甘肃省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）甘民二终字第144号
上诉人（原审被告）河北兆育种业有限公司。住所地石家庄市高新区天山科技工业园长江大道壹号*座1609。
法定代表人赵育进，该公司董事长。
委托代理人梁顺伟，北京市开越律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）甘肃农垦良种有限责任公司。住所地甘肃省景泰县一条山镇泰玉路***号。
法定代表人董克勇，该公司董事长。
委托代理人刘勇，甘肃勇平律师事务所律师。
上诉人河北兆育种业有限公司（以下简称兆育公司）为与被上诉人甘肃农垦良种有限责任公司（以下简称农垦公司）种植回收合同纠纷一案，不服白银市中级人民法院（2014）白中民二初字第41号民事判决，向本院提起上诉。本院受理后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。上诉人兆育公司的委托代理人梁顺伟，被上诉人农垦公司的委托代理人刘勇到庭参加了诉讼，本案现已审理终结。
原审法院审理查明：2014年3月31日，农垦公司（乙方）与兆育公司（甲方）签订了《玉米杂交种子委托生产合同》及《备忘录》。合同约定由甲方提供亲本，委托乙方生产品种代号为LY1401的玉米种子。预计单亩产350Kg／亩，甲方按7．6元／Kg收购乙方达到合同约定质量要求的种子。合同还约定繁育种子的各项技术要求。合同签订后，经双方核实农垦公司实际种植面积为1378.7亩。农垦公司依约种植了兆育公司提供的育种亲本。在玉米生长过程中，因故致农垦公司所种玉米绝收。农垦公司诉至法院，要求兆育公司按合同约定赔偿农垦公司损失3667342元。
为查明农垦公司繁育LY14O1玉米种子绝收的原因，原审法院应农垦公司申请，委托甘肃省科学技术咨询服务中心进行了鉴定。鉴定意见为：“1、该组合的制种产量几乎绝收。2、造成绝收的原因：一是93．1％的父本雄穗未伸出顶叶，造成父本散粉不畅；二是6.9％的父本植株雄穗正常抽出，但分枝极少，雄穗分枝上的雄小穗严重退化，造成父本提供的花粉严重减少。3、父本平均结实穗粒数0.28粒，父本自交结实严重不良，说明父本几乎未提供花粉。对父本雄小穗雄蕊的花药进行剥检，父本的花药包在颖壳内、花药顶端未开裂，发现父本严重不育，这是造成产量绝收的主要原因。”从鉴定结论可知绝收的原因是兆育公司提供的亲本种子之父本严重不育。
原审法院认为，（一）关于农垦公司种植玉米种子绝收原因及农垦公司经济损失的责任承担。双方签订的《玉米杂交种子委托生产合同》，是双方真实意思的表示，合法有效。双方均应按合同约定全面履行。本案中，农垦公司依约种植了兆育公司提供的LY14O1玉米亲本种子，因亲本种子之父本不育，致农垦公司种植的玉米绝收。兆育公司应依约向农垦公司承担违约责任，并赔偿全部经济损失。根据双方合同约定预计单产为35OKg／亩，如果农垦公司的实际产量低于350Kg／亩，兆育公司还将上调单价。兆育公司以7.6元／Kg单价收购农垦公司种植的种子。依据《中华人民共和国合同法》第一百零七条：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任”。第一百一十三条“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，给对方造成损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违反合同一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违反合同可能造成的损失。”农垦公司要求兆育公司赔偿经济损失3667342元（1378.7亩×350公斤／亩×7．6元／公斤），于法有据，应予支持。但应扣除兆育公司预付的27．5万元。
