》第一百一十七条规定，本法所称不可抗力，是指不能预见、不能避免并不能克服的客观情况。故不可抗力一般指地震、水灾、战争、政府禁令等自然因素或社会因素。本案中，渝公消法（2011）39号文件于2011年2月10日作出，该文件的颁布虽发生于合同签订之前，但距离合同约定的交房时间2011年12月31日尚有将近一年，金九公司可以通过合理安排施工工序、进度，及时委托消防检测，确保按合同约定期限交房。因此，消防检测不属于不可抗力。即使该文件的颁布属于不可抗力，金九公司亦未按合同约定于不可抗力发生之日起30日内以书面形式告知肖贵华、刘恩麟，金九公司亦不应免除消防检测导致的逾期交房责任。金九公司逾期交房146天，按合同约定应当支付逾期交房违约金1215元。
四、关于逾期办证违约金金额如何认定问题。
合同及补充协议约定因政府职能部门的原因导致迟延办证，金九公司不承担迟延办证责任。本案中，重庆市房产面积测算报告书（竣工），载明的测绘时间虽为2011年11月10日，但作出测绘结果并出具测绘报告书的时间为2011年12月26日，该时间发生在合川区规划局2011年11月14日作出的会议纪要之后。因此，该测算报告书是在会议纪要之后作出，会议纪要与本案具有关联性。涉案房屋竣工验收面积与产权登记面积一致，但比规划设计的建筑面积及套内建筑面积均有增加，与合川区规划局会议纪要相互印证，证明涉案房屋存在因阳台封闭而增加套内建筑面积及建筑面积的规划原因，且本案存在系统升级的政府原因，根据合同约定应予免责。合同约定办证期限为涉案商品房实际交付后60日，本案商品房实际交付的时间为2011年12月31日，合法交付的时间为2012年5月25日，金九公司应当按照合同约定及时准备办证资料申请办理涉案房屋转移登记。规划调整及系统升级导致迟延办证的情形于2012年10月28日消除，该时间晚于涉案房屋合法交付时间5月余，金九公司有充足的时间准备规划调整及系统升级除外的其余办证资料，因此，规划调整及系统升级导致迟延办证原因消除之日，金九公司即应当取得涉案房屋转移登记受理单。金九公司逾期办证的期间从2012年10月29日计算至2013年4月15日即实际取得转移登记受理单之日，共计169天，应当支付逾期办证违约金2344元。
综上所述，肖贵华、刘恩麟的上诉理由部分成立，对其上诉请求，本院予以相应支持。一审判决认定事实部分不清，处理欠妥，应予改判。此，依照《中华人民共和国合同法》第八条、第六十条第一款、第一百零七条、第一百一十四条第一款，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（二）项之规定，判决如下：
一、撤销重庆市合川区人民法院（2013）合法民初字第04844号民事判决；
二、重庆金九房地产开发有限公司在本判决生效后十日内支付肖贵华、刘恩麟逾期交房违约金1215元，逾期办理房屋产权登记违约金2344元，合计3559元。
三、驳回肖贵华、刘恩麟的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审案件受理费299元，由肖贵华、刘恩麟负担249元，重庆金九房地产开发有限公司负担50元；二审案件受理费299元，由肖贵华、刘恩麟负担249元，重庆金九房地产开发有限公司负担50元。
本判决为终审判决。
审 判 长 陈孟琼
审 判 员 刘家秀
代理审判员 罗太平
二〇一四年十二月一日
书 记 员 喻 瑜