（二）关于兆育公司申请重新鉴定的问题。农垦公司在玉米生长过程中，发现玉米不能正常授粉后，及时通过电话和函件形式向兆育公司联系，先后向兆育公司致函《关于对LYl401玉米制种授粉情况确认的函》、《2014年LYl401玉米制种测产表》、《关于对LYl401玉米制种授粉及绝收情况鉴定的函》等。请兆育公司尽快派人实地调查、协商处理，兆育公司均未回复。后农垦公司又向当地种子管理部门景泰县种子管理站申请田间现场鉴定，景泰县种子管理站受理后，即致函兆育公司派员到到场参加鉴定，兆育公司亦未回复。景泰县种子管理站便组织专家进行了鉴定。鉴定意见为：l、该组合的制种产量几乎绝收。2、造成绝收的原因：一是父本雄穗伸出苞叶严重不足，造成父本散粉不畅；二是父本植株雄穗分枝少，雄穗分枝上的雄小穗严重退化，造成父本提供的花粉严重减少。3、父本平均结实穗粒数O．66粒，父本自身结实严重不良，说明父本几乎未提供花粉。对父本雄小穗雄蕊的花药进行了剥检，父本的花药有包在颖壳内、花药顶端未开裂的情况，发现父本有不育表现，这也是造成绝收的原因。随后，农垦公司申请景泰县公证处对其1378．7亩LYl401玉米杂交种子生产现场现状进行了证据保全。农垦公司向法院起诉后，法院立即向兆育公司送达《通知》要求其到法院技术部门办理鉴定事宜，兆育公司仍未回复。法院技术部门委托甘肃省科学技术咨询服务中心进行了鉴定。且鉴定人员出庭对鉴定过程及相关情况作了详细说明；并对兆育公司委托代理人提出的疑义和询问进行了充分说明科学解释。根据《农作物种子质量纠纷田间现场鉴定办法》关于种子质量现场鉴定的规定、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二十七条关于鉴定意见的规定，景泰县种子管理站和原审法院委托的鉴定，鉴定机构、鉴定人员均具备鉴定资格，鉴定程序合法，鉴定意见与种植现场相符。故，兆育公司申请重新鉴定的理由不能成立，不予准许。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第一百零七条、第一百一十三条之规定，判决兆育公司赔偿农垦公司经济损失3392342元。案件受理费36139元，诉讼保全费5000元，均由兆育公司负担。如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，依据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条的规定，应当加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审判决送达后，兆育公司不服提起上诉称：1、一审判决不符合科学常识。一审判决认定从鉴定结论可知，绝收的原因是兆育公司提供的亲本种子之父本严重不育，因亲本种子之父本不育，致农垦公司种植的玉米绝收。所谓“父本不育”，就是“父本没有花粉（精子）”。如果父本真的像法院认定的那样，是不育的，则父本根本就生产不出它自己本身。2、一审故意摈弃、忽视科学常识，通过对科学知识的视而不见，实现其枉法裁判的目的。如果法官稍微注意扫一眼科技文献、稍微听一听被告对鉴定人员的质询，就会知道，鉴定意见所谓“父本不育”导致绝产是十分荒谬的结论。3、兆育公司提供的证据，可以充分证明“涉案父本”是可育的，一审判决认定事实错误。通过兆育公司提供的蠡玉88四年的制种历史证据，充分证明涉案蠡玉88的父本从历史证据看，是可育的，就在同一年度，2014年，甘肃鸿泰种业科技有限公司、张掖神舟绿鹏农业科技有限公司等四家单位生产的上万亩“蠡玉88”其父本都是可育的，同一个品种、同一个父本，为什么别人可育，可以生产出杂交种，到了农垦公司手中就不可育并导致绝产。4、一审法院鉴定程序违法，该鉴定结论依法不能适用。一审法院受理案件后，兆育公司在答辩期间内依法提起管辖异议，但一审法院并没有按照法律规定及时对管辖异议作出裁定，反而在2014年10月9日要求兆育公司到白银中院参加鉴定活动，在管辖异议裁定二审上诉期间，2014年10月16日匆匆委托甘肃省科学技术咨询服务中心于2014年10月20日作出了鉴定结论。申请鉴定应在举证期限届满前提出，但本案鉴定却在管辖异议期内，在二审上诉阶段，此时，管辖异议的上诉程序正在起动，根据甘肃省高级人民法院的终审裁定，举证期限的起点应当在2014年12月23日以后。一审法院准许当事人在2014年9月申请鉴定不但违反法律规定，还剥夺了兆育公司协商鉴定人、对鉴定人提出异议的法定诉讼权利。5、一审法院并没有依法从事过司法鉴定，而是将法院的司法鉴定权利毫无保留的交付农垦公司使用，由农垦公司自主组织鉴定。《评审意见》明确记载，“评审申请人，甘肃农垦良种有限责任公司，地址、景泰县条山镇泰玉路238号”，就连联系电话也留的是农垦公司法定代表人董克勇的电话。司法鉴定的费用是农垦公司出的，司法鉴定的发票是开给农垦公司的；从农垦公司提交的鉴定录像上来看，是农垦公司法定代表人董克勇在主持、主导鉴定。6、甘肃省政府主管部门的文件、农业部的部门规章可以充分证明农垦公司提供的《景泰县种子管理站田间现场鉴定意见》和《田间现场专家评审意见》无效。本案争议的焦点是“蠡玉88的父本是否不育”。育与不育表现为父本雄穗是否开花，是否有花粉？根据国标《玉米杂交种繁育制种技术操作规程》，父本是否有花粉的表现期为父本开花期，鉴定人证实，在景泰，父本的开花期应当是7月中旬至8月上旬，甘肃省种子管理局文件《关于开展全省杂交玉米制种田和马铃薯繁育田间质量检验工作的通知》上也明确记载，田检期间（即授粉期间）是2014年7月中旬至8月下旬期间。《农作物种子质量纠纷田间现场鉴定办法》及《农业部办公厅关于田间现场鉴定有关问题的复函》明确要求，申请人提出鉴定时，需鉴定地块的作物生长期已错过该作物典型性状表现期的，种子管理机构对现场鉴定申请应当不予受理，农垦公司申请种子管理部门鉴定的时间是2014年9月22日，根据农垦公司提供的摄像，当时玉米植株已干枯，根本不具备鉴定的条件，法院委托鉴定的时间则更晚，到了10月20日。根据《农作物种子质量纠纷田间现场鉴定办法》第十条规定，专家鉴定组进行现场鉴定时，应当通知申请人及有关当事人到场。景泰县种子管理站组织“田间现场鉴定”时，并没有通知兆育公司，《田间现场鉴定书》明确记载，受理鉴定的日期是2014年9月20日，专家进行鉴定以及出具鉴定结论的时间是2014年9月22日，兆育公司远在石家庄，如此短的时间，景泰县种子管理站怎能有时间通知兆育公司，又怎能组织专家并告知兆育公司有提出异议的权利。一审法院有关兆育公司推诿的认定是假的，另外，农垦公司已经于2014年9月15日提起诉讼并申请法院组织鉴定，又怎么会在9月20日申请景泰县种子管理站进行鉴定。既然9月22日有了鉴定意见，为什么还要在10月16日再次申请甘肃省科学技术咨询服务中心进行鉴定。9月10日和10月20日的鉴定都是由农垦公司单方面提出并实际进行的，根本不存在“只要被告置之不理就不能鉴定的问题”，既然农垦公司可以在9月10日和10月20日申请鉴定，为什么不在7月10日至8月1日父本开花授粉期间提出？另外，兆育公司引用的都是文件的具体规定，并没有陈述理由，法院为什么擅自将“文件规定变更为被告所述理由，并断然不予支持”？景泰县种子管理站所做的《田间现场鉴定书》兆育公司从来没有见过，因庭审开庭辩论时农垦公司代理人多次提到有过鉴定，在兆育公司代理律师的强烈要求下，农垦公司代理律师临时提交法庭，其鉴定人并没有出庭接受质询。7、一审法院不支持兆育公司的鉴定申请错误。8、农垦公司没有给兆育公司生产出合格种子，农垦公司也没有提供任何证据证明自己的实际损失，一审法院按照合格种子价款支持其损失违反合同约定。根据合同约定，每公斤7.6元的价格是合格种子的价格，它包括“亲本种子的成本、田间管理成本、收购、晾晒、脱粒、加工、包装、短途运输费用”及“合理利润”，从农垦公司主张来看，由于“种子绝收”，因此，根本不存在“收购、晾晒、脱粒、加工、包装、短途运输”等支出或损失或成本，一审法院将合格种子的价格等同于损失明显与合同约定不符，按照种子价格7.6元每公斤判决，明显将没有实际发生的成本补偿给了农垦公司。农垦公司没有举出任何证据证明自己化肥投入了多少，水费投入了多少，田间管理成本投入了多少。9、按照农垦公司陈述，其收到兆育公司亲本6080公斤，农垦公司应向兆育公司支付亲本种子款72，960元，应将上述亲本种子款扣除。10、一审法院故意隐瞒了农业部玉米种子质量监督检测测试中心（兰州）和兰州市农作物种子质量监督检验站所做的六份检测报告，上述证据一审法院提供给了农垦公司，该证据属于甘肃省科学技术咨询服务中心委托，作为司法鉴定的一部分，一审法院并没有在判决上记录。兆育公司在庭审中当庭另补充上诉理由：1、一审据以判决的《田间现场专家评审意见》虚构了鉴定事实。在一审法院入卷的、未经当事人双方举证、质证的2014年10月20日的《现场勘验登记表》上记载，抽样田间的地块只有6个地块，但在同一天10月20日出具的《田间现场专家评审意见》中，却将抽样田检的地块虚构为60个地块。2、一审卷中出现了两个矛盾的鉴定结论。2014年9月22日的《农作物种子种子质量田间现场鉴定书》是农垦公司申请景泰县种子站作的，10月20日的《田间现场专家评审意见》是农垦公司申请法院后在农垦公司的主导下作的，但两个鉴定结论相反，2014年9月22日的《农作物种子种子质量田间现场鉴定书》记载，“造成绝收的原因：一是父本雄穗伸出苞叶严重不良，造成父本散粉不畅；二是父本植株雄穗分枝少，雄穗分枝上的雄小穗严重退化，造成父本提供的花粉严重减少”。鉴定结论是“发现父本有不育表现，这也是造成绝收的原因”。2014年10月20日《田间现场专家评审意见》造成绝产的原因被表述为，“父本严重不育，这是造成产量绝收的主要原因”。前一个鉴定结论仅“发现父本有不育表现”，后一个鉴定结论变成了“父本严重不育”。3、《田间现场专家评审意见》擅自修改“现场勘验”的结论，虚构勘验事实。2014年10月20日的《现场勘验登记表》记载，“得出如下结论：制种田父本花药不足和不育，不能给予母本正常授粉，导致母本绝收”，上述《现场勘验登记表》没有举证、质证，法官将其订入卷宗。但在同日出具的《田间现场专家评审意见》中，结论却被表述为“父本严重不足，这是造成产量绝收的主要原因”。上述事实说明，1、现场勘验时，并没有记载“93.1%、6.9%、0.28、1：5、50㎝”等数据，上述数据是他人事后加上的。4、两个鉴定结论对重要事实的描述上存在较大不同，株高部分《农作物种子种子质量田间现场鉴定书》记载，父本株高170—175厘米，母本165-170厘米。《田间现场专家评审意见》描述，父本株高114—157厘米，母本株高155—165厘米。根据前者，父本比母本高可以授粉，后者，母本比父本高，则不可以授粉。花药的开裂的问题，《农作物种子种子质量田间现场鉴定书》记载，“有…..花药顶端未开裂的情况”。到了《田间现场专家评审意见》中，上述描述变成了“花药顶端未开裂”。“有…..的情况”，这一表述不见了。在制种技术上，《农作物种子种子质量田间现场鉴定书》记载，父本株距25.5厘米，行比法每亩种植父本871株，满天星法每亩种植父本330株，每亩合计种植父本1201株，母本实际株距31.7厘米，母本保苗3331株。在《田间现场专家评审意见》中，上述数据发生了重大变化：“父本株距28.5厘米，行比法每亩种植父本741株，满天星法每亩种植父本293株，每亩合计种植父本1034株，母本实际株距29.5厘米，每亩种植密度3705亩。”5、大量证据未经举证、质证，被一审法院订入卷宗，一审法院在举证、质证、认证程序违法。《种子样品报告检验报告》6份，上述证据是《田间现场专家评审意见》的证据，法庭没有出示，也没有质证。《条山集团合同评审会签记录表》、《设备购销及安装合同》、采购设备清单共计14页、机械设备增值税发票10张。上述证据在开庭前代理人没有见到，庭审中没有举证，代理人猜测，其目的是为了对抗兆育公司在答辩过程中提出的“原告没有举出自己的实际损失”。6、本案事实不清，农垦公司鉴定的品种是否是兆育公司委托生产的“蠡玉88”并没有证据予以证明。无论是《农作物种子种子质量田间现场鉴定书》还是《田间现场专家评审意见》，均没有鉴定品种的真实性，即鉴定品种究竟是何品种？庭审中代理人梁顺伟问农垦公司法定代表人董克勇“你怎么证明申请鉴定的是蠡玉88？”，董克勇回答：“没有”。请求撤销一审判决，发回重审或者改判驳回农垦公司的诉讼请求。
农垦公司答辩称：1、农垦公司按照兆育公司的技术规范制种，兆育公司按照双方委托合同派技术人员参与生产主要环节。兆育公司没有证据证实农垦公司违反技术规范。农垦公司发现种植的玉米不能正常授粉，就从8月份就开始以电话、传真、特快专递多次催促兆育公司，兆育公司一直推诿想办法促使证据缺失，甘肃各地的玉米收获期是9月下旬至10月上旬，加之进入10月中下旬要进行灌冬水、犁地等，如果不及时做鉴定，将影响第二年生产，会给农垦公司带来更大损失，这是农垦公司为了减少更多损失，在景泰县公证处保全证据后只好单方委托当地种子管理部门进行田间现场鉴定。农垦公司除委托当地种子管理部门进行田间现场鉴定外，在诉讼中依法申请法院委托甘肃省科学技术咨询服务中心组织专家提出了《田间现场专家评审意见》，该意见与种子管理部门进行田间现场鉴定相互印证，结合在庭审中相关专家的解释和说明，足以证实造成绝收的原因就是父本提供的花粉严重减少，父本败育。田间作物鉴定涉及时效性，如果等到二审裁定生效，将会彻底丧失鉴定和评审机会，况且没有法律规定管辖权裁定上诉期间不能鉴定和评审。不管父本严重不育，还是败育，农垦公司生产田间1378.7亩制种玉米父本绝收、母本绝收这是客观事实。法院是根据两份鉴定结论（鉴定结论是一个整体）：甘肃省科学技术咨询服务中心鉴定意见：“1、该组合的制种产量几乎绝收。2、造成绝收的原因：一是93.1%的父本雄穗未伸出顶叶，造成父本散粉不畅；二是6.9%的父本植株雄穗正常抽出，但分枝极少，雄穗分枝上的雄小穗严重退化，造成父本提供的花粉严重减少。3、父本平均结实穗粒数0.28粒，父本自身结实严重不良，说明父本几乎未提供花粉。对父本雄小穗雄蕊的花药进行剥检，父本的花药包在颖壳内、花药顶端未开裂，发现父本严重不育，这是造成产量绝收的主要原因。”这与景泰县种子管理站组织的专家鉴定意见相近：“1、该组合的制种产量几乎绝收。2、造成绝收的原因：一是父本雄穗伸出苞叶严重不足，造成父本散粉不畅；二是父本植株雄穗分枝少，雄穗分枝上的雄小穗严重退化，造成父本提供的花粉严重减少。3、父本平均结实穗粒数0.66粒，父本自身结实严重不良，说明父本几乎未提供花粉。对父本雄小穗雄蕊的花药进行了剥检，父本的花药有包在颖壳内、花药顶端未开裂的情况，发现父本有不育现象，这也是造成绝收的原因。”这两份鉴定意见说明：一是产量几乎绝收的事实，二是父本雄穗发育不全，散粉不畅或雄小穗严重退化。三是父本本身的结实粒平均每穗不到1粒，说明父本本身未能提供花粉。四是对父本剥检，发现有不育现象这个事实，而不应对在“父本不育”四个字上做长篇大论。兆育公司对种子管理部门进行田间现场鉴定及《田间现场专家评审意见》提出的异议不能成立。兆育公司虽然对农垦公司委托当地种子管理部门进行田间现场鉴定意见不予认可，但没有提出任何证据足以反驳，兆育公司应承担举证不能的责任。法院委托甘肃省科学技术咨询服务中心组织专家提出的《田间现场专家评审意见》是对种子管理部门进行田间现场鉴定意见的补充，《田间现场专家评审意见》并非鉴定意见，所以法律并不要求具备鉴定资质。法庭根据农垦公司申请通知相关专门知识的人员到庭对专门性问题进行了说明，也是符合有关法律规定的。兆育公司提出造成父本败育还有田间管理、施肥等因素，但并没有提供任何证据，相反出庭专业人员解释，就本案涉及到的父本败育原因可以排除其他因素，理由是同样条件下的母本生长正常。兆育公司出示了大量证据欲证实蠡玉88品种在其他地方制种正常，一是这些合同，农垦公司无法确认其真实性，二是给其他地方提供的亲本与给农垦公司提供的亲本是否是同一批次无法证实。另外，兆育公司2014年提供给农垦公司办理蠡玉88生产许可证的品种审定证书《安徽省农作物品种审定》证书是2012年10月25日，那么2011年9月13日、2012年3月23日兆育公司与甘肃鸿泰种业科技有限公司签订制种合同蠡玉104办理《主要农作物生产许可证》，2012年3月20日兆育公司与张掖神舟绿鹏农业科技有限公司签订制种合同蠡玉320、2012年10月8日办理《全国农业植物产地检疫合格证》等证据。兆育公司没有审定就能办理品种的生产许可证，说明提供的蠡玉88的各种合同证明全是后来伪造的。2、关于成本问题，如果兆育公司为农垦公司的制种玉米正常结实和收获，农垦公司除了每公斤7.6元的收入外，还有辅产品玉米芯，每吨700元，每亩精选出的小粒80斤，还有每亩80元的玉米秸秆收入，这些收入远大于收购、晾晒、脱粒、加工、包装的成本。请求驳回上诉，维持原判。
本案二审查明的事实与原审法院认定一致，本院予以确认。
二审中另查明，《玉米杂交种子委托生产合同》第三条第二款1项约定，兆育公司向农垦公司提供的制种所需亲本种子款由农垦公司承担，在最后一笔种款结算时扣除。
本院认为，本案双方当事人争议的主要焦点是农垦公司为兆育公司繁育的玉米种子绝收的原因以及兆育公司是否应当向农垦公司赔偿损失。
关于兆育公司上诉称如果父本不育，则父本根本就生产不出它自己本身的问题。本案的关键问题是兆育公司向农垦公司提供的玉米父本是否存在败育的情形，本案中的“父本”系指兆育公司向农垦公司提供的该批玉米种子，而兆育公司上诉所称的“父本”则指的是该品种的玉米，故该批玉米种子能被生产出来并不能得出其本身就是可育的结论。兆育公司提供的科技文献，亦仅能作为参考，而不能作为证据予以采信，且科技文献亦未否定存在父本种子导致败育的因素。至于兆育公司提供的其与其他公司的制种合同，其向其他公司提供的玉米种子可育，并不能因此必然推导出其向农垦公司提供的玉米种子亦是可育的，故兆育公司的上诉理由不能成立。
关于兆育公司上诉认为一审鉴定程序违法的上诉理由，本案需要鉴定的是种植的玉米败育的原因，鉴于该鉴定存在现场、鉴材等具有时效性的因素，故原审法院在处理兆育公司的管辖权异议的同时委托鉴定机构进行鉴定工作并无不妥，法律亦无禁止性规定。关于兆育公司称评审意见记载的申请人是农垦公司，司法鉴定费用是农垦公司出的，发票是开给农垦公司的问题，本案系由农垦公司向原审法院提出鉴定申请，故记载的申请人为农垦公司并无不当，由鉴定申请人农垦公司预交鉴定费用亦是法律规定的义务，不存在由农垦公司主导鉴定的问题。
关于兆育公司提出两个鉴定结论矛盾的问题，因抽检的地块不同，故对于玉米的株高、行距的陈述自然存在差异，两个鉴定结论中分别陈述的“发现父本有不育表现”和“父本严重不育”亦无矛盾，《田间现场专家评审意见》所称的60个地块指的是整个制种田，并非抽样地块，故兆育公司称评审意见将抽样的地块虚构为60块的上诉理由与事实不符，不予采信。
至于兆育公司提出剥夺了其协商鉴定人等权利的问题，原审法院依法向兆育公司送达了进行鉴定的通知，告知了其在规定的期限内选定鉴定机构等相关事项，兆育公司放弃了其权利，不利后果应由其自行承担，故兆育公司的该上诉理由不能成立，一审委托鉴定程序合法，鉴定机构作出的鉴定意见合法有效，原审法院依法予以采信并无不当，兆育公司申请重新鉴定的上诉理由不能成立，不予采信。
关于六份《种子样品报告检验报告》，其与玉米制种绝收的原因没有关系，一审卷内《设备购销及安装合同》等，是农垦公司申请财产保全时提供的担保财产，均在判决中无需引用和表述，故兆育公司的该上诉理由不能成立。
关于损失赔偿问题，鉴于经鉴定农垦公司为兆育公司生产的玉米败育系因兆育公司提供的父本种子不合格所致，故原审法院判令兆育公司赔偿农垦公司如果制种合同正常履行后，农垦公司的可得利益损失并无不当，兆育公司提出的收购、晾晒等成本应予扣除的上诉理由，因其未能提供相应的证据，且未提出明确具体的数额，故对其上诉理由不予采信。但对于农垦公司收到的亲本种子款72960元，依照合同约定应由农垦公司承担，且农垦公司当庭亦予以认可，故应当予以扣除，兆育公司的该上诉理由成立，予以采信，原审法院未予扣判处不当，应予纠正。
综上，一审认定事实基本清楚，程序合法，适用法律正确。但对于应由农垦公司承担的亲本种子款72960元未作扣除错误，予以纠正。兆育公司的该部分上诉理由成立，依法予以采信。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款（二）项之规定，判决如下：
变更白银市中级人民法院（2014）白中民二初字第41号民事判决主文为：
河北兆育种业有限公司赔偿甘肃农垦良种有限责任公司损失3319382元。
一审案件受理费36139元，保全费5000元，二审案件受理费36139元，合计77278元，由甘肃农垦良种有限责任公司负担1700元，河北兆育种业有限公司负担75578元。
本判决为终审判决。
审 判 长 关维德
代理审判员 唐志明
代理审判员 杨 波
二〇一五年十一月三日
书 记 员 魏万武